Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3681
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3681, 895 aa
1>>>pF1KB3681 895 - 895 aa - 895 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.2842+/-0.00112; mu= -23.7919+/- 0.067
mean_var=616.5495+/-126.229, 0's: 0 Z-trim(117.2): 38 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.051652
statistics sampled from 17871 (17899) to 17871 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.817), E-opt: 0.2 (0.55), width: 16
Scan time: 5.810
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14359.1 FGD1 gene_id:2245|Hs108|chrX ( 961) 3209 254.5 6.9e-67
CCDS4829.1 FGD2 gene_id:221472|Hs108|chr6 ( 655) 1361 116.7 1.4e-25
CCDS43849.1 FGD3 gene_id:89846|Hs108|chr9 ( 725) 1285 111.0 8e-24
CCDS69619.1 FGD3 gene_id:89846|Hs108|chr9 ( 724) 1274 110.2 1.4e-23
CCDS81679.1 FGD4 gene_id:121512|Hs108|chr12 ( 673) 1227 106.7 1.5e-22
CCDS8727.1 FGD4 gene_id:121512|Hs108|chr12 ( 766) 1227 106.7 1.7e-22
CCDS76544.1 FGD4 gene_id:121512|Hs108|chr12 ( 851) 1227 106.8 1.8e-22
CCDS76545.1 FGD4 gene_id:121512|Hs108|chr12 ( 878) 1227 106.8 1.9e-22
>>CCDS14359.1 FGD1 gene_id:2245|Hs108|chrX (961 aa)
initn: 3170 init1: 3170 opt: 3209 Z-score: 1314.3 bits: 254.5 E(32554): 6.9e-67
Smith-Waterman score: 5777; 92.9% identity (92.9% similar) in 927 aa overlap (35-895:35-961)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 RAPGGAGPSEPEHPATNPPGAAPPACADSDPGASEPGLLARRGSGSALGGPLDPQFVGPS
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RAPGGAGPSEPEHPATNPPGAAPPACADSDPGASEPGLLARRGSGSALGGPLDPQFVGPS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 DTSLGAAPGHRVLPCGPSPQHHRALRFSYHLEGSQPRPGLHQGNRILVKSLSLDPGQSLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 DTSLGAAPGHRVLPCGPSPQHHRALRFSYHLEGSQPRPGLHQGNRILVKSLSLDPGQSLE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 PHPEGPQRLRSDPGPPTETPSQRPSPLKRAPGPKPQVPPKPSYLQMPRMPPPLEPIPPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PHPEGPQRLRSDPGPPTETPSQRPSPLKRAPGPKPQVPPKPSYLQMPRMPPPLEPIPPPP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 SRPLPADPRVAKGLAPRAEASPSSAAVSSLIEKFEREPVIVASDRPVPGPSPGPPEPVML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SRPLPADPRVAKGLAPRAEASPSSAAVSSLIEKFEREPVIVASDRPVPGPSPGPPEPVML
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 PQPTSQPPVPQLPEGEASRCLFLLAPGPRDGEKVPNRDSGIDSISSPSNSEETCFVSDDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PQPTSQPPVPQLPEGEASRCLFLLAPGPRDGEKVPNRDSGIDSISSPSNSEETCFVSDDG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 PPSHSLCPGPPALASVPVALADPHRPGSQEVDSDLEEEDDEEEEEEKDREIPVPLMERQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PPSHSLCPGPPALASVPVALADPHRPGSQEVDSDLEEEDDEEEEEEKDREIPVPLMERQE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 SVELTVQQKVFHIANELLQTEKAYVSRLHLLDQVFCARLLEEARNRSSFPADVVHGIFSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SVELTVQQKVFHIANELLQTEKAYVSRLHLLDQVFCARLLEEARNRSSFPADVVHGIFSN
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 ICSI--------------------------------------------------------
::::
CCDS14 ICSIYCFHQQFLLPELEKRMEEWDRYPRIGDILQKLAPFLKMYGEYVKNFDRAVELVNTW
430 440 450 460 470 480
430 440 450 460 470
pF1KB3 ----------IHEVQKEEACGNLTLQHHMLEPVQRIPRYELLLKDYLLKLPHGSPDSKDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TERSTQFKVIIHEVQKEEACGNLTLQHHMLEPVQRIPRYELLLKDYLLKLPHGSPDSKDA
490 500 510 520 530 540
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 QKSLELIATAAEHSNAAIRKMERMHKLLKVYELLGGEEDIVSPTKELIKEGHILKLSAKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 QKSLELIATAAEHSNAAIRKMERMHKLLKVYELLGGEEDIVSPTKELIKEGHILKLSAKN
550 560 570 580 590 600
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 GTTQDRYLILFNDRLLYCVPRLRLLGQKFSVRARIDVDGMELKESSNLNLPRTFLVSGKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GTTQDRYLILFNDRLLYCVPRLRLLGQKFSVRARIDVDGMELKESSNLNLPRTFLVSGKQ
610 620 630 640 650 660
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 RSLELQARTEEEKKDWVQAINSTLLKHEQTLETFKLLNSTNREDEDTPPNSPNVDLGKRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RSLELQARTEEEKKDWVQAINSTLLKHEQTLETFKLLNSTNREDEDTPPNSPNVDLGKRA
670 680 690 700 710 720
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 PTPIREKEVTMCMRCQEPFNSITKRRHHCKACGHVVCGKCSEFRARLVYDNNRSNRVCTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PTPIREKEVTMCMRCQEPFNSITKRRHHCKACGHVVCGKCSEFRARLVYDNNRSNRVCTD
730 740 750 760 770 780
720 730 740 750 760 770
pF1KB3 CYVALHGVPGSSPACSQHTPQRRRSILEKQASVAAENSVICSFLHYMEKGGKGWHKAWFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 CYVALHGVPGSSPACSQHTPQRRRSILEKQASVAAENSVICSFLHYMEKGGKGWHKAWFV
790 800 810 820 830 840
780 790 800 810 820 830
pF1KB3 VPENEPLVLYIYGAPQDVKAQRSLPLIGFEVGPPEAGERPDRRHVFKITQSHLSWYFSPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VPENEPLVLYIYGAPQDVKAQRSLPLIGFEVGPPEAGERPDRRHVFKITQSHLSWYFSPE
850 860 870 880 890 900
840 850 860 870 880 890
pF1KB3 TEELQRRWMAVLGRAGRGDTFCPGPTLSEDREMEEAPVAALGATAEPPESPQTRDKT
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TEELQRRWMAVLGRAGRGDTFCPGPTLSEDREMEEAPVAALGATAEPPESPQTRDKT
910 920 930 940 950 960
>>CCDS4829.1 FGD2 gene_id:221472|Hs108|chr6 (655 aa)
initn: 1455 init1: 769 opt: 1361 Z-score: 572.4 bits: 116.7 E(32554): 1.4e-25
Smith-Waterman score: 1513; 42.6% identity (66.9% similar) in 619 aa overlap (305-856:45-642)
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 GEKVPNRDSGIDSISSPSNSEETCFVSDDGPPSHSLCPGPPALASVPVALADPHRPGSQE
:: ::: ..: :... : :..
CCDS48 LVTVFENSRTPEAAPRGQRLEDVHHRPECRPPES---PGPREKTNVGEAVGSEPRTVSRR
20 30 40 50 60 70
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 VDSDLEEEDDEEEEEEKDREIPVPLMERQESVELTVQQKVFHIANELLQTEKAYVSRLHL
..:... . : ... . . . :: . :: :::.::.:::.::::
CCDS48 YLNSLKNKLSSEAWRKSCQPVTLSGSGTQEPEKKIVQ--------ELLETEQAYVARLHL
80 90 100 110 120
400 410 420 430
pF1KB3 LDQVFCARLLEEARNRSSFPADVVHGIFSNICSIIH------------------------
::::: .::. ::. ..:: :::. ::::: :: .
CCDS48 LDQVFFQELLKTARSSKAFPEDVVRVIFSNISSIYQFHSQFFLPELQRRLDDWTANPRIG
130 140 150 160 170 180
440
pF1KB3 ------------------------------------------EVQKEEACGNLTLQHHML
..:. :: :.::::::::
CCDS48 DVIQKLAPFLKMYSEYVKNFERAAELLATWTDKSPLFQEVLTRIQSSEASGSLTLQHHML
190 200 210 220 230 240
450 460 470 480 490 500
pF1KB3 EPVQRIPRYELLLKDYLLKLPHGSPDSKDAQKSLELIATAAEHSNAAIRKMERMHKLLKV
::::::::::::::.:. ::: .::. ::::.:..: .::.:::::: .:::.. : .:
CCDS48 EPVQRIPRYELLLKEYIQKLPAQAPDQADAQKALDMIFSAAQHSNAAITEMERLQDLWEV
250 260 270 280 290 300
510 520 530 540 550 560
pF1KB3 YELLGGEEDIVSPTKELIKEGHILKLSAKNGTTQDRYLILFNDRLLYCVPRLRLLGQKFS
:. :: :.:::.:.. :..:: .::.: . . ..:::.:::. :::::::. .: .:.
CCDS48 YQRLGLEDDIVDPSNTLLREGPVLKISFRRNDPMERYLFLFNNMLLYCVPRVIQVGAQFQ
310 320 330 340 350 360
570 580 590 600 610 620
pF1KB3 VRARIDVDGMELKESSNLNLPRTFLVSGKQRSLELQARTEEEKKDWVQAINSTLLKHEQT
::.:::: ::...: . ..:..::::::::.::::::..:: .:.::..... . :.
CCDS48 VRTRIDVAGMKVRELMDAEFPHSFLVSGKQRTLELQARSQEEMISWMQAFQAAIDQIEKR
370 380 390 400 410 420
630 640 650 660 670 680
pF1KB3 LETFKLLNSTNREDEDTPPNSPNVDLGKRAPTPIREKEVTMCMRCQEPFNSITKRRHHCK
:::: . . : . . . .:: ::: .:.: ::::::::::::..:.:::::.
CCDS48 NETFKA-AAQGPEGDIQEQELQSEELGLRAPQWVRDKMVTMCMRCQEPFNALTRRRHHCR
430 440 450 460 470 480
690 700 710 720 730 740
pF1KB3 ACGHVVCGKCSEFRARLVYDNNRSNRVCTDCYVALHGVPGSSPACSQHTPQRRRSILEKQ
:::.:::..::..::.: ::.:: :::: ::. : : . : .. ..::.::::
CCDS48 ACGYVVCARCSDYRAELKYDDNRPNRVCLHCYAFLTG--NVLPEAKE---DKRRGILEKG
490 500 510 520 530
750 760 770 780 790 800
pF1KB3 ASVAAENSVICSFLHYM-EKGGKGWHKAWFVVPENEPLVLYIYGAPQDVKAQRSLPLIGF
.:.. ..:..::::. . .: ::. ..: :.:...:::::.:.::::..:. :.::.:.
CCDS48 SSATPDQSLMCSFLQLIGDKWGKSGPRGWCVIPRDDPLVLYVYAAPQDMRAHTSIPLLGY
540 550 560 570 580 590
810 820 830 840 850 860
pF1KB3 EVGPPEAGERPDRRHVFKITQSHLSWYFSPETEELQRRWMAVLGRAGRGDTFCPGPTLSE
.: .: . : : ::.. :: . :. :::::. ::. .. ::. :
CCDS48 QV---TVGPQGDPR-VFQLQQSGQLYTFKAETEELKGRWVKAMERAASGWSPSWPNDGDL
600 610 620 630 640 650
870 880 890
pF1KB3 DREMEEAPVAALGATAEPPESPQTRDKT
CCDS48 SD
>>CCDS43849.1 FGD3 gene_id:89846|Hs108|chr9 (725 aa)
initn: 1526 init1: 999 opt: 1285 Z-score: 541.2 bits: 111.0 E(32554): 8e-24
Smith-Waterman score: 1665; 41.6% identity (62.6% similar) in 745 aa overlap (227-863:7-711)
200 210 220 230 240 250
pF1KB3 GLAPRAEASPSSAAVSSLIEKFEREPVIVASDRPVPGPSPGPPEPVMLPQPTSQPPVPQL
:. : ::: . : : .: . :
CCDS43 MESGRGSSTP-PGPIAALGMPDTGPGSSSLGKLQAL
10 20 30
260 270 280 290 300
pF1KB3 PEGEASRC---LFLLAPG---PRDGE--------KVPNRDSGIDSISSPSNSEETCFVSD
: : ..: . : : : : : :.::::::::: :: .:. : .
CCDS43 PVGPRAHCGDPVSLAAAGDGSPDIGPTGELSGSLKIPNRDSGIDSPSSSVAGEN--FPCE
40 50 60 70 80 90
310 320 330 340 350
pF1KB3 DGPPSHSLCPGPPAL-ASVPVALAD--PHRPGSQEVDSDLEEEDDEEEEEEK-DREIPVP
.: . :.: .: : . .:: . :. ..:.:::. :: : :. .: :.. .
CCDS43 EGLEAG---PSPTVLGAHAEMALDSQVPKVTPQEEADSDVGEEPDSENTPQKADKDAGLA
100 110 120 130 140 150
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 LMERQESVELTVQQKVFHIANELLQTEKAYVSRLHLLDQVFCARLLEEARNRSSFPADVV
:.: ::..:::.:::.::..::.::::::::::.:: . ...: .:.
CCDS43 ----QHSG----PQKLLHIAQELLHTEETYVKRLHLLDQVFCTRLTD-----AGIPPEVI
160 170 180 190
420
pF1KB3 HGIFSNICSI--------------------------------------------------
:::::: ::
CCDS43 MGIFSNISSIHRFHGQFLLPELKTRITEEWDTNPRLGDILQKLAPFLKMYGEYVKNFDRA
200 210 220 230 240 250
430 440 450 460 470
pF1KB3 -----------------IHEVQKEEACGNLTLQHHMLEPVQRIPRYELLLKDYLLKLPHG
.: .::.:.::::::::::::::::.::::::::::: .::.
CCDS43 VGLVSTWTQRSPLFKDVVHSIQKQEVCGNLTLQHHMLEPVQRVPRYELLLKDYLKRLPQD
260 270 280 290 300 310
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 SPDSKDAQKSLELIATAAEHSNAAIRKMERMHKLLKVYELLGGEEDIVSPTKELIKEGHI
.:: :::..:::::.:::.::::::::.:.:::::.::: ::::::::.:..::::::.:
CCDS43 APDRKDAERSLELISTAANHSNAAIRKVEKMHKLLEVYEQLGGEEDIVNPANELIKEGQI
320 330 340 350 360 370
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 LKLSAKNGTTQDRYLILFNDRLLYCVPRLRLLGQKFSVRARIDVDGMELKESSNLNLPRT
:::::::: :::.:.:::. .:::::.:::.::::::: ..:..:..... . : .:
CCDS43 QKLSAKNGTPQDRHLFLFNSMILYCVPKLRLMGQKFSVREKMDISGLQVQDIVKPNTAHT
380 390 400 410 420 430
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 FLVSGKQRSLELQARTEEEKKDWVQAINSTLLKHEQTLETFKLLNSTNREDEDTPPNSPN
:...:..::::::.:::::::.:.: :..:. ::.:. :::: .... .::: : ::.
CCDS43 FIITGRKRSLELQTRTEEEKKEWIQIIQATIEKHKQNSETFKAFGGAFSQDED-PSLSPD
440 450 460 470 480 490
660 670 680
pF1KB3 VDLGKRAPT-PI----------------------REKEVTMCMRCQEPFNSITKRRHHCK
. . . .:. :. :.:: : : : ::::::::::::
CCDS43 MPITSTSPVEPVVTTEGSSGAAGLEPRKLSSKTRRDKEKQSCKSCGETFNSITKRRHHCK
500 510 520 530 540 550
690 700 710 720 730 740
pF1KB3 ACGHVVCGKCSEFRARLVYDNNRSNRVCTDCYVALHGVPGSSPACSQHTPQRRRSILEKQ
:: :.:::::::.: .:.:..::: ::... .: :. ::
CCDS43 LCGAVICGKCSEFKA----ENSRQSRVCRDCFLTQPVAPEST---------------EKT
560 570 580 590
750 760 770 780 790 800
pF1KB3 ASVAAENSVICSFLHYMEKGGKGWHKAWFVVPENEPLVLYIYGAPQDVKAQRSLPLIGFE
.. . :..:. :. :.: . : ..: ..: ..: ::.. :. :: . :..:: . .
CCDS43 PTADPQPSLLCGPLRLSESG-ETWSEVWAAIPMSDPQVLHLQGGSQDGRLPRTIPLPSCK
600 610 620 630 640 650
810 820 830 840 850 860
pF1KB3 VGPPEAGERPDRRHVFKITQSHLSWYFSPETEELQRRWMAVLGRAGRGDTFCPGPTLSED
.. :. :: : ::.:. .. :::.: . :::..:. .:. :..::: .:
CCDS43 LSVPDPEERLDSGHVWKLQWAKQSWYLSASSAELQQQWLETLSTAAHGDTAQDSPGALQL
660 670 680 690 700 710
870 880 890
pF1KB3 REMEEAPVAALGATAEPPESPQTRDKT
CCDS43 QVPMGAAAP
720
>>CCDS69619.1 FGD3 gene_id:89846|Hs108|chr9 (724 aa)
initn: 1525 init1: 978 opt: 1274 Z-score: 536.8 bits: 110.2 E(32554): 1.4e-23
Smith-Waterman score: 1658; 41.6% identity (62.7% similar) in 745 aa overlap (227-863:7-710)
200 210 220 230 240 250
pF1KB3 GLAPRAEASPSSAAVSSLIEKFEREPVIVASDRPVPGPSPGPPEPVMLPQPTSQPPVPQL
:. : ::: . : : .: . :
CCDS69 MESGRGSSTP-PGPIAALGMPDTGPGSSSLGKLQAL
10 20 30
260 270 280 290 300
pF1KB3 PEGEASRC---LFLLAPG---PRDGE--------KVPNRDSGIDSISSPSNSEETCFVSD
: : ..: . : : : : : :.::::::::: :: .:. : .
CCDS69 PVGPRAHCGDPVSLAAAGDGSPDIGPTGELSGSLKIPNRDSGIDSPSSSVAGEN--FPCE
40 50 60 70 80 90
310 320 330 340 350
pF1KB3 DGPPSHSLCPGPPAL-ASVPVALAD--PHRPGSQEVDSDLEEEDDEEEEEEK-DREIPVP
.: . :.: .: : . .:: . :. ..:.:::. :: : :. .: :.. .
CCDS69 EGLEAG---PSPTVLGAHAEMALDSQVPKVTPQEEADSDVGEEPDSENTPQKADKDAGLA
100 110 120 130 140 150
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 LMERQESVELTVQQKVFHIANELLQTEKAYVSRLHLLDQVFCARLLEEARNRSSFPADVV
:.: ::..:::.:::.::..::.::::::::::.:: . ...: .:.
CCDS69 ----QHSG----PQKLLHIAQELLHTEETYVKRLHLLDQVFCTRLTD-----AGIPPEVI
160 170 180 190
420
pF1KB3 HGIFSNICSI--------------------------------------------------
:::::: ::
CCDS69 MGIFSNISSIHRFHGQFLLPELKTRITEEWDTNPRLGDILQKLAPFLKMYGEYVKNFDRA
200 210 220 230 240 250
430 440 450 460 470
pF1KB3 -----------------IHEVQKEEACGNLTLQHHMLEPVQRIPRYELLLKDYLLKLPHG
.: .::.:.::::::::::::::::.::::::::::: .::.
CCDS69 VGLVSTWTQRSPLFKDVVHSIQKQEVCGNLTLQHHMLEPVQRVPRYELLLKDYLKRLPQD
260 270 280 290 300 310
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 SPDSKDAQKSLELIATAAEHSNAAIRKMERMHKLLKVYELLGGEEDIVSPTKELIKEGHI
.:: :::..:::::.:::.::::::::.:.:::::.::: ::::::::.:..::::::.:
CCDS69 APDRKDAERSLELISTAANHSNAAIRKVEKMHKLLEVYEQLGGEEDIVNPANELIKEGQI
320 330 340 350 360 370
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 LKLSAKNGTTQDRYLILFNDRLLYCVPRLRLLGQKFSVRARIDVDGMELKESSNLNLPRT
:::::::: :::.:.:::. .:::::.:::.::::::: ..:..:..... . : .:
CCDS69 QKLSAKNGTPQDRHLFLFNSMILYCVPKLRLMGQKFSVREKMDISGLQVQDIVKPNTAHT
380 390 400 410 420 430
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 FLVSGKQRSLELQARTEEEKKDWVQAINSTLLKHEQTLETFKLLNSTNREDEDTPPNSPN
:...:..::::::.:::::::.:.: :..:. ::.:. :::: .... .::: : ::.
CCDS69 FIITGRKRSLELQTRTEEEKKEWIQIIQATIEKHKQNSETFKAFGGAFSQDED-PSLSPD
440 450 460 470 480 490
660 670 680
pF1KB3 VDLGKRAPT-PI----------------------REKEVTMCMRCQEPFNSITKRRHHCK
. . . .:. :. :.:: : : : ::::::::::::
CCDS69 MPITSTSPVEPVVTTEGSSGAAGLEPRKLSSKTRRDKEKQSCKSCGETFNSITKRRHHCK
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:: :.:::::::.: .:.:..::: ::... .: :. .::
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.. . :..:. :. :.: . : ..: ..: ..: ::.. :. :: . :..:: . .
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.. :. :: : ::.:. .. :::.: . :::..:. .:. :..::: .:
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