Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3717
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3717, 478 aa
1>>>pF1KB3717 478 - 478 aa - 478 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5533+/-0.00111; mu= 15.5394+/- 0.066
mean_var=56.5939+/-11.468, 0's: 0 Z-trim(101.1): 29 B-trim: 0 in 0/47
Lambda= 0.170486
statistics sampled from 6390 (6400) to 6390 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.557), E-opt: 0.2 (0.197), width: 16
Scan time: 2.550
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3577.1 SCARB2 gene_id:950|Hs108|chr4 ( 478) 3193 794.1 0
CCDS56335.1 SCARB2 gene_id:950|Hs108|chr4 ( 335) 1652 415.0 6e-116
CCDS45008.1 SCARB1 gene_id:949|Hs108|chr12 ( 506) 996 253.7 3.3e-67
CCDS9259.1 SCARB1 gene_id:949|Hs108|chr12 ( 509) 985 251.0 2.2e-66
CCDS34673.1 CD36 gene_id:948|Hs108|chr7 ( 472) 957 244.1 2.4e-64
CCDS78251.1 CD36 gene_id:948|Hs108|chr7 ( 396) 819 210.2 3.4e-54
CCDS78250.1 CD36 gene_id:948|Hs108|chr7 ( 412) 616 160.2 3.7e-39
CCDS78249.1 CD36 gene_id:948|Hs108|chr7 ( 433) 426 113.5 4.6e-25
>>CCDS3577.1 SCARB2 gene_id:950|Hs108|chr4 (478 aa)
initn: 3193 init1: 3193 opt: 3193 Z-score: 4240.9 bits: 794.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3193; 100.0% identity (100.0% similar) in 478 aa overlap (1-478:1-478)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MGRCCFYTAGTLSLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEKPPLPV
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CCDS35 MGRCCFYTAGTLSLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEKPPLPV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 YTQFYFFNVTNPEEILRGETPRVEEVGPYTYRELRNKANIQFGDNGTTISAVSNKAYVFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 YTQFYFFNVTNPEEILRGETPRVEEVGPYTYRELRNKANIQFGDNGTTISAVSNKAYVFE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 RDQSVGDPKIDLIRTLNIPVLTVIEWSQVHFLREIIEAMLKAYQQKLFVTHTVDELLWGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 RDQSVGDPKIDLIRTLNIPVLTVIEWSQVHFLREIIEAMLKAYQQKLFVTHTVDELLWGY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 KDEILSLIHVFRPDISPYFGLFYEKNGTNDGDYVFLTGEDSYLNFTKIVEWNGKTSLDWW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 KDEILSLIHVFRPDISPYFGLFYEKNGTNDGDYVFLTGEDSYLNFTKIVEWNGKTSLDWW
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 ITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGLPAFRYKVPAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGLPAFRYKVPAE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 ILANTSDNAGFCIPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADERFVSAIEGMHPNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ILANTSDNAGFCIPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADERFVSAIEGMHPNQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDIRTMVFPVMYLNESVHIDKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDIRTMVFPVMYLNESVHIDKE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB3 TASRLKSMINTTLIITNIPYIIMALGVFFGLVFTWLACKGQGSMDEGTADERAPLIRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 TASRLKSMINTTLIITNIPYIIMALGVFFGLVFTWLACKGQGSMDEGTADERAPLIRT
430 440 450 460 470
>>CCDS56335.1 SCARB2 gene_id:950|Hs108|chr4 (335 aa)
initn: 1671 init1: 1641 opt: 1652 Z-score: 2195.1 bits: 415.0 E(32554): 6e-116
Smith-Waterman score: 1953; 70.1% identity (70.1% similar) in 478 aa overlap (1-478:1-335)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MGRCCFYTAGTLSLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEKPPLPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MGRCCFYTAGTLSLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEKPPLPV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 YTQFYFFNVTNPEEILRGETPRVEEVGPYTYRELRNKANIQFGDNGTTISAVSNKAYVFE
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 YTQFYFFNVTNPEEILRGETPRVEEVGPYTYR----------------------------
70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 RDQSVGDPKIDLIRTLNIPVLTVIEWSQVHFLREIIEAMLKAYQQKLFVTHTVDELLWGY
CCDS56 ------------------------------------------------------------
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 KDEILSLIHVFRPDISPYFGLFYEKNGTNDGDYVFLTGEDSYLNFTKIVEWNGKTSLDWW
:::::
CCDS56 -------------------------------------------------------SLDWW
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 ITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGLPAFRYKVPAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 ITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGLPAFRYKVPAE
100 110 120 130 140 150
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 ILANTSDNAGFCIPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADERFVSAIEGMHPNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 ILANTSDNAGFCIPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADERFVSAIEGMHPNQ
160 170 180 190 200 210
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDIRTMVFPVMYLNESVHIDKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 EDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDIRTMVFPVMYLNESVHIDKE
220 230 240 250 260 270
430 440 450 460 470
pF1KB3 TASRLKSMINTTLIITNIPYIIMALGVFFGLVFTWLACKGQGSMDEGTADERAPLIRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 TASRLKSMINTTLIITNIPYIIMALGVFFGLVFTWLACKGQGSMDEGTADERAPLIRT
280 290 300 310 320 330
>>CCDS45008.1 SCARB1 gene_id:949|Hs108|chr12 (506 aa)
initn: 623 init1: 321 opt: 996 Z-score: 1320.0 bits: 253.7 E(32554): 3.3e-67
Smith-Waterman score: 996; 34.0% identity (66.9% similar) in 465 aa overlap (10-465:15-471)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MGRCCFYTAGTLSLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEK
:. .:: : .....: . . . :.. :.. . .. .:. :..
CCDS45 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIV--MVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 PPLPVYTQFYFFNVTNPEEILRGETPRVEEVGPYTYRELRNKANIQFGDNGTTISAVSNK
:.: : . :::.: :: :::.:: :.:.: :::.:::.:.:.:: : .:. :.: . .
CCDS45 IPIPFYLSVYFFDVMNPSEILKGEKPQVRERGPYVYREFRHKSNITF-NNNDTVSFLEYR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 AYVFERDQSVGDPKIDLIRTLNIPVL--TVIEWSQVHFLREIIEAMLKAYQQKLFVTHTV
.. :. ..: :. . : : :: :: .:. .. :. :. . . .. :...::
CCDS45 TFQFQPSKSHGSES-DYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 DELLWGYKDEILSLIHVFRPDISPY---FGLFYEKNGTNDGDYVFLTGEDSYLNFTKIVE
:..::::: ...::. . : . :. :::: : :....: .. .:: .. . . .
CCDS45 GEIMWGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDK
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 WNGKTSLDWWITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGL
::: ...:.: .:.:::::::.:. . :..: . : . . :::. . ... .:.
CCDS45 WNGLSKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB3 PAFRYKVPAEILANTS---DNAGFCIPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADE
:..:. .: ..:: : : ::: : :: ::. ::: :. .::...: ::: .::
CCDS45 PTYRFVAPKTLFANGSIYPPNEGFC-P---CLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNADP
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 RFVSAIEGMHPNQEDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDIRTMVFP
.. :. :.::::: : :.::.:.::: .. . ..:...:.:.. . .:: :. .:.:
CCDS45 VLAEAVTGLHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIEPVVLP
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 VMYLNESVHIDKETASRLKS-MINTTLIITNIPYIIMALGVFFGLVFTWLACKGQGSMDE
.... :: .. :: . . .. .. :...::: . :: . ..:: :
CCDS45 LLWFAESGAMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVICQIRSQGPEDT
420 430 440 450 460 470
470
pF1KB3 GTADERAPLIRT
CCDS45 VSQPGLAAGPDRPPSPYTPLLPDSPSGQPPSPTA
480 490 500
>>CCDS9259.1 SCARB1 gene_id:949|Hs108|chr12 (509 aa)
initn: 623 init1: 321 opt: 985 Z-score: 1305.4 bits: 251.0 E(32554): 2.2e-66
Smith-Waterman score: 985; 34.3% identity (67.5% similar) in 452 aa overlap (10-452:15-458)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MGRCCFYTAGTLSLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEK
:. .:: : .....: . . . :.. :.. . .. .:. :..
CCDS92 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIV--MVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 PPLPVYTQFYFFNVTNPEEILRGETPRVEEVGPYTYRELRNKANIQFGDNGTTISAVSNK
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CCDS92 IPIPFYLSVYFFDVMNPSEILKGEKPQVRERGPYVYREFRHKSNITFNNNDT-VSFLEYR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 AYVFERDQSVGDPKIDLIRTLNIPVL--TVIEWSQVHFLREIIEAMLKAYQQKLFVTHTV
.. :. ..: :. . : : :: :: .:. .. :. :. . . .. :...::
CCDS92 TFQFQPSKSHGSES-DYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 DELLWGYKDEILSLIHVFRPDISPY---FGLFYEKNGTNDGDYVFLTGEDSYLNFTKIVE
:..::::: ...::. . : . :. :::: : :....: .. .:: .. . . .
CCDS92 GEIMWGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDK
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 WNGKTSLDWWITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGL
::: ...:.: .:.:::::::.:. . :..: . : . . :::. . ... .:.
CCDS92 WNGLSKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB3 PAFRYKVPAEILANTS---DNAGFCIPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADE
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CCDS92 PTYRFVAPKTLFANGSIYPPNEGFC-P---CLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNADP
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 RFVSAIEGMHPNQEDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDIRTMVFP
.. :. :.::::: : :.::.:.::: .. . ..:...:.:.. . .:: :. .:.:
CCDS92 VLAEAVTGLHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIEPVVLP
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 VMYLNESVHIDKETASRLKS-MINTTLIITNIPYIIMALGVFFGLVFTWLACKGQGSMDE
.... :: .. :: . . .. .. :...::: . ::
CCDS92 LLWFAESGAMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVICQIRSQEKCYL
420 430 440 450 460 470
470
pF1KB3 GTADERAPLIRT
CCDS92 FWSSSKKGSKDKEAIQAYSESLMTSAPKGSVLQEAKL
480 490 500
>>CCDS34673.1 CD36 gene_id:948|Hs108|chr7 (472 aa)
initn: 772 init1: 268 opt: 957 Z-score: 1268.7 bits: 244.1 E(32554): 2.4e-64
Smith-Waterman score: 957; 33.8% identity (68.6% similar) in 477 aa overlap (1-461:1-469)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MG--RCCFYTAGTL--SLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEKP
:: : : ::.. ..: . .. . :. .. ....:.:..::..:: :: .: :
CCDS34 MGCDRNCGLIAGAVIGAVLAVFGGILMPVGDLL---IQKTIKKQVVLEEGTIAFKNWVKT
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 PLPVYTQFYFFNVTNPEEILRGETP-RVEEVGPYTYR-ELRNKANIQFGDNGTTISAVSN
:: ::..:.: ::.:.. . . .:.. :::::: .. : :. . .:.: ..
CCDS34 GTEVYRQFWIFDVQNPQEVMMNSSNIQVKQRGPYTYRVRFLAKENVTQDAEDNTVSFLQP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 KAYVFERDQSVGDPKIDLIRTLNIPVLTVIEWSQVHFLREIIEAMLKAYQQKLFVTHTVD
.. .:: . ::: . : . .::. : .. . : .:.. :...... ....: ..:.
CCDS34 NGAIFEPSLSVGT-EADNFTVLNLAVAAASHIYQNQFVQMILNSLINKSKSSMFQVRTLR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 ELLWGYKDEILSLIHVFRPDISPYFGLFYEKNGTNDGDYVFLTGEDSYLNFTKIVEWNGK
::::::.: .:::. : .. :::: :.: :: : ..:.:. . . : ..::
CCDS34 ELLWGYRDPFLSLVP--YP-VTTTVGLFYPYNNTADGVYKVFNGKDNISKVAIIDTYKGK
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 TSLDWWITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGLPAFR
.:..: ..:.::::::. :: :.. :..:: : ::.:::.: .: . ...:.:..:
CCDS34 RNLSYW-ESHCDMINGTDAASFPPFVEKSQVLQFFSSDICRSIYAVFESDVNLKGIPVYR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB3 YKVPAEILAN---TSDNAGFC---IPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADER
. .:.. .:. . :: :: : :: . :::..: ::.: :. .:.::: :.
CCDS34 FVLPSKAFASPVENPDNYCFCTEKIISKNCTSYGVLDISKCKEGRPVYISLPHFLYASPD
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 FVSAIEGMHPNQEDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDI-RTMVFP
:.:..::.:.:.:..::.:.::. :. :::.:.:. :: . . .. :... :
CCDS34 VSEPIDGLNPNEEEHRTYLDIEPITGFTLQFAKRLQVNLLVKPSEKIQVLKNLKRNYIVP
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 VMYLNESVHIDKETASRLKSMINTTLIITN-IPYIIMALGV--FFGLVFTWLACKGQGSM
...:::. : : :. ..:... . . . : .:....:: : ...... ::...
CCDS34 ILWLNETGTIGDEKANMFRSQVTGKINLLGLIEMILLSVGVVMFVAFMISYCACRSKTIK
420 430 440 450 460 470
470
pF1KB3 DEGTADERAPLIRT
>>CCDS78251.1 CD36 gene_id:948|Hs108|chr7 (396 aa)
initn: 666 init1: 268 opt: 819 Z-score: 1086.5 bits: 210.2 E(32554): 3.4e-54
Smith-Waterman score: 819; 34.3% identity (69.3% similar) in 391 aa overlap (82-461:8-393)
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 SWEKPPLPVYTQFYFFNVTNPEEILRGETPRVEEVGPYTYR-ELRNKANIQFGDNGTTIS
.:.. :::::: .. : :. . .:.:
CCDS78 MMNSSNIQVKQRGPYTYRVRFLAKENVTQDAEDNTVS
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 AVSNKAYVFERDQSVGDPKIDLIRTLNIPVLTVIEWSQVHFLREIIEAMLKAYQQKLFVT
.. .. .:: . ::: . : . .::. : .. . : .:.. :...... ....: .
CCDS78 FLQPNGAIFEPSLSVGT-EADNFTVLNLAVAAASHIYQNQFVQMILNSLINKSKSSMFQV
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 HTVDELLWGYKDEILSLIHVFRPDISPYFGLFYEKNGTNDGDYVFLTGEDSYLNFTKIVE
.:. ::::::.: .:::. : .. :::: :.: :: : ..:.:. . . :
CCDS78 RTLRELLWGYRDPFLSLVPY--P-VTTTVGLFYPYNNTADGVYKVFNGKDNISKVAIIDT
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 WNGKTSLDWWITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGL
..:: .:..: ..:.::::::. :: :.. :..:: : ::.:::.: .: . ...:.
CCDS78 YKGKRNLSYW-ESHCDMINGTDAASFPPFVEKSQVLQFFSSDICRSIYAVFESDVNLKGI
160 170 180 190 200 210
300 310 320 330 340
pF1KB3 PAFRYKVPAEILAN---TSDNAGFC---IPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQ
:..:. .:.. .:. . :: :: : :: . :::..: ::.: :. .:.:::
CCDS78 PVYRFVLPSKAFASPVENPDNYCFCTEKIISKNCTSYGVLDISKCKEGRPVYISLPHFLY
220 230 240 250 260 270
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 ADERFVSAIEGMHPNQEDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDI-RT
:. :.:..::.:.:.:..::.:.::. :. :::.:.:. :: . . .. :.
CCDS78 ASPDVSEPIDGLNPNEEEHRTYLDIEPITGFTLQFAKRLQVNLLVKPSEKIQVLKNLKRN
280 290 300 310 320 330
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]