Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3414
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3414, 876 aa
1>>>pF1KB3414 876 - 876 aa - 876 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1905+/-0.00103; mu= 15.5293+/- 0.061
mean_var=62.2750+/-12.363, 0's: 0 Z-trim(102.1): 43 B-trim: 365 in 1/49
Lambda= 0.162524
statistics sampled from 6778 (6807) to 6778 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.558), E-opt: 0.2 (0.209), width: 16
Scan time: 4.190
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11513.1 KPNB1 gene_id:3837|Hs108|chr17 ( 876) 5713 1348.7 0
CCDS62228.1 KPNB1 gene_id:3837|Hs108|chr17 ( 731) 4787 1131.6 0
CCDS4016.1 TNPO1 gene_id:3842|Hs108|chr5 ( 890) 310 81.9 5.8e-15
CCDS43329.1 TNPO1 gene_id:3842|Hs108|chr5 ( 898) 310 81.9 5.9e-15
CCDS45992.1 TNPO2 gene_id:30000|Hs108|chr19 ( 887) 292 77.6 1.1e-13
CCDS45991.1 TNPO2 gene_id:30000|Hs108|chr19 ( 897) 292 77.6 1.1e-13
>>CCDS11513.1 KPNB1 gene_id:3837|Hs108|chr17 (876 aa)
initn: 5713 init1: 5713 opt: 5713 Z-score: 7228.9 bits: 1348.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5713; 100.0% identity (100.0% similar) in 876 aa overlap (1-876:1-876)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MELITILEKTVSPDRLELEAAQKFLERAAVENLPTFLVELSRVLANPGNSQVARVAAGLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MELITILEKTVSPDRLELEAAQKFLERAAVENLPTFLVELSRVLANPGNSQVARVAAGLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 IKNSLTSKDPDIKAQYQQRWLAIDANARREVKNYVLQTLGTETYRPSSASQCVAGIACAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 IKNSLTSKDPDIKAQYQQRWLAIDANARREVKNYVLQTLGTETYRPSSASQCVAGIACAE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 IPVNQWPELIPQLVANVTNPNSTEHMKESTLEAIGYICQDIDPEQLQDKSNEILTAIIQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 IPVNQWPELIPQLVANVTNPNSTEHMKESTLEAIGYICQDIDPEQLQDKSNEILTAIIQG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 MRKEEPSNNVKLAATNALLNSLEFTKANFDKESERHFIMQVVCEATQCPDTRVRVAALQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MRKEEPSNNVKLAATNALLNSLEFTKANFDKESERHFIMQVVCEATQCPDTRVRVAALQN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LVKIMSLYYQYMETYMGPALFAITIEAMKSDIDEVALQGIEFWSNVCDEEMDLAIEASEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LVKIMSLYYQYMETYMGPALFAITIEAMKSDIDEVALQGIEFWSNVCDEEMDLAIEASEA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 AEQGRPPEHTSKFYAKGALQYLVPILTQTLTKQDENDDDDDWNPCKAAGVCLMLLATCCE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AEQGRPPEHTSKFYAKGALQYLVPILTQTLTKQDENDDDDDWNPCKAAGVCLMLLATCCE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 DDIVPHVLPFIKEHIKNPDWRYRDAAVMAFGCILEGPEPSQLKPLVIQAMPTLIELMKDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DDIVPHVLPFIKEHIKNPDWRYRDAAVMAFGCILEGPEPSQLKPLVIQAMPTLIELMKDP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 SVVVRDTAAWTVGRICELLPEAAINDVYLAPLLQCLIEGLSAEPRVASNVCWAFSSLAEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SVVVRDTAAWTVGRICELLPEAAINDVYLAPLLQCLIEGLSAEPRVASNVCWAFSSLAEA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 AYEAADVADDQEEPATYCLSSSFELIVQKLLETTDRPDGHQNNLRSSAYESLMEIVKNSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AYEAADVADDQEEPATYCLSSSFELIVQKLLETTDRPDGHQNNLRSSAYESLMEIVKNSA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 KDCYPAVQKTTLVIMERLQQVLQMESHIQSTSDRIQFNDLQSLLCATLQNVLRKVQHQDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KDCYPAVQKTTLVIMERLQQVLQMESHIQSTSDRIQFNDLQSLLCATLQNVLRKVQHQDA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 LQISDVVMASLLRMFQSTAGSGGVQEDALMAVSTLVEVLGGEFLKYMEAFKPFLGIGLKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LQISDVVMASLLRMFQSTAGSGGVQEDALMAVSTLVEVLGGEFLKYMEAFKPFLGIGLKN
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 YAEYQVCLAAVGLVGDLCRALQSNIIPFCDEVMQLLLENLGNENVHRSVKPQILSVFGDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 YAEYQVCLAAVGLVGDLCRALQSNIIPFCDEVMQLLLENLGNENVHRSVKPQILSVFGDI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 ALAIGGEFKKYLEVVLNTLQQASQAQVDKSDYDMVDYLNELRESCLEAYTGIVQGLKGDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ALAIGGEFKKYLEVVLNTLQQASQAQVDKSDYDMVDYLNELRESCLEAYTGIVQGLKGDQ
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 ENVHPDVMLVQPRVEFILSFIDHIAGDEDHTDGVVACAAGLIGDLCTAFGKDVLKLVEAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ENVHPDVMLVQPRVEFILSFIDHIAGDEDHTDGVVACAAGLIGDLCTAFGKDVLKLVEAR
790 800 810 820 830 840
850 860 870
pF1KB3 PMIHELLTEGRRSKTNKAKTLATWATKELRKLKNQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PMIHELLTEGRRSKTNKAKTLATWATKELRKLKNQA
850 860 870
>>CCDS62228.1 KPNB1 gene_id:3837|Hs108|chr17 (731 aa)
initn: 4787 init1: 4787 opt: 4787 Z-score: 6056.8 bits: 1131.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4787; 100.0% identity (100.0% similar) in 731 aa overlap (146-876:1-731)
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 IACAEIPVNQWPELIPQLVANVTNPNSTEHMKESTLEAIGYICQDIDPEQLQDKSNEILT
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 MKESTLEAIGYICQDIDPEQLQDKSNEILT
10 20 30
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 AIIQGMRKEEPSNNVKLAATNALLNSLEFTKANFDKESERHFIMQVVCEATQCPDTRVRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 AIIQGMRKEEPSNNVKLAATNALLNSLEFTKANFDKESERHFIMQVVCEATQCPDTRVRV
40 50 60 70 80 90
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 AALQNLVKIMSLYYQYMETYMGPALFAITIEAMKSDIDEVALQGIEFWSNVCDEEMDLAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 AALQNLVKIMSLYYQYMETYMGPALFAITIEAMKSDIDEVALQGIEFWSNVCDEEMDLAI
100 110 120 130 140 150
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 EASEAAEQGRPPEHTSKFYAKGALQYLVPILTQTLTKQDENDDDDDWNPCKAAGVCLMLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 EASEAAEQGRPPEHTSKFYAKGALQYLVPILTQTLTKQDENDDDDDWNPCKAAGVCLMLL
160 170 180 190 200 210
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 ATCCEDDIVPHVLPFIKEHIKNPDWRYRDAAVMAFGCILEGPEPSQLKPLVIQAMPTLIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 ATCCEDDIVPHVLPFIKEHIKNPDWRYRDAAVMAFGCILEGPEPSQLKPLVIQAMPTLIE
220 230 240 250 260 270
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 LMKDPSVVVRDTAAWTVGRICELLPEAAINDVYLAPLLQCLIEGLSAEPRVASNVCWAFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 LMKDPSVVVRDTAAWTVGRICELLPEAAINDVYLAPLLQCLIEGLSAEPRVASNVCWAFS
280 290 300 310 320 330
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 SLAEAAYEAADVADDQEEPATYCLSSSFELIVQKLLETTDRPDGHQNNLRSSAYESLMEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 SLAEAAYEAADVADDQEEPATYCLSSSFELIVQKLLETTDRPDGHQNNLRSSAYESLMEI
340 350 360 370 380 390
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 VKNSAKDCYPAVQKTTLVIMERLQQVLQMESHIQSTSDRIQFNDLQSLLCATLQNVLRKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 VKNSAKDCYPAVQKTTLVIMERLQQVLQMESHIQSTSDRIQFNDLQSLLCATLQNVLRKV
400 410 420 430 440 450
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 QHQDALQISDVVMASLLRMFQSTAGSGGVQEDALMAVSTLVEVLGGEFLKYMEAFKPFLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 QHQDALQISDVVMASLLRMFQSTAGSGGVQEDALMAVSTLVEVLGGEFLKYMEAFKPFLG
460 470 480 490 500 510
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 IGLKNYAEYQVCLAAVGLVGDLCRALQSNIIPFCDEVMQLLLENLGNENVHRSVKPQILS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 IGLKNYAEYQVCLAAVGLVGDLCRALQSNIIPFCDEVMQLLLENLGNENVHRSVKPQILS
520 530 540 550 560 570
720 730 740 750 760 770
pF1KB3 VFGDIALAIGGEFKKYLEVVLNTLQQASQAQVDKSDYDMVDYLNELRESCLEAYTGIVQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 VFGDIALAIGGEFKKYLEVVLNTLQQASQAQVDKSDYDMVDYLNELRESCLEAYTGIVQG
580 590 600 610 620 630
780 790 800 810 820 830
pF1KB3 LKGDQENVHPDVMLVQPRVEFILSFIDHIAGDEDHTDGVVACAAGLIGDLCTAFGKDVLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 LKGDQENVHPDVMLVQPRVEFILSFIDHIAGDEDHTDGVVACAAGLIGDLCTAFGKDVLK
640 650 660 670 680 690
840 850 860 870
pF1KB3 LVEARPMIHELLTEGRRSKTNKAKTLATWATKELRKLKNQA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 LVEARPMIHELLTEGRRSKTNKAKTLATWATKELRKLKNQA
700 710 720 730
>>CCDS4016.1 TNPO1 gene_id:3842|Hs108|chr5 (890 aa)
initn: 245 init1: 168 opt: 310 Z-score: 382.1 bits: 81.9 E(32554): 5.8e-15
Smith-Waterman score: 456; 22.6% identity (52.1% similar) in 800 aa overlap (2-739:14-754)
10 20 30 40
pF1KB3 MELITILEKTVSPDRLELEAAQKFLERAAVENLPTFLVELSRVLAN-P
... .:... ::: ...:. ::. ... : : : ::..
CCDS40 MEYEWKPDEQGLQQILQLLKESQSPDTTIQRTVQQKLEQ--LNQYPDFNNYLIFVLTKLK
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 GNSQVARVAAGLQIKNSLTSKDPDIKAQYQQRWLAIDANARREVKNYVLQTLGTETYRPS
.... .: .:: .:: ..::..:. . .. .:. :...: .
CCDS40 SEDEPTRSLSGLILKN-------NVKAHFQN----FPNGVTDFIKSECLNNIGDSSPLIR
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 SASQCVAGIACAEIPVNQWPELIPQLVANVTNPNSTEHMKESTLEAIGYICQD----IDP
.. . .. ...::.:.:.: . . . . . :... :. ::.: .:
CCDS40 ATVGILITTIASKGELQNWPDLLPKLCSLLDSEDY--NTCEGAFGALQKICEDSAEILDS
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200
pF1KB3 EQLQDKSNEILTAIIQGMRKEEPS---------NNVKLAATNALLNSLE-FTKANF----
. :. : .. ..: ... :. :. .. :.::. .. : . :
CCDS40 DVLDRPLNIMIPKFLQFFKHSSPKIRSHAVACVNQFIISRTQALMLHIDSFIENLFALAG
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250
pF1KB3 DKESERHFIMQVVCEA-TQCPDTRVR--VAALQNLVKIMSLYYQYMETYMG---------
:.: : . . ::.: .. ..:. . ..:.:. : : .. ..
CCDS40 DEEPE---VRKNVCRALVMLLEVRMDRLLPHMHNIVEYMLQRTQDQDENVALEACEFWLT
230 240 250 260 270 280
260 270 280 290 300
pF1KB3 ---------------PALFAITIEAMK-SDIDEVALQGIEFWSNVCDEEMDLAIEASEAA
: :. . ...:: :::: . :.: : : : .: ::
CCDS40 LAEQPICKDVLVRHLPKLIPVLVNGMKYSDIDIILLKG--------DVEEDETIPDSE--
290 300 310 320 330
310 320 330 340 350
pF1KB3 EQGRPPEHTSKFYAKGALQYLVPILTQTLTKQDENDDDD---DWNPCKAAGVCLMLLATC
.. :: : :. :. :. . . .:: :::: ::: : ... : .::.
CCDS40 QDIRPRFHRSRTVAQ---QHDEDGIEEEDDDDDEIDDDDTISDWNLRKCSAAALDVLANV
340 350 360 370 380
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 CEDDIVPHVLPFIKEHIKNPDWRYRDAAVMAFGCILEGPEPSQLKPLVIQAMPTLIELMK
.:...::.::..:: . . .: ........: : :: ... : . . .: ::. ..
CCDS40 YRDELLPHILPLLKELLFHHEWVVKESGILVLGAIAEGCMQGMI-PYLPELIPHLIQCLS
390 400 410 420 430 440
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 DPSVVVRDTAAWTVGRICELLPEAAINDVYLAPLLQCLIEG-LSAEPRVASNVCWAFSSL
: ...::. . ::..: . . . :.:: ::. :.. :... :: .: ::..:
CCDS40 DKKALVRSITCWTLSRYAHWVV-SQPPDTYLKPLMTELLKRILDSNKRVQEAACSAFATL
450 460 470 480 490 500
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 AEAA-YEAADVADDQEEPATYCLSSSFE---LIVQKLLETTDRPDGHQNNLRSSAYESLM
: : : . . .. .:. . ::. . : ::. : . . ::
CCDS40 EEEACTELVPYLAYILDTLVFAFSKYQHKNLLILYDAIGTLADSVGHHLN-KPEYIQMLM
510 520 530 540 550 560
540 550 560 570 580
pF1KB3 -------EIVKNSAKDCYPAVQKTTLVIMERLQQVLQMESHIQSTSDRIQFNDLQSLLCA
...:. :: .: .. . : . : . . . : .:. :
CCDS40 PPLIQKWNMLKDEDKDLFPLLECLSSVATALQSGFLPYCEPVYQRC----VNLVQKTLAQ
570 580 590 600 610 620
590 600 610 620 630 640
pF1KB3 TLQNVLRKVQHQDALQISDVVMASLLRMFQSTAGSGGVQEDALMAVSTLVEVLGGEFLKY
.. : . :.. . : ....: . . : :: :. :.: :... .. .
CCDS40 AMLNNAQPDQYEAPDK--DFMIVALDLLSGLAEGLGGNIEQ-LVARSNILTLM----YQC
630 640 650 660 670
650 660 670 680 690 700
pF1KB3 MEAFKPFLGIGLKNYAEYQVCLAAVGLVGDLCRALQSNIIPFCDEVMQLLLENLGNENVH
:. : .: .. .:.::: .: ... : . : .: ::. : .
CCDS40 MQDKMP------------EVRQSSFALLGDLTKACFQHVKPCIADFMPILGTNLNPEFI-
680 690 700 710 720
710 720 730 740 750 760
pF1KB3 RSVKPQILSVFGDIALAIGGEFKKYLEVVLNTLQQASQAQVDKSDYDMVDYLNELRESCL
:: . ..:.:.. .: :.. :. .::. :
CCDS40 -SVCNNATWAIGEISIQMGIEMQPYIPMVLHQLVEIINRPNTPKTLLENTAITIGRLGYV
730 740 750 760 770 780
770 780 790 800 810 820
pF1KB3 EAYTGIVQGLKGDQENVHPDVMLVQPRVEFILSFIDHIAGDEDHTDGVVACAAGLIGDLC
CCDS40 CPQEVAPMLQQFIRPWCTSLRNIRDNEEKDSAFRGICTMISVNPSGVIQDFIFFCDAVAS
790 800 810 820 830 840
>>CCDS43329.1 TNPO1 gene_id:3842|Hs108|chr5 (898 aa)
initn: 245 init1: 168 opt: 310 Z-score: 382.0 bits: 81.9 E(32554): 5.9e-15
Smith-Waterman score: 456; 22.6% identity (52.1% similar) in 800 aa overlap (2-739:22-762)
10 20 30 40
pF1KB3 MELITILEKTVSPDRLELEAAQKFLERAAVENLPTFLVEL
... .:... ::: ...:. ::. ... : : :
CCDS43 MVWDRQTKMEYEWKPDEQGLQQILQLLKESQSPDTTIQRTVQQKLEQ--LNQYPDFNNYL
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90
pF1KB3 SRVLAN-PGNSQVARVAAGLQIKNSLTSKDPDIKAQYQQRWLAIDANARREVKNYVLQTL
::.. .... .: .:: .:: ..::..:. . .. .:. :...
CCDS43 IFVLTKLKSEDEPTRSLSGLILKN-------NVKAHFQN----FPNGVTDFIKSECLNNI
60 70 80 90 100
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 GTETYRPSSASQCVAGIACAEIPVNQWPELIPQLVANVTNPNSTEHMKESTLEAIGYICQ
: . .. . .. ...::.:.:.: . . . . . :... :. ::.
CCDS43 GDSSPLIRATVGILITTIASKGELQNWPDLLPKLCSLLDSEDY--NTCEGAFGALQKICE
110 120 130 140 150 160
160 170 180 190 200
pF1KB3 D----IDPEQLQDKSNEILTAIIQGMRKEEPS---------NNVKLAATNALLNSLE-FT
: .: . :. : .. ..: ... :. :. .. :.::. .. :
CCDS43 DSAEILDSDVLDRPLNIMIPKFLQFFKHSSPKIRSHAVACVNQFIISRTQALMLHIDSFI
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250
pF1KB3 KANF----DKESERHFIMQVVCEA-TQCPDTRVR--VAALQNLVKIMSLYYQYMETYMG-
. : :.: : . . ::.: .. ..:. . ..:.:. : : .. ..
CCDS43 ENLFALAGDEEPE---VRKNVCRALVMLLEVRMDRLLPHMHNIVEYMLQRTQDQDENVAL
230 240 250 260 270 280
260 270 280 290
pF1KB3 -----------------------PALFAITIEAMK-SDIDEVALQGIEFWSNVCDEEMDL
: :. . ...:: :::: . :.: : : :
CCDS43 EACEFWLTLAEQPICKDVLVRHLPKLIPVLVNGMKYSDIDIILLKG--------DVEEDE
290 300 310 320 330
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 AIEASEAAEQGRPPEHTSKFYAKGALQYLVPILTQTLTKQDENDDDD---DWNPCKAAGV
.: :: .. :: : :. :. :. . . .:: :::: ::: : ...
CCDS43 TIPDSE--QDIRPRFHRSRTVAQ---QHDEDGIEEEDDDDDEIDDDDTISDWNLRKCSAA
340 350 360 370 380
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 CLMLLATCCEDDIVPHVLPFIKEHIKNPDWRYRDAAVMAFGCILEGPEPSQLKPLVIQAM
: .::. .:...::.::..:: . . .: ........: : :: ... : . . .
CCDS43 ALDVLANVYRDELLPHILPLLKELLFHHEWVVKESGILVLGAIAEGCMQGMI-PYLPELI
390 400 410 420 430 440
420 430 440 450 460
pF1KB3 PTLIELMKDPSVVVRDTAAWTVGRICELLPEAAINDVYLAPLLQCLIEG-LSAEPRVASN
: ::. ..: ...::. . ::..: . . . :.:: ::. :.. :... ::
CCDS43 PHLIQCLSDKKALVRSITCWTLSRYAHWVV-SQPPDTYLKPLMTELLKRILDSNKRVQEA
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470 480 490 500 510 520
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