FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4465, 2321 aa
1>>>pF1KB4465 2321 - 2321 aa - 2321 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.6269+/-0.000541; mu= -5.8535+/- 0.034
mean_var=690.7390+/-141.209, 0's: 0 Z-trim(122.4): 609 B-trim: 0 in 0/59
Lambda= 0.048800
statistics sampled from 39719 (40425) to 39719 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.743), E-opt: 0.2 (0.474), width: 16
Scan time: 23.070
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000426 (OMIM: 125310,130720,600276,615293) neur (2321) 17489 1249.1 0
XP_005259981 (OMIM: 125310,130720,600276,615293) P (2269) 11144 802.4 0
NP_060087 (OMIM: 109730,190198,616028) neurogenic (2555) 5428 400.0 2e-109
XP_005270958 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2432) 5232 386.2 2.7e-105
XP_011539822 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2432) 5232 386.2 2.7e-105
XP_016856862 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2432) 5232 386.2 2.7e-105
XP_016856861 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2455) 5232 386.2 2.7e-105
XP_011539821 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2467) 5232 386.2 2.7e-105
NP_077719 (OMIM: 102500,600275,610205) neurogenic (2471) 5232 386.2 2.7e-105
NP_001186930 (OMIM: 102500,600275,610205) neurogen (1235) 4915 363.5 9.4e-99
XP_011517019 (OMIM: 109730,190198,616028) PREDICTE (2314) 4706 349.1 3.7e-94
NP_004548 (OMIM: 164951) neurogenic locus notch ho (2003) 2443 189.7 3.1e-46
NP_001136272 (OMIM: 602772,612424) protein eyes sh (3144) 1610 131.3 1.8e-28
NP_001278938 (OMIM: 602772,612424) protein eyes sh (3165) 1610 131.3 1.9e-28
NP_000129 (OMIM: 102370,129600,134797,154700,18490 (2871) 1497 123.3 4.3e-26
XP_016859270 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1309) 1300 109.0 4e-22
XP_016859268 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1309) 1300 109.0 4e-22
XP_016859269 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1309) 1300 109.0 4e-22
XP_016859267 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1309) 1300 109.0 4e-22
XP_011509236 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1315) 1300 109.0 4e-22
XP_011509235 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1351) 1300 109.0 4.1e-22
XP_011509234 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1404) 1300 109.0 4.2e-22
NP_001073906 (OMIM: 616634) sushi, nidogen and EGF (1413) 1300 109.0 4.2e-22
XP_016859264 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1425) 1300 109.0 4.2e-22
XP_016859263 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1434) 1300 109.1 4.2e-22
XP_011509233 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1437) 1300 109.1 4.2e-22
XP_016859262 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1458) 1300 109.1 4.3e-22
NP_001244895 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) p ( 870) 1275 107.0 1.1e-21
XP_016859265 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1420) 1269 106.9 1.9e-21
XP_011509239 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido ( 905) 1253 105.5 3.2e-21
XP_016864717 (OMIM: 121050,612570,616118) PREDICTE (2861) 1255 106.3 5.8e-21
NP_001990 (OMIM: 121050,612570,616118) fibrillin-2 (2912) 1255 106.3 5.9e-21
XP_006710469 (OMIM: 604266) PREDICTED: multiple ep (1436) 1245 105.2 6.2e-21
NP_002217 (OMIM: 602570) protein jagged-2 isoform (1238) 1241 104.8 6.9e-21
XP_016883196 (OMIM: 118450,187500,601920) PREDICTE (1059) 1198 101.7 5.1e-20
NP_000205 (OMIM: 118450,187500,601920) protein jag (1218) 1198 101.8 5.5e-20
XP_011507669 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) P (1297) 1190 101.3 8.5e-20
XP_011507667 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) P (1349) 1190 101.3 8.7e-20
NP_957705 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) prot (1406) 1190 101.3 8.9e-20
XP_011539189 (OMIM: 604266) PREDICTED: multiple ep (1395) 1173 100.1 2e-19
XP_016856341 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) P (1451) 1160 99.2 3.9e-19
NP_660142 (OMIM: 602570) protein jagged-2 isoform (1200) 1156 98.8 4.3e-19
NP_001244894 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) p (1382) 1101 95.0 6.8e-18
NP_620711 (OMIM: 607299) delta and Notch-like epid ( 737) 1008 88.1 4.3e-16
XP_011516858 (OMIM: 219730,609720,616220) PREDICTE (1276) 986 86.9 1.8e-15
NP_775960 (OMIM: 219730,609720,616220) protein cru (1285) 962 85.2 5.7e-15
NP_699197 (OMIM: 611691) sushi, von Willebrand fac (3571) 959 85.5 1.2e-14
XP_011516859 (OMIM: 219730,609720,616220) PREDICTE (1220) 942 83.8 1.5e-14
XP_011516860 (OMIM: 219730,609720,616220) PREDICTE (1220) 942 83.8 1.5e-14
XP_011525684 (OMIM: 604710,613177) PREDICTED: late (1554) 945 84.1 1.5e-14
>>NP_000426 (OMIM: 125310,130720,600276,615293) neurogen (2321 aa)
initn: 17489 init1: 17489 opt: 17489 Z-score: 6675.2 bits: 1249.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 17489; 100.0% identity (100.0% similar) in 2321 aa overlap (1-2321:1-2321)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MGPGARGRRRRRRPMSPPPPPPPVRALPLLLLLAGPGAAAPPCLDGSPCANGGRCTQLPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MGPGARGRRRRRRPMSPPPPPPPVRALPLLLLLAGPGAAAPPCLDGSPCANGGRCTQLPS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 REAACLCPPGWVGERCQLEDPCHSGPCAGRGVCQSSVVAGTARFSCRCPRGFRGPDCSLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 REAACLCPPGWVGERCQLEDPCHSGPCAGRGVCQSSVVAGTARFSCRCPRGFRGPDCSLP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 DPCLSSPCAHGARCSVGPDGRFLCSCPPGYQGRSCRSDVDECRVGEPCRHGGTCLNTPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DPCLSSPCAHGARCSVGPDGRFLCSCPPGYQGRSCRSDVDECRVGEPCRHGGTCLNTPGS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 FRCQCPAGYTGPLCENPAVPCAPSPCRNGGTCRQSGDLTYDCACLPGFEGQNCEVNVDDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FRCQCPAGYTGPLCENPAVPCAPSPCRNGGTCRQSGDLTYDCACLPGFEGQNCEVNVDDC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 PGHRCLNGGTCVDGVNTYNCQCPPEWTGQFCTEDVDECQLQPNACHNGGTCFNTLGGHSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 PGHRCLNGGTCVDGVNTYNCQCPPEWTGQFCTEDVDECQLQPNACHNGGTCFNTLGGHSC
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310 320 330 340 350 360
pF1KB4 VCVNGWTGESCSQNIDDCATAVCFHGATCHDRVASFYCACPMGKTGLLCHLDDACVSNPC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VCVNGWTGESCSQNIDDCATAVCFHGATCHDRVASFYCACPMGKTGLLCHLDDACVSNPC
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 HEDAICDTNPVNGRAICTCPPGFTGGACDQDVDECSIGANPCEHLGRCVNTQGSFLCQCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 HEDAICDTNPVNGRAICTCPPGFTGGACDQDVDECSIGANPCEHLGRCVNTQGSFLCQCG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 RGYTGPRCETDVNECLSGPCRNQATCLDRIGQFTCICMAGFTGTYCEVDIDECQSSPCVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RGYTGPRCETDVNECLSGPCRNQATCLDRIGQFTCICMAGFTGTYCEVDIDECQSSPCVN
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pF1KB4 GGVCKDRVNGFSCTCPSGFSGSTCQLDVDECASTPCRNGAKCVDQPDGYECRCAEGFEGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GGVCKDRVNGFSCTCPSGFSGSTCQLDVDECASTPCRNGAKCVDQPDGYECRCAEGFEGT
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pF1KB4 LCDRNVDDCSPDPCHHGRCVDGIASFSCACAPGYTGTRCESQVDECRSQPCRHGGKCLDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LCDRNVDDCSPDPCHHGRCVDGIASFSCACAPGYTGTRCESQVDECRSQPCRHGGKCLDL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VDKYLCRCPSGTTGVNCEVNIDDCASNPCTFGVCRDGINRYDCVCQPGFTGPLCNVEINE
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pF1KB4 CASSPCGEGGSCVDGENGFRCLCPPGSLPPLCLPPSHPCAHEPCSHGICYDAPGGFRCVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 CASSPCGEGGSCVDGENGFRCLCPPGSLPPLCLPPSHPCAHEPCSHGICYDAPGGFRCVC
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pF1KB4 EPGWSGPRCSQSLARDACESQPCRAGGTCSSDGMGFHCTCPPGVQGRQCELLSPCTPNPC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 EPGWSGPRCSQSLARDACESQPCRAGGTCSSDGMGFHCTCPPGVQGRQCELLSPCTPNPC
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 EHGGRCESAPGQLPVCSCPQGWQGPRCQQDVDECAGPAPCGPHGICTNLAGSFSCTCHGG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YTGPSCDQDINDCDPNPCLNGGSCQDGVGSFSCSCLPGFAGPRCARDVDECLSNPCGPGT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 CTDHVASFTCTCPPGYGGFHCEQDLPDCSPSSCFNGGTCVDGVNSFSCLCRPGYTGAHCQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 HEADPCLSRPCLHGGVCSAAHPGFRCTCLESFTGPQCQTLVDWCSRQPCQNGGRCVQTGA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YCLCPPGWSGRLCDIRSLPCREAAAQIGVRLEQLCQAGGQCVDEDSSHYCVCPEGRTGSH
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 CEQEVDPCLAQPCQHGGTCRGYMGGYMCECLPGYNGDNCEDDVDECASQPCQHGGSCIDL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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NP_000 GALEPMPTEEDEADDTSASIISDLICQGAQLGARTDRTGETALHLAARYARADAAKRLLD
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:. ::: :.:::.:..: . .. ..: :::...: .::.::.:: :. : ::::::
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: : ::.:: : : .::: :: : :::.::::.:::::: .::.:..::::::: ::::
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: :.:::::. : :::.::::::::::.::::::::.::::::::::.::::.::::: :
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: ::..::::::::::.::.::::::.:.:::::::::::::::: :: :.:::::::.:
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::.::::.: . ::::::::.:::::: :.:: ::.:::::::.::::::: :.:.:: :
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pF1KB4 SFLCQCGRGYTGPRCETDVNECLSGPCRNQATCLDRIGQFTCICMAGFTGTYCEVDIDEC
:: ::: .:::::::: :::::.:.::.:.:::::.::.: :::: :. :..:::. :::
NP_060 SFECQCLQGYTGPRCEIDVNECVSNPCQNDATCLDQIGEFQCICMPGYEGVHCEVNTDEC
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::::...: : :..: :.: ::.::.: :: ::::::::::.:::::.: :. : : :
NP_060 ASSPCLHNGRCLDKINEFQCECPTGFTGHLCQYDVDECASTPCKNGAKCLDGPNTYTCVC
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.::. :: :. ..:.:.:::::.: : ::.:.:.: : ::::: .::....:: ::::::
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.: .:.:.: : .: :.. . : . :: : :. : : . ::
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]