Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3539
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3539, 344 aa
1>>>pF1KB3539 344 - 344 aa - 344 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8776+/-0.000902; mu= 12.6439+/- 0.054
mean_var=65.1118+/-13.171, 0's: 0 Z-trim(105.3): 29 B-trim: 0 in 0/48
Lambda= 0.158944
statistics sampled from 8328 (8348) to 8328 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.639), E-opt: 0.2 (0.256), width: 16
Scan time: 2.590
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2986.1 B4GALT4 gene_id:8702|Hs108|chr3 ( 344) 2340 545.5 2.4e-155
CCDS1222.1 B4GALT3 gene_id:8703|Hs108|chr1 ( 393) 1018 242.3 5e-64
CCDS506.1 B4GALT2 gene_id:8704|Hs108|chr1 ( 372) 953 227.4 1.4e-59
CCDS55596.1 B4GALT2 gene_id:8704|Hs108|chr1 ( 401) 953 227.4 1.6e-59
CCDS6535.1 B4GALT1 gene_id:2683|Hs108|chr9 ( 398) 937 223.8 2e-58
CCDS13420.1 B4GALT5 gene_id:9334|Hs108|chr20 ( 388) 723 174.7 1.1e-43
CCDS82245.1 B4GALT6 gene_id:9331|Hs108|chr18 ( 343) 717 173.3 2.6e-43
CCDS11900.1 B4GALT6 gene_id:9331|Hs108|chr18 ( 382) 717 173.3 2.9e-43
CCDS4429.1 B4GALT7 gene_id:11285|Hs108|chr5 ( 327) 396 99.7 3.6e-21
>>CCDS2986.1 B4GALT4 gene_id:8702|Hs108|chr3 (344 aa)
initn: 2340 init1: 2340 opt: 2340 Z-score: 2902.3 bits: 545.5 E(32554): 2.4e-155
Smith-Waterman score: 2340; 100.0% identity (100.0% similar) in 344 aa overlap (1-344:1-344)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MGFNLTFHLSYKFRLLLLLTLCLTVVGWATSNYFVGAIQEIPKAKEFMANFHKTLILGKG
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CCDS29 MGFNLTFHLSYKFRLLLLLTLCLTVVGWATSNYFVGAIQEIPKAKEFMANFHKTLILGKG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 KTLTNEASTKKVELDNCPSVSPYLRGQSKLIFKPDLTLEEVQAENPKVSRGRYRPQECKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 KTLTNEASTKKVELDNCPSVSPYLRGQSKLIFKPDLTLEEVQAENPKVSRGRYRPQECKA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 LQRVAILVPHRNREKHLMYLLEHLHPFLQRQQLDYGIYVIHQAEGKKFNRAKLLNVGYLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 LQRVAILVPHRNREKHLMYLLEHLHPFLQRQQLDYGIYVIHQAEGKKFNRAKLLNVGYLE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 ALKEENWDCFIFHDVDLVPENDFNLYKCEEHPKHLVVGRNSTGYRLRYSGYFGGVTALSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 ALKEENWDCFIFHDVDLVPENDFNLYKCEEHPKHLVVGRNSTGYRLRYSGYFGGVTALSR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 EQFFKVNGFSNNYWGWGGEDDDLRLRVELQRMKISRPLPEVGKYTMVFHTRDKGNEVNAE
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CCDS29 EQFFKVNGFSNNYWGWGGEDDDLRLRVELQRMKISRPLPEVGKYTMVFHTRDKGNEVNAE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KB3 RMKLLHQVSRVWRTDGLSSCSYKLVSVEHNPLYINITVDFWFGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 RMKLLHQVSRVWRTDGLSSCSYKLVSVEHNPLYINITVDFWFGA
310 320 330 340
>>CCDS1222.1 B4GALT3 gene_id:8703|Hs108|chr1 (393 aa)
initn: 914 init1: 486 opt: 1018 Z-score: 1263.0 bits: 242.3 E(32554): 5e-64
Smith-Waterman score: 1018; 56.7% identity (75.4% similar) in 268 aa overlap (74-339:74-341)
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 AKEFMANFHKTLILGKGKTLTNEASTKKVELDNCPSVSPYLRGQSKLIFKPDLTLEEVQA
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CCDS12 PTFDYSHPRDVYSNLSHLPGAPGGPPAPQGLPYCPERSPLLVGPVSVSFSPVPSLAEIVE
50 60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 ENPKVSRG-RYRPQECKALQRVAILVPHRNREKHLMYLLEHLHPFLQRQQLDYGIYVIHQ
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CCDS12 RNPRVEPGGRYRPAGCEPRSRTAIIVPHRAREHHLRLLLYHLHPFLQRQQLAYGIYVIHQ
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 AEGKKFNRAKLLNVGYLEALKEENWDCFIFHDVDLVPENDFNLYKCEEH-PKHLVVGRNS
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CCDS12 AGNGTFNRAKLLNVGVREALRDEEWDCLFLHDVDLLPENDHNLYVCDPRGPRHVAVAMNK
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 TGYRLRYSGYFGGVTALSREQFFKVNGFSNNYWGWGGEDDDLRLRVELQRMKISRPLPEV
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CCDS12 FGYSLPYPQYFGGVSALTPDQYLKMNGFPNEYWGWGGEDDDIATRVRLAGMKISRPPTSV
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 GKYTMVFHTRDKGNEVNAERMKLLHQVSRVWRTDGLSSCSYKLVSVEHNPLYINITVDFW
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CCDS12 GHYKMVKHRGDKGNEENPHRFDLLVRTQNSWTQDGMNSLTYQLLARELGPLYTNITADIG
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 FGA
CCDS12 TDPRGPRAPSGPRYPPGSSQAFRQEMLQRRPPARPGPLSTANHTALRGSH
350 360 370 380 390
>>CCDS506.1 B4GALT2 gene_id:8704|Hs108|chr1 (372 aa)
initn: 657 init1: 587 opt: 953 Z-score: 1182.9 bits: 227.4 E(32554): 1.4e-59
Smith-Waterman score: 953; 51.1% identity (75.0% similar) in 268 aa overlap (74-339:94-361)
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 AKEFMANFHKTLILGKGKTLTNEASTKKVELDNCPSVSPYLRGQSKLIFKPDLTLEEVQA
: ::. : : :. . : . ::.::
CCDS50 SSNCSRPNATASSSGLPEVPSALPGPTAPTLPPCPDSPPGLVGRLLIEFTSPMPLERVQR
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 ENPKVSRG-RYRPQECKALQRVAILVPHRNREKHLMYLLEHLHPFLQRQQLDYGIYVIHQ
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CCDS50 ENPGVLMGGRYTPPDCTPAQTVAVIIPFRHREHHLRYWLHYLHPILRRQRLRYGVYVINQ
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 AEGKKFNRAKLLNVGYLEALKEEN-WDCFIFHDVDLVPENDFNLYKCEEHPKHLVVGRNS
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CCDS50 HGEDTFNRAKLLNVGFLEALKEDAAYDCFIFSDVDLVPMDDRNLYRCGDQPRHFAIAMDK
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 TGYRLRYSGYFGGVTALSREQFFKVNGFSNNYWGWGGEDDDLRLRVELQRMKISRPLPEV
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CCDS50 FGFRLPYAGYFGGVSGLSKAQFLRINGFPNEYWGWGGEDDDIFNRISLTGMKISRPDIRI
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 GKYTMVFHTRDKGNEVNAERMKLLHQVSRVWRTDGLSSCSYKLVSVEHNPLYINITVDFW
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CCDS50 GRYRMIKHDRDKHNEPNPQRFTKIQNTKLTMKRDGIGSVRYQVLEVSRQPLFTNITVDIG
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 FGA
CCDS50 RPPSWPPRG
370
>>CCDS55596.1 B4GALT2 gene_id:8704|Hs108|chr1 (401 aa)
initn: 657 init1: 587 opt: 953 Z-score: 1182.3 bits: 227.4 E(32554): 1.6e-59
Smith-Waterman score: 953; 51.1% identity (75.0% similar) in 268 aa overlap (74-339:123-390)
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 AKEFMANFHKTLILGKGKTLTNEASTKKVELDNCPSVSPYLRGQSKLIFKPDLTLEEVQA
: ::. : : :. . : . ::.::
CCDS55 SSNCSRPNATASSSGLPEVPSALPGPTAPTLPPCPDSPPGLVGRLLIEFTSPMPLERVQR
100 110 120 130 140 150
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 ENPKVSRG-RYRPQECKALQRVAILVPHRNREKHLMYLLEHLHPFLQRQQLDYGIYVIHQ
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CCDS55 ENPGVLMGGRYTPPDCTPAQTVAVIIPFRHREHHLRYWLHYLHPILRRQRLRYGVYVINQ
160 170 180 190 200 210
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 AEGKKFNRAKLLNVGYLEALKEEN-WDCFIFHDVDLVPENDFNLYKCEEHPKHLVVGRNS
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CCDS55 HGEDTFNRAKLLNVGFLEALKEDAAYDCFIFSDVDLVPMDDRNLYRCGDQPRHFAIAMDK
220 230 240 250 260 270
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 TGYRLRYSGYFGGVTALSREQFFKVNGFSNNYWGWGGEDDDLRLRVELQRMKISRPLPEV
:.:: :.::::::..::. ::...::: :.::::::::::. :. : :::::: ..
CCDS55 FGFRLPYAGYFGGVSGLSKAQFLRINGFPNEYWGWGGEDDDIFNRISLTGMKISRPDIRI
280 290 300 310 320 330
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 GKYTMVFHTRDKGNEVNAERMKLLHQVSRVWRTDGLSSCSYKLVSVEHNPLYINITVDFW
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CCDS55 GRYRMIKHDRDKHNEPNPQRFTKIQNTKLTMKRDGIGSVRYQVLEVSRQPLFTNITVDIG
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 FGA
CCDS55 RPPSWPPRG
400
>>CCDS6535.1 B4GALT1 gene_id:2683|Hs108|chr9 (398 aa)
initn: 937 init1: 871 opt: 937 Z-score: 1162.5 bits: 223.8 E(32554): 2e-58
Smith-Waterman score: 937; 50.4% identity (73.5% similar) in 272 aa overlap (69-339:122-393)
40 50 60 70 80 90
pF1KB3 QEIPKAKEFMANFHKTLILGKGKTLTNEASTKKVELDNCPSVSPYLRGQSKLIFKPDLTL
: . : :: :: : : . :. . :
CCDS65 SQPRPGGDSSPVVDSGPGPASNLTSVPVPHTTALSLPACPEESPLLVGPMLIEFNMPVDL
100 110 120 130 140 150
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 EEVQAENPKVSRG-RYRPQECKALQRVAILVPHRNREKHLMYLLEHLHPFLQRQQLDYGI
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CCDS65 ELVAKQNPNVKMGGRYAPRDCVSPHKVAIIIPFRNRQEHLKYWLYYLHPVLQRQQLDYGI
160 170 180 190 200 210
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 YVIHQAEGKKFNRAKLLNVGYLEALKEENWDCFIFHDVDLVPENDFNLYKCEEHPKHLVV
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CCDS65 YVINQAGDTIFNRAKLLNVGFQEALKDYDYTCFVFSDVDLIPMNDHNAYRCFSQPRHISV
220 230 240 250 260 270
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 GRNSTGYRLRYSGYFGGVTALSREQFFKVNGFSNNYWGWGGEDDDLRLRVELQRMKISRP
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CCDS65 AMDKFGFSLPYVQYFGGVSALSKQQFLTINGFPNNYWGWGGEDDDIFNRLVFRGMSISRP
280 290 300 310 320 330
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 LPEVGKYTMVFHTRDKGNEVNAERMKLLHQVSRVWRTDGLSSCSYKLVSVEHNPLYINIT
::. :. :.::: :: : .:. . ..... .:::.: .:....:.. ::: .::
CCDS65 NAVVGRCRMIRHSRDKKNEPNPQRFDRIAHTKETMLSDGLNSLTYQVLDVQRYPLYTQIT
340 350 360 370 380 390
340
pF1KB3 VDFWFGA
::
CCDS65 VDIGTPS
>>CCDS13420.1 B4GALT5 gene_id:9334|Hs108|chr20 (388 aa)
initn: 649 init1: 620 opt: 723 Z-score: 897.5 bits: 174.7 E(32554): 1.1e-43
Smith-Waterman score: 723; 40.7% identity (71.3% similar) in 268 aa overlap (77-340:114-378)
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 FMANFHKTLILGKGKTLTNEASTKKVELDNCPSVSPYLRGQSKLIFKP---DLTLEEVQA
:: : ..: . .. : ..:. .
CCDS13 DYPLDLNHSETFLQTTTFLPEDFTYFANHTCPERLPSMKGPIDINMSEIGMDY-IHELFS
90 100 110 120 130 140
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 ENPKVSRG-RYRPQECKALQRVAILVPHRNREKHLMYLLEHLHPFLQRQQLDYGIYVIHQ
..: .. : ...:..: .::::.: :::..:: :..:: :.::::.:....::..:
CCDS13 KDPTIKLGGHWKPSDCMPRWKVAILIPFRNRHEHLPVLFRHLLPMLQRQRLQFAFYVVEQ
150 160 170 180 190 200
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 AEGKKFNRAKLLNVGYLEALKEENWDCFIFHDVDLVPENDFNLYKCEEHPKHLVVGRNST
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CCDS13 VGTQPFNRAMLFNVGFQEAMKDLDWDCLIFHDVDHIPESDRNYYGCGQMPRHFATKLDKY
210 220 230 240 250 260
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 GYRLRYSGYFGGVTALSREQFFKVNGFSNNYWGWGGEDDDLRLRVELQRMKISRPLPEVG
: : :. .::::..:. ::: :.::: : .:::::::::: ::. ...::: ..:
CCDS13 MYLLPYTEFFGGVSGLTVEQFRKINGFPNAFWGWGGEDDDLWNRVQNAGYSVSRPEGDTG
270 280 290 300 310 320
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 KYTMVFHTRDKGNEVNAERMKLLHQVSRVWRTDGLSSCSYKLVSVEHNPLYINITVDFWF
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CCDS13 KYKSIPH-HHRGEVQFLGRYALLRKSKERQGLDGLNNLNY-FANITYDALYKNITVNLTP
330 340 350 360 370 380
pF1KB3 GA
CCDS13 ELAQVNEY
>>CCDS82245.1 B4GALT6 gene_id:9331|Hs108|chr18 (343 aa)
initn: 683 init1: 645 opt: 717 Z-score: 891.0 bits: 173.3 E(32554): 2.6e-43
Smith-Waterman score: 717; 41.4% identity (69.0% similar) in 268 aa overlap (77-340:69-333)
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 FMANFHKTLILGKGKTLTNEASTKKVELDNCPSVSPYLRGQSKLIFKPDLTLEEVQAENP
:: ::.:: .. . .....:..
CCDS82 DYPEGNNSSDYLVQTTTYLPENFTYSPYLPCPEKLPYMRGFLNVNVS-EVSFDEIHQLFS
40 50 60 70 80 90
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 K----VSRGRYRPQECKALQRVAILVPHRNREKHLMYLLEHLHPFLQRQQLDYGIYVIHQ
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CCDS82 KDLDIEPGGHWRPKDCKPRWKVAVLIPFRNRHEHLPIFFLHLIPMLQKQRLEFAFYVIEQ
100 110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 AEGKKFNRAKLLNVGYLEALKEENWDCFIFHDVDLVPENDFNLYKCEEHPKHLVVGRNST
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CCDS82 TGTQPFNRAMLFNVGFKEAMKDSVWDCVIFHDVDHLPENDRNYYGCGEMPRHFAAKLDKY
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 GYRLRYSGYFGGVTALSREQFFKVNGFSNNYWGWGGEDDDLRLRVELQRMKISRPLPEVG
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CCDS82 MYILPYKEFFGGVSGLTVEQFRKINGFPNAFWGWGGEDDDLWNRVHYAGYNVTRPEGDLG
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 KYTMVFHTRDKGNEVNAERMKLLHQVSRVWRTDGLSSCSYKLVSVEHNPLYINITVDFWF
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CCDS82 KYKSIPH-HHRGEVQFLGRYKLLRYSKERQYIDGLNNLIYR-PKILVDRLYTNISVNLMP
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 GA
CCDS82 ELAPIEDY
340
>>CCDS11900.1 B4GALT6 gene_id:9331|Hs108|chr18 (382 aa)
initn: 683 init1: 645 opt: 717 Z-score: 890.2 bits: 173.3 E(32554): 2.9e-43
Smith-Waterman score: 717; 41.4% identity (69.0% similar) in 268 aa overlap (77-340:108-372)
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 FMANFHKTLILGKGKTLTNEASTKKVELDNCPSVSPYLRGQSKLIFKPDLTLEEVQAENP
:: ::.:: .. . .....:..
CCDS11 DYPEGNNSSDYLVQTTTYLPENFTYSPYLPCPEKLPYMRGFLNVNVS-EVSFDEIHQLFS
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 K----VSRGRYRPQECKALQRVAILVPHRNREKHLMYLLEHLHPFLQRQQLDYGIYVIHQ
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CCDS11 KDLDIEPGGHWRPKDCKPRWKVAVLIPFRNRHEHLPIFFLHLIPMLQKQRLEFAFYVIEQ
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 AEGKKFNRAKLLNVGYLEALKEENWDCFIFHDVDLVPENDFNLYKCEEHPKHLVVGRNST
. . :::: :.:::. ::.:. ::: :::::: .:::: : : : : :.:... ..
CCDS11 TGTQPFNRAMLFNVGFKEAMKDSVWDCVIFHDVDHLPENDRNYYGCGEMPRHFAAKLDKY
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 GYRLRYSGYFGGVTALSREQFFKVNGFSNNYWGWGGEDDDLRLRVELQRMKISRPLPEVG
: : :. .::::..:. ::: :.::: : .:::::::::: ::. ....:: ..:
CCDS11 MYILPYKEFFGGVSGLTVEQFRKINGFPNAFWGWGGEDDDLWNRVHYAGYNVTRPEGDLG
260 270 280 290 300 310
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 KYTMVFHTRDKGNEVNAERMKLLHQVSRVWRTDGLSSCSYKLVSVEHNPLYINITVDFWF
:: . : . .:. :.:::. .. :::.. :. .. . :: ::.:..
CCDS11 KYKSIPH-HHRGEVQFLGRYKLLRYSKERQYIDGLNNLIYR-PKILVDRLYTNISVNLMP
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