FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3911, 454 aa
1>>>pF1KB3911 454 - 454 aa - 454 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9449+/-0.00108; mu= 14.3555+/- 0.065
mean_var=72.2588+/-14.856, 0's: 0 Z-trim(103.1): 76 B-trim: 351 in 1/47
Lambda= 0.150879
statistics sampled from 7188 (7265) to 7188 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.589), E-opt: 0.2 (0.223), width: 16
Scan time: 2.900
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13575.1 GABPA gene_id:2551|Hs108|chr21 ( 454) 2977 657.6 7.3e-189
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CCDS53724.1 ETS1 gene_id:2113|Hs108|chr11 ( 225) 468 111.4 9.9e-25
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CCDS46648.1 ERG gene_id:2078|Hs108|chr21 ( 486) 408 98.4 1.7e-20
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CCDS55088.1 ETV1 gene_id:2115|Hs108|chr7 ( 477) 369 89.9 6e-18
CCDS33906.1 ETV5 gene_id:2119|Hs108|chr3 ( 510) 362 88.4 1.8e-17
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CCDS32995.2 ETV2 gene_id:2116|Hs108|chr19 ( 342) 356 87.1 3.1e-17
CCDS12600.1 ERF gene_id:2077|Hs108|chr19 ( 548) 358 87.6 3.5e-17
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CCDS1456.1 ELK4 gene_id:2005|Hs108|chr1 ( 431) 344 84.5 2.4e-16
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CCDS58553.1 ETV4 gene_id:2118|Hs108|chr17 ( 445) 343 84.3 2.8e-16
CCDS11465.1 ETV4 gene_id:2118|Hs108|chr17 ( 484) 343 84.3 3e-16
CCDS77281.1 ETV2 gene_id:2116|Hs108|chr19 ( 155) 336 82.6 3.2e-16
CCDS44250.1 ETV3 gene_id:2117|Hs108|chr1 ( 512) 341 83.9 4.3e-16
CCDS9060.1 ELK3 gene_id:2004|Hs108|chr12 ( 407) 339 83.4 4.8e-16
CCDS59165.1 ELK1 gene_id:2002|Hs108|chrX ( 95) 322 79.5 1.7e-15
CCDS55753.1 EHF gene_id:26298|Hs108|chr11 ( 277) 325 80.3 2.8e-15
CCDS14283.1 ELK1 gene_id:2002|Hs108|chrX ( 428) 322 79.7 6.5e-15
CCDS64062.1 ELF2 gene_id:1998|Hs108|chr4 ( 521) 300 74.9 2.1e-13
CCDS3745.1 ELF2 gene_id:1998|Hs108|chr4 ( 533) 300 74.9 2.2e-13
CCDS3744.1 ELF2 gene_id:1998|Hs108|chr4 ( 581) 300 74.9 2.4e-13
CCDS82954.1 ELF2 gene_id:1998|Hs108|chr4 ( 593) 300 74.9 2.4e-13
CCDS64063.1 ELF2 gene_id:1998|Hs108|chr4 ( 504) 288 72.3 1.3e-12
CCDS45043.1 ELF1 gene_id:1997|Hs108|chr13 ( 595) 282 71.0 3.6e-12
CCDS9374.1 ELF1 gene_id:1997|Hs108|chr13 ( 619) 280 70.6 5.1e-12
CCDS14617.1 ELF4 gene_id:2000|Hs108|chrX ( 663) 278 70.2 7.3e-12
>>CCDS13575.1 GABPA gene_id:2551|Hs108|chr21 (454 aa)
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Smith-Waterman score: 2977; 100.0% identity (100.0% similar) in 454 aa overlap (1-454:1-454)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MTKREAEELIEIEIDGTEKAECTEESIVEQTYAPAECVSQAIDINEPIGNLKKLLEPRLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MTKREAEELIEIEIDGTEKAECTEESIVEQTYAPAECVSQAIDINEPIGNLKKLLEPRLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 CSLDAHEICLQDIQLDPERSLFDQGVKTDGTVQLSVQVISYQGIEPKLNILEIVKPADTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 CSLDAHEICLQDIQLDPERSLFDQGVKTDGTVQLSVQVISYQGIEPKLNILEIVKPADTV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 EVVIDPDAHHAESEAHLVEEAQVITLDGTKHITTISDETSEQVTRWAAALEGYRKEQERL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EVVIDPDAHHAESEAHLVEEAQVITLDGTKHITTISDETSEQVTRWAAALEGYRKEQERL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 GIPYDPIQWSTDQVLHWVVWVMKEFSMTDIDLTTLNISGRELCSLNQEDFFQRVPRGEIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GIPYDPIQWSTDQVLHWVVWVMKEFSMTDIDLTTLNISGRELCSLNQEDFFQRVPRGEIL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 WSHLELLRKYVLASQEQQMNEIVTIDQPVQIIPASVQSATPTTIKVINSSAKAAKVQRAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 WSHLELLRKYVLASQEQQMNEIVTIDQPVQIIPASVQSATPTTIKVINSSAKAAKVQRAP
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310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RISGEDRSSPGNRTGNNGQIQLWQFLLELLTDKDARDCISWVGDEGEFKLNQPELVAQKW
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 GQRKNKPTMNYEKLSRALRYYYDGDMICKVQGKRFVYKFVCDLKTLIGYSAAELNRLVTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GQRKNKPTMNYEKLSRALRYYYDGDMICKVQGKRFVYKFVCDLKTLIGYSAAELNRLVTE
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KB3 CEQKKLAKMQLHGIAQPVTAVALATASLQTEKDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 CEQKKLAKMQLHGIAQPVTAVALATASLQTEKDN
430 440 450
>>CCDS81648.1 ETS1 gene_id:2113|Hs108|chr11 (354 aa)
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Smith-Waterman score: 670; 39.6% identity (62.0% similar) in 313 aa overlap (152-418:37-346)
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VVIDPDAHHAESEAHLVEEAQVITLDGTKHITTISDETSEQVTRWAAALEGYRKEQERLG
.: : : :. . :.. :. :::.:::
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190 200 210 220 230
pF1KB3 IPYDPIQWSTDQVLHWVVWVMKEFSMTDIDLTTLNISGRELCSLNQEDFFQRVPR--GEI
:: :: ::. .: ::.:...:::. .:. . ..: ::.:... :.. .: :.:
CCDS81 IPKDPRQWTETHVRDWVMWAVNEFSLKGVDFQKFCMNGAALCALGKDCFLELAPDFVGDI
70 80 90 100 110 120
240 250 260 270 280
pF1KB3 LWSHLELLRKY-VLASQEQQMNEIV-----TID-------QPVQIIPASVQSATPT----
:: :::.:.: : : . .: : : . .: .: : . . :.
CCDS81 LWEHLEILQKEDVKPYQVNGVNPAYPESRYTSDYFISYGIEHAQCVPPS-EFSEPSFITE
130 140 150 160 170 180
290 300 310
pF1KB3 ---TIKVINS----SAKAAK-----VQRAP---------------RISGEDRSSPGNRTG
:.. :.: : : . . : : .. : : .
CCDS81 SYQTLHPISSEELLSLKYENDYPSVILRDPLQTDTLQNDYFAIKQEVVTPDNMCMGRTSR
190 200 210 220 230 240
320 330 340 350 360 370
pF1KB3 NNGQIQLWQFLLELLTDKDARDCISWVGDEGEFKLNQPELVAQKWGQRKNKPTMNYEKLS
..: ::::::::::::::. .. :::.:: ::::..:. ::..::.::::: :::::::
CCDS81 GSGPIQLWQFLLELLTDKSCQSFISWTGDGWEFKLSDPDEVARRWGKRKNKPKMNYEKLS
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pF1KB3 RALRYYYDGDMICKVQGKRFVYKFVCDLKTLIGYSAAELNRLVTECEQKKLAKMQLHGIA
:.:::::: ..: :. :::.::.:::::..:.::. ::. ..
CCDS81 RGLRYYYDKNIIHKTAGKRYVYRFVCDLQSLLGYTPEELHAMLDVKPDADE
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pF1KB3 QPVTAVALATASLQTEKDN
>>CCDS53724.1 ETS1 gene_id:2113|Hs108|chr11 (225 aa)
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Smith-Waterman score: 468; 63.8% identity (86.7% similar) in 105 aa overlap (314-418:114-217)
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 IKVINSSAKAAKVQRAPRISGEDRSSPGNRTGNNGQIQLWQFLLELLTDKDARDCISWVG
::. : ::::::::::::::. .. :::.:
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pF1KB3 DEGEFKLNQPELVAQKWGQRKNKPTMNYEKLSRALRYYYDGDMICKVQGKRFVYKFVCDL
: ::::..:. ::..::.::::: ::::::::.:::::: ..: :. :::.::.:::::
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pF1KB3 KTLIGYSAAELNRLVTECEQKKLAKMQLHGIAQPVTAVALATASLQTEKDN
..:.::. ::. ..
CCDS53 QSLLGYTPEELHAMLDVKPDADE
210 220
>>CCDS8475.1 ETS1 gene_id:2113|Hs108|chr11 (441 aa)
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Smith-Waterman score: 522; 31.0% identity (51.0% similar) in 400 aa overlap (152-418:37-433)
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VVIDPDAHHAESEAHLVEEAQVITLDGTKHITTISDETSEQVTRWAAALEGYRKEQERLG
.: : : :. . :.. :. :::.:::
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pF1KB3 IPYDPIQWSTDQVLHWVVWVMKEFSMTDIDLTTLNISGRELCSLNQEDFFQRVPR--GEI
:: :: ::. .: ::.:...:::. .:. . ..: ::.:... :.. .: :.:
CCDS84 IPKDPRQWTETHVRDWVMWAVNEFSLKGVDFQKFCMNGAALCALGKDCFLELAPDFVGDI
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:: :::.:.: : ..
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260 270 280
pF1KB3 -------SQEQQMNEIVTIDQPVQIIPASVQS--------------ATPTTI--------
:.:. .. : : :. .:. .:: ..
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290 300 310
pF1KB3 ---------------------KVINSSAKAAKVQRAPR---ISGEDRSS--PGNR-----
. .:... ..::.: ...:: . :...
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pF1KB3 -------------------------TGNNGQIQLWQFLLELLTDKDARDCISWVGDEGEF
::. : ::::::::::::::. .. :::.:: ::
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350 360 370 380 390 400
pF1KB3 KLNQPELVAQKWGQRKNKPTMNYEKLSRALRYYYDGDMICKVQGKRFVYKFVCDLKTLIG
::..:. ::..::.::::: ::::::::.:::::: ..: :. :::.::.:::::..:.:
CCDS84 KLSDPDEVARRWGKRKNKPKMNYEKLSRGLRYYYDKNIIHKTAGKRYVYRFVCDLQSLLG
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450
pF1KB3 YSAAELNRLVTECEQKKLAKMQLHGIAQPVTAVALATASLQTEKDN
:. ::. ..
CCDS84 YTPEELHAMLDVKPDADE
430 440
>>CCDS44767.1 ETS1 gene_id:2113|Hs108|chr11 (485 aa)
initn: 715 init1: 459 opt: 468 Z-score: 552.1 bits: 111.5 E(32554): 2e-24
Smith-Waterman score: 522; 31.0% identity (51.0% similar) in 400 aa overlap (152-418:81-477)
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VVIDPDAHHAESEAHLVEEAQVITLDGTKHITTISDETSEQVTRWAAALEGYRKEQERLG
.: : : :. . :.. :. :::.:::
CCDS44 YPFWDEMATQEVPTGLEHCVSDMECADVPLLTPSSKEMMSQALK--ATFSGFTKEQQRLG
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pF1KB3 IPYDPIQWSTDQVLHWVVWVMKEFSMTDIDLTTLNISGRELCSLNQEDFFQRVPR--GEI
:: :: ::. .: ::.:...:::. .:. . ..: ::.:... :.. .: :.:
CCDS44 IPKDPRQWTETHVRDWVMWAVNEFSLKGVDFQKFCMNGAALCALGKDCFLELAPDFVGDI
110 120 130 140 150 160
240 250
pF1KB3 LWSHLELLRK-----------------------YVLA-----------------------
:: :::.:.: : ..
CCDS44 LWEHLEILQKEDVKPYQVNGVNPAYPESRYTSDYFISYGIEHAQCVPPSEFSEPSFITES
170 180 190 200 210 220
260 270 280
pF1KB3 -------SQEQQMNEIVTIDQPVQIIPASVQS--------------ATPTTI--------
:.:. .. : : :. .:. .:: ..
CCDS44 YQTLHPISSEELLSLKYENDYPSVILRDPLQTDTLQNDYFAIKQEVVTPDNMCMGRTSRG
230 240 250 260 270 280
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pF1KB3 ---------------------KVINSSAKAAKVQRAPR---ISGEDRSS--PGNR-----
. .:... ..::.: ...:: . :...
CCDS44 KLGGQDSFESIESYDSCDRLTQSWSSQSSFNSLQRVPSYDSFDSEDYPAALPNHKPKGTF
290 300 310 320 330 340
320 330 340
pF1KB3 -------------------------TGNNGQIQLWQFLLELLTDKDARDCISWVGDEGEF
::. : ::::::::::::::. .. :::.:: ::
CCDS44 KDYVRDRADLNKDKPVIPAAALAGYTGS-GPIQLWQFLLELLTDKSCQSFISWTGDGWEF
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350 360 370 380 390 400
pF1KB3 KLNQPELVAQKWGQRKNKPTMNYEKLSRALRYYYDGDMICKVQGKRFVYKFVCDLKTLIG
::..:. ::..::.::::: ::::::::.:::::: ..: :. :::.::.:::::..:.:
CCDS44 KLSDPDEVARRWGKRKNKPKMNYEKLSRGLRYYYDKNIIHKTAGKRYVYRFVCDLQSLLG
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410 420 430 440 450
pF1KB3 YSAAELNRLVTECEQKKLAKMQLHGIAQPVTAVALATASLQTEKDN
:. ::. ..
CCDS44 YTPEELHAMLDVKPDADE
470 480
>>CCDS13659.1 ETS2 gene_id:2114|Hs108|chr21 (469 aa)
initn: 730 init1: 448 opt: 457 Z-score: 539.4 bits: 109.1 E(32554): 1e-23
Smith-Waterman score: 552; 32.5% identity (53.4% similar) in 378 aa overlap (168-418:85-461)
140 150 160 170 180 190
pF1KB3 VEEAQVITLDGTKHITTISDETSEQVTRWAAALEGYRKEQERLGIPYDPIQWSTDQVLHW
:.. :..:::.::::: .: :: .:: .:
CCDS13 GLDSISHDSANCELPLLTPCSKAVMSQALKATFSGFKKEQRRLGIPKNPWLWSEQQVCQW
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pF1KB3 VVWVMKEFSMTDIDLTTLNISGRELCSLNQEDFFQRVPR--GEILWSHLELLRKYVLASQ
..:. .:::.....: ....:. ::.:..: :.. .: :.::: ::: . : .
CCDS13 LLWATNEFSLVNVNLQRFGMNGQMLCNLGKERFLELAPDFVGDILWEHLEQMIKENQEKT
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:.:..: ... .:
CCDS13 EDQYEENSHLTSVPHWINSNTLGFGTEQAPYGMQTQNYPKGGLLDSMCPASTPSVLSSEQ
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270 280
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:..: : .:.:: . ..
CCDS13 EFQMFPKSRLSSVSVTYCSVSQDFPGSNLNLLTNNSGTPKDHDSPENGADSFESSDSLLQ
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::... :::.: . : :: ::.: ..
CCDS13 SWNSQSSLLDVQRVPSFESFEDDCSQSLCLNKPTMSFKDYIQERSDPVEQGKPVIPAAVL
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320 330 340 350 360 370
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::. : :::::::::::.::. .. :::.:: :::: .:. ::..::.::::: ::
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::::::.:::::: ..: :..:::.::.:::::..:.:.. ::. ..
CCDS13 YEKLSRGLRYYYDKNIIHKTSGKRYVYRFVCDLQNLLGFTPEELHAILGVQPDTED
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440 450
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:
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..:. .: :: ::::.: .:. :..::..
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. :... . ::.:.:::.....:: . .: ..:: :::. ::. : :
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:.. .. . . : : . :. .. :: . . : . . :.. . :... .
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pF1KB3 NKPTMNYEKLSRALRYYYDGDMICKVQGKRFVYKFVCDLKTLIGYSAAELNRLVTECEQK
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pF1KB3 KLAKMQLHGIAQPVTAVALATASLQTEKDN
CCDS58 PYMGSYHAHPQKMNFVAPHPPALPVTSSSFFAAPNPYWNSPTGGIYPNTRLPTSHMPSHL
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..:. .: :: ::::.: .:. :..::..
CCDS46 MVGSPDTVGMNYGSYMEEKHMPPPNMTTNERRVIVPADPTLWSTDHVRQWLEWAVKEYG
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pF1KB3 MTDIDLTTL-NISGRELCSLNQEDFFQRVPR--GEILWSHLELLRKYVLASQEQQMNEIV
. :... . ::.:.:::.....:: . .: ..:: :::. ::. : .. . .
CCDS46 LPDVNILLFQNIDGKELCKMTKDDFQRLTPSYNADILLSHLHYLRETPLPHLTSDDVDKA
60 70 80 90 100 110
270 280
pF1KB3 TIDQP-----------------VQIIPASVQ---------------SA-------TPTTI
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CCDS46 LQNSPRLMHARNTGGAAFIFPNTSVYPEATQRITTRPDLPYEPPRRSAWTGHGHPTPQSK
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pF1KB3 KVINSSAKAAKVQ-RAPRISGEDRSSP-GNRTGN--NGQIQLWQFLLELLTDKDARDCIS
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CCDS46 AAQPSPSTVPKTEDQRPQLDPYQILGPTSSRLANPGSGQIQLWQFLLELLSDSSNSSCIT
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CCDS82 KMVGSPDTVGMNYGSYMEEKHMPPPNMTTNERRVIVPADPTLWSTDHVRQWLEWAVKEYG
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CCDS82 LPDVNILLFQNIDGKELCKMTKDDFQRLTPSYNADILLSHLHYLRETPLPHLTSDDVDKA
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CCDS82 LGPTSSRLANPGSGQIQLWQFLLELLSDSSNSSCITWEGTNGEFKMTDPDEVARRWGERK
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CCDS82 SKPNMNYDKLSRALRYYYDKNIMTKVHGKRYAYKFDFHGIAQALQPHPPESSLYKYPSDL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]