Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3626
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3626, 1154 aa
1>>>pF1KB3626 1154 - 1154 aa - 1154 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.6556+/-0.00152; mu= -0.3167+/- 0.087
mean_var=301.4595+/-66.800, 0's: 0 Z-trim(104.7): 640 B-trim: 3 in 1/52
Lambda= 0.073869
statistics sampled from 7317 (8053) to 7317 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.585), E-opt: 0.2 (0.247), width: 16
Scan time: 3.840
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS41346.1 JAK1 gene_id:3716|Hs108|chr1 (1154) 7820 849.3 0
CCDS12236.1 TYK2 gene_id:7297|Hs108|chr19 (1187) 2131 243.1 3e-63
CCDS6457.1 JAK2 gene_id:3717|Hs108|chr9 (1132) 1119 135.2 8.4e-31
CCDS12366.1 JAK3 gene_id:3718|Hs108|chr19 (1124) 1039 126.7 3.1e-28
CCDS5103.1 FRK gene_id:2444|Hs108|chr6 ( 505) 521 71.2 7.2e-12
CCDS42811.1 ERBB4 gene_id:2066|Hs108|chr2 (1292) 502 69.5 5.8e-11
CCDS2394.1 ERBB4 gene_id:2066|Hs108|chr2 (1308) 502 69.5 5.8e-11
>>CCDS41346.1 JAK1 gene_id:3716|Hs108|chr1 (1154 aa)
initn: 7820 init1: 7820 opt: 7820 Z-score: 4525.8 bits: 849.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7820; 100.0% identity (100.0% similar) in 1154 aa overlap (1-1154:1-1154)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MQYLNIKEDCNAMAFCAKMRSSKKTEVNLEAPEPGVEVIFYLSDREPLRLGSGEYTAEEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MQYLNIKEDCNAMAFCAKMRSSKKTEVNLEAPEPGVEVIFYLSDREPLRLGSGEYTAEEL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 CIRAAQACRISPLCHNLFALYDENTKLWYAPNRTITVDDKMSLRLHYRMRFYFTNWHGTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 CIRAAQACRISPLCHNLFALYDENTKLWYAPNRTITVDDKMSLRLHYRMRFYFTNWHGTN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 DNEQSVWRHSPKKQKNGYEKKKIPDATPLLDASSLEYLFAQGQYDLVKCLAPIRDPKTEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DNEQSVWRHSPKKQKNGYEKKKIPDATPLLDASSLEYLFAQGQYDLVKCLAPIRDPKTEQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 DGHDIENECLGMAVLAISHYAMMKKMQLPELPKDISYKRYIPETLNKSIRQRNLLTRMRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DGHDIENECLGMAVLAISHYAMMKKMQLPELPKDISYKRYIPETLNKSIRQRNLLTRMRI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 NNVFKDFLKEFNNKTICDSSVSTHDLKVKYLATLETLTKHYGAEIFETSMLLISSENEMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NNVFKDFLKEFNNKTICDSSVSTHDLKVKYLATLETLTKHYGAEIFETSMLLISSENEMN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 WFHSNDGGNVLYYEVMVTGNLGIQWRHKPNVVSVEKEKNKLKRKKLENKHKKDEEKNKIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 WFHSNDGGNVLYYEVMVTGNLGIQWRHKPNVVSVEKEKNKLKRKKLENKHKKDEEKNKIR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EEWNNFSYFPEITHIVIKESVVSINKQDNKKMELKLSSHEEALSFVSLVDGYFRLTADAH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EEWNNFSYFPEITHIVIKESVVSINKQDNKKMELKLSSHEEALSFVSLVDGYFRLTADAH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 HYLCTDVAPPLIVHNIQNGCHGPICTEYAINKLRQEGSEEGMYVLRWSCTDFDNILMTVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 HYLCTDVAPPLIVHNIQNGCHGPICTEYAINKLRQEGSEEGMYVLRWSCTDFDNILMTVT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 CFEKSEQVQGAQKQFKNFQIEVQKGRYSLHGSDRSFPSLGDLMSHLKKQILRTDNISFML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 CFEKSEQVQGAQKQFKNFQIEVQKGRYSLHGSDRSFPSLGDLMSHLKKQILRTDNISFML
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 KRCCQPKPREISNLLVATKKAQEWQPVYPMSQLSFDRILKKDLVQGEHLGRGTRTHIYSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KRCCQPKPREISNLLVATKKAQEWQPVYPMSQLSFDRILKKDLVQGEHLGRGTRTHIYSG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 TLMDYKDDEGTSEEKKIKVILKVLDPSHRDISLAFFEAASMMRQVSHKHIVYLYGVCVRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TLMDYKDDEGTSEEKKIKVILKVLDPSHRDISLAFFEAASMMRQVSHKHIVYLYGVCVRD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 VENIMVEEFVEGGPLDLFMHRKSDVLTTPWKFKVAKQLASALSYLEDKDLVHGNVCTKNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VENIMVEEFVEGGPLDLFMHRKSDVLTTPWKFKVAKQLASALSYLEDKDLVHGNVCTKNL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 LLAREGIDSECGPFIKLSDPGIPITVLSRQECIERIPWIAPECVEDSKNLSVAADKWSFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LLAREGIDSECGPFIKLSDPGIPITVLSRQECIERIPWIAPECVEDSKNLSVAADKWSFG
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 TTLWEICYNGEIPLKDKTLIEKERFYESRCRPVTPSCKELADLMTRCMNYDPNQRPFFRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TTLWEICYNGEIPLKDKTLIEKERFYESRCRPVTPSCKELADLMTRCMNYDPNQRPFFRA
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 IMRDINKLEEQNPDIVSEKKPATEVDPTHFEKRFLKRIRDLGEGHFGKVELCRYDPEGDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 IMRDINKLEEQNPDIVSEKKPATEVDPTHFEKRFLKRIRDLGEGHFGKVELCRYDPEGDN
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB3 TGEQVAVKSLKPESGGNHIADLKKEIEILRNLYHENIVKYKGICTEDGGNGIKLIMEFLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TGEQVAVKSLKPESGGNHIADLKKEIEILRNLYHENIVKYKGICTEDGGNGIKLIMEFLP
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB3 SGSLKEYLPKNKNKINLKQQLKYAVQICKGMDYLGSRQYVHRDLAARNVLVESEHQVKIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SGSLKEYLPKNKNKINLKQQLKYAVQICKGMDYLGSRQYVHRDLAARNVLVESEHQVKIG
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB3 DFGLTKAIETDKEYYTVKDDRDSPVFWYAPECLMQSKFYIASDVWSFGVTLHELLTYCDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DFGLTKAIETDKEYYTVKDDRDSPVFWYAPECLMQSKFYIASDVWSFGVTLHELLTYCDS
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB3 DSSPMALFLKMIGPTHGQMTVTRLVNTLKEGKRLPCPPNCPDEVYQLMRKCWEFQPSNRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DSSPMALFLKMIGPTHGQMTVTRLVNTLKEGKRLPCPPNCPDEVYQLMRKCWEFQPSNRT
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150
pF1KB3 SFQNLIEGFEALLK
::::::::::::::
CCDS41 SFQNLIEGFEALLK
1150
>>CCDS12236.1 TYK2 gene_id:7297|Hs108|chr19 (1187 aa)
initn: 2305 init1: 1121 opt: 2131 Z-score: 1249.1 bits: 243.1 E(32554): 3e-63
Smith-Waterman score: 3371; 46.6% identity (72.2% similar) in 1141 aa overlap (46-1146:41-1166)
20 30 40 50 60 70
pF1KB3 CAKMRSSKKTEVNLEAPEPGVEVIFYLSDREP-LRLGSGEYTAEELCIRAAQACRISPLC
:: . .. . ::::.::. :. :.: :
CCDS12 GSKPVGDGAQPMAAMGGLKVLLHWAGPGGGEPWVTFSESSLTAEEVCIHIAHKVGITPPC
20 30 40 50 60 70
80 90 100 110 120 130
pF1KB3 HNLFALYDENTKLWYAPNRTITVDDKMSLRLHYRMRFYFTNWHGTNDNEQSVWRHSPKKQ
:::::.: ....: ::. . . :: :..:.:::: :::: : : .:.: .:
CCDS12 FNLFALFDAQAQVWLPPNHILEIPRDASLMLYFRIRFYFRNWHGMNPREPAVYRCGPPGT
80 90 100 110 120 130
140 150 160 170 180 190
pF1KB3 KNGYEKKKIPDATPLLDASSLEYLFAQGQYDLVKCLAPIRDPKTEQDGHDIENECLGMAV
. . .. .. ::: .:.:::: ::....:. .: . . .::.. : ..:: ::::
CCDS12 EASSDQTA--QGMQLLDPASFEYLFEQGKHEFVNDVASLWELSTEEEIHHFKNESLGMAF
140 150 160 170 180
200 210 220 230 240 250
pF1KB3 LAISHYAMMKKMQLPELPKDISYKRYIPETLNKSIRQRNLLTRMRINNVFKDFLKEFNNK
: . : :. . . : :. : :.: ::... . :::.. :::.:. :::. ::..:.
CCDS12 LHLCHLALRHGIPLEEVAKKTSFKDCIPRSFRRHIRQHSALTRLRLRNVFRRFLRDFQ--
190 200 210 220 230 240
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 TICDSSVSTHDLKVKYLATLETLTKHYGAEIFETSMLLISSENEMNWFHSNDGGNVLY--
. .: . . :::::::: :. ..:.: . : . .. : . . :.: .
CCDS12 ---PGRLSQQMVMVKYLATLERLAPRFGTERVPVCHLRLLAQAEGEPCYIRDSGVAPTDP
250 260 270 280 290 300
320 330 340 350
pF1KB3 ----------YEVMVTGNLGIQWRHKPNVVSVEK---------EKNKLKRKKLENKHKKD
.::.:::. :::: . :. :. . .: :: . ..
CCDS12 GPESAAGPPTHEVLVTGTGGIQWWPVEEEVNKEEGSSGSSGRNPQASLFGKKAKAHKAVG
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 EEKNKIREE-WNNFSYFPEITHIVIKESVVSINKQDNKKMELKLSSHEEALSFVSLVDGY
. .. :: : : : .:::.:.:: :::..:::: .::.: :. :::::::::::
CCDS12 QPADRPREPLWAYFCDFRDITHVVLKEHCVSIHRQDNKCLELSLPSRAAALSFVSLVDGY
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 FRLTADAHHYLCTDVAPPLIVHNIQNGCHGPICTEYAINKLRQEGSEEGMYVLRWSCTDF
::::::. :::: .:::: .: .:..: :::. .. ::: :.:.:...:: .
CCDS12 FRLTADSSHYLCHEVAPPRLVMSIRDGIHGPLLEPFVQAKLR---PEDGLYLIHWSTSHP
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 DNILMTVTCFEKSEQVQGAQK-QFKNFQIEVQKGRYSLHGSDRSFPSLGDLMSHLKKQIL
...::. ..:. .: :. ....: :: : : . :.: :::::. .: . :. .:
CCDS12 YRLILTVA--QRSQAPDGMQSLRLRKFPIEQQDGAFVLEGWGRSFPSVRELGAALQGCLL
490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 RTDNISFMLKRCCQPKPREISNLLVATKKAQEWQPVYPMSQLSFDRILKKDLVQGEHLGR
:. . : :.::: :.: : :::.. . :. . .::::: :. .:...: :::.
CCDS12 RAGDDCFSLRRCCLPQPGETSNLIIM-RGARASPRTLNLSQLSFHRVDQKEITQLSHLGQ
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630
pF1KB3 GTRTHIYSGTL------------MDYKDD--EGTSEEKKIKVILKVLDPSHRDISLAFFE
::::..: : : :: .: : .. ....:.::::::::.::.:::.:
CCDS12 GTRTNVYEGRLRVEGSGDPEEGKMDDEDPLVPGRDRGQELRVVLKVLDPSHHDIALAFYE
600 610 620 630 640 650
640 650 660 670 680 690
pF1KB3 AASMMRQVSHKHIVYLYGVCVRDVENIMVEEFVEGGPLDLFMHRKSDVLTTPWKFKVAKQ
.::.: :::: :.....::::: ::::: :.:: ::::....:. . ::. ::.:
CCDS12 TASLMSQVSHTHLAFVHGVCVRGPENIMVTEYVEHGPLDVWLRRERGHVPMAWKMVVAQQ
660 670 680 690 700 710
700 710 720 730 740 750
pF1KB3 LASALSYLEDKDLVHGNVCTKNLLLAREGIDSECGPFIKLSDPGIPITVLSRQECIERIP
:::::::::.:.::::::: .:.:::: :. .:::::::::. . .:::.: .::::
CCDS12 LASALSYLENKNLVHGNVCGRNILLARLGLAEGTSPFIKLSDPGVGLGALSREERVERIP
720 730 740 750 760 770
760 770 780 790 800 810
pF1KB3 WIAPECVEDSKN-LSVAADKWSFGTTLWEICYNGEIPLKDKTLIEKERFYESRCRPVTPS
:.::::. . : ::.: :::.::.:: :::..:: ::.... :::.::. . : ::
CCDS12 WLAPECLPGGANSLSTAMDKWGFGATLLEICFDGEAPLQSRSPSEKEHFYQRQHRLPEPS
780 790 800 810 820 830
820 830 840 850 860 870
pF1KB3 CKELADLMTRCMNYDPNQRPFFRAIMRDINKLEEQN-PDIVSEKKPATEVDPTHFEKRFL
: .:: : ..:..:.:.::: ::.:.::...:. .: :... . . ::: :.::.:
CCDS12 CPQLATLTSQCLTYEPTQRPSFRTILRDLTRLQPHNLADVLTVNPDSPASDPTVFHKRYL
840 850 860 870 880 890
880 890 900 910 920 930
pF1KB3 KRIRDLGEGHFGKVELCRYDPEGDNTGEQVAVKSLKPESGGNHIADLKKEIEILRNLYHE
:.:::::::::::: : ::: .:.:::.::::.:: . : .: . :.::.:::.::::
CCDS12 KKIRDLGEGHFGKVSLYCYDPTNDGTGEMVAVKALKADCGPQHRSGWKQEIDILRTLYHE
900 910 920 930 940 950
940 950 960 970 980 990
pF1KB3 NIVKYKGICTEDGGNGIKLIMEFLPSGSLKEYLPKNKNKINLKQQLKYAVQICKGMDYLG
.:.:::: : ..: ....:.::..: :::..:::.. .:.: : : .: :::.:: ::
CCDS12 HIIKYKGCCEDQGEKSLQLVMEYVPLGSLRDYLPRH--SIGLAQLLLFAQQICEGMAYLH
960 970 980 990 1000 1010
1000 1010 1020 1030 1040 1050
pF1KB3 SRQYVHRDLAARNVLVESEHQVKIGDFGLTKAIETDKEYYTVKDDRDSPVFWYAPECLMQ
...:.::::::::::..... ::::::::.::. .::: :..: :::::::::::: .
CCDS12 AQHYIHRDLAARNVLLDNDRLVKIGDFGLAKAVPEGHEYYRVREDGDSPVFWYAPECLKE
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1060 1070 1080 1090 1100 1110
pF1KB3 SKFYIASDVWSFGVTLHELLTYCDSDSSPMALFLKMIGPTHGQMTVTRLVNTLKEGKRLP
::: :::::::::::.::::.:::..:: . ::..:: ..::::: ::.. :..:.:::
CCDS12 YKFYYASDVWSFGVTLYELLTHCDSSQSPPTKFLELIGIAQGQMTVLRLTELLERGERLP
1080 1090 1100 1110 1120 1130
1120 1130 1140 1150
pF1KB3 CPPNCPDEVYQLMRKCWEFQPSNRTSFQNLIEGFEALLK
: .:: :::.::..::: . : : .:.:::
CCDS12 RPDKCPCEVYHLMKNCWETEASFRPTFENLIPILKTVHEKYQGQAPSVFSVC
1140 1150 1160 1170 1180
>>CCDS6457.1 JAK2 gene_id:3717|Hs108|chr9 (1132 aa)
initn: 2087 init1: 760 opt: 1119 Z-score: 666.5 bits: 135.2 E(32554): 8.4e-31
Smith-Waterman score: 3082; 44.0% identity (71.5% similar) in 1157 aa overlap (28-1145:31-1119)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MQYLNIKEDCNAMAFCAKMRSSKKTEVNLEAPEPGVEVIFYLS----DREPLRLGSG
... .: ..: .: : . . : . ::
CCDS64 MGMACLTMTEMEGTSTSSIYQNGDISGNANSMKQIDPVLQVYLYHSLGKSEADYLTFPSG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 EYTAEELCIRAAQACRISPLCHNLFALYDENTKLWYAPNRTITVDDKMSLRLHYRMRFYF
::.:::.:: :..:: :.:. ::.:::..:. ..:: ::... .:.. . ::.::::
CCDS64 EYVAEEICIAASKACGITPVYHNMFALMSETERIWYPPNHVFHIDESTRHNVLYRIRFYF
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 TNWHGTNDNEQSVWRHSPKKQKNGYEKKKIPDATPLLDASSLEYLFAQGQYDLVKCLAPI
:. ...:. ..::. .. : : .:::: . ::::: ..:.:. . :
CCDS64 PRWYCSGSNR--AYRHGISR---GAE-------APLLDDFVMSYLFAQWRHDFVH--GWI
130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 RDPKTEQDGHDIENECLGMAVLAISHYAMMKKMQLP-ELPKDISYKRYIPETLNKSIRQR
. : : :. ..:::::::: . . : . : : . ..:::: ..:. . .:..
CCDS64 KVPVT----HETQEECLGMAVLDMMRIAKEND-QTPLAIYNSISYKTFLPKCIRAKIQDY
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 NLLTRMRINNVFKDFLKEFNNKTICDSSVSTHDLKVKYLATLETLTKHYGAEIFETSMLL
..::: :: :. :...:.. : .. ...::.::: .:::: . . .: ::..
CCDS64 HILTRKRIRYRFRRFIQQFSQ---CKAT--ARNLKLKYLINLETLQSAFYTEKFEVK---
230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 ISSENEMNWFHSNDGGNVLYYEVMVTGNLGIQWRHKPNVVSVEKEKNKLKRKKLENKHKK
: . :. .:. .. ...::: :::: . .:::.
CCDS64 -----EPG---SGPSGEEIFATIIITGNGGIQWSR--------------------GKHKE
280 290 300
360 370 380 390 400
pF1KB3 DEEKNKIREEWNNFSYFPEITHIVIKES---------VVSINKQDNKKMELKLSSHEEAL
.: .. .. . . ::.: . ::.. ::.:.:::.:..:..::: .:::
CCDS64 SETLTE--QDLQLYCDFPNIIDVSIKQANQEGSNESRVVTIHKQDGKNLEIELSSLREAL
310 320 330 340 350 360
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 SFVSLVDGYFRLTADAHHYLCTDVAPPLIVHNIQNGCHGPICTEYAINKLRQEGSEEGMY
:::::.:::.::::::::::: .:::: ...:::..::::: ..::.::.. :.. :.:
CCDS64 SFVSLIDGYYRLTADAHHYLCKEVAPPAVLENIQSNCHGPISMDFAISKLKKAGNQTGLY
370 380 390 400 410 420
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 VLRWSCTDFDNILMTVTCFEKSEQVQGAQKQFKNFQIEVQKGR-YSLHGSDRSFPSLGDL
::: : ::.. ..: . :. . .. .:. : .... :.: :. ..: :: ::
CCDS64 VLRCSPKDFNKYFLTFAV-ERENVIE-----YKHCLITKNENEEYNLSGTKKNFSSLKDL
430 440 450 460 470
530 540 550 560 570
pF1KB3 MSHLKKQILRTDNISFMLKRCCQPKPREISNLLVATKKAQEWQPVYP-------MSQLSF
.. . . .:.::: :.. .:: :::.. ::::: .. :. : :.:. :
CCDS64 LNCYQMETVRSDNIIFQFTKCCPPKPKDKSNLLVFRTNGVSDVPTSPTLQRPTHMNQMVF
480 490 500 510 520 530
580 590 600 610 620 630
pF1KB3 DRILKKDLVQGEHLGRGTRTHIYSGTLMDYKDDEGTSEEKKIKVILKVLDPSHRDISLAF
.: ..::. .: ::.:: :.:..:. . : : .: .:.::::: .::. : .:
CCDS64 HKIRNEDLIFNESLGQGTFTKIFKGVRREV-GDYGQLHET--EVLLKVLDKAHRNYSESF
540 550 560 570 580 590
640 650 660 670 680 690
pF1KB3 FEAASMMRQVSHKHIVYLYGVCVRDVENIMVEEFVEGGPLDLFMHRKSDVLTTPWKFKVA
::::::: ..::::.: ::::: :::.:.:::. : :: ....... .. ::..::
CCDS64 FEAASMMSKLSHKHLVLNYGVCVCGDENILVQEFVKFGSLDTYLKKNKNCINILWKLEVA
600 610 620 630 640 650
700 710 720 730 740 750
pF1KB3 KQLASALSYLEDKDLVHGNVCTKNLLLAREGIDSECG--PFIKLSDPGIPITVLSRQECI
:::: :. .::.. :.:::::.::.:: :: : . : :::::::::: :::: ..
CCDS64 KQLAWAMHFLEENTLIHGNVCAKNILLIREE-DRKTGNPPFIKLSDPGISITVLPKDILQ
660 670 680 690 700 710
760 770 780 790 800 810
pF1KB3 ERIPWIAPECVEDSKNLSVAADKWSFGTTLWEICYNGEIPLKDKTLIEKERFYESRCRPV
:::::. :::.:. :::..:.::::::::::::: .:. ::. .: .:::.: .
CCDS64 ERIPWVPPECIENPKNLNLATDKWSFGTTLWEICSGGDKPLSALDSQRKLQFYEDRHQLP
720 730 740 750 760 770
820 830 840 850 860
pF1KB3 TPSCKELADLMTRCMNYDPNQRPFFRAIMRDINKLEEQNPDIVSEKK--PATEV------
.:. :::.:.. ::.:.:. :: ::::.::.:.: . ....:. : ..
CCDS64 APKWAELANLINNCMDYEPDFRPSFRAIIRDLNSLFTPDYELLTENDMLPNMRIGALGFS
780 790 800 810 820 830
870 880 890 900 910
pF1KB3 ------DPTHFEKRFLKRIRDLGEGHFGKVELCRYDPEGDNTGEQVAVKSLKPESGGNHI
:::.::.: :: ...::.:.::.::.::::: ::::: ::::.:. .: .:.
CCDS64 GAFEDRDPTQFEERHLKFLQQLGKGNFGSVEMCRYDPLQDNTGEVVAVKKLQ-HSTEEHL
840 850 860 870 880 890
920 930 940 950 960 970
pF1KB3 ADLKKEIEILRNLYHENIVKYKGICTEDGGNGIKLIMEFLPSGSLKEYLPKNKNKINLKQ
:...:::::..: :.:::::::.: : ..:::::.:: :::..:: :.:..:. .
CCDS64 RDFEREIEILKSLQHDNIVKYKGVCYSAGRRNLKLIMEYLPYGSLRDYLQKHKERIDHIK
900 910 920 930 940 950
980 990 1000 1010 1020 1030
pF1KB3 QLKYAVQICKGMDYLGSRQYVHRDLAARNVLVESEHQVKIGDFGLTKAIETDKEYYTVKD
:.:. ::::::.:::...:.:::::.::.:::.:..::::::::::.. ::::: ::.
CCDS64 LLQYTSQICKGMEYLGTKRYIHRDLATRNILVENENRVKIGDFGLTKVLPQDKEYYKVKE
960 970 980 990 1000 1010
1040 1050 1060 1070 1080 1090
pF1KB3 DRDSPVFWYAPECLMQSKFYIASDVWSFGVTLHELLTYCDSDSSPMALFLKMIG-PTHGQ
.::.:::::: : .::: .:::::::::.:.::.:: ....:: : :..::: .::
CCDS64 PGESPIFWYAPESLTESKFSVASDVWSFGVVLYELFTYIEKSKSPPAEFMRMIGNDKQGQ
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1100 1110 1120 1130 1140 1150
pF1KB3 MTVTRLVNTLKEGKRLPCPPNCPDEVYQLMRKCWEFQPSNRTSFQNLIEGFEALLK
: : .:.. ::.. ::: : .::::.:..: .::. . ..: ::..:
CCDS64 MIVFHLIELLKNNGRLPRPDGCPDEIYMIMTECWNNNVNQRPSFRDLALRVDQIRDNMAG
1080 1090 1100 1110 1120 1130
>>CCDS12366.1 JAK3 gene_id:3718|Hs108|chr19 (1124 aa)
initn: 2449 init1: 838 opt: 1039 Z-score: 620.4 bits: 126.7 E(32554): 3.1e-28
Smith-Waterman score: 2620; 40.1% identity (66.3% similar) in 1134 aa overlap (47-1145:38-1091)
20 30 40 50 60 70
pF1KB3 AKMRSSKKTEVNLEAPEPGVEVIFYLSDREPLRLGS--GEYTAEELCIRAAQACRISPLC
: ::. :.. ::.::..::.: : :.
CCDS12 TPLIPQRSCSLLSTEAGALHVLLPARGPGPPQRLSFSFGDHLAEDLCVQAAKASGILPVY
10 20 30 40 50 60
80 90 100 110 120 130
pF1KB3 HNLFALYDENTKLWYAPNRTITVDDKMSLRLHYRMRFYFTNWHGTNDNEQSVWRHSPKKQ
:.:::: :. . :. :.. ..:.: . : ::.:::: :: : . : .
CCDS12 HSLFALATEDLSCWFPPSHIFSVEDASTQVLLYRIRFYFPNWFGLE-----------KCH
70 80 90 100 110
140 150 160 170 180 190
pF1KB3 KNGYEKKKIPDATPLLDASSLEYLFAQGQYDLVKCLAPIRDPKTEQDGHDIENECLGMAV
. : .: :. .:: ::.:::: . :::. :. :: .:::..::
CCDS12 RFGLRKDL---ASAILDLPVLEHLFAQHRSDLVSGRLPVGLSLKEQ------GECLSLAV
120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KB3 LAISHYAMMKKMQLPELPKDISYKRYIPETLNKSIRQRNLLTRMRINNVFKDFLKEFNNK
: ....: . .. :: : .::: .: .: :. ...:: :: . . :..
CCDS12 LDLARMAREQAQRPGELLKTVSYKACLPPSLRDLIQGLSFVTRRRIRRTVRRALRRV---
170 180 190 200 210 220
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 TICDSSVSTHDLKVKYLATLETLTKHYGAEIFETSMLLISSENEMNWFHSNDGGNVLYYE
. :.. . :.: .::. :: : .:: :.... . . ..:: ..:
CCDS12 AACQA--DRHSLMAKYIMDLERLDPAGAAETFHVGL--------PGALGGHDGLGLLR--
230 240 250 260 270
320 330 340 350 360 370
pF1KB3 VMVTGNLGIQWRHKPNVVSVEKEKNKLKRKKLENKHKKDEEKNKIREEWNNFSYFPEITH
:.:. :: : .. :.. :. : ::::.
CCDS12 --VAGDGGIAW--------TQGEQEVLQ----------------------PFCDFPEIVD
280 290 300
380 390 400 410 420
pF1KB3 IVIKES----------VVSINKQDNKKMELKLSSHEEALSFVSLVDGYFRLTADAHHYLC
: ::.. .:.... ::. .: .. . ::::::.:::::::::.:..:..:
CCDS12 ISIKQAPRVGPAGEHRLVTVTRTDNQILEAEFPGLPEALSFVALVDGYFRLTTDSQHFFC
310 320 330 340 350 360
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 TDVAPPLIVHNIQNGCHGPICTEYAINKLRQEGSEEGMYVLRWSCTDFDNILMTVTCFEK
.:::: ..... . ::::: ..:::::. ::. : :::: : :::..:.:: : ..
CCDS12 KEVAPPRLLEEVAEQCHGPITLDFAINKLKTGGSRPGSYVLRRSPQDFDSFLLTV-CVQN
370 380 390 400 410
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 SEQVQGAQKQFKNFQIEVQK-GRYSLHGSDRSFPSLGDLMSHLKKQILRTDNISFMLKRC
: ..:. :. . : . : : .: :: .:.. :..:... : :
CCDS12 P---LGP--DYKGCLIRRSPTGTFLLVGLSRPHSSLRELLATCWDGGLHVDGVAVTLTSC
420 430 440 450 460 470
550 560 570 580 590
pF1KB3 CQPKPREISNLLVA-------TKKAQEWQPVYPMSQLSFDRILKKDLVQGEHLGRGTRTH
: :.:.: :::.:. :.. . : : .::..: .: .: :.::.:. :.
CCDS12 CIPRPKEKSNLIVVQRGHSPPTSSLVQPQSQYQLSQMTFHKIPADSLEWHENLGHGSFTK
480 490 500 510 520 530
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 IYSGTLMDYKDDEGTSEEKKIKVILKVLDPSHRDISLAFFEAASMMRQVSHKHIVYLYGV
:: : . : .: .: .:.:::.: .:.. .:.::::.: :::..:.: :.::
CCDS12 IYRGCRHEVVD----GEARKTEVLLKVMDAKHKNCMESFLEAASLMSQVSYRHLVLLHGV
540 550 560 570 580 590
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 CVRDVENIMVEEFVEGGPLDLFMHRKSDVLTTPWKFKVAKQLASALSYLEDKDLVHGNVC
:. .. ::.:::. : .:....... .. . ::..:.:::: ::.::::: : ::::
CCDS12 CMAG-DSTMVQEFVHLGAIDMYLRKRGHLVPASWKLQVVKQLAYALNYLEDKGLPHGNVS
600 610 620 630 640
720 730 740 750 760 770
pF1KB3 TKNLLLAREGIDSECGPFIKLSDPGIPITVLSRQECIERIPWIAPECVEDSKNLSVAADK
....:::::: :. :::::::::. .::: . .::::.::::......::. :::
CCDS12 ARKVLLAREGADGS-PPFIKLSDPGVSPAVLSLEMLTDRIPWVAPECLREAQTLSLEADK
650 660 670 680 690 700
780 790 800 810 820 830
pF1KB3 WSFGTTLWEICYNGEIPLKDKTLIEKERFYESRCRPVTPSCKELADLMTRCMNYDPNQRP
:.::.:.::. . .:.. .: .:::.: . .:. ::: :. .:: :.: :::
CCDS12 WGFGATVWEVFSGVTMPISALDPAKKLQFYEDRQQLPAPKWTELALLIQQCMAYEPVQRP
710 720 730 740 750 760
840 850 860 870 880
pF1KB3 FFRAIMRDINKLEEQNPDIVSEKKPATEV---------------DPTHFEKRFLKRIRDL
:::..::.:.: .. ...:. :.. . ::: ::.: :: : .:
CCDS12 SFRAVIRDLNSLISSDYELLSDPTPGALAPRDGLWNGAQLYACQDPTIFEERHLKYISQL
770 780 790 800 810 820
890 900 910 920 930 940
pF1KB3 GEGHFGKVELCRYDPEGDNTGEQVAVKSLKPESGGNHIADLKKEIEILRNLYHENIVKYK
:.:.::.:::::::: ::::: ::::.:. .:: .. :...::.::. :. . ::::.
CCDS12 GKGNFGSVELCRYDPLGDNTGALVAVKQLQ-HSGPDQQRDFQREIQILKALHSDFIVKYR
830 840 850 860 870 880
950 960 970 980 990 1000
pF1KB3 GICTEDGGNGIKLIMEFLPSGSLKEYLPKNKNKINLKQQLKYAVQICKGMDYLGSRQYVH
:. : ....:.::.:::: :...: ... ... .. : :. ::::::.:::::. ::
CCDS12 GVSYGPGRQSLRLVMEYLPSGCLRDFLQRHRARLDASRLLLYSSQICKGMEYLGSRRCVH
890 900 910 920 930 940
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KB3 RDLAARNVLVESEHQVKIGDFGLTKAIETDKEYYTVKDDRDSPVFWYAPECLMQSKFYIA
:::::::.::::: .:::.::::.: . ::.::.:.. .::.:::::: : .. :
CCDS12 RDLAARNILVESEAHVKIADFGLAKLLPLDKDYYVVREPGQSPIFWYAPESLSDNIFSRQ
950 960 970 980 990 1000
1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KB3 SDVWSFGVTLHELLTYCDSDSSPMALFLKMIGPTHGQMTVTRLVNTLKEGKRLPCPPNCP
::::::::.:.::.::::.. :: : ::.:.: . .. ::.. :.::.::: :: ::
CCDS12 SDVWSFGVVLYELFTYCDKSCSPSAEFLRMMGCERDVPALCRLLELLEEGQRLPAPPACP
1010 1020 1030 1040 1050 1060
1130 1140 1150
pF1KB3 DEVYQLMRKCWEFQPSNRTSFQNLIEGFEALLK
::..::. :: .:..: ::. :
CCDS12 AEVHELMKLCWAPSPQDRPSFSALGPQLDMLWSGSRGCETHAFTAHPEGKHHSLSFS
1070 1080 1090 1100 1110 1120
>>CCDS5103.1 FRK gene_id:2444|Hs108|chr6 (505 aa)
initn: 598 init1: 211 opt: 521 Z-score: 326.5 bits: 71.2 E(32554): 7.2e-12
Smith-Waterman score: 636; 39.4% identity (68.7% similar) in 284 aa overlap (865-1145:224-483)
840 850 860 870 880 890
pF1KB3 RPFFRAIMRDINKLEEQNPDIVSEKKPATEVDPTHFEKRFLKRIRDLGEGHFGKVELCRY
:: .... .. .. :: :.::.: .
CCDS51 TKTSDGLCVKLGKPCLKIQVPAPFDLSYKTVDQWEIDRNSIQLLKRLGSGQFGEV----W
200 210 220 230 240
900 910 920 930 940 950
pF1KB3 DPEGDNTGEQVAVKSLKPESGGNHIADLKKEIEILRNLYHENIVKYKGICTEDGGNGIKL
. .:: ::::.::: :. :. .: .:..:: : .... ..:: . . : .
CCDS51 EGLWNNT-TPVAVKTLKP--GSMDPNDFLREAQIMKNLRHPKLIQLYAVCTLE--DPIYI
250 260 270 280 290 300
960 970 980 990 1000 1010
pF1KB3 IMEFLPSGSLKEYLPKNK-NKINLKQQLKYAVQICKGMDYLGSRQYVHRDLAARNVLVES
: :.. :::.::: .. .::.: ::. .:.:. .:: :: ::.:.::::::::::: .
CCDS51 ITELMRHGSLQEYLQNDTGSKIHLTQQVDMAAQVASGMAYLESRNYIHRDLAARNVLV-G
310 320 330 340 350 360
1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KB3 EHQV-KIGDFGLTKAIETDKE-YYTVKDDRDSPVFWYAPECLMQSKFYIASDVWSFGVTL
::.. :..::::......:.: : . . :: : ::: . ..:: : :::::::. :
CCDS51 EHNIYKVADFGLARVFKVDNEDIYESRHEIKLPVKWTAPEAIRSNKFSIKSDVWSFGILL
370 380 390 400 410 420
1080 1090 1100 1110 1120 1130
pF1KB3 HELLTYCDSDSSPMALFLKMIGPTHGQMTVTRLVNTLKEGKRLPCPPNCPDEVYQLMRKC
.:..:: :: : : :: ..... : .. ::: : :::.. :..: .:
CCDS51 YEIITYG-----------KM--PYSG-MTGAQVIQMLAQNYRLPQPSNCPQQFYNIMLEC
430 440 450 460
1140 1150
pF1KB3 WEFQPSNRTSFQNLIEGFEALLK
:. .:..: .:..:
CCDS51 WNAEPKERPTFETLRWKLEDYFETDSSYSDANNFIR
470 480 490 500
>>CCDS42811.1 ERBB4 gene_id:2066|Hs108|chr2 (1292 aa)
initn: 540 init1: 264 opt: 502 Z-score: 310.4 bits: 69.5 E(32554): 5.8e-11
Smith-Waterman score: 603; 36.8% identity (62.9% similar) in 280 aa overlap (875-1154:718-979)
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 INKLEEQNPDIVSEKKPATEVDPTHFEKRFLKRIRDLGEGHFGKVELCRYDPEGDNTGEQ
:::.. :: : :: : . :::...
CCDS42 RFLETELVEPLTPSGTAPNQAQLRILKETELKRVKVLGSGAFGTVYKGIWVPEGETVKIP
690 700 710 720 730 740
910 920 930 940 950 960
pF1KB3 VAVKSLKPESGGNHIADLKKEIEILRNLYHENIVKYKGICTEDGGNGIKLIMEFLPSGSL
::.: :. .: . ... : :. .. : ..:. :.: :.:. ...: : :
CCDS42 VAIKILNETTGPKANVEFMDEALIMASMDHPHLVRLLGVCLSPT---IQLVTQLMPHGCL
750 760 770 780 790 800
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB3 KEYLPKNKNKINLKQQLKYAVQICKGMDYLGSRQYVHRDLAARNVLVESEHQVKIGDFGL
::. ..:..:. . :.. ::: ::: :: :. ::::::::::::.: ..::: ::::
CCDS42 LEYVHEHKDNIGSQLLLNWCVQIAKGMMYLEERRLVHRDLAARNVLVKSPNHVKITDFGL
810 820 830 840 850 860
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB3 TKAIETDKEYYTVKDDRDSPVFWYAPECLMQSKFYIASDVWSFGVTLHELLTYCDSDSSP
.. .: :.. :.. : :. :.: ::. :: :::::.:::. ::.:.
CCDS42 ARLLEGDEKEYNA-DGGKMPIKWMALECIHYRKFTHQSDVWSYGVTIWELMTFG------
870 880 890 900 910
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB3 MALFLKMIGPTHGQMTVTRLVNTLKEGKRLPCPPNCPDEVYQLMRKCWEFQPSNRTSFQN
: . . . .. . :..:.::: :: : .::..: ::: .. ..: .:..
CCDS42 --------GKPYDGIPTREIPDLLEKGERLPQPPICTIDVYMVMVKCWMIDADSRPKFKE
920 930 940 950 960
1150
pF1KB3 LIEGFEALLK
: : . .
CCDS42 LAAEFSRMARDPQRYLVIQGDDRMKLPSPNDSKFFQNLLDEEDLEDMMDAEEYLVPQAFN
970 980 990 1000 1010 1020
>>CCDS2394.1 ERBB4 gene_id:2066|Hs108|chr2 (1308 aa)
initn: 540 init1: 264 opt: 502 Z-score: 310.3 bits: 69.5 E(32554): 5.8e-11
Smith-Waterman score: 603; 36.8% identity (62.9% similar) in 280 aa overlap (875-1154:718-979)
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 INKLEEQNPDIVSEKKPATEVDPTHFEKRFLKRIRDLGEGHFGKVELCRYDPEGDNTGEQ
:::.. :: : :: : . :::...
CCDS23 RFLETELVEPLTPSGTAPNQAQLRILKETELKRVKVLGSGAFGTVYKGIWVPEGETVKIP
690 700 710 720 730 740
910 920 930 940 950 960
pF1KB3 VAVKSLKPESGGNHIADLKKEIEILRNLYHENIVKYKGICTEDGGNGIKLIMEFLPSGSL
::.: :. .: . ... : :. .. : ..:. :.: :.:. ...: : :
CCDS23 VAIKILNETTGPKANVEFMDEALIMASMDHPHLVRLLGVCLSPT---IQLVTQLMPHGCL
750 760 770 780 790 800
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB3 KEYLPKNKNKINLKQQLKYAVQICKGMDYLGSRQYVHRDLAARNVLVESEHQVKIGDFGL
::. ..:..:. . :.. ::: ::: :: :. ::::::::::::.: ..::: ::::
CCDS23 LEYVHEHKDNIGSQLLLNWCVQIAKGMMYLEERRLVHRDLAARNVLVKSPNHVKITDFGL
810 820 830 840 850 860
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB3 TKAIETDKEYYTVKDDRDSPVFWYAPECLMQSKFYIASDVWSFGVTLHELLTYCDSDSSP
.. .: :.. :.. : :. :.: ::. :: :::::.:::. ::.:.
CCDS23 ARLLEGDEKEYNA-DGGKMPIKWMALECIHYRKFTHQSDVWSYGVTIWELMTFG------
870 880 890 900 910
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB3 MALFLKMIGPTHGQMTVTRLVNTLKEGKRLPCPPNCPDEVYQLMRKCWEFQPSNRTSFQN
: . . . .. . :..:.::: :: : .::..: ::: .. ..: .:..
CCDS23 --------GKPYDGIPTREIPDLLEKGERLPQPPICTIDVYMVMVKCWMIDADSRPKFKE
920 930 940 950 960
1150
pF1KB3 LIEGFEALLK
: : . .
CCDS23 LAAEFSRMARDPQRYLVIQGDDRMKLPSPNDSKFFQNLLDEEDLEDMMDAEEYLVPQAFN
970 980 990 1000 1010 1020
1154 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 13:32:29 2016 done: Thu Nov 3 13:32:29 2016
Total Scan time: 3.840 Total Display time: 0.260
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]