Result of FASTA (omim) for
pF1KB3311
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3311, 626 aa
1>>>pF1KB3311 626 - 626 aa - 626 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.4370+/-0.000408; mu= -7.3132+/- 0.025
mean_var=437.7982+/-90.347, 0's: 0 Z-trim(123.4): 390 B-trim: 400 in 1/61
Lambda= 0.061297
statistics sampled from 42691 (43128) to 42691 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.787), E-opt: 0.2 (0.506), width: 16
Scan time: 11.190
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_008912 (OMIM: 600542,612237) nuclear receptor s ( 626) 4298 394.6 5.4e-109
XP_016870651 (OMIM: 600542,612237) PREDICTED: nucl ( 626) 4298 394.6 5.4e-109
NP_775292 (OMIM: 600542,612237) nuclear receptor s ( 637) 4298 394.6 5.5e-109
NP_775291 (OMIM: 600542,612237) nuclear receptor s ( 443) 2942 274.5 5.3e-73
XP_005246679 (OMIM: 168600,601828) PREDICTED: nucl ( 535) 1830 176.3 2.4e-43
NP_006177 (OMIM: 168600,601828) nuclear receptor s ( 598) 1830 176.3 2.6e-43
XP_016859708 (OMIM: 168600,601828) PREDICTED: nucl ( 598) 1830 176.3 2.6e-43
XP_005246678 (OMIM: 168600,601828) PREDICTED: nucl ( 609) 1830 176.4 2.7e-43
XP_006719426 (OMIM: 139139) PREDICTED: nuclear rec ( 598) 1545 151.1 1e-35
XP_006719427 (OMIM: 139139) PREDICTED: nuclear rec ( 598) 1545 151.1 1e-35
XP_005268881 (OMIM: 139139) PREDICTED: nuclear rec ( 598) 1545 151.1 1e-35
NP_775180 (OMIM: 139139) nuclear receptor subfamil ( 598) 1545 151.1 1e-35
NP_002126 (OMIM: 139139) nuclear receptor subfamil ( 598) 1545 151.1 1e-35
XP_016874736 (OMIM: 139139) PREDICTED: nuclear rec ( 602) 1545 151.1 1e-35
NP_001189162 (OMIM: 139139) nuclear receptor subfa ( 611) 1545 151.1 1e-35
NP_001189163 (OMIM: 139139) nuclear receptor subfa ( 652) 1545 151.2 1.1e-35
XP_005268879 (OMIM: 139139) PREDICTED: nuclear rec ( 670) 1545 151.2 1.1e-35
XP_011509548 (OMIM: 168600,601828) PREDICTED: nucl ( 564) 1210 121.5 8.1e-27
XP_016859709 (OMIM: 168600,601828) PREDICTED: nucl ( 573) 822 87.2 1.7e-16
XP_006712616 (OMIM: 168600,601828) PREDICTED: nucl ( 584) 822 87.2 1.8e-16
NP_001277145 (OMIM: 180220,615524) retinoic acid r ( 455) 680 74.5 8.9e-13
NP_000955 (OMIM: 180240,612376) retinoic acid rece ( 462) 680 74.5 9e-13
XP_005257610 (OMIM: 180240,612376) PREDICTED: reti ( 462) 680 74.5 9e-13
XP_011523397 (OMIM: 180240,612376) PREDICTED: reti ( 462) 680 74.5 9e-13
NP_001138773 (OMIM: 180240,612376) retinoic acid r ( 462) 680 74.5 9e-13
XP_005257611 (OMIM: 180240,612376) PREDICTED: reti ( 462) 680 74.5 9e-13
NP_001277229 (OMIM: 180220,615524) retinoic acid r ( 405) 673 73.9 1.3e-12
NP_001019980 (OMIM: 180240,612376) retinoic acid r ( 457) 674 74.0 1.3e-12
XP_011523398 (OMIM: 180240,612376) PREDICTED: reti ( 404) 672 73.8 1.3e-12
XP_005257609 (OMIM: 180240,612376) PREDICTED: reti ( 478) 669 73.6 1.8e-12
NP_001277195 (OMIM: 180220,615524) retinoic acid r ( 399) 663 73.0 2.3e-12
NP_000956 (OMIM: 180220,615524) retinoic acid rece ( 448) 663 73.0 2.5e-12
NP_001036193 (OMIM: 180190) retinoic acid receptor ( 443) 657 72.5 3.6e-12
NP_000957 (OMIM: 180190) retinoic acid receptor ga ( 454) 654 72.2 4.4e-12
NP_001230659 (OMIM: 180190) retinoic acid receptor ( 382) 644 71.3 7.2e-12
XP_016856130 (OMIM: 602969) PREDICTED: estrogen-re ( 435) 643 71.2 8.4e-12
NP_001230438 (OMIM: 602969) estrogen-related recep ( 435) 643 71.2 8.4e-12
NP_001127757 (OMIM: 602969) estrogen-related recep ( 435) 643 71.2 8.4e-12
NP_001230444 (OMIM: 602969) estrogen-related recep ( 435) 643 71.2 8.4e-12
XP_016856128 (OMIM: 602969) PREDICTED: estrogen-re ( 435) 643 71.2 8.4e-12
XP_016856127 (OMIM: 602969) PREDICTED: estrogen-re ( 435) 643 71.2 8.4e-12
XP_016856132 (OMIM: 602969) PREDICTED: estrogen-re ( 435) 643 71.2 8.4e-12
XP_016856131 (OMIM: 602969) PREDICTED: estrogen-re ( 435) 643 71.2 8.4e-12
XP_016856137 (OMIM: 602969) PREDICTED: estrogen-re ( 435) 643 71.2 8.4e-12
NP_996318 (OMIM: 602969) estrogen-related receptor ( 435) 643 71.2 8.4e-12
NP_001230439 (OMIM: 602969) estrogen-related recep ( 435) 643 71.2 8.4e-12
NP_001230443 (OMIM: 602969) estrogen-related recep ( 435) 643 71.2 8.4e-12
NP_996317 (OMIM: 602969) estrogen-related receptor ( 435) 643 71.2 8.4e-12
NP_001230440 (OMIM: 602969) estrogen-related recep ( 435) 643 71.2 8.4e-12
NP_001230448 (OMIM: 602969) estrogen-related recep ( 435) 643 71.2 8.4e-12
>>NP_008912 (OMIM: 600542,612237) nuclear receptor subfa (626 aa)
initn: 4298 init1: 4298 opt: 4298 Z-score: 2077.8 bits: 394.6 E(85289): 5.4e-109
Smith-Waterman score: 4298; 99.8% identity (100.0% similar) in 626 aa overlap (1-626:1-626)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MPCVQAQYSPSPPGSSYAAQTYSSEYTTEIMNPDYTKLTMDLGSTEITATATTSLPSIST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 MPCVQAQYSPSPPGSSYAAQTYSSEYTTEIMNPDYTKLTMDLGSTEITATATTSLPSIST
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 FVEGYSSNYELKPSCVYQMQRPLIKVEEGRAPSYHHHHHHHHHHHHHHQQQHQQPSIPPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 FVEGYSSNYELKPSCVYQMQRPLIKVEEGRAPSYHHHHHHHHHHHHHHQQQHQQPSIPPA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 SSPEDEVLPSTSMYFKQSPPSTPTTPAFPPQAGALWDEALPSAPGCIAPGPLLDPPMKAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 SSPEDEVLPSTSMYFKQSPPSTPTTPAFPPQAGALWDEALPSAPGCIAPGPLLDPPMKAV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 PTVAGARFPLFHFKPSPPHPPAPSPAGGHHLGYDPTAAAALSLPLGAAAAAGSQAAALEG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
NP_008 PTVAGARFPLFHFKPSPPHPPAPSPAGGHHLGYDPTAAAALSLPLGAAAAAGSQAAALES
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 HPYGLPLAKRAAPLAFPPLGLTPSPTASSLLGESPSLPSPPSRSSSSGEGTCAVCGDNAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 HPYGLPLAKRAAPLAFPPLGLTPSPTASSLLGESPSLPSPPSRSSSSGEGTCAVCGDNAA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 CQHYGVRTCEGCKGFFKRTVQKNAKYVCLANKNCPVDKRRRNRCQYCRFQKCLSVGMVKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 CQHYGVRTCEGCKGFFKRTVQKNAKYVCLANKNCPVDKRRRNRCQYCRFQKCLSVGMVKE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 VVRTDSLKGRRGRLPSKPKSPLQQEPSQPSPPSPPICMMNALVRALTDSTPRDLDYSRYC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 VVRTDSLKGRRGRLPSKPKSPLQQEPSQPSPPSPPICMMNALVRALTDSTPRDLDYSRYC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 PTDQAAAGTDAEHVQQFYNLLTASIDVSRSWAEKIPGFTDLPKEDQTLLIESAFLELFVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 PTDQAAAGTDAEHVQQFYNLLTASIDVSRSWAEKIPGFTDLPKEDQTLLIESAFLELFVL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 RLSIRSNTAEDKFVFCNGLVLHRLQCLRGFGEWLDSIKDFSLNLQSLNLDIQALACLSAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 RLSIRSNTAEDKFVFCNGLVLHRLQCLRGFGEWLDSIKDFSLNLQSLNLDIQALACLSAL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 SMITERHGLKEPKRVEELCNKITSSLKDHQSKGQALEPTESKVLGALVELRKICTLGLQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 SMITERHGLKEPKRVEELCNKITSSLKDHQSKGQALEPTESKVLGALVELRKICTLGLQR
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KB3 IFYLKLEDLVSPPSIIDKLFLDTLPF
::::::::::::::::::::::::::
NP_008 IFYLKLEDLVSPPSIIDKLFLDTLPF
610 620
>>XP_016870651 (OMIM: 600542,612237) PREDICTED: nuclear (626 aa)
initn: 4298 init1: 4298 opt: 4298 Z-score: 2077.8 bits: 394.6 E(85289): 5.4e-109
Smith-Waterman score: 4298; 99.8% identity (100.0% similar) in 626 aa overlap (1-626:1-626)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MPCVQAQYSPSPPGSSYAAQTYSSEYTTEIMNPDYTKLTMDLGSTEITATATTSLPSIST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MPCVQAQYSPSPPGSSYAAQTYSSEYTTEIMNPDYTKLTMDLGSTEITATATTSLPSIST
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 FVEGYSSNYELKPSCVYQMQRPLIKVEEGRAPSYHHHHHHHHHHHHHHQQQHQQPSIPPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FVEGYSSNYELKPSCVYQMQRPLIKVEEGRAPSYHHHHHHHHHHHHHHQQQHQQPSIPPA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 SSPEDEVLPSTSMYFKQSPPSTPTTPAFPPQAGALWDEALPSAPGCIAPGPLLDPPMKAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SSPEDEVLPSTSMYFKQSPPSTPTTPAFPPQAGALWDEALPSAPGCIAPGPLLDPPMKAV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 PTVAGARFPLFHFKPSPPHPPAPSPAGGHHLGYDPTAAAALSLPLGAAAAAGSQAAALEG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
XP_016 PTVAGARFPLFHFKPSPPHPPAPSPAGGHHLGYDPTAAAALSLPLGAAAAAGSQAAALES
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 HPYGLPLAKRAAPLAFPPLGLTPSPTASSLLGESPSLPSPPSRSSSSGEGTCAVCGDNAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HPYGLPLAKRAAPLAFPPLGLTPSPTASSLLGESPSLPSPPSRSSSSGEGTCAVCGDNAA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 CQHYGVRTCEGCKGFFKRTVQKNAKYVCLANKNCPVDKRRRNRCQYCRFQKCLSVGMVKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CQHYGVRTCEGCKGFFKRTVQKNAKYVCLANKNCPVDKRRRNRCQYCRFQKCLSVGMVKE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 VVRTDSLKGRRGRLPSKPKSPLQQEPSQPSPPSPPICMMNALVRALTDSTPRDLDYSRYC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VVRTDSLKGRRGRLPSKPKSPLQQEPSQPSPPSPPICMMNALVRALTDSTPRDLDYSRYC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 PTDQAAAGTDAEHVQQFYNLLTASIDVSRSWAEKIPGFTDLPKEDQTLLIESAFLELFVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PTDQAAAGTDAEHVQQFYNLLTASIDVSRSWAEKIPGFTDLPKEDQTLLIESAFLELFVL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 RLSIRSNTAEDKFVFCNGLVLHRLQCLRGFGEWLDSIKDFSLNLQSLNLDIQALACLSAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RLSIRSNTAEDKFVFCNGLVLHRLQCLRGFGEWLDSIKDFSLNLQSLNLDIQALACLSAL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 SMITERHGLKEPKRVEELCNKITSSLKDHQSKGQALEPTESKVLGALVELRKICTLGLQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SMITERHGLKEPKRVEELCNKITSSLKDHQSKGQALEPTESKVLGALVELRKICTLGLQR
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KB3 IFYLKLEDLVSPPSIIDKLFLDTLPF
::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IFYLKLEDLVSPPSIIDKLFLDTLPF
610 620
>>NP_775292 (OMIM: 600542,612237) nuclear receptor subfa (637 aa)
initn: 4298 init1: 4298 opt: 4298 Z-score: 2077.7 bits: 394.6 E(85289): 5.5e-109
Smith-Waterman score: 4298; 99.8% identity (100.0% similar) in 626 aa overlap (1-626:12-637)
10 20 30 40
pF1KB3 MPCVQAQYSPSPPGSSYAAQTYSSEYTTEIMNPDYTKLTMDLGSTEITA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 MHDSIRFGNVDMPCVQAQYSPSPPGSSYAAQTYSSEYTTEIMNPDYTKLTMDLGSTEITA
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 TATTSLPSISTFVEGYSSNYELKPSCVYQMQRPLIKVEEGRAPSYHHHHHHHHHHHHHHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 TATTSLPSISTFVEGYSSNYELKPSCVYQMQRPLIKVEEGRAPSYHHHHHHHHHHHHHHQ
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 QQHQQPSIPPASSPEDEVLPSTSMYFKQSPPSTPTTPAFPPQAGALWDEALPSAPGCIAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 QQHQQPSIPPASSPEDEVLPSTSMYFKQSPPSTPTTPAFPPQAGALWDEALPSAPGCIAP
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 GPLLDPPMKAVPTVAGARFPLFHFKPSPPHPPAPSPAGGHHLGYDPTAAAALSLPLGAAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 GPLLDPPMKAVPTVAGARFPLFHFKPSPPHPPAPSPAGGHHLGYDPTAAAALSLPLGAAA
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 AAGSQAAALEGHPYGLPLAKRAAPLAFPPLGLTPSPTASSLLGESPSLPSPPSRSSSSGE
::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 AAGSQAAALESHPYGLPLAKRAAPLAFPPLGLTPSPTASSLLGESPSLPSPPSRSSSSGE
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 GTCAVCGDNAACQHYGVRTCEGCKGFFKRTVQKNAKYVCLANKNCPVDKRRRNRCQYCRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 GTCAVCGDNAACQHYGVRTCEGCKGFFKRTVQKNAKYVCLANKNCPVDKRRRNRCQYCRF
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 QKCLSVGMVKEVVRTDSLKGRRGRLPSKPKSPLQQEPSQPSPPSPPICMMNALVRALTDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 QKCLSVGMVKEVVRTDSLKGRRGRLPSKPKSPLQQEPSQPSPPSPPICMMNALVRALTDS
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 TPRDLDYSRYCPTDQAAAGTDAEHVQQFYNLLTASIDVSRSWAEKIPGFTDLPKEDQTLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 TPRDLDYSRYCPTDQAAAGTDAEHVQQFYNLLTASIDVSRSWAEKIPGFTDLPKEDQTLL
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 IESAFLELFVLRLSIRSNTAEDKFVFCNGLVLHRLQCLRGFGEWLDSIKDFSLNLQSLNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 IESAFLELFVLRLSIRSNTAEDKFVFCNGLVLHRLQCLRGFGEWLDSIKDFSLNLQSLNL
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 DIQALACLSALSMITERHGLKEPKRVEELCNKITSSLKDHQSKGQALEPTESKVLGALVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 DIQALACLSALSMITERHGLKEPKRVEELCNKITSSLKDHQSKGQALEPTESKVLGALVE
550 560 570 580 590 600
590 600 610 620
pF1KB3 LRKICTLGLQRIFYLKLEDLVSPPSIIDKLFLDTLPF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 LRKICTLGLQRIFYLKLEDLVSPPSIIDKLFLDTLPF
610 620 630
>>NP_775291 (OMIM: 600542,612237) nuclear receptor subfa (443 aa)
initn: 2942 init1: 2942 opt: 2942 Z-score: 1431.6 bits: 274.5 E(85289): 5.3e-73
Smith-Waterman score: 2942; 99.8% identity (100.0% similar) in 418 aa overlap (1-418:1-418)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MPCVQAQYSPSPPGSSYAAQTYSSEYTTEIMNPDYTKLTMDLGSTEITATATTSLPSIST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 MPCVQAQYSPSPPGSSYAAQTYSSEYTTEIMNPDYTKLTMDLGSTEITATATTSLPSIST
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 FVEGYSSNYELKPSCVYQMQRPLIKVEEGRAPSYHHHHHHHHHHHHHHQQQHQQPSIPPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 FVEGYSSNYELKPSCVYQMQRPLIKVEEGRAPSYHHHHHHHHHHHHHHQQQHQQPSIPPA
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pF1KB3 SSPEDEVLPSTSMYFKQSPPSTPTTPAFPPQAGALWDEALPSAPGCIAPGPLLDPPMKAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 SSPEDEVLPSTSMYFKQSPPSTPTTPAFPPQAGALWDEALPSAPGCIAPGPLLDPPMKAV
130 140 150 160 170 180
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
NP_775 PTVAGARFPLFHFKPSPPHPPAPSPAGGHHLGYDPTAAAALSLPLGAAAAAGSQAAALES
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 HPYGLPLAKRAAPLAFPPLGLTPSPTASSLLGESPSLPSPPSRSSSSGEGTCAVCGDNAA
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NP_775 CQHYGVRTCEGCKGFFKRTVQKNAKYVCLANKNCPVDKRRRNRCQYCRFQKCLSVGMVKE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 VVRTDSLKGRRGRLPSKPKSPLQQEPSQPSPPSPPICMMNALVRALTDSTPRDLDYSRVS
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NP_775 FMISCFQMNDQGLYLWLLVIRVD
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...::..:..:: :.::: :. ::::
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. . .:..: : .:: : .:..: : :.:.: : : :::::
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.: : . .::. :.. . . . : . .:. :: :: ::: :. :
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.. .: . : .:.. : ::. . ..:. ...: .. : ..:: : .
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::.:: . ..::::::.: :.:: ::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:: :::::. ...::::: .::.: .:::::. . : .: :..:.::::.:::
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pF1KB3 ASIDVSRSWAEKIPGFTDLPKEDQTLLIESAFLELFVLRLSIRSNTAEDKFVFCNGLVLH
.:... :.::::::::.:::: :: ::.::::::::::::. ::: .: :..::::.:::
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pF1KB3 RLQCLRGFGEWLDSIKDFSLNLQSLNLDIQALACLSALSMITERHGLKEPKRVEELCNKI
::::.::::::.::: .:: :::..:.::.:..:..::.:.::::::::::::::: :::
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.. :::: . .: .:. ::.:: : ::: .:: :::::::::::::: ::.:::::
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:::::::
XP_005 FLDTLPF
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.:: : .:..: : :.:.: : : :::::.: : . .::. :.. . .
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pF1KB3 P--RDLDYSRYCPT-DQAAAGTDAEHVQQFYNLLTASIDVSRSWAEKIPGFTDLPKEDQT
: .:::::. . : .: :..:.::::.:::.:... :.::::::::.:::: ::
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::.::::::::::::. ::: .: :..::::.:::::::.::::::.::: .:: :::..
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pF1KB3 NLDIQALACLSALSMITERHGLKEPKRVEELCNKITSSLKDHQS--KGQALEPTE-SKVL
:.::.:..:..::.:.::::::::::::::: :::.. :::: . .: .:. ::.:
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NP_006 GKLPELRTLCTQGLQRIFYLKLEDLVPPPAIIDKLFLDTLPF
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pF1KB3 SISTFVEGYSSNYELKPSCVYQM----QRPLIKVEEGRAPSYHHHHHHHHHHHHHHQQQH
:.:::...::..:..:: :.::: :. ::::. . .:..: :
XP_016 SFSTFMDNYSTGYDVKPPCLYQMPLSGQQSSIKVEDIQMHNYQQHSH-------------
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pF1KB3 QQPSIPPASSPEDEVLP-STSMYFKQSPPSTPTTPAFPPQAGALWDEALPSAPGCIAPGP
.:: : .:..: : :.:.: : : :::::.: : . .::. :.. . .
XP_016 ----LPPQS---EEMMPHSGSVYYKPSSPPTPTTPGFQVQHSPMWDD--PGSLHNFHQNY
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. : . .:. :: :: ::: :. : .. .: . : .:.. :
XP_016 VATTHMIEQRKTPVSRLSLFSFKQSPPGTPVSS----CQMRFD----GPLHVPMNPEPA-
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::. . ..:. ...: .. : ..:: : . ::.:: . ..::::::.: :.::
XP_016 GSHHV-VDGQTFAVPNPIRKPASMGFPGLQIGH---ASQLL--DTQVPSPPSRGSPSNEG
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pF1KB3 KCLSVGMVKEVVRTDSLKGRRGRLPSKPKSPLQQEPSQPSPPSPPICMMNALVRALTDST
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XP_016 KCLAVGMVKEVVRTDSLKGRRGRLPSKPKSP--QEPS---PPSPPVSLISALVRAHVDSN
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pF1KB3 P--RDLDYSRYCPT-DQAAAGTDAEHVQQFYNLLTASIDVSRSWAEKIPGFTDLPKEDQT
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XP_016 PAMTSLDYSRFQANPDYQMSGDDTQHIQQFYDLLTGSMEIIRGWAEKIPGFADLPKADQD
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pF1KB3 LLIESAFLELFVLRLSIRSNTAEDKFVFCNGLVLHRLQCLRGFGEWLDSIKDFSLNLQSL
::.::::::::::::. ::: .: :..::::.:::::::.::::::.::: .:: :::..
XP_016 LLFESAFLELFVLRLAYRSNPVEGKLIFCNGVVLHRLQCVRGFGEWIDSIVEFSSNLQNM
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pF1KB3 NLDIQALACLSALSMITERHGLKEPKRVEELCNKITSSLKDHQS--KGQALEPTE-SKVL
:.::.:..:..::.:.::::::::::::::: :::.. :::: . .: .:. ::.:
XP_016 NIDISAFSCIAALAMVTERHGLKEPKRVEELQNKIVNCLKDHVTFNNGGLNRPNYLSKLL
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pF1KB3 GALVELRKICTLGLQRIFYLKLEDLVSPPSIIDKLFLDTLPF
: : ::: .:: :::::::::::::: ::.::::::::::::
XP_016 GKLPELRTLCTQGLQRIFYLKLEDLVPPPAIIDKLFLDTLPF
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>>XP_005246678 (OMIM: 168600,601828) PREDICTED: nuclear (609 aa)
initn: 1363 init1: 741 opt: 1830 Z-score: 898.4 bits: 176.4 E(85289): 2.7e-43
Smith-Waterman score: 2254; 56.7% identity (76.3% similar) in 642 aa overlap (1-626:12-609)
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pF1KB3 MPCVQAQYSPSPPGSSYAAQTYS----SEYTTEIMNPDYTKLTMDLGST
::::::::. :: :.: :.:.:: .::......:...:..::: .:
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pF1KB3 EITATATTSLPSISTFVEGYSSNYELKPSCVYQM----QRPLIKVEEGRAPSYHHHHHHH
::::: :::::.:::...::..:..:: :.::: :. ::::. . .:..: :
XP_005 EITAT--TSLPSFSTFMDNYSTGYDVKPPCLYQMPLSGQQSSIKVEDIQMHNYQQHSH--
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pF1KB3 HHHHHHHQQQHQQPSIPPASSPEDEVLP-STSMYFKQSPPSTPTTPAFPPQAGALWDEAL
.:: : .:..: : :.:.: : : :::::.: : . .::.
XP_005 ---------------LPPQS---EEMMPHSGSVYYKPSSPPTPTTPGFQVQHSPMWDD--
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:.. . . . : . .:. :: :: ::: :. : .. .: .
XP_005 PGSLHNFHQNYVATTHMIEQRKTPVSRLSLFSFKQSPPGTPVSS----CQMRFD----GP
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pF1KB3 LSLPLGAAAAAGSQAAALEGHPYGLPLA-KRAAPLAFPPLGLTPSPTASSLLGESPSLPS
: .:.. : ::. . ..:. ...: .. : ..:: : . ::.:: . ..::
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XP_005 PPSRGSPSNEGLCAVCGDNAACQHYGVRTCEGCKGFFKRTVQKNAKYVCLANKNCPVDKR
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XP_005 RRNRCQYCRFQKCLAVGMVKEVVRTDSLKGRRGRLPSKPKSP--QEPS---PPSPPVSLI
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.::::: .::.: .:::::. . : .: :..:.::::.:::.:... :.::::::
XP_005 SALVRAHVDSNPAMTSLDYSRFQANPDYQMSGDDTQHIQQFYDLLTGSMEIIRGWAEKIP
380 390 400 410 420 430
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pF1KB3 GFTDLPKEDQTLLIESAFLELFVLRLSIRSNTAEDKFVFCNGLVLHRLQCLRGFGEWLDS
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XP_005 GFADLPKADQDLLFESAFLELFVLRLAYRSNPVEGKLIFCNGVVLHRLQCVRGFGEWIDS
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pF1KB3 IKDFSLNLQSLNLDIQALACLSALSMITERHGLKEPKRVEELCNKITSSLKDHQS--KGQ
: .:: :::..:.::.:..:..::.:.::::::::::::::: :::.. :::: . .:
XP_005 IVEFSSNLQNMNIDISAFSCIAALAMVTERHGLKEPKRVEELQNKIVNCLKDHVTFNNGG
500 510 520 530 540 550
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pF1KB3 ALEPTE-SKVLGALVELRKICTLGLQRIFYLKLEDLVSPPSIIDKLFLDTLPF
.:. ::.:: : ::: .:: :::::::::::::: ::.::::::::::::
XP_005 LNRPNYLSKLLGKLPELRTLCTQGLQRIFYLKLEDLVPPPAIIDKLFLDTLPF
560 570 580 590 600
>>XP_006719426 (OMIM: 139139) PREDICTED: nuclear recepto (598 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KB3 MPCVQAQY-SPSP-PGSSYAAQTYSSEYTTEIMNPDYTKLTMDLGSTEITATATTSLPSI
:::.:::: .:.: :: .. ... ..:.. : ::::.: : . .: :.:::.
XP_006 MPCIQAQYGTPAPSPGPR-------DHLASDPLTPEFIKPTMDLASPEAAPAAPTALPSF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 STFVEGYSSNYELKPSCVYQMQ---RPLIKVEEGRAPSYHHHHHHHHHHHHHHQQQHQQP
:::..::..... . .::. .: .. . . . . .. .
XP_006 STFMDGYTGEFD---TFLYQLPGTVQPCSSASSSASSTSSSSATSPASASFKFEDFQVYG
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pF1KB3 SIP-PASSPEDEVLPSTSMYFKQSPPS--TPTTPAFPPQAGALWDEALPS-APGCIAPGP
: : :.: ::.: :.. . :: : .:.::.: : . :: .. .:. :
XP_006 CYPGPLSGPVDEALSSSGSDYYGSPCSAPSPSTPSFQPPQLSPWDGSFGHFSPSQTYEG-
120 130 140 150 160
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: . .: ..: : :. ::: :.:: :. .: .: :.
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60827320 residues in 85289 library sequences
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start: Thu Nov 3 12:47:35 2016 done: Thu Nov 3 12:47:36 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]