Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3737
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3737, 417 aa
1>>>pF1KB3737 417 - 417 aa - 417 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0751+/-0.000636; mu= 18.6216+/- 0.038
mean_var=69.9874+/-13.811, 0's: 0 Z-trim(111.8): 16 B-trim: 31 in 1/51
Lambda= 0.153308
statistics sampled from 12626 (12641) to 12626 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.75), E-opt: 0.2 (0.388), width: 16
Scan time: 2.700
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2815.1 HYAL3 gene_id:8372|Hs108|chr3 ( 417) 3047 682.6 1.8e-196
CCDS56257.1 HYAL3 gene_id:8372|Hs108|chr3 ( 387) 2158 486.0 2.6e-137
CCDS56260.1 HYAL3 gene_id:8372|Hs108|chr3 ( 168) 1223 278.9 2.5e-75
CCDS2818.1 HYAL2 gene_id:8692|Hs108|chr3 ( 473) 1084 248.5 1e-65
CCDS2816.1 HYAL1 gene_id:3373|Hs108|chr3 ( 435) 1056 242.3 6.8e-64
CCDS5789.1 HYAL4 gene_id:23553|Hs108|chr7 ( 481) 948 218.4 1.1e-56
CCDS5791.1 SPAM1 gene_id:6677|Hs108|chr7 ( 509) 920 212.3 8.8e-55
CCDS5790.1 SPAM1 gene_id:6677|Hs108|chr7 ( 511) 920 212.3 8.8e-55
CCDS2817.1 HYAL1 gene_id:3373|Hs108|chr3 ( 405) 795 184.5 1.5e-46
CCDS56259.1 HYAL3 gene_id:8372|Hs108|chr3 ( 138) 716 166.7 1.2e-41
CCDS46832.1 HYAL1 gene_id:3373|Hs108|chr3 ( 253) 626 147.0 1.9e-35
CCDS46833.1 HYAL1 gene_id:3373|Hs108|chr3 ( 176) 369 90.1 1.9e-18
>>CCDS2815.1 HYAL3 gene_id:8372|Hs108|chr3 (417 aa)
initn: 3047 init1: 3047 opt: 3047 Z-score: 3640.7 bits: 682.6 E(32554): 1.8e-196
Smith-Waterman score: 3047; 100.0% identity (100.0% similar) in 417 aa overlap (1-417:1-417)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MTTQLGPALVLGVALCLGCGQPLPQVPERPFSVLWNVPSAHCEARFGVHLPLNALGIIAN
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CCDS28 MTTQLGPALVLGVALCLGCGQPLPQVPERPFSVLWNVPSAHCEARFGVHLPLNALGIIAN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 RGQHFHGQNMTIFYKNQLGLYPYFGPRGTAHNGGIPQALPLDRHLALAAYQIHHSLRPGF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 AGPAVLDWEEWCPLWAGNWGRRRAYQAASWAWAQQVFPDLDPQEQLYKAYTGFEQAARAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 AGPAVLDWEEWCPLWAGNWGRRRAYQAASWAWAQQVFPDLDPQEQLYKAYTGFEQAARAL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 MEDTLRVAQALRPHGLWGFYHYPACGNGWHSMASNYTGRCHAATLARNTQLHWLWAASSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 MEDTLRVAQALRPHGLWGFYHYPACGNGWHSMASNYTGRCHAATLARNTQLHWLWAASSA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LFPSIYLPPRLPPAHHQAFVRHRLEEAFRVALVGHRHPLPVLAYVRLTHRRSGRFLSQDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 LFPSIYLPPRLPPAHHQAFVRHRLEEAFRVALVGHRHPLPVLAYVRLTHRRSGRFLSQDD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 LVQSIGVSAALGAAGVVLWGDLSLSSSEEECWHLHDYLVDTLGPYVINVTRAAMACSHQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 LVQSIGVSAALGAAGVVLWGDLSLSSSEEECWHLHDYLVDTLGPYVINVTRAAMACSHQR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB3 CHGHGRCARRDPGQMEAFLHLWPDGSLGDWKSFSCHCYWGWAGPTCQEPRPGPKEAV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 CHGHGRCARRDPGQMEAFLHLWPDGSLGDWKSFSCHCYWGWAGPTCQEPRPGPKEAV
370 380 390 400 410
>>CCDS56257.1 HYAL3 gene_id:8372|Hs108|chr3 (387 aa)
initn: 2182 init1: 2158 opt: 2158 Z-score: 2578.5 bits: 486.0 E(32554): 2.6e-137
Smith-Waterman score: 2793; 92.8% identity (92.8% similar) in 417 aa overlap (1-417:1-387)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MTTQLGPALVLGVALCLGCGQPLPQVPERPFSVLWNVPSAHCEARFGVHLPLNALGIIAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MTTQLGPALVLGVALCLGCGQPLPQVPERPFSVLWNVPSAHCEARFGVHLPLNALGIIAN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 RGQHFHGQNMTIFYKNQLGLYPYFGPRGTAHNGGIPQALPLDRHLALAAYQIHHSLRPGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 RGQHFHGQNMTIFYKNQLGLYPYFGPRGTAHNGGIPQALPLDRHLALAAYQIHHSLRPGF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 AGPAVLDWEEWCPLWAGNWGRRRAYQAASWAWAQQVFPDLDPQEQLYKAYTGFEQAARAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 AGPAVLDWEEWCPLWAGNWGRRRAYQAASWAWAQQVFPDLDPQEQLYKAYTGFEQAARAL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 MEDTLRVAQALRPHGLWGFYHYPACGNGWHSMASNYTGRCHAATLARNTQLHWLWAASSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MEDTLRVAQALRPHGLWGFYHYPACGNGWHSMASNYTGRCHAATLARNTQLHWLWAASSA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LFPSIYLPPRLPPAHHQAFVRHRLEEAFRVALVGHRHPLPVLAYVRLTHRRSGRFLSQDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LFPSIYLPPRLPPAHHQAFVRHRLEEAFRVALVGHRHPLPVLAYVRLTHRRSGRFLSQ--
250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 LVQSIGVSAALGAAGVVLWGDLSLSSSEEECWHLHDYLVDTLGPYVINVTRAAMACSHQR
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 ----------------------------EECWHLHDYLVDTLGPYVINVTRAAMACSHQR
300 310 320 330
370 380 390 400 410
pF1KB3 CHGHGRCARRDPGQMEAFLHLWPDGSLGDWKSFSCHCYWGWAGPTCQEPRPGPKEAV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 CHGHGRCARRDPGQMEAFLHLWPDGSLGDWKSFSCHCYWGWAGPTCQEPRPGPKEAV
340 350 360 370 380
>>CCDS56260.1 HYAL3 gene_id:8372|Hs108|chr3 (168 aa)
initn: 1223 init1: 1223 opt: 1223 Z-score: 1465.9 bits: 278.9 E(32554): 2.5e-75
Smith-Waterman score: 1223; 100.0% identity (100.0% similar) in 167 aa overlap (251-417:2-168)
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 HAATLARNTQLHWLWAASSALFPSIYLPPRLPPAHHQAFVRHRLEEAFRVALVGHRHPLP
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MLPPAHHQAFVRHRLEEAFRVALVGHRHPLP
10 20 30
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 VLAYVRLTHRRSGRFLSQDDLVQSIGVSAALGAAGVVLWGDLSLSSSEEECWHLHDYLVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 VLAYVRLTHRRSGRFLSQDDLVQSIGVSAALGAAGVVLWGDLSLSSSEEECWHLHDYLVD
40 50 60 70 80 90
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 TLGPYVINVTRAAMACSHQRCHGHGRCARRDPGQMEAFLHLWPDGSLGDWKSFSCHCYWG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 TLGPYVINVTRAAMACSHQRCHGHGRCARRDPGQMEAFLHLWPDGSLGDWKSFSCHCYWG
100 110 120 130 140 150
410
pF1KB3 WAGPTCQEPRPGPKEAV
:::::::::::::::::
CCDS56 WAGPTCQEPRPGPKEAV
160
>>CCDS2818.1 HYAL2 gene_id:8692|Hs108|chr3 (473 aa)
initn: 1085 init1: 359 opt: 1084 Z-score: 1293.5 bits: 248.5 E(32554): 1e-65
Smith-Waterman score: 1126; 42.2% identity (64.6% similar) in 438 aa overlap (6-407:6-439)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MTTQLGPALVLGVALCLGCGQPL-PQVPE----RPFSVLWNVPSAHCEARFGVHLPLNAL
::...:...: .. .. : : .: ::: : :.::. : :. : : :::.
CCDS28 MRAGPGPTVTLALVLAVSWAMELKPTAPPIFTGRPFVVAWDVPTQDCGPRLKVPLDLNAF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 GIIANRGQHFHGQNMTIFYKNQLGLYPYFGPRGTAHNGGIPQALPLDRHLALAAYQIHHS
. :. .. : .::.::::...::::: : : . .::.:: . : : . ...:
CCDS28 DVQASPNEGFVNQNITIFYRDRLGLYPRFDSAGRSVHGGVPQNVSLWAHRKMLQKRVEHY
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 LRPGF-AGPAVLDWEEWCPLWAGNWGRRRAYQAASWAWAQQVFPDLDPQEQLYKAYTGFE
.: :: ::.:::.: :.:. :: . .:. : . . :: :.. . .: ::
CCDS28 IRTQESAGLAVIDWEDWRPVWVRNWQDKDVYRRLSRQLVASRHPDWPPDRIVKQAQYEFE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 QAARALMEDTLRVAQALRPHGLWGFYHYPACGNGWHSMASN---YTGRCHAATLARNTQL
::. .: .::: ..:.::. ::::: .: : : :....: ::::: . .::: ::
CCDS28 FAAQQFMLETLRYVKAVRPRHLWGFYLFPDCYN--HDYVQNWESYTGRCPDVEVARNDQL
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB3 HWLWAASSALFPSIYLPPRLPPAHH-QAFVRHRLEEAFRVALVGH-RHPLPVLAYVRLTH
:::: :.:::::.:: : ..: . :: :..::.::: . : : ::: ...: :.
CCDS28 AWLWAESTALFPSVYLDETLASSRHGRNFVSFRVQEALRVARTHHANHALPVYVFTRPTY
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 RRSGRFLSQDDLVQSIGVSAALGAAGVVLWGDLSLSSSEEECWHLHDYLVDTLGPYVINV
: ::. ::...:: :::::::::.:::: . ..: : : .:.:::. : :::.::
CCDS28 SRRLTGLSEMDLISTIGESAALGAAGVILWGDAGYTTSTETCQYLKDYLTRLLVPYVVNV
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KB3 TRAAMACSHQRCHGHGRCARRDPGQMEAFLHL------------------WPDGSLGDWK
. :.. ::. .:::::::.::.:. .:::: : : :. :
CCDS28 SWATQYCSRAQCHGHGRCVRRNPSA-STFLHLSTNSFRLVPGHAPGEPQLRPVGELS-WA
360 370 380 390 400 410
400 410
pF1KB3 S-------FSCHCYWGWAGPTCQEPRPGPKEAV
. : :.:: ::.: ::
CCDS28 DIDHLQTHFRCQCYLGWSGEQCQWDHRQAAGGASEAWAGSHLTSLLALAALAFTWTL
420 430 440 450 460 470
>>CCDS2816.1 HYAL1 gene_id:3373|Hs108|chr3 (435 aa)
initn: 621 init1: 574 opt: 1056 Z-score: 1260.5 bits: 242.3 E(32554): 6.8e-64
Smith-Waterman score: 1093; 41.7% identity (63.9% similar) in 432 aa overlap (1-407:1-430)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MTTQLGPALVLGVALC-LGCGQPLPQVPERPFSVLWNVPSAHCEARFGVHLPLNALGIIA
:...: : .: ..: .. : : .:.:::...::. . : : :: . .... ..:
CCDS28 MAAHLLPICALFLTLLDMAQGFRGPLLPNRPFTTVWNANTQWCLERHGVDVDVSVFDVVA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 NRGQHFHGQNMTIFYKNQLGLYPYFGPRGTAHNGGIPQALPLDRHLALAAYQIHHSL-RP
: :: :.: .:::::..::: :::. : : ::.:: : ::: . .: .. :
CCDS28 NPGQTFRGPDMTIFYSSQLGTYPYYTPTGEPVFGGLPQNASLIAHLARTFQDILAAIPAP
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120 130 140 150 160 170
pF1KB3 GFAGPAVLDWEEWCPLWAGNWGRRRAYQAASWAWAQQVFPDLDPQEQLYK-AYTGFEQAA
:.: ::.::: : : :: :: . :. : : .: :: : :. : :. ::
CCDS28 DFSGLAVIDWEAWRPRWAFNWDTKDIYRQRSRALVQAQHPDW-PAPQVEAVAQDQFQGAA
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 RALMEDTLRVAQALRPHGLWGFYHYPACGNGWHSMASNYTGRCHAATLARNTQLHWLWAA
:: : ::....::::.:::::: .: : : . .. ::::.: .. :.: :: :::.
CCDS28 RAWMAGTLQLGRALRPRGLWGFYGFPDCYN-YDFLSPNYTGQCPSGIRAQNDQLGWLWGQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 SSALFPSIYLPPRLP-PAHHQAFVRHRLEEAFRVALVGHRHPLPVLAYVRLTHRRSGRFL
: ::.::::.: : .. : .:.::. ::::::... :::: ::.. . ...::
CCDS28 SRALYPSIYMPAVLEGTGKSQMYVQHRVAEAFRVAVAAGDPNLPVLPYVQIFYDTTNHFL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 SQDDLVQSIGVSAALGAAGVVLWGDLSLSSSEEECWHLHDYLVDTLGPYVINVTRAAMAC
:.: .:.: ::: :::::::: . . ..: : ...:. ::::...::: .:. :
CCDS28 PLDELEHSLGESAAQGAAGVVLWVSWENTRTKESCQAIKEYMDTTLGPFILNVTSGALLC
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KB3 SHQRCHGHGRCARRD--PGQM-----EAF-LHLWPDG---------SLGDWKS----FSC
:. : :::::.:: : . .: ..: : : :: : . :.:
CCDS28 SQALCSGHGRCVRRTSHPKALLLLNPASFSIQLTPGGGPLSLRGALSLEDQAQMAVEFKC
360 370 380 390 400 410
400 410
pF1KB3 HCYWGWAGPTCQEPRPGPKEAV
.:: :: .: :.
CCDS28 RCYPGWQAPWCERKSMW
420 430
>>CCDS5789.1 HYAL4 gene_id:23553|Hs108|chr7 (481 aa)
initn: 849 init1: 287 opt: 948 Z-score: 1130.8 bits: 218.4 E(32554): 1.1e-56
Smith-Waterman score: 989; 36.9% identity (66.6% similar) in 428 aa overlap (9-408:24-448)
10 20 30 40
pF1KB3 MTTQLGPALVLGVALCLGCGQP--LPQVPERPFSVLWNVPSAHCE
:.. . ..: .: :: ..:: . ::.:. .:
CCDS57 MKVLSEGQLKLCVVQPVHLTSWLLIFFILKSISCLKPARLPIYQRKPFIAAWNAPTDQCL
10 20 30 40 50 60
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pF1KB3 ARFGVHLPLNALGIIANRGQHFHGQNMTIFYKNQLGLYPYFGPRGTAHNGGIPQALPLDR
.....: :. . .:.. . .:::.:::: :.:: ::.. .:. :::.:: . :.
CCDS57 IKYNLRLNLKMFPVIGSPLAKARGQNVTIFYVNRLGYYPWYTSQGVPINGGLPQNISLQV
70 80 90 100 110 120
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pF1KB3 HLALAAYQIHHSLRPG--FAGPAVLDWEEWCPLWAGNWGRRRAYQAASWAWAQQVFPDLD
:: : .:.. . :. :.: ::.::: : : :: ::. . .:. : ... ...
CCDS57 HLEKADQDINYYI-PAEDFSGLAVIDWEYWRPQWARNWNSKDVYRQKSRKLISDMGKNVS
130 140 150 160 170
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pF1KB3 PQEQLYKAYTGFEQAARALMEDTLRVAQALRPHGLWGFYHYPACGNGWHSMASNYTGRCH
. : : . ::..:.:.:..:.... ::.::::.: :: : : .. .: ::.: :
CCDS57 ATDIEYLAKVTFEESAKAFMKETIKLGIKSRPKGLWGYYLYPDCHN-YNVYAPNYSGSCP
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KB3 AATLARNTQLHWLWAASSALFPSIYLPPRLPPAHH-QAFVRHRLEEAFRVA-LVGHRHPL
. ::..: ::: .:.::.::: . : ... : . :..:..:.. ...: . :
CCDS57 EDEVLRNNELSWLWNSSAALYPSIGVWKSLGDSENILRFSKFRVHESMRISTMTSHDYAL
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 PVLAYVRLTHRRSGRF-LSQDDLVQSIGVSAALGAAGVVLWGDLSLSSSEEECWHLHDYL
::..:.:: .: : ::..:::..:: ::::::::.:.:::..:..:. .: ......
CCDS57 PVFVYTRLGYRDEPLFFLSKQDLVSTIGESAALGAAGIVIWGDMNLTASKANCTKVKQFV
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380
pF1KB3 VDTLGPYVINVTRAAMACSHQRCHGHGRCARRDPGQMEAFLHLWP---------DGSL--
. :: :. :::::: .:: . :...::: :. . ..::: : :: .
CCDS57 SSDLGSYIANVTRAAEVCSLHLCRNNGRCIRK-MWNAPSYLHLNPASYHIEASEDGEFTV
360 370 380 390 400 410
390 400 410
pF1KB3 -GDWK---------SFSCHCYWGWAGPTCQEPRPGPKEAV
: . .:::::: :. : :.:
CCDS57 KGKASDTDLAVMADTFSCHCYQGYEGADCREIKTADGCSGVSPSPGSLMTLCLLLLASYR
420 430 440 450 460 470
CCDS57 SIQL
480
>>CCDS5791.1 SPAM1 gene_id:6677|Hs108|chr7 (509 aa)
initn: 677 init1: 301 opt: 920 Z-score: 1097.0 bits: 212.3 E(32554): 8.8e-55
Smith-Waterman score: 920; 39.3% identity (64.1% similar) in 379 aa overlap (9-384:28-403)
10 20 30 40
pF1KB3 MTTQLGPALVLGVALCLGCGQPLPQVPERPFSVLWNVPSAH
:.. : :. : : .:. :: ::.::
CCDS57 MGVLKFKHIFFRSFVKSSGVSQIVFTFLLIPCCLTLNFRAP-PVIPNVPFLWAWNAPSEF
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 CEARFGVHLPLNALGIIANRGQHFHGQNMTIFYKNQLGLYPYFGP-RGTAHNGGIPQALP
: ..: : .. ...:.. . ::..:::: ..:: :::. :.. :::::: .
CCDS57 CLGKFDEPLDMSLFSFIGSPRINATGQGVTIFYVDRLGYYPYIDSITGVTVNGGIPQKIS
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 LDRHLALAAYQIHHSLRPGFAGPAVLDWEEWCPLWAGNWGRRRAYQAASWAWAQQVFPDL
:. :: : .: . : ::.::::: : :: :: . .:. : .:: .:
CCDS57 LQDHLDKAKKDITFYMPVDNLGMAVIDWEEWRPTWARNWKPKDVYKNRSIELVQQQNVQL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 DPQEQLYKAYTGFEQAARALMEDTLRVAQALRPHGLWGFYHYPACGNGWHSMASNYTGRC
. : :: ::.:.. .. .:..... :::. :::.: .: : : : .:.: :
CCDS57 SLTEATEKAKQEFEKAGKDFLVETIKLGKLLRPNHLWGYYLFPDCYNH-HYKKPGYNGSC
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230 240 250 260 270
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]