FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4406, 2214 aa
1>>>pF1KB4406 2214 - 2214 aa - 2214 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7071+/-0.00152; mu= 13.0661+/- 0.092
mean_var=176.3043+/-33.212, 0's: 0 Z-trim(102.7): 185 B-trim: 10 in 1/50
Lambda= 0.096592
statistics sampled from 6884 (7074) to 6884 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.55), E-opt: 0.2 (0.217), width: 16
Scan time: 5.730
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8436.1 SORL1 gene_id:6653|Hs108|chr11 (2214) 15423 2164.4 0
CCDS2232.1 LRP2 gene_id:4036|Hs108|chr2 (4655) 1227 186.4 2.5e-45
CCDS8932.1 LRP1 gene_id:4035|Hs108|chr12 (4544) 1073 165.0 7.2e-39
CCDS8181.1 LRP5 gene_id:4041|Hs108|chr11 (1615) 821 129.5 1.2e-28
CCDS30720.1 LRP8 gene_id:7804|Hs108|chr1 ( 904) 814 128.3 1.6e-28
CCDS578.1 LRP8 gene_id:7804|Hs108|chr1 ( 963) 814 128.3 1.7e-28
CCDS8647.1 LRP6 gene_id:4040|Hs108|chr12 (1613) 762 121.2 3.7e-26
CCDS31478.1 LRP4 gene_id:4038|Hs108|chr11 (1905) 726 116.3 1.4e-24
CCDS47008.1 SORCS2 gene_id:57537|Hs108|chr4 (1159) 709 113.7 4.9e-24
CCDS55618.1 SORT1 gene_id:6272|Hs108|chr1 ( 694) 697 111.9 1.1e-23
CCDS798.1 SORT1 gene_id:6272|Hs108|chr1 ( 831) 697 111.9 1.2e-23
CCDS2182.1 LRP1B gene_id:53353|Hs108|chr2 (4599) 677 109.8 3e-22
CCDS7558.1 SORCS3 gene_id:22986|Hs108|chr10 (1222) 664 107.5 3.9e-22
CCDS7559.1 SORCS1 gene_id:114815|Hs108|chr10 (1168) 652 105.8 1.2e-21
CCDS54795.1 EGF gene_id:1950|Hs108|chr4 (1165) 556 92.4 1.3e-17
CCDS56085.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 ( 819) 546 90.9 2.6e-17
CCDS58651.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 ( 858) 540 90.1 4.8e-17
CCDS12254.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 ( 860) 540 90.1 4.8e-17
CCDS56083.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 ( 682) 535 89.3 6.5e-17
CCDS34979.1 VLDLR gene_id:7436|Hs108|chr9 ( 845) 534 89.2 8.4e-17
CCDS6446.1 VLDLR gene_id:7436|Hs108|chr9 ( 873) 534 89.2 8.6e-17
CCDS3689.1 EGF gene_id:1950|Hs108|chr4 (1207) 535 89.5 1e-16
CCDS579.1 LRP8 gene_id:7804|Hs108|chr1 ( 700) 526 88.0 1.6e-16
CCDS54794.1 EGF gene_id:1950|Hs108|chr4 (1166) 519 87.3 4.6e-16
CCDS33626.1 LRP5L gene_id:91355|Hs108|chr22 ( 252) 438 75.4 3.6e-13
CCDS580.1 LRP8 gene_id:7804|Hs108|chr1 ( 793) 440 76.1 7e-13
CCDS9706.1 NID2 gene_id:22795|Hs108|chr14 (1375) 441 76.4 9.6e-13
CCDS1608.1 NID1 gene_id:4811|Hs108|chr1 (1247) 426 74.3 3.8e-12
CCDS30625.1 HSPG2 gene_id:3339|Hs108|chr1 (4391) 404 71.7 8.2e-11
>>CCDS8436.1 SORL1 gene_id:6653|Hs108|chr11 (2214 aa)
initn: 15423 init1: 15423 opt: 15423 Z-score: 11622.8 bits: 2164.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 15423; 99.9% identity (100.0% similar) in 2214 aa overlap (1-2214:1-2214)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MATRSSRRESRLPFLFTLVALLPPGALCEVWTQRLHGGSAPLPQDRGFLVVQGDPRELRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 MATRSSRRESRLPFLFTLVALLPPGALCEVWTQRLHGGSAPLPQDRGFLVVQGDPRELRL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 WARGDARGASRADEKPLRRKRSAALQPEPIKVYGQVSLNDSHNQMVVHWAGEKSNVIVAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 WARGDARGASRADEKPLRRKRSAALQPEPIKVYGQVSLNDSHNQMVVHWAGEKSNVIVAL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 ARDSLALARPKSSDVYVSYDYGKSFKKISDKLNFGLGNRSEAVIAQFYHSPADNKRYIFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 ARDSLALARPKSSDVYVSYDYGKSFKKISDKLNFGLGNRSEAVIAQFYHSPADNKRYIFA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 DAYAQYLWITFDFCNTLQGFSIPFRAADLLLHSKASNLLLGFDRSHPNKQLWKSDDFGQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 DAYAQYLWITFDFCNTLQGFSIPFRAADLLLHSKASNLLLGFDRSHPNKQLWKSDDFGQT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 WIMIQEHVKSFSWGIDPYDKPNTIYIERHEPSGYSTVFRSTDFFQSRENQEVILEEVRDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 WIMIQEHVKSFSWGIDPYDKPNTIYIERHEPSGYSTVFRSTDFFQSRENQEVILEEVRDF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 QLRDKYMFATKVVHLLGSEQQSSVQLWVSFGRKPMRAAQFVTRHPINEYYIADASEDQVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 QLRDKYMFATKVVHLLGSEQQSSVQLWVSFGRKPMRAAQFVTRHPINEYYIADASEDQVF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 VCVSHSNNRTNLYISEAEGLKFSLSLENVLYYSPGGAGSDTLVRYFANEPFADFHRVEGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 VCVSHSNNRTNLYISEAEGLKFSLSLENVLYYSPGGAGSDTLVRYFANEPFADFHRVEGL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 QGVYIATLINGSMNEENMRSVITFDKGGTWEFLQAPAFTGYGEKINCELSQGCSLHLAQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 QGVYIATLINGSMNEENMRSVITFDKGGTWEFLQAPAFTGYGEKINCELSQGCSLHLAQR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 LSQLLNLQLRRMPILSKESAPGLIIATGSVGKNLASKTNVYISSSAGARWREALPGPHYY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 LSQLLNLQLRRMPILSKESAPGLIIATGSVGKNLASKTNVYISSSAGARWREALPGPHYY
490 500 510 520 530 540
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pF1KB4 TWGDHGGIITAIAQGMETNELKYSTNEGETWKTFIFSEKPVFVYGLLTEPGEKSTVFTIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 TWGDHGGIITAIAQGMETNELKYSTNEGETWKTFIFSEKPVFVYGLLTEPGEKSTVFTIF
550 560 570 580 590 600
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pF1KB4 GSNKENVHSWLILQVNATDALGVPCTENDYKLWSPSDERGNECLLGHKTVFKRRTPHATC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 GSNKENVHSWLILQVNATDALGVPCTENDYKLWSPSDERGNECLLGHKTVFKRRTPHATC
610 620 630 640 650 660
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pF1KB4 FNGEDFDRPVVVSNCSCTREDYECDFGFKMSEDLSLEVCVPDPEFSGKSYSPPVPCPVGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 FNGEDFDRPVVVSNCSCTREDYECDFGFKMSEDLSLEVCVPDPEFSGKSYSPPVPCPVGS
670 680 690 700 710 720
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pF1KB4 TYRRTRGYRKISGDTCSGGDVEARLEGELVPCPLAEENEFILYAVRKSIYRYDLASGATE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 TYRRTRGYRKISGDTCSGGDVEARLEGELVPCPLAEENEFILYAVRKSIYRYDLASGATE
730 740 750 760 770 780
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 QLPLTGLRAAVALDFDYEHNCLYWSDLALDVIQRLCLNGSTGQEVIINSGLETVEALAFE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 PLSQLLYWVDAGFKKIEVANPDGDFRLTIVNSSVLDRPRALVLVPQEGVMFWTDWGDLKP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 GIYRSNMDGSAAYHLVSEDVKWPNGISVDDQWIYWTDAYLECIERITFSGQQRSVILDNL
910 920 930 940 950 960
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 PHPYAIAVFKNEIYWDDWSQLSIFRASKYSGSQMEILANQLTGLMDMKIFYKGKNTGSNA
970 980 990 1000 1010 1020
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pF1KB4 CVPRPCSLLCLPKANNSRSCRCPEDVSSSVLPSGDLMCDCPQGYQLKNNTCVKEENTCLR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
CCDS84 CVPRPCSLLCLPKANNSRSCRCPEDVSSSVLPSGDLMCDCPQGYQLKNNTCVKQENTCLR
1030 1040 1050 1060 1070 1080
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pF1KB4 NQYRCSNGNCINSIWWCDFDNDCGDMSDERNCPTTICDLDTQFRCQESGTCIPLSYKCDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 NQYRCSNGNCINSIWWCDFDNDCGDMSDERNCPTTICDLDTQFRCQESGTCIPLSYKCDL
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB4 EDDCGDNSDESHCEMHQCRSDEYNCSSGMCIRSSWVCDGDNDCRDWSDEANCTAIYHTCE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 EDDCGDNSDESHCEMHQCRSDEYNCSSGMCIRSSWVCDGDNDCRDWSDEANCTAIYHTCE
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 ASNFQCRNGHCIPQRWACDGDTDCQDGSDEDPVNCEKKCNGFRCPNGTCIPSSKHCDGLR
1210 1220 1230 1240 1250 1260
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 DCSDGSDEQHCEPLCTHFMDFVCKNRQQCLFHSMVCDGIIQCRDGSDEDAAFAGCSQDPE
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pF1KB4 FHKVCDEFGFQCQNGVCISLIWKCDGMDDCGDYSDEANCENPTEAPNCSRYFQFRCENGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 FHKVCDEFGFQCQNGVCISLIWKCDGMDDCGDYSDEANCENPTEAPNCSRYFQFRCENGH
1330 1340 1350 1360 1370 1380
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pF1KB4 CIPNRWKCDRENDCGDWSDEKDCGDSHILPFSTPGPSTCLPNYYRCSSGTCVMDTWVCDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 CIPNRWKCDRENDCGDWSDEKDCGDSHILPFSTPGPSTCLPNYYRCSSGTCVMDTWVCDG
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pF1KB4 YRDCADGSDEEACPLLANVTAASTPTQLGRCDRFEFECHQPKTCIPNWKRCDGHQDCQDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 YRDCADGSDEEACPLLANVTAASTPTQLGRCDRFEFECHQPKTCIPNWKRCDGHQDCQDG
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pF1KB4 RDEANCPTHSTLTCMSREFQCEDGEACIVLSERCDGFLDCSDESDEKACSDELTVYKVQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 RDEANCPTHSTLTCMSREFQCEDGEACIVLSERCDGFLDCSDESDEKACSDELTVYKVQN
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pF1KB4 LQWTADFSGDVTLTWMRPKKMPSASCVYNVYYRVVGESIWKTLETHSNKTNTVLKVLKPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 LQWTADFSGDVTLTWMRPKKMPSASCVYNVYYRVVGESIWKTLETHSNKTNTVLKVLKPD
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pF1KB4 TTYQVKVQVQCLSKAHNTNDFVTLRTPEGLPDAPRNLQLSLPREAEGVIVGHWAPPIHTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 TTYQVKVQVQCLSKAHNTNDFVTLRTPEGLPDAPRNLQLSLPREAEGVIVGHWAPPIHTH
1630 1640 1650 1660 1670 1680
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pF1KB4 GLIREYIVEYSRSGSKMWASQRAASNFTEIKNLLVNTLYTVRVAAVTSRGIGNWSDSKSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 GLIREYIVEYSRSGSKMWASQRAASNFTEIKNLLVNTLYTVRVAAVTSRGIGNWSDSKSI
1690 1700 1710 1720 1730 1740
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pF1KB4 TTIKGKVIPPPDIHIDSYGENYLSFTLTMESDIKVNGYVVNLFWAFDTHKQERRTLNFRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 TTIKGKVIPPPDIHIDSYGENYLSFTLTMESDIKVNGYVVNLFWAFDTHKQERRTLNFRG
1750 1760 1770 1780 1790 1800
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pF1KB4 SILSHKVGNLTAHTSYEISAWAKTDLGDSPLAFEHVMTRGVRPPAPSLKAKAINQTAVEC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 SILSHKVGNLTAHTSYEISAWAKTDLGDSPLAFEHVMTRGVRPPAPSLKAKAINQTAVEC
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880 1890 1900 1910 1920
pF1KB4 TWTGPRNVVYGIFYATSFLDLYRNPKSLTTSLHNKTVIVSKDEQYLFLVRVVVPYQGPSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 TWTGPRNVVYGIFYATSFLDLYRNPKSLTTSLHNKTVIVSKDEQYLFLVRVVVPYQGPSS
1870 1880 1890 1900 1910 1920
1930 1940 1950 1960 1970 1980
pF1KB4 DYVVVKMIPDSRLPPRHLHVVHTGKTSVVIKWESPYDSPDQDLLYAIAVKDLIRKTDRSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS84 DYVVVKMIPDSRLPPRHLHVVHTGKTSVVIKWESPYDSPDQDLLYAVAVKDLIRKTDRSY
1930 1940 1950 1960 1970 1980
1990 2000 2010 2020 2030 2040
pF1KB4 KVKSRNSTVEYTLNKLEPGGKYHIIVQLGNMSKDSSIKITTVSLSAPDALKIITENDHVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 KVKSRNSTVEYTLNKLEPGGKYHIIVQLGNMSKDSSIKITTVSLSAPDALKIITENDHVL
1990 2000 2010 2020 2030 2040
2050 2060 2070 2080 2090 2100
pF1KB4 LFWKSLALKEKHFNESRGYEIHMFDSAMNITAYLGNTTDNFFKISNLKMGHNYTFTVQAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 LFWKSLALKEKHFNESRGYEIHMFDSAMNITAYLGNTTDNFFKISNLKMGHNYTFTVQAR
2050 2060 2070 2080 2090 2100
2110 2120 2130 2140 2150 2160
pF1KB4 CLFGNQICGEPAILLYDELGSGADASATQAARSTDVAAVVVPILFLILLSLGVGFAILYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 CLFGNQICGEPAILLYDELGSGADASATQAARSTDVAAVVVPILFLILLSLGVGFAILYT
2110 2120 2130 2140 2150 2160
2170 2180 2190 2200 2210
pF1KB4 KHRRLQSSFTAFANSHYSSRLGSAIFSSGDDLGEDDEDAPMITGFSDDVPMVIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 KHRRLQSSFTAFANSHYSSRLGSAIFSSGDDLGEDDEDAPMITGFSDDVPMVIA
2170 2180 2190 2200 2210
>>CCDS2232.1 LRP2 gene_id:4036|Hs108|chr2 (4655 aa)
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Smith-Waterman score: 1874; 35.7% identity (57.5% similar) in 962 aa overlap (625-1550:3094-3963)
600 610 620 630 640 650
pF1KB4 TVFTIFGSNKENVHSWLILQVNATDALGVPCTENDYKLWSPSDERG---NECLLGHKTVF
:.. : : . :::.: :::
CCDS22 LMHLCHTPEPTCPPHEFKCDNGRCIEMMKLCNHLDDCL-DNSDEKGCGINEC--------
3070 3080 3090 3100 3110
660 670 680 690 700 710
pF1KB4 KRRTPHATCFNGEDFDRPVVVSNCSCTREDYECDFGFKMSEDLSLEVCVPDPEFSGKSYS
: ..: : . .... :. : :.:. : ..:: : . .
CCDS22 -----HDPSISGCDHNCTDTLTSFYCS-----CRPGYKLMSDK--RTCVDIDECTEMPFV
3120 3130 3140 3150 3160
720 730 740 750 760
pF1KB4 PPVPCP--VGSTYRRTR-GY-RKISGDTCSGGDVEARLEGELVPCPLAEENEFILYAVRK
: .:: . :: :. .: :: : .... : : :.. : .
CCDS22 CSQKCENVIGSYICKCAPGYLREPDGKTC-------RQNSNIEPY-LIFSNRYYLRNLTI
3170 3180 3190 3200 3210
770 780 790 800 810 820
pF1KB4 SIYRYDLASGATEQLPLTGLRAAVALDFDYEHNCLYWSDLALDVIQRLCLNGSTGQEVII
. : :.: : :: .:::::: .. ::: : .::.:. :: .:..:.::
CCDS22 DGYFYSLI--------LEGLDNVVALDFDRVEKRLYWIDTQRQVIERMFLN-KTNKETII
3220 3230 3240 3250 3260
830 840 850 860 870 880
pF1KB4 NSGLETVEALAFEPLSQLLYWVDAGFKKIEVANPDGDFRLTIV-------NSSVLDRPRA
: : ..:.:: . .:. :::.:: . . :.. .: : .. :. .: ::.
CCDS22 NHRLPAAESLAVDWVSRKLYWLDARLDGLFVSDLNGGHRRMLAQHCVDANNTFCFDNPRG
3270 3280 3290 3300 3310 3320
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CCDS22 PS-GRCIYQNWVCDGEDDCKDNGDED----GCESGPHDVHK-CSPREWSCPESGRCISIY
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CCDS57 DEDDCPK--KTCADSDFTCDNGHCIHERWKCDGEEECPDGSDESEATCTKQVCPAEKLSC
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CCDS57 GPTSHKCVPASWRCDGEKDCEGGADEAGCATLCAPH-EFQCGNRS-CLAAVFVCDGDDDC
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CCDS57 HPFGIAVFEDKVFWTDLENEAIFSANRLNGLEISILAENLNNPHDIVIFHELKQPRAPDA
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pF1KB4 C--VPRP---CSLLCLPKANNSR-----SCRCPEDVSSSVLPSGDLMCDCPQGYQLKNNT
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CCDS57 CELSVQPNGGCEYLCLPAPQISSHSPKYTCACPDTMWLGPDMKRCYRAPQSTSTTTLAST
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pF1KB4 CVKEENTCLRNQYRCSNGNCINSIWWCDFDNDCGDMSDERNCPTTICDLDTQFRCQESGT
CCDS57 MTRTVPATTRAPGTTVHRSTYQNHSTETPSLTAAVPSSVSVPRAPSISPSTLSPATSNHS
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CCDS86 LMGLKATNVHRVIGSNPCAEENGGCSHLCLYRP-QGLRCAC-PIGFELISDMKTCIVPE-
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CCDS86 -AFLLFSRRADIRRISLETNNNNVAIPLTGVKEASALDFDVTDNRIYWTDISLKTISRAF
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CCDS86 MNGSA-LEHVVEFGLDYPEGMAVDWLGKNLYWADTGTNRIEVSKLDGQHRQVLVWKD-LD
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CCDS86 SPRALALDPAEGFMYWTEWGG-KPKIDRAAMDGSERTTLVP-NVGRANGLTIDYAKRRLY
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]