Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3158
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3158, 924 aa
1>>>pF1KB3158 924 - 924 aa - 924 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0827+/-0.00107; mu= 16.6420+/- 0.064
mean_var=74.6569+/-15.166, 0's: 0 Z-trim(104.1): 191 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.148436
statistics sampled from 7549 (7743) to 7549 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.595), E-opt: 0.2 (0.238), width: 16
Scan time: 3.780
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9442.2 PCDH20 gene_id:64881|Hs108|chr13 ( 951) 6060 1307.9 0
CCDS81769.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13 (1032) 2086 456.9 9.1e-128
CCDS81770.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13 (1195) 2086 456.9 1e-127
CCDS9443.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13 (1203) 2086 456.9 1e-127
CCDS9444.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13 (1237) 2086 456.9 1.1e-127
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CCDS55460.1 PCDH11X gene_id:27328|Hs108|chrX (1329) 2020 442.8 2.1e-123
CCDS14462.1 PCDH11X gene_id:27328|Hs108|chrX (1337) 2020 442.8 2.1e-123
CCDS55459.1 PCDH11X gene_id:27328|Hs108|chrX (1339) 2020 442.8 2.1e-123
CCDS14461.1 PCDH11X gene_id:27328|Hs108|chrX (1347) 2020 442.8 2.1e-123
CCDS14776.1 PCDH11Y gene_id:83259|Hs108|chrY (1037) 2007 440.0 1.1e-122
CCDS14777.1 PCDH11Y gene_id:83259|Hs108|chrY (1048) 2007 440.0 1.1e-122
CCDS76066.1 PCDH11Y gene_id:83259|Hs108|chrY (1340) 2007 440.0 1.4e-122
CCDS43375.1 PCDH1 gene_id:5097|Hs108|chr5 (1060) 964 216.6 2e-55
CCDS4267.1 PCDH1 gene_id:5097|Hs108|chr5 (1237) 964 216.6 2.3e-55
CCDS33971.1 PCDH7 gene_id:5099|Hs108|chr4 (1069) 961 216.0 3.1e-55
CCDS75116.1 PCDH7 gene_id:5099|Hs108|chr4 (1072) 961 216.0 3.1e-55
CCDS4244.1 PCDHB2 gene_id:56133|Hs108|chr5 ( 798) 894 201.6 5e-51
CCDS4254.1 PCDHB12 gene_id:56124|Hs108|chr5 ( 795) 884 199.4 2.2e-50
CCDS4243.1 PCDHB1 gene_id:29930|Hs108|chr5 ( 818) 878 198.2 5.5e-50
CCDS4253.1 PCDHB11 gene_id:56125|Hs108|chr5 ( 797) 857 193.7 1.2e-48
CCDS48141.1 PCDH19 gene_id:57526|Hs108|chrX (1100) 843 190.7 1.3e-47
CCDS43976.1 PCDH19 gene_id:57526|Hs108|chrX (1101) 843 190.7 1.3e-47
CCDS55462.1 PCDH19 gene_id:57526|Hs108|chrX (1148) 843 190.7 1.3e-47
CCDS54930.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 750) 837 189.4 2.2e-47
CCDS75345.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 837) 837 189.4 2.5e-47
CCDS47294.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 935) 837 189.4 2.7e-47
CCDS4249.1 PCDHB7 gene_id:56129|Hs108|chr5 ( 793) 831 188.1 5.7e-47
CCDS75346.1 PCDHGA12 gene_id:26025|Hs108|chr5 ( 820) 826 187.0 1.2e-46
CCDS4260.1 PCDHGA12 gene_id:26025|Hs108|chr5 ( 932) 826 187.0 1.4e-46
CCDS75336.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5 ( 817) 807 182.9 2.1e-45
CCDS796.1 CELSR2 gene_id:1952|Hs108|chr1 (2923) 814 184.6 2.3e-45
CCDS54927.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5 ( 932) 807 183.0 2.3e-45
CCDS75331.1 PCDHGA4 gene_id:56111|Hs108|chr5 ( 851) 805 182.5 2.9e-45
CCDS58979.2 PCDHGA4 gene_id:56111|Hs108|chr5 ( 962) 805 182.5 3.2e-45
CCDS75338.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5 ( 820) 803 182.1 3.8e-45
CCDS47291.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5 ( 932) 803 182.1 4.2e-45
CCDS4241.1 PCDHAC1 gene_id:56135|Hs108|chr5 ( 963) 792 179.8 2.2e-44
CCDS75343.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5 ( 850) 790 179.3 2.7e-44
CCDS47292.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5 ( 936) 790 179.3 2.9e-44
CCDS75335.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5 ( 818) 787 178.7 4e-44
CCDS54926.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5 ( 932) 787 178.7 4.6e-44
CCDS75193.1 PCDH18 gene_id:54510|Hs108|chr4 (1134) 786 178.5 6.3e-44
CCDS34064.1 PCDH18 gene_id:54510|Hs108|chr4 (1135) 786 178.5 6.3e-44
CCDS75329.1 PCDHGA3 gene_id:56112|Hs108|chr5 ( 829) 780 177.2 1.2e-43
CCDS47290.1 PCDHGA3 gene_id:56112|Hs108|chr5 ( 932) 780 177.2 1.3e-43
CCDS47289.1 PCDHGA2 gene_id:56113|Hs108|chr5 ( 932) 775 176.1 2.7e-43
CCDS75349.1 PCDHGC4 gene_id:56098|Hs108|chr5 ( 871) 772 175.5 4e-43
CCDS4262.1 PCDHGC4 gene_id:56098|Hs108|chr5 ( 938) 772 175.5 4.2e-43
>>CCDS9442.2 PCDH20 gene_id:64881|Hs108|chr13 (951 aa)
initn: 6060 init1: 6060 opt: 6060 Z-score: 7007.2 bits: 1307.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6060; 100.0% identity (100.0% similar) in 924 aa overlap (1-924:28-951)
10 20 30
pF1KB3 MGRLHRPRSSTSYRNLPHLFLFFLFVGPFSCLG
:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 MRGRGNARSSQALGVSWCPATWHPRLDMGRLHRPRSSTSYRNLPHLFLFFLFVGPFSCLG
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB3 SYSRATELLYSLNEGLPAGVLIGSLAEDLRLLPRSAGRPDPQSQLPERTGAEWNPPLSFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 SYSRATELLYSLNEGLPAGVLIGSLAEDLRLLPRSAGRPDPQSQLPERTGAEWNPPLSFS
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 LASRGLSGQYVTLDNRSGELHTSAQEIDREALCVEGGGGTAWSGSVSISSSPSDSCLLLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 LASRGLSGQYVTLDNRSGELHTSAQEIDREALCVEGGGGTAWSGSVSISSSPSDSCLLLL
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 DVLVLPQEYFRFVKVKIAIRDINDNAPQFPVSQISVWVPENAPVNTRLAIEHPAVDPDVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 DVLVLPQEYFRFVKVKIAIRDINDNAPQFPVSQISVWVPENAPVNTRLAIEHPAVDPDVG
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 INGVQTYRLLDYHGMFTLDVEENENGERTPYLIVMGALDRETQDQYVSIIIAEDGGSPPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 INGVQTYRLLDYHGMFTLDVEENENGERTPYLIVMGALDRETQDQYVSIIIAEDGGSPPL
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 LGSATLTIGISDINDNCPLFTDSQINVTVYGNATVGTPIAAVQAVDKDLGTNAQITYSYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 LGSATLTIGISDINDNCPLFTDSQINVTVYGNATVGTPIAAVQAVDKDLGTNAQITYSYS
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 QKVPQASKDLFHLDENTGVIKLFSKIGGSVLESHKLTILANGPGCIPAVITALVSIIKVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 QKVPQASKDLFHLDENTGVIKLFSKIGGSVLESHKLTILANGPGCIPAVITALVSIIKVI
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 FRPPEIVPRYIANEIDGVVYLKELEPVNTPIAFFTIRDPEGKYKVNCYLDGEGPFRLSPY
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 KPYNNEYLLETTKPMDYELQQFYEVAVVAWNSEGFHVKRVIKVQLLDDNDNAPIFLQPLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 KPYNNEYLLETTKPMDYELQQFYEVAVVAWNSEGFHVKRVIKVQLLDDNDNAPIFLQPLI
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KB3 ELTIEENNSPNAFLTKLYATDADSEERGQVSYFLGPDAPSYFSLDSVTGILTVSTQLDRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 ELTIEENNSPNAFLTKLYATDADSEERGQVSYFLGPDAPSYFSLDSVTGILTVSTQLDRE
550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KB3 EKEKYRYTVRAVDCGKPPRESVATVALTVLDKNDNSPRFINKDFSFFVPENFPGYGEIGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 EKEKYRYTVRAVDCGKPPRESVATVALTVLDKNDNSPRFINKDFSFFVPENFPGYGEIGV
610 620 630 640 650 660
640 650 660 670 680 690
pF1KB3 ISVTDADAGRNGWVALSVVNQSDIFVIDTGKGMLRAKVSLDREQQSSYTLWVEAVDGGEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 ISVTDADAGRNGWVALSVVNQSDIFVIDTGKGMLRAKVSLDREQQSSYTLWVEAVDGGEP
670 680 690 700 710 720
700 710 720 730 740 750
pF1KB3 ALSSTAKITILLLDINDNPPLVLFPQSNMSYLLVLPSTLPGSPVTEVYAVDKDTGMNAVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 ALSSTAKITILLLDINDNPPLVLFPQSNMSYLLVLPSTLPGSPVTEVYAVDKDTGMNAVI
730 740 750 760 770 780
760 770 780 790 800 810
pF1KB3 AYSIIGRRGPRPESFRIDPKTGNITLEEALLQTDYGLHRLLVKVSDHGYPEPLHSTVMVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 AYSIIGRRGPRPESFRIDPKTGNITLEEALLQTDYGLHRLLVKVSDHGYPEPLHSTVMVN
790 800 810 820 830 840
820 830 840 850 860 870
pF1KB3 LFVNDTVSNESYIESLLRKEPEINIEEKEPQISIEPTHRKVESVSCMPTLVALSVISLGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 LFVNDTVSNESYIESLLRKEPEINIEEKEPQISIEPTHRKVESVSCMPTLVALSVISLGS
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880 890 900 910 920
pF1KB3 ITLVTGMGIYICLRKGEKHPREDENLEVQIPLKGKIDLHMRERKPMDISNI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 ITLVTGMGIYICLRKGEKHPREDENLEVQIPLKGKIDLHMRERKPMDISNI
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>>CCDS81769.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13 (1032 aa)
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Smith-Waterman score: 2198; 43.3% identity (71.3% similar) in 853 aa overlap (22-869:6-825)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MGRLHRPRSSTSYRNLPHLFLFFLFVGPFSCLGSYSR-ATELLYSLNEGLPAGVLIGSLA
:.:... ..:: : : ::.:.. : :: .: ::..
CCDS81 MDLRDFYLLAALIACLRLDSAIAQELIYTIREELPENVPIGNIP
10 20 30 40
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pF1KB3 EDLRLLPRSAGRPDPQSQLPERTGAEWNPPLSFSLASRGLSGQYVTLDNRSGELHTSAQE
.:: . :.. ::. . : . :.:.. .. : ... .::. :....
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120 130 140 150 160 170
pF1KB3 IDREALCVEGGGGTAWSGSVSISSSPSDSCLLLLDVLVLPQEYFRFVKVKIAIRDINDNA
:::: :: .:. : . . :.. :.:..::...::..:.:: ..: ::::
CCDS81 IDREKLC---------AGA---SYAEENECFFELEVVILPNDFFRLIKIKIIVKDTNDNA
100 110 120 130
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pF1KB3 PQFPVSQISVWVPENAPVNTRLAIEHPAVDPDVGINGVQTYRLLDYHGMFTLDVEENENG
:.:: :.. .:::. .:.:. : :.:::.:.:::: :.::. ...: ::. :. .:
CCDS81 PMFPSPVINISIPENTLINSRFPIPS-ATDPDTGFNGVQHYELLNGQSVFGLDIVETPEG
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pF1KB3 ERTPYLIVMGALDRETQDQYVSIIIAEDGGSPPLLGSATLTIGISDINDNCPLFTDSQIN
:. : :::. :::: .: :: : .::::.: ..: : . .::.::: :.: ..:..
CCDS81 EKWPQLIVQQNLDREQKDTYVMKIKVEDGGTPQKSSTAILQVTVSDVNDNRPVFKEGQVE
200 210 220 230 240 250
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 VTVYGNATVGTPIAAVQAVDKDLGTNAQITYSYSQKVPQASKDLFHLDENTGVIKLFSKI
: . :: ::: . ..:.: :.:.::.: : .. .: :.: :: :...::.: . ..
CCDS81 VHIPENAPVGTSVIQLHATDADIGSNAEIRYIFGAQVAPATKRLFALNNTTGLITVQRSL
260 270 280 290 300 310
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pF1KB3 GGSVLESHKLTILANGPGCIPAVITALVSIIKVIFRPPEIVPRYIANEIDGVVYLKELEP
::.:.::. . :: :. ... : ::.: ::: . :.:.:::.: .:
CCDS81 DREETAIHKVTVLASDGSSTPARATVTINVTDVNDNPPNIDLRYIISPINGTVYLSEKDP
320 330 340 350 360 370
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 VNTPIAFFTI--RDPEGKYKVNCYLDGEGPFRLSPYKPYNNEYLLETTKPMDYELQQFYE
::: ::..:. .: . . :: :... : ::.:. :.:.:::::.. .::: . .
CCDS81 VNTKIALITVSDKDTDVNGKVICFIEREVPFHLKAV--YDNQYLLETSSLLDYEGTKEFS
380 390 400 410 420 430
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pF1KB3 VAVVAWNS--EGFHVKRVIKVQLLDDNDNAPIFLQPLIELTIEENNSPNAFLTKLYATDA
.:: .: ... ...:.: :.::: ::: ::.:::.. ::: . .:: . :::
CCDS81 FKIVASDSGKPSLNQTALVRVKLEDENDNPPIFNQPVIELSVSENNRRGLYLTTISATDE
440 450 460 470 480 490
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pF1KB3 DSEERGQVSYFLGPDAPSYFSLDSVTGILTVSTQLDREEKEKYRYTVRAVDCGKPPRESV
:: . ... : :::.: :.:.:: ::.::.: .::::.:.. .:: : : : :: .:
CCDS81 DSGKNADIVYQLGPNA-SFFDLDRKTGVLTASRVFDREEQERFIFTVTARDNGTPPLQSQ
500 510 520 530 540 550
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 ATVALTVLDKNDNSPRFINKDFSFFVPENFPGYGEIGVISVTDADAGRNGWVALSVVNQS
:.: .::::.:::::.: .. :.::: ::.: :. .:::.:::::::.: :.::..:..
CCDS81 AAVIVTVLDENDNSPKFTHNHFQFFVSENLPKYSTVGVITVTDADAGENKAVTLSILNDN
560 570 580 590 600 610
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 DIFVIDTGKGMLRAKVSLDREQQSSYTLWVEAVDGGEPALSSTAKITILLLDINDNPPLV
: ::.: .:.....::.:::::::::. :.:.:::.: :::::.:: ..:.::: :.:
CCDS81 DNFVLDPYSGVIKSNVSFDREQQSSYTFDVKATDGGQPPRSSTAKVTINVMDVNDNSPVV
620 630 640 650 660 670
720 730 740 750 760 770
pF1KB3 LFPQSNMSYLLVLPSTLPGSPVTEVYAVDKDTGMNAVIAYSIIGRRGPRPESFRIDPKTG
. : :: :. :: :..::: :.::.::: :::::: . :.:.. : ::::: ::
CCDS81 ISPPSNTSFKLVPLSAIPGSVVAEVFAVDVDTGMNAELKYTIVS--GNNKGLFRIDPVTG
680 690 700 710 720 730
780 790 800 810 820 830
pF1KB3 NITLEEALLQTDYGLHRLLVKVSDHGYPEPLHSTVMVNLFVNDTVSNESYIESLLRKEPE
:::::: :: :::::.:..:: :::. ::. :.: :.::::..: ::: .:.:. :
CCDS81 NITLEEKPAPTDVGLHRLVVNISDLGYPKSLHTLVLVFLYVNDTAGNASYIYDLIRRTME
740 750 760 770 780 790
840 850 860 870 880 890
pF1KB3 INIEEKEPQISIEPTHRKVESVSCMPTLVALSVISLGSITLVTGMGIYICLRKGEKHPRE
.. .. : .: ... . .. : ...: ...
CCDS81 TPLD-RNIGDSSQP-YQNEDYLTIMIAIIAGAMVVIVVIFVTVLVRCRHASRFKAAQRSK
800 810 820 830 840 850
900 910 920
pF1KB3 DENLEVQIPLKGKIDLHMRERKPMDISNI
CCDS81 QGAEWMSPNQENKQNKKKKRKKRKSPKSSLLNFVTIEESKPDDAVHEPINGTISLPAELE
860 870 880 890 900 910
>>CCDS81770.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13 (1195 aa)
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Smith-Waterman score: 2198; 43.3% identity (71.3% similar) in 853 aa overlap (22-869:6-825)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MGRLHRPRSSTSYRNLPHLFLFFLFVGPFSCLGSYSR-ATELLYSLNEGLPAGVLIGSLA
:.:... ..:: : : ::.:.. : :: .: ::..
CCDS81 MDLRDFYLLAALIACLRLDSAIAQELIYTIREELPENVPIGNIP
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 EDLRLLPRSAGRPDPQSQLPERTGAEWNPPLSFSLASRGLSGQYVTLDNRSGELHTSAQE
.:: . :.. ::. . : . :.:.. .. : ... .::. :....
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