Result of FASTA (omim) for
pF1KB3878
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3878, 382 aa
1>>>pF1KB3878 382 - 382 aa - 382 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.7842+/-0.000397; mu= -6.2900+/- 0.025
mean_var=386.0040+/-80.449, 0's: 0 Z-trim(123.9): 228 B-trim: 2241 in 1/59
Lambda= 0.065280
statistics sampled from 44179 (44443) to 44179 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.802), E-opt: 0.2 (0.521), width: 16
Scan time: 8.080
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002716 (OMIM: 601914) prolargin precursor [Homo ( 382) 2655 263.5 5.8e-70
NP_958505 (OMIM: 601914) prolargin precursor [Homo ( 382) 2655 263.5 5.8e-70
NP_008966 (OMIM: 217300,603288) keratocan precurso ( 352) 1247 130.9 4.6e-30
NP_002014 (OMIM: 600245) fibromodulin precursor [H ( 376) 858 94.3 5.1e-19
NP_002336 (OMIM: 600616) lumican precursor [Homo s ( 338) 775 86.4 1.1e-16
XP_005270514 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan iso ( 613) 523 62.9 2.3e-09
NP_001186009 (OMIM: 608661) podocan isoform 2 [Hom ( 642) 523 63.0 2.3e-09
NP_001186010 (OMIM: 608661) podocan isoform 2 [Hom ( 642) 523 63.0 2.3e-09
XP_016855783 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan iso ( 652) 523 63.0 2.4e-09
NP_714914 (OMIM: 608661) podocan isoform 1 [Homo s ( 661) 523 63.0 2.4e-09
NP_598010 (OMIM: 125255,610048) decorin isoform a ( 359) 498 60.4 7.9e-09
XP_005268750 (OMIM: 125255,610048) PREDICTED: deco ( 359) 498 60.4 7.9e-09
XP_016874406 (OMIM: 125255,610048) PREDICTED: deco ( 359) 498 60.4 7.9e-09
NP_001911 (OMIM: 125255,610048) decorin isoform a ( 359) 498 60.4 7.9e-09
XP_006719333 (OMIM: 125255,610048) PREDICTED: deco ( 359) 498 60.4 7.9e-09
NP_060150 (OMIM: 603932,607850,608135) asporin iso ( 379) 483 59.0 2.2e-08
XP_016885213 (OMIM: 300106,301870) PREDICTED: bigl ( 368) 478 58.5 3e-08
NP_001702 (OMIM: 300106,301870) biglycan prepropro ( 368) 478 58.5 3e-08
NP_001184225 (OMIM: 603479) extracellular matrix p ( 643) 430 54.2 1e-06
NP_001184224 (OMIM: 603479) extracellular matrix p ( 677) 430 54.2 1e-06
NP_001384 (OMIM: 603479) extracellular matrix prot ( 699) 430 54.2 1.1e-06
XP_005273918 (OMIM: 604806) PREDICTED: leucine-ric ( 674) 340 45.7 0.00037
NP_037412 (OMIM: 604806) leucine-rich repeat trans ( 674) 340 45.7 0.00037
XP_011543185 (OMIM: 604806) PREDICTED: leucine-ric ( 674) 340 45.7 0.00037
NP_001180264 (OMIM: 603932,607850,608135) asporin ( 242) 326 44.0 0.00045
XP_016864013 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 361) 330 44.5 0.00046
XP_011530481 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 412) 330 44.6 0.00051
XP_011538979 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan iso ( 402) 328 44.4 0.00057
NP_071426 (OMIM: 610486) leucine-rich repeat-conta ( 653) 332 45.0 0.00061
XP_011514763 (OMIM: 610486) PREDICTED: leucine-ric ( 653) 332 45.0 0.00061
XP_016867994 (OMIM: 610486) PREDICTED: leucine-ric ( 653) 332 45.0 0.00061
XP_011530477 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 760) 332 45.0 0.00068
XP_016864012 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 385) 324 44.0 0.00071
XP_016864009 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 703) 330 44.8 0.00074
XP_016864008 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 703) 330 44.8 0.00074
NP_001240656 (OMIM: 606654) relaxin receptor 1 iso ( 784) 330 44.9 0.0008
XP_011530478 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 733) 326 44.5 0.00099
XP_016864014 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 352) 318 43.4 0.00099
XP_016864006 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 759) 326 44.5 0.001
XP_011530476 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 783) 326 44.5 0.001
XP_016864010 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 676) 324 44.2 0.0011
NP_067647 (OMIM: 606654) relaxin receptor 1 isofor ( 757) 324 44.3 0.0011
XP_016864011 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 675) 320 43.9 0.0014
XP_016864007 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 756) 320 43.9 0.0015
NP_001240657 (OMIM: 606654) relaxin receptor 1 iso ( 724) 318 43.7 0.0016
NP_612449 (OMIM: 608843) vasorin precursor [Homo s ( 673) 316 43.5 0.0018
XP_011507708 (OMIM: 605127) PREDICTED: opticin iso ( 332) 305 42.1 0.0022
NP_055174 (OMIM: 605127) opticin precursor [Homo s ( 332) 305 42.1 0.0022
NP_001333361 (OMIM: 606666,615311) leucine-rich re ( 927) 315 43.5 0.0024
NP_060960 (OMIM: 606666,615311) leucine-rich repea ( 951) 315 43.5 0.0024
>>NP_002716 (OMIM: 601914) prolargin precursor [Homo sap (382 aa)
initn: 2655 init1: 2655 opt: 2655 Z-score: 1377.0 bits: 263.5 E(85289): 5.8e-70
Smith-Waterman score: 2655; 100.0% identity (100.0% similar) in 382 aa overlap (1-382:1-382)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MRSPLCWLLPLLILASVAQGQPTRRPRPGTGPGRRPRPRPRPTPSFPQPDEPAEPTDLPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MRSPLCWLLPLLILASVAQGQPTRRPRPGTGPGRRPRPRPRPTPSFPQPDEPAEPTDLPP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 PLPPGPPSIFPDCPRECYCPPDFPSALYCDSRNLRKVPVIPPRIHYLYLQNNFITELPVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PLPPGPPSIFPDCPRECYCPPDFPSALYCDSRNLRKVPVIPPRIHYLYLQNNFITELPVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 SFQNATGLRWINLDNNRIRKIDQRVLEKLPGLVFLYMEKNQLEEVPSALPRNLEQLRLSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SFQNATGLRWINLDNNRIRKIDQRVLEKLPGLVFLYMEKNQLEEVPSALPRNLEQLRLSQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 NHISRIPPGVFSKLENLLLLDLQHNRLSDGVFKPDTFHGLKNLMQLNLAHNILRKMPPRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NHISRIPPGVFSKLENLLLLDLQHNRLSDGVFKPDTFHGLKNLMQLNLAHNILRKMPPRV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 PTAIHQLYLDSNKIETIPNGYFKSFPNLAFIRLNYNKLTDRGLPKNSFNISNLLVLHLSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PTAIHQLYLDSNKIETIPNGYFKSFPNLAFIRLNYNKLTDRGLPKNSFNISNLLVLHLSH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 NRISSVPAINNRLEHLYLNNNSIEKINGTQICPNDLVAFHDFSSDLENVPHLRYLRLDGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NRISSVPAINNRLEHLYLNNNSIEKINGTQICPNDLVAFHDFSSDLENVPHLRYLRLDGN
310 320 330 340 350 360
370 380
pF1KB3 YLKPPIPLDLMMCFRLLQSVVI
::::::::::::::::::::::
NP_002 YLKPPIPLDLMMCFRLLQSVVI
370 380
>>NP_958505 (OMIM: 601914) prolargin precursor [Homo sap (382 aa)
initn: 2655 init1: 2655 opt: 2655 Z-score: 1377.0 bits: 263.5 E(85289): 5.8e-70
Smith-Waterman score: 2655; 100.0% identity (100.0% similar) in 382 aa overlap (1-382:1-382)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MRSPLCWLLPLLILASVAQGQPTRRPRPGTGPGRRPRPRPRPTPSFPQPDEPAEPTDLPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_958 MRSPLCWLLPLLILASVAQGQPTRRPRPGTGPGRRPRPRPRPTPSFPQPDEPAEPTDLPP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 PLPPGPPSIFPDCPRECYCPPDFPSALYCDSRNLRKVPVIPPRIHYLYLQNNFITELPVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_958 PLPPGPPSIFPDCPRECYCPPDFPSALYCDSRNLRKVPVIPPRIHYLYLQNNFITELPVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 SFQNATGLRWINLDNNRIRKIDQRVLEKLPGLVFLYMEKNQLEEVPSALPRNLEQLRLSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_958 SFQNATGLRWINLDNNRIRKIDQRVLEKLPGLVFLYMEKNQLEEVPSALPRNLEQLRLSQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 NHISRIPPGVFSKLENLLLLDLQHNRLSDGVFKPDTFHGLKNLMQLNLAHNILRKMPPRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_958 NHISRIPPGVFSKLENLLLLDLQHNRLSDGVFKPDTFHGLKNLMQLNLAHNILRKMPPRV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 PTAIHQLYLDSNKIETIPNGYFKSFPNLAFIRLNYNKLTDRGLPKNSFNISNLLVLHLSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_958 PTAIHQLYLDSNKIETIPNGYFKSFPNLAFIRLNYNKLTDRGLPKNSFNISNLLVLHLSH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 NRISSVPAINNRLEHLYLNNNSIEKINGTQICPNDLVAFHDFSSDLENVPHLRYLRLDGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_958 NRISSVPAINNRLEHLYLNNNSIEKINGTQICPNDLVAFHDFSSDLENVPHLRYLRLDGN
310 320 330 340 350 360
370 380
pF1KB3 YLKPPIPLDLMMCFRLLQSVVI
::::::::::::::::::::::
NP_958 YLKPPIPLDLMMCFRLLQSVVI
370 380
>>NP_008966 (OMIM: 217300,603288) keratocan precursor [H (352 aa)
initn: 1419 init1: 740 opt: 1247 Z-score: 660.8 bits: 130.9 E(85289): 4.6e-30
Smith-Waterman score: 1247; 57.3% identity (84.8% similar) in 316 aa overlap (72-382:41-352)
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 PTPSFPQPDEPAEPTDLPPPLPPGPPSIFPDCPRECYCPPDFPSALYCDSRNLRKVPVIP
.:: ::.:::.::.::::..:.:...:.::
NP_008 VLFITDTVWSRSVRQVYEVHDSDDWTIHDFECPMECFCPPSFPTALYCENRGLKEIPAIP
20 30 40 50 60 70
110 120 130 140 150
pF1KB3 PRIHYLYLQNNFITELPVESFQNATGLRWINLDNNRIRK--IDQRVLEKLPGLVFLYMEK
:: :::::::.: .: . :.::: ::::::..:.: . :.. .: .: :.::..:
NP_008 SRIWYLYLQNNLIETIPEKPFENATQLRWINLNKNKITNYGIEKGALSQLKKLLFLFLED
80 90 100 110 120 130
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 NQLEEVPSALPRNLEQLRLSQNHISRIPPGVFSKLENLLLLDLQHNRLSDGVFKPDTFHG
:.:::::: :::.::::.:..:..:::: :.::.:::: :::::.:.: :..:. :::.:
NP_008 NELEEVPSPLPRSLEQLQLARNKVSRIPQGTFSNLENLTLLDLQNNKLVDNAFQRDTFKG
140 150 160 170 180 190
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 LKNLMQLNLAHNILRKMPPRVPTAIHQLYLDSNKIETIPNGYFKSFPNLAFIRLNYNKLT
::::::::.:.: ::.::::.:. ::.::.:.:: ::..::. .:..::.:::.:::.
NP_008 LKNLMQLNMAKNALRNMPPRLPANTMQLFLDNNSIEGIPENYFNVIPKVAFLRLNHNKLS
200 210 220 230 240 250
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 DRGLPKNSFNISNLLVLHLSHNRISSVPAINNRLEHLYLNNNSIEKINGTQICPND--LV
:.:::. .:..:..: :.::::....:: :. .:.::.:..:.:...: . :::. :
NP_008 DEGLPSRGFDVSSILDLQLSHNQLTKVPRISAHLQHLHLDHNKIKSVNVSVICPSPSMLP
260 270 280 290 300 310
340 350 360 370 380
pF1KB3 AFHD-FSSDLENVPHLRYLRLDGNYLKPPIPLDLMMCFRLLQSVVI
: .: :: ::::::::::: .:::::. :: ::::::.:.:
NP_008 AERDSFSYG----PHLRYLRLDGNEIKPPIPMALMTCFRLLQAVII
320 330 340 350
>>NP_002014 (OMIM: 600245) fibromodulin precursor [Homo (376 aa)
initn: 966 init1: 360 opt: 858 Z-score: 462.4 bits: 94.3 E(85289): 5.1e-19
Smith-Waterman score: 905; 40.2% identity (68.6% similar) in 388 aa overlap (7-382:3-376)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MRSPLCW--LLPLLILASVAQGQPTRRPRPGTGPGRRPRPRPRPTPSFPQPDEPAEP---
: :: : : :..:.: :. : . : : : : ::
NP_002 MQWTSLLLLAGLFSLSQAQYEDDPHWWFHY-LRSQQSTYYDPYDPYPYETYEPYPY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 -TDLPPPLPPGPPSIFPD---CPRECYCPPDFPSALYCDSRNLRKVPVIPPRIHYLYLQN
.: : : :: :: ::.:: :::.::.:.:::.:::. .: .: :..:.:.::
NP_002 GVDEGPAYTYGSPSP-PDPRDCPQECDCPPNFPTAMYCDNRNLKYLPFVPSRMKYVYFQN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KB3 NFITELPVESFQNATGLRWINLDNNRIR--KIDQRVLEKLPGLVFLYMEKNQLEEVPSAL
: :: . :.::::: :: : .:.: :. ..:. :: : ::...:.: ..:. :
NP_002 NQITSIQEGVFDNATGLLWIALHGNQITSDKVGRKVFSKLRHLERLYLDHNNLTRMPGPL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 PRNLEQLRLSQNHISRIPPGVFSKLENLLLLDLQHNRLSDGVFKPDTFHGLKNLMQLNLA
::.:..:.:..:.:::.: ... :::: : ::::.... ....::..:. :.:.
NP_002 PRSLRELHLDHNQISRVPNNALEGLENLTALYLQHNEIQE---VGSSMRGLRSLILLDLS
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 HNILRKMPPRVPTAIHQLYLDSNKIETIPNGYFKSFPNLAFIRLNYNKLTDRGLPKNSFN
.: :::.: .:.:..:::.. :.. :.:..::.. :.: ..::..:.::. :: .:.::
NP_002 YNHLRKVPDGLPSALEQLYMEHNNVYTVPDSYFRGAPKLLYVRLSHNSLTNNGLASNTFN
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 ISNLLVLHLSHNRISSVPAINNRLEHLYLNNNSIEKINGTQICPNDLVAFHDFSSDLENV
:.:: : ::.:.....: .:. ::.:::..: :.... ...: .: :. :
NP_002 SSSLLELDLSYNQLQKIPPVNTNLENLYLQGNRINEFSISSFCT--VV-------DVVNF
300 310 320 330 340
350 360 370 380
pF1KB3 PHLRYLRLDGNYLK-PPIPLDLMMCFRLLQSVVI
.:. :::::: .: .: : .:.:: . . :
NP_002 SKLQVLRLDGNEIKRSAMPADAPLCLRLASLIEI
350 360 370
>>NP_002336 (OMIM: 600616) lumican precursor [Homo sapie (338 aa)
initn: 719 init1: 344 opt: 775 Z-score: 420.8 bits: 86.4 E(85289): 1.1e-16
Smith-Waterman score: 805; 39.8% identity (72.8% similar) in 324 aa overlap (66-382:26-337)
40 50 60 70 80 90
pF1KB3 PRPRPRPTPSFPQPDEPAEPTDLPPPLPPGPPSIF----PDCPRECYCPPDFPSALYCDS
: ::. :.: :: :: ..:::.:::
NP_002 MSLSAFTLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSPNCAPECNCPESYPSAMYCDE
10 20 30 40 50
100 110 120 130 140
pF1KB3 RNLRKVPVIPPRIHYLYLQNNFITELPVESFQNATGLRWINLDNNRIR--KIDQRVLEKL
.:..::..:: :.::::.:: : .. ..:.:.: :.:. ::.: .. :: ::. ::
NP_002 LKLKSVPMVPPGIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRVFSKL
60 70 80 90 100 110
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 PGLVFLYMEKNQLEEVPSALPRNLEQLRLSQNHISRIPPGVFSKLENLLLLDLQHNRLSD
: :....:.: : . ::..::.:.:..:.:... : : : :: .. ::::::..
NP_002 KQLKKLHINHNNLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKL--GSFEGLVNLTFIHLQHNRLKE
120 130 140 150 160 170
210 220 230 240 250 260
pF1KB3 GVFKPDTFHGLKNLMQLNLAHNILRKMPPRVPTAIHQLYLDSNKIETIPNGYFKSFPNLA
. . .:.:::.: :.:. : . ..: .:... ::::.::: .::. ::: : :
NP_002 DAVSA-AFKGLKSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKRFNALQ
180 190 200 210 220 230
270 280 290 300 310 320
pF1KB3 FIRLNYNKLTDRGLPKNSFNISNLLVLHLSHNRISSVPAINNRLEHLYLNNNSIEKINGT
..::..:.:.: :.: ::::.:.:. : ::.:.....:..:. ::. ::. :..::..
NP_002 YLRLSHNELADSGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQLEKFDIK
240 250 260 270 280 290
330 340 350 360 370 380
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>>NP_001186010 (OMIM: 608661) podocan isoform 2 [Homo sa (642 aa)
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: :.:..:.:...... . :
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>>XP_016855783 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan isoform (652 aa)
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XP_016 RDCACSQE--GVVDCGGIDLREFPGDLPEHTNHLSLQNNQLEKIYPEELSRLHRLETLNL
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>>NP_714914 (OMIM: 608661) podocan isoform 1 [Homo sapie (661 aa)
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NP_714 RDCACSQE--GVVDCGGIDLREFPGDLPEHTNHLSLQNNQLEKIYPEELSRLHRLETLNL
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NP_714 QNNRLTSRGLPEKAFEHLTNLNYLYLANNKLTLAPRFLPNALISVDFAANYLTKIYGLTF
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NP_714 GQKPNLRSVYLHNNKLADAGLPDNMFNGSSNVEVLILSSNFLRHVPKHLPPALYKLHLKN
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pF1KB3 NKIETIPNGYFKSFPNLAFIRLNYNKLTDRGLPKNSF-NISNLLVLHLSHNRISSVPA-I
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NP_714 NKLEKIPPGAFSELSSLRELYLQNNYLTDEGLDNETFWKLSSLEYLDLSSNNLSRVPAGL
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