Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3815
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3815, 403 aa
1>>>pF1KB3815 403 - 403 aa - 403 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9747+/-0.000874; mu= 1.3777+/- 0.053
mean_var=200.6940+/-41.039, 0's: 0 Z-trim(113.5): 30 B-trim: 132 in 1/51
Lambda= 0.090533
statistics sampled from 14124 (14146) to 14124 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.755), E-opt: 0.2 (0.435), width: 16
Scan time: 3.490
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2839.1 PCBP4 gene_id:57060|Hs108|chr3 ( 403) 2611 353.2 2.6e-97
CCDS2840.2 PCBP4 gene_id:57060|Hs108|chr3 ( 360) 1531 212.1 6.8e-55
CCDS44904.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 ( 318) 1241 174.2 1.6e-43
CCDS46652.1 PCBP3 gene_id:54039|Hs108|chr21 ( 345) 1138 160.7 1.9e-39
CCDS42974.2 PCBP3 gene_id:54039|Hs108|chr21 ( 371) 981 140.2 3e-33
CCDS44903.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 ( 331) 928 133.3 3.3e-31
CCDS44902.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 ( 335) 910 130.9 1.7e-30
CCDS55830.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 ( 361) 855 123.8 2.6e-28
CCDS8859.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 ( 362) 855 123.8 2.6e-28
CCDS44901.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 ( 365) 837 121.4 1.3e-27
CCDS44900.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 ( 366) 837 121.4 1.3e-27
CCDS1898.1 PCBP1 gene_id:5093|Hs108|chr2 ( 356) 797 116.2 4.9e-26
>>CCDS2839.1 PCBP4 gene_id:57060|Hs108|chr3 (403 aa)
initn: 2611 init1: 2611 opt: 2611 Z-score: 1860.6 bits: 353.2 E(32554): 2.6e-97
Smith-Waterman score: 2611; 100.0% identity (100.0% similar) in 403 aa overlap (1-403:1-403)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSGSDGGLEEEPELSITLTLRMLMHGKEVGSIIGKKGETVKRIREQSSARITISEGSCPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 MSGSDGGLEEEPELSITLTLRMLMHGKEVGSIIGKKGETVKRIREQSSARITISEGSCPE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 RITTITGSTAAVFHAVSMIAFKLDEDLCAAPANGGNVSRPPVTLRLVIPASQCGSLIGKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 RITTITGSTAAVFHAVSMIAFKLDEDLCAAPANGGNVSRPPVTLRLVIPASQCGSLIGKA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 GTKIKEIRETTGAQVQVAGDLLPNSTERAVTVSGVPDAIILCVRQICAVILESPPKGATI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 GTKIKEIRETTGAQVQVAGDLLPNSTERAVTVSGVPDAIILCVRQICAVILESPPKGATI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 PYHPSLSLGTVLLSANQGFSVQGQYGAVTPAEVTKLQQLSSHAVPFATPSVVPGLDPGTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 PYHPSLSLGTVLLSANQGFSVQGQYGAVTPAEVTKLQQLSSHAVPFATPSVVPGLDPGTQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 TSSQEFLVPNDLIGCVIGRQGSKISEIRQMSGAHIKIGNQAEGAGERHVTITGSPVSIAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 TSSQEFLVPNDLIGCVIGRQGSKISEIRQMSGAHIKIGNQAEGAGERHVTITGSPVSIAL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 AQYLITACLETAKSTSGGTPSSAPADLPAPFSPPLTALPTAPPGLLGTPYAISLSNFIGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 AQYLITACLETAKSTSGGTPSSAPADLPAPFSPPLTALPTAPPGLLGTPYAISLSNFIGL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KB3 KPMPFLALPPASPGPPPGLAAYTAKMAAANGSKKAERQKFSPY
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 KPMPFLALPPASPGPPPGLAAYTAKMAAANGSKKAERQKFSPY
370 380 390 400
>>CCDS2840.2 PCBP4 gene_id:57060|Hs108|chr3 (360 aa)
initn: 1531 init1: 1531 opt: 1531 Z-score: 1098.9 bits: 212.1 E(32554): 6.8e-55
Smith-Waterman score: 2245; 89.3% identity (89.3% similar) in 403 aa overlap (1-403:1-360)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSGSDGGLEEEPELSITLTLRMLMHGKEVGSIIGKKGETVKRIREQSSARITISEGSCPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 MSGSDGGLEEEPELSITLTLRMLMHGKEVGSIIGKKGETVKRIREQSSARITISEGSCPE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 RITTITGSTAAVFHAVSMIAFKLDEDLCAAPANGGNVSRPPVTLRLVIPASQCGSLIGKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 RITTITGSTAAVFHAVSMIAFKLDEDLCAAPANGGNVSRPPVTLRLVIPASQCGSLIGKA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 GTKIKEIRETTGAQVQVAGDLLPNSTERAVTVSGVPDAIILCVRQICAVILESPPKGATI
::::::::: ::::::::
CCDS28 GTKIKEIRE-------------------------------------------SPPKGATI
130
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 PYHPSLSLGTVLLSANQGFSVQGQYGAVTPAEVTKLQQLSSHAVPFATPSVVPGLDPGTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 PYHPSLSLGTVLLSANQGFSVQGQYGAVTPAEVTKLQQLSSHAVPFATPSVVPGLDPGTQ
140 150 160 170 180 190
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 TSSQEFLVPNDLIGCVIGRQGSKISEIRQMSGAHIKIGNQAEGAGERHVTITGSPVSIAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 TSSQEFLVPNDLIGCVIGRQGSKISEIRQMSGAHIKIGNQAEGAGERHVTITGSPVSIAL
200 210 220 230 240 250
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 AQYLITACLETAKSTSGGTPSSAPADLPAPFSPPLTALPTAPPGLLGTPYAISLSNFIGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 AQYLITACLETAKSTSGGTPSSAPADLPAPFSPPLTALPTAPPGLLGTPYAISLSNFIGL
260 270 280 290 300 310
370 380 390 400
pF1KB3 KPMPFLALPPASPGPPPGLAAYTAKMAAANGSKKAERQKFSPY
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 KPMPFLALPPASPGPPPGLAAYTAKMAAANGSKKAERQKFSPY
320 330 340 350 360
>>CCDS44904.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 (318 aa)
initn: 1212 init1: 892 opt: 1241 Z-score: 895.0 bits: 174.2 E(32554): 1.6e-43
Smith-Waterman score: 1241; 61.1% identity (86.1% similar) in 316 aa overlap (11-322:7-318)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSGSDGGLEEEPELSITLTLRMLMHGKEVGSIIGKKGETVKRIREQSSARITISEGSCPE
: :..:::.:.::::::::::::::::.::..::.:.:::.::::.:::
CCDS44 MDTGVIEGGLNVTLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGESVKKMREESGARINISEGNCPE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 RITTITGSTAAVFHAVSMIAFKLDEDLCAAPANGGNVSRPPVTLRLVIPASQCGSLIGKA
:: :..: : :.:.: .:: ::.::. .. .:. .::::::::::.:::::::::::.
CCDS44 RIITLAGPTNAIFKAFAMIIDKLEEDISSSMTNSTAASRPPVTLRLVVPASQCGSLIGKG
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 GTKIKEIRETTGAQVQVAGDLLPNSTERAVTVSGVPDAIILCVRQICAVILESPPKGATI
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CCDS44 GCKIKEIRESTGAQVQVAGDMLPNSTERAITIAGIPQSIIECVKQICVVMLESPPKGVTI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB3 PYHPSLSLGTVLLSANQGFSVQGQYGAVTPAEVTKLQQLS---SH-AVPFATPSVVPGLD
::.:. : . :.....:....:::: :. ..:::.::. :: . .. . :::
CCDS44 PYRPKPSSSPVIFAGGQAYTIQGQY-AIPQPDLTKLHQLAMQQSHFPMTHGNTGFSAGLD
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 PGTQTSSQEFLVPNDLIGCVIGRQGSKISEIRQMSGAHIKIGNQAEGAGERHVTITGSPV
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CCDS44 ASAQTTSHELTIPNDLIGCIIGRQGAKINEIRQMSGAQIKIANPVEGSTDRQVTITGSAA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 SIALAQYLITACLETAKSTSGGTPSSAPADLPAPFSPPLTALPTAPPGLLGTPYAISLSN
::.::::::.. : .: .:: ::
CCDS44 SISLAQYLINVRL---SSETGGMGSS
300 310
>>CCDS46652.1 PCBP3 gene_id:54039|Hs108|chr21 (345 aa)
initn: 1279 init1: 781 opt: 1138 Z-score: 821.8 bits: 160.7 E(32554): 1.9e-39
Smith-Waterman score: 1138; 59.7% identity (81.9% similar) in 310 aa overlap (11-319:39-344)
10 20 30 40
pF1KB3 MSGSDGGLEEEPELSITLTLRMLMHGKEVGSIIGKKGETV
: :..:::.:.::::::::::::::::::
CCDS46 APSVLPHSTLSTLSHHPQPQFGRRMESKVSEGGLNVTLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGETV
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 KRIREQSSARITISEGSCPERITTITGSTAAVFHAVSMIAFKLDEDLCAAPANGGNVSRP
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CCDS46 KKMREESGARINISEGNCPERIVTITGPTDAIFKAFAMIAYKFEEDIINSMSNSPATSKP
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 PVTLRLVIPASQCGSLIGKAGTKIKEIRETTGAQVQVAGDLLPNSTERAVTVSGVPDAII
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CCDS46 PVTLRLVVPASQCGSLIGKGGSKIKEIRESTGAQVQVAGDMLPNSTERAVTISGTPDAII
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210
pF1KB3 LCVRQICAVILESPP-KGATIPYHPSLSLGTVLLSANQGFSVQGQYGAVTPAEVTKLQQL
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CCDS46 QCVKQICVVMLEAYTIQGQYAIPHPDLTKLHQLAMQQTPFPPLGQTNPAFPGEKLPLHS-
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 SSHAVPFATPSVVPGLDPGTQTSSQEFLVPNDLIGCVIGRQGSKISEIRQMSGAHIKIGN
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CCDS46 SEEAQNLMGQS--SGLDASPPASTHELTIPNDLIGCIIGRQGTKINEIRQMSGAQIKIAN
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 QAEGAGERHVTITGSPVSIALAQYLITACLETAKSTSGGTPSSAPADLPAPFSPPLTALP
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CCDS46 ATEGSSERQITITGTPANISLAQYLINARL-TSEVTGMGTL
310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 TAPPGLLGTPYAISLSNFIGLKPMPFLALPPASPGPPPGLAAYTAKMAAANGSKKAERQK
>>CCDS42974.2 PCBP3 gene_id:54039|Hs108|chr21 (371 aa)
initn: 1298 init1: 977 opt: 981 Z-score: 710.5 bits: 140.2 E(32554): 3e-33
Smith-Waterman score: 1256; 59.5% identity (83.5% similar) in 333 aa overlap (11-319:39-370)
10 20 30 40
pF1KB3 MSGSDGGLEEEPELSITLTLRMLMHGKEVGSIIGKKGETV
: :..:::.:.::::::::::::::::::
CCDS42 APSVLPHSTLSTLSHHPQPQFGRRMESKVSEGGLNVTLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGETV
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 KRIREQSSARITISEGSCPERITTITGSTAAVFHAVSMIAFKLDEDLCAAPANGGNVSRP
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CCDS42 KKMREESGARINISEGNCPERIVTITGPTDAIFKAFAMIAYKFEEDIINSMSNSPATSKP
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 PVTLRLVIPASQCGSLIGKAGTKIKEIRETTGAQVQVAGDLLPNSTERAVTVSGVPDAII
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CCDS42 PVTLRLVVPASQCGSLIGKGGSKIKEIRESTGAQVQVAGDMLPNSTERAVTISGTPDAII
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 LCVRQICAVILESPPKGATIPYHPSLSLGTVLLSANQGFSVQGQYGAVTPAEVTKLQQLS
::.:::.:.::::::::::::.:. . :.....:....::::. : ..:::.::.
CCDS42 QCVKQICVVMLESPPKGATIPYRPKPASTPVIFAGGQAYTIQGQYAIPHPDQLTKLHQLA
190 200 210 220 230 240
230 240 250
pF1KB3 SHAVPF-----ATPSV----VP---------------GLDPGTQTSSQEFLVPNDLIGCV
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CCDS42 MQQTPFPPLGQTNPAFPGEKLPLHSSEEAQNLMGQSSGLDASPPASTHELTIPNDLIGCI
250 260 270 280 290 300
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 IGRQGSKISEIRQMSGAHIKIGNQAEGAGERHVTITGSPVSIALAQYLITACLETAKSTS
:::::.::.::::::::.:::.: .::..::..::::.:..:.::::::.: : :.. :.
CCDS42 IGRQGTKINEIRQMSGAQIKIANATEGSSERQITITGTPANISLAQYLINARL-TSEVTG
310 320 330 340 350 360
320 330 340 350 360 370
pF1KB3 GGTPSSAPADLPAPFSPPLTALPTAPPGLLGTPYAISLSNFIGLKPMPFLALPPASPGPP
::
CCDS42 MGTL
370
>>CCDS44903.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 (331 aa)
initn: 1207 init1: 887 opt: 928 Z-score: 673.8 bits: 133.3 E(32554): 3.3e-31
Smith-Waterman score: 1225; 59.3% identity (83.3% similar) in 329 aa overlap (11-322:7-331)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSGSDGGLEEEPELSITLTLRMLMHGKEVGSIIGKKGETVKRIREQSSARITISEGSCPE
: :..:::.:.::::::::::::::::.::..::.:.:::.::::.:::
CCDS44 MDTGVIEGGLNVTLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGESVKKMREESGARINISEGNCPE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 RITTITGSTAAVFHAVSMIAFKLDEDLCAAPANGGNVSRPPVTLRLVIPASQCGSLIGKA
:: :..: : :.:.: .:: ::.::. .. .:. .::::::::::.:::::::::::.
CCDS44 RIITLAGPTNAIFKAFAMIIDKLEEDISSSMTNSTAASRPPVTLRLVVPASQCGSLIGKG
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 GTKIKEIRETTGAQVQVAGDLLPNSTERAVTVSGVPDAIILCVRQICAVILESPPKGATI
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CCDS44 GCKIKEIRESTGAQVQVAGDMLPNSTERAITIAGIPQSIIECVKQICVVMLESPPKGVTI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220
pF1KB3 PYHPSLSLGTVLLSANQGFSVQGQYGAVTPAEVTKLQQLS---SH-----------AVPF
::.:. : . :.....:....:::: :. ..:::.::. :: ..
CCDS44 PYRPKPSSSPVIFAGGQAYTIQGQY-AIPQPDLTKLHQLAMQQSHFPMTHGNTGFSGIES
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 ATPSVV---PGLDPGTQTSSQEFLVPNDLIGCVIGRQGSKISEIRQMSGAHIKIGNQAEG
..: : ::: ..::.:.:. .:::::::.:::::.::.::::::::.:::.: .::
CCDS44 SSPEVKGYWAGLDASAQTTSHELTIPNDLIGCIIGRQGAKINEIRQMSGAQIKIANPVEG
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 AGERHVTITGSPVSIALAQYLITACLETAKSTSGGTPSSAPADLPAPFSPPLTALPTAPP
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CCDS44 STDRQVTITGSAASISLAQYLINVRL---SSETGGMGSS
300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 GLLGTPYAISLSNFIGLKPMPFLALPPASPGPPPGLAAYTAKMAAANGSKKAERQKFSPY
>>CCDS44902.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 (335 aa)
initn: 1079 init1: 759 opt: 910 Z-score: 661.0 bits: 130.9 E(32554): 1.7e-30
Smith-Waterman score: 1207; 58.6% identity (82.3% similar) in 333 aa overlap (11-322:7-335)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSGSDGGLEEEPELSITLTLRMLMHGKEVGSIIGKKGETVKRIREQSSARITISEGSCPE
: :..:::.:.::::::::::::::::.::..::.:.:::.::::.:::
CCDS44 MDTGVIEGGLNVTLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGESVKKMREESGARINISEGNCPE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 RITTITGSTAAVFHAVSMIAFKLDEDLCAAPANGGNVSRPPVTLRLVIPASQCGSLIGKA
:: :..: : :.:.: .:: ::.::. .. .:. .::::::::::.:::::::::::.
CCDS44 RIITLAGPTNAIFKAFAMIIDKLEEDISSSMTNSTAASRPPVTLRLVVPASQCGSLIGKG
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB3 GTKIKEIRETTGAQVQVAGDLLPNSTERAVTVSGVPDAIILCVRQICAVILE----SPPK
: :::::::.::::::::::.::::::::.:..:.:..:: ::.:::.:.:: ::::
CCDS44 GCKIKEIRESTGAQVQVAGDMLPNSTERAITIAGIPQSIIECVKQICVVMLETLSQSPPK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB3 GATIPYHPSLSLGTVLLSANQGFSVQGQYGAVTPAEVTKLQQLS---SH-----------
:.::::.:. : . :.....:....:::: :. ..:::.::. ::
CCDS44 GVTIPYRPKPSSSPVIFAGGQAYTIQGQY-AIPQPDLTKLHQLAMQQSHFPMTHGNTGFS
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KB3 AVPFATPSVV---PGLDPGTQTSSQEFLVPNDLIGCVIGRQGSKISEIRQMSGAHIKIGN
.. ..: : ::: ..::.:.:. .:::::::.:::::.::.::::::::.:::.:
CCDS44 GIESSSPEVKGYWAGLDASAQTTSHELTIPNDLIGCIIGRQGAKINEIRQMSGAQIKIAN
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 QAEGAGERHVTITGSPVSIALAQYLITACLETAKSTSGGTPSSAPADLPAPFSPPLTALP
.::. .:.:::::: .::.::::::.. : .: .:: ::
CCDS44 PVEGSTDRQVTITGSAASISLAQYLINVRL---SSETGGMGSS
300 310 320 330
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 TAPPGLLGTPYAISLSNFIGLKPMPFLALPPASPGPPPGLAAYTAKMAAANGSKKAERQK
>>CCDS55830.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 (361 aa)
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: .:: ::
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360
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CCDS88 IGCIIGRQGAKINEIRQMSGAQIKIANPVEGSTDRQVTITGSAASISLAQYLINVRL---
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CCDS88 SSETGGMGSS
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>>CCDS44901.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 (365 aa)
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CCDS44 MDTGVIEGGLNVTLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGESVKKMREESGARINISEGNCPE
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CCDS44 ---SSETGGMGSS
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18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 05:24:02 2016 done: Sat Nov 5 05:24:02 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]