Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4173
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4173, 952 aa
1>>>pF1KB4173 952 - 952 aa - 952 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2311+/-0.000836; mu= 18.0841+/- 0.051
mean_var=96.5609+/-19.337, 0's: 0 Z-trim(110.0): 19 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.130519
statistics sampled from 11239 (11255) to 11239 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.691), E-opt: 0.2 (0.346), width: 16
Scan time: 4.390
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32760.1 GAA gene_id:2548|Hs108|chr17 ( 952) 6548 1243.7 0
CCDS78281.1 MGAM2 gene_id:93432|Hs108|chr7 (2515) 949 189.7 6.3e-47
CCDS47727.1 MGAM gene_id:8972|Hs108|chr7 (1857) 941 188.1 1.4e-46
CCDS3196.1 SI gene_id:6476|Hs108|chr3 (1827) 892 178.8 8.3e-44
CCDS60817.1 GANAB gene_id:23193|Hs108|chr11 ( 847) 653 133.6 1.6e-30
CCDS60818.1 GANAB gene_id:23193|Hs108|chr11 ( 852) 653 133.6 1.6e-30
CCDS8026.1 GANAB gene_id:23193|Hs108|chr11 ( 944) 653 133.7 1.7e-30
CCDS41656.1 GANAB gene_id:23193|Hs108|chr11 ( 966) 653 133.7 1.7e-30
CCDS10084.1 GANC gene_id:2595|Hs108|chr15 ( 914) 605 124.6 8.7e-28
>>CCDS32760.1 GAA gene_id:2548|Hs108|chr17 (952 aa)
initn: 6548 init1: 6548 opt: 6548 Z-score: 6660.0 bits: 1243.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6548; 99.7% identity (100.0% similar) in 952 aa overlap (1-952:1-952)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MGVRHPPCSHRLLAVCALVSLATAALLGHILLHDFLLVPRELSGSSPVLEETHPAHQQGA
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CCDS32 MGVRHPPCSHRLLAVCALVSLATAALLGHILLHDFLLVPRELSGSSPVLEETHPAHQQGA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SRPGPRDAQAHPGRPRAVPTQCDVPPNSRFDCAPDKAITQEQCEARGCCYIPAKQGLQGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SRPGPRDAQAHPGRPRAVPTQCDVPPNSRFDCAPDKAITQEQCEARGCCYIPAKQGLQGA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 QMGQPWCFFPPSYPSYKLENLSSSEMGYTATLTRTTPTFFPKDILTLRLDVMMETENRLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QMGQPWCFFPPSYPSYKLENLSSSEMGYTATLTRTTPTFFPKDILTLRLDVMMETENRLH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 FTIKDPANRRYEVPLETPRVHSRAPSPLYSVEFSEEPFGVIVHRQLDGRVLLNTTVAPLF
::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
CCDS32 FTIKDPANRRYEVPLETPHVHSRAPSPLYSVEFSEEPFGVIVRRQLDGRVLLNTTVAPLF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 FADQFLQLSTSLPSQYITGLAEHLSPLMLSTSWTRITLWNRDLAPTPGANLYGSHPFYLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 FADQFLQLSTSLPSQYITGLAEHLSPLMLSTSWTRITLWNRDLAPTPGANLYGSHPFYLA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 LEDGGSAHGVFLLNSNAMDVVLQPSPALSWRSTGGILDVYIFLGPEPKSVVQQYLDVVGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LEDGGSAHGVFLLNSNAMDVVLQPSPALSWRSTGGILDVYIFLGPEPKSVVQQYLDVVGY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 PFMPPYWGLGFHLCRWGYSSTAITRQVVENMTRAHFPLDVQWNDLDYMDSRRDFTFNKDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PFMPPYWGLGFHLCRWGYSSTAITRQVVENMTRAHFPLDVQWNDLDYMDSRRDFTFNKDG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 FRDFPAMVQELHQGGRRYMMIVDPAISSSGPAGSYRPYDEGLRRGVFITNETGQPLIGKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 FRDFPAMVQELHQGGRRYMMIVDPAISSSGPAGSYRPYDEGLRRGVFITNETGQPLIGKV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 WPGSTAFPDFTNPTALAWWEDMVAEFHDQVPFDGMWIDMNEPSNFIRGSEDGCPNNELEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 WPGSTAFPDFTNPTALAWWEDMVAEFHDQVPFDGMWIDMNEPSNFIRGSEDGCPNNELEN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 PPYVPGVVGGTLQAATICASSHQFLSTHYNLHNLYGLTEAIASHRALVKARGTRPFVISR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PPYVPGVVGGTLQAATICASSHQFLSTHYNLHNLYGLTEAIASHRALVKARGTRPFVISR
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 STFAGHGRYAGHWTGDVWSSWEQLASSVPEILQFNLLGVPLVGADVCGFLGNTSEELCVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 STFAGHGRYAGHWTGDVWSSWEQLASSVPEILQFNLLGVPLVGADVCGFLGNTSEELCVR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 WTQLGAFYPFMRNHNSLLSLPQEPYSFSEPAQQAMRKALTLRYALLPHLYTLFHQAHVAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 WTQLGAFYPFMRNHNSLLSLPQEPYSFSEPAQQAMRKALTLRYALLPHLYTLFHQAHVAG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 ETVARPLFLEFPKDSSTWTVDHQLLWGEALLITPVLQAGKAEVTGYFPLGTWYDLQTVPI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS32 ETVARPLFLEFPKDSSTWTVDHQLLWGEALLITPVLQAGKAEVTGYFPLGTWYDLQTVPV
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 EALGSLPPPPAAPREPAIHSEGQWVTLPAPLDTINVHLRAGYIIPLQGPGLTTTESRQQP
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CCDS32 EALGSLPPPPAAPREPAIHSEGQWVTLPAPLDTINVHLRAGYIIPLQGPGLTTTESRQQP
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 MALAVALTKGGEARGELFWDDGESLEVLERGAYTQVIFLARNNTIVNELVRVTSEGAGLQ
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CCDS32 MALAVALTKGGEARGELFWDDGESLEVLERGAYTQVIFLARNNTIVNELVRVTSEGAGLQ
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950
pF1KB4 LQKVTVLGVATAPQQVLSNGVPVSNFTYSPDTKVLDICVSLLMGEQFLVSWC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LQKVTVLGVATAPQQVLSNGVPVSNFTYSPDTKVLDICVSLLMGEQFLVSWC
910 920 930 940 950
>>CCDS78281.1 MGAM2 gene_id:93432|Hs108|chr7 (2515 aa)
initn: 1845 init1: 750 opt: 949 Z-score: 956.0 bits: 189.7 E(32554): 6.3e-47
Smith-Waterman score: 2349; 41.6% identity (69.9% similar) in 890 aa overlap (81-951:42-904)
60 70 80 90 100
pF1KB4 ETHPAHQQGASRPGPRDAQAHPGRPRAVPTQC-DVPPNSRFDCAPDKAITQEQCEAR-GC
.: ..: . :.::.::. .:.. :. . :
CCDS78 LIIFCLIVVTIDILLLLLVLEETSDTSFTPECPEIPQSERIDCTPDQEVTEDICRWQYKC
20 30 40 50 60 70
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 CYIPAKQGLQGAQMGQPWCFFPPSYPSYKLENLSSSEMGYTATLTRT-TPTFFPKDILTL
:. :. :. . : :::: .. .. ... :.:: : : .:..: .:. :
CCDS78 CWSPV------ADANVPRCFFPWNWGYEASNGHTNTSTGFTAQLKRLPSPSLFGNDVATT
80 90 100 110 120
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 RLDVMMETENRLHFTIKDPANRRYEVPLETPRVH---SRAPSPLYSVEFSEEPFGVIVHR
. . ..: ::.:: : : : :::: :. . . : . : :: ...::.. . :
CCDS78 LFTAEYQTSNRFHFKITDFNNIRYEVSHENINLVDGIADASNLSYYVEVTDKPFSIKIMR
130 140 150 160 170 180
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 QLDGRVLLNTTVAPLFFADQFLQLSTSLPSQYITGLAEHLSPLML-STSWTRITLWNRDL
. ::::.:...:: ::.:.:::: ::: . ::.::. . . .: ...::
CCDS78 TSNRRVLLDTSIGPLQFAQQYLQLSFRLPSANVYGLGEHVHQQYRHNMTWKTWPIFTRDA
190 200 210 220 230 240
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 APTPGA-NLYGSHPFYLALEDG-GSAHGVFLLNSNAMDVVLQPSPALSWRSTGGILDVYI
.:: : ::::.: :.: :::. ::. ::::.:::::.:.:::.::...:. ::::: :.
CCDS78 TPTEGMINLYGAHTFFLCLEDARGSSFGVFLMNSNAMEVTLQPAPAITYRTIGGILDFYV
250 260 270 280 290 300
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 FLGPEPKSVVQQYLDVVGYPFMPPYWGLGFHLCRWGYSSTAITRQVVENMTRAHFPLDVQ
::: :..:::.::..:: ::.::::.:::.: : :.. ..:: :..: :::
CCDS78 FLGNTPEQVVQEYLELVGRPFFPPYWSLGFQLSRRDYGGINKLKEVVSRNRLAEIPYDVQ
310 320 330 340 350 360
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 WNDLDYMDSRRDFTFNKDGFRDFPAMVQELHQGGRRYMMIVDPAISSSGPAGSYRPYDEG
..:.::::...::: .. .. .: .:.:::..:..:..:..:.::... .:.::..:
CCDS78 YSDIDYMDGKKDFTVDEVAYSGLPDFVKELHDNGQKYLIIMNPGISKNS---NYEPYNNG
370 380 390 400 410 420
470 480 490 500 510 520
pF1KB4 LRRGVFITNETGQPLIGKVWPGSTAFPDFTNPTALAWWEDMVAEFHDQVPFDGMWIDMNE
. :.: . .: .:. .:: :.:::.:::. :: :.::.:::.. :::.::.:::
CCDS78 SLKRVWILGSNGFA-VGEGYPGPTVFPDYTNPVCTEWWTDQVAKFHDHLEFDGVWIEMNE
430 440 450 460 470 480
530 540 550 560 570 580
pF1KB4 PSNFIRGSEDGCPNNELENPPYVPGVVGGTLQAATICASSHQFLSTHYNLHNLYGLTEAI
:.....:.. : .:.:. ::..: :. : : :.: ... . ::..:.::: . :
CCDS78 VSSLLQASNNQCESNNLNFPPFLPRVLDHLLFARTLCMDTEFHGGLHYDIHSLYGHSMAR
490 500 510 520 530 540
590 600 610 620 630 640
pF1KB4 ASHRALVKA-RGTRPFVISRSTFAGHGRYAGHWTGDVWSSWEQLASSVPEILQFNLLGVP
... :: ..: :..::::::: :..:.:: :: ..:..: :.: ::.:::.:.:
CCDS78 TTNLALETIFMNNRSFILSRSTFAGSGKFAAHWLGDNAATWDDLRWSIPTILEFNLFGIP
550 560 570 580 590 600
650 660 670 680 690
pF1KB4 LVGADVCGFLGNTSEELCVRWTQLGAFYPFMRNHNSLLSLPQEPYSFSEPAQ--QAMRKA
.:::..::. .:..:::: :: :::::::. ::::. :.: .:. . .. :.
CCDS78 MVGANICGYNNNVTEELCRRWMQLGAFYPLPRNHNGPGFRDQDPAAFGVDSLLLKSSRHY
610 620 630 640 650 660
700 710 720 730 740 750
pF1KB4 LTLRYALLPHLYTLFHQAHVAGETVARPLFLEFPKDSSTWTVDHQLLWGEALLITPVLQA
:..::.:::.:::::..::. :::::::: :: .::.:: : .:.::: .:::::::
CCDS78 LNIRYTLLPYLYTLFYHAHTRGETVARPLVHEFYQDSATWDVHEQFLWGPGLLITPVLYE
670 680 690 700 710 720
760 770 780 790 800 810
pF1KB4 GKAEVTGYFPLGTWYDLQTVPIEALGSLPPPPAAPREPAIHSEGQWVTLPAPLDTINVHL
: :: .:.: .:::: .: : :: . : :.. : : :..::
CCDS78 GVDEVKAYIPDATWYDYET------GV-----------AISWRKQLVNMLLPGDKIGLHL
730 740 750 760
820 830 840 850 860 870
pF1KB4 RAGYIIPLQGPGLTTTESRQQPMALAVALTKGGEARGELFWDDGESLEVLERGAYTQVIF
:.:::.: : :. :: ::.. ..: .:: ::.:::.:::: : ... . : :
CCDS78 RGGYIFPTQKPNTTTEASRRNSLGLIIALDYKREAKGELYWDDGVSKDAVTEKKYILYDF
770 780 790 800 810 820
880 890 900 910 920 930
pF1KB4 LARNNTIVNELVRVTS-EGAGLQLQKVTVLGVATAPQQ--VLSNGVPVSN--FTYSPDTK
. .: . ... . . .:.. .:.::. : . :: :.: .:. .:. .::
CCDS78 SVTSNHLQAKIINNNYMDTDNLMFTDITILGMDKQPANFIVLLNNVATSSPSVVYNASTK
830 840 850 860 870 880
940 950
pF1KB4 VLDIC--VSLLMGEQFLVSWC
:. : .:..:..: . :
CCDS78 VVTITDLQGLVLGQEFSIRWNLPVSDLEKFNCYPDDPTASEESCRQRGCLWEDTSTPGVP
890 900 910 920 930 940
>--
initn: 1845 init1: 750 opt: 1006 Z-score: 1014.0 bits: 200.4 E(32554): 3.7e-50
Smith-Waterman score: 2164; 39.1% identity (66.3% similar) in 905 aa overlap (89-937:913-1790)
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 GASRPGPRDAQAHPGRPRAVPTQCDVPPNSRFDCAPDK-AITQEQCEARGCCYIPAKQGL
.:.: :: . ..:.:. ::: . ..
CCDS78 TKVVTITDLQGLVLGQEFSIRWNLPVSDLEKFNCYPDDPTASEESCRQRGCLWEDTSTP-
890 900 910 920 930 940
120 130 140 150 160
pF1KB4 QGAQMGQPWCFFP--PSYPSYKLENLSSS-------EMGYTATLTRTTPTFFPKDILTLR
: : :.. :.: . .. :..: :. .. . .. .. : : :.
CCDS78 -----GVPTCYYDTIPNYVASDIQYLNTSITADLSLPMAPESAAAAASDSLSAK-ISFLH
950 960 970 980 990
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 LDVMMETENRLHFTIKDPANRRYEVP--LETPRVHSRAP-SPLYSVEFSEEPFGVIVHRQ
: :...: . :. : ::.:.::::: :.:: : . ::.:.....:::. ..:.
CCDS78 LKVIYHTATMLQVKIYDPTNKRYEVPVPLNTPPQPVGDPENRLYDVRIQNNPFGIQIQRK
1000 1010 1020 1030 1040 1050
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 LDGRVLLNTTVAPLFFADQFLQLSTSLPSQYITGLAE-HLSPLMLSTSWTRITLWNRDLA
.. :. .. . ..: :.::..:: :::::: :..: . . . . .:. .. .:
CCDS78 NSSTVIWDSQLPGFIFNDMFLSISTRLPSQYIYGFGETEHTTFRRNMNWNTWGMFAHDEP
1060 1070 1080 1090 1100 1110
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 PTPGANLYGSHPFYLALEDGGSAHGVFLLNSNAMDVVLQPSPALSWRSTGGILDVYIFLG
:. : :: ::.:.:::. ::::::.:::::::::.:::.:::..:.:::::: :: ::
CCDS78 PAYKKNSYGVHPYYMALEEDGSAHGVLLLNSNAMDVTLQPTPALTYRTTGGILDFYIVLG
1120 1130 1140 1150 1160 1170
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pF1KB4 PEPKSVVQQYLDVVGYPFMPPYWGLGFHLCRWGYSSTAITRQVVENMTRAHFPLDVQWND
: :. :.::: ...: : : :::.::::: :.::.. : .. . :. :..: ::: :
CCDS78 PTPELVTQQYTELIGRPAMIPYWALGFHLSRYGYQNDAEISSLYDAMVAAQIPYDVQHVD
1180 1190 1200 1210 1220 1230
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 LDYMDSRRDFTFNKDGFRDFPAMVQELHQGGRRYMMIVDPAISSSGPAGSYRPYDEGLRR
.:::. . :::.. . :... ........: :...:.:::: :: .: :. .: .
CCDS78 IDYMNRKLDFTLSAN-FQNLSLLIEQMKKNGMRFILILDPAI--SGNETQYLPFIRGQEN
1240 1250 1260 1270 1280 1290
470 480 490 500
pF1KB4 GVFIT-NETGQPLIGKVWP--------GS-------------TAFPDFTNPTALAWWEDM
.::: .:.. . ::::: :: .::::: .. :::.
CCDS78 NVFIKWPDTNDIVWGKVWPDLPNVIVDGSLDHETQVKLYRAYVAFPDFFRNSTAAWWKKE
1300 1310 1320 1330 1340 1350
510 520 530 540 550
pF1KB4 VAEFH-------DQVPFDGMWIDMNEPSNFIRGSEDGCPNNELENPPYVPGVVGGT--LQ
. :.. .. :::.::::::::::. :: :: :. :.::::.: . . :.
CCDS78 IEELYANPREPEKSLKFDGLWIDMNEPSNFVDGSVRGCSNEMLNNPPYMPYLESRDKGLS
1360 1370 1380 1390 1400 1410
560 570 580 590 600
pF1KB4 AATICASSHQFLST-----HYNLHNLYGLTEAIASHRALVKARGTRPFVISRSTFAGHGR
. :.: :.:.: :::.::::: ... ...:. .. : : .:.:::: . ::
CCDS78 SKTLCMESQQILPDSSPVEHYNVHNLYGWSQTRPTYEAVQEVTGQRGVIITRSTFPSSGR
1420 1430 1440 1450 1460 1470
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 YAGHWTGDVWSSWEQLASSVPEILQFNLLGVPLVGADVCGFLGNTSEELCVRWTQLGAFY
..:: :. ..:.::..:. ...:.:.:.: .:::.:::.:.. :.:::: ::::::
CCDS78 WGGHRLGNNTAAWDQLGKSIIGMMEFSLFGIPYTGADICGFFGDAEYEMCVRWMQLGAFY
1480 1490 1500 1510 1520 1530
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 PFMRNHNSLLSLPQEPYSFSEPAQQAMRKALTLRYALLPHLYTLFHQAHVAGETVARPLF
:: ::::.. . :.: ... .. ::.: ::.:::.::::.:.::: : ::.:::.
CCDS78 PFSRNHNNIGTRRQDPVAWNSTFEMLSRKVLETRYTLLPYLYTLMHKAHVEGSTVVRPLL
1540 1550 1560 1570 1580 1590
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 LEFPKDSSTWTVDHQLLWGEALLITPVLQAGKAEVTGYFPLGTWYDLQTVPIEALGSLPP
:: : .:: .:.:.. : :.::.:::... :...::: . ::: .: :.
CCDS78 HEFTDDRTTWDIDRQFMLGPAILISPVLETSTFEISAYFPRARWYDYST------GT---
1600 1610 1620 1630 1640
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 PPAAPREPAIHSEGQWVTLPAPLDTINVHLRAGYIIPLQGPGLTTTESRQQPMALAVALT
. : :: : :::: ::.:.:.:::.: : :...: :::. :.: :::
CCDS78 --------SSTSTGQRKILKAPLDHINLHVRGGYILPWQEPAMNTHSSRQNFMGLIVALD
1650 1660 1670 1680 1690
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 KGGEARGELFWDDGESLEVLERGAYTQVIFLARNNTIVNELV--RVTSEGAGLQLQKVTV
.: :.:..:::::.:... : : : . :.: .: . . . . :.. :.. . .
CCDS78 DNGTAEGQVFWDDGQSIDTYENGNYFLANFIAAQNILQIQTIHNKYLSDSNPLKVGYIRI
1700 1710 1720 1730 1740 1750
910 920 930 940 950
pF1KB4 LGVATAPQQVL----SNGVPVSNFTYSPDTKVLDICVSLLMGEQFLVSWC
:: : :: . .:: : ...: :
CCDS78 WGVNTYVTQVSFTYDNRQFMETNFKSEPYNQILTIQLTDKTINLEKLTEVTWIDGGPVLP
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CCDS78 TPTKTSTIPMSSHPSPSTTNATSSETITSSASANTTTGTTDTVPITTTSFPSTTSVTTNT
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CCDS31 FGETVARPVLHEFYEDTNSWIEDTEFLWGPALLITPVLKQGADTVSAYIPDAIWYDYES-
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