Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4714
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4714, 874 aa
1>>>pF1KB4714 874 - 874 aa - 874 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9428+/-0.00123; mu= 17.0372+/- 0.074
mean_var=69.5351+/-13.416, 0's: 0 Z-trim(100.5): 39 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.153806
statistics sampled from 6137 (6153) to 6137 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.537), E-opt: 0.2 (0.189), width: 16
Scan time: 3.630
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS33851.1 COPG1 gene_id:22820|Hs108|chr3 ( 874) 5650 1263.8 0
CCDS75662.1 COPG2 gene_id:26958|Hs108|chr7 ( 871) 4694 1051.6 0
CCDS78275.1 COPG2 gene_id:26958|Hs108|chr7 ( 726) 3900 875.4 0
>>CCDS33851.1 COPG1 gene_id:22820|Hs108|chr3 (874 aa)
initn: 5650 init1: 5650 opt: 5650 Z-score: 6769.9 bits: 1263.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5650; 100.0% identity (100.0% similar) in 874 aa overlap (1-874:1-874)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MLKKFDKKDEESGGGSNPFQHLEKSAVLQEARVFNETPINPRKCAHILTKILYLINQGEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MLKKFDKKDEESGGGSNPFQHLEKSAVLQEARVFNETPINPRKCAHILTKILYLINQGEH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LGTTEATEAFFAMTKLFQSNDPTLRRMCYLTIKEMSCIAEDVIIVTSSLTKDMTGKEDNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LGTTEATEAFFAMTKLFQSNDPTLRRMCYLTIKEMSCIAEDVIIVTSSLTKDMTGKEDNY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 RGPAVRALCQITDSTMLQAIERYMKQAIVDKVPSVSSSALVSSLHLLKCSFDVVKRWVNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RGPAVRALCQITDSTMLQAIERYMKQAIVDKVPSVSSSALVSSLHLLKCSFDVVKRWVNE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 AQEAASSDNIMVQYHALGLLYHVRKNDRLAVNKMISKVTRHGLKSPFAYCMMIRVASKQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 AQEAASSDNIMVQYHALGLLYHVRKNDRLAVNKMISKVTRHGLKSPFAYCMMIRVASKQL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 EEEDGSRDSPLFDFIESCLRNKHEMVVYEAASAIVNLPGCSAKELAPAVSVLQLFCSSPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EEEDGSRDSPLFDFIESCLRNKHEMVVYEAASAIVNLPGCSAKELAPAVSVLQLFCSSPK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 AALRYAAVRTLNKVAMKHPSAVTACNLDLENLVTDSNRSIATLAITTLLKTGSESSIDRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 AALRYAAVRTLNKVAMKHPSAVTACNLDLENLVTDSNRSIATLAITTLLKTGSESSIDRL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 MKQISSFMSEISDEFKVVVVQAISALCQKYPRKHAVLMNFLFTMLREEGGFEYKRAIVDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MKQISSFMSEISDEFKVVVVQAISALCQKYPRKHAVLMNFLFTMLREEGGFEYKRAIVDC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 IISIIEENSESKETGLSHLCEFIEDCEFTVLATRILHLLGQEGPKTTNPSKYIRFIYNRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 IISIIEENSESKETGLSHLCEFIEDCEFTVLATRILHLLGQEGPKTTNPSKYIRFIYNRV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 VLEHEEVRAGAVSALAKFGAQNEEMLPSILVLLKRCVMDDDNEVRDRATFYLNVLEQKQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VLEHEEVRAGAVSALAKFGAQNEEMLPSILVLLKRCVMDDDNEVRDRATFYLNVLEQKQK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 ALNAGYILNGLTVSIPGLERALQQYTLEPSEKPFDLKSVPLATAPMAEQRTESTPITAVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ALNAGYILNGLTVSIPGLERALQQYTLEPSEKPFDLKSVPLATAPMAEQRTESTPITAVK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 QPEKVAATRQEIFQEQLAAVPEFRGLGPLFKSSPEPVALTESETEYVIRCTKHTFTNHMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QPEKVAATRQEIFQEQLAAVPEFRGLGPLFKSSPEPVALTESETEYVIRCTKHTFTNHMV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 FQFDCTNTLNDQTLENVTVQMEPTEAYEVLCYVPARSLPYNQPGTCYTLVALPKEDPTAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FQFDCTNTLNDQTLENVTVQMEPTEAYEVLCYVPARSLPYNQPGTCYTLVALPKEDPTAV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 ACTFSCMMKFTVKDCDPTTGETDDEGYEDEYVLEDLEVTVADHIQKVMKLNFEAAWDEVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ACTFSCMMKFTVKDCDPTTGETDDEGYEDEYVLEDLEVTVADHIQKVMKLNFEAAWDEVG
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 DEFEKEETFTLSTIKTLEEAVGNIVKFLGMHPCERSDKVPDNKNTHTLLLAGVFRGGHDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 DEFEKEETFTLSTIKTLEEAVGNIVKFLGMHPCERSDKVPDNKNTHTLLLAGVFRGGHDI
790 800 810 820 830 840
850 860 870
pF1KB4 LVRSRLLLLDTVTMQVTARSLEELPVDIILASVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LVRSRLLLLDTVTMQVTARSLEELPVDIILASVG
850 860 870
>>CCDS75662.1 COPG2 gene_id:26958|Hs108|chr7 (871 aa)
initn: 4540 init1: 3299 opt: 4694 Z-score: 5623.4 bits: 1051.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4694; 80.8% identity (93.5% similar) in 874 aa overlap (1-874:1-871)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MLKKFDKKDEESGGGSNPFQHLEKSAVLQEARVFNETPINPRKCAHILTKILYLINQGEH
:.:::::::::::.::::::::::::::::::.:::::::::.: :::::::::.:::::
CCDS75 MIKKFDKKDEESGSGSNPFQHLEKSAVLQEARIFNETPINPRRCLHILTKILYLLNQGEH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LGTTEATEAFFAMTKLFQSNDPTLRRMCYLTIKEMSCIAEDVIIVTSSLTKDMTGKEDNY
.:::::::::::::.:::::: :::::::::::::. :.::::::::::::::::::: :
CCDS75 FGTTEATEAFFAMTRLFQSNDQTLRRMCYLTIKEMATISEDVIIVTSSLTKDMTGKEDVY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 RGPAVRALCQITDSTMLQAIERYMKQAIVDKVPSVSSSALVSSLHLLKCSFDVVKRWVNE
::::.::::.:::.:::::::::::::::::: ::::::::::::..: :.::::::.::
CCDS75 RGPAIRALCRITDGTMLQAIERYMKQAIVDKVSSVSSSALVSSLHMMKISYDVVKRWINE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 AQEAASSDNIMVQYHALGLLYHVRKNDRLAVNKMISKVTRHGLKSPFAYCMMIRVASKQL
::::::::::::::::::.:::.::::::::.::..: :. :::: :::::.::.::. :
CCDS75 AQEAASSDNIMVQYHALGVLYHLRKNDRLAVSKMLNKFTKSGLKSQFAYCMLIRIASRLL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 EEEDGSRDSPLFDFIESCLRNKHEMVVYEAASAIVNLPGCSAKELAPAVSVLQLFCSSPK
.: . ...::::::::::::::::::.:::::::..::.:.:.:::::::::::::::::
CCDS75 KETEDGHESPLFDFIESCLRNKHEMVIYEAASAIIHLPNCTARELAPAVSVLQLFCSSPK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 AALRYAAVRTLNKVAMKHPSAVTACNLDLENLVTDSNRSIATLAITTLLKTGSESSIDRL
:::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::.:::
CCDS75 PALRYAAVRTLNKVAMKHPSAVTACNLDLENLITDSNRSIATLAITTLLKTGSESSVDRL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 MKQISSFMSEISDEFKVVVVQAISALCQKYPRKHAVLMNFLFTMLREEGGFEYKRAIVDC
:::::::.::::::::::::::::::::::::::.:.:.:: .:::..::::::::::::
CCDS75 MKQISSFVSEISDEFKVVVVQAISALCQKYPRKHSVMMTFLSNMLRDDGGFEYKRAIVDC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 IISIIEENSESKETGLSHLCEFIEDCEFTVLATRILHLLGQEGPKTTNPSKYIRFIYNRV
::::.::: ::::.::.:::::::::: :::::.::::::.:::.: ::::::::.:::
CCDS75 IISIVEENPESKEAGLAHLCEFIEDCEHTVLATKILHLLGKEGPRTPVPSKYIRFIFNRV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 VLEHEEVRAGAVSALAKFGAQNEEMLPSILVLLKRCVMDDDNEVRDRATFYLNVLEQKQK
:::.: :::.::::::::::::: .::::::::.::.:: :.:::::::::::::.:.:
CCDS75 VLENEAVRAAAVSALAKFGAQNESLLPSILVLLQRCMMDTDDEVRDRATFYLNVLQQRQM
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 ALNAGYILNGLTVSIPGLERALQQYTLEPSEKPFDLKSVPLATAPMAEQRTESTPITAVK
:::: ::.::::::.::.:.::.::::::::::::.::.::: ::. ::..: : ..:.:
CCDS75 ALNATYIFNGLTVSVPGMEKALHQYTLEPSEKPFDMKSIPLAMAPVFEQKAEIT-LVATK
550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 QPEKVAATRQEIFQEQLAAVPEFRGLGPLFKSSPEPVALTESETEYVIRCTKHTFTNHMV
:::.: .::.::::::::.::: ..::::::: ::: :::.:::: .:: :: ::::.:
CCDS75 -PEKLAPSRQDIFQEQLAAIPEFLNIGPLFKSS-EPVQLTEAETEYFVRCIKHMFTNHIV
600 610 620 630 640 650
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 FQFDCTNTLNDQTLENVTVQMEPTEAYEVLCYVPARSLPYNQPGTCYTLVALPKEDPTAV
:::::::::::: ::.:::::::...:::: .:: :::::::: ::::: :: .:::::
CCDS75 FQFDCTNTLNDQLLEKVTVQMEPSDSYEVLSCIPAPSLPYNQPGICYTLVRLPDDDPTAV
660 670 680 690 700 710
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 ACTFSCMMKFTVKDCDPTTGETDDEGYEDEYVLEDLEVTVADHIQKVMKLNFEAAWDEVG
: .::: :::::.::::.:: :..::.::::::::::::.::::::.: :: :::.:::
CCDS75 AGSFSCTMKFTVRDCDPNTGVPDEDGYDDEYVLEDLEVTVSDHIQKVLKPNFAAAWEEVG
720 730 740 750 760 770
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 DEFEKEETFTLSTIKTLEEAVGNIVKFLGMHPCERSDKVPDNKNTHTLLLAGVFRGGHDI
: :::::::.::. :::::::.::. ::::.:::::::::.:::.:.: :::.::::.:.
CCDS75 DTFEKEETFALSSTKTLEEAVNNIITFLGMQPCERSDKVPENKNSHSLYLAGIFRGGYDL
780 790 800 810 820 830
850 860 870
pF1KB4 LVRSRLLLLDTVTMQVTARSLEELPVDIILASVG
:::::: : : ::::::.:: :. :::.::::::
CCDS75 LVRSRLALADGVTMQVTVRSKERTPVDVILASVG
840 850 860 870
>>CCDS78275.1 COPG2 gene_id:26958|Hs108|chr7 (726 aa)
initn: 3737 init1: 3290 opt: 3900 Z-score: 4672.6 bits: 875.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3900; 81.9% identity (94.2% similar) in 719 aa overlap (1-719:1-716)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MLKKFDKKDEESGGGSNPFQHLEKSAVLQEARVFNETPINPRKCAHILTKILYLINQGEH
:.:::::::::::.::::::::::::::::::.:::::::::.: :::::::::.:::::
CCDS78 MIKKFDKKDEESGSGSNPFQHLEKSAVLQEARIFNETPINPRRCLHILTKILYLLNQGEH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LGTTEATEAFFAMTKLFQSNDPTLRRMCYLTIKEMSCIAEDVIIVTSSLTKDMTGKEDNY
.:::::::::::::.:::::: :::::::::::::. :.::::::::::::::::::: :
CCDS78 FGTTEATEAFFAMTRLFQSNDQTLRRMCYLTIKEMATISEDVIIVTSSLTKDMTGKEDVY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 RGPAVRALCQITDSTMLQAIERYMKQAIVDKVPSVSSSALVSSLHLLKCSFDVVKRWVNE
::::.::::.:::.:::::::::::::::::: ::::::::::::..: :.::::::.::
CCDS78 RGPAIRALCRITDGTMLQAIERYMKQAIVDKVSSVSSSALVSSLHMMKISYDVVKRWINE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 AQEAASSDNIMVQYHALGLLYHVRKNDRLAVNKMISKVTRHGLKSPFAYCMMIRVASKQL
::::::::::::::::::.:::.::::::::.::..: :. :::: :::::.::.::. :
CCDS78 AQEAASSDNIMVQYHALGVLYHLRKNDRLAVSKMLNKFTKSGLKSQFAYCMLIRIASRLL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 EEEDGSRDSPLFDFIESCLRNKHEMVVYEAASAIVNLPGCSAKELAPAVSVLQLFCSSPK
.: . ...::::::::::::::::::.:::::::..::.:.:.:::::::::::::::::
CCDS78 KETEDGHESPLFDFIESCLRNKHEMVIYEAASAIIHLPNCTARELAPAVSVLQLFCSSPK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 AALRYAAVRTLNKVAMKHPSAVTACNLDLENLVTDSNRSIATLAITTLLKTGSESSIDRL
:::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::.:::
CCDS78 PALRYAAVRTLNKVAMKHPSAVTACNLDLENLITDSNRSIATLAITTLLKTGSESSVDRL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 MKQISSFMSEISDEFKVVVVQAISALCQKYPRKHAVLMNFLFTMLREEGGFEYKRAIVDC
:::::::.::::::::::::::::::::::::::.:.:.:: .:::..::::::::::::
CCDS78 MKQISSFVSEISDEFKVVVVQAISALCQKYPRKHSVMMTFLSNMLRDDGGFEYKRAIVDC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 IISIIEENSESKETGLSHLCEFIEDCEFTVLATRILHLLGQEGPKTTNPSKYIRFIYNRV
::::.::: ::::.::.:::::::::: :::::.::::::.:::.: ::::::::.:::
CCDS78 IISIVEENPESKEAGLAHLCEFIEDCEHTVLATKILHLLGKEGPRTPVPSKYIRFIFNRV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 VLEHEEVRAGAVSALAKFGAQNEEMLPSILVLLKRCVMDDDNEVRDRATFYLNVLEQKQK
:::.: :::.::::::::::::: .::::::::.::.:: :.:::::::::::::.:.:
CCDS78 VLENEAVRAAAVSALAKFGAQNESLLPSILVLLQRCMMDTDDEVRDRATFYLNVLQQRQM
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 ALNAGYILNGLTVSIPGLERALQQYTLEPSEKPFDLKSVPLATAPMAEQRTESTPITAVK
:::: ::.::::::.::.:.::.::::::::::::.::.::: ::. ::..: : ..:.:
CCDS78 ALNATYIFNGLTVSVPGMEKALHQYTLEPSEKPFDMKSIPLAMAPVFEQKAEIT-LVATK
550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 QPEKVAATRQEIFQEQLAAVPEFRGLGPLFKSSPEPVALTESETEYVIRCTKHTFTNHMV
:::.: .::.::::::::.::: ..::::::: ::: :::.:::: .:: :: ::::.:
CCDS78 -PEKLAPSRQDIFQEQLAAIPEFLNIGPLFKSS-EPVQLTEAETEYFVRCIKHMFTNHIV
600 610 620 630 640 650
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 FQFDCTNTLNDQTLENVTVQMEPTEAYEVLCYVPARSLPYNQPGTCYTLVALPKEDPTAV
:::::::::::: ::.:::::::...:::: .:: :::::::: ::::: :: .::::
CCDS78 FQFDCTNTLNDQLLEKVTVQMEPSDSYEVLSCIPAPSLPYNQPGICYTLVRLPDDDPTAG
660 670 680 690 700 710
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 ACTFSCMMKFTVKDCDPTTGETDDEGYEDEYVLEDLEVTVADHIQKVMKLNFEAAWDEVG
CCDS78 TNPQKGGDT
720
874 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 00:15:28 2016 done: Sat Nov 5 00:15:28 2016
Total Scan time: 3.630 Total Display time: 0.070
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]