FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3827, 1168 aa
1>>>pF1KB3827 1168 - 1168 aa - 1168 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6914+/-0.000955; mu= 16.9069+/- 0.058
mean_var=121.9972+/-24.569, 0's: 0 Z-trim(109.0): 22 B-trim: 4 in 1/50
Lambda= 0.116118
statistics sampled from 10605 (10615) to 10605 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.669), E-opt: 0.2 (0.326), width: 16
Scan time: 5.340
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7559.1 SORCS1 gene_id:114815|Hs108|chr10 (1168) 7858 1328.5 0
CCDS7558.1 SORCS3 gene_id:22986|Hs108|chr10 (1222) 5064 860.4 0
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CCDS798.1 SORT1 gene_id:6272|Hs108|chr1 ( 831) 801 146.2 3.2e-34
CCDS55618.1 SORT1 gene_id:6272|Hs108|chr1 ( 694) 755 138.4 5.8e-32
CCDS8436.1 SORL1 gene_id:6653|Hs108|chr11 (2214) 652 121.5 2.2e-26
>>CCDS7559.1 SORCS1 gene_id:114815|Hs108|chr10 (1168 aa)
initn: 7858 init1: 7858 opt: 7858 Z-score: 7115.0 bits: 1328.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7858; 100.0% identity (100.0% similar) in 1168 aa overlap (1-1168:1-1168)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MGKVGAGGGSQARLSALLAGAGLLILCAPGVCGGGSCCPSPHPSSAPRSASTPRGFSHQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MGKVGAGGGSQARLSALLAGAGLLILCAPGVCGGGSCCPSPHPSSAPRSASTPRGFSHQG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 RPGRAPATPLPLVVRPLFSVAPGDRALSLERARGTGASMAVAARSGRRRRSGADQEKAER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RPGRAPATPLPLVVRPLFSVAPGDRALSLERARGTGASMAVAARSGRRRRSGADQEKAER
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 GEGASRSPRGVLRDGGQQEPGTRERDPDKATRFRMEELRLTSTTFALTGDSAHNQAMVHW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GEGASRSPRGVLRDGGQQEPGTRERDPDKATRFRMEELRLTSTTFALTGDSAHNQAMVHW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SGHNSSVILILTKLYDYNLGSITESSLWRSTDYGTTYEKLNDKVGLKTILSYLYVCPTNK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RKIMLLTDPEIESSLLISSDEGATYQKYRLNFYIQSLLFHPKQEDWILAYSQDQKLYSSA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 EFGRRWQLIQEGVVPNRFYWSVMGSNKEPDLVHLEARTVDGHSHYLTCRMQNCTEANRNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EFGRRWQLIQEGVVPNRFYWSVMGSNKEPDLVHLEARTVDGHSHYLTCRMQNCTEANRNQ
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pF1KB3 PFPGYIDPDSLIVQDHYVFVQLTSGGRPHYYVSYRRNAFAQMKLPKYALPKDMHVISTDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PFPGYIDPDSLIVQDHYVFVQLTSGGRPHYYVSYRRNAFAQMKLPKYALPKDMHVISTDE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 NQVFAAVQEWNQNDTYNLYISDTRGVYFTLALENVQSSRGPEGNIMIDLYEVAGIKGMFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 NQVFAAVQEWNQNDTYNLYISDTRGVYFTLALENVQSSRGPEGNIMIDLYEVAGIKGMFL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 ANKKIDNQVKTFITYNKGRDWRLLQAPDTDLRGDPVHCLLPYCSLHLHLKVSENPYTSGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ANKKIDNQVKTFITYNKGRDWRLLQAPDTDLRGDPVHCLLPYCSLHLHLKVSENPYTSGI
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pF1KB3 IASKDTAPSIIVASGNIGSELSDTDISMFVSSDAGNTWRQIFEEEHSVLYLDQGGVLVAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 IASKDTAPSIIVASGNIGSELSDTDISMFVSSDAGNTWRQIFEEEHSVLYLDQGGVLVAM
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 KHTSLPIRHLWLSFDEGRSWSKYSFTSIPLFVDGVLGEPGEETLIMTVFGHFSHRSEWQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KHTSLPIRHLWLSFDEGRSWSKYSFTSIPLFVDGVLGEPGEETLIMTVFGHFSHRSEWQL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 VKVDYKSIFDRRCAEEDYRPWQLHSQGEACIMGAKRIYKKRKSERKCMQGKYAGAMESEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VKVDYKSIFDRRCAEEDYRPWQLHSQGEACIMGAKRIYKKRKSERKCMQGKYAGAMESEP
670 680 690 700 710 720
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pF1KB3 CVCTEADFDCDYGYERHSNGQCLPAFWFNPSSLSKDCSLGQSYLNSTGYRKVVSNNCTDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 CVCTEADFDCDYGYERHSNGQCLPAFWFNPSSLSKDCSLGQSYLNSTGYRKVVSNNCTDG
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 VREQYTAKPQKCPGKAPRGLRIVTADGKLTAEQGHNVTLMVQLEEGDVQRTLIQVDFGDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VREQYTAKPQKCPGKAPRGLRIVTADGKLTAEQGHNVTLMVQLEEGDVQRTLIQVDFGDG
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 IAVSYVNLSSMEDGIKHVYQNVGIFRVTVQVDNSLGSDSAVLYLHVTCPLEHVHLSLPFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 IAVSYVNLSSMEDGIKHVYQNVGIFRVTVQVDNSLGSDSAVLYLHVTCPLEHVHLSLPFV
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB3 TTKNKEVNATAVLWPSQVGTLTYVWWYGNNTEPLITLEGSISFRFTSEGMNTITVQVSAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TTKNKEVNATAVLWPSQVGTLTYVWWYGNNTEPLITLEGSISFRFTSEGMNTITVQVSAG
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB3 NAILQDTKTIAVYEEFRSLRLSFSPNLDDYNPDIPEWRRDIGRVIKKSLVEATGVPGQHI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 NAILQDTKTIAVYEEFRSLRLSFSPNLDDYNPDIPEWRRDIGRVIKKSLVEATGVPGQHI
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB3 LVAVLPGLPTTAELFVLPYQDPAGENKRSTDDLEQISELLIHTLNQNSVHFELKPGVRVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LVAVLPGLPTTAELFVLPYQDPAGENKRSTDDLEQISELLIHTLNQNSVHFELKPGVRVL
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB3 VHAAHLTAAPLVDLTPTHSGSAMLMLLSVVFVGLAVFVIYKFKRRVALPSPPSPSTQPGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VHAAHLTAAPLVDLTPTHSGSAMLMLLSVVFVGLAVFVIYKFKRRVALPSPPSPSTQPGD
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160
pF1KB3 SSLRLQRARHATPPSTPKRGSAGAQYAI
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SSLRLQRARHATPPSTPKRGSAGAQYAI
1150 1160
>>CCDS7558.1 SORCS3 gene_id:22986|Hs108|chr10 (1222 aa)
initn: 5052 init1: 3031 opt: 5064 Z-score: 4585.1 bits: 860.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5068; 66.3% identity (85.3% similar) in 1140 aa overlap (13-1126:12-1150)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MGKVGAGGGSQARLSALLAGAGLLILCAPGVCG--------GGSCCPSPHPSSAPRSAS-
: .: :. .:::.: . . : :: :. :.: : . :
CCDS75 MEAARTERPAGRPGAPLVRTGLLLLSTWVLAGAEITWDATGGPGRPAA-PASRPPALSP
10 20 30 40 50
60 70 80 90
pF1KB3 -TPRGFSHQGRPGRAPATPLPLVVR---P-LFSVAPGDRALSLE-RARGT-------GAS
.::. . : : : .. : : :. : :. .. .: :: : .
CCDS75 LSPRAVASQWPEELASARRAAVLGRRAGPELLPQQGGGRGGEMQVEAGGTSPAGERRGRG
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 MAVAARSGRRRRSGADQEKA--ERGEGASRSPRGVLRDGGQQEPGTRER-DPDKATRFRM
. . :. : ::: : :::.. . .: : . :.::. .:
CCDS75 IPAPAKLGGARRSRRAQPPITQERGDAWATAPADGSRGSRPLAKGSREEVKAPRAGGSAA
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 EELRLTSTTFALTGDSAHNQAMVHWSGHNSSVILILTKLYDYNLGSITESSLWRSTDYGT
:.::: ::.::::::::::::::::::::::::::::::::.::::.:::::::::::::
CCDS75 EDLRLPSTSFALTGDSAHNQAMVHWSGHNSSVILILTKLYDFNLGSVTESSLWRSTDYGT
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 TYEKLNDKVGLKTILSYLYVCPTNKRKIMLLTDPEIESSLLISSDEGATYQKYRLNFYIQ
:::::::::::::.:::::: ::::::::::.:::.:::.:::::::::::::::.::::
CCDS75 TYEKLNDKVGLKTVLSYLYVNPTNKRKIMLLSDPEMESSILISSDEGATYQKYRLTFYIQ
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 SLLFHPKQEDWILAYSQDQKLYSSAEFGRRWQLIQEGVVPNRFYWSVMGSNKEPDLVHLE
:::::::::::.:::: ::::::: .:::::::..: ..:::::::: : .:: ::::.:
CCDS75 SLLFHPKQEDWVLAYSLDQKLYSSMDFGRRWQLMHERITPNRFYWSVAGLDKEADLVHME
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 ARTVDGHSHYLTCRMQNCTEANRNQPFPGYIDPDSLIVQDHYVFVQLTSGGRPHYYVSYR
.::.::..::::::.:.:.:..:. :: :: .::.:::.:.:.:.:..:: ::::::
CCDS75 VRTTDGYAHYLTCRIQECAETTRSGPFARSIDISSLVVQDEYIFIQVTTSGRASYYVSYR
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 RNAFAQMKLPKYALPKDMHVISTDENQVFAAVQEWNQNDTYNLYISDTRGVYFTLALENV
:.::::.:::::.::::::.::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.::.
CCDS75 REAFAQIKLPKYSLPKDMHIISTDENQVFAAVQEWNQNDTYNLYISDTRGIYFTLAMENI
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 QSSRGPEGNIMIDLYEVAGIKGMFLANKKIDNQVKTFITYNKGRDWRLLQAPDTDLRGDP
.:::: :::.:.:::::::::.::::::.:.::::.::::::::::::::::.::::.:
CCDS75 KSSRGLMGNIIIELYEVAGIKGIFLANKKVDDQVKTYITYNKGRDWRLLQAPDVDLRGSP
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560 570
pF1KB3 VHCLLPYCSLHLHLKVSENPYTSGIIASKDTAPSIIVASGNIGSELSDTDISMFVSSDAG
::::::.:::::::..:::::.:: :.::.:::...::.:::: ::: :::..:.:::.:
CCDS75 VHCLLPFCSLHLHLQLSENPYSSGRISSKETAPGLVVATGNIGPELSYTDIGVFISSDGG
540 550 560 570 580 590
580 590 600 610 620 630
pF1KB3 NTWRQIFEEEHSVLYLDQGGVLVAMKHTSLPIRHLWLSFDEGRSWSKYSFTSIPLFVDGV
:::::::.::..: .:: ::.::::::: ::.::::.:::::.::.::.:::.::::::.
CCDS75 NTWRQIFDEEYNVWFLDWGGALVAMKHTPLPVRHLWVSFDEGHSWDKYGFTSVPLFVDGA
600 610 620 630 640 650
640 650 660 670 680 690
pF1KB3 LGEPGEETLIMTVFGHFSHRSEWQLVKVDYKSIFDRRCAEEDYRPWQLHSQGEACIMGAK
: : : :: ::::::::: :::::::::::::::.:.:..:::. :.: .::: :.:: .
CCDS75 LVEAGMETHIMTVFGHFSLRSEWQLVKVDYKSIFSRHCTKEDYQTWHLLNQGEPCVMGER
660 670 680 690 700 710
700 710 720 730 740 750
pF1KB3 RIYKKRKSERKCMQGK-YAGAMESEPCVCTEADFDCDYGYERHSNGQCLPAFWFNPSSLS
.:.:::: .: :. ..:.. ::::::.. ::.::::::::...::.::::.::.: :
CCDS75 KIFKKRKPGAQCALGRDHSGSVVSEPCVCANWDFECDYGYERHGESQCVPAFWYNPASPS
720 730 740 750 760 770
760 770 780 790 800 810
pF1KB3 KDCSLGQSYLNSTGYRKVVSNNCTDGVREQYTAKPQKCPGKAPRGLRIVTADGKLTAEQG
::::::::::::::::..::::::::.::.:::: : :::::::::..::.::.:.::::
CCDS75 KDCSLGQSYLNSTGYRRIVSNNCTDGLREKYTAKAQMCPGKAPRGLHVVTTDGRLVAEQG
780 790 800 810 820 830
820 830 840 850 860 870
pF1KB3 HNVTLMVQLEEGDVQRTLIQVDFGDGIAVSYVNLSSMEDGIKHVYQNVGIFRVTVQVDNS
::.:... .::::.::: ::.::::::::::.:.: .::::::::...:::.::. ..:.
CCDS75 HNATFIILMEEGDLQRTNIQLDFGDGIAVSYANFSPIEDGIKHVYKSAGIFQVTAYAENN
840 850 860 870 880 890
880 890 900 910 920 930
pF1KB3 LGSDSAVLYLHVTCPLEHVHLSLPFVTTKNKEVNATAVLWPSQVGTLTYVWWYGNNTEPL
::::.:::.:::.::.::::: .:::. .::::: .::.::::.::::: ::.::.:.::
CCDS75 LGSDTAVLFLHVVCPVEHVHLRVPFVAIRNKEVNISAVVWPSQLGTLTYFWWFGNSTKPL
900 910 920 930 940 950
940 950 960 970 980 990
pF1KB3 ITLEGSISFRFTSEGMNTITVQVSAGNAILQDTKTIAVYEEFRSLRLSFSPNLDDYNPDI
:::..:::: : .:: .::::::.::::..:::: :::.: :.: :::::::: .::::
CCDS75 ITLDSSISFTFLAEGTDTITVQVAAGNALIQDTKEIAVHEYFQSQLLSFSPNLDYHNPDI
960 970 980 990 1000 1010
1000 1010 1020 1030 1040 1050
pF1KB3 PEWRRDIGRVIKKSLVEATGVPGQHILVAVLPGLPTTAELFVLPYQDPAGENKRSTDDLE
::::.::: :::..::..:.:: ..::.::.:::::.::::.:: .. . . : . :::
CCDS75 PEWRKDIGNVIKRALVKVTSVPEDQILIAVFPGLPTSAELFILPPKNLTERRKGNEGDLE
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1060 1070 1080 1090 1100 1110
pF1KB3 QISELLIHTLNQNSVHFELKPGVRVLVHAAHLTAAPLVDLTPTHSGSAMLMLLSVVFVGL
:: : :...:::: :.:::::::.:.:....:: ::::: . ::.::::::::::::::
CCDS75 QIVETLFNALNQNLVQFELKPGVQVIVYVTQLTLAPLVDSSAGHSSSAMLMLLSVVFVGL
1080 1090 1100 1110 1120 1130
1120 1130 1140 1150 1160
pF1KB3 AVFVIYKFKRRVALPSPPSPSTQPGDSSLRLQRARHATPPSTPKRGSAGAQYAI
:::.::::::..
CCDS75 AVFLIYKFKRKIPWINIYAQVQHDKEQEMIGSVSQSENAPKITLSDFTEPEELLDKELDT
1140 1150 1160 1170 1180 1190
>>CCDS47008.1 SORCS2 gene_id:57537|Hs108|chr4 (1159 aa)
initn: 3159 init1: 1756 opt: 3301 Z-score: 2989.3 bits: 565.1 E(32554): 3.5e-160
Smith-Waterman score: 3319; 45.4% identity (72.8% similar) in 1113 aa overlap (33-1125:5-1105)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 KVGAGGGSQARLSALLAGAGLLILCAPGVCGGGSCCPSPHPSS-APRSASTPRGFSHQGR
: . .: :.. :: .. :
CCDS47 MAHRGPSRASKGPGPTARAPSPGAPP--------
10 20
70 80 90 100 110
pF1KB3 PGRAPATPLPLVVRPLFSVAPGDRALSLERAR-GTGASMAVAARS---GRRRRSGADQEK
: :.: . ::.. :. : : . : : .: : :... . :: :: . .:.....
CCDS47 PPRSPRSR-PLLLLLLLLGACGAAGRSPEPGRLGPHAQLTRVPRSPPAGRAEPGGGEDRQ
30 40 50 60 70 80
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 AERGE----GASRSPRGVLRDGGQQEPGTR--ERDPDKATRFRMEELRLTSTTFALTGDS
:. : : : .: . : : : :: : .. : ::.:.: ::.
CCDS47 ARGTEPGAPGPSPGPAPGPGEDGAPAAGYRRWERAAPLAGVASRAQVSLISTSFVLKGDA
90 100 110 120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 AHNQAMVHWSGHNSSVILILTKLYDYNLGSITESSLWRSTDYGTTYEKLNDKVGLKTILS
.::::::::.:.:::::::::: : ..:.. :::::::.:.::.: ::. . :. :...
CCDS47 THNQAMVHWTGENSSVILILTKYYHADMGKVLESSLWRSSDFGTSYTKLTLQPGVTTVID
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280
pF1KB3 YLYVCPTNKRKIMLLTDP--EIESSLLISSDEGATYQKYRLNFYIQSLLFHPKQEDWILA
.:.:::::::..:... . ..::..:.:::::.:: . :....:.::::.:: .::
CCDS47 NFYICPTNKRKVILVSSSLSDRDQSLFLSADEGATFQKQPIPFFVETLIFHPKEEDKVLA
210 220 230 240 250 260
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 YSQDQKLYSSAEFGRRWQLIQEGVVPNRFYWSVMGSNKEPDLVHLEARTVDGHSHYLTCR
:....::: :...:..: :.:: :. .. .::: : . .:::::.::. . : .:.::
CCDS47 YTKESKLYVSSDLGKKWTLLQERVTKDHVFWSVSGVDADPDLVHVEAQDLGGDFRYVTCA
270 280 290 300 310 320
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 MQNCTEANRNQPFPGYIDPDSLIVQDHYVFVQLTSGGRPHYYVSYRRNAFAQMKLPKYAL
..::.: . :: : :: :: ::: :.: . ::... .:::::::: :. ::::::::
CCDS47 IHNCSEKMLTAPFAGPIDHGSLTVQDDYIFFKATSANQTKYYVSYRRNEFVLMKLPKYAL
330 340 350 360 370 380
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 PKDMHVISTDENQVFAAVQEWNQNDTYNLYISDTRGVYFTLALENVQSSRGPEGNIMIDL
:::...:::::.:::.::::: : :::::: :: ::: ..:.:..:.::: : ...::.
CCDS47 PKDLQIISTDESQVFVAVQEWYQMDTYNLYQSDPRGVRYALVLQDVRSSRQAEESVLIDI
390 400 410 420 430 440
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 YEVAGIKGMFLANKKIDNQVKTFITYNKGRDWRLLQAPDTDLRGDPVHCLLPYCSLHLHL
:: :.::.::::.:::..: :.::::::::: :. :. :. : :..: : : :::::
CCDS47 LEVRGVKGVFLANQKIDGKVMTLITYNKGRDWDYLRPPSMDMNGKPTNCKPPDCHLHLHL
450 460 470 480 490 500
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 KVSENPYTSGIIASKDTAPSIIVASGNIGSELSDTDISMFVSSDAGNTWRQIFEEEHSVL
. ..:::.:: . .:::::..:...::.::.: . :...:: :.::::.::::: .:
CCDS47 RWADNPYVSGTVHTKDTAPGLIMGAGNLGSQLVEYKEEMYITSDCGHTWRQVFEEEHHIL
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CCDS84 CPVGSTYRRTRGYRKISGDTCSGGDVEARLEGELVPCPLAEENEFILYAVRKSIYRYDLA
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]