FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4057, 687 aa
1>>>pF1KB4057 687 - 687 aa - 687 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5079+/-0.000945; mu= 18.2211+/- 0.057
mean_var=63.3321+/-12.788, 0's: 0 Z-trim(104.0): 20 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.161162
statistics sampled from 7689 (7702) to 7689 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.602), E-opt: 0.2 (0.237), width: 16
Scan time: 3.590
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13302.1 TGM2 gene_id:7052|Hs108|chr20 ( 687) 4668 1094.5 0
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CCDS32213.1 TGM7 gene_id:116179|Hs108|chr15 ( 710) 1589 378.6 1.7e-104
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CCDS58761.1 TGM6 gene_id:343641|Hs108|chr20 ( 625) 1498 357.4 3.5e-98
CCDS13025.1 TGM6 gene_id:343641|Hs108|chr20 ( 706) 1498 357.5 3.9e-98
CCDS4496.1 F13A1 gene_id:2162|Hs108|chr6 ( 732) 1449 346.1 1.1e-94
CCDS33435.1 TGM3 gene_id:7053|Hs108|chr20 ( 693) 1401 334.9 2.4e-91
CCDS32211.1 TGM5 gene_id:9333|Hs108|chr15 ( 638) 1310 313.7 5.1e-85
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CCDS45249.1 EPB42 gene_id:2038|Hs108|chr15 ( 691) 937 227.0 7.1e-59
CCDS10093.1 EPB42 gene_id:2038|Hs108|chr15 ( 721) 930 225.4 2.3e-58
>>CCDS13302.1 TGM2 gene_id:7052|Hs108|chr20 (687 aa)
initn: 4668 init1: 4668 opt: 4668 Z-score: 5858.8 bits: 1094.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4668; 100.0% identity (100.0% similar) in 687 aa overlap (1-687:1-687)
10 20 30 40 50 60
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CCDS13 MAEELVLERCDLELETNGRDHHTADLCREKLVVRRGQPFWLTLHFEGRNYEASVDSLTFS
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CCDS13 VVTGPAPSQEAGTKARFPLRDAVEEGDWTATVVDQQDCTLSLQLTTPANAPIGLYRLSLE
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CCDS13 ASTGYQGSSFVLGHFILLFNAWCPADAVYLDSEEERQEYVLTQQGFIYQGSAKFIKNIPW
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NFGQFEDGILDICLILLDVNPKFLKNAGRDCSRRSSPVYVGRVVSGMVNCNDDQGVLLGR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 YNSAHDQNSNLLIEYFRNEFGEIQGDKSEMIWNFHCWVESWMTRPDLQPGYEGWQALDPT
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CCDS13 PQEKSEGTYCCGPVPVRAIKEGDLSTKYDAPFVFAEVNADVVDWIQQDDGSVHKSINRSL
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pF1KB4 IVGLKISTKSVGRDEREDITHTYKYPEGSSEEREAFTRANHLNKLAEKEETGMAMRIRVG
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CCDS13 IVGLKISTKSVGRDEREDITHTYKYPEGSSEEREAFTRANHLNKLAEKEETGMAMRIRVG
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pF1KB4 QSMNMGSDFDVFAHITNNTAEEYVCRLLLCARTVSYNGILGPECGTKYLLNLNLEPFSEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 QSMNMGSDFDVFAHITNNTAEEYVCRLLLCARTVSYNGILGPECGTKYLLNLNLEPFSEK
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pF1KB4 SVPLCILYEKYRDCLTESNLIKVRALLVEPVINSYLLAERDLYLENPEIKIRILGEPKQK
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CCDS13 SVPLCILYEKYRDCLTESNLIKVRALLVEPVINSYLLAERDLYLENPEIKIRILGEPKQK
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610 620 630 640 650 660
pF1KB4 RKLVAEVSLQNPLPVALEGCTFTVEGAGLTEEQKTVEIPDPVEAGEEVKVRMDLLPLHMG
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CCDS13 RKLVAEVSLQNPLPVALEGCTFTVEGAGLTEEQKTVEIPDPVEAGEEVKVRMDLLPLHMG
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670 680
pF1KB4 LHKLVVNFESDKLKAVKGFRNVIIGPA
:::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LHKLVVNFESDKLKAVKGFRNVIIGPA
670 680
>>CCDS32212.1 TGM5 gene_id:9333|Hs108|chr15 (720 aa)
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Smith-Waterman score: 1833; 41.1% identity (67.1% similar) in 721 aa overlap (1-684:1-716)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MAEELVLERCDLELETNGRDHHTADLCREKLVVRRGQPFWLTLHFEGRNYEASVDSLTFS
::. : . ::. :. ::: .. ..:.::::: : :::.:..:... ..:.. :
CCDS32 MAQGLEVALTDLQSSRNNVRHHTEEITVDHLLVRRGQAFNLTLYFRNRSFQPGLDNIIFV
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pF1KB4 VVTGPAPSQEAGTKARFPLRDAVEEGDWTATVVDQQDCTLSLQLTTPANAPIGLYRLSLE
: ::: :. ::.: : : . : : . . . ..: .: .: .: : :...
CCDS32 VETGPLPDLALGTRAVFSLARHHSPSPWIAWLETNGATSTEVSLCAPPTAAVGRYLLKIH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB4 ASTGYQGS--SFVLGHFILLFNAWCPADAVYLDSEEERQEYVLTQQGFIYQGSAKFIKNI
.. .::: .. ::.:::::: ::: :::::::: .:::::... ::::::: ..:.
CCDS32 IDS-FQGSVTAYQLGEFILLFNPWCPEDAVYLDSEPQRQEYVMNDYGFIYQGSKNWIRPC
130 140 150 160 170
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pF1KB4 PWNFGQFEDGILDICLILLDVNPKFLKNAGRDCSRRSSPVYVGRVVSGMVNCNDDQGVLL
:::.::::: :.:::: ::: . .: . . ::. :.:::::.::: .:.: :::.:::
CCDS32 PWNYGQFEDKIIDICLKLLDKSLHFQTDPATDCALRGSPVYVSRVVCAMINSNDDNGVLN
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 GRWDNNYGDGVSPMSWIGSVDILRRWKNHGCQRVKYGQCWVFAAVACTVLRCLGIPTRVV
: :..:: ::..: : ::: ::..:. ::: :.:::::::::: :::.:::::::::.
CCDS32 GNWSENYTDGANPAEWTGSVAILKQWNATGCQPVRYGQCWVFAAVMCTVMRCLGIPTRVI
240 250 260 270 280 290
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pF1KB4 TNYNSAHDQNSNLLIEYFRNEFGEIQGDKS-EMIWNFHCWVESWMTRPDLQPGYEGWQAL
::..:.:: ..::.:. . .. :.: :.:. . ::::: : : ::.: :: :.: :::.:
CCDS32 TNFDSGHDTDGNLIIDEYYDNTGRILGNKKKDTIWNFHVWNECWMARKDLPPAYGGWQVL
300 310 320 330 340 350
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pF1KB4 DPTPQEKSEGTYCCGPVPVRAIKEGDLSTKYDAPFVFAEVNADVVDWIQQDDGSVHKSIN
: :::: :.:.:::::. :::::::... .::.::::. :::: ..:. : :. .: .
CCDS32 DATPQEMSNGVYCCGPASVRAIKEGEVDLNYDTPFVFSMVNADCMSWLVQG-GKEQKLHQ
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KB4 RSLIVGLKISTKSVGRDEREDITHTYKYPEGSSEEREAFTRAN-----------------
. :: :::::. :::.:::..::: ::: .::..: .:
CCDS32 DTSSVGNFISTKSIQSDERDDITENYKYEEGSLQERQVFLKALQKLKARSFHGSQRGAEL
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500
pF1KB4 ----------------HLNKLAEKEETGMAMRIRVGQSMNMGSDFDVFAHITNNTAEEYV
: .: .. . ....... . :::.:. : ...
CCDS32 QPSRPTSLSQDSPRSLHTPSLRPSDVVQVSLKFKLLDPPNMGQDICFVLLALNMSSQFKD
480 490 500 510 520 530
510 520 530 540 550 560
pF1KB4 CRLLLCARTVSYNGI-LGPECGTKYLLNLNLEPFSEKSVPLCILYEKYRDCLTESNLIKV
.. : :... ..: :.: ...:. : :. : : : .: . :. ..::..
CCDS32 LKVNLSAQSLLHDGSPLSPFWQDTAFITLS--PKEAKTYPCKISYSQYSQYLSTDKLIRI
540 550 560 570 580 590
570 580 590 600 610 620
pF1KB4 RALLVEPVINSYLLAERDLYLENPEIKIRILGEPKQKRKLVAEVSLQNPLPVALEGCTFT
:: : .:... . : : : : .:: .. : .: ..::: .: :..:
CCDS32 SALGEEKSSPEKILVNKIITLSYPSITINVLGAAVVNQPLSIQVIFSNPLSEQVEDCVLT
600 610 620 630 640 650
630 640 650 660 670 680
pF1KB4 VEGAGLTEEQKTVEIPDPVEAGEEVKVRMDLLPLHMGLHKLVVNFESDKLKAVKGFRNVI
:::.:: ..:. : . .. ..... .. .:.. : ... .:..:.:.: .::.:::
CCDS32 VEGSGLFKKQQKVFL-GVLKPQHQASIILETVPFKSGQRQIQANMRSNKFKDIKGYRNVY
660 670 680 690 700 710
pF1KB4 IGPA
.
CCDS32 VDFAL
720
>>CCDS32213.1 TGM7 gene_id:116179|Hs108|chr15 (710 aa)
initn: 1512 init1: 801 opt: 1589 Z-score: 1989.6 bits: 378.6 E(32554): 1.7e-104
Smith-Waterman score: 1812; 41.9% identity (68.8% similar) in 704 aa overlap (5-684:7-704)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MAEELVLERCDLELETNGRDHHTADLCREKLVVRRGQPFWLTLHFEGRNYEASVDSLT
: :: ::. :...::: .. ..:.:::::::.: : : .: .... : .:
CCDS32 MDQVATLRLESVDLQSSRNNKEHHTQEMGVKRLTVRRGQPFYLRLSF-SRPFQSQNDHIT
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 FSVVTGPAPSQEAGTKARFPLRDAVEEGD-WTATVVDQQDCTLSLQLTTPANAPIGLYRL
: . ::: ::. ::.: : : :. :. :.:. .. .:...: ::::: :: : :
CCDS32 FVAETGPKPSELLGTRATFFLTR-VQPGNVWSASDFTIDSNSLQVSLFTPANAVIGHYTL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 SLEASTGYQGSS--FVLGHFILLFNAWCPADAVYLDSEEERQEYVLTQQGFIYQGSAKFI
..: : : :: : . :: :::::: : : : ::: :: :::.. . ::.:.: .::
CCDS32 KIEISQG-QGHSVTYPLGTFILLFNPWSPEDDVYLPSEILLQEYIMRDYGFVYKGHERFI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 KNIPWNFGQFEDGILDICLILLDVNPKFLKNAGRDCSRRSSPVYVGRVVSGMVNCNDDQG
. :::.::::. :.:::. .:. . ::: ..:::.:.. ::: ::::.:.: :::.:
CCDS32 TSWPWNYGQFEEDIIDICFEILNKSLYHLKNPAKDCSQRNDVVYVCRVVSAMINSNDDNG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 VLLGRWDNNYGDGVSPMSWIGSVDILRRWKNHGCQRVKYGQCWVFAAVACTVLRCLGIPT
:: : : ..:. ::::. : ::: ::..:. .: : ::::::::::.: :::.::::.::
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240 250 260 270 280 290
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pF1KB4 RVVTNYNSAHDQNSNLLIEYFRNEFGEIQG-DKSEMIWNFHCWVESWMTRPDLQPGYEGW
:::.:. :::. . :: :. . .. .:. . .: . ::::: : : :: : :: :::.::
CCDS32 RVVSNFRSAHNVDRNLTIDTYYDRNAEMLSTQKRDKIWNFHVWNECWMIRKDLPPGYNGW
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 QALDPTPQEKSEGTYCCGPVPVRAIKEGDLSTKYDAPFVFAEVNADVVDWIQQDDGSVHK
:.::::::. : : .::::. :.::.:::. ::.:::.:::::: : :. : . .
CCDS32 QVLDPTPQQTSSGLFCCGPASVKAIREGDVHLAYDTPFVYAEVNADEVIWLLGDGQAQEI
360 370 380 390 400 410
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pF1KB4 SINRSLIVGLKISTKSVGRDEREDITHTYKYPEGSSEEREAFTRANH---------LNKL
. . .: .:::: :: :.:..:: .::::::: ::: .: .:.. : :
CCDS32 LAHNTSSIGKEISTKMVGSDQRQSITSSYKYPEGSPEERAVFMKASRKMLGPQRASLPFL
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510
pF1KB4 AEKEETGM-----AMRIRVGQSMNMGSDFDVFAHIT---NNTAEEYVCRLLL--CARTVS
: :. ....... . :.:.... .: ..: . :.. ::...
CCDS32 DLLESGGLRDQPAQLQLHLARIPEWGQDLQLLLRIQRVPDSTHPRGPIGLVVRFCAQALL
480 490 500 510 520 530
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pF1KB4 YNGILGPECGT-KYLLNLNLEPFSEKSVPLCILYEKYRDCLTESNLIKVRALLVEPVINS
..: : . .. . .::. .: . :: . : .::. ::. .::.: .. .
CCDS32 HGG--GTQKPFWRHTVRMNLDFGKETQWPLLLPYSNYRNKLTDEKLIRVSGIAEVEETGR
540 550 560 570 580 590
580 590 600 610 620 630
pF1KB4 YLLAERDLYLENPEIKIRILGEPKQKRKLVAEVSLQNPLPVALEGCTFTVEGAGLTEEQK
.:. .:. :: :...:.. . . . : ..:.: : : ::: .::...::.:: . :
CCDS32 SMLVLKDICLEPPHLSIEVSERAEVGKALRVHVTLTNTLMVALSSCTMVLEGSGLINGQI
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640 650 660 670 680
pF1KB4 TVEIPDPVEAGEEVKVRMDLLPLHMGLHKLVVNFESDKLKAVKGFRNVIIGPA
. .. : ::. .....:: : . : ..: : . :...: .::......
CCDS32 AKDLGTLV-AGHTLQIQLDLYPTKAGPRQLQVLISSNEVKEIKGYKDIFVTVAGAP
660 670 680 690 700 710
>>CCDS9622.1 TGM1 gene_id:7051|Hs108|chr14 (817 aa)
initn: 741 init1: 647 opt: 1514 Z-score: 1894.4 bits: 361.2 E(32554): 3.4e-99
Smith-Waterman score: 1514; 37.5% identity (67.0% similar) in 701 aa overlap (5-687:110-789)
10 20 30
pF1KB4 MAEELVLERCDL---ELETNGRDHHTADLCREKL
::.. :: . . : :.::: . ..:
CCDS96 PGSRGSDSRRPVSRGSGVNAAGDGTIREGMLVVNGVDLLSSRSDQNRREHHTDEYEYDEL
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pF1KB4 VVRRGQPFWLTLHFEGRNYEASVDSLTFSVVTGPAPSQEAGTKARFPLRDAVEEGDWTAT
.::::::: . : . .:.::.: : .:. .. : : ::.. .:. . : : :
CCDS96 IVRRGQPFHMLL-LLSRTYESS-DRITLELLIGNNPEVGKGTHVIIPVGKG-GSGGWKAQ
140 150 160 170 180 190
100 110 120 130 140
pF1KB4 VVDQQDCTLSLQLTTPANAPIGLYRLSLEASTGYQGSSFVL-----GHFILLFNAWCPAD
:: . .:.:.. : :: :: ......... ... : : ... .::: ::: :
CCDS96 VVKASGQNLNLRVHTSPNAIIGKFQFTVRTQS--DAGEFQLPFDPRNEIYILFNPWCPED
200 210 220 230 240 250
150 160 170 180 190 200
pF1KB4 AVYLDSEEERQEYVLTQQGFIYQGSAKFIKNIPWNFGQFEDGILDICLILLDVNPKFLKN
::.: :. ::::::...: :: :. : . ::.:::. :.:: :: .::
CCDS96 IVYVDHEDWRQEYVLNESGRIYYGTEAQIGERTWNYGQFDHGVLDACLYILD-------R
260 270 280 290 300
210 220 230 240 250 260
pF1KB4 AGRDCSRRSSPVYVGRVVSGMVNCNDDQGVLLGRWDNNYGDGVSPMSWIGSVDILRRWKN
: . :..:: :.::.:.::: ::.:::.: :...:. :..: .:.:::.:: .
CCDS96 RGMPYGGRGDPVNVSRVISAMVNSLDDNGVLIGNWSGDYSRGTNPSAWVGSVEILLSYLR
310 320 330 340 350 360
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pF1KB4 HGCQRVKYGQCWVFAAVACTVLRCLGIPTRVVTNYNSAHDQNSNLLIE-YFRNEFGEIQG
: : ::::::::.:. :::::::. ::.:::.::::: ...: .. :: ... ..
CCDS96 TG-YSVPYGQCWVFAGVTTTVLRCLGLATRTVTNFNSAHDTDTSLTMDIYFDENMKPLEH
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pF1KB4 DKSEMIWNFHCWVESWMTRPDLQPGYEGWQALDPTPQEKSEGTYCCGPVPVRAIKEGDLS
. . .:::: : . :: :::: :..:::..: :::: : : .:::: :..::.: .
CCDS96 LNHDSVWNFHVWNDCWMKRPDLPSGFDGWQVVDATPQETSSGIFCCGPCSVESIKNGLVY
430 440 450 460 470 480
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pF1KB4 TKYDAPFVFAEVNADVVDWIQQDDGSVHKSINRSLIVGLKISTKSVGRDEREDITHTYKY
:::.::.:::::.: : : .::::: . . .: : ::... . :::::. ::.
CCDS96 MKYDTPFIFAEVNSDKVYWQRQDDGSFKIVYVEEKAIGTLIVTKAISSNMREDITYLYKH
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pF1KB4 PEGSSEEREAF-TRANHLNKLAEKEETG----MAMRIRVGQSMNMGSDFDVFAHITNNTA
::::. ::.: : : : .: . : .::.... :. ::.:. : . . :...
CCDS96 PEGSDAERKAVETAAAHGSKPNVYANRGSAEDVAMQVEA-QDAVMGQDLMVSVMLINHSS
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pF1KB4 EEYVCRLLLCARTVSYNGILGPECG-TKYLLNLNLEPFSEKSVPLCILYEKYRDCLTESN
. . .: : .. :.:. : :: ...: : . : . . :..:: :....
CCDS96 SRRTVKLHLYLSVTFYTGVSGTIFKETKK--EVELAPGASDRVTMPVAYKEYRPHLVDQG
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