Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4092
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4092, 415 aa
1>>>pF1KB4092 415 - 415 aa - 415 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6958+/-0.00095; mu= 15.4458+/- 0.057
mean_var=79.0746+/-16.308, 0's: 0 Z-trim(106.5): 45 B-trim: 503 in 1/48
Lambda= 0.144230
statistics sampled from 8988 (9020) to 8988 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.649), E-opt: 0.2 (0.277), width: 16
Scan time: 2.980
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7204.1 HNRNPF gene_id:3185|Hs108|chr10 ( 415) 2815 595.5 3.1e-170
CCDS4446.1 HNRNPH1 gene_id:3187|Hs108|chr5 ( 449) 2128 452.5 3.6e-127
CCDS14485.1 HNRNPH2 gene_id:3188|Hs108|chrX ( 449) 2073 441.1 1e-123
CCDS7278.1 HNRNPH3 gene_id:3189|Hs108|chr10 ( 346) 1215 262.5 4.5e-70
CCDS7279.1 HNRNPH3 gene_id:3189|Hs108|chr10 ( 331) 653 145.5 6.9e-35
CCDS47069.1 GRSF1 gene_id:2926|Hs108|chr4 ( 480) 629 140.6 3e-33
CCDS47070.1 GRSF1 gene_id:2926|Hs108|chr4 ( 318) 556 125.3 8e-29
>>CCDS7204.1 HNRNPF gene_id:3185|Hs108|chr10 (415 aa)
initn: 2815 init1: 2815 opt: 2815 Z-score: 3169.7 bits: 595.5 E(32554): 3.1e-170
Smith-Waterman score: 2815; 100.0% identity (100.0% similar) in 415 aa overlap (1-415:1-415)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MMLGPEGGEGFVVKLRGLPWSCSVEDVQNFLSDCTIHDGAAGVHFIYTREGRQSGEAFVE
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CCDS72 MMLGPEGGEGFVVKLRGLPWSCSVEDVQNFLSDCTIHDGAAGVHFIYTREGRQSGEAFVE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LGSEDDVKMALKKDRESMGHRYIEVFKSHRTEMDWVLKHSGPNSADSANDGFVRLRGLPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 LGSEDDVKMALKKDRESMGHRYIEVFKSHRTEMDWVLKHSGPNSADSANDGFVRLRGLPF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GCTKEEIVQFFSGLEIVPNGITLPVDPEGKITGEAFVQFASQELAEKALGKHKERIGHRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 GCTKEEIVQFFSGLEIVPNGITLPVDPEGKITGEAFVQFASQELAEKALGKHKERIGHRY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 IEVFKSSQEEVRSYSDPPLKFMSVQRPGPYDRPGTARRYIGIVKQAGLERMRPGAYSTGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 IEVFKSSQEEVRSYSDPPLKFMSVQRPGPYDRPGTARRYIGIVKQAGLERMRPGAYSTGY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 GGYEEYSGLSDGYGFTTDLFGRDLSYCLSGMYDHRYGDSEFTVQSTTGHCVHMRGLPYKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 GGYEEYSGLSDGYGFTTDLFGRDLSYCLSGMYDHRYGDSEFTVQSTTGHCVHMRGLPYKA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 TENDIYNFFSPLNPVRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEEAVAAMSKDRANMQHRYIELF
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CCDS72 TENDIYNFFSPLNPVRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEEAVAAMSKDRANMQHRYIELF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB4 LNSTTGASNGAYSSQVMQGMGVSAAQATYSGLESQSVSGCYGAGYSGQNSMGGYD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 LNSTTGASNGAYSSQVMQGMGVSAAQATYSGLESQSVSGCYGAGYSGQNSMGGYD
370 380 390 400 410
>>CCDS4446.1 HNRNPH1 gene_id:3187|Hs108|chr5 (449 aa)
initn: 2352 init1: 2104 opt: 2128 Z-score: 2396.6 bits: 452.5 E(32554): 3.6e-127
Smith-Waterman score: 2199; 74.0% identity (87.8% similar) in 435 aa overlap (1-415:1-434)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MMLGPEGGEGFVVKLRGLPWSCSVEDVQNFLSDCTIHDGAAGVHFIYTREGRQSGEAFVE
:::: :::::::::.::::::::...:: :.::: :..:: :..:::::::: :::::::
CCDS44 MMLGTEGGEGFVVKVRGLPWSCSADEVQRFFSDCKIQNGAQGIRFIYTREGRPSGEAFVE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LGSEDDVKMALKKDRESMGHRYIEVFKSHRTEMDWVLKHSGPNSADSANDGFVRLRGLPF
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CCDS44 LESEDEVKLALKKDRETMGHRYVEVFKSNNVEMDWVLKHTGPNSPDTANDGFVRLRGLPF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GCTKEEIVQFFSGLEIVPNGITLPVDPEGKITGEAFVQFASQELAEKALGKHKERIGHRY
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CCDS44 GCSKEEIVQFFSGLEIVPNGITLPVDFQGRSTGEAFVQFASQEIAEKALKKHKERIGHRY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 IEVFKSSQEEVRSYSDPPLKFMSVQRPGPYDRPGTARRYIGIVKQAGLERMRPGAYSTGY
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CCDS44 IEIFKSSRAEVRTHYDPPRKLMAMQRPGPYDRPGAGRGYNSIGRGAGFERMRRGAYGGGY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 GGYEEYSGLSDGYGFTTDLFGRDLSYCLSGMYDHRYGDSEFTVQSTTGHCVHMRGLPYKA
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CCDS44 GGYDDYNGYNDGYGFGSDRFGRDLNYCFSGMSDHRYGDGGSTFQSTTGHCVHMRGLPYRA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 TENDIYNFFSPLNPVRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEEAVAAMSKDRANMQHRYIELF
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CCDS44 TENDIYNFFSPLNPVRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEDAVAAMSKDKANMQHRYVELF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KB4 LNSTTGASNGAY--------------------SSQVMQGMGVSAAQATYSGLESQSVSGC
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CCDS44 LNSTAGASGGAYEHRYVELFLNSTAGASGGAYGSQMMGGMGLSN-QSSYGGPASQQLSGG
370 380 390 400 410
410
pF1KB4 YGAGYSGQNSMGGYD
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CCDS44 YGGGYGGQSSMSGYDQVLQENSSDFQSNIA
420 430 440
>>CCDS14485.1 HNRNPH2 gene_id:3188|Hs108|chrX (449 aa)
initn: 2300 init1: 2049 opt: 2073 Z-score: 2334.7 bits: 441.1 E(32554): 1e-123
Smith-Waterman score: 2149; 72.0% identity (87.8% similar) in 435 aa overlap (1-415:1-434)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MMLGPEGGEGFVVKLRGLPWSCSVEDVQNFLSDCTIHDGAAGVHFIYTREGRQSGEAFVE
:::. :: ::::::.::::::::...:. :.::: :..:..:..:::::::: :::::::
CCDS14 MMLSTEGREGFVVKVRGLPWSCSADEVMRFFSDCKIQNGTSGIRFIYTREGRPSGEAFVE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LGSEDDVKMALKKDRESMGHRYIEVFKSHRTEMDWVLKHSGPNSADSANDGFVRLRGLPF
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CCDS14 LESEEEVKLALKKDRETMGHRYVEVFKSNSVEMDWVLKHTGPNSPDTANDGFVRLRGLPF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GCTKEEIVQFFSGLEIVPNGITLPVDPEGKITGEAFVQFASQELAEKALGKHKERIGHRY
::.:::::::::::::::::.::::: .:. ::::::::::::.::::: ::::::::::
CCDS14 GCSKEEIVQFFSGLEIVPNGMTLPVDFQGRSTGEAFVQFASQEIAEKALKKHKERIGHRY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 IEVFKSSQEEVRSYSDPPLKFMSVQRPGPYDRPGTARRYIGIVKQAGLERMRPGAYSTGY
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CCDS14 IEIFKSSRAEVRTHYDPPRKLMAMQRPGPYDRPGAGRGYNSIGRGAGFERMRRGAYGGGY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 GGYEEYSGLSDGYGFTTDLFGRDLSYCLSGMYDHRYGDSEFTVQSTTGHCVHMRGLPYKA
:::..:.: .::::: .: :::::.::.::: ::::::. . :::::::::::::::.:
CCDS14 GGYDDYGGYNDGYGFGSDRFGRDLNYCFSGMSDHRYGDGGSSFQSTTGHCVHMRGLPYRA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 TENDIYNFFSPLNPVRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEEAVAAMSKDRANMQHRYIELF
::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::.::.:::::::.:::
CCDS14 TENDIYNFFSPLNPMRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEDAVAAMAKDKANMQHRYVELF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KB4 LNSTTG--------------------ASNGAYSSQVMQGMGVSAAQATYSGLESQSVSGC
::::.: ::.:::.::.: :::.: :..:.: ::..::
CCDS14 LNSTAGTSGGAYDHSYVELFLNSTAGASGGAYGSQMMGGMGLSN-QSSYGGPASQQLSGG
370 380 390 400 410
410
pF1KB4 YGAGYSGQNSMGGYD
::.::.::.::.:::
CCDS14 YGGGYGGQSSMSGYDQVLQENSSDYQSNLA
420 430 440
>>CCDS7278.1 HNRNPH3 gene_id:3189|Hs108|chr10 (346 aa)
initn: 963 init1: 509 opt: 1215 Z-score: 1371.5 bits: 262.5 E(32554): 4.5e-70
Smith-Waterman score: 1215; 57.9% identity (79.3% similar) in 328 aa overlap (93-414:1-321)
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SEDDVKMALKKDRESMGHRYIEVFKSHRTEMDWVLKHSGPNSADSANDGFVRLRGLPFGC
::::.::.:::. :.:: ::::::::::
CCDS72 MDWVMKHNGPND---ASDGTVRLRGLPFGC
10 20
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 TKEEIVQFFSGLEIVPNGITLPVDPEGKITGEAFVQFASQELAEKALGKHKERIGHRYIE
.::::::::.::::::::::: .: .:. ::::::::::.:.::.:::::::::::::::
CCDS72 SKEEIVQFFQGLEIVPNGITLTMDYQGRSTGEAFVQFASKEIAENALGKHKERIGHRYIE
30 40 50 60 70 80
190 200 210 220 230
pF1KB4 VFKSSQEEVRSYSDPPLKFMSVQRPGPYDRPGTARR-YIGIVKQAGLERMRPGA--YSTG
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CCDS72 IFRSSRSEIKGFYDPPRRLLG-QRPGPYDRPIGGRGGYYGAGRGSMYDRMRRGGDGYDGG
90 100 110 120 130 140
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 YGGYEEYSGLSDGYGFTTDLFGRDLSYCLSGMYDHRYGDS-EFTVQSTTGHCVHMRGLPY
:::...:.: .. ::. .: : : :: : :: . . . :: :::::::.
CCDS72 YGGFDDYGGYNN-YGYGNDGFD-DRMRDGRGMGGHGYGGAGDASSGFHGGHFVHMRGLPF
150 160 170 180 190 200
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 KATENDIYNFFSPLNPVRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEEAVAAMSKDRANMQHRYIE
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CCDS72 RATENDIANFFSPLNPIRVHIDIGADGRATGEADVEFVTHEDAVAAMSKDKNNMQHRYIE
210 220 230 240 250 260
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 LFLNSTTGASNGAYSSQVMQGMGVSAA--QATYSGLESQSVSGCYGAGYSGQNSMGGYD
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CCDS72 LFLNSTPGGGSGMGGSG-MGGYGRDGMDNQGGYGSVGRMGMGNNYSGGYGTPDGLGGYGR
270 280 290 300 310 320
CCDS72 GGGGSGGYYGQGGMSGGGWRGMY
330 340
>>CCDS7279.1 HNRNPH3 gene_id:3189|Hs108|chr10 (331 aa)
initn: 1054 init1: 498 opt: 653 Z-score: 739.8 bits: 145.5 E(32554): 6.9e-35
Smith-Waterman score: 1165; 57.3% identity (77.4% similar) in 328 aa overlap (93-414:1-306)
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SEDDVKMALKKDRESMGHRYIEVFKSHRTEMDWVLKHSGPNSADSANDGFVRLRGLPFGC
::::.::.:::. :.:: ::::::::::
CCDS72 MDWVMKHNGPND---ASDGTVRLRGLPFGC
10 20
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 TKEEIVQFFSGLEIVPNGITLPVDPEGKITGEAFVQFASQELAEKALGKHKERIGHRYIE
.::::::::.::::::::::: .: .:. ::::::::::.:.::.:::::::::::::::
CCDS72 SKEEIVQFFQGLEIVPNGITLTMDYQGRSTGEAFVQFASKEIAENALGKHKERIGHRYIE
30 40 50 60 70 80
190 200 210 220 230
pF1KB4 VFKSSQEEVRSYSDPPLKFMSVQRPGPYDRPGTARRYIGIVKQAGLERMRPGAYSTG---
.:.::. :.... ::: .... ::::::::: :: : : : :..:
CCDS72 IFRSSRSEIKGFYDPPRRLLG-QRPGPYDRP------IG-----G----RGGYYGAGRGS
90 100 110 120 130
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 YGGYEEYSGLSDGYGFTTDLFGRDLSYCLSGMYDHRYGDS-EFTVQSTTGHCVHMRGLPY
:::...:.: .. ::. .: : : :: : :: . . . :: :::::::.
CCDS72 YGGFDDYGGYNN-YGYGNDGFD-DRMRDGRGMGGHGYGGAGDASSGFHGGHFVHMRGLPF
140 150 160 170 180
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 KATENDIYNFFSPLNPVRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEEAVAAMSKDRANMQHRYIE
.:::::: ::::::::.::::.:: :::.::::::::.:::.::::::::. ::::::::
CCDS72 RATENDIANFFSPLNPIRVHIDIGADGRATGEADVEFVTHEDAVAAMSKDKNNMQHRYIE
190 200 210 220 230 240
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 LFLNSTTGASNGAYSSQVMQGMGVSAA--QATYSGLESQSVSGCYGAGYSGQNSMGGYD
:::::: :...: .: : :.: .. :. :... ..... :..::. ...:::
CCDS72 LFLNSTPGGGSGMGGSG-MGGYGRDGMDNQGGYGSVGRMGMGNNYSGGYGTPDGLGGYGR
250 260 270 280 290 300
CCDS72 GGGGSGGYYGQGGMSGGGWRGMY
310 320 330
>>CCDS47069.1 GRSF1 gene_id:2926|Hs108|chr4 (480 aa)
initn: 952 init1: 464 opt: 629 Z-score: 710.4 bits: 140.6 E(32554): 3e-33
Smith-Waterman score: 892; 42.0% identity (68.2% similar) in 355 aa overlap (11-363:150-475)
10 20 30 40
pF1KB4 MMLGPEGGEGFVVKLRGLPWSCSVEDVQNFLSDCTIHDGA
:... .::::::..::: ::.::: :..:
CCDS47 ESKTTYLEDLPPPPEYELAPSKLEEEVDDVFLIRAQGLPWSCTMEDVLNFFSDCRIRNGE
120 130 140 150 160 170
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 AGVHFIYTREGRQSGEAFVELGSEDDVKMALKKDRESMGHRYIEVFKSHRTEMDWVLKHS
:.::. .:.:.. :.:..:. ::.::. ::.: : ::.::.::.. . ..: ..:
CCDS47 NGIHFLLNRDGKRRGDALIEMESEQDVQKALEKHRMYMGQRYVEVYEINNEDVDALMKSL
180 190 200 210 220 230
110 120 130 140 150
pF1KB4 GPNSADSANDGFVRLRGLPFGCTKEEIVQFFSGLEIVPNGITLPVDPEGK-ITGEAFVQF
.:. .::: :::::::..:....::.::.::.:: ::. .: .:. ::::.:::
CCDS47 QVKSSPVVNDGVVRLRGLPYSCNEKDIVDFFAGLNIV--DITFVMDYRGRRKTGEAYVQF
240 250 260 270 280 290
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 ASQELAEKALGKHKERIGHRYIEVFKSSQEEVRSYSDPPLKFMSVQRPGPYDRPGTARRY
:.:..:: ::.:.::.::::.: : ..:::..
CCDS47 EEPEMANQALLKHREEIGNRYIEIFPSRRNEVRTH-------------------------
300 310 320 330
220 230 240 250 260 270
pF1KB4 IGIVKQAGLERMRPGAYST-GYGGYEEYSGLSDGYGFTTDLFGRDLSYCLSGMYDHRYGD
.: : . . . : : .::. : .:. : . : .. .
CCDS47 VGSYKGKKIASFPTAKYITEPEMVFEEHEVNEDIQPMTA--FESEKEIELPKEVPEKLPE
340 350 360 370 380 390
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 SEFTVQSTTGHCVHMRGLPYKATENDIYNFFSPLNPVRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATH
. ... : :::::::..:. .:: :::.::.:::. .: . .:..::::::.: ::
CCDS47 AADFGTTSSLHFVHMRGLPFQANAQDIINFFAPLKPVRITMEYSSSGKATGEADVHFETH
400 410 420 430 440 450
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 EEAVAAMSKDRANMQHRYIELFLNSTTGASNGAYSSQVMQGMGVSAAQATYSGLESQSVS
:.::::: :::....::::::::::
CCDS47 EDAVAAMLKDRSHVHHRYIELFLNSCPKGK
460 470 480
>>CCDS47070.1 GRSF1 gene_id:2926|Hs108|chr4 (318 aa)
initn: 879 init1: 391 opt: 556 Z-score: 631.0 bits: 125.3 E(32554): 8e-29
Smith-Waterman score: 819; 41.5% identity (67.3% similar) in 342 aa overlap (24-363:1-313)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MMLGPEGGEGFVVKLRGLPWSCSVEDVQNFLSDCTIHDGAAGVHFIYTREGRQSGEAFVE
.::: ::.::: :..: :.::. .:.:.. :.:..:
CCDS47 MEDVLNFFSDCRIRNGENGIHFLLNRDGKRRGDALIE
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LGSEDDVKMALKKDRESMGHRYIEVFKSHRTEMDWVLKHSGPNSADSANDGFVRLRGLPF
. ::.::. ::.: : ::.::.::.. . ..: ..: .:. .::: :::::::.
CCDS47 MESEQDVQKALEKHRMYMGQRYVEVYEINNEDVDALMKSLQVKSSPVVNDGVVRLRGLPY
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170
pF1KB4 GCTKEEIVQFFSGLEIVPNGITLPVDPEGK-ITGEAFVQFASQELAEKALGKHKERIGHR
.:....::.::.::.:: ::. .: .:. ::::.::: :.:..:: ::.:.::.:
CCDS47 SCNEKDIVDFFAGLNIV--DITFVMDYRGRRKTGEAYVQFEEPEMANQALLKHREEIGNR
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 YIEVFKSSQEEVRSYSDPPLKFMSVQRPGPYDRPGTARRYIGIVKQAGLERMRPGAYST-
:::.: : ..:::.. .: : . . . : :
CCDS47 YIEIFPSRRNEVRTH-------------------------VGSYKGKKIASFPTAKYITE
160 170 180 190
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 GYGGYEEYSGLSDGYGFTTDLFGRDLSYCLSGMYDHRYGDSEFTVQSTTGHCVHMRGLPY
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CCDS47 PEMVFEEHEVNEDIQPMTA--FESEKEIELPKEVPEKLPEAADFGTTSSLHFVHMRGLPF
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