Result of FASTA (omim) for
pF1KB3844
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3844, 674 aa
1>>>pF1KB3844 674 - 674 aa - 674 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2170+/-0.000531; mu= 15.1193+/- 0.033
mean_var=113.5982+/-22.796, 0's: 0 Z-trim(111.1): 479 B-trim: 817 in 1/54
Lambda= 0.120334
statistics sampled from 18979 (19553) to 18979 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.588), E-opt: 0.2 (0.229), width: 16
Scan time: 10.200
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_005273918 (OMIM: 604806) PREDICTED: leucine-ric ( 674) 4426 780.5 0
NP_037412 (OMIM: 604806) leucine-rich repeat trans ( 674) 4426 780.5 0
XP_011543185 (OMIM: 604806) PREDICTED: leucine-ric ( 674) 4426 780.5 0
XP_005260739 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 2479 442.5 2.4e-123
XP_011527506 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 2479 442.5 2.4e-123
NP_037413 (OMIM: 604808,615271) leucine-rich repea ( 649) 2479 442.5 2.4e-123
XP_011527507 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 2479 442.5 2.4e-123
NP_938205 (OMIM: 604808,615271) leucine-rich repea ( 649) 2479 442.5 2.4e-123
XP_016876622 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 1835 330.7 1.1e-89
NP_001333072 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 1835 330.7 1.1e-89
NP_001333073 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 1835 330.7 1.1e-89
XP_005267547 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 1835 330.7 1.1e-89
XP_016876620 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 1835 330.7 1.1e-89
XP_016876619 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 1835 330.7 1.1e-89
XP_016876623 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 1835 330.7 1.1e-89
XP_016876621 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 1835 330.7 1.1e-89
XP_016876618 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 1835 330.7 1.1e-89
XP_011534913 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 1835 330.7 1.1e-89
NP_001333075 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 1835 330.7 1.1e-89
XP_016876624 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 1835 330.7 1.1e-89
NP_001333074 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 1835 330.7 1.1e-89
NP_037363 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat trans ( 660) 1835 330.7 1.1e-89
XP_011518544 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 427 86.2 4.1e-16
XP_011518546 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 427 86.2 4.1e-16
XP_016873561 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 427 86.2 4.1e-16
XP_011518545 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 427 86.2 4.1e-16
XP_016873562 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 427 86.2 4.1e-16
XP_011518542 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 427 86.2 4.1e-16
XP_016873565 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 427 86.2 4.1e-16
XP_011518541 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 427 86.2 4.1e-16
XP_016873568 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 427 86.2 4.1e-16
XP_016873560 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 427 86.2 4.1e-16
XP_011518543 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 427 86.2 4.1e-16
XP_016873566 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 427 86.2 4.1e-16
XP_016873567 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 427 86.2 4.1e-16
XP_016873564 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 427 86.2 4.1e-16
XP_016873559 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 427 86.2 4.1e-16
NP_065980 (OMIM: 608817) leucine-rich repeat-conta ( 640) 427 86.2 4.1e-16
XP_016873563 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 427 86.2 4.1e-16
XP_011518540 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 427 86.2 4.1e-16
NP_001245348 (OMIM: 608817) leucine-rich repeat-co ( 640) 427 86.2 4.1e-16
NP_079269 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat trans ( 518) 408 82.8 3.5e-15
NP_001269857 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat tr ( 519) 408 82.8 3.5e-15
NP_001073982 (OMIM: 603104) carboxypeptidase N sub ( 545) 408 82.9 3.6e-15
NP_001278917 (OMIM: 603104) carboxypeptidase N sub ( 545) 408 82.9 3.6e-15
XP_005269337 (OMIM: 603104) PREDICTED: carboxypept ( 545) 408 82.9 3.6e-15
NP_001128217 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat tr ( 590) 408 82.9 3.8e-15
NP_001269853 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat tr ( 590) 408 82.9 3.8e-15
NP_001317299 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat tr ( 591) 408 82.9 3.8e-15
NP_002014 (OMIM: 600245) fibromodulin precursor [H ( 376) 394 80.3 1.5e-14
>>XP_005273918 (OMIM: 604806) PREDICTED: leucine-rich re (674 aa)
initn: 4426 init1: 4426 opt: 4426 Z-score: 4162.0 bits: 780.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4426; 100.0% identity (100.0% similar) in 674 aa overlap (1-674:1-674)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MVVAHPTATATTTPTATVTATVVMTTATMDLRDWLFLCYGLIAFLTEVIDSTTCPSVCRC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MVVAHPTATATTTPTATVTATVVMTTATMDLRDWLFLCYGLIAFLTEVIDSTTCPSVCRC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 DNGFIYCNDRGLTSIPADIPDDATTLYLQNNQINNAGIPQDLKTKVNVQVIYLYENDLDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DNGFIYCNDRGLTSIPADIPDDATTLYLQNNQINNAGIPQDLKTKVNVQVIYLYENDLDE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 FPINLPRSLRELHLQDNNVRTIARDSLARIPLLEKLHLDDNSVSTVSIEEDAFADSKQLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 FPINLPRSLRELHLQDNNVRTIARDSLARIPLLEKLHLDDNSVSTVSIEEDAFADSKQLK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 LLFLSRNHLSSIPSGLPHTLEELRLDDNRISTIPLHAFKGLNSLRRLVLDGNLLANQRIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LLFLSRNHLSSIPSGLPHTLEELRLDDNRISTIPLHAFKGLNSLRRLVLDGNLLANQRIA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 DDTFSRLQNLTELSLVRNSLAAPPLNLPSAHLQKLYLQDNAISHIPYNTLAKMRELERLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DDTFSRLQNLTELSLVRNSLAAPPLNLPSAHLQKLYLQDNAISHIPYNTLAKMRELERLD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 LSNNNLTTLPRGLFDDLGNLAQLLLRNNPWFCGCNLMWLRDWVKARAAVVNVRGLMCQGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LSNNNLTTLPRGLFDDLGNLAQLLLRNNPWFCGCNLMWLRDWVKARAAVVNVRGLMCQGP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EKVRGMAIKDITSEMDECFETGPQGGVANAAAKTTASNHASATTPQGSLFTLKAKRPGLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EKVRGMAIKDITSEMDECFETGPQGGVANAAAKTTASNHASATTPQGSLFTLKAKRPGLR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 LPDSNIDYPMATGDGAKTLAIHVKALTADSIRITWKATLPASSFRLSWLRLGHSPAVGSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LPDSNIDYPMATGDGAKTLAIHVKALTADSIRITWKATLPASSFRLSWLRLGHSPAVGSI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 TETLVQGDKTEYLLTALEPKSTYIICMVTMETSNAYVADETPVCAKAETADSYGPTTTLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TETLVQGDKTEYLLTALEPKSTYIICMVTMETSNAYVADETPVCAKAETADSYGPTTTLN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 QEQNAGPMASLPLAGIIGGAVALVFLFLVLGAICWYVHQAGELLTRERAYNRGSRKKDDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QEQNAGPMASLPLAGIIGGAVALVFLFLVLGAICWYVHQAGELLTRERAYNRGSRKKDDY
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 MESGTKKDNSILEIRGPGLQMLPINPYRAKEEYVVHTIFPSNGSSLCKATHTIGYGTTRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MESGTKKDNSILEIRGPGLQMLPINPYRAKEEYVVHTIFPSNGSSLCKATHTIGYGTTRG
610 620 630 640 650 660
670
pF1KB3 YRDGGIPDIDYSYT
::::::::::::::
XP_005 YRDGGIPDIDYSYT
670
>>NP_037412 (OMIM: 604806) leucine-rich repeat transmemb (674 aa)
initn: 4426 init1: 4426 opt: 4426 Z-score: 4162.0 bits: 780.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4426; 100.0% identity (100.0% similar) in 674 aa overlap (1-674:1-674)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MVVAHPTATATTTPTATVTATVVMTTATMDLRDWLFLCYGLIAFLTEVIDSTTCPSVCRC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 MVVAHPTATATTTPTATVTATVVMTTATMDLRDWLFLCYGLIAFLTEVIDSTTCPSVCRC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 DNGFIYCNDRGLTSIPADIPDDATTLYLQNNQINNAGIPQDLKTKVNVQVIYLYENDLDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 DNGFIYCNDRGLTSIPADIPDDATTLYLQNNQINNAGIPQDLKTKVNVQVIYLYENDLDE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 FPINLPRSLRELHLQDNNVRTIARDSLARIPLLEKLHLDDNSVSTVSIEEDAFADSKQLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 FPINLPRSLRELHLQDNNVRTIARDSLARIPLLEKLHLDDNSVSTVSIEEDAFADSKQLK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 LLFLSRNHLSSIPSGLPHTLEELRLDDNRISTIPLHAFKGLNSLRRLVLDGNLLANQRIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 LLFLSRNHLSSIPSGLPHTLEELRLDDNRISTIPLHAFKGLNSLRRLVLDGNLLANQRIA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 DDTFSRLQNLTELSLVRNSLAAPPLNLPSAHLQKLYLQDNAISHIPYNTLAKMRELERLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 DDTFSRLQNLTELSLVRNSLAAPPLNLPSAHLQKLYLQDNAISHIPYNTLAKMRELERLD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 LSNNNLTTLPRGLFDDLGNLAQLLLRNNPWFCGCNLMWLRDWVKARAAVVNVRGLMCQGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 LSNNNLTTLPRGLFDDLGNLAQLLLRNNPWFCGCNLMWLRDWVKARAAVVNVRGLMCQGP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EKVRGMAIKDITSEMDECFETGPQGGVANAAAKTTASNHASATTPQGSLFTLKAKRPGLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 EKVRGMAIKDITSEMDECFETGPQGGVANAAAKTTASNHASATTPQGSLFTLKAKRPGLR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 LPDSNIDYPMATGDGAKTLAIHVKALTADSIRITWKATLPASSFRLSWLRLGHSPAVGSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 LPDSNIDYPMATGDGAKTLAIHVKALTADSIRITWKATLPASSFRLSWLRLGHSPAVGSI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 TETLVQGDKTEYLLTALEPKSTYIICMVTMETSNAYVADETPVCAKAETADSYGPTTTLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 TETLVQGDKTEYLLTALEPKSTYIICMVTMETSNAYVADETPVCAKAETADSYGPTTTLN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 QEQNAGPMASLPLAGIIGGAVALVFLFLVLGAICWYVHQAGELLTRERAYNRGSRKKDDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 QEQNAGPMASLPLAGIIGGAVALVFLFLVLGAICWYVHQAGELLTRERAYNRGSRKKDDY
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 MESGTKKDNSILEIRGPGLQMLPINPYRAKEEYVVHTIFPSNGSSLCKATHTIGYGTTRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 MESGTKKDNSILEIRGPGLQMLPINPYRAKEEYVVHTIFPSNGSSLCKATHTIGYGTTRG
610 620 630 640 650 660
670
pF1KB3 YRDGGIPDIDYSYT
::::::::::::::
NP_037 YRDGGIPDIDYSYT
670
>>XP_011543185 (OMIM: 604806) PREDICTED: leucine-rich re (674 aa)
initn: 4426 init1: 4426 opt: 4426 Z-score: 4162.0 bits: 780.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4426; 100.0% identity (100.0% similar) in 674 aa overlap (1-674:1-674)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MVVAHPTATATTTPTATVTATVVMTTATMDLRDWLFLCYGLIAFLTEVIDSTTCPSVCRC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MVVAHPTATATTTPTATVTATVVMTTATMDLRDWLFLCYGLIAFLTEVIDSTTCPSVCRC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 DNGFIYCNDRGLTSIPADIPDDATTLYLQNNQINNAGIPQDLKTKVNVQVIYLYENDLDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DNGFIYCNDRGLTSIPADIPDDATTLYLQNNQINNAGIPQDLKTKVNVQVIYLYENDLDE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 FPINLPRSLRELHLQDNNVRTIARDSLARIPLLEKLHLDDNSVSTVSIEEDAFADSKQLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FPINLPRSLRELHLQDNNVRTIARDSLARIPLLEKLHLDDNSVSTVSIEEDAFADSKQLK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 LLFLSRNHLSSIPSGLPHTLEELRLDDNRISTIPLHAFKGLNSLRRLVLDGNLLANQRIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LLFLSRNHLSSIPSGLPHTLEELRLDDNRISTIPLHAFKGLNSLRRLVLDGNLLANQRIA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 DDTFSRLQNLTELSLVRNSLAAPPLNLPSAHLQKLYLQDNAISHIPYNTLAKMRELERLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DDTFSRLQNLTELSLVRNSLAAPPLNLPSAHLQKLYLQDNAISHIPYNTLAKMRELERLD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 LSNNNLTTLPRGLFDDLGNLAQLLLRNNPWFCGCNLMWLRDWVKARAAVVNVRGLMCQGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LSNNNLTTLPRGLFDDLGNLAQLLLRNNPWFCGCNLMWLRDWVKARAAVVNVRGLMCQGP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EKVRGMAIKDITSEMDECFETGPQGGVANAAAKTTASNHASATTPQGSLFTLKAKRPGLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EKVRGMAIKDITSEMDECFETGPQGGVANAAAKTTASNHASATTPQGSLFTLKAKRPGLR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 LPDSNIDYPMATGDGAKTLAIHVKALTADSIRITWKATLPASSFRLSWLRLGHSPAVGSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LPDSNIDYPMATGDGAKTLAIHVKALTADSIRITWKATLPASSFRLSWLRLGHSPAVGSI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 TETLVQGDKTEYLLTALEPKSTYIICMVTMETSNAYVADETPVCAKAETADSYGPTTTLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TETLVQGDKTEYLLTALEPKSTYIICMVTMETSNAYVADETPVCAKAETADSYGPTTTLN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 QEQNAGPMASLPLAGIIGGAVALVFLFLVLGAICWYVHQAGELLTRERAYNRGSRKKDDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QEQNAGPMASLPLAGIIGGAVALVFLFLVLGAICWYVHQAGELLTRERAYNRGSRKKDDY
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 MESGTKKDNSILEIRGPGLQMLPINPYRAKEEYVVHTIFPSNGSSLCKATHTIGYGTTRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MESGTKKDNSILEIRGPGLQMLPINPYRAKEEYVVHTIFPSNGSSLCKATHTIGYGTTRG
610 620 630 640 650 660
670
pF1KB3 YRDGGIPDIDYSYT
::::::::::::::
XP_011 YRDGGIPDIDYSYT
670
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pF1KB3 LDLSNNNLTTLPRGLFDDLGNLAQLLLRNNPWFCGCNLMWLRDWVKARAAVVNVRGLMCQ
::.:::::..::.:.:::: :..::.::::::.:::.. :.:::... . :::::::::
NP_938 LDMSNNNLSNLPQGIFDDLDNITQLILRNNPWYCGCKMKWVRDWLQSLPVKVNVRGLMCQ
280 290 300 310 320 330
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pF1KB3 GPEKVRGMAIKDITSEMDECFETGPQGGVANAAAKTTASNHASATTPQGSLFTLKAKRPG
.:::::::::::...:. .: ..: .... ::: . .. ::. . .:.:
NP_938 APEKVRGMAIKDLNAELFDCKDSG----IVSTIQITTAIPN-TVYPAQGQWPAPVTKQPD
340 350 360 370 380 390
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pF1KB3 LRLPDSNIDYPMATGDGAKTLAIHVKALTADSIRITWKATLPASSFRLSWLRLGHSPAVG
.. : . :. . . . ::..: ::..:.:.:.:.:: .:: ...:::::.:::::: :
NP_938 IKNPKLTKDHQTTGSPSRKTITITVKSVTSDTIHISWKLALPMTALRLSWLKLGHSPAFG
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pF1KB3 SITETLVQGDKTEYLLTALEPKSTYIICMVTMETSNAYVADETPVCAKAETAD--SYGPT
:::::.: :...:::.::::: : : .::: ::::: :. :::::: ..::: :.::
NP_938 SITETIVTGERSEYLVTALEPDSPYKVCMVPMETSNLYLFDETPVCIETETAPLRMYNPT
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pF1KB3 TTLNQEQNAGPMAS--LPLAGIIGGAVALVFLFLVLGAICWYVHQAGELLTRERAYNRGS
::::.::. :. . ::::.::::::::: . : :. .:::::. : :..:. ::..:
NP_938 TTLNREQEKEPYKNPNLPLAAIIGGAVALVTIAL-LALVCWYVHRNGSLFSRNCAYSKGR
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pF1KB3 RKKDDYMESGTKKDNSILEIRGPGLQMLPI-NPYRAKEEYVVHTIFPSNGSSLCKATHTI
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NP_938 RRKDDYAEAGTKKDNSILEIRETSFQMLPISNEPISKEEFVIHTIFPPNGMNLYKNNHSE
570 580 590 600 610 620
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pF1KB3 GYGTTRGYRDGGIPDIDYSYT
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NP_938 S-SSNRSYRDSGIPDSDHSHS
630 640
>>XP_016876622 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-rich re (660 aa)
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:..::.. :: . ..... .:::::::
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: .:.:::.:.:::.: ::. .:.:::.::::::::.: .:.. .:...::: :.:::
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pF1KB3 FPINLPRSLRELHLQDNNVRTIARDSLARIPLLEKLHLDDNSVSTVSIEEDAFADSKQLK
::.:::...: ::::.::..::.: .::.. ::.:::::::.:::..:. :: .. .::
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:::::.:::::.: ::: :.:::.:.:::..: ::..:.::.::..:::::.:. ::
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. :::.: .: :.:.:::::. :: .::..:: .:::::: :.::: ......:.:::::
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:.:::::..... .. : : : . ..:. :: : .:. :
XP_016 EQVRGMAVRELNMNLLSCPTTTPGLPLFTPAPSTASPTTQPPTLSIPNPSRSYTPPTPTT
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: .:: . .: .. . . .. .. ::...: . . . ...:.:...:::
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pF1KB3 AVGSITETLVQGDKTEYLLTALEPKSTYIICMVTMETSNAYVADETPVCAKAETADSY--
. : . : .:.:.: . :. :::.::: ::.: ... : : : : .:..: : ::
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pF1KB3 -GPTTTLNQEQNAGPMASLP--LAGIIGGAVALVFLFLVLGAICWYVHQAGELLTRERAY
: .:. ..::... . : :::.::::: .:.. : :...::..:. :. ... :
XP_016 NGSNTASSHEQTTSHSMGSPFLLAGLIGGAVIFVLVVL-LSVFCWHMHKKGRYTSQKWKY
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pF1KB3 NRGSRKKDDYMESGTKKDNSILEIRGPGLQMLPINPYRA-KEEYVVHTIFPSNGSSLCKA
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XP_016 NRG-RRKDDYCEAGTKKDNSILEMTETSFQIVSLNNDQLLKGDFRLQPIYTPNGGINYTD
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pF1KB3 THTIGYGTTRGYRDGGIPDIDYSYT
: .. : : ....::... .:
XP_016 CHIP--NNMR-YCNSSVPDLEHCHT
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>>NP_001333072 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat transm (660 aa)
initn: 1879 init1: 1332 opt: 1835 Z-score: 1731.1 bits: 330.7 E(85289): 1.1e-89
Smith-Waterman score: 1835; 44.0% identity (73.7% similar) in 655 aa overlap (31-674:16-660)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MVVAHPTATATTTPTATVTATVVMTTATMDLRDWLFLCYGLIAFLTEVIDSTTCPSVCRC
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NP_001 DRNFVYCNERSLTSVPLGIPEGVTVLYLHNNQINNAGFPAELHNVQSVHTVYLYGNQLDE
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pF1KB3 FPINLPRSLRELHLQDNNVRTIARDSLARIPLLEKLHLDDNSVSTVSIEEDAFADSKQLK
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NP_001 FPMNLPKNVRVLHLQENNIQTISRAALAQLLKLEELHLDDNSISTVGVEDGAFREAISLK
110 120 130 140 150 160
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pF1KB3 LLFLSRNHLSSIPSGLPHTLEELRLDDNRISTIPLHAFKGLNSLRRLVLDGNLLANQRIA
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NP_001 LLFLSKNHLSSVPVGLPVDLQELRVDENRIAVISDMAFQNLTSLERLIVDGNLLTNKGIA
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pF1KB3 LSNNNLTTLPRGLFDDLGNLAQLLLRNNPWFCGCNLMWLRDWVKARAAVVNVRGLMCQGP
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NP_001 ISNNQLRMLTQGVFDNLSNLKQLTARNNPWFCDCSIKWVTEWLKYIPSSLNVRGFMCQGP
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pF1KB3 EKVRGMAIKDITSEMDECFETGPQ----GGVANAAAKTTASNHASATTPQGSLFTLKAKR
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NP_001 EQVRGMAVRELNMNLLSCPTTTPGLPLFTPAPSTASPTTQPPTLSIPNPSRSYTPPTPTT
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 PGL-RLPDSNIDYPMATGDGAKTLAIHVKALTADSIRITWKATLPASSFRLSWLRLGHSP
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NP_001 SKLPTIPDWD-GRERVTPPISERIQLSIHFVNDTSIQVSWLSLFTVMAYKLTWVKMGHSL
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pF1KB3 AVGSITETLVQGDKTEYLLTALEPKSTYIICMVTMETSNAYVADETPVCAKAETADSY--
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NP_001 VGGIVQERIVSGEKQHLSLVNLEPRSTYRICLVPLDAFN-YRAVEDTICSEATTHASYLN
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pF1KB3 -GPTTTLNQEQNAGPMASLP--LAGIIGGAVALVFLFLVLGAICWYVHQAGELLTRERAY
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pF1KB3 NRGSRKKDDYMESGTKKDNSILEIRGPGLQMLPINPYRA-KEEYVVHTIFPSNGSSLCKA
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NP_001 NRG-RRKDDYCEAGTKKDNSILEMTETSFQIVSLNNDQLLKGDFRLQPIYTPNGGINYTD
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pF1KB3 THTIGYGTTRGYRDGGIPDIDYSYT
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NP_001 CHIP--NNMR-YCNSSVPDLEHCHT
640 650 660
674 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 21:13:52 2016 done: Thu Nov 3 21:13:53 2016
Total Scan time: 10.200 Total Display time: 0.140
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]