Result of FASTA (omim) for
pF1KB3158
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3158, 924 aa
1>>>pF1KB3158 924 - 924 aa - 924 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6191+/-0.000413; mu= 19.4914+/- 0.026
mean_var=78.8161+/-16.295, 0's: 0 Z-trim(111.2): 409 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.144466
statistics sampled from 19268 (19682) to 19268 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.587), E-opt: 0.2 (0.231), width: 16
Scan time: 13.340
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_073754 (OMIM: 614449) protocadherin-20 precurso ( 951) 6060 1273.6 0
XP_016876197 (OMIM: 614449) PREDICTED: protocadher ( 951) 6060 1273.6 0
XP_005266465 (OMIM: 603581) PREDICTED: protocadher (1019) 2086 445.4 6.8e-124
XP_016876110 (OMIM: 603581) PREDICTED: protocadher (1019) 2086 445.4 6.8e-124
NP_001305303 (OMIM: 603581) protocadherin-9 isofor (1032) 2086 445.4 6.8e-124
XP_011533401 (OMIM: 603581) PREDICTED: protocadher (1054) 2086 445.4 7e-124
XP_016876109 (OMIM: 603581) PREDICTED: protocadher (1066) 2086 445.4 7e-124
NP_001305302 (OMIM: 603581) protocadherin-9 isofor (1161) 2086 445.4 7.5e-124
NP_001305301 (OMIM: 603581) protocadherin-9 isofor (1195) 2086 445.4 7.7e-124
NP_065136 (OMIM: 603581) protocadherin-9 isoform 2 (1203) 2086 445.4 7.7e-124
NP_982354 (OMIM: 603581) protocadherin-9 isoform 1 (1237) 2086 445.4 7.9e-124
XP_016876108 (OMIM: 603581) PREDICTED: protocadher (1237) 2086 445.4 7.9e-124
XP_016884911 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1025) 2020 431.6 9.4e-120
XP_011529217 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1054) 2020 431.6 9.6e-120
XP_011529218 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1054) 2020 431.6 9.6e-120
NP_001161833 (OMIM: 300246) protocadherin-11 X-lin (1065) 2020 431.6 9.7e-120
XP_016884910 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1076) 2020 431.6 9.8e-120
XP_016884908 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1308) 2020 431.7 1.1e-119
NP_001161834 (OMIM: 300246) protocadherin-11 X-lin (1310) 2020 431.7 1.1e-119
NP_001161835 (OMIM: 300246) protocadherin-11 X-lin (1329) 2020 431.7 1.2e-119
NP_116751 (OMIM: 300246) protocadherin-11 X-linked (1337) 2020 431.7 1.2e-119
NP_001161832 (OMIM: 300246) protocadherin-11 X-lin (1339) 2020 431.7 1.2e-119
XP_016884909 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1339) 2020 431.7 1.2e-119
XP_016884905 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1345) 2020 431.7 1.2e-119
XP_011529216 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1347) 2020 431.7 1.2e-119
NP_116750 (OMIM: 300246) protocadherin-11 X-linked (1347) 2020 431.7 1.2e-119
XP_011529215 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1358) 2020 431.7 1.2e-119
XP_016884907 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1366) 2020 431.7 1.2e-119
XP_011529214 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1368) 2020 431.7 1.2e-119
XP_011529213 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1376) 2020 431.7 1.2e-119
XP_011529212 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1376) 2020 431.7 1.2e-119
XP_016884906 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1376) 2020 431.7 1.2e-119
XP_016885572 (OMIM: 400022) PREDICTED: protocadher ( 956) 2007 428.9 5.8e-119
NP_001265548 (OMIM: 400022) protocadherin-11 Y-lin (1037) 2007 428.9 6.2e-119
NP_116753 (OMIM: 400022) protocadherin-11 Y-linked (1037) 2007 428.9 6.2e-119
XP_016885571 (OMIM: 400022) PREDICTED: protocadher (1037) 2007 428.9 6.2e-119
NP_116754 (OMIM: 400022) protocadherin-11 Y-linked (1048) 2007 428.9 6.3e-119
XP_016885570 (OMIM: 400022) PREDICTED: protocadher (1329) 2007 429.0 7.6e-119
XP_016885568 (OMIM: 400022) PREDICTED: protocadher (1329) 2007 429.0 7.6e-119
XP_016885569 (OMIM: 400022) PREDICTED: protocadher (1329) 2007 429.0 7.6e-119
NP_116755 (OMIM: 400022) protocadherin-11 Y-linked (1340) 2007 429.0 7.7e-119
XP_016865007 (OMIM: 603626) PREDICTED: protocadher ( 681) 964 211.4 1.2e-53
NP_001265544 (OMIM: 603626) protocadherin-1 isofor ( 681) 964 211.4 1.2e-53
XP_016865006 (OMIM: 603626) PREDICTED: protocadher ( 858) 964 211.5 1.5e-53
XP_005268512 (OMIM: 603626) PREDICTED: protocadher ( 858) 964 211.5 1.5e-53
NP_002578 (OMIM: 603626) protocadherin-1 isoform 1 (1060) 964 211.5 1.7e-53
NP_001265542 (OMIM: 603626) protocadherin-1 isofor (1076) 964 211.6 1.8e-53
XP_005268511 (OMIM: 603626) PREDICTED: protocadher (1158) 964 211.6 1.9e-53
NP_115796 (OMIM: 603626) protocadherin-1 isoform 2 (1237) 964 211.6 2e-53
XP_005268509 (OMIM: 603626) PREDICTED: protocadher (1281) 964 211.6 2e-53
>>NP_073754 (OMIM: 614449) protocadherin-20 precursor [H (951 aa)
initn: 6060 init1: 6060 opt: 6060 Z-score: 6822.1 bits: 1273.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6060; 100.0% identity (100.0% similar) in 924 aa overlap (1-924:28-951)
10 20 30
pF1KB3 MGRLHRPRSSTSYRNLPHLFLFFLFVGPFSCLG
:::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 MRGRGNARSSQALGVSWCPATWHPRLDMGRLHRPRSSTSYRNLPHLFLFFLFVGPFSCLG
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB3 SYSRATELLYSLNEGLPAGVLIGSLAEDLRLLPRSAGRPDPQSQLPERTGAEWNPPLSFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 SYSRATELLYSLNEGLPAGVLIGSLAEDLRLLPRSAGRPDPQSQLPERTGAEWNPPLSFS
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 LASRGLSGQYVTLDNRSGELHTSAQEIDREALCVEGGGGTAWSGSVSISSSPSDSCLLLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 LASRGLSGQYVTLDNRSGELHTSAQEIDREALCVEGGGGTAWSGSVSISSSPSDSCLLLL
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 DVLVLPQEYFRFVKVKIAIRDINDNAPQFPVSQISVWVPENAPVNTRLAIEHPAVDPDVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 DVLVLPQEYFRFVKVKIAIRDINDNAPQFPVSQISVWVPENAPVNTRLAIEHPAVDPDVG
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 INGVQTYRLLDYHGMFTLDVEENENGERTPYLIVMGALDRETQDQYVSIIIAEDGGSPPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 INGVQTYRLLDYHGMFTLDVEENENGERTPYLIVMGALDRETQDQYVSIIIAEDGGSPPL
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 LGSATLTIGISDINDNCPLFTDSQINVTVYGNATVGTPIAAVQAVDKDLGTNAQITYSYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 LGSATLTIGISDINDNCPLFTDSQINVTVYGNATVGTPIAAVQAVDKDLGTNAQITYSYS
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 QKVPQASKDLFHLDENTGVIKLFSKIGGSVLESHKLTILANGPGCIPAVITALVSIIKVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 QKVPQASKDLFHLDENTGVIKLFSKIGGSVLESHKLTILANGPGCIPAVITALVSIIKVI
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 FRPPEIVPRYIANEIDGVVYLKELEPVNTPIAFFTIRDPEGKYKVNCYLDGEGPFRLSPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 FRPPEIVPRYIANEIDGVVYLKELEPVNTPIAFFTIRDPEGKYKVNCYLDGEGPFRLSPY
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 KPYNNEYLLETTKPMDYELQQFYEVAVVAWNSEGFHVKRVIKVQLLDDNDNAPIFLQPLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 KPYNNEYLLETTKPMDYELQQFYEVAVVAWNSEGFHVKRVIKVQLLDDNDNAPIFLQPLI
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KB3 ELTIEENNSPNAFLTKLYATDADSEERGQVSYFLGPDAPSYFSLDSVTGILTVSTQLDRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 ELTIEENNSPNAFLTKLYATDADSEERGQVSYFLGPDAPSYFSLDSVTGILTVSTQLDRE
550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KB3 EKEKYRYTVRAVDCGKPPRESVATVALTVLDKNDNSPRFINKDFSFFVPENFPGYGEIGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 EKEKYRYTVRAVDCGKPPRESVATVALTVLDKNDNSPRFINKDFSFFVPENFPGYGEIGV
610 620 630 640 650 660
640 650 660 670 680 690
pF1KB3 ISVTDADAGRNGWVALSVVNQSDIFVIDTGKGMLRAKVSLDREQQSSYTLWVEAVDGGEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 ISVTDADAGRNGWVALSVVNQSDIFVIDTGKGMLRAKVSLDREQQSSYTLWVEAVDGGEP
670 680 690 700 710 720
700 710 720 730 740 750
pF1KB3 ALSSTAKITILLLDINDNPPLVLFPQSNMSYLLVLPSTLPGSPVTEVYAVDKDTGMNAVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 ALSSTAKITILLLDINDNPPLVLFPQSNMSYLLVLPSTLPGSPVTEVYAVDKDTGMNAVI
730 740 750 760 770 780
760 770 780 790 800 810
pF1KB3 AYSIIGRRGPRPESFRIDPKTGNITLEEALLQTDYGLHRLLVKVSDHGYPEPLHSTVMVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 AYSIIGRRGPRPESFRIDPKTGNITLEEALLQTDYGLHRLLVKVSDHGYPEPLHSTVMVN
790 800 810 820 830 840
820 830 840 850 860 870
pF1KB3 LFVNDTVSNESYIESLLRKEPEINIEEKEPQISIEPTHRKVESVSCMPTLVALSVISLGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 LFVNDTVSNESYIESLLRKEPEINIEEKEPQISIEPTHRKVESVSCMPTLVALSVISLGS
850 860 870 880 890 900
880 890 900 910 920
pF1KB3 ITLVTGMGIYICLRKGEKHPREDENLEVQIPLKGKIDLHMRERKPMDISNI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 ITLVTGMGIYICLRKGEKHPREDENLEVQIPLKGKIDLHMRERKPMDISNI
910 920 930 940 950
>>XP_016876197 (OMIM: 614449) PREDICTED: protocadherin-2 (951 aa)
initn: 6060 init1: 6060 opt: 6060 Z-score: 6822.1 bits: 1273.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6060; 100.0% identity (100.0% similar) in 924 aa overlap (1-924:28-951)
10 20 30
pF1KB3 MGRLHRPRSSTSYRNLPHLFLFFLFVGPFSCLG
:::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MRGRGNARSSQALGVSWCPATWHPRLDMGRLHRPRSSTSYRNLPHLFLFFLFVGPFSCLG
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB3 SYSRATELLYSLNEGLPAGVLIGSLAEDLRLLPRSAGRPDPQSQLPERTGAEWNPPLSFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SYSRATELLYSLNEGLPAGVLIGSLAEDLRLLPRSAGRPDPQSQLPERTGAEWNPPLSFS
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 LASRGLSGQYVTLDNRSGELHTSAQEIDREALCVEGGGGTAWSGSVSISSSPSDSCLLLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LASRGLSGQYVTLDNRSGELHTSAQEIDREALCVEGGGGTAWSGSVSISSSPSDSCLLLL
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 DVLVLPQEYFRFVKVKIAIRDINDNAPQFPVSQISVWVPENAPVNTRLAIEHPAVDPDVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DVLVLPQEYFRFVKVKIAIRDINDNAPQFPVSQISVWVPENAPVNTRLAIEHPAVDPDVG
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 INGVQTYRLLDYHGMFTLDVEENENGERTPYLIVMGALDRETQDQYVSIIIAEDGGSPPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 INGVQTYRLLDYHGMFTLDVEENENGERTPYLIVMGALDRETQDQYVSIIIAEDGGSPPL
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 LGSATLTIGISDINDNCPLFTDSQINVTVYGNATVGTPIAAVQAVDKDLGTNAQITYSYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LGSATLTIGISDINDNCPLFTDSQINVTVYGNATVGTPIAAVQAVDKDLGTNAQITYSYS
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 QKVPQASKDLFHLDENTGVIKLFSKIGGSVLESHKLTILANGPGCIPAVITALVSIIKVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QKVPQASKDLFHLDENTGVIKLFSKIGGSVLESHKLTILANGPGCIPAVITALVSIIKVI
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 FRPPEIVPRYIANEIDGVVYLKELEPVNTPIAFFTIRDPEGKYKVNCYLDGEGPFRLSPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FRPPEIVPRYIANEIDGVVYLKELEPVNTPIAFFTIRDPEGKYKVNCYLDGEGPFRLSPY
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 KPYNNEYLLETTKPMDYELQQFYEVAVVAWNSEGFHVKRVIKVQLLDDNDNAPIFLQPLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KPYNNEYLLETTKPMDYELQQFYEVAVVAWNSEGFHVKRVIKVQLLDDNDNAPIFLQPLI
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KB3 ELTIEENNSPNAFLTKLYATDADSEERGQVSYFLGPDAPSYFSLDSVTGILTVSTQLDRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ELTIEENNSPNAFLTKLYATDADSEERGQVSYFLGPDAPSYFSLDSVTGILTVSTQLDRE
550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KB3 EKEKYRYTVRAVDCGKPPRESVATVALTVLDKNDNSPRFINKDFSFFVPENFPGYGEIGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EKEKYRYTVRAVDCGKPPRESVATVALTVLDKNDNSPRFINKDFSFFVPENFPGYGEIGV
610 620 630 640 650 660
640 650 660 670 680 690
pF1KB3 ISVTDADAGRNGWVALSVVNQSDIFVIDTGKGMLRAKVSLDREQQSSYTLWVEAVDGGEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ISVTDADAGRNGWVALSVVNQSDIFVIDTGKGMLRAKVSLDREQQSSYTLWVEAVDGGEP
670 680 690 700 710 720
700 710 720 730 740 750
pF1KB3 ALSSTAKITILLLDINDNPPLVLFPQSNMSYLLVLPSTLPGSPVTEVYAVDKDTGMNAVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ALSSTAKITILLLDINDNPPLVLFPQSNMSYLLVLPSTLPGSPVTEVYAVDKDTGMNAVI
730 740 750 760 770 780
760 770 780 790 800 810
pF1KB3 AYSIIGRRGPRPESFRIDPKTGNITLEEALLQTDYGLHRLLVKVSDHGYPEPLHSTVMVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AYSIIGRRGPRPESFRIDPKTGNITLEEALLQTDYGLHRLLVKVSDHGYPEPLHSTVMVN
790 800 810 820 830 840
820 830 840 850 860 870
pF1KB3 LFVNDTVSNESYIESLLRKEPEINIEEKEPQISIEPTHRKVESVSCMPTLVALSVISLGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LFVNDTVSNESYIESLLRKEPEINIEEKEPQISIEPTHRKVESVSCMPTLVALSVISLGS
850 860 870 880 890 900
880 890 900 910 920
pF1KB3 ITLVTGMGIYICLRKGEKHPREDENLEVQIPLKGKIDLHMRERKPMDISNI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ITLVTGMGIYICLRKGEKHPREDENLEVQIPLKGKIDLHMRERKPMDISNI
910 920 930 940 950
>>XP_005266465 (OMIM: 603581) PREDICTED: protocadherin-9 (1019 aa)
initn: 2163 init1: 743 opt: 2086 Z-score: 2345.3 bits: 445.4 E(85289): 6.8e-124
Smith-Waterman score: 2198; 43.3% identity (71.3% similar) in 853 aa overlap (22-869:6-825)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MGRLHRPRSSTSYRNLPHLFLFFLFVGPFSCLGSYSR-ATELLYSLNEGLPAGVLIGSLA
:.:... ..:: : : ::.:.. : :: .: ::..
XP_005 MDLRDFYLLAALIACLRLDSAIAQELIYTIREELPENVPIGNIP
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 EDLRLLPRSAGRPDPQSQLPERTGAEWNPPLSFSLASRGLSGQYVTLDNRSGELHTSAQE
.:: . :.. ::. . : . :.:.. .. : ... .::. :....
XP_005 KDLNI-----------SHINAATGT--SASLVYRLVSKAGDAPLVKVSSSTGEIFTTSNR
50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
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:::: :: .:. : . . :.. :.:..::...::..:.:: ..: ::::
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