Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3746
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3746, 342 aa
1>>>pF1KB3746 342 - 342 aa - 342 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9177+/-0.000632; mu= 14.4829+/- 0.039
mean_var=78.5898+/-15.734, 0's: 0 Z-trim(112.4): 20 B-trim: 3 in 1/53
Lambda= 0.144674
statistics sampled from 13150 (13165) to 13150 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.748), E-opt: 0.2 (0.404), width: 16
Scan time: 2.990
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13332.2 TTPAL gene_id:79183|Hs108|chr20 ( 342) 2291 486.9 1e-137
CCDS6176.1 CLVS1 gene_id:157807|Hs108|chr8 ( 354) 624 139.0 5.7e-33
CCDS34525.1 CLVS2 gene_id:134829|Hs108|chr6 ( 327) 623 138.8 6.1e-33
CCDS6178.1 TTPA gene_id:7274|Hs108|chr8 ( 278) 563 126.2 3.1e-29
CCDS32324.1 RLBP1 gene_id:6017|Hs108|chr15 ( 317) 533 120.0 2.7e-27
CCDS10280.1 PTPN9 gene_id:5780|Hs108|chr15 ( 593) 344 80.7 3.5e-15
>>CCDS13332.2 TTPAL gene_id:79183|Hs108|chr20 (342 aa)
initn: 2291 init1: 2291 opt: 2291 Z-score: 2586.1 bits: 486.9 E(32554): 1e-137
Smith-Waterman score: 2291; 100.0% identity (100.0% similar) in 342 aa overlap (1-342:1-342)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSEESDSLRTSPSVASLSENELPPPPEPPGYVCSLTEDLVTKAREELQEKPEWRLRDVQA
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CCDS13 MSEESDSLRTSPSVASLSENELPPPPEPPGYVCSLTEDLVTKAREELQEKPEWRLRDVQA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 LRDMVRKEYPNLSTSLDDAFLLRFLRARKFDYDRALQLLVNYHSCRRSWPEVFNNLKPSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LRDMVRKEYPNLSTSLDDAFLLRFLRARKFDYDRALQLLVNYHSCRRSWPEVFNNLKPSA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 LKDVLASGFLTVLPHTDPRGCHVVCIRPDRWIPSNYPITENIRAIYLTLEKLIQSEETQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LKDVLASGFLTVLPHTDPRGCHVVCIRPDRWIPSNYPITENIRAIYLTLEKLIQSEETQV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 NGIVILADYKGVSLSKASHFGPFIAKKVIGILQDGFPIRIKAVHVVNEPRIFKGIFAIIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NGIVILADYKGVSLSKASHFGPFIAKKVIGILQDGFPIRIKAVHVVNEPRIFKGIFAIIK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 PFLKEKIANRFFLHGSDLNSLHTNLPRSILPKEYGGTAGELDTATWNAVLLASEDDFVKE
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CCDS13 PFLKEKIANRFFLHGSDLNSLHTNLPRSILPKEYGGTAGELDTATWNAVLLASEDDFVKE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KB3 FCQPVPACDSILGQTLLPEGLTSDAQCDDSLRAVKSQLYSCY
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CCDS13 FCQPVPACDSILGQTLLPEGLTSDAQCDDSLRAVKSQLYSCY
310 320 330 340
>>CCDS6176.1 CLVS1 gene_id:157807|Hs108|chr8 (354 aa)
initn: 607 init1: 428 opt: 624 Z-score: 705.4 bits: 139.0 E(32554): 5.7e-33
Smith-Waterman score: 624; 39.6% identity (69.3% similar) in 270 aa overlap (35-297:30-298)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 SDSLRTSPSVASLSENELPPPPEPPGYVCSLTEDLVTKAREELQEKPEWRLRDVQALRDM
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CCDS61 MGPVSLLPKYQKLNTWNGDLAKMTHLQAGLSPETIEKARLELNENPDVLHQDIQQVRDM
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 VRKEYPNLS-TSLDDAFLLRFLRARKFDYDRALQLLVNYHSCRRSWPEVFNNLKPS--AL
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CCDS61 I-ITRPDIGFLRTDDAFILRFLRARKFHQADAFRLLAQYFQYRQLNLDMFKNFKADDPGI
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 KDVLASGFLTVLPHTDPRGCHVVCIRPDRWIPSNYPITENIRAIYLTLEKLIQSEETQVN
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CCDS61 KRALIDGFPGVLENRDHYGRKILLLFAANWDQSRNSFTDILRAILLSLEVLIEDPELQIN
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 GIVILADYKGVSLSKASHFGPFIAKKVIGILQDGFPIRIKAVHVVNEPRIFKGIFAIIKP
:.... :... :...::.. : : : .: :::.:: :. .:: ::.: .......:::
CCDS61 GFILIIDWSNFSFKQASKLTPSILKLAIEGLQDSFPARFGGVHFVNQPWYIHALYTLIKP
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB3 FLKEKIANRFFLHGSDLNSLHTNLPRSILPKEYGGTAGELDTATWNAVLL----ASEDDF
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CCDS61 FLKDKTRKRIFLHGNNLNSLHQLIHPEFLPSEFGGTLPPYDMGTWARTLLGPDYSDENDY
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB3 VKEFCQPVPACDSILGQTLLPEGLTSDAQCDDSLRAVKSQLYSCY
CCDS61 THTSYNAMHVKHTSSNLERECSPKLMKRSQSVVEAGTLKHEEKGENENTQPLLALD
300 310 320 330 340 350
>>CCDS34525.1 CLVS2 gene_id:134829|Hs108|chr6 (327 aa)
initn: 569 init1: 386 opt: 623 Z-score: 704.8 bits: 138.8 E(32554): 6.1e-33
Smith-Waterman score: 623; 38.5% identity (69.6% similar) in 270 aa overlap (35-301:8-276)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 SDSLRTSPSVASLSENELPPPPEPPGYVCSLTEDLVTKAREELQEKPEWRLRDVQALRDM
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CCDS34 MTHLQAGLSPETLEKARLELNENPDTLHQDIQEVRDM
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 VRKEYPNLS-TSLDDAFLLRFLRARKFDYDRALQLLVNYHSCRRSWPEVFNNLKPS--AL
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CCDS34 V-ITRPDIGFLRTDDAFILRFLRARKFHHFEAFRLLAQYFEYRQQNLDMFKSFKATDPGI
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 KDVLASGFLTVLPHTDPRGCHVVCIRPDRWIPSNYPITENIRAIYLTLEKLIQSEETQVN
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CCDS34 KQALKDGFPGGLANLDHYGRKILVLFAANWDQSRYTLVDILRAILLSLEAMIEDPELQVN
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 GIVILADYKGVSLSKASHFGPFIAKKVIGILQDGFPIRIKAVHVVNEPRIFKGIFAIIKP
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CCDS34 GFVLIIDWSNFTFKQASKLTPSMLRLAIEGLQDSFPARFGGIHFVNQPWYIHALYTVIRP
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 FLKEKIANRFFLHGSDLNSLHTNLPRSILPKEYGGTAGELDTATWNAVLLASEDDFVKEF
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CCDS34 FLKEKTRKRIFLHGNNLNSLHQLIHPEILPSEFGGMLPPYDMGTWARTLLDHEYDDDSEY
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340
pF1KB3 CQPVPACDSILGQTLLPEGLTSDAQCDDSLRAVKSQLYSCY
CCDS34 NVDSYSMPVKEVEKELSPKSMKRSQSVVDPTVLKRMDKNEEENMQPLLSLD
280 290 300 310 320
>>CCDS6178.1 TTPA gene_id:7274|Hs108|chr8 (278 aa)
initn: 527 init1: 527 opt: 563 Z-score: 638.2 bits: 126.2 E(32554): 3.1e-29
Smith-Waterman score: 563; 39.2% identity (65.8% similar) in 240 aa overlap (60-295:30-268)
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 GYVCSLTEDLVTKAREELQEKPEWRLRDVQALRDMVRKE-YPNLSTSLDDAFLLRFLRAR
::: .:. : : :.:::::::::
CCDS61 MAEARSQPSAGPQLNALPDHSPLLQPGLAALRRRAREAGVPLAPLPLTDSFLLRFLRAR
10 20 30 40 50
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 KFDYDRALQLLVNYHSCRRSWPEVFNNLKPSALKDVLASGFLTVLPHTDPRGCHVVCIRP
:: : : .:: ::.. : ::. .:.: .. .: .:. :: :: : .:. :
CCDS61 DFDLDLAWRLLKNYYKWRAECPEISADLHPRSIIGLLKAGYHGVLRSRDPTGSKVLIYRI
60 70 80 90 100 110
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 DRWIPSNYPITENIRAIYLTLEKLIQSEETQVNGIVILADYKGVSLSKASHFGPFIAKKV
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CCDS61 AHWDPKVFTAYDVFRVSLITSELIVQEVETQRNGIKAIFDLEGWQFSHAFQITPSVAKKI
120 130 140 150 160 170
210 220 230 240 250 260
pF1KB3 IGILQDGFPIRIKAVHVVNEPRIFKGIFAIIKPFLKEKIANRFFLHGSDLN-SLHTNLPR
..: :.::......:..::: ::...:..::::: ::: .:. .::.. . :: ..:
CCDS61 AAVLTDSFPLKVRGIHLINEPVIFHAVFSMIKPFLTEKIKERIHMHGNNYKQSLLQHFP-
180 190 200 210 220 230
270 280 290 300 310 320
pF1KB3 SILPKEYGGTAGELDTAT--WNAVLLASEDDFVKEFCQPVPACDSILGQTLLPEGLTSDA
.::: :::: .. :. .. :::
CCDS61 DILPLEYGGEEFSMEDICQEWTNFIMKSEDYLSSISESIQ
240 250 260 270
>>CCDS32324.1 RLBP1 gene_id:6017|Hs108|chr15 (317 aa)
initn: 553 init1: 532 opt: 533 Z-score: 603.5 bits: 120.0 E(32554): 2.7e-27
Smith-Waterman score: 576; 33.7% identity (67.0% similar) in 291 aa overlap (3-282:13-297)
10 20 30 40
pF1KB3 MSEESDSLRTSPSVASLSENELPPPPEPPGYVCS-LTEDLVTKAREELQE
:: . ::. .. .:. .. : : :: : . . ::..::.:
CCDS32 MSEGVGTFRMVPEEEQELRA--QLEQLTTKDHGPVFGP----CSQLPRHTLQKAKDELNE
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90
pF1KB3 KPEWRLRDVQALRDMVRKEYPN---LSTSL-------DDAFLLRFLRARKFDYDRALQLL
. : : . :. :..::. . . :.... :..:.:::.:::::. :: .::
CCDS32 REETREEAVRELQEMVQAQAASGEELAVAVAERVQEKDSGFFLRFIRARKFNVGRAYELL
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 VNYHSCRRSWPEVFNNLKPSALKDVLASGFLTVLPHTDPRGCHVVCIRPDRWIPSNYPIT
.: . : ..::.:..:.: :.. .. .:. :: : : :. . . : .. .
CCDS32 RGYVNFRLQYPELFDSLSPEAVRCTIEAGYPGVLSSRDKYGRVVMLFNIENWQSQEITFD
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 ENIRAIYLTLEKLIQSEETQVNGIVILADYKGVSLSKASHFGPFIAKKVIGILQDGFPIR
: ..: . ::::...::::.::. :. ..:: ....:. . .:.. .:::.:: :
CCDS32 EILQAYCFILEKLLENEETQINGFCIIENFKGFTMQQAASLRTSDLRKMVDMLQDSFPAR
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 IKAVHVVNEPRIFKGIFAIIKPFLKEKIANRFFLHGSDLNSLHTNLPRSILPKEYGGTAG
.::.: ...: : . ..::::: :. .: :.::.::.... .. ..:::...:::
CCDS32 FKAIHFIHQPWYFTTTYNVVKPFLKSKLLERVFVHGDDLSGFYQEIDENILPSDFGGTLP
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 ELDTATWNAVLLASEDDFVKEFCQPVPACDSILGQTLLPEGLTSDAQCDDSLRAVKSQLY
. :
CCDS32 KYDGKAVAEQLFGPQAQAENTAF
300 310
>>CCDS10280.1 PTPN9 gene_id:5780|Hs108|chr15 (593 aa)
initn: 333 init1: 167 opt: 344 Z-score: 386.1 bits: 80.7 E(32554): 3.5e-15
Smith-Waterman score: 344; 31.1% identity (58.1% similar) in 267 aa overlap (51-309:17-274)
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 ELPPPPEPPGYVCSLTEDLVTKAREELQEKPEWRLRDVQALRDMVRKEYPNLSTSLDDAF
:: . : :... . . :.
CCDS10 MEPATAPRPDMAPELTPEEEQATKQFLEEINKWTVQYNVSPLSWNV
10 20 30 40
90 100 110 120 130
pF1KB3 LLRFLRARKFDYDRALQLLVNYHSCRRSWPEVFNNLKPSA--LKDVLASGFLTVLPHTDP
..:: ::::: ::..:. .:. ::. : . .::: :.. . :: .:.: ::
CCDS10 AVKFLMARKFDVLRAIELFHSYRETRRK--EGIVKLKPHEEPLRSEILSGKFTILNVRDP
50 60 70 80 90 100
140 150 160 170 180 190
pF1KB3 RGCHVVCIRPDRWIPSNYPITENIRAIYLTLEKLIQSEETQVNGIVILADYKGVSLSKAS
: .. . : . ..:.. :.. ..: ::: ::.:.. :. : :. .
CCDS10 TGASIALFTARLHHPHKSVQHVVLQALFYLLDRAVDSFETQRNGLVFIYDMCG---SNYA
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KB3 HFGPFIAKKVIGILQDGFPIRIKAVHVVNEPRIFKGIFAIIKPFLKEKIANRFFLHGSDL
.: ..:::...:. .:: :.: : .:. : :. ..::. .::.:. .:. . ..
CCDS10 NFELDLGKKVLNLLKGAFPARLKKVLIVGAPIWFRVPYSIISLLLKDKVRERIQILKTSE
170 180 190 200 210 220
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 NSLHTNLPRSILPKEYGGTAGELDTATWNAVLLAS----EDDF--VKEFCQPVPACDSIL
. : ::: ::.. :: . ..: :::: .: . : : . : : :: :
CCDS10 VTQH--LPRECLPENLGGYV-KIDLATWNFQFLPQVNGHPDPFDEIILFSLP-PALDWDS
230 240 250 260 270
320 330 340
pF1KB3 GQTLLPEGLTSDAQCDDSLRAVKSQLYSCY
CCDS10 VHVPGPHAMTIQELVDYVNARQKQGIYEEYEDIRRENPVGTFHCSMSPGNLEKNRYGDVP
280 290 300 310 320 330
342 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 05:21:45 2016 done: Sat Nov 5 05:21:45 2016
Total Scan time: 2.990 Total Display time: 0.000
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]