Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3088
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3088, 418 aa
1>>>pF1KB3088 418 - 418 aa - 418 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1200+/-0.000942; mu= 13.3106+/- 0.057
mean_var=86.4613+/-16.950, 0's: 0 Z-trim(106.8): 32 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.137931
statistics sampled from 9202 (9223) to 9202 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.649), E-opt: 0.2 (0.283), width: 16
Scan time: 2.970
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5740.1 PRKAR2B gene_id:5577|Hs108|chr7 ( 418) 2758 558.9 3.3e-159
CCDS2778.1 PRKAR2A gene_id:5576|Hs108|chr3 ( 404) 1601 328.6 6.4e-90
CCDS82771.1 PRKAR2A gene_id:5576|Hs108|chr3 ( 382) 1100 228.9 6.3e-60
CCDS34579.1 PRKAR1B gene_id:5575|Hs108|chr7 ( 381) 788 166.9 3.1e-41
CCDS11678.1 PRKAR1A gene_id:5573|Hs108|chr17 ( 381) 775 164.3 1.8e-40
CCDS62307.1 PRKAR1A gene_id:5573|Hs108|chr17 ( 337) 598 129.0 6.7e-30
CCDS64005.1 PRKG2 gene_id:5593|Hs108|chr4 ( 733) 459 101.5 2.7e-21
CCDS3589.1 PRKG2 gene_id:5593|Hs108|chr4 ( 762) 459 101.5 2.8e-21
CCDS7244.1 PRKG1 gene_id:5592|Hs108|chr10 ( 686) 443 98.3 2.3e-20
CCDS44399.1 PRKG1 gene_id:5592|Hs108|chr10 ( 671) 426 94.9 2.4e-19
>>CCDS5740.1 PRKAR2B gene_id:5577|Hs108|chr7 (418 aa)
initn: 2758 init1: 2758 opt: 2758 Z-score: 2971.9 bits: 558.9 E(32554): 3.3e-159
Smith-Waterman score: 2758; 100.0% identity (100.0% similar) in 418 aa overlap (1-418:1-418)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSIEIPAGLTELLQGFTVEVLRHQPADLLEFALQHFTRLQQENERKGTARFGHEGRTWGD
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CCDS57 MSIEIPAGLTELLQGFTVEVLRHQPADLLEFALQHFTRLQQENERKGTARFGHEGRTWGD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 LGAAAGGGTPSKGVNFAEEPMQSDSEDGEEEEAAPADAGAFNAPVINRFTRRASVCAEAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 LGAAAGGGTPSKGVNFAEEPMQSDSEDGEEEEAAPADAGAFNAPVINRFTRRASVCAEAY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 NPDEEEDDAESRIIHPKTDDQRNRLQEACKDILLFKNLDPEQMSQVLDAMFEKLVKDGEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 NPDEEEDDAESRIIHPKTDDQRNRLQEACKDILLFKNLDPEQMSQVLDAMFEKLVKDGEH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 VIDQGDDGDNFYVIDRGTFDIYVKCDGVGRCVGNYDNRGSFGELALMYNTPRAATITATS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 VIDQGDDGDNFYVIDRGTFDIYVKCDGVGRCVGNYDNRGSFGELALMYNTPRAATITATS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 PGALWGLDRVTFRRIIVKNNAKKRKMYESFIESLPFLKSLEFSERLKVVDVIGTKVYNDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 PGALWGLDRVTFRRIIVKNNAKKRKMYESFIESLPFLKSLEFSERLKVVDVIGTKVYNDG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 EQIIAQGDSADSFFIVESGEVKITMKRKGKSEVEENGAVEIARCSRGQYFGELALVTNKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 EQIIAQGDSADSFFIVESGEVKITMKRKGKSEVEENGAVEIARCSRGQYFGELALVTNKP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB3 RAASAHAIGTVKCLAMDVQAFERLLGPCMEIMKRNIATYEEQLVALFGTNMDIVEPTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 RAASAHAIGTVKCLAMDVQAFERLLGPCMEIMKRNIATYEEQLVALFGTNMDIVEPTA
370 380 390 400 410
>>CCDS2778.1 PRKAR2A gene_id:5576|Hs108|chr3 (404 aa)
initn: 1767 init1: 1187 opt: 1601 Z-score: 1727.8 bits: 328.6 E(32554): 6.4e-90
Smith-Waterman score: 1759; 66.7% identity (84.0% similar) in 412 aa overlap (3-413:4-399)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MSIEIPAGLTELLQGFTVEVLRHQPADLLEFALQHFTRLQQENERKGTARFGHEGRTWG
:.:: ::::::::.::::::.:: ::.:::...::::. : .. : .
CCDS27 MSHIQIPPGLTELLQGYTVEVLRQQPPDLVEFAVEYFTRLR---EARAPASVLPAATPRQ
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 DLGAAAGGGTPSKGVNFAEEPMQSDSEDGEEEEAAPADAGAFNAPVINRFTRRASVCAEA
.:: : : . . . ..:::. :.:. ...:: .::.::.:::::.
CCDS27 SLGHPP----PEPGPDRVADA-KGDSESEEDED--------LEVPVPSRFNRRVSVCAET
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 YNPDEEEDDAESRIIHPKTDDQRNRLQEACKDILLFKNLDPEQMSQVLDAMFEKLVKDGE
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CCDS27 YNPDEEEEDTDPRVIHPKTDEQRCRLQEACKDILLFKNLDQEQLSQVLDAMFERIVKADE
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 HVIDQGDDGDNFYVIDRGTFDIYVKCDGVGRCVGNYDNRGSFGELALMYNTPRAATITAT
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CCDS27 HVIDQGDDGDNFYVIERGTYDILVTKDNQTRSVGQYDNRGSFGELALMYNTPRAATIVAT
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 SPGALWGLDRVTFRRIIVKNNAKKRKMYESFIESLPFLKSLEFSERLKVVDVIGTKVYND
: :.:::::::::::::::::::::::.::::::.:.::::: :::.:.::::: :.:.:
CCDS27 SEGSLWGLDRVTFRRIIVKNNAKKRKMFESFIESVPLLKSLEVSERMKIVDVIGEKIYKD
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 GEQIIAQGDSADSFFIVESGEVKITMKRKGKSEVEE-NGAVEIARCSRGQYFGELALVTN
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CCDS27 GERIITQGEKADSFYIIESGEVSILIRSRTKSNKDGGNQEVEIARCHKGQYFGELALVTN
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 KPRAASAHAIGTVKCLAMDVQAFERLLGPCMEIMKRNIATYEEQLVALFGTNMDIVEPTA
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CCDS27 KPRAASAYAVGDVKCLVMDVQAFERLLGPCMDIMKRNISHYEEQLVKMFGSSVDLGNLGQ
350 360 370 380 390 400
>>CCDS82771.1 PRKAR2A gene_id:5576|Hs108|chr3 (382 aa)
initn: 1732 init1: 1089 opt: 1100 Z-score: 1189.4 bits: 228.9 E(32554): 6.3e-60
Smith-Waterman score: 1627; 64.2% identity (79.6% similar) in 411 aa overlap (3-413:4-377)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MSIEIPAGLTELLQGFTVEVLRHQPADLLEFALQHFTRLQQENERKGTARFGHEGRTWG
:.:: ::::::::.::::::.:: ::.:::...::::. : .. : .
CCDS82 MSHIQIPPGLTELLQGYTVEVLRQQPPDLVEFAVEYFTRLR---EARAPASVLPAATPRQ
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 DLGAAAGGGTPSKGVNFAEEPMQSDSEDGEEEEAAPADAGAFNAPVINRFTRRASVCAEA
.:: : : . . . ..:::. :.:. ...:: .::.::.:::::.
CCDS82 SLGHPP----PEPGPDRVADA-KGDSESEEDED--------LEVPVPSRFNRRVSVCAET
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 YNPDEEEDDAESRIIHPKTDDQRNRLQEACKDILLFKNLDPEQMSQVLDAMFEKLVKDGE
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CCDS82 YNPDEEEEDTDPRVIHPKTDEQRCRLQEACKDILLFKNLDQEQLSQVLDAMFERIVKADE
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 HVIDQGDDGDNFYVIDRGTFDIYVKCDGVGRCVGNYDNRGSFGELALMYNTPRAATITAT
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CCDS82 HVIDQGDDGDNFYVIERGTYDILVTKDNQTRSVGQYDNRGSFGELALMYNTPRAATIVAT
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 SPGALWGLDRVTFRRIIVKNNAKKRKMYESFIESLPFLKSLEFSERLKVVDVIGTKVYND
: :.:::::::::::::::::::::::.::::::.:.::::: :::.:.::::: :.:.:
CCDS82 SEGSLWGLDRVTFRRIIVKNNAKKRKMFESFIESVPLLKSLEVSERMKIVDVIGEKIYKD
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 GEQIIAQGDSADSFFIVESGEVKITMKRKGKSEVEENGAVEIARCSRGQYFGELALVTNK
::.::.: : : :..::: :::: .:::::::::::::
CCDS82 GERIITQTKSN---------------KDGGNQEVE------IARCHKGQYFGELALVTNK
290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 PRAASAHAIGTVKCLAMDVQAFERLLGPCMEIMKRNIATYEEQLVALFGTNMDIVEPTA
::::::.:.: ::::.::::::::::::::.::::::. :::::: .::...:.
CCDS82 PRAASAYAVGDVKCLVMDVQAFERLLGPCMDIMKRNISHYEEQLVKMFGSSVDLGNLGQ
330 340 350 360 370 380
>>CCDS34579.1 PRKAR1B gene_id:5575|Hs108|chr7 (381 aa)
initn: 823 init1: 363 opt: 788 Z-score: 853.9 bits: 166.9 E(32554): 3.1e-41
Smith-Waterman score: 820; 38.3% identity (64.2% similar) in 394 aa overlap (8-399:26-373)
10 20 30 40
pF1KB3 MSIEIPAGLTELLQGFTVEVLRHQPADLLEFALQHFTRLQQE
:. ..:. :.. .: ..: .:: .:..:
CCDS34 MASPPACPSEEDESLKGCELYVQLHGIQQVLKDCIVHLCISKPERPMKFLREHFEKLEKE
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 NERKGTARFGHEGRTWGDLGAAAGGGTPSKGVNFAEEPMQSDSEDGEEEEAAPADAGAFN
..:. :: . ::::.: ::..:. .
CCDS34 ENRQILAR--------------------------QKSNSQSDSHD---EEVSPTPPN---
70 80
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 APVINRFTRRASVCAEAYNPDEEEDDAES--RIIHPKTDDQRNRLQEACKDILLFKNLDP
::.. ::..: ::.:. :.:: : : . :: . : .: . .:: .::
CCDS34 -PVVKARRRRGGVSAEVYT----EEDAVSYVRKVIPKDYKTMTALAKAISKNVLFAHLDD
90 100 110 120 130 140
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 EQMSQVLDAMFEKLVKDGEHVIDQGDDGDNFYVIDRGTFDIYVKCDGVGRCVGNYDNRGS
.. :...:::: :: ::.::..::::::.:.: :.::. :. : : .. ::
CCDS34 NERSDIFDAMFPVTHIAGETVIQQGNEGDNFYVVDQGEVDVYVN----GEWVTNISEGGS
150 160 170 180 190
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 FGELALMYNTPRAATITATSPGALWGLDRVTFRRIIVKNNAKKRKMYESFIESLPFLKSL
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CCDS34 FGELALIYGTPRAATVKAKTDLKLWGIDRDSYRRILMGSTLRKRKMYEEFLSKVSILESL
200 210 220 230 240 250
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 EFSERLKVVDVIGTKVYNDGEQIIAQGDSADSFFIVESGEVKITMKRKGKSEVEENGAVE
: ::: :.:.. ..:::.:..::. .:.:.:. : ... ..:. . : ::
CCDS34 EKWERLTVADALEPVQFEDGEKIVVQGEPGDDFYIITEGTASVLQRRSPNEEY-----VE
260 270 280 290 300 310
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 IARCSRGQYFGELALVTNKPRAASAHAIGTVKCLAMDVQAFERLLGPCMEIMKRNIATYE
..: . ..::::.::. :.::::.. : : .::. .: :::.:::: ::.:::: :
CCDS34 VGRLGPSDYFGEIALLLNRPRAATVVARGPLKCVKLDRPRFERVLGPCSEILKRNIQRYN
320 330 340 350 360 370
410
pF1KB3 EQLVALFGTNMDIVEPTA
CCDS34 SFISLTV
380
>>CCDS11678.1 PRKAR1A gene_id:5573|Hs108|chr17 (381 aa)
initn: 757 init1: 353 opt: 775 Z-score: 839.9 bits: 164.3 E(32554): 1.8e-40
Smith-Waterman score: 786; 43.2% identity (69.2% similar) in 315 aa overlap (87-399:76-373)
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 TWGDLGAAAGGGTPSKGVNFAEEPMQSDSEDGEEEEAAPADAGAFNAPVINRFTRRASVC
:..:.: .: . ::.. ::...
CCDS11 PMAFLREYFERLEKEEAKQIQNLQKAGTRTDSREDEISPPPPN----PVVKGRRRRGAIS
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 AEAYNPDEEEDDAES--RIIHPKTDDQRNRLQEACKDILLFKNLDPEQMSQVLDAMFEKL
::.:. :.:: : : . :: : .: . .::..:: .. :...::::
CCDS11 AEVYT----EEDAASYVRKVIPKDYKTMAALAKAIEKNVLFSHLDDNERSDIFDAMFSVS
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 VKDGEHVIDQGDDGDNFYVIDRGTFDIYVKCDGVGRCVGNYDNRGSFGELALMYNTPRAA
:: ::.:::.::::::::.: :.::. . . ::. ::::::::.:.:::::
CCDS11 FIAGETVIQQGDEGDNFYVIDQGETDVYVNNEWA-TSVGE---GGSFGELALIYGTPRAA
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 TITATSPGALWGLDRVTFRRIIVKNNAKKRKMYESFIESLPFLKSLEFSERLKVVDVIGT
:. : . :::.:: ..:::.. .. .:::::: :. .. .:.::. ::: :.:..
CCDS11 TVKAKTNVKLWGIDRDSYRRILMGSTLRKRKMYEEFLSKVSILESLDKWERLTVADALEP
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 KVYNDGEQIIAQGDSADSFFIVESGEVKITMKRKGKSEVEENGAVEIARCSRGQYFGELA
..::..:..::. .: :::. : . . ..: :: :: ::..: . ..::::.:
CCDS11 VQFEDGQKIVVQGEPGDEFFIILEGSAAVLQRR---SENEE--FVEVGRLGPSDYFGEIA
280 290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 LVTNKPRAASAHAIGTVKCLAMDVQAFERLLGPCMEIMKRNIATYEEQLVALFGTNMDIV
:. :.::::.. : : .::. .: :::.:::: .:.:::: :
CCDS11 LLMNRPRAATVVARGPLKCVKLDRPRFERVLGPCSDILKRNIQQYNSFVSLSV
330 340 350 360 370 380
pF1KB3 EPTA
>>CCDS62307.1 PRKAR1A gene_id:5573|Hs108|chr17 (337 aa)
initn: 580 init1: 353 opt: 598 Z-score: 650.3 bits: 129.0 E(32554): 6.7e-30
Smith-Waterman score: 609; 41.0% identity (67.9% similar) in 271 aa overlap (87-355:76-329)
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 TWGDLGAAAGGGTPSKGVNFAEEPMQSDSEDGEEEEAAPADAGAFNAPVINRFTRRASVC
:..:.: .: . ::.. ::...
CCDS62 PMAFLREYFERLEKEEAKQIQNLQKAGTRTDSREDEISPPPPN----PVVKGRRRRGAIS
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 AEAYNPDEEEDDAES--RIIHPKTDDQRNRLQEACKDILLFKNLDPEQMSQVLDAMFEKL
::.:. :.:: : : . :: : .: . .::..:: .. :...::::
CCDS62 AEVYT----EEDAASYVRKVIPKDYKTMAALAKAIEKNVLFSHLDDNERSDIFDAMFSVS
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 VKDGEHVIDQGDDGDNFYVIDRGTFDIYVKCDGVGRCVGNYDNRGSFGELALMYNTPRAA
:: ::.:::.::::::::.: :.::. . . ::. ::::::::.:.:::::
CCDS62 FIAGETVIQQGDEGDNFYVIDQGETDVYVNNEWA-TSVGEG---GSFGELALIYGTPRAA
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 TITATSPGALWGLDRVTFRRIIVKNNAKKRKMYESFIESLPFLKSLEFSERLKVVDVIGT
:. : . :::.:: ..:::.. .. .:::::: :. .. .:.::. ::: :.:..
CCDS62 TVKAKTNVKLWGIDRDSYRRILMGSTLRKRKMYEEFLSKVSILESLDKWERLTVADALEP
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 KVYNDGEQIIAQGDSADSFFIVESGEVKITMKRKGKSEVEENGAVEIARCSRGQYFGELA
..::..:..::. .: :::. : . . ..: :: :: ::..: . ..:::.:
CCDS62 VQFEDGQKIVVQGEPGDEFFIILEGSAAVLQRR---SENEE--FVEVGRLGPSDYFGHLI
280 290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 LVTNKPRAASAHAIGTVKCLAMDVQAFERLLGPCMEIMKRNIATYEEQLVALFGTNMDIV
.
CCDS62 ISRRSIPLG
330
>>CCDS64005.1 PRKG2 gene_id:5593|Hs108|chr4 (733 aa)
initn: 378 init1: 265 opt: 459 Z-score: 495.7 bits: 101.5 E(32554): 2.7e-21
Smith-Waterman score: 459; 25.9% identity (64.5% similar) in 321 aa overlap (81-393:88-399)
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 FGHEGRTWGDLGAAAGGGTPSKGVNFAEEPMQSDSEDGEEEEAAPADAGAFNAPVINRFT
::. : . .: .. .. ... .
CCDS64 LSKQTVAIAELTEELQNKCIQLNKLQDVVHMQGGSPLQASPDKVPLEVHRKTSGLVSLHS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KB3 RR---ASVCAE----AYNPDEEEDDAESRIIHPKTDDQRNRLQEACKDILLFKNLDPEQM
:: :.: :: .:. .. . . . : ..... . .: . ..: :::.:.
CCDS64 RRGAKAGVSAEPTTRTYDLNKPPEFSFEKARVRKDSSEKKLITDALNKNQFLKRLDPQQI
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 SQVLDAMFEKLVKDGEHVIDQGDDGDNFYVIDRGTFDIYVKCDGVGRCVGNYDNRGSFGE
..... :. . ..: ..: ::. :....:. .: .... .: . ... .:::
CCDS64 KDMVECMYGRNYQQGSYIIKQGEPGNHIFVLAEGRLEVF---QGE-KLLSSIPMWTTFGE
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 LALMYNTPRAATITATSPGALWGLDRVTFRRIIVKNNAKKRKMYESFIESLPFLKSLEFS
::..:: :.:.. : . :.::: .:. :. .. . ..:..:..:. .::.: .
CCDS64 LAILYNCTRTASVKAITNVKTWALDREVFQNIMRRTAQARDEQYRNFLRSVSLLKNLPED
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 ERLKVVDVIGTKVYNDGEQIIAQGDSADSFFIVESGEVKITMKRKGKSEVEENGAVEIAR
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CCDS64 KLTKIIDCLEVEYYDKGDYIIREGEEGSTFFILAKGKVKVTQSTEGHDQPQL-----IKT
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]