Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4465
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4465, 2321 aa
1>>>pF1KB4465 2321 - 2321 aa - 2321 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5057+/-0.00138; mu= 6.7318+/- 0.084
mean_var=579.7663+/-114.272, 0's: 0 Z-trim(114.8): 249 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.053266
statistics sampled from 15126 (15376) to 15126 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.745), E-opt: 0.2 (0.472), width: 16
Scan time: 8.180
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12326.1 NOTCH3 gene_id:4854|Hs108|chr19 (2321) 17489 1361.5 0
CCDS43905.1 NOTCH1 gene_id:4851|Hs108|chr9 (2555) 5428 434.7 2.7e-120
CCDS908.1 NOTCH2 gene_id:4853|Hs108|chr1 (2471) 5232 419.6 9.1e-116
CCDS34420.1 NOTCH4 gene_id:4855|Hs108|chr6 (2003) 2443 205.1 2.7e-51
CCDS47445.1 EYS gene_id:346007|Hs108|chr6 (3144) 1610 141.4 6.4e-32
CCDS78156.1 EYS gene_id:346007|Hs108|chr6 (3165) 1610 141.4 6.4e-32
CCDS32232.1 FBN1 gene_id:2200|Hs108|chr15 (2871) 1497 132.7 2.5e-29
CCDS46562.1 SNED1 gene_id:25992|Hs108|chr2 (1413) 1300 117.1 6.1e-25
CCDS58052.1 CRB1 gene_id:23418|Hs108|chr1 ( 870) 1275 114.9 1.7e-24
CCDS34222.1 FBN2 gene_id:2201|Hs108|chr5 (2912) 1255 114.1 1e-23
CCDS9998.1 JAG2 gene_id:3714|Hs108|chr14 (1238) 1241 112.5 1.3e-23
CCDS13112.1 JAG1 gene_id:182|Hs108|chr20 (1218) 1198 109.2 1.3e-22
CCDS1390.1 CRB1 gene_id:23418|Hs108|chr1 (1406) 1190 108.6 2.1e-22
CCDS9999.1 JAG2 gene_id:3714|Hs108|chr14 (1200) 1156 105.9 1.2e-21
CCDS58053.1 CRB1 gene_id:23418|Hs108|chr1 (1382) 1101 101.8 2.4e-20
CCDS33390.1 DNER gene_id:92737|Hs108|chr2 ( 737) 1008 94.2 2.4e-18
CCDS6852.2 CRB2 gene_id:286204|Hs108|chr9 (1285) 962 91.1 3.8e-17
CCDS48004.1 SVEP1 gene_id:79987|Hs108|chr9 (3571) 959 91.5 7.9e-17
CCDS41237.1 MEGF6 gene_id:1953|Hs108|chr1 (1541) 888 85.5 2.2e-15
CCDS5313.1 DLL1 gene_id:28514|Hs108|chr6 ( 723) 858 82.7 7e-15
CCDS45232.1 DLL4 gene_id:54567|Hs108|chr15 ( 685) 839 81.2 1.9e-14
CCDS53454.1 CRB1 gene_id:23418|Hs108|chr1 (1294) 792 78.0 3.3e-13
CCDS7453.1 SLIT1 gene_id:6585|Hs108|chr10 (1534) 788 77.8 4.4e-13
CCDS64311.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1530) 776 76.9 8.4e-13
CCDS75111.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1521) 767 76.2 1.3e-12
CCDS75110.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1525) 767 76.2 1.3e-12
CCDS3426.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1529) 767 76.2 1.4e-12
CCDS4369.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1523) 764 75.9 1.6e-12
CCDS10213.2 MEGF11 gene_id:84465|Hs108|chr15 (1044) 707 71.3 2.7e-11
CCDS72880.1 NOTCH2NL gene_id:388677|Hs108|chr1 ( 236) 688 68.9 3.2e-11
CCDS12537.1 DLL3 gene_id:10683|Hs108|chr19 ( 587) 691 69.7 4.5e-11
CCDS12538.1 DLL3 gene_id:10683|Hs108|chr19 ( 618) 691 69.8 4.7e-11
CCDS74370.1 LTBP4 gene_id:8425|Hs108|chr19 (1557) 691 70.3 7.8e-11
CCDS74368.1 LTBP4 gene_id:8425|Hs108|chr19 (1587) 691 70.4 7.9e-11
CCDS74369.1 LTBP4 gene_id:8425|Hs108|chr19 (1624) 691 70.4 8e-11
>>CCDS12326.1 NOTCH3 gene_id:4854|Hs108|chr19 (2321 aa)
initn: 17489 init1: 17489 opt: 17489 Z-score: 7282.6 bits: 1361.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 17489; 100.0% identity (100.0% similar) in 2321 aa overlap (1-2321:1-2321)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MGPGARGRRRRRRPMSPPPPPPPVRALPLLLLLAGPGAAAPPCLDGSPCANGGRCTQLPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MGPGARGRRRRRRPMSPPPPPPPVRALPLLLLLAGPGAAAPPCLDGSPCANGGRCTQLPS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 REAACLCPPGWVGERCQLEDPCHSGPCAGRGVCQSSVVAGTARFSCRCPRGFRGPDCSLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 REAACLCPPGWVGERCQLEDPCHSGPCAGRGVCQSSVVAGTARFSCRCPRGFRGPDCSLP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 DPCLSSPCAHGARCSVGPDGRFLCSCPPGYQGRSCRSDVDECRVGEPCRHGGTCLNTPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 DPCLSSPCAHGARCSVGPDGRFLCSCPPGYQGRSCRSDVDECRVGEPCRHGGTCLNTPGS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 FRCQCPAGYTGPLCENPAVPCAPSPCRNGGTCRQSGDLTYDCACLPGFEGQNCEVNVDDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 FRCQCPAGYTGPLCENPAVPCAPSPCRNGGTCRQSGDLTYDCACLPGFEGQNCEVNVDDC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 PGHRCLNGGTCVDGVNTYNCQCPPEWTGQFCTEDVDECQLQPNACHNGGTCFNTLGGHSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PGHRCLNGGTCVDGVNTYNCQCPPEWTGQFCTEDVDECQLQPNACHNGGTCFNTLGGHSC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 VCVNGWTGESCSQNIDDCATAVCFHGATCHDRVASFYCACPMGKTGLLCHLDDACVSNPC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VCVNGWTGESCSQNIDDCATAVCFHGATCHDRVASFYCACPMGKTGLLCHLDDACVSNPC
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 HEDAICDTNPVNGRAICTCPPGFTGGACDQDVDECSIGANPCEHLGRCVNTQGSFLCQCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 HEDAICDTNPVNGRAICTCPPGFTGGACDQDVDECSIGANPCEHLGRCVNTQGSFLCQCG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 RGYTGPRCETDVNECLSGPCRNQATCLDRIGQFTCICMAGFTGTYCEVDIDECQSSPCVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 RGYTGPRCETDVNECLSGPCRNQATCLDRIGQFTCICMAGFTGTYCEVDIDECQSSPCVN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 GGVCKDRVNGFSCTCPSGFSGSTCQLDVDECASTPCRNGAKCVDQPDGYECRCAEGFEGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GGVCKDRVNGFSCTCPSGFSGSTCQLDVDECASTPCRNGAKCVDQPDGYECRCAEGFEGT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 LCDRNVDDCSPDPCHHGRCVDGIASFSCACAPGYTGTRCESQVDECRSQPCRHGGKCLDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LCDRNVDDCSPDPCHHGRCVDGIASFSCACAPGYTGTRCESQVDECRSQPCRHGGKCLDL
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610 620 630 640 650 660
pF1KB4 VDKYLCRCPSGTTGVNCEVNIDDCASNPCTFGVCRDGINRYDCVCQPGFTGPLCNVEINE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VDKYLCRCPSGTTGVNCEVNIDDCASNPCTFGVCRDGINRYDCVCQPGFTGPLCNVEINE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 CASSPCGEGGSCVDGENGFRCLCPPGSLPPLCLPPSHPCAHEPCSHGICYDAPGGFRCVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 CASSPCGEGGSCVDGENGFRCLCPPGSLPPLCLPPSHPCAHEPCSHGICYDAPGGFRCVC
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 EPGWSGPRCSQSLARDACESQPCRAGGTCSSDGMGFHCTCPPGVQGRQCELLSPCTPNPC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EPGWSGPRCSQSLARDACESQPCRAGGTCSSDGMGFHCTCPPGVQGRQCELLSPCTPNPC
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pF1KB4 EHGGRCESAPGQLPVCSCPQGWQGPRCQQDVDECAGPAPCGPHGICTNLAGSFSCTCHGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EHGGRCESAPGQLPVCSCPQGWQGPRCQQDVDECAGPAPCGPHGICTNLAGSFSCTCHGG
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 YTGPSCDQDINDCDPNPCLNGGSCQDGVGSFSCSCLPGFAGPRCARDVDECLSNPCGPGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 YTGPSCDQDINDCDPNPCLNGGSCQDGVGSFSCSCLPGFAGPRCARDVDECLSNPCGPGT
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pF1KB4 CTDHVASFTCTCPPGYGGFHCEQDLPDCSPSSCFNGGTCVDGVNSFSCLCRPGYTGAHCQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 CTDHVASFTCTCPPGYGGFHCEQDLPDCSPSSCFNGGTCVDGVNSFSCLCRPGYTGAHCQ
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pF1KB4 HEADPCLSRPCLHGGVCSAAHPGFRCTCLESFTGPQCQTLVDWCSRQPCQNGGRCVQTGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 HEADPCLSRPCLHGGVCSAAHPGFRCTCLESFTGPQCQTLVDWCSRQPCQNGGRCVQTGA
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pF1KB4 YCLCPPGWSGRLCDIRSLPCREAAAQIGVRLEQLCQAGGQCVDEDSSHYCVCPEGRTGSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 YCLCPPGWSGRLCDIRSLPCREAAAQIGVRLEQLCQAGGQCVDEDSSHYCVCPEGRTGSH
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pF1KB4 CEQEVDPCLAQPCQHGGTCRGYMGGYMCECLPGYNGDNCEDDVDECASQPCQHGGSCIDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 CEQEVDPCLAQPCQHGGTCRGYMGGYMCECLPGYNGDNCEDDVDECASQPCQHGGSCIDL
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pF1KB4 VARYLCSCPPGTLGVLCEINEDDCGPGPPLDSGPRCLHNGTCVDLVGGFRCTCPPGYTGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VARYLCSCPPGTLGVLCEINEDDCGPGPPLDSGPRCLHNGTCVDLVGGFRCTCPPGYTGL
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1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB4 RCEADINECRSGACHAAHTRDCLQDPGGGFRCLCHAGFSGPRCQTVLSPCESQPCQHGGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 RCEADINECRSGACHAAHTRDCLQDPGGGFRCLCHAGFSGPRCQTVLSPCESQPCQHGGQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VSEEPRCPRAACQAKRGDQRCDRECNSPGCGWDGGDCSLSVGDPWRQCEALQCWRLFNNS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB4 PSPGSEPRARRELAPEVIGSVVMLEIDNRLCLQSPENDHCFPDAQSAADYLGALSAVERL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PSPGSEPRARRELAPEVIGSVVMLEIDNRLCLQSPENDHCFPDAQSAADYLGALSAVERL
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pF1KB4 DFPYPLRDVRGEPLEPPEPSVPLLPLLVAGAVLLLVILVLGVMVARRKREHSTLWFPEGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 DFPYPLRDVRGEPLEPPEPSVPLLPLLVAGAVLLLVILVLGVMVARRKREHSTLWFPEGF
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pF1KB4 SLHKDVASGHKGRREPVGQDALGMKNMAKGESLMGEVATDWMDTECPEAKRLKVEEPGMG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SLHKDVASGHKGRREPVGQDALGMKNMAKGESLMGEVATDWMDTECPEAKRLKVEEPGMG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 AEEAVDCRQWTQHHLVAADIRVAPAMALTPPQGDADADGMDVNVRGPDGFTPLMLASFCG
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pF1KB4 GALEPMPTEEDEADDTSASIISDLICQGAQLGARTDRTGETALHLAARYARADAAKRLLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GALEPMPTEEDEADDTSASIISDLICQGAQLGARTDRTGETALHLAARYARADAAKRLLD
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pF1KB4 AGADTNAQDHSGRTPLHTAVTADAQGVFQILIRNRSTDLDARMADGSTALILAARLAVEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 AGADTNAQDHSGRTPLHTAVTADAQGVFQILIRNRSTDLDARMADGSTALILAARLAVEG
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1930 1940 1950 1960 1970 1980
pF1KB4 MVEELIASHADVNAVDELGKSALHWAAAVNNVEATLALLKNGANKDMQDSKEETPLFLAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MVEELIASHADVNAVDELGKSALHWAAAVNNVEATLALLKNGANKDMQDSKEETPLFLAA
1930 1940 1950 1960 1970 1980
1990 2000 2010 2020 2030 2040
pF1KB4 REGSYEAAKLLLDHFANREITDHLDRLPRDVAQERLHQDIVRLLDQPSGPRSPPGPHGLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 REGSYEAAKLLLDHFANREITDHLDRLPRDVAQERLHQDIVRLLDQPSGPRSPPGPHGLG
1990 2000 2010 2020 2030 2040
2050 2060 2070 2080 2090 2100
pF1KB4 PLLCPPGAFLPGLKAAQSGSKKSRRPPGKAGLGPQGPRGRGKKLTLACPGPLADSSVTLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PLLCPPGAFLPGLKAAQSGSKKSRRPPGKAGLGPQGPRGRGKKLTLACPGPLADSSVTLS
2050 2060 2070 2080 2090 2100
2110 2120 2130 2140 2150 2160
pF1KB4 PVDSLDSPRPFGGPPASPGGFPLEGPYAAATATAVSLAQLGGPGRAGLGRQPPGGCVLSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PVDSLDSPRPFGGPPASPGGFPLEGPYAAATATAVSLAQLGGPGRAGLGRQPPGGCVLSL
2110 2120 2130 2140 2150 2160
2170 2180 2190 2200 2210 2220
pF1KB4 GLLNPVAVPLDWARLPPPAPPGPSFLLPLAPGPQLLNPGTPVSPQERPPPYLAVPGHGEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GLLNPVAVPLDWARLPPPAPPGPSFLLPLAPGPQLLNPGTPVSPQERPPPYLAVPGHGEE
2170 2180 2190 2200 2210 2220
2230 2240 2250 2260 2270 2280
pF1KB4 YPAAGAHSSPPKARFLRVPSEHPYLTPSPESPEHWASPSPPSLSDWSESTPSPATATGAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 YPAAGAHSSPPKARFLRVPSEHPYLTPSPESPEHWASPSPPSLSDWSESTPSPATATGAM
2230 2240 2250 2260 2270 2280
2290 2300 2310 2320
pF1KB4 ATTTGALPAQPLPLSVPSSLAQAQTQLGPQPEVTPKRQVLA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ATTTGALPAQPLPLSVPSSLAQAQTQLGPQPEVTPKRQVLA
2290 2300 2310 2320
>>CCDS43905.1 NOTCH1 gene_id:4851|Hs108|chr9 (2555 aa)
initn: 5566 init1: 3565 opt: 5428 Z-score: 2273.1 bits: 434.7 E(32554): 2.7e-120
Smith-Waterman score: 8800; 51.2% identity (72.2% similar) in 2381 aa overlap (33-2293:52-2369)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 PGARGRRRRRRPMSPPPPPPPVRALPLLLLLAGPGAAAP-PCLDGSPCANGGRCTQLPSR
..:: : :::. .:: :.: : . :
CCDS43 PRCSQPGETCLNGGKCEAANGTEACVCGGAFVGPRCQDPNPCLS-TPCKNAGTCHVVDRR
30 40 50 60 70 80
70 80 90 100 110
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. :: : :. : : :.. : ..:: . :.:. . ....:::: :. : .
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CCDS32 TCHNLPGLFRCECEIGYELDRSGGNCT-DVNECLDPTTCISG-NCVNTPGSYICDCPPDF
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:: . : . : : .:.: . :.::: : :. . . : :.
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. : :. .. : . . ...: : :: . ::. . : :: : :: .: .. :..
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..:::..: . :.. . : :.:: : . .:. .::.: : : . .
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