FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3126, 968 aa
1>>>pF1KB3126 968 - 968 aa - 968 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.8673+/-0.00154; mu= 5.9737+/- 0.092
mean_var=280.2664+/-56.756, 0's: 0 Z-trim(107.6): 157 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.076611
statistics sampled from 9553 (9702) to 9553 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.636), E-opt: 0.2 (0.298), width: 16
Scan time: 3.610
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS54783.1 NFKB1 gene_id:4790|Hs108|chr4 ( 968) 6407 723.2 6.2e-208
CCDS3657.1 NFKB1 gene_id:4790|Hs108|chr4 ( 969) 6395 721.8 1.6e-207
CCDS41565.1 NFKB2 gene_id:4791|Hs108|chr10 ( 899) 923 117.0 1.7e-25
CCDS41564.1 NFKB2 gene_id:4791|Hs108|chr10 ( 900) 923 117.0 1.7e-25
CCDS46110.1 RELB gene_id:5971|Hs108|chr19 ( 579) 529 73.2 1.6e-12
>>CCDS54783.1 NFKB1 gene_id:4790|Hs108|chr4 (968 aa)
initn: 6407 init1: 6407 opt: 6407 Z-score: 3846.5 bits: 723.2 E(32554): 6.2e-208
Smith-Waterman score: 6407; 100.0% identity (100.0% similar) in 968 aa overlap (1-968:1-968)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MAEDDPYLGRPEQMFHLDPSLTHTIFNPEVFQPQMALPTDGPYLQILEQPKQRGFRFRYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MAEDDPYLGRPEQMFHLDPSLTHTIFNPEVFQPQMALPTDGPYLQILEQPKQRGFRFRYV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 CEGPSHGGLPGASSEKNKKSYPQVKICNYVGPAKVIVQLVTNGKNIHLHAHSLVGKHCED
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GICTVTAGPKDMVVGFANLGILHVTKKKVFETLEARMTEACIRGYNPGLLVHPDLAYLQA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 EGGGDRQLGDREKELIRQAALQQTKEMDLSVVRLMFTAFLPDSTGSFTRRLEPVVSDAIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 EGGGDRQLGDREKELIRQAALQQTKEMDLSVVRLMFTAFLPDSTGSFTRRLEPVVSDAIY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DSKAPNASNLKIVRMDRTAGCVTGGEEIYLLCDKVQKDDIQIRFYEEEENGGVWEGFGDF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SPTDVHRQFAIVFKTPKYKDINITKPASVFVQLRRKSDLETSEPKPFLYYPEIKDKEEVQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 RKRQKLMPNFSDSFGGGSGAGAGGGGMFGSGGGGGGTGSTGPGYSFPHYGFPTYGGITFH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 PGTTKSNAGMKHGTMDTESKKDPEGCDKSDDKNTVNLFGKVIETTEQDQEPSEATVGNGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PGTTKSNAGMKHGTMDTESKKDPEGCDKSDDKNTVNLFGKVIETTEQDQEPSEATVGNGE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 VTLTYATGTKEESAGVQDNLFLEKAMQLAKRHANALFDYAVTGDVKMLLAVQRHLTAVQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VTLTYATGTKEESAGVQDNLFLEKAMQLAKRHANALFDYAVTGDVKMLLAVQRHLTAVQD
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550 560 570 580 590 600
pF1KB3 ENGDSVLHLAIIHLHSQLVRDLLEVTSGLISDDIINMRNDLYQTPLHLAVITKQEDVVED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ENGDSVLHLAIIHLHSQLVRDLLEVTSGLISDDIINMRNDLYQTPLHLAVITKQEDVVED
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 LLRAGADLSLLDRLGNSVLHLAAKEGHDKVLSILLKHKKAALLLDHPNGDGLNAIHLAMM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LLRAGADLSLLDRLGNSVLHLAAKEGHDKVLSILLKHKKAALLLDHPNGDGLNAIHLAMM
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 SNSLPCLLLLVAAGADVNAQEQKSGRTALHLAVEHDNISLAGCLLLEGDAHVDSTTYDGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SNSLPCLLLLVAAGADVNAQEQKSGRTALHLAVEHDNISLAGCLLLEGDAHVDSTTYDGT
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 TPLHIAAGRGSTRLAALLKAAGADPLVENFEPLYDLDDSWENAGEDEGVVPGTTPLDMAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TPLHIAAGRGSTRLAALLKAAGADPLVENFEPLYDLDDSWENAGEDEGVVPGTTPLDMAT
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 SWQVFDILNGKPYEPEFTSDDLLAQGDMKQLAEDVKLQLYKLLEIPDPDKNWATLAQKLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SWQVFDILNGKPYEPEFTSDDLLAQGDMKQLAEDVKLQLYKLLEIPDPDKNWATLAQKLG
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 LGILNNAFRLSPAPSKTLMDNYEVSGGTVRELVEALRQMGYTEAIEVIQAASSPVKTTSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LGILNNAFRLSPAPSKTLMDNYEVSGGTVRELVEALRQMGYTEAIEVIQAASSPVKTTSQ
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB3 AHSLPLSPASTRQQIDELRDSDSVCDSGVETSFRKLSFTESLTSGASLLTLNKMPHDYGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 AHSLPLSPASTRQQIDELRDSDSVCDSGVETSFRKLSFTESLTSGASLLTLNKMPHDYGQ
910 920 930 940 950 960
pF1KB3 EGPLEGKI
::::::::
CCDS54 EGPLEGKI
>>CCDS3657.1 NFKB1 gene_id:4790|Hs108|chr4 (969 aa)
initn: 6393 init1: 6129 opt: 6395 Z-score: 3839.4 bits: 721.8 E(32554): 1.6e-207
Smith-Waterman score: 6395; 99.9% identity (99.9% similar) in 969 aa overlap (1-968:1-969)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MAEDDPYLGRPEQMFHLDPSLTHTIFNPEVFQPQMALPT-DGPYLQILEQPKQRGFRFRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
CCDS36 MAEDDPYLGRPEQMFHLDPSLTHTIFNPEVFQPQMALPTADGPYLQILEQPKQRGFRFRY
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 VCEGPSHGGLPGASSEKNKKSYPQVKICNYVGPAKVIVQLVTNGKNIHLHAHSLVGKHCE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 VCEGPSHGGLPGASSEKNKKSYPQVKICNYVGPAKVIVQLVTNGKNIHLHAHSLVGKHCE
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 DGICTVTAGPKDMVVGFANLGILHVTKKKVFETLEARMTEACIRGYNPGLLVHPDLAYLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 DGICTVTAGPKDMVVGFANLGILHVTKKKVFETLEARMTEACIRGYNPGLLVHPDLAYLQ
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 AEGGGDRQLGDREKELIRQAALQQTKEMDLSVVRLMFTAFLPDSTGSFTRRLEPVVSDAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 AEGGGDRQLGDREKELIRQAALQQTKEMDLSVVRLMFTAFLPDSTGSFTRRLEPVVSDAI
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 YDSKAPNASNLKIVRMDRTAGCVTGGEEIYLLCDKVQKDDIQIRFYEEEENGGVWEGFGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 YDSKAPNASNLKIVRMDRTAGCVTGGEEIYLLCDKVQKDDIQIRFYEEEENGGVWEGFGD
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 FSPTDVHRQFAIVFKTPKYKDINITKPASVFVQLRRKSDLETSEPKPFLYYPEIKDKEEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 FSPTDVHRQFAIVFKTPKYKDINITKPASVFVQLRRKSDLETSEPKPFLYYPEIKDKEEV
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 QRKRQKLMPNFSDSFGGGSGAGAGGGGMFGSGGGGGGTGSTGPGYSFPHYGFPTYGGITF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 QRKRQKLMPNFSDSFGGGSGAGAGGGGMFGSGGGGGGTGSTGPGYSFPHYGFPTYGGITF
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 HPGTTKSNAGMKHGTMDTESKKDPEGCDKSDDKNTVNLFGKVIETTEQDQEPSEATVGNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 HPGTTKSNAGMKHGTMDTESKKDPEGCDKSDDKNTVNLFGKVIETTEQDQEPSEATVGNG
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 EVTLTYATGTKEESAGVQDNLFLEKAMQLAKRHANALFDYAVTGDVKMLLAVQRHLTAVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 EVTLTYATGTKEESAGVQDNLFLEKAMQLAKRHANALFDYAVTGDVKMLLAVQRHLTAVQ
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 DENGDSVLHLAIIHLHSQLVRDLLEVTSGLISDDIINMRNDLYQTPLHLAVITKQEDVVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 DENGDSVLHLAIIHLHSQLVRDLLEVTSGLISDDIINMRNDLYQTPLHLAVITKQEDVVE
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 DLLRAGADLSLLDRLGNSVLHLAAKEGHDKVLSILLKHKKAALLLDHPNGDGLNAIHLAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 DLLRAGADLSLLDRLGNSVLHLAAKEGHDKVLSILLKHKKAALLLDHPNGDGLNAIHLAM
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 MSNSLPCLLLLVAAGADVNAQEQKSGRTALHLAVEHDNISLAGCLLLEGDAHVDSTTYDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 MSNSLPCLLLLVAAGADVNAQEQKSGRTALHLAVEHDNISLAGCLLLEGDAHVDSTTYDG
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KB3 TTPLHIAAGRGSTRLAALLKAAGADPLVENFEPLYDLDDSWENAGEDEGVVPGTTPLDMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 TTPLHIAAGRGSTRLAALLKAAGADPLVENFEPLYDLDDSWENAGEDEGVVPGTTPLDMA
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820 830
pF1KB3 TSWQVFDILNGKPYEPEFTSDDLLAQGDMKQLAEDVKLQLYKLLEIPDPDKNWATLAQKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 TSWQVFDILNGKPYEPEFTSDDLLAQGDMKQLAEDVKLQLYKLLEIPDPDKNWATLAQKL
790 800 810 820 830 840
840 850 860 870 880 890
pF1KB3 GLGILNNAFRLSPAPSKTLMDNYEVSGGTVRELVEALRQMGYTEAIEVIQAASSPVKTTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 GLGILNNAFRLSPAPSKTLMDNYEVSGGTVRELVEALRQMGYTEAIEVIQAASSPVKTTS
850 860 870 880 890 900
900 910 920 930 940 950
pF1KB3 QAHSLPLSPASTRQQIDELRDSDSVCDSGVETSFRKLSFTESLTSGASLLTLNKMPHDYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 QAHSLPLSPASTRQQIDELRDSDSVCDSGVETSFRKLSFTESLTSGASLLTLNKMPHDYG
910 920 930 940 950 960
960
pF1KB3 QEGPLEGKI
:::::::::
CCDS36 QEGPLEGKI
>>CCDS41565.1 NFKB2 gene_id:4791|Hs108|chr10 (899 aa)
initn: 1759 init1: 463 opt: 923 Z-score: 571.2 bits: 117.0 E(32554): 1.7e-25
Smith-Waterman score: 2240; 44.7% identity (68.5% similar) in 899 aa overlap (18-899:17-858)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MAEDDPYLGRPEQMFHLDPSLTHTIFNPEVFQPQMALPTDGPYLQILEQPKQRGFRFRYV
: .:. .: .:. :. : ::::: :.::::::::::::
CCDS41 MESCYNPGLDGIIEYDDFKLNSSIVEPKEPAPETA---DGPYLVIVEQPKQRGFRFRYG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB3 CEGPSHGGLPGASSEKNKKSYPQVKICNYVGPAKVIVQLVTNGKNIHLHAHSLVGKHC-E
::::::::::::::::..:.:: :::::: ::::. :.:::.. . ::::::::.: :
CCDS41 CEGPSHGGLPGASSEKGRKTYPTVKICNYEGPAKIEVDLVTHSDPPRAHAHSLVGKQCSE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 DGICTVTAGPKDMVVGFANLGILHVTKKKVFETLEARMTEACIRGYNPGLLVHPDLAYLQ
:::.:..:::::.. : :::.::::::... :. .. . .:. :: .
CCDS41 LGICAVSVGPKDMTAQFNNLGVLHVTKKNMMGTMIQKLQRQRLRSRPQGLT--------E
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 AEGGGDRQLGDREKELIRQAALQQTKEMDLSVVRLMFTAFLPDSTGSFTRRLEPVVSDAI
:: .:.: .. ::: : ::::.::: :.::: : :::. :.::.:. :
CCDS41 AE---QRELEQEAKEL--------KKVMDLSIVRLRFSAFLRASDGSFSLPLKPVISQPI
170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 YDSKAPNASNLKIVRMDRTAGCVTGGEEIYLLCDKVQKDDIQIRFYEEEENGGVWEGFGD
.:::.:.:::::: :::.::: : ::.:.::::::::::::..::::..::: :..:::
CCDS41 HDSKSPGASNLKISRMDKTAGSVRGGDEVYLLCDKVQKDDIEVRFYEDDENG--WQAFGD
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 FSPTDVHRQFAIVFKTPKYKDINITKPASVFVQLRRKSDLETSEPKPFLYYPEIKDKEEV
:::::::.:.::::.:: :. ..: .:..::.::.:: ..:. : : ::: ..:::::
CCDS41 FSPTDVHKQYAIVFRTPPYHKMKIERPVTVFLQLKRKRGGDVSDSKQFTYYPLVEDKEEV
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 QRKRQKLMPNFSDSFGGGSGAGAGGGGMFGSGGGGGGTGSTGPGYSFPHYGFPTYGGITF
::::.: .:.::. ::::: :.:.:: :. ::.:: :: : : ::. ....
CCDS41 QRKRRKALPTFSQPFGGGSHMGGGSGGAAGGYGGAGGGGSLG----F----FPS--SLAY
340 350 360 370 380
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 HPGTTKSNAGMKHGTMDTESKKDPEGCDKSDDKNTVNLFGKVIETTEQDQEPSEATVGNG
: .:.:: : :: . .. .. .. . .. .: .: ..
CCDS41 SP--YQSGAG-------------PMGCYPGGGGGA--QMAATVPSRDSGEEAAEPSAP--
390 400 410 420
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 EVTLTYATGTKEESAGVQDNLFLEKAMQLAKRHANALFDYAVTGDVKMLLAVQRHLTAVQ
. : . . . . . ::.: : ::.::.::.:.. ::: :::: ..:
CCDS41 --SRTPQCEPQAPEMLQRAREYNARLFGLAQRSARALLDYGVTADARALLAGQRHLLTAQ
430 440 450 460 470 480
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 DENGDSVLHLAIIHLHSQLVRDLLEVTSGLISDDIINMRNDLYQTPLHLAVITKQEDVVE
:::::. ::::::: ......... : . ..:. : :.:::::::::: : .::
CCDS41 DENGDTPLHLAIIHGQTSVIEQIVYVIHHAQDLGVVNLTNHLHQTPLHLAVITGQTSVVS
490 500 510 520 530 540
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 DLLRAGADLSLLDRLGNSVLHLA--AKEGHDKVLSILLKHKKAAL--LLDHPNGDGLNAI
:::.::: .:::: :.:..::: : : ..: ::. :. :: :. .:: .
CCDS41 FLLRVGADPALLDRHGDSAMHLALRAGAGAPELLRALLQSGAPAVPQLLHMPDFEGLYPV
550 560 570 580 590 600
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 HLAMMSNSLPCLLLLVAAGADVNAQEQKSGRTALHLAVEHDNISLAGCLLLEGDAHVDST
:::. . : :: ::: .::.:.: :...::::::::.: ....:. :. . :.:..
CCDS41 HLAVRARSPECLDLLVDSGAEVEATERQGGRTALHLATEMEELGLVTHLVTKLRANVNAR
610 620 630 640 650 660
720 730 740 750 760
pF1KB3 TYDGTTPLHIAAGRGSTRLAALLKAAGADPLVENFEPLYDL------DDSWENAGEDEGV
:. :.::::.::: : :. :: :::: .:: ::: : :.. .. : .. .
CCDS41 TFAGNTPLHLAAGLGYPTLTRLLLKAGADIHAENEEPLCPLPSPPTSDSDSDSEGPEKDT
670 680 690 700 710 720
770 780 790 800 810 820
pF1KB3 VP---GTTPLDMATSWQVFDIL-NG--KPYEPEFTSDDLLAQGDMKQLAEDVKLQLYKLL
: ::::.. : .: .: :. . .:: .: . : .:.. . .: .::
CCDS41 RSSFRGHTPLDLTCSTKVKTLLLNAAQNTMEPPLTPPS--PAGPGLSLGDTALQNLEQLL
730 740 750 760 770 780
830 840 850 860 870 880
pF1KB3 EIPDPDKNWATLAQKLGLGILNNAFRLSPAPSKTLMDNYEVSGGTVRELVEALRQMGYTE
. :. . .:: ::..::: : ...: . .:: .:. .::..:: . :.::: .:: :
CCDS41 DGPEAQGSWAELAERLGLRSLVDTYRQTTSPSGSLLRSYELAGGDLAGLLEALSDMGLEE
790 800 810 820 830 840
890 900 910 920 930 940
pF1KB3 AIEVIQAASSPVKTTSQAHSLPLSPASTRQQIDELRDSDSVCDSGVETSFRKLSFTESLT
....... . : :
CCDS41 GVRLLRGPETRDKLPSTEVKEDSAYGSQSVEQEAEKLGPPPEPPGGLCHGHPQPQVH
850 860 870 880 890
>>CCDS41564.1 NFKB2 gene_id:4791|Hs108|chr10 (900 aa)
initn: 1714 init1: 463 opt: 923 Z-score: 571.2 bits: 117.0 E(32554): 1.7e-25
Smith-Waterman score: 2244; 44.7% identity (68.5% similar) in 901 aa overlap (18-901:17-860)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MAEDDPYLGRPEQMFHLDPSLTHTIFNPEVFQPQMALPTDGPYLQILEQPKQRGFRFRYV
: .:. .: .:. :. : ::::: :.::::::::::::
CCDS41 MESCYNPGLDGIIEYDDFKLNSSIVEPKEPAPETA---DGPYLVIVEQPKQRGFRFRYG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB3 CEGPSHGGLPGASSEKNKKSYPQVKICNYVGPAKVIVQLVTNGKNIHLHAHSLVGKHC-E
::::::::::::::::..:.:: :::::: ::::. :.:::.. . ::::::::.: :
CCDS41 CEGPSHGGLPGASSEKGRKTYPTVKICNYEGPAKIEVDLVTHSDPPRAHAHSLVGKQCSE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 DGICTVTAGPKDMVVGFANLGILHVTKKKVFETLEARMTEACIRGYNPGLLVHPDLAYLQ
:::.:..:::::.. : :::.::::::... :. .. . .:. :: .
CCDS41 LGICAVSVGPKDMTAQFNNLGVLHVTKKNMMGTMIQKLQRQRLRSRPQGLT--------E
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