Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3935
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3935, 422 aa
1>>>pF1KB3935 422 - 422 aa - 422 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6291+/-0.000849; mu= 16.7830+/- 0.051
mean_var=95.0490+/-18.755, 0's: 0 Z-trim(109.7): 138 B-trim: 153 in 2/49
Lambda= 0.131553
statistics sampled from 10935 (11101) to 10935 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.703), E-opt: 0.2 (0.341), width: 16
Scan time: 2.890
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9017.1 SYT1 gene_id:6857|Hs108|chr12 ( 422) 2784 538.6 4.4e-153
CCDS76582.1 SYT1 gene_id:6857|Hs108|chr12 ( 419) 2752 532.5 2.9e-151
CCDS1427.1 SYT2 gene_id:127833|Hs108|chr1 ( 419) 2135 415.4 5.2e-116
CCDS12919.1 SYT5 gene_id:6861|Hs108|chr19 ( 386) 1587 311.3 1e-84
CCDS74455.1 SYT5 gene_id:6861|Hs108|chr19 ( 382) 1407 277.2 1.9e-74
CCDS871.1 SYT6 gene_id:148281|Hs108|chr1 ( 425) 987 197.5 2e-50
CCDS31577.1 SYT7 gene_id:9066|Hs108|chr11 ( 403) 959 192.2 7.8e-49
CCDS73298.1 SYT7 gene_id:9066|Hs108|chr11 ( 447) 959 192.2 8.4e-49
CCDS58139.1 SYT7 gene_id:9066|Hs108|chr11 ( 478) 959 192.2 8.9e-49
CCDS8732.1 SYT10 gene_id:341359|Hs108|chr12 ( 523) 954 191.3 1.8e-48
CCDS7778.1 SYT9 gene_id:143425|Hs108|chr11 ( 491) 947 190.0 4.4e-48
CCDS12798.1 SYT3 gene_id:84258|Hs108|chr19 ( 590) 938 188.3 1.6e-47
CCDS7726.2 SYT8 gene_id:90019|Hs108|chr11 ( 401) 887 178.5 1e-44
CCDS1122.1 SYT11 gene_id:23208|Hs108|chr1 ( 431) 785 159.2 7.2e-39
CCDS81952.1 SYT17 gene_id:51760|Hs108|chr16 ( 413) 768 155.9 6.5e-38
CCDS76835.1 SYT17 gene_id:51760|Hs108|chr16 ( 470) 768 156.0 7.2e-38
CCDS10575.1 SYT17 gene_id:51760|Hs108|chr16 ( 474) 768 156.0 7.2e-38
CCDS11922.1 SYT4 gene_id:6860|Hs108|chr18 ( 425) 744 151.4 1.6e-36
CCDS73103.1 SYT15 gene_id:83849|Hs108|chr10 ( 421) 590 122.2 9.7e-28
CCDS8154.1 SYT12 gene_id:91683|Hs108|chr11 ( 421) 541 112.9 6.1e-25
CCDS31470.1 SYT13 gene_id:57586|Hs108|chr11 ( 426) 510 107.0 3.7e-23
CCDS73934.1 DOC2B gene_id:8447|Hs108|chr17 ( 412) 486 102.4 8.4e-22
CCDS73104.1 SYT15 gene_id:83849|Hs108|chr10 ( 390) 485 102.2 9.2e-22
CCDS31904.1 RPH3A gene_id:22895|Hs108|chr12 ( 690) 361 78.9 1.7e-14
CCDS44979.1 RPH3A gene_id:22895|Hs108|chr12 ( 694) 361 78.9 1.7e-14
CCDS10666.1 DOC2A gene_id:8448|Hs108|chr16 ( 400) 354 77.3 2.9e-14
CCDS47674.1 RASA4 gene_id:10156|Hs108|chr7 ( 757) 313 69.8 1e-11
CCDS59506.1 RASA4B gene_id:100271927|Hs108|chr7 ( 757) 313 69.8 1e-11
CCDS5725.1 RASA4 gene_id:10156|Hs108|chr7 ( 803) 313 69.8 1.1e-11
CCDS298.1 SYTL1 gene_id:84958|Hs108|chr1 ( 550) 308 68.7 1.5e-11
CCDS53286.1 SYTL1 gene_id:84958|Hs108|chr1 ( 562) 308 68.7 1.6e-11
>>CCDS9017.1 SYT1 gene_id:6857|Hs108|chr12 (422 aa)
initn: 2784 init1: 2784 opt: 2784 Z-score: 2861.9 bits: 538.6 E(32554): 4.4e-153
Smith-Waterman score: 2784; 100.0% identity (100.0% similar) in 422 aa overlap (1-422:1-422)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MVSESHHEALAAPPVTTVATVLPSNATEPASPGEGKEDAFSKLKEKFMNELHKIPLPPWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 MVSESHHEALAAPPVTTVATVLPSNATEPASPGEGKEDAFSKLKEKFMNELHKIPLPPWA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 LIAIAIVAVLLVLTCCFCICKKCLFKKKNKKKGKEKGGKNAINMKDVKDLGKTMKDQALK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 LIAIAIVAVLLVLTCCFCICKKCLFKKKNKKKGKEKGGKNAINMKDVKDLGKTMKDQALK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 DDDAETGLTDGEEKEEPKEEEKLGKLQYSLDYDFQNNQLLVGIIQAAELPALDMGGTSDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 DDDAETGLTDGEEKEEPKEEEKLGKLQYSLDYDFQNNQLLVGIIQAAELPALDMGGTSDP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 YVKVFLLPDKKKKFETKVHRKTLNPVFNEQFTFKVPYSELGGKTLVMAVYDFDRFSKHDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 YVKVFLLPDKKKKFETKVHRKTLNPVFNEQFTFKVPYSELGGKTLVMAVYDFDRFSKHDI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 IGEFKVPMNTVDFGHVTEEWRDLQSAEKEEQEKLGDICFSLRYVPTAGKLTVVILEAKNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 IGEFKVPMNTVDFGHVTEEWRDLQSAEKEEQEKLGDICFSLRYVPTAGKLTVVILEAKNL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 KKMDVGGLSDPYVKIHLMQNGKRLKKKKTTIKKNTLNPYYNESFSFEVPFEQIQKVQVVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 KKMDVGGLSDPYVKIHLMQNGKRLKKKKTTIKKNTLNPYYNESFSFEVPFEQIQKVQVVV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 TVLDYDKIGKNDAIGKVFVGYNSTGAELRHWSDMLANPRRPIAQWHTLQVEEEVDAMLAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 TVLDYDKIGKNDAIGKVFVGYNSTGAELRHWSDMLANPRRPIAQWHTLQVEEEVDAMLAV
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 KK
::
CCDS90 KK
>>CCDS76582.1 SYT1 gene_id:6857|Hs108|chr12 (419 aa)
initn: 2037 init1: 2037 opt: 2752 Z-score: 2829.1 bits: 532.5 E(32554): 2.9e-151
Smith-Waterman score: 2752; 99.3% identity (99.3% similar) in 422 aa overlap (1-422:1-419)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MVSESHHEALAAPPVTTVATVLPSNATEPASPGEGKEDAFSKLKEKFMNELHKIPLPPWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 MVSESHHEALAAPPVTTVATVLPSNATEPASPGEGKEDAFSKLKEKFMNELHKIPLPPWA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 LIAIAIVAVLLVLTCCFCICKKCLFKKKNKKKGKEKGGKNAINMKDVKDLGKTMKDQALK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 LIAIAIVAVLLVLTCCFCICKKCLFKKKNKKKGKEKGGKNAINMKDVKDLGKTMKDQ---
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 DDDAETGLTDGEEKEEPKEEEKLGKLQYSLDYDFQNNQLLVGIIQAAELPALDMGGTSDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 DDDAETGLTDGEEKEEPKEEEKLGKLQYSLDYDFQNNQLLVGIIQAAELPALDMGGTSDP
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 YVKVFLLPDKKKKFETKVHRKTLNPVFNEQFTFKVPYSELGGKTLVMAVYDFDRFSKHDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 YVKVFLLPDKKKKFETKVHRKTLNPVFNEQFTFKVPYSELGGKTLVMAVYDFDRFSKHDI
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 IGEFKVPMNTVDFGHVTEEWRDLQSAEKEEQEKLGDICFSLRYVPTAGKLTVVILEAKNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 IGEFKVPMNTVDFGHVTEEWRDLQSAEKEEQEKLGDICFSLRYVPTAGKLTVVILEAKNL
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 KKMDVGGLSDPYVKIHLMQNGKRLKKKKTTIKKNTLNPYYNESFSFEVPFEQIQKVQVVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 KKMDVGGLSDPYVKIHLMQNGKRLKKKKTTIKKNTLNPYYNESFSFEVPFEQIQKVQVVV
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 TVLDYDKIGKNDAIGKVFVGYNSTGAELRHWSDMLANPRRPIAQWHTLQVEEEVDAMLAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 TVLDYDKIGKNDAIGKVFVGYNSTGAELRHWSDMLANPRRPIAQWHTLQVEEEVDAMLAV
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 KK
::
CCDS76 KK
>>CCDS1427.1 SYT2 gene_id:127833|Hs108|chr1 (419 aa)
initn: 2415 init1: 1678 opt: 2135 Z-score: 2196.2 bits: 415.4 E(32554): 5.2e-116
Smith-Waterman score: 2135; 76.9% identity (89.9% similar) in 424 aa overlap (2-422:4-419)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MVSESHHEALAAPPVTTVAT-VLP-SNATEPASPGEGKEDAFSKLKEKFMNELHKIPL
. . ..: ..:: .::.. . : .:.:: .. ::..:: :.:::::..::..::::
CCDS14 MRNIFKRNQEPIVAPATTTATMPIGPVDNSTESGGAGESQEDMFAKLKEKLFNEINKIPL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 PPWALIAIAIVAVLLVLTCCFCICKKCLFKKKNKKKGKEKGGKNAINMKDVKDLGKTMKD
:::::::::.:: ::.::::::::::: :::..:: : :: :::.::::.: :.
CCDS14 PPWALIAIAVVAGLLLLTCCFCICKKCCCKKKKNKKEKGKGMKNAMNMKDMKG-GQ----
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 QALKDDDAETGLTDGE-EKEEPKEEEKLGKLQYSLDYDFQNNQLLVGIIQAAELPALDMG
:::::::::.:: : :: :: :.:::::.::::::: ::: ::..:::::::::::
CCDS14 ---DDDDAETGLTEGEGEGEEEKEPENLGKLQFSLDYDFQANQLTVGVLQAAELPALDMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 GTSDPYVKVFLLPDKKKKFETKVHRKTLNPVFNEQFTFKVPYSELGGKTLVMAVYDFDRF
::::::::::::::::::.:::::::::::.::: :::::::.::::::::::.::::::
CCDS14 GTSDPYVKVFLLPDKKKKYETKVHRKTLNPAFNETFTFKVPYQELGGKTLVMAIYDFDRF
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 SKHDIIGEFKVPMNTVDFGHVTEEWRDLQSAEKEEQEKLGDICFSLRYVPTAGKLTVVIL
:::::::: ::::::::.:. :::::::..:::: ::::::: ::::::::::::: ::
CCDS14 SKHDIIGEVKVPMNTVDLGQPIEEWRDLQGGEKEEPEKLGDICTSLRYVPTAGKLTVCIL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 EAKNLKKMDVGGLSDPYVKIHLMQNGKRLKKKKTTIKKNTLNPYYNESFSFEVPFEQIQK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.:::::.:::::::.:::::::
CCDS14 EAKNLKKMDVGGLSDPYVKIHLMQNGKRLKKKKTTVKKKTLNPYFNESFSFEIPFEQIQK
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 VQVVVTVLDYDKIGKNDAIGKVFVGYNSTGAELRHWSDMLANPRRPIAQWHTLQVEEEVD
::::::::::::.:::.::::.::: :.::.::::::::::::::::::::.:. :::::
CCDS14 VQVVVTVLDYDKLGKNEAIGKIFVGSNATGTELRHWSDMLANPRRPIAQWHSLKPEEEVD
360 370 380 390 400 410
420
pF1KB3 AMLAVKK
:.:. .:
CCDS14 ALLGKNK
>>CCDS12919.1 SYT5 gene_id:6861|Hs108|chr19 (386 aa)
initn: 1896 init1: 1422 opt: 1587 Z-score: 1634.6 bits: 311.3 E(32554): 1e-84
Smith-Waterman score: 1596; 59.8% identity (83.5% similar) in 388 aa overlap (28-414:4-380)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MVSESHHEALAAPPVTTVATVLPSNATEPASPGEGKEDAFSKLKEKFMNELHKIPLPPWA
:: .:: . :. ... . :.::::
CCDS12 MFPEPPTPGPPSPDTPPD-----SSRISHGPVPPWA
10 20 30
70 80 90 100 110
pF1KB3 LIAIAIVAVLLVLTCCFCICKKCLFKKKNKKK-GKEKGGKNAINMKDVKDLGKTMKDQAL
: .:..:. ::...:::: :..:. ... ::.. .. .....:: ::... :..
CCDS12 LATIVLVSGLLIFSCCFC-----LYRKSCRRRTGKKSQAQAQVHLQEVKGLGQSYIDKVQ
40 50 60 70 80
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 KDDDAETGLTDGEEKEEPKEEEKLGKLQYSLDYDFQNNQLLVGIIQAAELPALDMGGTSD
. . .: .. ..: ::.::::::::::..::::::.:: : :::.::.::
CCDS12 PEVEELEPAPSGPGQQVADKHE-LGRLQYSLDYDFQSGQLLVGILQAMGLAALDLGGSSD
90 100 110 120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 PYVKVFLLPDKKKKFETKVHRKTLNPVFNEQFTFKVPYSELGGKTLVMAVYDFDRFSKHD
:::.:.:::::....::::::.:::: :.: :.::::: ::::..::::::::::::..:
CCDS12 PYVRVYLLPDKRRRYETKVHRQTLNPHFGETFAFKVPYVELGGRVLVMAVYDFDRFSRND
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 IIGEFKVPMNTVDFGHVTEEWRDLQSAEKEEQEKLGDICFSLRYVPTAGKLTVVILEAKN
::: .:::..::.:. .. ::.::.: .::::::::::::::::::::::::..:::::
CCDS12 AIGEVRVPMSSVDLGRPVQAWRELQAAPREEQEKLGDICFSLRYVPTAGKLTVIVLEAKN
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 LKKMDVGGLSDPYVKIHLMQNGKRLKKKKTTIKKNTLNPYYNESFSFEVPFEQIQKVQVV
:::::::::::::::.::.:.::...:::::::::::::::::.:::::: .:.:::::
CCDS12 LKKMDVGGLSDPYVKVHLLQGGKKVRKKKTTIKKNTLNPYYNEAFSFEVPCDQVQKVQVE
270 280 290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 VTVLDYDKIGKNDAIGKVFVGYNSTGAELRHWSDMLANPRRPIAQWHTLQVEEEVDAMLA
.:::::::.:::.:::.: :: . :: ::::.::::::::::::::.:. ..:
CCDS12 LTVLDYDKLGKNEAIGRVAVGAAAGGAGLRHWADMLANPRRPIAQWHSLRPPDRVRLLPA
330 340 350 360 370 380
420
pF1KB3 VKK
CCDS12 P
>>CCDS74455.1 SYT5 gene_id:6861|Hs108|chr19 (382 aa)
initn: 1408 init1: 784 opt: 1407 Z-score: 1450.0 bits: 277.2 E(32554): 1.9e-74
Smith-Waterman score: 1407; 72.8% identity (92.4% similar) in 276 aa overlap (139-414:102-376)
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 DLGKTMKDQALKDDDAETGLTDGEEKEEPKEEEKLGKLQYSLDYDFQNNQLLVGIIQAAE
....::.::::::::::..::::::.::
CCDS74 PTPVASATAQVQPEVEELEPAPSGPGQQVADKHELGRLQYSLDYDFQSGQLLVGILQAMG
80 90 100 110 120 130
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 LPALDMGGTSDPYVKVFLLPDKKKKFETKVHRKTLNPVFNEQFTFKVPYSELGGKTLVMA
: :::.::.:::::.:.:::::....::::::.:::: :.: :.::::: ::::..::::
CCDS74 LAALDLGGSSDPYVRVYLLPDKRRRYETKVHRQTLNPHFGETFAFKVPYVELGGRVLVMA
140 150 160 170 180 190
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 VYDFDRFSKHDIIGEFKVPMNTVDFGHVTEEWRDLQSAEKEEQEKLGDICFSLRYVPTAG
::::::::..: ::: .:::..::.:. .. ::.::.: .:: :::::::::::::::::
CCDS74 VYDFDRFSRNDAIGEVRVPMSSVDLGRPVQAWRELQAAPREE-EKLGDICFSLRYVPTAG
200 210 220 230 240 250
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 KLTVVILEAKNLKKMDVGGLSDPYVKIHLMQNGKRLKKKKTTIKKNTLNPYYNESFSFEV
::::..::::::::::::::::::::.::.:.::...:::::::::::::::::.:::::
CCDS74 KLTVIVLEAKNLKKMDVGGLSDPYVKVHLLQGGKKVRKKKTTIKKNTLNPYYNEAFSFEV
260 270 280 290 300 310
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 PFEQIQKVQVVVTVLDYDKIGKNDAIGKVFVGYNSTGAELRHWSDMLANPRRPIAQWHTL
: .:.::::: .:::::::.:::.:::.: :: . :: ::::.::::::::::::::.:
CCDS74 PCDQVQKVQVELTVLDYDKLGKNEAIGRVAVGAAAGGAGLRHWADMLANPRRPIAQWHSL
320 330 340 350 360 370
410 420
pF1KB3 QVEEEVDAMLAVKK
. ..:
CCDS74 RPPDRVRLLPAP
380
>>CCDS871.1 SYT6 gene_id:148281|Hs108|chr1 (425 aa)
initn: 1097 init1: 541 opt: 987 Z-score: 1018.6 bits: 197.5 E(32554): 2e-50
Smith-Waterman score: 987; 50.5% identity (80.4% similar) in 281 aa overlap (130-408:133-411)
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 NAINMKDVKDLGKTMKDQALKDDDAETGLTDGEEKEEPKEEEKLGKLQYSLDYDFQNNQL
:::. . . .. ::...:: ::.... :
CCDS87 VDYGNELPPAAEQPTSIGRIKPELYKQKSVDGEDAKS-EATKSCGKINFSLRYDYETETL
110 120 130 140 150 160
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 LVGIIQAAELPALDMGGTSDPYVKVFLLPDKKKKFETKVHRKTLNPVFNEQFTFKVPYSE
.: :..: .::: :. :.::::::..::::.: :..:.::::::::.:.:.: : ::: :
CCDS87 IVRILKAFDLPAKDFCGSSDPYVKIYLLPDRKCKLQTRVHRKTLNPTFDENFHFPVPYEE
170 180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 LGGKTLVMAVYDFDRFSKHDIIGEFKVP--MNTVDFGHVTEEWRDLQSAEKEEQEKLGDI
:. . : ..:.::::::.::.::: . ... :... : :.:.: : .: . ::.:
CCDS87 LADRKLHLSVFDFDRFSRHDMIGEVILDNLFEASDLSRETSIWKDIQYATSESVD-LGEI
230 240 250 260 270 280
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CCDS73 KA
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]