Result of FASTA (omim) for
pF1KB3968
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3968, 445 aa
1>>>pF1KB3968 445 - 445 aa - 445 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1864+/-0.000403; mu= 19.0190+/- 0.025
mean_var=79.0470+/-15.949, 0's: 0 Z-trim(112.3): 29 B-trim: 33 in 1/54
Lambda= 0.144255
statistics sampled from 21164 (21184) to 21164 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.605), E-opt: 0.2 (0.248), width: 16
Scan time: 8.490
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003809 (OMIM: 603549) phosphatidate cytidylyltr ( 445) 3038 642.2 8.3e-184
XP_011527692 (OMIM: 603549) PREDICTED: phosphatida ( 367) 2527 535.7 7.4e-152
XP_006723723 (OMIM: 603549) PREDICTED: phosphatida ( 394) 2249 477.9 2e-134
NP_001254 (OMIM: 603548) phosphatidate cytidylyltr ( 461) 2232 474.4 2.7e-133
XP_005262744 (OMIM: 603548) PREDICTED: phosphatida ( 421) 1591 341.0 3.6e-93
XP_016863139 (OMIM: 603548) PREDICTED: phosphatida ( 360) 1587 340.1 5.7e-93
XP_016863140 (OMIM: 603548) PREDICTED: phosphatida ( 337) 1241 268.1 2.6e-71
XP_016863138 (OMIM: 603548) PREDICTED: phosphatida ( 398) 1241 268.1 2.9e-71
XP_016863137 (OMIM: 603548) PREDICTED: phosphatida ( 438) 1241 268.2 3.1e-71
>>NP_003809 (OMIM: 603549) phosphatidate cytidylyltransf (445 aa)
initn: 3038 init1: 3038 opt: 3038 Z-score: 3420.9 bits: 642.2 E(85289): 8.3e-184
Smith-Waterman score: 3038; 100.0% identity (100.0% similar) in 445 aa overlap (1-445:1-445)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MTELRQRVAHEPVAPPEDKESESEAKVDGETASDSESRAESAPLPVSADDTPEVLNRALS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MTELRQRVAHEPVAPPEDKESESEAKVDGETASDSESRAESAPLPVSADDTPEVLNRALS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 NLSSRWKNWWVRGILTLAMIAFFFIIIYLGPMVLMIIVMCVQIKCFHEIITIGYNVYHSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NLSSRWKNWWVRGILTLAMIAFFFIIIYLGPMVLMIIVMCVQIKCFHEIITIGYNVYHSY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 DLPWFRTLSWYFLLCVNYFFYGETVTDYFFTLVQREEPLRILSKYHRFISFTLYLIGFCM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DLPWFRTLSWYFLLCVNYFFYGETVTDYFFTLVQREEPLRILSKYHRFISFTLYLIGFCM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 FVLSLVKKHYRLQFYMFGWTHVTLLIVVTQSHLVIHNLFEGMIWFIVPISCVICNDIMAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FVLSLVKKHYRLQFYMFGWTHVTLLIVVTQSHLVIHNLFEGMIWFIVPISCVICNDIMAY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 MFGFFFGRTPLIKLSPKKTWEGFIGGFFATVVFGLLLSYVMSGYRCFVCPVEYNNDTNSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MFGFFFGRTPLIKLSPKKTWEGFIGGFFATVVFGLLLSYVMSGYRCFVCPVEYNNDTNSF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 TVDCEPSDLFRLQEYNIPGVIQSVIGWKTVRMYPFQIHSIALSTFASLIGPFGGFFASGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TVDCEPSDLFRLQEYNIPGVIQSVIGWKTVRMYPFQIHSIALSTFASLIGPFGGFFASGF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 KRAFKIKDFANTIPGHGGIMDRFDCQYLMATFVNVYIASFIRGPNPSKLIQQFLTLRPDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KRAFKIKDFANTIPGHGGIMDRFDCQYLMATFVNVYIASFIRGPNPSKLIQQFLTLRPDQ
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KB3 QLHIFNTLRSHLIDKGMLTSTTEDE
:::::::::::::::::::::::::
NP_003 QLHIFNTLRSHLIDKGMLTSTTEDE
430 440
>>XP_011527692 (OMIM: 603549) PREDICTED: phosphatidate c (367 aa)
initn: 2527 init1: 2527 opt: 2527 Z-score: 2847.3 bits: 535.7 E(85289): 7.4e-152
Smith-Waterman score: 2527; 100.0% identity (100.0% similar) in 367 aa overlap (79-445:1-367)
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 DDTPEVLNRALSNLSSRWKNWWVRGILTLAMIAFFFIIIYLGPMVLMIIVMCVQIKCFHE
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MIAFFFIIIYLGPMVLMIIVMCVQIKCFHE
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 IITIGYNVYHSYDLPWFRTLSWYFLLCVNYFFYGETVTDYFFTLVQREEPLRILSKYHRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IITIGYNVYHSYDLPWFRTLSWYFLLCVNYFFYGETVTDYFFTLVQREEPLRILSKYHRF
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 ISFTLYLIGFCMFVLSLVKKHYRLQFYMFGWTHVTLLIVVTQSHLVIHNLFEGMIWFIVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ISFTLYLIGFCMFVLSLVKKHYRLQFYMFGWTHVTLLIVVTQSHLVIHNLFEGMIWFIVP
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 ISCVICNDIMAYMFGFFFGRTPLIKLSPKKTWEGFIGGFFATVVFGLLLSYVMSGYRCFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ISCVICNDIMAYMFGFFFGRTPLIKLSPKKTWEGFIGGFFATVVFGLLLSYVMSGYRCFV
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 CPVEYNNDTNSFTVDCEPSDLFRLQEYNIPGVIQSVIGWKTVRMYPFQIHSIALSTFASL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 CPVEYNNDTNSFTVDCEPSDLFRLQEYNIPGVIQSVIGWKTVRMYPFQIHSIALSTFASL
220 230 240 250 260 270
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 IGPFGGFFASGFKRAFKIKDFANTIPGHGGIMDRFDCQYLMATFVNVYIASFIRGPNPSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IGPFGGFFASGFKRAFKIKDFANTIPGHGGIMDRFDCQYLMATFVNVYIASFIRGPNPSK
280 290 300 310 320 330
410 420 430 440
pF1KB3 LIQQFLTLRPDQQLHIFNTLRSHLIDKGMLTSTTEDE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LIQQFLTLRPDQQLHIFNTLRSHLIDKGMLTSTTEDE
340 350 360
>>XP_006723723 (OMIM: 603549) PREDICTED: phosphatidate c (394 aa)
initn: 2249 init1: 2249 opt: 2249 Z-score: 2534.2 bits: 477.9 E(85289): 2e-134
Smith-Waterman score: 2249; 100.0% identity (100.0% similar) in 327 aa overlap (1-327:1-327)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MTELRQRVAHEPVAPPEDKESESEAKVDGETASDSESRAESAPLPVSADDTPEVLNRALS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MTELRQRVAHEPVAPPEDKESESEAKVDGETASDSESRAESAPLPVSADDTPEVLNRALS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 NLSSRWKNWWVRGILTLAMIAFFFIIIYLGPMVLMIIVMCVQIKCFHEIITIGYNVYHSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 NLSSRWKNWWVRGILTLAMIAFFFIIIYLGPMVLMIIVMCVQIKCFHEIITIGYNVYHSY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 DLPWFRTLSWYFLLCVNYFFYGETVTDYFFTLVQREEPLRILSKYHRFISFTLYLIGFCM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 DLPWFRTLSWYFLLCVNYFFYGETVTDYFFTLVQREEPLRILSKYHRFISFTLYLIGFCM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 FVLSLVKKHYRLQFYMFGWTHVTLLIVVTQSHLVIHNLFEGMIWFIVPISCVICNDIMAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 FVLSLVKKHYRLQFYMFGWTHVTLLIVVTQSHLVIHNLFEGMIWFIVPISCVICNDIMAY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 MFGFFFGRTPLIKLSPKKTWEGFIGGFFATVVFGLLLSYVMSGYRCFVCPVEYNNDTNSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MFGFFFGRTPLIKLSPKKTWEGFIGGFFATVVFGLLLSYVMSGYRCFVCPVEYNNDTNSF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 TVDCEPSDLFRLQEYNIPGVIQSVIGWKTVRMYPFQIHSIALSTFASLIGPFGGFFASGF
:::::::::::::::::::::::::::
XP_006 TVDCEPSDLFRLQEYNIPGVIQSVIGWVCATHRGKRSGCTPSRFTASLSPPLPRSLAPLE
310 320 330 340 350 360
>>NP_001254 (OMIM: 603548) phosphatidate cytidylyltransf (461 aa)
initn: 2247 init1: 2218 opt: 2232 Z-score: 2514.1 bits: 474.4 E(85289): 2.7e-133
Smith-Waterman score: 2247; 71.5% identity (88.9% similar) in 459 aa overlap (1-441:1-458)
10 20 30 40
pF1KB3 MTELRQRVA----HEPVAPPE--------DKESES----EAKVDGETASDSESRAES-AP
: :::.: . .: :.::. :.:.:: :. .: . .: .::..: :
NP_001 MLELRHRGSCPGPREAVSPPHREGEAAGGDHETESTSDKETDID-DRYGDLDSRTDSDIP
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 -LPVSADDTPEVLNRALSNLSSRWKNWWVRGILTLAMIAFFFIIIYLGPMVLMIIVMCVQ
.: :.: :::.:..:::.:::::::::.::::::.::..::.:::.: ..::..:. .:
NP_001 EIPPSSDRTPEILKKALSGLSSRWKNWWIRGILTLTMISLFFLIIYMGSFMLMLLVLGIQ
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 IKCFHEIITIGYNVYHSYDLPWFRTLSWYFLLCVNYFFYGETVTDYFFTLVQREEPLRIL
.::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::.::: :.::::: :..:
NP_001 VKCFHEIITIGYRVYHSYDLPWFRTLSWYFLLCVNYFFYGETVADYFATFVQREEQLQFL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 SKYHRFISFTLYLIGFCMFVLSLVKKHYRLQFYMFGWTHVTLLIVVTQSHLVIHNLFEGM
.:::::::.::: :::::::::::::::::::::.::::::::.::::::::.::::::
NP_001 IRYHRFISFALYLAGFCMFVLSLVKKHYRLQFYMFAWTHVTLLITVTQSHLVIQNLFEGM
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 IWFIVPISCVICNDIMAYMFGFFFGRTPLIKLSPKKTWEGFIGGFFATVVFGLLLSYVMS
:::.:::: :::::: ::.:::::::::::::::::::::::::::.:::::.. .::.:
NP_001 IWFLVPISSVICNDITAYLFGFFFGRTPLIKLSPKKTWEGFIGGFFSTVVFGFIAAYVLS
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 GYRCFVCPVEYNNDTNSFTVDCEPSDLFRLQEYNIPGVIQSVIGWKTVRMYPFQIHSIAL
:. ::::::: .:.:::...::::.::.:: :..: ...:. . : .::::::::::
NP_001 KYQYFVCPVEYRSDVNSFVTECEPSELFQLQTYSLPPFLKAVLRQERVSLYPFQIHSIAL
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 STFASLIGPFGGFFASGFKRAFKIKDFANTIPGHGGIMDRFDCQYLMATFVNVYIASFIR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.::::
NP_001 STFASLIGPFGGFFASGFKRAFKIKDFANTIPGHGGIMDRFDCQYLMATFVHVYITSFIR
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440
pF1KB3 GPNPSKLIQQFLTLRPDQQLHIFNTLRSHLIDKGMLTSTTEDE
::::::..::.:.:.:.:::.:..::..:::.::.: :
NP_001 GPNPSKVLQQLLVLQPEQQLNIYKTLKTHLIEKGILQPTLKV
420 430 440 450 460
>>XP_005262744 (OMIM: 603548) PREDICTED: phosphatidate c (421 aa)
initn: 1968 init1: 1573 opt: 1591 Z-score: 1793.7 bits: 341.0 E(85289): 3.6e-93
Smith-Waterman score: 1921; 64.1% identity (81.3% similar) in 459 aa overlap (1-441:1-418)
10 20 30 40
pF1KB3 MTELRQRVA----HEPVAPPE--------DKESES----EAKVDGETASDSESRAES-AP
: :::.: . .: :.::. :.:.:: :. .: . .: .::..: :
XP_005 MLELRHRGSCPGPREAVSPPHREGEAAGGDHETESTSDKETDID-DRYGDLDSRTDSDIP
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 -LPVSADDTPEVLNRALSNLSSRWKNWWVRGILTLAMIAFFFIIIYLGPMVLMIIVMCVQ
.: :.: :::.:..:::.:::::::::.::::::.::..::.:::.: ..::..:. .:
XP_005 EIPPSSDRTPEILKKALSGLSSRWKNWWIRGILTLTMISLFFLIIYMGSFMLMLLVLGIQ
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 IKCFHEIITIGYNVYHSYDLPWFRTLSWYFLLCVNYFFYGETVTDYFFTLVQREEPLRIL
.::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::.::: :.::::: :..:
XP_005 VKCFHEIITIGYRVYHSYDLPWFRTLSWYFLLCVNYFFYGETVADYFATFVQREEQLQFL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 SKYHRFISFTLYLIGFCMFVLSLVKKHYRLQFYMFGWTHVTLLIVVTQSHLVIHNLFEGM
.:::::::.::: :::::::::::::::::::::.::::::::.::::::::.::::::
XP_005 IRYHRFISFALYLAGFCMFVLSLVKKHYRLQFYMFAWTHVTLLITVTQSHLVIQNLFEGM
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 IWFIVPISCVICNDIMAYMFGFFFGRTPLIKLSPKKTWEGFIGGFFATVVFGLLLSYVMS
:::.:::: :::::: ::.:::::::::::::::::::::::::::.:::::.. .::.:
XP_005 IWFLVPISSVICNDITAYLFGFFFGRTPLIKLSPKKTWEGFIGGFFSTVVFGFIAAYVLS
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 GYRCFVCPVEYNNDTNSFTVDCEPSDLFRLQEYNIPGVIQSVIGWKTVRMYPFQIHSIAL
:. ::::::: .:.:::...::::.::.:: :..: ::
XP_005 KYQYFVCPVEYRSDVNSFVTECEPSELFQLQTYSLP---------------PF-------
300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 STFASLIGPFGGFFASGFKRAFKIKDFANTIPGHGGIMDRFDCQYLMATFVNVYIASFIR
.: ... .::::::::::::::::::::::::::.:::.::::
XP_005 -----------------LKAVLR-QDFANTIPGHGGIMDRFDCQYLMATFVHVYITSFIR
340 350 360 370
410 420 430 440
pF1KB3 GPNPSKLIQQFLTLRPDQQLHIFNTLRSHLIDKGMLTSTTEDE
::::::..::.:.:.:.:::.:..::..:::.::.: :
XP_005 GPNPSKVLQQLLVLQPEQQLNIYKTLKTHLIEKGILQPTLKV
380 390 400 410 420
>>XP_016863139 (OMIM: 603548) PREDICTED: phosphatidate c (360 aa)
initn: 1573 init1: 1573 opt: 1587 Z-score: 1790.1 bits: 340.1 E(85289): 5.7e-93
Smith-Waterman score: 1602; 68.5% identity (86.9% similar) in 343 aa overlap (1-325:1-342)
10 20 30 40
pF1KB3 MTELRQRVA----HEPVAPPE--------DKESES----EAKVDGETASDSESRAES-AP
: :::.: . .: :.::. :.:.:: :. .: . .: .::..: :
XP_016 MLELRHRGSCPGPREAVSPPHREGEAAGGDHETESTSDKETDID-DRYGDLDSRTDSDIP
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 -LPVSADDTPEVLNRALSNLSSRWKNWWVRGILTLAMIAFFFIIIYLGPMVLMIIVMCVQ
.: :.: :::.:..:::.:::::::::.::::::.::..::.:::.: ..::..:. .:
XP_016 EIPPSSDRTPEILKKALSGLSSRWKNWWIRGILTLTMISLFFLIIYMGSFMLMLLVLGIQ
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 IKCFHEIITIGYNVYHSYDLPWFRTLSWYFLLCVNYFFYGETVTDYFFTLVQREEPLRIL
.::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::.::: :.::::: :..:
XP_016 VKCFHEIITIGYRVYHSYDLPWFRTLSWYFLLCVNYFFYGETVADYFATFVQREEQLQFL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 SKYHRFISFTLYLIGFCMFVLSLVKKHYRLQFYMFGWTHVTLLIVVTQSHLVIHNLFEGM
.:::::::.::: :::::::::::::::::::::.::::::::.::::::::.::::::
XP_016 IRYHRFISFALYLAGFCMFVLSLVKKHYRLQFYMFAWTHVTLLITVTQSHLVIQNLFEGM
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 IWFIVPISCVICNDIMAYMFGFFFGRTPLIKLSPKKTWEGFIGGFFATVVFGLLLSYVMS
:::.:::: :::::: ::.:::::::::::::::::::::::::::.:::::.. .::.:
XP_016 IWFLVPISSVICNDITAYLFGFFFGRTPLIKLSPKKTWEGFIGGFFSTVVFGFIAAYVLS
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 GYRCFVCPVEYNNDTNSFTVDCEPSDLFRLQEYNIPGVIQSVIGWKTVRMYPFQIHSIAL
:. ::::::: .:.:::...::::.::.:: :..: ...:.
XP_016 KYQYFVCPVEYRSDVNSFVTECEPSELFQLQTYSLPPFLKAVLRQGPKSQQSATAVVGAS
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 STFASLIGPFGGFFASGFKRAFKIKDFANTIPGHGGIMDRFDCQYLMATFVNVYIASFIR
XP_016 T
360
>>XP_016863140 (OMIM: 603548) PREDICTED: phosphatidate c (337 aa)
initn: 1420 init1: 1227 opt: 1241 Z-score: 1401.3 bits: 268.1 E(85289): 2.6e-71
Smith-Waterman score: 1400; 62.7% identity (80.2% similar) in 343 aa overlap (1-325:1-319)
10 20 30 40
pF1KB3 MTELRQRVA----HEPVAPPE--------DKESES----EAKVDGETASDSESRAES-AP
: :::.: . .: :.::. :.:.:: :. .: . .: .::..: :
XP_016 MLELRHRGSCPGPREAVSPPHREGEAAGGDHETESTSDKETDID-DRYGDLDSRTDSDIP
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 -LPVSADDTPEVLNRALSNLSSRWKNWWVRGILTLAMIAFFFIIIYLGPMVLMIIVMCVQ
.: :.: :::.:..:::.:::::::::.::::::.::..::.:::.: ..::..:. .:
XP_016 EIPPSSDRTPEILKKALSGLSSRWKNWWIRGILTLTMISLFFLIIYMGSFMLMLLVLGIQ
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 IKCFHEIITIGYNVYHSYDLPWFRTLSWYFLLCVNYFFYGETVTDYFFTLVQREEPLRIL
.::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::.::: :.::::: :..:
XP_016 VKCFHEIITIGYRVYHSYDLPWFRTLSWYFLLCVNYFFYGETVADYFATFVQREEQLQFL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 SKYHRFISFTLYLIGFCMFVLSLVKKHYRLQFYMFGWTHVTLLIVVTQSHLVIHNLFEGM
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XP_016 T
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230 240 250 260 270 280
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400 410 420 430
445 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 05:29:01 2016 done: Sat Nov 5 05:29:02 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]