Result of FASTA (omim) for
pF1KB4033
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4033, 1262 aa
1>>>pF1KB4033 1262 - 1262 aa - 1262 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1339+/-0.000521; mu= 23.8931+/- 0.032
mean_var=68.1644+/-14.438, 0's: 0 Z-trim(106.0): 60 B-trim: 85 in 1/51
Lambda= 0.155344
statistics sampled from 14141 (14180) to 14141 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.515), E-opt: 0.2 (0.166), width: 16
Scan time: 13.340
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002152 (OMIM: 600709,617093) isoleucine--tRNA l (1262) 8407 1894.6 0
NP_038203 (OMIM: 600709,617093) isoleucine--tRNA l (1262) 8407 1894.6 0
NP_060530 (OMIM: 612801,616007) isoleucine--tRNA l (1012) 1050 245.7 1.2e-63
XP_016866735 (OMIM: 192150) PREDICTED: valine--tRN ( 682) 362 91.4 2.2e-17
XP_016866736 (OMIM: 192150) PREDICTED: valine--tRN ( 682) 362 91.4 2.2e-17
NP_001304894 (OMIM: 151350,615438) leucine--tRNA l (1122) 173 49.2 0.00019
XP_011535958 (OMIM: 151350,615438) PREDICTED: leuc (1122) 173 49.2 0.00019
NP_001304893 (OMIM: 151350,615438) leucine--tRNA l (1130) 173 49.2 0.00019
NP_057544 (OMIM: 151350,615438) leucine--tRNA liga (1149) 173 49.2 0.00019
NP_064502 (OMIM: 151350,615438) leucine--tRNA liga (1176) 173 49.2 0.0002
NP_006286 (OMIM: 192150) valine--tRNA ligase [Homo (1264) 173 49.2 0.00021
XP_005249419 (OMIM: 192150) PREDICTED: valine--tRN (1265) 173 49.2 0.00021
XP_016861531 (OMIM: 604544,615300,617021) PREDICTE ( 804) 164 47.1 0.00058
XP_011531856 (OMIM: 604544,615300,617021) PREDICTE ( 830) 164 47.1 0.0006
XP_005265063 (OMIM: 604544,615300,617021) PREDICTE ( 903) 164 47.1 0.00064
NP_056155 (OMIM: 604544,615300,617021) probable le ( 903) 164 47.1 0.00064
>>NP_002152 (OMIM: 600709,617093) isoleucine--tRNA ligas (1262 aa)
initn: 8407 init1: 8407 opt: 8407 Z-score: 10173.3 bits: 1894.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 8407; 100.0% identity (100.0% similar) in 1262 aa overlap (1-1262:1-1262)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MLQQVPENINFPAEEEKILEFWTEFNCFQECLKQSKHKPKFTFYDGPPFATGLPHYGHIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MLQQVPENINFPAEEEKILEFWTEFNCFQECLKQSKHKPKFTFYDGPPFATGLPHYGHIL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 AGTIKDIVTRYAHQSGFHVDRRFGWDCHGLPVEYEIDKTLGIRGPEDVAKMGITEYNNQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 AGTIKDIVTRYAHQSGFHVDRRFGWDCHGLPVEYEIDKTLGIRGPEDVAKMGITEYNNQC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 RAIVMRYSAEWKSTVSRLGRWIDFDNDYKTLYPQFMESVWWVFKQLYDKGLVYRGVKVMP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RAIVMRYSAEWKSTVSRLGRWIDFDNDYKTLYPQFMESVWWVFKQLYDKGLVYRGVKVMP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 FSTACNTPLSNFESHQNYKDVQDPSVFVTFPLEEDETVSLVAWTTTPWTLPSNLAVCVNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 FSTACNTPLSNFESHQNYKDVQDPSVFVTFPLEEDETVSLVAWTTTPWTLPSNLAVCVNP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 EMQYVKIKDVARGRLLILMEARLSALYKLESDYEILERFPGAYLKGKKYRPLFDYFLKCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 EMQYVKIKDVARGRLLILMEARLSALYKLESDYEILERFPGAYLKGKKYRPLFDYFLKCK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 ENGAFTVLVDNYVKEEEGTGVVHQAPYFGAEDYRVCMDFNIIRKDSLPVCPVDASGCFTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ENGAFTVLVDNYVKEEEGTGVVHQAPYFGAEDYRVCMDFNIIRKDSLPVCPVDASGCFTT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 EVTDFAGQYVKDADKSIIRTLKEQGRLLVATTFTHSYPFCWRSDTPLIYKAVPSWFVRVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 EVTDFAGQYVKDADKSIIRTLKEQGRLLVATTFTHSYPFCWRSDTPLIYKAVPSWFVRVE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 NMVDQLLRNNDLCYWVPELVREKRFGNWLKDARDWTISRNRYWGTPIPLWVSDDFEEVVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NMVDQLLRNNDLCYWVPELVREKRFGNWLKDARDWTISRNRYWGTPIPLWVSDDFEEVVC
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 IGSVAELEELSGAKISDLHRESVDHLTIPSRCGKGSLHRISEVFDCWFESGSMPYAQVHY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IGSVAELEELSGAKISDLHRESVDHLTIPSRCGKGSLHRISEVFDCWFESGSMPYAQVHY
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 PFENKREFEDAFPADFIAEGIDQTRGWFYTLLVLATALFGQPPFKNVIVNGLVLASDGQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PFENKREFEDAFPADFIAEGIDQTRGWFYTLLVLATALFGQPPFKNVIVNGLVLASDGQK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 MSKRKKNYPDPVSIIQKYGADALRLYLINSPVVRAENLRFKEEGVRDVLKDVLLPWYNAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MSKRKKNYPDPVSIIQKYGADALRLYLINSPVVRAENLRFKEEGVRDVLKDVLLPWYNAY
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 RFLIQNVLRLQKEEEIEFLYNENTVRESPNITDRWILSFMQSLIGFFETEMAAYRLYTVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RFLIQNVLRLQKEEEIEFLYNENTVRESPNITDRWILSFMQSLIGFFETEMAAYRLYTVV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 PRLVKFVDILTNWYVRMNRRRLKGENGMEDCVMALETLFSVLLSLCRLMAPYTPFLTELM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PRLVKFVDILTNWYVRMNRRRLKGENGMEDCVMALETLFSVLLSLCRLMAPYTPFLTELM
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 YQNLKVLIDPVSVQDKDTLSIHYLMLPRVREELIDKKTESAVSQMQSVIELGRVIRDRKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 YQNLKVLIDPVSVQDKDTLSIHYLMLPRVREELIDKKTESAVSQMQSVIELGRVIRDRKT
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 IPIKYPLKEIVVIHQDPEALKDIKSLEKYIIEELNVRKVTLSTDKNKYGIRLRAEPDHMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IPIKYPLKEIVVIHQDPEALKDIKSLEKYIIEELNVRKVTLSTDKNKYGIRLRAEPDHMV
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB4 LGKRLKGAFKAVMTSIKQLSSEELEQFQKTGTIVVEGHELHDEDIRLMYTFDQATGGTAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LGKRLKGAFKAVMTSIKQLSSEELEQFQKTGTIVVEGHELHDEDIRLMYTFDQATGGTAQ
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB4 FEAHSDAQALVLLDVTPDQSMVDEGMAREVINRIQKLRKKCNLVPTDEITVYYKAKSEGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 FEAHSDAQALVLLDVTPDQSMVDEGMAREVINRIQKLRKKCNLVPTDEITVYYKAKSEGT
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB4 YLNSVIESHTEFIFTTIKAPLKPYPVSPSDKVLIQEKTQLKGSELEITLTRGSSLPGPAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 YLNSVIESHTEFIFTTIKAPLKPYPVSPSDKVLIQEKTQLKGSELEITLTRGSSLPGPAC
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB4 AYVNLNICANGSEQGGVLLLENPKGDNRLDLLKLKSVVTSIFGVKNTELAVFHDETEIQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 AYVNLNICANGSEQGGVLLLENPKGDNRLDLLKLKSVVTSIFGVKNTELAVFHDETEIQN
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB4 QTDLLSLSGKTLCVTAGSAPSLINSSSTLLCQYINLQLLNAKPQECLMGTVGTLLLENPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QTDLLSLSGKTLCVTAGSAPSLINSSSTLLCQYINLQLLNAKPQECLMGTVGTLLLENPL
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB4 GQNGLTHQGLLYEAAKVFGLRSRKLKLFLNETQTQEITEDIPVKTLNMKTVYVSVLPTTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GQNGLTHQGLLYEAAKVFGLRSRKLKLFLNETQTQEITEDIPVKTLNMKTVYVSVLPTTA
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB4 DF
::
NP_002 DF
>>NP_038203 (OMIM: 600709,617093) isoleucine--tRNA ligas (1262 aa)
initn: 8407 init1: 8407 opt: 8407 Z-score: 10173.3 bits: 1894.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 8407; 100.0% identity (100.0% similar) in 1262 aa overlap (1-1262:1-1262)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MLQQVPENINFPAEEEKILEFWTEFNCFQECLKQSKHKPKFTFYDGPPFATGLPHYGHIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 MLQQVPENINFPAEEEKILEFWTEFNCFQECLKQSKHKPKFTFYDGPPFATGLPHYGHIL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 AGTIKDIVTRYAHQSGFHVDRRFGWDCHGLPVEYEIDKTLGIRGPEDVAKMGITEYNNQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 AGTIKDIVTRYAHQSGFHVDRRFGWDCHGLPVEYEIDKTLGIRGPEDVAKMGITEYNNQC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 RAIVMRYSAEWKSTVSRLGRWIDFDNDYKTLYPQFMESVWWVFKQLYDKGLVYRGVKVMP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 RAIVMRYSAEWKSTVSRLGRWIDFDNDYKTLYPQFMESVWWVFKQLYDKGLVYRGVKVMP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 FSTACNTPLSNFESHQNYKDVQDPSVFVTFPLEEDETVSLVAWTTTPWTLPSNLAVCVNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 FSTACNTPLSNFESHQNYKDVQDPSVFVTFPLEEDETVSLVAWTTTPWTLPSNLAVCVNP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 EMQYVKIKDVARGRLLILMEARLSALYKLESDYEILERFPGAYLKGKKYRPLFDYFLKCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 EMQYVKIKDVARGRLLILMEARLSALYKLESDYEILERFPGAYLKGKKYRPLFDYFLKCK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 ENGAFTVLVDNYVKEEEGTGVVHQAPYFGAEDYRVCMDFNIIRKDSLPVCPVDASGCFTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 ENGAFTVLVDNYVKEEEGTGVVHQAPYFGAEDYRVCMDFNIIRKDSLPVCPVDASGCFTT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 EVTDFAGQYVKDADKSIIRTLKEQGRLLVATTFTHSYPFCWRSDTPLIYKAVPSWFVRVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 EVTDFAGQYVKDADKSIIRTLKEQGRLLVATTFTHSYPFCWRSDTPLIYKAVPSWFVRVE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 NMVDQLLRNNDLCYWVPELVREKRFGNWLKDARDWTISRNRYWGTPIPLWVSDDFEEVVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 NMVDQLLRNNDLCYWVPELVREKRFGNWLKDARDWTISRNRYWGTPIPLWVSDDFEEVVC
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 IGSVAELEELSGAKISDLHRESVDHLTIPSRCGKGSLHRISEVFDCWFESGSMPYAQVHY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 IGSVAELEELSGAKISDLHRESVDHLTIPSRCGKGSLHRISEVFDCWFESGSMPYAQVHY
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pF1KB4 PFENKREFEDAFPADFIAEGIDQTRGWFYTLLVLATALFGQPPFKNVIVNGLVLASDGQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 PFENKREFEDAFPADFIAEGIDQTRGWFYTLLVLATALFGQPPFKNVIVNGLVLASDGQK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 MSKRKKNYPDPVSIIQKYGADALRLYLINSPVVRAENLRFKEEGVRDVLKDVLLPWYNAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 MSKRKKNYPDPVSIIQKYGADALRLYLINSPVVRAENLRFKEEGVRDVLKDVLLPWYNAY
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670 680 690 700 710 720
pF1KB4 RFLIQNVLRLQKEEEIEFLYNENTVRESPNITDRWILSFMQSLIGFFETEMAAYRLYTVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 RFLIQNVLRLQKEEEIEFLYNENTVRESPNITDRWILSFMQSLIGFFETEMAAYRLYTVV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 PRLVKFVDILTNWYVRMNRRRLKGENGMEDCVMALETLFSVLLSLCRLMAPYTPFLTELM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 PRLVKFVDILTNWYVRMNRRRLKGENGMEDCVMALETLFSVLLSLCRLMAPYTPFLTELM
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 YQNLKVLIDPVSVQDKDTLSIHYLMLPRVREELIDKKTESAVSQMQSVIELGRVIRDRKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 YQNLKVLIDPVSVQDKDTLSIHYLMLPRVREELIDKKTESAVSQMQSVIELGRVIRDRKT
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 IPIKYPLKEIVVIHQDPEALKDIKSLEKYIIEELNVRKVTLSTDKNKYGIRLRAEPDHMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 IPIKYPLKEIVVIHQDPEALKDIKSLEKYIIEELNVRKVTLSTDKNKYGIRLRAEPDHMV
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB4 LGKRLKGAFKAVMTSIKQLSSEELEQFQKTGTIVVEGHELHDEDIRLMYTFDQATGGTAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 LGKRLKGAFKAVMTSIKQLSSEELEQFQKTGTIVVEGHELHDEDIRLMYTFDQATGGTAQ
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB4 FEAHSDAQALVLLDVTPDQSMVDEGMAREVINRIQKLRKKCNLVPTDEITVYYKAKSEGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 FEAHSDAQALVLLDVTPDQSMVDEGMAREVINRIQKLRKKCNLVPTDEITVYYKAKSEGT
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB4 YLNSVIESHTEFIFTTIKAPLKPYPVSPSDKVLIQEKTQLKGSELEITLTRGSSLPGPAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 YLNSVIESHTEFIFTTIKAPLKPYPVSPSDKVLIQEKTQLKGSELEITLTRGSSLPGPAC
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB4 AYVNLNICANGSEQGGVLLLENPKGDNRLDLLKLKSVVTSIFGVKNTELAVFHDETEIQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 AYVNLNICANGSEQGGVLLLENPKGDNRLDLLKLKSVVTSIFGVKNTELAVFHDETEIQN
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB4 QTDLLSLSGKTLCVTAGSAPSLINSSSTLLCQYINLQLLNAKPQECLMGTVGTLLLENPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 QTDLLSLSGKTLCVTAGSAPSLINSSSTLLCQYINLQLLNAKPQECLMGTVGTLLLENPL
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB4 GQNGLTHQGLLYEAAKVFGLRSRKLKLFLNETQTQEITEDIPVKTLNMKTVYVSVLPTTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 GQNGLTHQGLLYEAAKVFGLRSRKLKLFLNETQTQEITEDIPVKTLNMKTVYVSVLPTTA
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB4 DF
::
NP_038 DF
>>NP_060530 (OMIM: 612801,616007) isoleucine--tRNA ligas (1012 aa)
initn: 764 init1: 235 opt: 1050 Z-score: 1263.8 bits: 245.7 E(85289): 1.2e-63
Smith-Waterman score: 1052; 29.1% identity (54.7% similar) in 919 aa overlap (1-858:65-923)
10 20
pF1KB4 MLQQVPENINFPAEEEKILEFWTEFNC-FQ
.: :. ... .... :. . .: :.
NP_060 GATKRLLVRSVSGASNHQPNSNSGRYRDTVLLPQTSFPMKLLGRQQPDTELEIQQKCGFS
40 50 60 70 80 90
30 40 50 60 70 80
pF1KB4 ECL---KQSKHKPKFTFYDGPPFATGLPHYGHILAGTIKDIVTRYAHQSGFHVDRRFGWD
: .. : : .: ..::::.:.: :: :: : .:::..:. ..: .. :::
NP_060 ELYSWQRERKVKTEFCLHDGPPYANGDPHVGHALNKILKDIANRFHMMNGSKIHFVPGWD
100 110 120 130 140 150
90 100 110 120 130 140
pF1KB4 CHGLPVEYEIDKTLGIRGPEDVAKMGITEYNNQCRAIVMRYSAEWKSTVSRLGRWIDFDN
:::::.: .. . :: : .... : : .. :... . ::. : : :..:
NP_060 CHGLPIEIKVLSELG-REAQNLSAM---EIRKKARSFAKAAIEKQKSAFIRWGIMADWNN
160 170 180 190 200 210
150 160 170 180 190 200
pF1KB4 DYKTLYPQFMESVWWVFKQLYDKGLVYRGVKVMPFSTACNTPLSNFESHQNYKDVQDPSV
: :. .. . .: :.::::::::. : . .: . : :.. : . : . :. :.
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220 230 240 250 260
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NP_057 KYMKKVMPFVAMIKENLEKMGPRILDLQLEFDEKAVLMENIVYLTNSLELEHIEVKFASE
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NP_057 AEDKIREDCCPGKPLNVFRIEPGVSVSLVNPQPSNGHFSTKIEIRQGDNCDSIIRRLMKM
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pF1KB4 PEDVAKMGITEYNNQCRAIVMRYSAEWKSTVSRLGRWIDFDNDYKT--LYPQFMESVWWV
..:.: .:. .. : . : . : :
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NP_064 TKDNGVVPVVKELMGEEILGASLSAPLTSY-------KVIYVLPMLTIKEDKGTGVVTSV
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