Result of FASTA (omim) for
pF1KB3681
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3681, 895 aa
1>>>pF1KB3681 895 - 895 aa - 895 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 16.0851+/-0.000473; mu= -28.7847+/- 0.029
mean_var=741.0640+/-153.102, 0's: 0 Z-trim(125.1): 41 B-trim: 0 in 0/62
Lambda= 0.047114
statistics sampled from 47959 (48007) to 47959 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.821), E-opt: 0.2 (0.563), width: 16
Scan time: 17.450
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004454 (OMIM: 300546,305400) FYVE, RhoGEF and P ( 961) 3209 233.9 2.8e-60
XP_016865918 (OMIM: 605091) PREDICTED: FYVE, RhoGE ( 662) 1418 112.1 9.2e-24
NP_775829 (OMIM: 605091) FYVE, RhoGEF and PH domai ( 655) 1361 108.2 1.3e-22
NP_001291412 (OMIM: 609311,611104) FYVE, RhoGEF an ( 471) 1227 99.0 5.8e-20
XP_011518861 (OMIM: 609311,611104) PREDICTED: FYVE ( 511) 1227 99.0 6.1e-20
XP_005253367 (OMIM: 609311,611104) PREDICTED: FYVE ( 518) 1227 99.0 6.2e-20
XP_011518860 (OMIM: 609311,611104) PREDICTED: FYVE ( 567) 1227 99.0 6.6e-20
XP_011518859 (OMIM: 609311,611104) PREDICTED: FYVE ( 582) 1227 99.0 6.8e-20
XP_016874294 (OMIM: 609311,611104) PREDICTED: FYVE ( 582) 1227 99.0 6.8e-20
XP_005253366 (OMIM: 609311,611104) PREDICTED: FYVE ( 673) 1227 99.1 7.6e-20
NP_001317302 (OMIM: 609311,611104) FYVE, RhoGEF an ( 673) 1227 99.1 7.6e-20
XP_005253365 (OMIM: 609311,611104) PREDICTED: FYVE ( 673) 1227 99.1 7.6e-20
NP_001317303 (OMIM: 609311,611104) FYVE, RhoGEF an ( 673) 1227 99.1 7.6e-20
XP_011518857 (OMIM: 609311,611104) PREDICTED: FYVE ( 766) 1227 99.1 8.3e-20
XP_011518858 (OMIM: 609311,611104) PREDICTED: FYVE ( 766) 1227 99.1 8.3e-20
NP_640334 (OMIM: 609311,611104) FYVE, RhoGEF and P ( 766) 1227 99.1 8.3e-20
NP_001291410 (OMIM: 609311,611104) FYVE, RhoGEF an ( 851) 1227 99.2 9e-20
XP_011518856 (OMIM: 609311,611104) PREDICTED: FYVE ( 864) 1227 99.2 9.1e-20
NP_001291409 (OMIM: 609311,611104) FYVE, RhoGEF an ( 878) 1227 99.2 9.3e-20
XP_016874292 (OMIM: 609311,611104) PREDICTED: FYVE ( 914) 1227 99.2 9.5e-20
XP_005253361 (OMIM: 609311,611104) PREDICTED: FYVE ( 930) 1227 99.2 9.7e-20
NP_001291413 (OMIM: 609311,611104) FYVE, RhoGEF an ( 422) 1125 92.0 6.5e-18
NP_060821 (OMIM: 613520) FYVE, RhoGEF and PH domai (1430) 627 58.6 2.5e-07
XP_011512675 (OMIM: 605091) PREDICTED: FYVE, RhoGE ( 398) 599 56.2 3.6e-07
XP_011512674 (OMIM: 605091) PREDICTED: FYVE, RhoGE ( 401) 467 47.3 0.00018
>>NP_004454 (OMIM: 300546,305400) FYVE, RhoGEF and PH do (961 aa)
initn: 3170 init1: 3170 opt: 3209 Z-score: 1203.3 bits: 233.9 E(85289): 2.8e-60
Smith-Waterman score: 5777; 92.9% identity (92.9% similar) in 927 aa overlap (35-895:35-961)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 RAPGGAGPSEPEHPATNPPGAAPPACADSDPGASEPGLLARRGSGSALGGPLDPQFVGPS
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RAPGGAGPSEPEHPATNPPGAAPPACADSDPGASEPGLLARRGSGSALGGPLDPQFVGPS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 DTSLGAAPGHRVLPCGPSPQHHRALRFSYHLEGSQPRPGLHQGNRILVKSLSLDPGQSLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DTSLGAAPGHRVLPCGPSPQHHRALRFSYHLEGSQPRPGLHQGNRILVKSLSLDPGQSLE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 PHPEGPQRLRSDPGPPTETPSQRPSPLKRAPGPKPQVPPKPSYLQMPRMPPPLEPIPPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PHPEGPQRLRSDPGPPTETPSQRPSPLKRAPGPKPQVPPKPSYLQMPRMPPPLEPIPPPP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 SRPLPADPRVAKGLAPRAEASPSSAAVSSLIEKFEREPVIVASDRPVPGPSPGPPEPVML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SRPLPADPRVAKGLAPRAEASPSSAAVSSLIEKFEREPVIVASDRPVPGPSPGPPEPVML
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 PQPTSQPPVPQLPEGEASRCLFLLAPGPRDGEKVPNRDSGIDSISSPSNSEETCFVSDDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PQPTSQPPVPQLPEGEASRCLFLLAPGPRDGEKVPNRDSGIDSISSPSNSEETCFVSDDG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 PPSHSLCPGPPALASVPVALADPHRPGSQEVDSDLEEEDDEEEEEEKDREIPVPLMERQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PPSHSLCPGPPALASVPVALADPHRPGSQEVDSDLEEEDDEEEEEEKDREIPVPLMERQE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 SVELTVQQKVFHIANELLQTEKAYVSRLHLLDQVFCARLLEEARNRSSFPADVVHGIFSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SVELTVQQKVFHIANELLQTEKAYVSRLHLLDQVFCARLLEEARNRSSFPADVVHGIFSN
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 ICSI--------------------------------------------------------
::::
NP_004 ICSIYCFHQQFLLPELEKRMEEWDRYPRIGDILQKLAPFLKMYGEYVKNFDRAVELVNTW
430 440 450 460 470 480
430 440 450 460 470
pF1KB3 ----------IHEVQKEEACGNLTLQHHMLEPVQRIPRYELLLKDYLLKLPHGSPDSKDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TERSTQFKVIIHEVQKEEACGNLTLQHHMLEPVQRIPRYELLLKDYLLKLPHGSPDSKDA
490 500 510 520 530 540
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 QKSLELIATAAEHSNAAIRKMERMHKLLKVYELLGGEEDIVSPTKELIKEGHILKLSAKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 QKSLELIATAAEHSNAAIRKMERMHKLLKVYELLGGEEDIVSPTKELIKEGHILKLSAKN
550 560 570 580 590 600
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 GTTQDRYLILFNDRLLYCVPRLRLLGQKFSVRARIDVDGMELKESSNLNLPRTFLVSGKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GTTQDRYLILFNDRLLYCVPRLRLLGQKFSVRARIDVDGMELKESSNLNLPRTFLVSGKQ
610 620 630 640 650 660
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 RSLELQARTEEEKKDWVQAINSTLLKHEQTLETFKLLNSTNREDEDTPPNSPNVDLGKRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RSLELQARTEEEKKDWVQAINSTLLKHEQTLETFKLLNSTNREDEDTPPNSPNVDLGKRA
670 680 690 700 710 720
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 PTPIREKEVTMCMRCQEPFNSITKRRHHCKACGHVVCGKCSEFRARLVYDNNRSNRVCTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PTPIREKEVTMCMRCQEPFNSITKRRHHCKACGHVVCGKCSEFRARLVYDNNRSNRVCTD
730 740 750 760 770 780
720 730 740 750 760 770
pF1KB3 CYVALHGVPGSSPACSQHTPQRRRSILEKQASVAAENSVICSFLHYMEKGGKGWHKAWFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 CYVALHGVPGSSPACSQHTPQRRRSILEKQASVAAENSVICSFLHYMEKGGKGWHKAWFV
790 800 810 820 830 840
780 790 800 810 820 830
pF1KB3 VPENEPLVLYIYGAPQDVKAQRSLPLIGFEVGPPEAGERPDRRHVFKITQSHLSWYFSPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 VPENEPLVLYIYGAPQDVKAQRSLPLIGFEVGPPEAGERPDRRHVFKITQSHLSWYFSPE
850 860 870 880 890 900
840 850 860 870 880 890
pF1KB3 TEELQRRWMAVLGRAGRGDTFCPGPTLSEDREMEEAPVAALGATAEPPESPQTRDKT
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TEELQRRWMAVLGRAGRGDTFCPGPTLSEDREMEEAPVAALGATAEPPESPQTRDKT
910 920 930 940 950 960
>>XP_016865918 (OMIM: 605091) PREDICTED: FYVE, RhoGEF an (662 aa)
initn: 1305 init1: 769 opt: 1418 Z-score: 547.6 bits: 112.1 E(85289): 9.2e-24
Smith-Waterman score: 1489; 42.2% identity (66.1% similar) in 626 aa overlap (305-856:45-649)
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 GEKVPNRDSGIDSISSPSNSEETCFVSDDGPPSHSLCPGPPALASVPVALADPHRPGSQE
:: ::: ..: :... : :..
XP_016 LVTVFENSRTPEAAPRGQRLEDVHHRPECRPPES---PGPREKTNVGEAVGSEPRTVSRR
20 30 40 50 60 70
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 VDSDLEEEDDEEEEEEKDREIPVPLMERQESVELTVQQKVFHIANELLQTEKAYVSRLHL
..:... . : ... . . . :: . :: :::.::.:::.::::
XP_016 YLNSLKNKLSSEAWRKSCQPVTLSGSGTQEPEKKIVQ--------ELLETEQAYVARLHL
80 90 100 110 120
400 410 420 430
pF1KB3 LDQVFCARLLEEARNRSSFPADVVHGIFSNICSIIH------------------------
::::: .::. ::. ..:: :::. ::::: :: .
XP_016 LDQVFFQELLKTARSSKAFPEDVVRVIFSNISSIYQFHSQFFLPELQRRLDDWTANPRIG
130 140 150 160 170 180
440
pF1KB3 ------------------------------------------EVQKEEACGNLTLQHHML
..:. :: :.::::::::
XP_016 DVIQKLAPFLKMYSEYVKNFERAAELLATWTDKSPLFQEVLTRIQSSEASGSLTLQHHML
190 200 210 220 230 240
450 460 470 480 490 500
pF1KB3 EPVQRIPRYELLLKDYLLKLPHGSPDSKDAQKSLELIATAAEHSNAAIRKMERMHKLLKV
::::::::::::::.:. ::: .::. ::::.:..: .::.:::::: .:::.. : .:
XP_016 EPVQRIPRYELLLKEYIQKLPAQAPDQADAQKALDMIFSAAQHSNAAITEMERLQDLWEV
250 260 270 280 290 300
510 520 530 540 550 560
pF1KB3 YELLGGEEDIVSPTKELIKEGHILKLSAKNGTTQDRYLILFNDRLLYCVPRLRLLGQKFS
:. :: :.:::.:.. :..:: .::.: . . ..:::.:::. :::::::. .: .:.
XP_016 YQRLGLEDDIVDPSNTLLREGPVLKISFRRNDPMERYLFLFNNMLLYCVPRVIQVGAQFQ
310 320 330 340 350 360
570 580 590 600 610 620
pF1KB3 VRARIDVDGMELKESSNLNLPRTFLVSGKQRSLELQARTEEEKKDWVQAINSTLLKHEQT
::.:::: ::...: . ..:..::::::::.::::::..:: .:.::..... . :.
XP_016 VRTRIDVAGMKVRELMDAEFPHSFLVSGKQRTLELQARSQEEMISWMQAFQAAIDQIEKR
370 380 390 400 410 420
630 640 650 660 670 680
pF1KB3 LETFKLLNSTNREDEDTPPNSPNVDLGKRAPTPIREKEVTMCMRCQEPFNSITKRRHHCK
:::: . . : . . . .:: ::: .:.: ::::::::::::..:.:::::.
XP_016 NETFKA-AAQGPEGDIQEQELQSEELGLRAPQWVRDKMVTMCMRCQEPFNALTRRRHHCR
430 440 450 460 470 480
690 700 710 720 730 740
pF1KB3 ACGH-------VVCGKCSEFRARLVYDNNRSNRVCTDCYVALHGVPGSSPACSQHTPQRR
:::. :::..::..::.: ::.:: :::: ::. : : . : .. ..:
XP_016 ACGYIFVPAEPVVCARCSDYRAELKYDDNRPNRVCLHCYAFLTG--NVLPEAKE---DKR
490 500 510 520 530
750 760 770 780 790 800
pF1KB3 RSILEKQASVAAENSVICSFLHYM-EKGGKGWHKAWFVVPENEPLVLYIYGAPQDVKAQR
:.:::: .:.. ..:..::::. . .: ::. ..: :.:...:::::.:.::::..:.
XP_016 RGILEKGSSATPDQSLMCSFLQLIGDKWGKSGPRGWCVIPRDDPLVLYVYAAPQDMRAHT
540 550 560 570 580 590
810 820 830 840 850 860
pF1KB3 SLPLIGFEVGPPEAGERPDRRHVFKITQSHLSWYFSPETEELQRRWMAVLGRAGRGDTFC
:.::.:..: .: . : : ::.. :: . :. :::::. ::. .. ::. :
XP_016 SIPLLGYQV---TVGPQGDPR-VFQLQQSGQLYTFKAETEELKGRWVKAMERAASGWSPS
600 610 620 630 640 650
870 880 890
pF1KB3 PGPTLSEDREMEEAPVAALGATAEPPESPQTRDKT
XP_016 WPNDGDLSD
660
>>NP_775829 (OMIM: 605091) FYVE, RhoGEF and PH domain-co (655 aa)
initn: 1455 init1: 769 opt: 1361 Z-score: 526.7 bits: 108.2 E(85289): 1.3e-22
Smith-Waterman score: 1513; 42.6% identity (66.9% similar) in 619 aa overlap (305-856:45-642)
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 GEKVPNRDSGIDSISSPSNSEETCFVSDDGPPSHSLCPGPPALASVPVALADPHRPGSQE
:: ::: ..: :... : :..
NP_775 LVTVFENSRTPEAAPRGQRLEDVHHRPECRPPES---PGPREKTNVGEAVGSEPRTVSRR
20 30 40 50 60 70
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 VDSDLEEEDDEEEEEEKDREIPVPLMERQESVELTVQQKVFHIANELLQTEKAYVSRLHL
..:... . : ... . . . :: . :: :::.::.:::.::::
NP_775 YLNSLKNKLSSEAWRKSCQPVTLSGSGTQEPEKKIVQ--------ELLETEQAYVARLHL
80 90 100 110 120
400 410 420 430
pF1KB3 LDQVFCARLLEEARNRSSFPADVVHGIFSNICSIIH------------------------
::::: .::. ::. ..:: :::. ::::: :: .
NP_775 LDQVFFQELLKTARSSKAFPEDVVRVIFSNISSIYQFHSQFFLPELQRRLDDWTANPRIG
130 140 150 160 170 180
440
pF1KB3 ------------------------------------------EVQKEEACGNLTLQHHML
..:. :: :.::::::::
NP_775 DVIQKLAPFLKMYSEYVKNFERAAELLATWTDKSPLFQEVLTRIQSSEASGSLTLQHHML
190 200 210 220 230 240
450 460 470 480 490 500
pF1KB3 EPVQRIPRYELLLKDYLLKLPHGSPDSKDAQKSLELIATAAEHSNAAIRKMERMHKLLKV
::::::::::::::.:. ::: .::. ::::.:..: .::.:::::: .:::.. : .:
NP_775 EPVQRIPRYELLLKEYIQKLPAQAPDQADAQKALDMIFSAAQHSNAAITEMERLQDLWEV
250 260 270 280 290 300
510 520 530 540 550 560
pF1KB3 YELLGGEEDIVSPTKELIKEGHILKLSAKNGTTQDRYLILFNDRLLYCVPRLRLLGQKFS
:. :: :.:::.:.. :..:: .::.: . . ..:::.:::. :::::::. .: .:.
NP_775 YQRLGLEDDIVDPSNTLLREGPVLKISFRRNDPMERYLFLFNNMLLYCVPRVIQVGAQFQ
310 320 330 340 350 360
570 580 590 600 610 620
pF1KB3 VRARIDVDGMELKESSNLNLPRTFLVSGKQRSLELQARTEEEKKDWVQAINSTLLKHEQT
::.:::: ::...: . ..:..::::::::.::::::..:: .:.::..... . :.
NP_775 VRTRIDVAGMKVRELMDAEFPHSFLVSGKQRTLELQARSQEEMISWMQAFQAAIDQIEKR
370 380 390 400 410 420
630 640 650 660 670 680
pF1KB3 LETFKLLNSTNREDEDTPPNSPNVDLGKRAPTPIREKEVTMCMRCQEPFNSITKRRHHCK
:::: . . : . . . .:: ::: .:.: ::::::::::::..:.:::::.
NP_775 NETFKA-AAQGPEGDIQEQELQSEELGLRAPQWVRDKMVTMCMRCQEPFNALTRRRHHCR
430 440 450 460 470 480
690 700 710 720 730 740
pF1KB3 ACGHVVCGKCSEFRARLVYDNNRSNRVCTDCYVALHGVPGSSPACSQHTPQRRRSILEKQ
:::.:::..::..::.: ::.:: :::: ::. : : . : .. ..::.::::
NP_775 ACGYVVCARCSDYRAELKYDDNRPNRVCLHCYAFLTG--NVLPEAKE---DKRRGILEKG
490 500 510 520 530
750 760 770 780 790 800
pF1KB3 ASVAAENSVICSFLHYM-EKGGKGWHKAWFVVPENEPLVLYIYGAPQDVKAQRSLPLIGF
.:.. ..:..::::. . .: ::. ..: :.:...:::::.:.::::..:. :.::.:.
NP_775 SSATPDQSLMCSFLQLIGDKWGKSGPRGWCVIPRDDPLVLYVYAAPQDMRAHTSIPLLGY
540 550 560 570 580 590
810 820 830 840 850 860
pF1KB3 EVGPPEAGERPDRRHVFKITQSHLSWYFSPETEELQRRWMAVLGRAGRGDTFCPGPTLSE
.: .: . : : ::.. :: . :. :::::. ::. .. ::. :
NP_775 QV---TVGPQGDPR-VFQLQQSGQLYTFKAETEELKGRWVKAMERAASGWSPSWPNDGDL
600 610 620 630 640 650
870 880 890
pF1KB3 DREMEEAPVAALGATAEPPESPQTRDKT
NP_775 SD
>>NP_001291412 (OMIM: 609311,611104) FYVE, RhoGEF and PH (471 aa)
initn: 1444 init1: 845 opt: 1227 Z-score: 479.4 bits: 99.0 E(85289): 5.8e-20
Smith-Waterman score: 1437; 55.2% identity (82.4% similar) in 375 aa overlap (427-801:77-440)
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 QVFCARLLEEARNRSSFPADVVHGIFSNICSIIHEVQKEEACGNLTLQHHMLEPVQRIPR
:...:.::.. ::.::::::::::::::::
NP_001 FLKMYGEYVKGFDNAMELVKNMTERIPQFKSVVEEIQKQKICGSLTLQHHMLEPVQRIPR
50 60 70 80 90 100
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 YELLLKDYLLKLPHGSPDSKDAQKSLELIATAAEHSNAAIRKMERMHKLLKVYELLGGEE
::.:::::: ::: : : .::.::::.:.::: :::.:::::: ..:::..::.:: ::
NP_001 YEMLLKDYLRKLPPDSLDWNDAKKSLEIISTAASHSNSAIRKMENLKKLLEIYEMLGEEE
110 120 130 140 150 160
520 530 540 550 560 570
pF1KB3 DIVSPTKELIKEGHILKLSAKNGTTQDRYLILFNDRLLYCVPRLRLLGQKFSVRARIDVD
:::.:..::::::.::::.:.: ..:.:::.:::. ::::::.. :.:.::.::.:. .:
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XP_005 DIVNPSNELIKEGQILKLAARNTSAQERYLFLFNNMLLYCVPKFSLVGSKFTVRTRVGID
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pF1KB3 GMELKESSNLNLPRTFLVSGKQRSLELQARTEEEKKDWVQAINSTLLKHEQTLETFKLLN
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XP_005 GMKIVETQNEEYPHTFQVSGKERTLELQASSAQDKEEWIKALQETIDAFHQRHETFR--N
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pF1KB3 STNREDEDTPPNSPNVDLGKRAPTPIREKEVTMCMRCQEPFNSITKRRHHCKACGHVVCG
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