Result of FASTA (omim) for
pF1KB3746
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3746, 342 aa
1>>>pF1KB3746 342 - 342 aa - 342 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0198+/-0.000273; mu= 13.9522+/- 0.017
mean_var=84.5851+/-16.908, 0's: 0 Z-trim(120.2): 25 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.139453
statistics sampled from 35100 (35128) to 35100 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.752), E-opt: 0.2 (0.412), width: 16
Scan time: 7.710
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016868631 (OMIM: 611292) PREDICTED: clavesin-1 ( 354) 624 134.6 3.1e-31
XP_016868630 (OMIM: 611292) PREDICTED: clavesin-1 ( 354) 624 134.6 3.1e-31
NP_775790 (OMIM: 611292) clavesin-1 [Homo sapiens] ( 354) 624 134.6 3.1e-31
XP_016865755 (OMIM: 616945) PREDICTED: clavesin-2 ( 327) 623 134.4 3.3e-31
NP_001010852 (OMIM: 616945) clavesin-2 [Homo sapie ( 327) 623 134.4 3.3e-31
NP_000361 (OMIM: 277460,600415) alpha-tocopherol t ( 278) 563 122.3 1.2e-27
XP_011520172 (OMIM: 136880,180090,607475,607476) P ( 317) 533 116.3 9.1e-26
NP_000317 (OMIM: 136880,180090,607475,607476) reti ( 317) 533 116.3 9.1e-26
XP_016877949 (OMIM: 136880,180090,607475,607476) P ( 326) 533 116.3 9.3e-26
NP_002824 (OMIM: 600768) tyrosine-protein phosphat ( 593) 344 78.4 4.3e-14
XP_006716531 (OMIM: 277460,600415) PREDICTED: alph ( 162) 242 57.6 2.2e-08
NP_001244308 (OMIM: 612824) SEC14-like protein 3 i ( 341) 158 40.9 0.005
NP_001244311 (OMIM: 612824) SEC14-like protein 3 i ( 341) 158 40.9 0.005
>>XP_016868631 (OMIM: 611292) PREDICTED: clavesin-1 isof (354 aa)
initn: 607 init1: 428 opt: 624 Z-score: 681.8 bits: 134.6 E(85289): 3.1e-31
Smith-Waterman score: 624; 39.6% identity (69.3% similar) in 270 aa overlap (35-297:30-298)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 SDSLRTSPSVASLSENELPPPPEPPGYVCSLTEDLVTKAREELQEKPEWRLRDVQALRDM
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pF1KB3 VRKEYPNLS-TSLDDAFLLRFLRARKFDYDRALQLLVNYHSCRRSWPEVFNNLKPS--AL
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XP_016 I-ITRPDIGFLRTDDAFILRFLRARKFHQADAFRLLAQYFQYRQLNLDMFKNFKADDPGI
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130 140 150 160 170 180
pF1KB3 KDVLASGFLTVLPHTDPRGCHVVCIRPDRWIPSNYPITENIRAIYLTLEKLIQSEETQVN
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XP_016 KRALIDGFPGVLENRDHYGRKILLLFAANWDQSRNSFTDILRAILLSLEVLIEDPELQIN
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190 200 210 220 230 240
pF1KB3 GIVILADYKGVSLSKASHFGPFIAKKVIGILQDGFPIRIKAVHVVNEPRIFKGIFAIIKP
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XP_016 GFILIIDWSNFSFKQASKLTPSILKLAIEGLQDSFPARFGGVHFVNQPWYIHALYTLIKP
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250 260 270 280 290
pF1KB3 FLKEKIANRFFLHGSDLNSLHTNLPRSILPKEYGGTAGELDTATWNAVLL----ASEDDF
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XP_016 FLKDKTRKRIFLHGNNLNSLHQLIHPEFLPSEFGGTLPPYDMGTWARTLLGPDYSDENDY
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB3 VKEFCQPVPACDSILGQTLLPEGLTSDAQCDDSLRAVKSQLYSCY
XP_016 THTSYNAMHVKHTSSNLERECSPKLMKRSQSVVEAGTLKHEEKGENENTQPLLALD
300 310 320 330 340 350
>>XP_016868630 (OMIM: 611292) PREDICTED: clavesin-1 isof (354 aa)
initn: 607 init1: 428 opt: 624 Z-score: 681.8 bits: 134.6 E(85289): 3.1e-31
Smith-Waterman score: 624; 39.6% identity (69.3% similar) in 270 aa overlap (35-297:30-298)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 SDSLRTSPSVASLSENELPPPPEPPGYVCSLTEDLVTKAREELQEKPEWRLRDVQALRDM
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XP_016 MGPVSLLPKYQKLNTWNGDLAKMTHLQAGLSPETIEKARLELNENPDVLHQDIQQVRDM
10 20 30 40 50
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pF1KB3 VRKEYPNLS-TSLDDAFLLRFLRARKFDYDRALQLLVNYHSCRRSWPEVFNNLKPS--AL
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XP_016 I-ITRPDIGFLRTDDAFILRFLRARKFHQADAFRLLAQYFQYRQLNLDMFKNFKADDPGI
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 KDVLASGFLTVLPHTDPRGCHVVCIRPDRWIPSNYPITENIRAIYLTLEKLIQSEETQVN
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XP_016 KRALIDGFPGVLENRDHYGRKILLLFAANWDQSRNSFTDILRAILLSLEVLIEDPELQIN
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 GIVILADYKGVSLSKASHFGPFIAKKVIGILQDGFPIRIKAVHVVNEPRIFKGIFAIIKP
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XP_016 GFILIIDWSNFSFKQASKLTPSILKLAIEGLQDSFPARFGGVHFVNQPWYIHALYTLIKP
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB3 FLKEKIANRFFLHGSDLNSLHTNLPRSILPKEYGGTAGELDTATWNAVLL----ASEDDF
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XP_016 FLKDKTRKRIFLHGNNLNSLHQLIHPEFLPSEFGGTLPPYDMGTWARTLLGPDYSDENDY
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB3 VKEFCQPVPACDSILGQTLLPEGLTSDAQCDDSLRAVKSQLYSCY
XP_016 THTSYNAMHVKHTSSNLERECSPKLMKRSQSVVEAGTLKHEEKGENENTQPLLALD
300 310 320 330 340 350
>>NP_775790 (OMIM: 611292) clavesin-1 [Homo sapiens] (354 aa)
initn: 607 init1: 428 opt: 624 Z-score: 681.8 bits: 134.6 E(85289): 3.1e-31
Smith-Waterman score: 624; 39.6% identity (69.3% similar) in 270 aa overlap (35-297:30-298)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 SDSLRTSPSVASLSENELPPPPEPPGYVCSLTEDLVTKAREELQEKPEWRLRDVQALRDM
:. . . ::: ::.:.:. .:.: .:::
NP_775 MGPVSLLPKYQKLNTWNGDLAKMTHLQAGLSPETIEKARLELNENPDVLHQDIQQVRDM
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 VRKEYPNLS-TSLDDAFLLRFLRARKFDYDRALQLLVNYHSCRRSWPEVFNNLKPS--AL
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NP_775 I-ITRPDIGFLRTDDAFILRFLRARKFHQADAFRLLAQYFQYRQLNLDMFKNFKADDPGI
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 KDVLASGFLTVLPHTDPRGCHVVCIRPDRWIPSNYPITENIRAIYLTLEKLIQSEETQVN
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NP_775 KRALIDGFPGVLENRDHYGRKILLLFAANWDQSRNSFTDILRAILLSLEVLIEDPELQIN
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 GIVILADYKGVSLSKASHFGPFIAKKVIGILQDGFPIRIKAVHVVNEPRIFKGIFAIIKP
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NP_775 GFILIIDWSNFSFKQASKLTPSILKLAIEGLQDSFPARFGGVHFVNQPWYIHALYTLIKP
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB3 FLKEKIANRFFLHGSDLNSLHTNLPRSILPKEYGGTAGELDTATWNAVLL----ASEDDF
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NP_775 FLKDKTRKRIFLHGNNLNSLHQLIHPEFLPSEFGGTLPPYDMGTWARTLLGPDYSDENDY
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB3 VKEFCQPVPACDSILGQTLLPEGLTSDAQCDDSLRAVKSQLYSCY
NP_775 THTSYNAMHVKHTSSNLERECSPKLMKRSQSVVEAGTLKHEEKGENENTQPLLALD
300 310 320 330 340 350
>>XP_016865755 (OMIM: 616945) PREDICTED: clavesin-2 isof (327 aa)
initn: 569 init1: 386 opt: 623 Z-score: 681.2 bits: 134.4 E(85289): 3.3e-31
Smith-Waterman score: 623; 38.5% identity (69.6% similar) in 270 aa overlap (35-301:8-276)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 SDSLRTSPSVASLSENELPPPPEPPGYVCSLTEDLVTKAREELQEKPEWRLRDVQALRDM
:. . . ::: ::.:.:. .:.: .:::
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10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 VRKEYPNLS-TSLDDAFLLRFLRARKFDYDRALQLLVNYHSCRRSWPEVFNNLKPS--AL
: :... ::::.::::::::: . .:..::..: :.. ..:...: . ..
XP_016 V-ITRPDIGFLRTDDAFILRFLRARKFHHFEAFRLLAQYFEYRQQNLDMFKSFKATDPGI
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 KDVLASGFLTVLPHTDPRGCHVVCIRPDRWIPSNYPITENIRAIYLTLEKLIQSEETQVN
:..: .:: : . : : ... . : : : ... .::: :.:: .:.. : :::
XP_016 KQALKDGFPGGLANLDHYGRKILVLFAANWDQSRYTLVDILRAILLSLEAMIEDPELQVN
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 GIVILADYKGVSLSKASHFGPFIAKKVIGILQDGFPIRIKAVHVVNEPRIFKGIFAIIKP
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XP_016 GFVLIIDWSNFTFKQASKLTPSMLRLAIEGLQDSFPARFGGIHFVNQPWYIHALYTVIRP
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 FLKEKIANRFFLHGSDLNSLHTNLPRSILPKEYGGTAGELDTATWNAVLLASEDDFVKEF
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XP_016 FLKEKTRKRIFLHGNNLNSLHQLIHPEILPSEFGGMLPPYDMGTWARTLLDHEYDDDSEY
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340
pF1KB3 CQPVPACDSILGQTLLPEGLTSDAQCDDSLRAVKSQLYSCY
XP_016 NVDSYSMPVKEVEKELSPKSMKRSQSVVDPTVLKRMDKNEEENMQPLLSLD
280 290 300 310 320
>>NP_001010852 (OMIM: 616945) clavesin-2 [Homo sapiens] (327 aa)
initn: 569 init1: 386 opt: 623 Z-score: 681.2 bits: 134.4 E(85289): 3.3e-31
Smith-Waterman score: 623; 38.5% identity (69.6% similar) in 270 aa overlap (35-301:8-276)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 SDSLRTSPSVASLSENELPPPPEPPGYVCSLTEDLVTKAREELQEKPEWRLRDVQALRDM
:. . . ::: ::.:.:. .:.: .:::
NP_001 MTHLQAGLSPETLEKARLELNENPDTLHQDIQEVRDM
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 VRKEYPNLS-TSLDDAFLLRFLRARKFDYDRALQLLVNYHSCRRSWPEVFNNLKPS--AL
: :... ::::.::::::::: . .:..::..: :.. ..:...: . ..
NP_001 V-ITRPDIGFLRTDDAFILRFLRARKFHHFEAFRLLAQYFEYRQQNLDMFKSFKATDPGI
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pF1KB3 KDVLASGFLTVLPHTDPRGCHVVCIRPDRWIPSNYPITENIRAIYLTLEKLIQSEETQVN
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NP_001 KQALKDGFPGGLANLDHYGRKILVLFAANWDQSRYTLVDILRAILLSLEAMIEDPELQVN
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 GIVILADYKGVSLSKASHFGPFIAKKVIGILQDGFPIRIKAVHVVNEPRIFKGIFAIIKP
:.:.. :... ....::.. : . . .: :::.:: :. ..: ::.: .......:.:
NP_001 GFVLIIDWSNFTFKQASKLTPSMLRLAIEGLQDSFPARFGGIHFVNQPWYIHALYTVIRP
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 FLKEKIANRFFLHGSDLNSLHTNLPRSILPKEYGGTAGELDTATWNAVLLASEDDFVKEF
::::: .:.::::..::::: . :::.:.:: : .:: .:: : : .:.
NP_001 FLKEKTRKRIFLHGNNLNSLHQLIHPEILPSEFGGMLPPYDMGTWARTLLDHEYDDDSEY
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340
pF1KB3 CQPVPACDSILGQTLLPEGLTSDAQCDDSLRAVKSQLYSCY
NP_001 NVDSYSMPVKEVEKELSPKSMKRSQSVVDPTVLKRMDKNEEENMQPLLSLD
280 290 300 310 320
>>NP_000361 (OMIM: 277460,600415) alpha-tocopherol trans (278 aa)
initn: 527 init1: 527 opt: 563 Z-score: 617.1 bits: 122.3 E(85289): 1.2e-27
Smith-Waterman score: 563; 39.2% identity (65.8% similar) in 240 aa overlap (60-295:30-268)
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 GYVCSLTEDLVTKAREELQEKPEWRLRDVQALRDMVRKE-YPNLSTSLDDAFLLRFLRAR
::: .:. : : :.:::::::::
NP_000 MAEARSQPSAGPQLNALPDHSPLLQPGLAALRRRAREAGVPLAPLPLTDSFLLRFLRAR
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pF1KB3 KFDYDRALQLLVNYHSCRRSWPEVFNNLKPSALKDVLASGFLTVLPHTDPRGCHVVCIRP
:: : : .:: ::.. : ::. .:.: .. .: .:. :: :: : .:. :
NP_000 DFDLDLAWRLLKNYYKWRAECPEISADLHPRSIIGLLKAGYHGVLRSRDPTGSKVLIYRI
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pF1KB3 DRWIPSNYPITENIRAIYLTLEKLIQSEETQVNGIVILADYKGVSLSKASHFGPFIAKKV
.: :. . . .:. .: : ..: ::: ::: . : .: ..:.: .. : .:::.
NP_000 AHWDPKVFTAYDVFRVSLITSELIVQEVETQRNGIKAIFDLEGWQFSHAFQITPSVAKKI
120 130 140 150 160 170
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pF1KB3 IGILQDGFPIRIKAVHVVNEPRIFKGIFAIIKPFLKEKIANRFFLHGSDLN-SLHTNLPR
..: :.::......:..::: ::...:..::::: ::: .:. .::.. . :: ..:
NP_000 AAVLTDSFPLKVRGIHLINEPVIFHAVFSMIKPFLTEKIKERIHMHGNNYKQSLLQHFP-
180 190 200 210 220 230
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pF1KB3 SILPKEYGGTAGELDTAT--WNAVLLASEDDFVKEFCQPVPACDSILGQTLLPEGLTSDA
.::: :::: .. :. .. :::
NP_000 DILPLEYGGEEFSMEDICQEWTNFIMKSEDYLSSISESIQ
240 250 260 270
>>XP_011520172 (OMIM: 136880,180090,607475,607476) PREDI (317 aa)
initn: 553 init1: 532 opt: 533 Z-score: 583.6 bits: 116.3 E(85289): 9.1e-26
Smith-Waterman score: 576; 33.7% identity (67.0% similar) in 291 aa overlap (3-282:13-297)
10 20 30 40
pF1KB3 MSEESDSLRTSPSVASLSENELPPPPEPPGYVCS-LTEDLVTKAREELQE
:: . ::. .. .:. .. : : :: : . . ::..::.:
XP_011 MSEGVGTFRMVPEEEQELRA--QLEQLTTKDHGPVFGP----CSQLPRHTLQKAKDELNE
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90
pF1KB3 KPEWRLRDVQALRDMVRKEYPN---LSTSL-------DDAFLLRFLRARKFDYDRALQLL
. : : . :. :..::. . . :.... :..:.:::.:::::. :: .::
XP_011 REETREEAVRELQEMVQAQAASGEELAVAVAERVQEKDSGFFLRFIRARKFNVGRAYELL
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 VNYHSCRRSWPEVFNNLKPSALKDVLASGFLTVLPHTDPRGCHVVCIRPDRWIPSNYPIT
.: . : ..::.:..:.: :.. .. .:. :: : : :. . . : .. .
XP_011 RGYVNFRLQYPELFDSLSPEAVRCTIEAGYPGVLSSRDKYGRVVMLFNIENWQSQEITFD
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 ENIRAIYLTLEKLIQSEETQVNGIVILADYKGVSLSKASHFGPFIAKKVIGILQDGFPIR
: ..: . ::::...::::.::. :. ..:: ....:. . .:.. .:::.:: :
XP_011 EILQAYCFILEKLLENEETQINGFCIIENFKGFTMQQAASLRTSDLRKMVDMLQDSFPAR
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 IKAVHVVNEPRIFKGIFAIIKPFLKEKIANRFFLHGSDLNSLHTNLPRSILPKEYGGTAG
.::.: ...: : . ..::::: :. .: :.::.::.... .. ..:::...:::
XP_011 FKAIHFIHQPWYFTTTYNVVKPFLKSKLLERVFVHGDDLSGFYQEIDENILPSDFGGTLP
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 ELDTATWNAVLLASEDDFVKEFCQPVPACDSILGQTLLPEGLTSDAQCDDSLRAVKSQLY
. :
XP_011 KYDGKAVAEQLFGPQAQAENTAF
300 310
>>NP_000317 (OMIM: 136880,180090,607475,607476) retinald (317 aa)
initn: 553 init1: 532 opt: 533 Z-score: 583.6 bits: 116.3 E(85289): 9.1e-26
Smith-Waterman score: 576; 33.7% identity (67.0% similar) in 291 aa overlap (3-282:13-297)
10 20 30 40
pF1KB3 MSEESDSLRTSPSVASLSENELPPPPEPPGYVCS-LTEDLVTKAREELQE
:: . ::. .. .:. .. : : :: : . . ::..::.:
NP_000 MSEGVGTFRMVPEEEQELRA--QLEQLTTKDHGPVFGP----CSQLPRHTLQKAKDELNE
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]