Result of FASTA (omim) for
pF1KB3414
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3414, 876 aa
1>>>pF1KB3414 876 - 876 aa - 876 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8305+/-0.000439; mu= 17.9821+/- 0.027
mean_var=70.4336+/-14.328, 0's: 0 Z-trim(109.0): 77 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.152821
statistics sampled from 17095 (17167) to 17095 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.558), E-opt: 0.2 (0.201), width: 16
Scan time: 11.910
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002256 (OMIM: 602738) importin subunit beta-1 i ( 876) 5713 1269.6 0
NP_001263382 (OMIM: 602738) importin subunit beta- ( 731) 4787 1065.4 0
XP_016864947 (OMIM: 602901) PREDICTED: transportin ( 858) 310 78.4 1.6e-13
XP_005248558 (OMIM: 602901) PREDICTED: transportin ( 866) 310 78.4 1.7e-13
XP_005248557 (OMIM: 602901) PREDICTED: transportin ( 890) 310 78.4 1.7e-13
NP_694858 (OMIM: 602901) transportin-1 isoform 2 [ ( 890) 310 78.4 1.7e-13
NP_002261 (OMIM: 602901) transportin-1 isoform 1 [ ( 898) 310 78.4 1.7e-13
NP_001129667 (OMIM: 603002) transportin-2 isoform ( 887) 292 74.4 2.7e-12
NP_038461 (OMIM: 603002) transportin-2 isoform 2 [ ( 887) 292 74.4 2.7e-12
NP_001129668 (OMIM: 603002) transportin-2 isoform ( 897) 292 74.4 2.7e-12
NP_002262 (OMIM: 602008) importin-5 [Homo sapiens] (1115) 194 52.8 1e-05
XP_011519391 (OMIM: 602008) PREDICTED: importin-5 (1115) 194 52.8 1e-05
XP_011519389 (OMIM: 602008) PREDICTED: importin-5 (1115) 194 52.8 1e-05
XP_011519390 (OMIM: 602008) PREDICTED: importin-5 (1115) 194 52.8 1e-05
XP_016876051 (OMIM: 602008) PREDICTED: importin-5 (1115) 194 52.8 1e-05
XP_005254110 (OMIM: 602008) PREDICTED: importin-5 (1115) 194 52.8 1e-05
XP_011519392 (OMIM: 602008) PREDICTED: importin-5 (1115) 194 52.8 1e-05
XP_005254109 (OMIM: 602008) PREDICTED: importin-5 (1115) 194 52.8 1e-05
XP_016867705 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 425) 150 43.0 0.0037
NP_001139187 (OMIM: 614107) importin subunit alpha ( 516) 150 43.0 0.0044
XP_016867701 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 521) 150 43.0 0.0044
XP_016867702 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 521) 150 43.0 0.0044
XP_016867703 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 521) 150 43.0 0.0044
XP_016867700 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 522) 150 43.0 0.0044
XP_016867699 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 537) 150 43.0 0.0045
XP_011514517 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 543) 150 43.0 0.0046
XP_016867697 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 548) 150 43.0 0.0046
XP_016867698 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 544) 145 41.9 0.0098
>>NP_002256 (OMIM: 602738) importin subunit beta-1 isofo (876 aa)
initn: 5713 init1: 5713 opt: 5713 Z-score: 6801.3 bits: 1269.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5713; 100.0% identity (100.0% similar) in 876 aa overlap (1-876:1-876)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MELITILEKTVSPDRLELEAAQKFLERAAVENLPTFLVELSRVLANPGNSQVARVAAGLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MELITILEKTVSPDRLELEAAQKFLERAAVENLPTFLVELSRVLANPGNSQVARVAAGLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 IKNSLTSKDPDIKAQYQQRWLAIDANARREVKNYVLQTLGTETYRPSSASQCVAGIACAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IKNSLTSKDPDIKAQYQQRWLAIDANARREVKNYVLQTLGTETYRPSSASQCVAGIACAE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 IPVNQWPELIPQLVANVTNPNSTEHMKESTLEAIGYICQDIDPEQLQDKSNEILTAIIQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IPVNQWPELIPQLVANVTNPNSTEHMKESTLEAIGYICQDIDPEQLQDKSNEILTAIIQG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 MRKEEPSNNVKLAATNALLNSLEFTKANFDKESERHFIMQVVCEATQCPDTRVRVAALQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MRKEEPSNNVKLAATNALLNSLEFTKANFDKESERHFIMQVVCEATQCPDTRVRVAALQN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LVKIMSLYYQYMETYMGPALFAITIEAMKSDIDEVALQGIEFWSNVCDEEMDLAIEASEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LVKIMSLYYQYMETYMGPALFAITIEAMKSDIDEVALQGIEFWSNVCDEEMDLAIEASEA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 AEQGRPPEHTSKFYAKGALQYLVPILTQTLTKQDENDDDDDWNPCKAAGVCLMLLATCCE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 AEQGRPPEHTSKFYAKGALQYLVPILTQTLTKQDENDDDDDWNPCKAAGVCLMLLATCCE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 DDIVPHVLPFIKEHIKNPDWRYRDAAVMAFGCILEGPEPSQLKPLVIQAMPTLIELMKDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DDIVPHVLPFIKEHIKNPDWRYRDAAVMAFGCILEGPEPSQLKPLVIQAMPTLIELMKDP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 SVVVRDTAAWTVGRICELLPEAAINDVYLAPLLQCLIEGLSAEPRVASNVCWAFSSLAEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SVVVRDTAAWTVGRICELLPEAAINDVYLAPLLQCLIEGLSAEPRVASNVCWAFSSLAEA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 AYEAADVADDQEEPATYCLSSSFELIVQKLLETTDRPDGHQNNLRSSAYESLMEIVKNSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 AYEAADVADDQEEPATYCLSSSFELIVQKLLETTDRPDGHQNNLRSSAYESLMEIVKNSA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 KDCYPAVQKTTLVIMERLQQVLQMESHIQSTSDRIQFNDLQSLLCATLQNVLRKVQHQDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KDCYPAVQKTTLVIMERLQQVLQMESHIQSTSDRIQFNDLQSLLCATLQNVLRKVQHQDA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 LQISDVVMASLLRMFQSTAGSGGVQEDALMAVSTLVEVLGGEFLKYMEAFKPFLGIGLKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LQISDVVMASLLRMFQSTAGSGGVQEDALMAVSTLVEVLGGEFLKYMEAFKPFLGIGLKN
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 YAEYQVCLAAVGLVGDLCRALQSNIIPFCDEVMQLLLENLGNENVHRSVKPQILSVFGDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 YAEYQVCLAAVGLVGDLCRALQSNIIPFCDEVMQLLLENLGNENVHRSVKPQILSVFGDI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 ALAIGGEFKKYLEVVLNTLQQASQAQVDKSDYDMVDYLNELRESCLEAYTGIVQGLKGDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ALAIGGEFKKYLEVVLNTLQQASQAQVDKSDYDMVDYLNELRESCLEAYTGIVQGLKGDQ
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 ENVHPDVMLVQPRVEFILSFIDHIAGDEDHTDGVVACAAGLIGDLCTAFGKDVLKLVEAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ENVHPDVMLVQPRVEFILSFIDHIAGDEDHTDGVVACAAGLIGDLCTAFGKDVLKLVEAR
790 800 810 820 830 840
850 860 870
pF1KB3 PMIHELLTEGRRSKTNKAKTLATWATKELRKLKNQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PMIHELLTEGRRSKTNKAKTLATWATKELRKLKNQA
850 860 870
>>NP_001263382 (OMIM: 602738) importin subunit beta-1 is (731 aa)
initn: 4787 init1: 4787 opt: 4787 Z-score: 5699.2 bits: 1065.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4787; 100.0% identity (100.0% similar) in 731 aa overlap (146-876:1-731)
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 IACAEIPVNQWPELIPQLVANVTNPNSTEHMKESTLEAIGYICQDIDPEQLQDKSNEILT
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MKESTLEAIGYICQDIDPEQLQDKSNEILT
10 20 30
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 AIIQGMRKEEPSNNVKLAATNALLNSLEFTKANFDKESERHFIMQVVCEATQCPDTRVRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AIIQGMRKEEPSNNVKLAATNALLNSLEFTKANFDKESERHFIMQVVCEATQCPDTRVRV
40 50 60 70 80 90
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 AALQNLVKIMSLYYQYMETYMGPALFAITIEAMKSDIDEVALQGIEFWSNVCDEEMDLAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AALQNLVKIMSLYYQYMETYMGPALFAITIEAMKSDIDEVALQGIEFWSNVCDEEMDLAI
100 110 120 130 140 150
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 EASEAAEQGRPPEHTSKFYAKGALQYLVPILTQTLTKQDENDDDDDWNPCKAAGVCLMLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EASEAAEQGRPPEHTSKFYAKGALQYLVPILTQTLTKQDENDDDDDWNPCKAAGVCLMLL
160 170 180 190 200 210
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 ATCCEDDIVPHVLPFIKEHIKNPDWRYRDAAVMAFGCILEGPEPSQLKPLVIQAMPTLIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ATCCEDDIVPHVLPFIKEHIKNPDWRYRDAAVMAFGCILEGPEPSQLKPLVIQAMPTLIE
220 230 240 250 260 270
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 LMKDPSVVVRDTAAWTVGRICELLPEAAINDVYLAPLLQCLIEGLSAEPRVASNVCWAFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LMKDPSVVVRDTAAWTVGRICELLPEAAINDVYLAPLLQCLIEGLSAEPRVASNVCWAFS
280 290 300 310 320 330
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 SLAEAAYEAADVADDQEEPATYCLSSSFELIVQKLLETTDRPDGHQNNLRSSAYESLMEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SLAEAAYEAADVADDQEEPATYCLSSSFELIVQKLLETTDRPDGHQNNLRSSAYESLMEI
340 350 360 370 380 390
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 VKNSAKDCYPAVQKTTLVIMERLQQVLQMESHIQSTSDRIQFNDLQSLLCATLQNVLRKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VKNSAKDCYPAVQKTTLVIMERLQQVLQMESHIQSTSDRIQFNDLQSLLCATLQNVLRKV
400 410 420 430 440 450
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 QHQDALQISDVVMASLLRMFQSTAGSGGVQEDALMAVSTLVEVLGGEFLKYMEAFKPFLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QHQDALQISDVVMASLLRMFQSTAGSGGVQEDALMAVSTLVEVLGGEFLKYMEAFKPFLG
460 470 480 490 500 510
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 IGLKNYAEYQVCLAAVGLVGDLCRALQSNIIPFCDEVMQLLLENLGNENVHRSVKPQILS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IGLKNYAEYQVCLAAVGLVGDLCRALQSNIIPFCDEVMQLLLENLGNENVHRSVKPQILS
520 530 540 550 560 570
720 730 740 750 760 770
pF1KB3 VFGDIALAIGGEFKKYLEVVLNTLQQASQAQVDKSDYDMVDYLNELRESCLEAYTGIVQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VFGDIALAIGGEFKKYLEVVLNTLQQASQAQVDKSDYDMVDYLNELRESCLEAYTGIVQG
580 590 600 610 620 630
780 790 800 810 820 830
pF1KB3 LKGDQENVHPDVMLVQPRVEFILSFIDHIAGDEDHTDGVVACAAGLIGDLCTAFGKDVLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LKGDQENVHPDVMLVQPRVEFILSFIDHIAGDEDHTDGVVACAAGLIGDLCTAFGKDVLK
640 650 660 670 680 690
840 850 860 870
pF1KB3 LVEARPMIHELLTEGRRSKTNKAKTLATWATKELRKLKNQA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LVEARPMIHELLTEGRRSKTNKAKTLATWATKELRKLKNQA
700 710 720 730
>>XP_016864947 (OMIM: 602901) PREDICTED: transportin-1 i (858 aa)
initn: 245 init1: 168 opt: 310 Z-score: 363.5 bits: 78.4 E(85289): 1.6e-13
Smith-Waterman score: 426; 22.2% identity (51.5% similar) in 808 aa overlap (2-747:14-754)
10 20 30 40
pF1KB3 MELITILEKTVSPDRLELEAAQKFLERAAVENLPTFLVELSRVLAN-P
... .:... ::: ...:. ::. ... : : : ::..
XP_016 MEYEWKPDEQGLQQILQLLKESQSPDTTIQRTVQQKLEQ--LNQYPDFNNYLIFVLTKLK
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 GNSQVARVAAGLQIKNSLTSKDPDIKAQYQQRWLAIDANARREVKNYVLQTLGTETYRPS
.... .: .:: .:: ..::..:. . .. .:. :...: .
XP_016 SEDEPTRSLSGLILKN-------NVKAHFQN----FPNGVTDFIKSECLNNIGDSSPLIR
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 SASQCVAGIACAEIPVNQWPELIPQLVANVTNPNSTEHMKESTLEAIGYICQD----IDP
.. . .. ...::.:.:.: . . . . . :... :. ::.: .:
XP_016 ATVGILITTIASKGELQNWPDLLPKLCSLLDSEDY--NTCEGAFGALQKICEDSAEILDS
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200
pF1KB3 EQLQDKSNEILTAIIQGMRKEEPS---------NNVKLAATNALLNSLE-FTKANF----
. :. : .. ..: ... :. :. .. :.::. .. : . :
XP_016 DVLDRPLNIMIPKFLQFFKHSSPKIRSHAVACVNQFIISRTQALMLHIDSFIENLFALAG
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250
pF1KB3 DKESERHFIMQVVCEA-TQCPDTRVR--VAALQNLVKIMSLYYQYMETYMG---------
:.: : . . ::.: .. ..:. . ..:.:. : : .. ..
XP_016 DEEPE---VRKNVCRALVMLLEVRMDRLLPHMHNIVEYMLQRTQDQDENVALEACEFWLT
230 240 250 260 270 280
260 270 280 290 300
pF1KB3 ---------------PALFAITIEAMK-SDIDEVALQGIEFWSNVCDEEMDLAIEASEAA
: :. . ...:: :::: . :.: : : : .: ::
XP_016 LAEQPICKDVLVRHLPKLIPVLVNGMKYSDIDIILLKG--------DVEEDETIPDSE--
290 300 310 320 330
310 320 330 340 350
pF1KB3 EQGRPPEHTSKFYAKGALQYLVPILTQTLTKQDENDDDD---DWNPCKAAGVCLMLLATC
.. :: : :. :. :. . . .:: :::: ::: : ... : .::.
XP_016 QDIRPRFHRSRTVAQ---QHDEDGIEEEDDDDDEIDDDDTISDWNLRKCSAAALDVLANV
340 350 360 370 380
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 CEDDIVPHVLPFIKEHIKNPDWRYRDAAVMAFGCILEGPEPSQLKPLVIQAMPTLIELMK
.:...::.::..:: . . .: ........: : :: ... : . . .: ::. ..
XP_016 YRDELLPHILPLLKELLFHHEWVVKESGILVLGAIAEGCMQGMI-PYLPELIPHLIQCLS
390 400 410 420 430 440
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 DPSVVVRDTAAWTVGRICELLPEAAINDVYLAPLLQCLIEG-LSAEPRVASNVCWAFSSL
: ...::. . ::..: . . :.:: ::. :.. :... :: .: ::..:
XP_016 DKKALVRSITCWTLSRYAHWVVSQP-PDTYLKPLMTELLKRILDSNKRVQEAACSAFATL
450 460 470 480 490 500
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 AEAA-YEAADVADDQEEPATYCLSSSFE---LIVQKLLETTDRPDGHQNNLRSSAYESLM
: : : . . .. .:. . ::. . : ::. : . . ::
XP_016 EEEACTELVPYLAYILDTLVFAFSKYQHKNLLILYDAIGTLADSVGHHLN-KPEYIQMLM
510 520 530 540 550 560
540 550 560 570 580
pF1KB3 -------EIVKNSAKDCYPAVQKTTLVIMERLQQVLQMESHIQSTSDRIQFNDLQSLLCA
...:. :: .: .. . : . : . . . : .:. :
XP_016 PPLIQKWNMLKDEDKDLFPLLECLSSVATALQSGFLPYCEPVYQRC----VNLVQKTLAQ
570 580 590 600 610 620
590 600 610 620 630 640
pF1KB3 TLQNVLRKVQHQDALQISDVVMASLLRMFQSTAGSGGVQEDALMAVSTLVEVLGGEFLKY
.. : . :.. . : ....: . . : :: :. :.: :... .. .
XP_016 AMLNNAQPDQYEAPDK--DFMIVALDLLSGLAEGLGGNIEQ-LVARSNILTLM----YQC
630 640 650 660 670
650 660 670 680 690 700
pF1KB3 MEAFKPFLGIGLKNYAEYQVCLAAVGLVGDLCRALQSNIIPFCDEVMQLLLENLGNENVH
:. : .: .. .:.::: .: ... : . : .: ::.
XP_016 MQDKMP------------EVRQSSFALLGDLTKACFQHVKPCIADFMPILGTNLN-----
680 690 700 710
710 720 730 740 750 760
pF1KB3 RSVKPQILSVFGDIALAIGGEFKKYLEVVLNTLQQASQAQVDKSDYDMVDYLNELRESCL
:...:: .. . ::: :.. . .... : . .:
XP_016 ----PEFISVCNNATWAIG-EISIQMAITIGRLGYVCPQEVAPMLQQFIRPWCTSLRNIR
720 730 740 750 760 770
770 780 790 800 810 820
pF1KB3 EAYTGIVQGLKGDQENVHPDVMLVQPRVEFILSFIDHIAGDEDHTDGVVACAAGLIGDLC
XP_016 DNEEKDSAFRGICTMISVNPSGVIQDFIFFCDAVASWINPKDDLRDMFCKILHGFKNQVG
780 790 800 810 820 830
>>XP_005248558 (OMIM: 602901) PREDICTED: transportin-1 i (866 aa)
initn: 245 init1: 168 opt: 310 Z-score: 363.5 bits: 78.4 E(85289): 1.7e-13
Smith-Waterman score: 426; 22.2% identity (51.5% similar) in 808 aa overlap (2-747:22-762)
10 20 30 40
pF1KB3 MELITILEKTVSPDRLELEAAQKFLERAAVENLPTFLVEL
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