Result of FASTA (omim) for
pF1KB3144
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3144, 575 aa
1>>>pF1KB3144 575 - 575 aa - 575 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.3917+/-0.000314; mu= -3.4572+/- 0.020
mean_var=236.9210+/-49.964, 0's: 0 Z-trim(123.9): 65 B-trim: 2096 in 1/61
Lambda= 0.083324
statistics sampled from 44490 (44556) to 44490 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.801), E-opt: 0.2 (0.522), width: 16
Scan time: 9.300
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_006512 (OMIM: 300854,314310) transcription fact ( 575) 3711 458.7 2.4e-128
NP_001269071 (OMIM: 300854,314310) transcription f ( 470) 3053 379.5 1.3e-104
NP_001161299 (OMIM: 600744) transcription factor E ( 490) 1126 147.9 7.2e-35
NP_001258874 (OMIM: 600744) transcription factor E ( 476) 1109 145.9 2.9e-34
XP_006715276 (OMIM: 600744) PREDICTED: transcripti ( 476) 1109 145.9 2.9e-34
XP_006715275 (OMIM: 600744) PREDICTED: transcripti ( 476) 1109 145.9 2.9e-34
XP_011513218 (OMIM: 600744) PREDICTED: transcripti ( 476) 1109 145.9 2.9e-34
NP_009093 (OMIM: 600744) transcription factor EB i ( 476) 1109 145.9 2.9e-34
XP_011513217 (OMIM: 600744) PREDICTED: transcripti ( 476) 1109 145.9 2.9e-34
XP_005249468 (OMIM: 600744) PREDICTED: transcripti ( 476) 1109 145.9 2.9e-34
XP_005249469 (OMIM: 600744) PREDICTED: transcripti ( 476) 1109 145.9 2.9e-34
NP_001258873 (OMIM: 600744) transcription factor E ( 476) 1109 145.9 2.9e-34
NP_937802 (OMIM: 103470,103500,156845,193510,61445 ( 520) 1018 134.9 6.1e-31
XP_016861934 (OMIM: 103470,103500,156845,193510,61 ( 519) 1009 133.9 1.3e-30
XP_005264811 (OMIM: 103470,103500,156845,193510,61 ( 526) 985 131.0 9.7e-30
XP_011532024 (OMIM: 103470,103500,156845,193510,61 ( 525) 976 129.9 2e-29
XP_016861936 (OMIM: 103470,103500,156845,193510,61 ( 503) 942 125.8 3.3e-28
XP_016861937 (OMIM: 103470,103500,156845,193510,61 ( 468) 940 125.5 3.7e-28
NP_001171896 (OMIM: 103470,103500,156845,193510,61 ( 468) 940 125.5 3.7e-28
NP_937820 (OMIM: 103470,103500,156845,193510,61445 ( 504) 940 125.6 4e-28
NP_006713 (OMIM: 103470,103500,156845,193510,61445 ( 519) 940 125.6 4.1e-28
NP_937801 (OMIM: 103470,103500,156845,193510,61445 ( 413) 918 122.9 2.1e-27
NP_937821 (OMIM: 103470,103500,156845,193510,61445 ( 357) 915 122.5 2.4e-27
XP_011532028 (OMIM: 103470,103500,156845,193510,61 ( 464) 915 122.5 3e-27
XP_016861935 (OMIM: 103470,103500,156845,193510,61 ( 509) 909 121.8 5.3e-27
XP_006713227 (OMIM: 103470,103500,156845,193510,61 ( 474) 907 121.6 5.9e-27
XP_011532025 (OMIM: 103470,103500,156845,193510,61 ( 509) 907 121.6 6.2e-27
XP_005264812 (OMIM: 103470,103500,156845,193510,61 ( 510) 907 121.6 6.2e-27
XP_016861933 (OMIM: 103470,103500,156845,193510,61 ( 525) 907 121.6 6.4e-27
NP_000239 (OMIM: 103470,103500,156845,193510,61445 ( 419) 893 119.9 1.7e-26
XP_011532027 (OMIM: 103470,103500,156845,193510,61 ( 470) 893 119.9 1.9e-26
XP_011514266 (OMIM: 604732) PREDICTED: transcripti ( 437) 841 113.6 1.3e-24
XP_011514265 (OMIM: 604732) PREDICTED: transcripti ( 437) 841 113.6 1.3e-24
XP_011514268 (OMIM: 604732) PREDICTED: transcripti ( 437) 841 113.6 1.3e-24
XP_011514267 (OMIM: 604732) PREDICTED: transcripti ( 437) 841 113.6 1.3e-24
NP_036384 (OMIM: 604732) transcription factor EC i ( 347) 772 105.3 3.4e-22
XP_016867364 (OMIM: 604732) PREDICTED: transcripti ( 347) 772 105.3 3.4e-22
XP_011514274 (OMIM: 604732) PREDICTED: transcripti ( 287) 739 101.3 4.6e-21
NP_001258872 (OMIM: 600744) transcription factor E ( 391) 737 101.1 7e-21
XP_016867365 (OMIM: 604732) PREDICTED: transcripti ( 259) 688 95.1 2.9e-19
NP_001231512 (OMIM: 604732) transcription factor E ( 280) 688 95.1 3.1e-19
NP_001018068 (OMIM: 604732) transcription factor E ( 318) 688 95.2 3.5e-19
XP_016867363 (OMIM: 604732) PREDICTED: transcripti ( 408) 688 95.2 4.3e-19
XP_011514272 (OMIM: 604732) PREDICTED: transcripti ( 408) 688 95.2 4.3e-19
XP_016867366 (OMIM: 604732) PREDICTED: transcripti ( 239) 648 90.3 7.6e-18
XP_016867367 (OMIM: 604732) PREDICTED: transcripti ( 239) 648 90.3 7.6e-18
XP_011514271 (OMIM: 604732) PREDICTED: transcripti ( 418) 485 70.8 9.8e-12
NP_001171897 (OMIM: 103470,103500,156845,193510,61 ( 91) 282 46.1 5.8e-05
>>NP_006512 (OMIM: 300854,314310) transcription factor E (575 aa)
initn: 3711 init1: 3711 opt: 3711 Z-score: 2425.4 bits: 458.7 E(85289): 2.4e-128
Smith-Waterman score: 3711; 100.0% identity (100.0% similar) in 575 aa overlap (1-575:1-575)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSHAAEPARDGVEASAEGPRAVFVLLEERRPADSAQLLSLNSLLPESGIVADIELENVLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 MSHAAEPARDGVEASAEGPRAVFVLLEERRPADSAQLLSLNSLLPESGIVADIELENVLD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 PDSFYELKSQPLPLRSSLPISLQATPATPATLSASSSAGGSRTPAMSSSSSSRVLLRQQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 PDSFYELKSQPLPLRSSLPISLQATPATPATLSASSSAGGSRTPAMSSSSSSRVLLRQQL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 MRAQAQEQERRERREQAAAAPFPSPAPASPAISVVGVSAGGHTLSRPPPAQVPREVLKVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 MRAQAQEQERRERREQAAAAPFPSPAPASPAISVVGVSAGGHTLSRPPPAQVPREVLKVQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 THLENPTRYHLQQARRQQVKQYLSTTLGPKLASQALTPPPGPASAQPLPAPEAAHTTGPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 THLENPTRYHLQQARRQQVKQYLSTTLGPKLASQALTPPPGPASAQPLPAPEAAHTTGPT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 GSAPNSPMALLTIGSSSEKEIDDVIDEIISLESSYNDEMLSYLPGGTTGLQLPSTLPVSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 GSAPNSPMALLTIGSSSEKEIDDVIDEIISLESSYNDEMLSYLPGGTTGLQLPSTLPVSG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 NLLDVYSSQGVATPAITVSNSCPAELPNIKREISETEAKALLKERQKKDNHNLIERRRRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 NLLDVYSSQGVATPAITVSNSCPAELPNIKREISETEAKALLKERQKKDNHNLIERRRRF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 NINDRIKELGTLIPKSSDPEMRWNKGTILKASVDYIRKLQKEQQRSKDLESRQRSLEQAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 NINDRIKELGTLIPKSSDPEMRWNKGTILKASVDYIRKLQKEQQRSKDLESRQRSLEQAN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 RSLQLRIQELELQAQIHGLPVPPTPGLLSLATTSASDSLKPEQLDIEEEGRPGAATFHVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 RSLQLRIQELELQAQIHGLPVPPTPGLLSLATTSASDSLKPEQLDIEEEGRPGAATFHVG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 GGPAQNAPHQQPPAPPSDALLDLHFPSDHLGDLGDPFHLGLEDILMEEEEGVVGGLSGGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 GGPAQNAPHQQPPAPPSDALLDLHFPSDHLGDLGDPFHLGLEDILMEEEEGVVGGLSGGA
490 500 510 520 530 540
550 560 570
pF1KB3 LSPLRAASDPLLSSVSPAVSKASSRRSSFSMEEES
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 LSPLRAASDPLLSSVSPAVSKASSRRSSFSMEEES
550 560 570
>>NP_001269071 (OMIM: 300854,314310) transcription facto (470 aa)
initn: 3053 init1: 3053 opt: 3053 Z-score: 1999.2 bits: 379.5 E(85289): 1.3e-104
Smith-Waterman score: 3053; 100.0% identity (100.0% similar) in 470 aa overlap (106-575:1-470)
80 90 100 110 120 130
pF1KB3 SSLPISLQATPATPATLSASSSAGGSRTPAMSSSSSSRVLLRQQLMRAQAQEQERRERRE
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSSSSSSRVLLRQQLMRAQAQEQERRERRE
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KB3 QAAAAPFPSPAPASPAISVVGVSAGGHTLSRPPPAQVPREVLKVQTHLENPTRYHLQQAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QAAAAPFPSPAPASPAISVVGVSAGGHTLSRPPPAQVPREVLKVQTHLENPTRYHLQQAR
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KB3 RQQVKQYLSTTLGPKLASQALTPPPGPASAQPLPAPEAAHTTGPTGSAPNSPMALLTIGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RQQVKQYLSTTLGPKLASQALTPPPGPASAQPLPAPEAAHTTGPTGSAPNSPMALLTIGS
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 SSEKEIDDVIDEIISLESSYNDEMLSYLPGGTTGLQLPSTLPVSGNLLDVYSSQGVATPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSEKEIDDVIDEIISLESSYNDEMLSYLPGGTTGLQLPSTLPVSGNLLDVYSSQGVATPA
160 170 180 190 200 210
320 330 340 350 360 370
pF1KB3 ITVSNSCPAELPNIKREISETEAKALLKERQKKDNHNLIERRRRFNINDRIKELGTLIPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ITVSNSCPAELPNIKREISETEAKALLKERQKKDNHNLIERRRRFNINDRIKELGTLIPK
220 230 240 250 260 270
380 390 400 410 420 430
pF1KB3 SSDPEMRWNKGTILKASVDYIRKLQKEQQRSKDLESRQRSLEQANRSLQLRIQELELQAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSDPEMRWNKGTILKASVDYIRKLQKEQQRSKDLESRQRSLEQANRSLQLRIQELELQAQ
280 290 300 310 320 330
440 450 460 470 480 490
pF1KB3 IHGLPVPPTPGLLSLATTSASDSLKPEQLDIEEEGRPGAATFHVGGGPAQNAPHQQPPAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IHGLPVPPTPGLLSLATTSASDSLKPEQLDIEEEGRPGAATFHVGGGPAQNAPHQQPPAP
340 350 360 370 380 390
500 510 520 530 540 550
pF1KB3 PSDALLDLHFPSDHLGDLGDPFHLGLEDILMEEEEGVVGGLSGGALSPLRAASDPLLSSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSDALLDLHFPSDHLGDLGDPFHLGLEDILMEEEEGVVGGLSGGALSPLRAASDPLLSSV
400 410 420 430 440 450
560 570
pF1KB3 SPAVSKASSRRSSFSMEEES
::::::::::::::::::::
NP_001 SPAVSKASSRRSSFSMEEES
460 470
>>NP_001161299 (OMIM: 600744) transcription factor EB is (490 aa)
initn: 1059 init1: 553 opt: 1126 Z-score: 747.0 bits: 147.9 E(85289): 7.2e-35
Smith-Waterman score: 1220; 46.0% identity (69.7% similar) in 511 aa overlap (97-573:2-486)
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 LKSQPLPLRSSLPISLQATPATPATLSASSSAGGSRTPAMSSSSSSRVLLRQQLMRAQAQ
.:... :: ... .::. ::.:::: :::
NP_001 MTASSGWEPAPAATMASRIGLRMQLMREQAQ
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 EQERRERREQAAAAPFPSPAPASPAISVVG-----VSAGGHTLSRPPPAQVPREVLKVQT
..:.::: .: :. . . . .. : ... : : ::: :: ::::::.
NP_001 QEEQRERMQQQAVMHYMQQQQQQQQQQLGGPPTPAINTPVHFQS-PPP--VPGEVLKVQS
40 50 60 70 80
190 200 210 220 230
pF1KB3 HLENPTRYHLQQARRQQVKQYLSTTLGPKLASQALTPPPGPASAQPLPAP--EAAH--TT
.::::: :::::...:.:..::: : : :.:.. ..: : . : .: .:.: ..
NP_001 YLENPTSYHLQQSQHQKVREYLSETYGNKFAAH-ISPAQGSPKPPPAASPGVRAGHVLSS
90 100 110 120 130 140
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 GPTGSAPNSPMALLTIGSSSEKEIDDVIDEIISLESSYNDEMLSYLPGGTTGLQLPSTLP
. .::::::::.: :::. :.:.:::::.:. : :..:.:. . .:.:.:::
NP_001 SAGNSAPNSPMAMLHIGSNPERELDDVIDNIMRL-----DDVLGYI---NPEMQMPNTLP
150 160 170 180 190
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 VSGNLLDVYSSQGVATPAIT--VSNSCPAELPNIKREISETEAKALLKERQKKDNHNLIE
.:.. :.::::. .: ... .:.::::.: . :::....:..:: :::::::::::::
NP_001 LSSSHLNVYSSDPQVTASLVGVTSSSCPADLTQ-KRELTDAESRALAKERQKKDNHNLIE
200 210 220 230 240 250
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 RRRRFNINDRIKELGTLIPKSSDPEMRWNKGTILKASVDYIRKLQKEQQRSKDLESRQRS
::::::::::::::: ::::..: ..::::::::::::::::..::. :.:..::...:
NP_001 RRRRFNINDRIKELGMLIPKANDLDVRWNKGTILKASVDYIRRMQKDLQKSRELENHSRR
260 270 280 290 300 310
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 LEQANRSLQLRIQELELQAQIHGLPVPPTPGLLSLATTSASDSLKPEQLDIEEEGRPGAA
::..:..: :::::::.::..::::. .:. ...: :.. .: : . ::: :: :
NP_001 LEMTNKQLWLRIQELEMQARVHGLPTT-SPSGMNMAEL-AQQVVKQELPS--EEG-PGEA
320 330 340 350 360 370
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 TFHVGGGPAQNAPHQQPPAPPSDAL-LDLHFPSD-HLGDLGDPFHLGLEDILMEEEEGVV
. : :. : ::. : : . :: : :.. . .: .:.::
NP_001 LML---GAEVPDPEPLPALPPQAPLPLPTQPPSPFHHLDFSHSLSFG-----GREDEGPP
380 390 400 410 420
540 550 560 570
pF1KB3 G---GLSGGALSP------------------LRAASDPLLSSVSPAVSKASSRRSSFSME
: :. : :: : :::::::..:: .:::::::::::::
NP_001 GYPEPLAPGHGSPFPSLSKKDLDLMLLDDSLLPLASDPLLSTMSPEASKASSRRSSFSME
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 EES
:
NP_001 EGDVL
490
>>NP_001258874 (OMIM: 600744) transcription factor EB is (476 aa)
initn: 1051 init1: 553 opt: 1109 Z-score: 736.2 bits: 145.9 E(85289): 2.9e-34
Smith-Waterman score: 1203; 46.8% identity (69.1% similar) in 502 aa overlap (111-573:2-472)
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 SLQATPATPATLSASSSAGGSRTPAMSSSSSSRVLLRQQLMRAQAQEQERRERREQAAAA
.::. ::.:::: :::..:.::: .: :.
NP_001 MASRIGLRMQLMREQAQQEEQRERMQQQAVM
10 20 30
150 160 170 180 190
pF1KB3 PFPSP----------APASPAISVVGVSAGGHTLSRPPPAQVPREVLKVQTHLENPTRYH
. . .: .:::.. : : ::: :: ::::::..::::: ::
NP_001 HYMQQQQQQQQQQLGGPPTPAINT-----PVHFQS-PPP--VPGEVLKVQSYLENPTSYH
40 50 60 70 80
200 210 220 230 240
pF1KB3 LQQARRQQVKQYLSTTLGPKLASQALTPPPGPASAQPLPAP--EAAH--TTGPTGSAPNS
:::...:.:..::: : : :.:.. ..: : . : .: .:.: ... .:::::
NP_001 LQQSQHQKVREYLSETYGNKFAAH-ISPAQGSPKPPPAASPGVRAGHVLSSSAGNSAPNS
90 100 110 120 130 140
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 PMALLTIGSSSEKEIDDVIDEIISLESSYNDEMLSYLPGGTTGLQLPSTLPVSGNLLDVY
:::.: :::. :.:.:::::.:. : :..:.:. . .:.:.:::.:.. :.::
NP_001 PMAMLHIGSNPERELDDVIDNIMRL-----DDVLGYI---NPEMQMPNTLPLSSSHLNVY
150 160 170 180 190
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