Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3307
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3307, 718 aa
1>>>pF1KB3307 718 - 718 aa - 718 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8184+/-0.00078; mu= 17.1779+/- 0.047
mean_var=67.1075+/-13.591, 0's: 0 Z-trim(107.7): 14 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.156563
statistics sampled from 9743 (9756) to 9743 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.669), E-opt: 0.2 (0.3), width: 16
Scan time: 3.970
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS952.1 TARS2 gene_id:80222|Hs108|chr1 ( 718) 4901 1116.0 0
CCDS60252.1 TARS2 gene_id:80222|Hs108|chr1 ( 588) 2609 598.3 1.1e-170
CCDS60251.1 TARS2 gene_id:80222|Hs108|chr1 ( 636) 2605 597.4 2.2e-170
CCDS3899.1 TARS gene_id:6897|Hs108|chr5 ( 723) 1416 328.9 1.7e-89
CCDS58943.1 TARS gene_id:6897|Hs108|chr5 ( 756) 1416 328.9 1.8e-89
CCDS10394.1 TARSL2 gene_id:123283|Hs108|chr15 ( 802) 1374 319.4 1.3e-86
>>CCDS952.1 TARS2 gene_id:80222|Hs108|chr1 (718 aa)
initn: 4901 init1: 4901 opt: 4901 Z-score: 5974.4 bits: 1116.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4901; 100.0% identity (100.0% similar) in 718 aa overlap (1-718:1-718)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MALYQRWRCLRLQGLQACRLHTAVVSTPPRWLAERLGLFEELWAAQVKRLASMAQKEPRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 MALYQRWRCLRLQGLQACRLHTAVVSTPPRWLAERLGLFEELWAAQVKRLASMAQKEPRT
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 IKISLPGGQKIDAVAWNTTPYQLARQISSTLADTAVAAQVNGEPYDLERPLETDSDLRFL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 TFDSPEGKAVFWHSSTHVLGAAAEQFLGAVLCRGPSTEYGFYHDFFLGKERTIRGSELPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 TFDSPEGKAVFWHSSTHVLGAAAEQFLGAVLCRGPSTEYGFYHDFFLGKERTIRGSELPV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 LERICQELTAAARPFRRLEASRDQLRQLFKDNPFKLHLIEEKVTGPTATVYGCGTLVDLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 LERICQELTAAARPFRRLEASRDQLRQLFKDNPFKLHLIEEKVTGPTATVYGCGTLVDLC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 QGPHLRHTGQIGGLKLLSNSSSLWRSSGAPETLQRVSGISFPTTELLRVWEAWREEAELR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 QGPHLRHTGQIGGLKLLSNSSSLWRSSGAPETLQRVSGISFPTTELLRVWEAWREEAELR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 DHRRIGKEQELFFFHELSPGSCFFLPRGTRVYNALVAFIRAEYAHRGFSEVKTPTLFSTK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 LWEQSGHWEHYQEDMFAVQPPGSDRPPSSQSDDSTRHITDTLALKPMNCPAHCLMFAHRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 LWEQSGHWEHYQEDMFAVQPPGSDRPPSSQSDDSTRHITDTLALKPMNCPAHCLMFAHRP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 RSWRELPLRLADFGALHRAEASGGLGGLTRLRCFQQDDAHIFCTTDQLEAEIQSCLDFLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 RSWRELPLRLADFGALHRAEASGGLGGLTRLRCFQQDDAHIFCTTDQLEAEIQSCLDFLR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 SVYAVLGFSFRLALSTRPSGFLGDPCLWDQAEQVLKQALKEFGEPWDLNSGDGAFYGPKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 SVYAVLGFSFRLALSTRPSGFLGDPCLWDQAEQVLKQALKEFGEPWDLNSGDGAFYGPKI
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 DVHLHDALGRPHQCGTIQLDFQLPLRFDLQYKGQAGALERPVLIHRAVLGSVERLLGVLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 DVHLHDALGRPHQCGTIQLDFQLPLRFDLQYKGQAGALERPVLIHRAVLGSVERLLGVLA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 ESCGGKWPLWLSPFQVVVIPVGSEQEEYAKEAQQSLRAAGLVSDLDADSGLTLSRRIRRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 ESCGGKWPLWLSPFQVVVIPVGSEQEEYAKEAQQSLRAAGLVSDLDADSGLTLSRRIRRA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710
pF1KB3 QLAHYNFQFVVGQKEQSKRTVNIRTRDNRRLGEWDLPEAVQRLVELQNTRVPNAEEIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 QLAHYNFQFVVGQKEQSKRTVNIRTRDNRRLGEWDLPEAVQRLVELQNTRVPNAEEIF
670 680 690 700 710
>>CCDS60252.1 TARS2 gene_id:80222|Hs108|chr1 (588 aa)
initn: 2609 init1: 2609 opt: 2609 Z-score: 3178.0 bits: 598.3 E(32554): 1.1e-170
Smith-Waterman score: 3741; 81.9% identity (81.9% similar) in 718 aa overlap (1-718:1-588)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MALYQRWRCLRLQGLQACRLHTAVVSTPPRWLAERLGLFEELWAAQVKRLASMAQKEPRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 MALYQRWRCLRLQGLQACRLHTAVVSTPPRWLAERLGLFEELWAAQVKRLASMAQKEPRT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 IKISLPGGQKIDAVAWNTTPYQLARQISSTLADTAVAAQVNGEPYDLERPLETDSDLRFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 IKISLPGGQKIDAVAWNTTPYQLARQISSTLADTAVAAQVNGEPYDLERPLETDSDLRFL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 TFDSPEGKAVFWHSSTHVLGAAAEQFLGAVLCRGPSTEYGFYHDFFLGKERTIRGSELPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 TFDSPEGKAVFWHSSTHVLGAAAEQFLGAVLCRGPSTEYGFYHDFFLGKERTIRGSELPV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 LERICQELTAAARPFRRLEASRDQLRQLFKDNPFKLHLIEEKVTGPTATVYGCGTLVDLC
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 LERICQELTAAARPFRRLEASRDQLRQLFK------------------------------
190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 QGPHLRHTGQIGGLKLLSNSSSLWRSSGAPETLQRVSGISFPTTELLRVWEAWREEAELR
CCDS60 ------------------------------------------------------------
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 DHRRIGKEQELFFFHELSPGSCFFLPRGTRVYNALVAFIRAEYAHRGFSEVKTPTLFSTK
::::::::::::::::::::
CCDS60 ----------------------------------------AEYAHRGFSEVKTPTLFSTK
220 230
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 LWEQSGHWEHYQEDMFAVQPPGSDRPPSSQSDDSTRHITDTLALKPMNCPAHCLMFAHRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 LWEQSGHWEHYQEDMFAVQPPGSDRPPSSQSDDSTRHITDTLALKPMNCPAHCLMFAHRP
240 250 260 270 280 290
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 RSWRELPLRLADFGALHRAEASGGLGGLTRLRCFQQDDAHIFCTTDQLEAEIQSCLDFLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 RSWRELPLRLADFGALHRAEASGGLGGLTRLRCFQQDDAHIFCTTDQLEAEIQSCLDFLR
300 310 320 330 340 350
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 SVYAVLGFSFRLALSTRPSGFLGDPCLWDQAEQVLKQALKEFGEPWDLNSGDGAFYGPKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 SVYAVLGFSFRLALSTRPSGFLGDPCLWDQAEQVLKQALKEFGEPWDLNSGDGAFYGPKI
360 370 380 390 400 410
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 DVHLHDALGRPHQCGTIQLDFQLPLRFDLQYKGQAGALERPVLIHRAVLGSVERLLGVLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 DVHLHDALGRPHQCGTIQLDFQLPLRFDLQYKGQAGALERPVLIHRAVLGSVERLLGVLA
420 430 440 450 460 470
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 ESCGGKWPLWLSPFQVVVIPVGSEQEEYAKEAQQSLRAAGLVSDLDADSGLTLSRRIRRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 ESCGGKWPLWLSPFQVVVIPVGSEQEEYAKEAQQSLRAAGLVSDLDADSGLTLSRRIRRA
480 490 500 510 520 530
670 680 690 700 710
pF1KB3 QLAHYNFQFVVGQKEQSKRTVNIRTRDNRRLGEWDLPEAVQRLVELQNTRVPNAEEIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 QLAHYNFQFVVGQKEQSKRTVNIRTRDNRRLGEWDLPEAVQRLVELQNTRVPNAEEIF
540 550 560 570 580
>>CCDS60251.1 TARS2 gene_id:80222|Hs108|chr1 (636 aa)
initn: 2605 init1: 2605 opt: 2605 Z-score: 3172.5 bits: 597.4 E(32554): 2.2e-170
Smith-Waterman score: 4169; 88.6% identity (88.6% similar) in 718 aa overlap (1-718:1-636)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MALYQRWRCLRLQGLQACRLHTAVVSTPPRWLAERLGLFEELWAAQVKRLASMAQKEPRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 MALYQRWRCLRLQGLQACRLHTAVVSTPPRWLAERLGLFEELWAAQVKRLASMAQKEPRT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 IKISLPGGQKIDAVAWNTTPYQLARQISSTLADTAVAAQVNGEPYDLERPLETDSDLRFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 IKISLPGGQKIDAVAWNTTPYQLARQISSTLADTAVAAQVNGEPYDLERPLETDSDLRFL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 TFDSPEGKAVFWHSSTHVLGAAAEQFLGAVLCRGPSTEYGFYHDFFLGKERTIRGSELPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 TFDSPEGKAVFWHSSTHVLGAAAEQFLGAVLCRGPSTEYGFYHDFFLGKERTIRGSELPV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 LERICQELTAAARPFRRLEASRDQLRQLFKDNPFKLHLIEEKVTGPTATVYGCGTLVDLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 LERICQELTAAARPFRRLEASRDQLRQLFKDNPFKLHLIEEKVTGPTATVYGCGTLVDLC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 QGPHLRHTGQIGGLKLLSNSSSLWRSSGAPETLQRVSGISFPTTELLRVWEAWREEAELR
::::::::::::::::::
CCDS60 QGPHLRHTGQIGGLKLLS------------------------------------------
250
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 DHRRIGKEQELFFFHELSPGSCFFLPRGTRVYNALVAFIRAEYAHRGFSEVKTPTLFSTK
::::::::::::::::::::
CCDS60 ----------------------------------------AEYAHRGFSEVKTPTLFSTK
260 270
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 LWEQSGHWEHYQEDMFAVQPPGSDRPPSSQSDDSTRHITDTLALKPMNCPAHCLMFAHRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 LWEQSGHWEHYQEDMFAVQPPGSDRPPSSQSDDSTRHITDTLALKPMNCPAHCLMFAHRP
280 290 300 310 320 330
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 RSWRELPLRLADFGALHRAEASGGLGGLTRLRCFQQDDAHIFCTTDQLEAEIQSCLDFLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 RSWRELPLRLADFGALHRAEASGGLGGLTRLRCFQQDDAHIFCTTDQLEAEIQSCLDFLR
340 350 360 370 380 390
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 SVYAVLGFSFRLALSTRPSGFLGDPCLWDQAEQVLKQALKEFGEPWDLNSGDGAFYGPKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 SVYAVLGFSFRLALSTRPSGFLGDPCLWDQAEQVLKQALKEFGEPWDLNSGDGAFYGPKI
400 410 420 430 440 450
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 DVHLHDALGRPHQCGTIQLDFQLPLRFDLQYKGQAGALERPVLIHRAVLGSVERLLGVLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 DVHLHDALGRPHQCGTIQLDFQLPLRFDLQYKGQAGALERPVLIHRAVLGSVERLLGVLA
460 470 480 490 500 510
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 ESCGGKWPLWLSPFQVVVIPVGSEQEEYAKEAQQSLRAAGLVSDLDADSGLTLSRRIRRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 ESCGGKWPLWLSPFQVVVIPVGSEQEEYAKEAQQSLRAAGLVSDLDADSGLTLSRRIRRA
520 530 540 550 560 570
670 680 690 700 710
pF1KB3 QLAHYNFQFVVGQKEQSKRTVNIRTRDNRRLGEWDLPEAVQRLVELQNTRVPNAEEIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 QLAHYNFQFVVGQKEQSKRTVNIRTRDNRRLGEWDLPEAVQRLVELQNTRVPNAEEIF
580 590 600 610 620 630
>>CCDS3899.1 TARS gene_id:6897|Hs108|chr5 (723 aa)
initn: 2658 init1: 919 opt: 1416 Z-score: 1720.2 bits: 328.9 E(32554): 1.7e-89
Smith-Waterman score: 2631; 54.1% identity (79.9% similar) in 691 aa overlap (29-718:51-723)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MALYQRWRCLRLQGLQACRLHTAVVSTPPRWLAERLGLFEELWAAQVKRLASMAQKEP
:... :: ... : : . . :: :.:.
CCDS38 GAGEEKQKEGGKKKNKEGSGDGGRAELNPWPEYIYTRLEMYNILKAEHDSILAEKAEKDS
30 40 50 60 70 80
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 RTIKISLPGGQKIDAVAWNTTPYQLARQISSTLADTAVAAQVNGEPYDLERPLETDSDLR
. ::..:: :...:: .:.:::::.: ::. :::..: :.::. .::.:::: : :.
CCDS38 KPIKVTLPDGKQVDAESWKTTPYQIACGISQGLADNTVIAKVNNVVWDLDRPLEEDCTLE
90 100 110 120 130 140
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 FLTFDSPEGKAVFWHSSTHVLGAAAEQFLGAVLCRGPSTEYGFYHDFFLGKERTIRGSEL
.: :.. :..::.::::.:..: : :. :. :: :: : :::.:..: .: . ....
CCDS38 LLKFEDEEAQAVYWHSSAHIMGEAMERVYGGCLCYGPPIENGFYYDMYL-EEGGVSSNDF
150 160 170 180 190
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 PVLERICQELTAAARPFRRLEASRDQLRQLFKDNPFKLHLIEEKVTGPTATVYGCGTLVD
:: .:... . :.:::.... : .:: : :: ....:::. ::.::: :: :.:
CCDS38 SSLEALCKKIIKEKQAFERLEVKKETLLAMFKYNKFKCRILNEKVNTPTTTVYRCGPLID
200 210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 LCQGPHLRHTGQIGGLKLLSNSSSLWRSSGAPETLQRVSGISFPTTELLRVWEAWREEAE
::.:::.::::.: .::. .:::. :.... :::::. ::::: ..:. :: ..:::.
CCDS38 LCRGPHVRHTGKIKALKIHKNSSTYWEGKADMETLQRIYGISFPDPKMLKEWEKFQEEAK
260 270 280 290 300 310
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 LRDHRRIGKEQELFFFHELSPGSCFFLPRGTRVYNALVAFIRAEYAHRGFSEVKTPTLFS
::::.::..:::.::::::::::::::.:. .::::. :::.:: .:::.:: ::..:.
CCDS38 NRDHRKIGRDQELYFFHELSPGSCFFLPKGAYIYNALIEFIRSEYRKRGFQEVVTPNIFN
320 330 340 350 360 370
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 TKLWEQSGHWEHYQEDMFAVQPPGSDRPPSSQSDDSTRHITDTLALKPMNCPAHCLMFAH
..:: ::::.::.:.::. . . .::::::::.::::: :
CCDS38 SRLWMTSGHWQHYSENMFSFEVE-----------------KELFALKPMNCPGHCLMFDH
380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 RPRSWRELPLRLADFGALHRAEASGGLGGLTRLRCFQQDDAHIFCTTDQLEAEIQSCLDF
::::::::::::::::.::: : ::.: ::::.: ::::::::::. .:.: ::..::::
CCDS38 RPRSWRELPLRLADFGVLHRNELSGALTGLTRVRRFQQDDAHIFCAMEQIEDEIKGCLDF
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 LRSVYAVLGFSFRLALSTRPSGFLGDPCLWDQAEQVLKQALKEFGEPWDLNSGDGAFYGP
::.::.:.::::.: ::::: :::: .:::::. :...:.:::: :.:::::::::::
CCDS38 LRTVYSVFGFSFKLNLSTRPEKFLGDIEVWDQAEKQLENSLNEFGEKWELNSGDGAFYGP
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 KIDVHLHDALGRPHQCGTIQLDFQLPLRFDLQYKGQAGA-LERPVLIHRAVLGSVERLLG
:::....::.:: :::.:::::::::.::.: : .. : .:::..:::.::::::...
CCDS38 KIDIQIKDAIGRYHQCATIQLDFQLPIRFNLTYVSHDGDDKKRPVIVHRAILGSVERMIA
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 VLAESCGGKWPLWLSPFQVVVIPVGSEQEEYAKEAQQSLRAAGLVSDLDADSGLTLSRRI
.:.:. :::::.:::: ::.:.::: .:::....:... : ...:.: : : ::...:
CCDS38 ILTENYGGKWPFWLSPRQVMVVPVGPTCDEYAQKVRQQFHDAKFMADIDLDPGCTLNKKI
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 RRAQLAHYNFQFVVGQKEQSKRTVNIRTRDNRRLGEWDLPEAVQRLVELQNTRVPNAEEI
: ::::.::: .:::.::. . :::::::::. :: . :...:: .:.. : .:::
CCDS38 RNAQLAQYNFILVVGEKEKISGTVNIRTRDNKVHGERTISETIERLQQLKEFRSKQAEEE
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 F
:
CCDS38 F
>>CCDS58943.1 TARS gene_id:6897|Hs108|chr5 (756 aa)
initn: 2639 init1: 919 opt: 1416 Z-score: 1719.9 bits: 328.9 E(32554): 1.8e-89
Smith-Waterman score: 2561; 51.8% identity (76.2% similar) in 724 aa overlap (29-718:51-756)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MALYQRWRCLRLQGLQACRLHTAVVSTPPRWLAERLGLFEELWAAQVKRLASMAQKEP
:... :: ... : : . . :: :.:.
CCDS58 GAGEEKQKEGGKKKNKEGSGDGGRAELNPWPEYIYTRLEMYNILKAEHDSILAEKAEKDS
30 40 50 60 70 80
60 70 80 90
pF1KB3 RTIKISLPGGQKIDAVAWNTTPYQLARQISST----------------------------
. ::..:: :...:: .:.:::::.: :: :
CCDS58 KPIKVTLPDGKQVDAESWKTTPYQIACGISHTASCKNLSSLASLLASVAIPSSGMPWPPL
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140
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:::..: :.::. .::.:::: : :..: :.. :..::.::::.:..: : :.
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