Result of FASTA (omim) for
pF1KB3511
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3511, 467 aa
1>>>pF1KB3511 467 - 467 aa - 467 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3567+/-0.000312; mu= 13.8138+/- 0.020
mean_var=96.4544+/-19.085, 0's: 0 Z-trim(119.3): 48 B-trim: 1655 in 1/53
Lambda= 0.130591
statistics sampled from 33083 (33132) to 33083 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.741), E-opt: 0.2 (0.388), width: 16
Scan time: 7.620
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_006138 (OMIM: 119300,119500,607199,608864) inte ( 467) 3279 627.7 2e-179
NP_001193625 (OMIM: 119300,119500,607199,608864) i ( 372) 2599 499.6 6.1e-141
XP_011514465 (OMIM: 607218,612245,612251) PREDICTE ( 488) 1557 303.3 9.5e-82
XP_011514464 (OMIM: 607218,612245,612251) PREDICTE ( 488) 1557 303.3 9.5e-82
XP_011514466 (OMIM: 607218,612245,612251) PREDICTE ( 488) 1557 303.3 9.5e-82
NP_002451 (OMIM: 601900,611724) interferon regulat ( 451) 667 135.6 2.7e-31
NP_001182215 (OMIM: 601900,611724) interferon regu ( 450) 662 134.7 5.1e-31
NP_001229381 (OMIM: 607218,612245,612251) interfer ( 412) 628 128.3 4e-29
XP_011514463 (OMIM: 607218,612245,612251) PREDICTE ( 504) 597 122.5 2.7e-27
XP_005250374 (OMIM: 607218,612245,612251) PREDICTE ( 514) 597 122.5 2.8e-27
NP_001092099 (OMIM: 607218,612245,612251) interfer ( 514) 597 122.5 2.8e-27
XP_011514461 (OMIM: 607218,612245,612251) PREDICTE ( 514) 597 122.5 2.8e-27
XP_006716037 (OMIM: 607218,612245,612251) PREDICTE ( 514) 597 122.5 2.8e-27
XP_011514460 (OMIM: 607218,612245,612251) PREDICTE ( 514) 597 122.5 2.8e-27
XP_011514462 (OMIM: 607218,612245,612251) PREDICTE ( 514) 597 122.5 2.8e-27
NP_001092097 (OMIM: 607218,612245,612251) interfer ( 498) 595 122.1 3.5e-27
NP_116032 (OMIM: 607218,612245,612251) interferon ( 498) 595 122.1 3.5e-27
NP_001092100 (OMIM: 607218,612245,612251) interfer ( 498) 595 122.1 3.5e-27
NP_006075 (OMIM: 147574) interferon regulatory fac ( 393) 402 85.7 2.6e-16
XP_006715153 (OMIM: 601900,611724) PREDICTED: inte ( 415) 400 85.3 3.5e-16
XP_016878688 (OMIM: 601565,614893,614894) PREDICTE ( 222) 393 83.8 5.2e-16
NP_002190 (OMIM: 147576) interferon regulatory fac ( 349) 392 83.8 8.5e-16
NP_002154 (OMIM: 601565,614893,614894) interferon ( 426) 391 83.6 1.1e-15
NP_001184053 (OMIM: 603734,616532) interferon regu ( 300) 378 81.1 4.7e-15
XP_016882255 (OMIM: 603734,616532) PREDICTED: inte ( 427) 373 80.2 1.2e-14
NP_001562 (OMIM: 603734,616532) interferon regulat ( 427) 373 80.2 1.2e-14
XP_016882256 (OMIM: 603734,616532) PREDICTED: inte ( 427) 373 80.2 1.2e-14
NP_001184051 (OMIM: 603734,616532) interferon regu ( 452) 373 80.2 1.3e-14
XP_006723260 (OMIM: 603734,616532) PREDICTED: inte ( 452) 373 80.2 1.3e-14
XP_006723261 (OMIM: 603734,616532) PREDICTED: inte ( 452) 373 80.2 1.3e-14
NP_002189 (OMIM: 147575,211980,613659) interferon ( 325) 360 77.7 5.3e-14
XP_011541680 (OMIM: 147575,211980,613659) PREDICTE ( 284) 354 76.5 1e-13
XP_011518368 (OMIM: 605047,616345) PREDICTED: inte ( 502) 350 75.9 2.8e-13
NP_001563 (OMIM: 605047,616345) interferon regulat ( 503) 350 75.9 2.8e-13
XP_005252964 (OMIM: 605047,616345) PREDICTED: inte ( 515) 350 75.9 2.8e-13
NP_004022 (OMIM: 605047,616345) interferon regulat ( 516) 350 75.9 2.8e-13
XP_005252963 (OMIM: 605047,616345) PREDICTED: inte ( 516) 350 75.9 2.8e-13
NP_004020 (OMIM: 605047,616345) interferon regulat ( 474) 349 75.7 3e-13
XP_005252966 (OMIM: 605047,616345) PREDICTED: inte ( 487) 349 75.7 3.1e-13
XP_016873163 (OMIM: 605047,616345) PREDICTED: inte ( 210) 321 70.2 6e-12
NP_001184055 (OMIM: 603734,616532) interferon regu ( 281) 291 64.7 3.8e-10
NP_001184054 (OMIM: 603734,616532) interferon regu ( 281) 291 64.7 3.8e-10
NP_001184052 (OMIM: 603734,616532) interferon regu ( 392) 291 64.8 5e-10
XP_006723263 (OMIM: 603734,616532) PREDICTED: inte ( 417) 198 47.2 0.0001
NP_001184056 (OMIM: 603734,616532) interferon regu ( 154) 157 39.3 0.0092
NP_001184057 (OMIM: 603734,616532) interferon regu ( 154) 157 39.3 0.0092
>>NP_006138 (OMIM: 119300,119500,607199,608864) interfer (467 aa)
initn: 3279 init1: 3279 opt: 3279 Z-score: 3342.2 bits: 627.7 E(85289): 2e-179
Smith-Waterman score: 3279; 100.0% identity (100.0% similar) in 467 aa overlap (1-467:1-467)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MALHPRRVRLKPWLVAQVDSGLYPGLIWLHRDSKRFQIPWKHATRHSPQQEEENTIFKAW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 MALHPRRVRLKPWLVAQVDSGLYPGLIWLHRDSKRFQIPWKHATRHSPQQEEENTIFKAW
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 AVETGKYQEGVDDPDPAKWKAQLRCALNKSREFNLMYDGTKEVPMNPVKIYQVCDIPQPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 AVETGKYQEGVDDPDPAKWKAQLRCALNKSREFNLMYDGTKEVPMNPVKIYQVCDIPQPQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 GSIINPGSTGSAPWDEKDNDVDEEDEEDELDQSQHHVPIQDTFPFLNINGSPMAPASVGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 GSIINPGSTGSAPWDEKDNDVDEEDEEDELDQSQHHVPIQDTFPFLNINGSPMAPASVGN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 CSVGNCSPEAVWPKTEPLEMEVPQAPIQPFYSSPELWISSLPMTDLDIKFQYRGKEYGQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 CSVGNCSPEAVWPKTEPLEMEVPQAPIQPFYSSPELWISSLPMTDLDIKFQYRGKEYGQT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 MTVSNPQGCRLFYGDLGPMPDQEELFGPVSLEQVKFPGPEHITNEKQKLFTSKLLDVMDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 MTVSNPQGCRLFYGDLGPMPDQEELFGPVSLEQVKFPGPEHITNEKQKLFTSKLLDVMDR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 GLILEVSGHAIYAIRLCQCKVYWSGPCAPSLVAPNLIERQKKVKLFCLETFLSDLIAHQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 GLILEVSGHAIYAIRLCQCKVYWSGPCAPSLVAPNLIERQKKVKLFCLETFLSDLIAHQK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 GQIEKQPPFEIYLCFGEEWPDGKPLERKLILVQVIPVVARMIYEMFSGDFTRSFDSGSVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 GQIEKQPPFEIYLCFGEEWPDGKPLERKLILVQVIPVVARMIYEMFSGDFTRSFDSGSVR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KB3 LQISTPDIKDNIVAQLKQLYRILQTQESWQPMQPTPSMQLPPALPPQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 LQISTPDIKDNIVAQLKQLYRILQTQESWQPMQPTPSMQLPPALPPQ
430 440 450 460
>>NP_001193625 (OMIM: 119300,119500,607199,608864) inter (372 aa)
initn: 2599 init1: 2599 opt: 2599 Z-score: 2651.3 bits: 499.6 E(85289): 6.1e-141
Smith-Waterman score: 2599; 100.0% identity (100.0% similar) in 372 aa overlap (96-467:1-372)
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 KYQEGVDDPDPAKWKAQLRCALNKSREFNLMYDGTKEVPMNPVKIYQVCDIPQPQGSIIN
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MYDGTKEVPMNPVKIYQVCDIPQPQGSIIN
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 PGSTGSAPWDEKDNDVDEEDEEDELDQSQHHVPIQDTFPFLNINGSPMAPASVGNCSVGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PGSTGSAPWDEKDNDVDEEDEEDELDQSQHHVPIQDTFPFLNINGSPMAPASVGNCSVGN
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 CSPEAVWPKTEPLEMEVPQAPIQPFYSSPELWISSLPMTDLDIKFQYRGKEYGQTMTVSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CSPEAVWPKTEPLEMEVPQAPIQPFYSSPELWISSLPMTDLDIKFQYRGKEYGQTMTVSN
100 110 120 130 140 150
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 PQGCRLFYGDLGPMPDQEELFGPVSLEQVKFPGPEHITNEKQKLFTSKLLDVMDRGLILE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PQGCRLFYGDLGPMPDQEELFGPVSLEQVKFPGPEHITNEKQKLFTSKLLDVMDRGLILE
160 170 180 190 200 210
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 VSGHAIYAIRLCQCKVYWSGPCAPSLVAPNLIERQKKVKLFCLETFLSDLIAHQKGQIEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VSGHAIYAIRLCQCKVYWSGPCAPSLVAPNLIERQKKVKLFCLETFLSDLIAHQKGQIEK
220 230 240 250 260 270
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 QPPFEIYLCFGEEWPDGKPLERKLILVQVIPVVARMIYEMFSGDFTRSFDSGSVRLQIST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QPPFEIYLCFGEEWPDGKPLERKLILVQVIPVVARMIYEMFSGDFTRSFDSGSVRLQIST
280 290 300 310 320 330
430 440 450 460
pF1KB3 PDIKDNIVAQLKQLYRILQTQESWQPMQPTPSMQLPPALPPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PDIKDNIVAQLKQLYRILQTQESWQPMQPTPSMQLPPALPPQ
340 350 360 370
>>XP_011514465 (OMIM: 607218,612245,612251) PREDICTED: i (488 aa)
initn: 1491 init1: 569 opt: 1557 Z-score: 1588.6 bits: 303.3 E(85289): 9.5e-82
Smith-Waterman score: 1562; 52.2% identity (73.4% similar) in 473 aa overlap (5-456:12-468)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MALHPRRVRLKPWLVAQVDSGLYPGLIWLHRDSKRFQIPWKHATRHSPQQEEE
::::::::::::::.: :::: :.. ..: : :::.:::::.:.:. .
XP_011 MNQSIPVAPTPPRRVRLKPWLVAQVNSCQYPGLQWVNGEKKLFCIPWRHATRHGPSQDGD
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 NTIFKAWAVETGKYQEGVDDPDPAKWKAQLRCALNKSREFNLMYDGTKEVPMNPVKIYQV
:::::::: ::::: ::::. :::::::.:::::::::.: :.::: ...: .: :::.:
XP_011 NTIFKAWAKETGKYTEGVDEADPAKWKANLRCALNKSRDFRLIYDGPRDMPPQPYKIYEV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KB3 C-DIPQPQGSIINPGSTGSAPWDEKDNDVDEEDEEDELDQSQHHVPIQDTF---PFLN--
: . : : : .: : : . . .::.::.::.. . . . : :.
XP_011 CSNGPAPTDS--QP------PEDYSFGAGEEEEEEEELQRMLPSLSLTEDVKWPPTLQPP
130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KB3 ------ING------SPMAPASVGNCSVGNCSPEAVWPKTEPLEMEVPQAPIQPFYSSPE
. : ::.:: . . . :.. : :: .: : : . :.
XP_011 TLQPPVVLGPPAPDPSPLAPPPGNPAGFRELLSEVLEPG--PLPASLPPAGEQLL---PD
180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 LWISS--LPMTDLDIKFQYRGKEYGQTMTVSNPQGCRLFYGDLGPMPDQEELFGPVSLEQ
: :: ::.:::.:::::::. ...:.:::.::::::..: .: :::::.::::
XP_011 LLISPHMLPLTDLEIKFQYRGRP-PRALTISNPHGCRLFYSQLEATQEQVELFGPISLEQ
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 VKFPGPEHITNEKQKLFTSKLLDVMDRGLILEVSGHAIYAIRLCQCKVYWSGPCAPSLVA
:.::.:: : ..::...:..::::.::::::...:. .::::::::::.:::::: . .
XP_011 VRFPSPEDIPSDKQRFYTNQLLDVLDRGLILQLQGQDLYAIRLCQCKVFWSGPCASAHDS
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 -PNLIERQKKVKLFCLETFLSDLIAHQKGQIEKQPPFEIYLCFGEEWPDGKPLERKLILV
:: :.:. :.::: :: ::..:: :::: . :::::..:::::::: :: :.::: :
XP_011 CPNPIQREVKTKLFSLEHFLNELILFQKGQTNTPPPFEIFFCFGEEWPDRKPREKKLITV
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 QVIPVVARMIYEMFSGDFTRSFDSGSVRLQISTPDIKDNIVAQLKQLYRILQTQESWQPM
::.::.::.. :::::... : :: .:::::.::.:: .: :.:.:..: :.:. ::.
XP_011 QVVPVAARLLLEMFSGELSWSADS--IRLQISNPDLKDRMVEQFKELHHIWQSQQRLQPV
410 420 430 440 450 460
460
pF1KB3 QPTPSMQLPPALPPQ
.:
XP_011 AQAPPGAGLGVGQGPWPMHPAGMQ
470 480
>>XP_011514464 (OMIM: 607218,612245,612251) PREDICTED: i (488 aa)
initn: 1491 init1: 569 opt: 1557 Z-score: 1588.6 bits: 303.3 E(85289): 9.5e-82
Smith-Waterman score: 1562; 52.2% identity (73.4% similar) in 473 aa overlap (5-456:12-468)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MALHPRRVRLKPWLVAQVDSGLYPGLIWLHRDSKRFQIPWKHATRHSPQQEEE
::::::::::::::.: :::: :.. ..: : :::.:::::.:.:. .
XP_011 MNQSIPVAPTPPRRVRLKPWLVAQVNSCQYPGLQWVNGEKKLFCIPWRHATRHGPSQDGD
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 NTIFKAWAVETGKYQEGVDDPDPAKWKAQLRCALNKSREFNLMYDGTKEVPMNPVKIYQV
:::::::: ::::: ::::. :::::::.:::::::::.: :.::: ...: .: :::.:
XP_011 NTIFKAWAKETGKYTEGVDEADPAKWKANLRCALNKSRDFRLIYDGPRDMPPQPYKIYEV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KB3 C-DIPQPQGSIINPGSTGSAPWDEKDNDVDEEDEEDELDQSQHHVPIQDTF---PFLN--
: . : : : .: : : . . .::.::.::.. . . . : :.
XP_011 CSNGPAPTDS--QP------PEDYSFGAGEEEEEEEELQRMLPSLSLTEDVKWPPTLQPP
130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KB3 ------ING------SPMAPASVGNCSVGNCSPEAVWPKTEPLEMEVPQAPIQPFYSSPE
. : ::.:: . . . :.. : :: .: : : . :.
XP_011 TLQPPVVLGPPAPDPSPLAPPPGNPAGFRELLSEVLEPG--PLPASLPPAGEQLL---PD
180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 LWISS--LPMTDLDIKFQYRGKEYGQTMTVSNPQGCRLFYGDLGPMPDQEELFGPVSLEQ
: :: ::.:::.:::::::. ...:.:::.::::::..: .: :::::.::::
XP_011 LLISPHMLPLTDLEIKFQYRGRP-PRALTISNPHGCRLFYSQLEATQEQVELFGPISLEQ
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 VKFPGPEHITNEKQKLFTSKLLDVMDRGLILEVSGHAIYAIRLCQCKVYWSGPCAPSLVA
:.::.:: : ..::...:..::::.::::::...:. .::::::::::.:::::: . .
XP_011 VRFPSPEDIPSDKQRFYTNQLLDVLDRGLILQLQGQDLYAIRLCQCKVFWSGPCASAHDS
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 -PNLIERQKKVKLFCLETFLSDLIAHQKGQIEKQPPFEIYLCFGEEWPDGKPLERKLILV
:: :.:. :.::: :: ::..:: :::: . :::::..:::::::: :: :.::: :
XP_011 CPNPIQREVKTKLFSLEHFLNELILFQKGQTNTPPPFEIFFCFGEEWPDRKPREKKLITV
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 QVIPVVARMIYEMFSGDFTRSFDSGSVRLQISTPDIKDNIVAQLKQLYRILQTQESWQPM
::.::.::.. :::::... : :: .:::::.::.:: .: :.:.:..: :.:. ::.
XP_011 QVVPVAARLLLEMFSGELSWSADS--IRLQISNPDLKDRMVEQFKELHHIWQSQQRLQPV
410 420 430 440 450 460
460
pF1KB3 QPTPSMQLPPALPPQ
.:
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pF1KB3 QPTPSMQLPPALPPQ
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XP_011 AQAPPGAGLGVGQGPWPMHPAGMQ
470 480
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pF1KB3 MALHPRRVRLKPWLVAQVDSGLYPGLIWLHRDSKRFQIPWKHATRHSPQQEEE
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XP_005 NTIFKAWAKETGKYTEGVDEADPAKWKANLRCALNKSRDFRLIYDGPRDMPPQPYKIYEV
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XP_005 LKDRMVEQFKELHHIWQSQQRLQPVAQAPPGAGLGVGQGPWPMHPAGMQ
470 480 490 500 510
467 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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