Result of FASTA (omim) for
pF1KB4370
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4370, 1785 aa
1>>>pF1KB4370 1785 - 1785 aa - 1785 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0495+/-0.00053; mu= 20.6194+/- 0.033
mean_var=88.4605+/-17.981, 0's: 0 Z-trim(107.5): 129 B-trim: 22 in 1/53
Lambda= 0.136364
statistics sampled from 15428 (15559) to 15428 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.51), E-opt: 0.2 (0.182), width: 16
Scan time: 16.070
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_006411 (OMIM: 605371,608097) brefeldin A-inhibi (1785) 11776 2328.6 0
XP_005260309 (OMIM: 605371,608097) PREDICTED: bref (1784) 11758 2325.1 0
XP_005251192 (OMIM: 604141) PREDICTED: brefeldin A (1843) 6552 1300.9 0
XP_011515744 (OMIM: 604141) PREDICTED: brefeldin A (1649) 6550 1300.5 0
XP_005251193 (OMIM: 604141) PREDICTED: brefeldin A (1800) 6550 1300.5 0
NP_006412 (OMIM: 604141) brefeldin A-inhibited gua (1849) 6550 1300.5 0
XP_005251191 (OMIM: 604141) PREDICTED: brefeldin A (1849) 6550 1300.5 0
XP_011523777 (OMIM: 182115) PREDICTED: cytohesin-1 ( 322) 639 137.2 2.4e-31
XP_011523778 (OMIM: 182115) PREDICTED: cytohesin-1 ( 322) 639 137.2 2.4e-31
XP_016880827 (OMIM: 182115) PREDICTED: cytohesin-1 ( 338) 639 137.2 2.5e-31
NP_001278947 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform 3 ( 339) 639 137.2 2.6e-31
XP_011523779 (OMIM: 182115) PREDICTED: cytohesin-1 ( 339) 639 137.2 2.6e-31
NP_001278948 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform 3 ( 339) 639 137.2 2.6e-31
XP_016880826 (OMIM: 182115) PREDICTED: cytohesin-1 ( 380) 639 137.2 2.8e-31
NP_059430 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform 2 [Ho ( 397) 639 137.3 2.9e-31
NP_004753 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform 1 [Ho ( 398) 639 137.3 2.9e-31
XP_016880825 (OMIM: 182115) PREDICTED: cytohesin-1 ( 399) 639 137.3 2.9e-31
NP_004218 (OMIM: 605081) cytohesin-3 [Homo sapiens ( 399) 613 132.1 1e-29
XP_006723536 (OMIM: 602488) PREDICTED: cytohesin-2 ( 394) 588 127.2 3e-28
NP_004219 (OMIM: 602488) cytohesin-2 isoform 2 [Ho ( 399) 588 127.2 3.1e-28
NP_059431 (OMIM: 602488) cytohesin-2 isoform 1 [Ho ( 400) 588 127.2 3.1e-28
XP_006723535 (OMIM: 602488) PREDICTED: cytohesin-2 ( 421) 588 127.2 3.2e-28
NP_037517 (OMIM: 606514) cytohesin-4 isoform 1 [Ho ( 394) 569 123.5 4e-27
NP_001304953 (OMIM: 606514) cytohesin-4 isoform 2 ( 337) 564 122.5 7e-27
XP_011528449 (OMIM: 606514) PREDICTED: cytohesin-4 ( 337) 564 122.5 7e-27
XP_016863070 (OMIM: 610166) PREDICTED: IQ motif an (1212) 518 113.7 1.1e-23
XP_011532617 (OMIM: 610166) PREDICTED: IQ motif an ( 814) 515 113.0 1.2e-23
NP_001317548 (OMIM: 610166) IQ motif and SEC7 doma ( 814) 515 113.0 1.2e-23
NP_055684 (OMIM: 610166) IQ motif and SEC7 domain- ( 963) 515 113.1 1.3e-23
XP_011532614 (OMIM: 610166) PREDICTED: IQ motif an (1006) 515 113.1 1.4e-23
XP_011532615 (OMIM: 610166) PREDICTED: IQ motif an (1006) 515 113.1 1.4e-23
XP_011532613 (OMIM: 610166) PREDICTED: IQ motif an (1006) 515 113.1 1.4e-23
XP_011532616 (OMIM: 610166) PREDICTED: IQ motif an (1006) 515 113.1 1.4e-23
XP_011532612 (OMIM: 610166) PREDICTED: IQ motif an (1030) 515 113.1 1.4e-23
NP_001127854 (OMIM: 610166) IQ motif and SEC7 doma (1114) 515 113.1 1.5e-23
XP_011532610 (OMIM: 610166) PREDICTED: IQ motif an (1128) 515 113.1 1.5e-23
XP_011532608 (OMIM: 610166) PREDICTED: IQ motif an (1129) 515 113.1 1.5e-23
XP_011532609 (OMIM: 610166) PREDICTED: IQ motif an (1129) 515 113.1 1.5e-23
XP_011532607 (OMIM: 610166) PREDICTED: IQ motif an (1132) 515 113.1 1.5e-23
XP_016863071 (OMIM: 610166) PREDICTED: IQ motif an (1207) 515 113.1 1.6e-23
XP_011532606 (OMIM: 610166) PREDICTED: IQ motif an (1222) 515 113.1 1.6e-23
NP_056047 (OMIM: 612118) IQ motif and SEC7 domain- ( 759) 509 111.8 2.5e-23
XP_011519263 (OMIM: 612118) PREDICTED: IQ motif an ( 879) 509 111.9 2.8e-23
XP_016874799 (OMIM: 612118) PREDICTED: IQ motif an (1041) 509 111.9 3.2e-23
XP_016874800 (OMIM: 612118) PREDICTED: IQ motif an (1041) 509 111.9 3.2e-23
XP_011519261 (OMIM: 612118) PREDICTED: IQ motif an (1062) 509 111.9 3.3e-23
XP_011519262 (OMIM: 612118) PREDICTED: IQ motif an (1062) 509 111.9 3.3e-23
XP_011519260 (OMIM: 612118) PREDICTED: IQ motif an (1063) 509 111.9 3.3e-23
NP_001164209 (OMIM: 612118) IQ motif and SEC7 doma (1182) 509 112.0 3.6e-23
XP_011538614 (OMIM: 603698) PREDICTED: Golgi-speci (1846) 509 112.1 5.2e-23
>>NP_006411 (OMIM: 605371,608097) brefeldin A-inhibited (1785 aa)
initn: 11776 init1: 11776 opt: 11776 Z-score: 12513.7 bits: 2328.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 11776; 100.0% identity (100.0% similar) in 1785 aa overlap (1-1785:1-1785)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MQESQTKSMFVSRALEKILADKEVKRPQHSQLRRACQVALDEIKAEIEKQRLGTAAPPKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 MQESQTKSMFVSRALEKILADKEVKRPQHSQLRRACQVALDEIKAEIEKQRLGTAAPPKA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 NFIEADKYFLPFELACQSKSPRVVSTSLDCLQKLIAYGHITGNAPDSGAPGKRLIDRIVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 NFIEADKYFLPFELACQSKSPRVVSTSLDCLQKLIAYGHITGNAPDSGAPGKRLIDRIVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 TICSCFQGPQTDEGVQLQIIKALLTAVTSPHIEIHEGTILQTVRTCYNIYLASKNLINQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 TICSCFQGPQTDEGVQLQIIKALLTAVTSPHIEIHEGTILQTVRTCYNIYLASKNLINQT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 TAKATLTQMLNVIFTRMENQVLQEARELEKPIQSKPQSPVIQAAAVSPKFVRLKHSQAQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 TAKATLTQMLNVIFTRMENQVLQEARELEKPIQSKPQSPVIQAAAVSPKFVRLKHSQAQS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 KPTTPEKTDLTNGEHARSDSGKVSTENGDAPRERGSSLSGTDDGAQEVVKDILEDVVTSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 KPTTPEKTDLTNGEHARSDSGKVSTENGDAPRERGSSLSGTDDGAQEVVKDILEDVVTSA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 IKEAAEKHGLTEPERVLGELECQECAIPPGVDENSQTNGIADDRQSLSSADNLESDAQGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 IKEAAEKHGLTEPERVLGELECQECAIPPGVDENSQTNGIADDRQSLSSADNLESDAQGH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 QVAARFSHVLQKDAFLVFRSLCKLSMKPLGEGPPDPKSHELRSKVVSLQLLLSVLQNAGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 QVAARFSHVLQKDAFLVFRSLCKLSMKPLGEGPPDPKSHELRSKVVSLQLLLSVLQNAGP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 VFRTHEMFINAIKQYLCVALSKNGVSSVPDVFELSLAIFLTLLSNFKMHLKMQIEVFFKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 VFRTHEMFINAIKQYLCVALSKNGVSSVPDVFELSLAIFLTLLSNFKMHLKMQIEVFFKE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 IFLNILETSTSSFEHRWMVIQTLTRICADAQCVVDIYVNYDCDLNAANIFERLVNDLSKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 IFLNILETSTSSFEHRWMVIQTLTRICADAQCVVDIYVNYDCDLNAANIFERLVNDLSKI
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 AQGRSGHELGMTPLQELSLRKKGLECLVSILKCMVEWSKDLYVNPNHQTSLGQERLTDQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 AQGRSGHELGMTPLQELSLRKKGLECLVSILKCMVEWSKDLYVNPNHQTSLGQERLTDQE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 IGDGKGLDMARRCSVTSMESTVSSGTQTTVQDDPEQFEVIKQQKEIIEHGIELFNKKPKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 IGDGKGLDMARRCSVTSMESTVSSGTQTTVQDDPEQFEVIKQQKEIIEHGIELFNKKPKR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 GIQFLQEQGMLGTSVEDIAQFLHQEERLDSTQVGDFLGDSARFNKEVMYAYVDQLDFCEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 GIQFLQEQGMLGTSVEDIAQFLHQEERLDSTQVGDFLGDSARFNKEVMYAYVDQLDFCEK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 EFVSALRTFLEGFRLPGEAQKIDRLMEKFAARYIECNQGQTLFASADTAYVLAYSIIMLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 EFVSALRTFLEGFRLPGEAQKIDRLMEKFAARYIECNQGQTLFASADTAYVLAYSIIMLT
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 TDLHSPQVKNKMTKEQYIKMNRGINDSKDLPEEYLSSIYEEIEGKKIAMKETKELTIATK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 TDLHSPQVKNKMTKEQYIKMNRGINDSKDLPEEYLSSIYEEIEGKKIAMKETKELTIATK
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 STKQNVASEKQRRLLYNLEMEQMAKTAKALMEAVSHAKAPFTSATHLDHVRPMFKLVWTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 STKQNVASEKQRRLLYNLEMEQMAKTAKALMEAVSHAKAPFTSATHLDHVRPMFKLVWTP
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910 920 930 940 950 960
pF1KB4 LLAAYSIGLQNCDDTEVASLCLEGIRCAIRIACIFGMQLERDAYVQALARFSLLTASSSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 LLAAYSIGLQNCDDTEVASLCLEGIRCAIRIACIFGMQLERDAYVQALARFSLLTASSSI
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB4 TEMKQKNIDTIKTLITVAHTDGNYLGNSWHEILKCISQLELAQLIGTGVKTRYLSGSGRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 TEMKQKNIDTIKTLITVAHTDGNYLGNSWHEILKCISQLELAQLIGTGVKTRYLSGSGRE
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB4 REGSLKGHTLAGEEFMGLGLGNLVSGGVDKRQMASFQESVGETSSQSVVVAVDRIFTGST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 REGSLKGHTLAGEEFMGLGLGNLVSGGVDKRQMASFQESVGETSSQSVVVAVDRIFTGST
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pF1KB4 RLDGNAIVDFVRWLCAVSMDELASPHHPRMFSLQKIVEISYYNMNRIRLQWSRIWHVIGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 RLDGNAIVDFVRWLCAVSMDELASPHHPRMFSLQKIVEISYYNMNRIRLQWSRIWHVIGD
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB4 HFNKVGCNPNEDVAIFAVDSLRQLSMKFLEKGELANFRFQKDFLRPFEHIMKKNRSPTIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 HFNKVGCNPNEDVAIFAVDSLRQLSMKFLEKGELANFRFQKDFLRPFEHIMKKNRSPTIR
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB4 DMAIRCIAQMVNSQAANIRSGWKNIFAVFHQAASDHDGNIVELAFQTTCHIVTTIFQHHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 DMAIRCIAQMVNSQAANIRSGWKNIFAVFHQAASDHDGNIVELAFQTTCHIVTTIFQHHF
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KB4 PAAIDSFQDAVKCLSEFACNAAFPDTSMEAIRLIRFCGKYVSERPRVLQEYTSDDMNVAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 PAAIDSFQDAVKCLSEFACNAAFPDTSMEAIRLIRFCGKYVSERPRVLQEYTSDDMNVAP
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pF1KB4 GDRVWVRGWFPILFELSCIINRCKLDVRTRGLTVMFEIMKSYGHTFEKHWWQDLFRIVFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 GDRVWVRGWFPILFELSCIINRCKLDVRTRGLTVMFEIMKSYGHTFEKHWWQDLFRIVFR
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pF1KB4 IFDNMKLPEQLSEKSEWMTTTCNHALYAICDVFTQFYEALNEVLLSDVFAQLQWCVKQDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 IFDNMKLPEQLSEKSEWMTTTCNHALYAICDVFTQFYEALNEVLLSDVFAQLQWCVKQDN
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pF1KB4 EQLARSGTNCLENLVISNGEKFSPEVWDETCNCMLDIFKTTIPHVLLTWRPVGMEEDSSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 EQLARSGTNCLENLVISNGEKFSPEVWDETCNCMLDIFKTTIPHVLLTWRPVGMEEDSSE
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pF1KB4 KHLDVDLDRQSLSSIDKNPSERGQSQLSNPTDDSWKGRPYANQKLFASLLIKCVVQLELI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 KHLDVDLDRQSLSSIDKNPSERGQSQLSNPTDDSWKGRPYANQKLFASLLIKCVVQLELI
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KB4 QTIDNIVFYPATSKKEDAEHMVAAQQDTLDADIHIETEDQGMYKYMSSQHLFKLLDCLQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 QTIDNIVFYPATSKKEDAEHMVAAQQDTLDADIHIETEDQGMYKYMSSQHLFKLLDCLQE
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KB4 SHSFSKAFNSNYEQRTVLWRAGFKGKSKPNLLKQETSSLACCLRILFRMYVDENRRDSWE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 SHSFSKAFNSNYEQRTVLWRAGFKGKSKPNLLKQETSSLACCLRILFRMYVDENRRDSWE
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KB4 EIQQRLLTVCSEALAYFITVNSESHREAWTSLLLLLLTKTLKINDEKFKAHASMYYPYLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 EIQQRLLTVCSEALAYFITVNSESHREAWTSLLLLLLTKTLKINDEKFKAHASMYYPYLC
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1750 1760 1770 1780
pF1KB4 EIMQFDLIPELRAVLRKFFLRIGVVYKIWIPEEPSQVPAALSPVW
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 EIMQFDLIPELRAVLRKFFLRIGVVYKIWIPEEPSQVPAALSPVW
1750 1760 1770 1780
>>XP_005260309 (OMIM: 605371,608097) PREDICTED: brefeldi (1784 aa)
initn: 9843 init1: 9843 opt: 11758 Z-score: 12494.6 bits: 2325.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 11758; 99.9% identity (99.9% similar) in 1785 aa overlap (1-1785:1-1784)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MQESQTKSMFVSRALEKILADKEVKRPQHSQLRRACQVALDEIKAEIEKQRLGTAAPPKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MQESQTKSMFVSRALEKILADKEVKRPQHSQLRRACQVALDEIKAEIEKQRLGTAAPPKA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 NFIEADKYFLPFELACQSKSPRVVSTSLDCLQKLIAYGHITGNAPDSGAPGKRLIDRIVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NFIEADKYFLPFELACQSKSPRVVSTSLDCLQKLIAYGHITGNAPDSGAPGKRLIDRIVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 TICSCFQGPQTDEGVQLQIIKALLTAVTSPHIEIHEGTILQTVRTCYNIYLASKNLINQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TICSCFQGPQTDEGVQLQIIKALLTAVTSPHIEIHEGTILQTVRTCYNIYLASKNLINQT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 TAKATLTQMLNVIFTRMENQVLQEARELEKPIQSKPQSPVIQAAAVSPKFVRLKHSQAQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]