FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3287, 956 aa
1>>>pF1KB3287 956 - 956 aa - 956 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1384+/-0.000935; mu= 17.7080+/- 0.056
mean_var=83.6218+/-16.607, 0's: 0 Z-trim(107.2): 44 B-trim: 275 in 1/48
Lambda= 0.140254
statistics sampled from 9376 (9419) to 9376 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.647), E-opt: 0.2 (0.289), width: 16
Scan time: 3.450
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS43275.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4 ( 836) 1653 344.8 4.3e-94
CCDS3797.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4 ( 883) 1653 344.8 4.5e-94
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CCDS58987.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 916) 1629 339.9 1.3e-92
CCDS31236.1 GRID1 gene_id:2894|Hs108|chr10 (1009) 1046 222.0 4.7e-57
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CCDS12719.1 GRIN2D gene_id:2906|Hs108|chr19 (1336) 675 147.0 2.4e-34
CCDS32724.1 GRIN2C gene_id:2905|Hs108|chr17 (1233) 643 140.5 2e-32
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CCDS62330.1 GRIN2C gene_id:2905|Hs108|chr17 ( 873) 629 137.6 1e-31
CCDS32861.1 GRIN3B gene_id:116444|Hs108|chr19 (1043) 522 116.0 4e-25
CCDS6758.1 GRIN3A gene_id:116443|Hs108|chr9 (1115) 520 115.6 5.6e-25
CCDS68758.1 GRID2 gene_id:2895|Hs108|chr4 ( 912) 351 81.3 9.3e-15
CCDS3637.1 GRID2 gene_id:2895|Hs108|chr4 (1007) 351 81.3 1e-14
CCDS41707.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11 ( 433) 307 72.3 2.4e-12
>>CCDS8433.1 GRIK4 gene_id:2900|Hs108|chr11 (956 aa)
initn: 6382 init1: 6382 opt: 6382 Z-score: 6973.3 bits: 1301.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6382; 100.0% identity (100.0% similar) in 956 aa overlap (1-956:1-956)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MPRVSAPLVLLPAWLVMVACSPHSLRIAAILDDPMECSRGERLSITLAKNRINRAPERLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 MPRVSAPLVLLPAWLVMVACSPHSLRIAAILDDPMECSRGERLSITLAKNRINRAPERLG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 KAKVEVDIFELLRDSEYETAETMCQILPKGVVAVLGPSSSPASSSIISNICGEKEVPHFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 KAKVEVDIFELLRDSEYETAETMCQILPKGVVAVLGPSSSPASSSIISNICGEKEVPHFK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VAPEEFVKFQFQRFTTLNLHPSNTDISVAVAGILNFFNCTTACLICAKAECLLNLEKLLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 VAPEEFVKFQFQRFTTLNLHPSNTDISVAVAGILNFFNCTTACLICAKAECLLNLEKLLR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 QFLISKDTLSVRMLDDTRDPTPLLKEIRDDKTATIIIHANASMSHTILLKAAELGMVSAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 QFLISKDTLSVRMLDDTRDPTPLLKEIRDDKTATIIIHANASMSHTILLKAAELGMVSAY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 YTYIFTNLEFSLQRMDSLVDDRVNILGFSIFNQSHAFFQEFAQSLNQSWQENCDHVPFTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 YTYIFTNLEFSLQRMDSLVDDRVNILGFSIFNQSHAFFQEFAQSLNQSWQENCDHVPFTG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 PALSSALLFDAVYAVVTAVQELNRSQEIGVKPLSCGSAQIWQHGTSLMNYLRMVELEGLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 PALSSALLFDAVYAVVTAVQELNRSQEIGVKPLSCGSAQIWQHGTSLMNYLRMVELEGLT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 GHIEFNSKGQRSNYALKILQFTRNGFRQIGQWHVAEGLSMDSHLYASNISDTLFNTTLVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 GHIEFNSKGQRSNYALKILQFTRNGFRQIGQWHVAEGLSMDSHLYASNISDTLFNTTLVV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 TTILENPYLMLKGNHQEMEGNDRYEGFCVDMLKELAEILRFNYKIRLVGDGVYGVPEANG
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pF1KB3 TWTGMVGELIARKADLAVAGLTITAEREKVIDFSKPFMTLGISILYRVHMGRKPGYFSFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 TWTGMVGELIARKADLAVAGLTITAEREKVIDFSKPFMTLGISILYRVHMGRKPGYFSFL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 DPFSPGVWLFMLLAYLAVSCVLFLVARLTPYEWYSPHPCAQGRCNLLVNQYSLGNSLWFP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 VGGFMQQGSTIAPRALSTRCVSGVWWAFTLIIISSYTANLAAFLTVQRMDVPIESVDDLA
610 620 630 640 650 660
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pF1KB3 DQTAIEYGTIHGGSSMTFFQNSRYQTYQRMWNYMYSKQPSVFVKSTEEGIARVLNSNYAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 DQTAIEYGTIHGGSSMTFFQNSRYQTYQRMWNYMYSKQPSVFVKSTEEGIARVLNSNYAF
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pF1KB3 LLESTMNEYYRQRNCNLTQIGGLLDTKGYGIGMPVGSVFRDEFDLAILQLQENNRLEILK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 LLESTMNEYYRQRNCNLTQIGGLLDTKGYGIGMPVGSVFRDEFDLAILQLQENNRLEILK
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 RKWWEGGKCPKEEDHRAKGLGMENIGGIFVVLICGLIVAIFMAMLEFLWTLRHSEATEVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 RKWWEGGKCPKEEDHRAKGLGMENIGGIFVVLICGLIVAIFMAMLEFLWTLRHSEATEVS
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 VCQEMVTELRSIILCQDSIHPRRRRAAVPPPRPPIPEERRPRGTATLSNGKLCGAGEPDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 VCQEMVTELRSIILCQDSIHPRRRRAAVPPPRPPIPEERRPRGTATLSNGKLCGAGEPDQ
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950
pF1KB3 LAQRLAQEAALVARGCTHIRVCPECRRFQGLRARPSPARSEESLEWEKTTNSSEPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 LAQRLAQEAALVARGCTHIRVCPECRRFQGLRARPSPARSEESLEWEKTTNSSEPE
910 920 930 940 950
>>CCDS12595.1 GRIK5 gene_id:2901|Hs108|chr19 (980 aa)
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Smith-Waterman score: 4374; 69.5% identity (85.2% similar) in 957 aa overlap (1-938:1-949)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MPRVSAPLVLLPAWLVMVACSPH-----SLRIAAILDDPMECSRGERLSITLAKNRINRA
:: : :.:: :... :: :::.:::::: :.:::::...::...::
CCDS12 MP---AELLLL---LIVAFASPSCQVLSSLRMAAILDDQTVCGRGERLALALAREQINGI
10 20 30 40 50
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pF1KB3 PERLGKAKVEVDIFELLRDSEYETAETMCQILPKGVVAVLGPSSSPASSSIISNICGEKE
: .::.:::::::: :::.:::..:::::::::::.::::::::::.: .:.::::::
CCDS12 IEVPAKARVEVDIFELQRDSQYETTDTMCQILPKGVVSVLGPSSSPASASTVSHICGEKE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 VPHFKVAPEEFVKFQFQRFTTLNLHPSNTDISVAVAGILNFFNCTTACLICAKAECLLNL
.::.::.::: ..:. ::....:.::: :.:.::. ::. :: .: :::::::::: :
CCDS12 IPHIKVGPEETPRLQYLRFASVSLYPSNEDVSLAVSRILKSFNYPSASLICAKAECLLRL
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pF1KB3 EKLLRQFLISKDTLSVRMLDDTRDPTPLLKEIRDDKTATIIIHANASMSHTILLKAAELG
:.:.: :::::.:::::::::.::::::::::::::..:::: ::::.:: :: ::.:::
CCDS12 EELVRGFLISKETLSVRMLDDSRDPTPLLKEIRDDKVSTIIIDANASISHLILRKASELG
180 190 200 210 220 230
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pF1KB3 MVSAYYTYIFTNLEFSLQRMDSLVDDRVNILGFSIFNQSHAFFQEFAQSLNQSWQENCDH
:.::.: ::.:...: . ..:..:.: ::::::.:: :: :. ::..:::.::.:::.
CCDS12 MTSAFYKYILTTMDFPILHLDGIVEDSSNILGFSMFNTSHPFYPEFVRSLNMSWRENCEA
240 250 260 270 280 290
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pF1KB3 VPFTGPALSSALLFDAVYAVVTAVQELNRSQEIGVKPLSCGSAQIWQHGTSLMNYLRMVE
. :::::.::.::::..::.::.:::::::::::::.: ::.:: :::::::::::::
CCDS12 STYLGPALSAALMFDAVHVVVSAVRELNRSQEIGVKPLACTSANIWPHGTSLMNYLRMVE
300 310 320 330 340 350
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pF1KB3 LEGLTGHIEFNSKGQRSNYALKILQFTRNGFRQIGQWHVAEGLSMDSHLYASNISDTLFN
.::::..::::::::.::.:.::. .:.: :.:: :. . :.:.. :.:.:: :
CCDS12 YDGLTGRVEFNSKGQRTNYTLRILEKSRQGHREIGVWYSNRTLAMNATTLDINLSQTLAN
360 370 380 390 400 410
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pF1KB3 TTLVVTTILENPYLMLKGNHQEMEGNDRYEGFCVDMLKELAEILRFNYKIRLVGDGVYGV
::::::::::::.: . : : . ::.:.::::::::.::::.::: :..::: ::.::.
CCDS12 KTLVVTTILENPYVMRRPNFQALSGNERFEGFCVDMLRELAELLRFRYRLRLVEDGLYGA
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pF1KB3 PEANGTWTGMVGELIARKADLAVAGLTITAEREKVIDFSKPFMTLGISILYRVHMGRKPG
:: ::.::::::::: ::::::::..::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PEPNGSWTGMVGELINRKADLAVAAFTITAEREKVIDFSKPFMTLGISILYRVHMGRKPG
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pF1KB3 YFSFLDPFSPGVWLFMLLAYLAVSCVLFLVARLTPYEWYSPHPCAQGRCNLLVNQYSLGN
::::::::::.::::::::::::::::::.:::.:::::.:::: ..: ..: :::.:::
CCDS12 YFSFLDPFSPAVWLFMLLAYLAVSCVLFLAARLSPYEWYNPHPCLRARPHILENQYTLGN
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pF1KB3 SLWFPVGGFMQQGSTIAPRALSTRCVSGVWWAFTLIIISSYTANLAAFLTVQRMDVPIES
:::::::::::::: : :::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.::
CCDS12 SLWFPVGGFMQQGSEIMPRALSTRCVSGVWWAFTLIIISSYTANLAAFLTVQRMEVPVES
600 610 620 630 640 650
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pF1KB3 VDDLADQTAIEYGTIHGGSSMTFFQNSRYQTYQRMWNYMYSKQPSVFVKSTEEGIARVLN
.::::::: :::::::.::.::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
CCDS12 ADDLADQTNIEYGTIHAGSTMTFFQNSRYQTYQRMWNYMQSKQPSVFVKSTEEGIARVLN
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KB3 SNYAFLLESTMNEYYRQRNCNLTQIGGLLDTKGYGIGMPVGSVFRDEFDLAILQLQENNR
: ::::::::::::.:. :::::::::::::::::::::.:: ::::. :::::::::::
CCDS12 SRYAFLLESTMNEYHRRLNCNLTQIGGLLDTKGYGIGMPLGSPFRDEITLAILQLQENNR
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KB3 LEILKRKWWEGGKCPKEEDHRAKGLGMENIGGIFVVLICGLIVAIFMAMLEFLWTLRHS-
::::::::::::.:::::::::::::::::::::.:::::::.:.:.:..::.:. :.:
CCDS12 LEILKRKWWEGGRCPKEEDHRAKGLGMENIGGIFIVLICGLIIAVFVAVMEFIWSTRRSA
780 790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KB3 EATEVSVCQEMVTELRSIILCQDSIHPRRRRAAVPPPRPPIPEERRPRGTATLSNGKLCG
:. ::::::::. ::: . :. . . :::: : : . : :::::: .
CCDS12 ESEEVSVCQEMLQELRHAVSCRKTSRSRRRRRPGGPSRALLSL--RAVREMRLSNGKLYS
840 850 860 870 880 890
900 910 920 930 940
pF1KB3 AGEPDQLA------QRLAQEAA-------LVARGCTHIRVCPECRRFQGLRARPSPARSE
:: . . ::: .. . . :::.::: ::::.:.::: . :
CCDS12 AGAGGDAGSAHGGPQRLLDDPGPPSGARPAAPTPCTHVRVCQECRRIQALRASGAGAPPR
900 910 920 930 940 950
950
pF1KB3 ESLEWEKTTNSSEPE
CCDS12 GLGVPAEATSPPRPRPGPAGPRELAEHE
960 970 980
>>CCDS77305.1 GRIK5 gene_id:2901|Hs108|chr19 (981 aa)
initn: 4168 init1: 4168 opt: 4173 Z-score: 4557.5 bits: 854.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4181; 67.8% identity (84.5% similar) in 948 aa overlap (1-937:1-918)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MPRVSAPLVLLPAWLVMVACSPH-----SLRIAAILDDPMECSRGERLSITLAKNRINRA
:: : :.:: :... :: :::.:::::: :.:::::...::...::
CCDS77 MP---AELLLL---LIVAFASPSCQVLSSLRMAAILDDQTVCGRGERLALALAREQINGI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 PERLGKAKVEVDIFELLRDSEYETAETMCQILPKGVVAVLGPSSSPASSSIISNICGEKE
: .::.:::::::: :::.:::..:::::::::::.::::::::::.: .:.::::::
CCDS77 IEVPAKARVEVDIFELQRDSQYETTDTMCQILPKGVVSVLGPSSSPASASTVSHICGEKE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 VPHFKVAPEEFVKFQFQRFTTLNLHPSNTDISVAVAGILNFFNCTTACLICAKAECLLNL
.::.::.::: ..:. ::....:.::: :.:.::. ::. :: .: :::::::::: :
CCDS77 IPHIKVGPEETPRLQYLRFASVSLYPSNEDVSLAVSRILKSFNYPSASLICAKAECLLRL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 EKLLRQFLISKDTLSVRMLDDTRDPTPLLKEIRDDKTATIIIHANASMSHTILLKAAELG
:.:.: :::::.:::::::::.::::::::::::::..:::: ::::.:: :: ::.:::
CCDS77 EELVRGFLISKETLSVRMLDDSRDPTPLLKEIRDDKVSTIIIDANASISHLILRKASELG
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240 250 260 270 280 290
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CCDS77 STYLGPALSAALMFDAVHVVVSAVRELNRSQEIGVKPLACTSANIWPHGTSLMNYLRMVE
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CCDS77 YDGLTGRVEFNSKGQRTNYTLRILEKSRQGHREIGVWYSNRTLAMNATTLDINLSQTLAN
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CCDS77 KTLVVTTILENPYVMRRPNFQALSGNERFEGFCVDMLRELAELLRFRYRLRLVEDGLYGA
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:: ::.::::::::: ::::::::..::::::::::::::::::::::::::::::::::
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..: : : ..:.. . : :....: :. :..: .:::
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CCDS50 NPHPCNPDS-DVVENNFTLLNSFWFGVGALMQQGSELMPKALSTRIVGGIWWFFTLIIIS
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CCDS50 SSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTP
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pF1KB3 AKNRINRAPERLGKAKVEVDIFEL-LRDSEYETAETMCQILPKGVVAVLGPSSSPASSSI
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CCDS82 NPHPCNPDS-DVVENNFTLLNSFWFGVGALMQQGSELMPKALSTRIVGGIWWFFTLIIIS
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pF1KB3 SYTANLAAFLTVQRMDVPIESVDDLADQTAIEYGTIHGGSSMTFFQNSRYQTYQRMWNYM
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CCDS82 SYTANLAAFLTVERMESPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFM
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pF1KB3 YSKQPSVFVKSTEEGIARVLNSNYAFLLESTMNEYYRQRNCNLTQIGGLLDTKGYGIGMP
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CCDS82 SSRQQTALVRNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTP
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pF1KB3 VGSVFRDEFDLAILQLQENNRLEILKRKWWEGGKCPKEEDHRAKGLGMENIGGIFVVLIC
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CCDS82 IGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCPEEDNKEASALGVENIGGIFIVLAA
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pF1KB3 GLIVAIFMAMLEFLWTLRHSEATEVSVCQEMVTELRSIILCQDSIHPRRRRAAVPPPRPP
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CCDS82 GLVLSVFVAIGEFIYKSRKNNDIEQKGKSSRIRFYFRNKVRFHGRKKQSLGVEKCLSFNA
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