Result of FASTA (omim) for
pF1KB3078
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3078, 941 aa
1>>>pF1KB3078 941 - 941 aa - 941 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2787+/-0.000393; mu= 9.7933+/- 0.025
mean_var=232.0218+/-48.240, 0's: 0 Z-trim(120.0): 32 B-trim: 1122 in 1/58
Lambda= 0.084200
statistics sampled from 34775 (34807) to 34775 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.702), E-opt: 0.2 (0.408), width: 16
Scan time: 13.870
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005449 (OMIM: 188890,607340) gamma-aminobutyric ( 941) 6310 780.3 0
XP_016870820 (OMIM: 188890,607340) PREDICTED: gamm ( 843) 5245 650.9 7.8e-186
XP_005252373 (OMIM: 188890,607340) PREDICTED: gamm ( 683) 4553 566.7 1.4e-160
XP_016870821 (OMIM: 188890,607340) PREDICTED: gamm ( 683) 4553 566.7 1.4e-160
NP_068703 (OMIM: 603540) gamma-aminobutyric acid t ( 844) 1614 209.8 4.7e-53
NP_068704 (OMIM: 603540) gamma-aminobutyric acid t ( 899) 1599 208.0 1.7e-52
XP_006715110 (OMIM: 603540) PREDICTED: gamma-amino ( 904) 1599 208.0 1.7e-52
XP_011512755 (OMIM: 603540) PREDICTED: gamma-amino ( 897) 1592 207.2 3.1e-52
NP_001305982 (OMIM: 603540) gamma-aminobutyric aci ( 784) 1589 206.7 3.6e-52
NP_001461 (OMIM: 603540) gamma-aminobutyric acid t ( 961) 1590 207.0 3.9e-52
XP_005249039 (OMIM: 603540) PREDICTED: gamma-amino ( 966) 1590 207.0 3.9e-52
XP_016866165 (OMIM: 603540) PREDICTED: gamma-amino ( 778) 1525 199.0 7.9e-50
XP_011512757 (OMIM: 603540) PREDICTED: gamma-amino ( 680) 1001 135.3 1e-30
NP_694547 (OMIM: 610464) probable G-protein couple ( 814) 522 77.2 3.9e-13
XP_016861285 (OMIM: 610464) PREDICTED: probable G- ( 814) 522 77.2 3.9e-13
XP_005247222 (OMIM: 610464) PREDICTED: probable G- ( 814) 522 77.2 3.9e-13
XP_016861284 (OMIM: 610464) PREDICTED: probable G- ( 814) 522 77.2 3.9e-13
NP_001161743 (OMIM: 610464) probable G-protein cou ( 810) 509 75.6 1.2e-12
XP_016861286 (OMIM: 610464) PREDICTED: probable G- ( 810) 509 75.6 1.2e-12
XP_011510786 (OMIM: 610464) PREDICTED: probable G- ( 733) 468 70.5 3.4e-11
XP_011510789 (OMIM: 610464) PREDICTED: probable G- ( 733) 468 70.5 3.4e-11
XP_011514410 (OMIM: 601116) PREDICTED: metabotropi ( 552) 257 44.8 0.0015
XP_011514405 (OMIM: 601116) PREDICTED: metabotropi ( 629) 257 44.8 0.0016
XP_016867569 (OMIM: 601116) PREDICTED: metabotropi ( 629) 257 44.8 0.0016
>>NP_005449 (OMIM: 188890,607340) gamma-aminobutyric aci (941 aa)
initn: 6310 init1: 6310 opt: 6310 Z-score: 4155.9 bits: 780.3 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6310; 100.0% identity (100.0% similar) in 941 aa overlap (1-941:1-941)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MASPRSSGQPGPPPPPPPPPARLLLLLLLPLLLPLAPGAWGWARGAPRPPPSSPPLSIMG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MASPRSSGQPGPPPPPPPPPARLLLLLLLPLLLPLAPGAWGWARGAPRPPPSSPPLSIMG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 LMPLTKEVAKGSIGRGVLPAVELAIEQIRNESLLRPYFLDLRLYDTECDNAKGLKAFYDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LMPLTKEVAKGSIGRGVLPAVELAIEQIRNESLLRPYFLDLRLYDTECDNAKGLKAFYDA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 IKYGPNHLMVFGGVCPSVTSIIAESLQGWNLVQLSFAATTPVLADKKKYPYFFRTVPSDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 IKYGPNHLMVFGGVCPSVTSIIAESLQGWNLVQLSFAATTPVLADKKKYPYFFRTVPSDN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 AVNPAILKLLKHYQWKRVGTLTQDVQRFSEVRNDLTGVLYGEDIEISDTESFSNDPCTSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 AVNPAILKLLKHYQWKRVGTLTQDVQRFSEVRNDLTGVLYGEDIEISDTESFSNDPCTSV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 KKLKGNDVRIILGQFDQNMAAKVFCCAYEENMYGSKYQWIIPGWYEPSWWEQVHTEANSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 KKLKGNDVRIILGQFDQNMAAKVFCCAYEENMYGSKYQWIIPGWYEPSWWEQVHTEANSS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 RCLRKNLLAAMEGYIGVDFEPLSSKQIKTISGKTPQQYEREYNNKRSGVGPSKFHGYAYD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 RCLRKNLLAAMEGYIGVDFEPLSSKQIKTISGKTPQQYEREYNNKRSGVGPSKFHGYAYD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 GIWVIAKTLQRAMETLHASSRHQRIQDFNYTDHTLGRIILNAMNETNFFGVTGQVVFRNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 GIWVIAKTLQRAMETLHASSRHQRIQDFNYTDHTLGRIILNAMNETNFFGVTGQVVFRNG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 ERMGTIKFTQFQDSREVKVGEYNAVADTLEIINDTIRFQGSEPPKDKTIILEQLRKISLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 ERMGTIKFTQFQDSREVKVGEYNAVADTLEIINDTIRFQGSEPPKDKTIILEQLRKISLP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 LYSILSALTILGMIMASAFLFFNIKNRNQKLIKMSSPYMNNLIILGGMLSYASIFLFGLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LYSILSALTILGMIMASAFLFFNIKNRNQKLIKMSSPYMNNLIILGGMLSYASIFLFGLD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 GSFVSEKTFETLCTVRTWILTVGYTTAFGAMFAKTWRVHAIFKNVKMKKKIIKDQKLLVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 GSFVSEKTFETLCTVRTWILTVGYTTAFGAMFAKTWRVHAIFKNVKMKKKIIKDQKLLVI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 VGGMLLIDLCILICWQAVDPLRRTVEKYSMEPDPAGRDISIRPLLEHCENTHMTIWLGIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 VGGMLLIDLCILICWQAVDPLRRTVEKYSMEPDPAGRDISIRPLLEHCENTHMTIWLGIV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 YAYKGLLMLFGCFLAWETRNVSIPALNDSKYIGMSVYNVGIMCIIGAAVSFLTRDQPNVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 YAYKGLLMLFGCFLAWETRNVSIPALNDSKYIGMSVYNVGIMCIIGAAVSFLTRDQPNVQ
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 FCIVALVIIFCSTITLCLVFVPKLITLRTNPDAATQNRRFQFTQNQKKEDSKTSTSVTSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 FCIVALVIIFCSTITLCLVFVPKLITLRTNPDAATQNRRFQFTQNQKKEDSKTSTSVTSV
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 NQASTSRLEGLQSENHRLRMKITELDKDLEEVTMQLQDTPEKTTYIKQNHYQELNDILNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 NQASTSRLEGLQSENHRLRMKITELDKDLEEVTMQLQDTPEKTTYIKQNHYQELNDILNL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 GNFTESTDGGKAILKNHLDQNPQLQWNTTEPSRTCKDPIEDINSPEHIQRRLSLQLPILH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 GNFTESTDGGKAILKNHLDQNPQLQWNTTEPSRTCKDPIEDINSPEHIQRRLSLQLPILH
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940
pF1KB3 HAYLPSIGGVDASCVSPCVSPTASPRHRHVPPSFRVMVSGL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 HAYLPSIGGVDASCVSPCVSPTASPRHRHVPPSFRVMVSGL
910 920 930 940
>>XP_016870820 (OMIM: 188890,607340) PREDICTED: gamma-am (843 aa)
initn: 5245 init1: 5245 opt: 5245 Z-score: 3457.3 bits: 650.9 E(85289): 7.8e-186
Smith-Waterman score: 5245; 99.9% identity (100.0% similar) in 789 aa overlap (153-941:55-843)
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 YGPNHLMVFGGVCPSVTSIIAESLQGWNLVQLSFAATTPVLADKKKYPYFFRTVPSDNAV
.:::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PAPPTPDRCDFNLWTDQRCHIDMRRHDFCSELSFAATTPVLADKKKYPYFFRTVPSDNAV
30 40 50 60 70 80
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 NPAILKLLKHYQWKRVGTLTQDVQRFSEVRNDLTGVLYGEDIEISDTESFSNDPCTSVKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NPAILKLLKHYQWKRVGTLTQDVQRFSEVRNDLTGVLYGEDIEISDTESFSNDPCTSVKK
90 100 110 120 130 140
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LKGNDVRIILGQFDQNMAAKVFCCAYEENMYGSKYQWIIPGWYEPSWWEQVHTEANSSRC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LKGNDVRIILGQFDQNMAAKVFCCAYEENMYGSKYQWIIPGWYEPSWWEQVHTEANSSRC
150 160 170 180 190 200
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 LRKNLLAAMEGYIGVDFEPLSSKQIKTISGKTPQQYEREYNNKRSGVGPSKFHGYAYDGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LRKNLLAAMEGYIGVDFEPLSSKQIKTISGKTPQQYEREYNNKRSGVGPSKFHGYAYDGI
210 220 230 240 250 260
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 WVIAKTLQRAMETLHASSRHQRIQDFNYTDHTLGRIILNAMNETNFFGVTGQVVFRNGER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 WVIAKTLQRAMETLHASSRHQRIQDFNYTDHTLGRIILNAMNETNFFGVTGQVVFRNGER
270 280 290 300 310 320
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 MGTIKFTQFQDSREVKVGEYNAVADTLEIINDTIRFQGSEPPKDKTIILEQLRKISLPLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MGTIKFTQFQDSREVKVGEYNAVADTLEIINDTIRFQGSEPPKDKTIILEQLRKISLPLY
330 340 350 360 370 380
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 SILSALTILGMIMASAFLFFNIKNRNQKLIKMSSPYMNNLIILGGMLSYASIFLFGLDGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SILSALTILGMIMASAFLFFNIKNRNQKLIKMSSPYMNNLIILGGMLSYASIFLFGLDGS
390 400 410 420 430 440
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 FVSEKTFETLCTVRTWILTVGYTTAFGAMFAKTWRVHAIFKNVKMKKKIIKDQKLLVIVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FVSEKTFETLCTVRTWILTVGYTTAFGAMFAKTWRVHAIFKNVKMKKKIIKDQKLLVIVG
450 460 470 480 490 500
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 GMLLIDLCILICWQAVDPLRRTVEKYSMEPDPAGRDISIRPLLEHCENTHMTIWLGIVYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GMLLIDLCILICWQAVDPLRRTVEKYSMEPDPAGRDISIRPLLEHCENTHMTIWLGIVYA
510 520 530 540 550 560
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 YKGLLMLFGCFLAWETRNVSIPALNDSKYIGMSVYNVGIMCIIGAAVSFLTRDQPNVQFC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YKGLLMLFGCFLAWETRNVSIPALNDSKYIGMSVYNVGIMCIIGAAVSFLTRDQPNVQFC
570 580 590 600 610 620
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 IVALVIIFCSTITLCLVFVPKLITLRTNPDAATQNRRFQFTQNQKKEDSKTSTSVTSVNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IVALVIIFCSTITLCLVFVPKLITLRTNPDAATQNRRFQFTQNQKKEDSKTSTSVTSVNQ
630 640 650 660 670 680
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 ASTSRLEGLQSENHRLRMKITELDKDLEEVTMQLQDTPEKTTYIKQNHYQELNDILNLGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ASTSRLEGLQSENHRLRMKITELDKDLEEVTMQLQDTPEKTTYIKQNHYQELNDILNLGN
690 700 710 720 730 740
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 FTESTDGGKAILKNHLDQNPQLQWNTTEPSRTCKDPIEDINSPEHIQRRLSLQLPILHHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FTESTDGGKAILKNHLDQNPQLQWNTTEPSRTCKDPIEDINSPEHIQRRLSLQLPILHHA
750 760 770 780 790 800
910 920 930 940
pF1KB3 YLPSIGGVDASCVSPCVSPTASPRHRHVPPSFRVMVSGL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YLPSIGGVDASCVSPCVSPTASPRHRHVPPSFRVMVSGL
810 820 830 840
>>XP_005252373 (OMIM: 188890,607340) PREDICTED: gamma-am (683 aa)
initn: 4553 init1: 4553 opt: 4553 Z-score: 3004.1 bits: 566.7 E(85289): 1.4e-160
Smith-Waterman score: 4553; 100.0% identity (100.0% similar) in 683 aa overlap (259-941:1-683)
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 TESFSNDPCTSVKKLKGNDVRIILGQFDQNMAAKVFCCAYEENMYGSKYQWIIPGWYEPS
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MAAKVFCCAYEENMYGSKYQWIIPGWYEPS
10 20 30
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 WWEQVHTEANSSRCLRKNLLAAMEGYIGVDFEPLSSKQIKTISGKTPQQYEREYNNKRSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 WWEQVHTEANSSRCLRKNLLAAMEGYIGVDFEPLSSKQIKTISGKTPQQYEREYNNKRSG
40 50 60 70 80 90
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 VGPSKFHGYAYDGIWVIAKTLQRAMETLHASSRHQRIQDFNYTDHTLGRIILNAMNETNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VGPSKFHGYAYDGIWVIAKTLQRAMETLHASSRHQRIQDFNYTDHTLGRIILNAMNETNF
100 110 120 130 140 150
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 FGVTGQVVFRNGERMGTIKFTQFQDSREVKVGEYNAVADTLEIINDTIRFQGSEPPKDKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 FGVTGQVVFRNGERMGTIKFTQFQDSREVKVGEYNAVADTLEIINDTIRFQGSEPPKDKT
160 170 180 190 200 210
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 IILEQLRKISLPLYSILSALTILGMIMASAFLFFNIKNRNQKLIKMSSPYMNNLIILGGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 IILEQLRKISLPLYSILSALTILGMIMASAFLFFNIKNRNQKLIKMSSPYMNNLIILGGM
220 230 240 250 260 270
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 LSYASIFLFGLDGSFVSEKTFETLCTVRTWILTVGYTTAFGAMFAKTWRVHAIFKNVKMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LSYASIFLFGLDGSFVSEKTFETLCTVRTWILTVGYTTAFGAMFAKTWRVHAIFKNVKMK
280 290 300 310 320 330
590 600 610 620 630 640
pF1KB3 KKIIKDQKLLVIVGGMLLIDLCILICWQAVDPLRRTVEKYSMEPDPAGRDISIRPLLEHC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KKIIKDQKLLVIVGGMLLIDLCILICWQAVDPLRRTVEKYSMEPDPAGRDISIRPLLEHC
340 350 360 370 380 390
650 660 670 680 690 700
pF1KB3 ENTHMTIWLGIVYAYKGLLMLFGCFLAWETRNVSIPALNDSKYIGMSVYNVGIMCIIGAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ENTHMTIWLGIVYAYKGLLMLFGCFLAWETRNVSIPALNDSKYIGMSVYNVGIMCIIGAA
400 410 420 430 440 450
710 720 730 740 750 760
pF1KB3 VSFLTRDQPNVQFCIVALVIIFCSTITLCLVFVPKLITLRTNPDAATQNRRFQFTQNQKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VSFLTRDQPNVQFCIVALVIIFCSTITLCLVFVPKLITLRTNPDAATQNRRFQFTQNQKK
460 470 480 490 500 510
770 780 790 800 810 820
pF1KB3 EDSKTSTSVTSVNQASTSRLEGLQSENHRLRMKITELDKDLEEVTMQLQDTPEKTTYIKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EDSKTSTSVTSVNQASTSRLEGLQSENHRLRMKITELDKDLEEVTMQLQDTPEKTTYIKQ
520 530 540 550 560 570
830 840 850 860 870 880
pF1KB3 NHYQELNDILNLGNFTESTDGGKAILKNHLDQNPQLQWNTTEPSRTCKDPIEDINSPEHI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NHYQELNDILNLGNFTESTDGGKAILKNHLDQNPQLQWNTTEPSRTCKDPIEDINSPEHI
580 590 600 610 620 630
890 900 910 920 930 940
pF1KB3 QRRLSLQLPILHHAYLPSIGGVDASCVSPCVSPTASPRHRHVPPSFRVMVSGL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QRRLSLQLPILHHAYLPSIGGVDASCVSPCVSPTASPRHRHVPPSFRVMVSGL
640 650 660 670 680
>>XP_016870821 (OMIM: 188890,607340) PREDICTED: gamma-am (683 aa)
initn: 4553 init1: 4553 opt: 4553 Z-score: 3004.1 bits: 566.7 E(85289): 1.4e-160
Smith-Waterman score: 4553; 100.0% identity (100.0% similar) in 683 aa overlap (259-941:1-683)
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 TESFSNDPCTSVKKLKGNDVRIILGQFDQNMAAKVFCCAYEENMYGSKYQWIIPGWYEPS
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MAAKVFCCAYEENMYGSKYQWIIPGWYEPS
10 20 30
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 WWEQVHTEANSSRCLRKNLLAAMEGYIGVDFEPLSSKQIKTISGKTPQQYEREYNNKRSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 WWEQVHTEANSSRCLRKNLLAAMEGYIGVDFEPLSSKQIKTISGKTPQQYEREYNNKRSG
40 50 60 70 80 90
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 VGPSKFHGYAYDGIWVIAKTLQRAMETLHASSRHQRIQDFNYTDHTLGRIILNAMNETNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FGVTGQVVFRNGERMGTIKFTQFQDSREVKVGEYNAVADTLEIINDTIRFQGSEPPKDKT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ENTHMTIWLGIVYAYKGLLMLFGCFLAWETRNVSIPALNDSKYIGMSVYNVGIMCIIGAA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EDSKTSTSVTSVNQASTSRLEGLQSENHRLRMKITELDKDLEEVTMQLQDTPEKTTYIKQ
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XP_016 NHYQELNDILNLGNFTESTDGGKAILKNHLDQNPQLQWNTTEPSRTCKDPIEDINSPEHI
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XP_016 QRRLSLQLPILHHAYLPSIGGVDASCVSPCVSPTASPRHRHVPPSFRVMVSGL
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>>NP_068703 (OMIM: 603540) gamma-aminobutyric acid type (844 aa)
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: : ::. : :::. .: : : :: .:. : : : ::
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. : .:.:.. . :.. ::::.:.:.. .. . : : : : .:..
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:: ... : .:. . : ..... : : ::....::. . :::. ::.....:.:....
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..: :::: :: . ::. .::.... ::...:. : .. :. . .:: . :::.
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.:: .:: . ::.:: .:.:::.: : .. : :::: .:.: ..:.:: :.. :::
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.:.. : : .. :.::.: ... :. . ..::. : :.. : .::
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: . :. :::.::..: .:.. : ...: :..::::...:. :
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::: ..: ::.:.::: .: ::. . :.: . :.: :... : : . : .. :
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. :: :.:.... .: .: :. .:.:. ::...: . : ::: : . . :. :.: .:
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:: .: :. :..: .:::: .... : .: .: :.: .:.. ..:.::.: : ::.
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.: . . :: : .. :: . :: .. .:. : :: ::::.::.: .. :
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pF1KB3 DISIRPLLEHCENTHMTIWLGIVYAYKGLLMLFGCFLAWETRNVSIPALNDSKYIGMSVY
:.:: : :::: . .:. :::: :.:::::.:.: :::.::..:: .:: . .::..:
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::...:.: : :... .: .. : ...:.:.: : ::: ..::::. : : .
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pF1KB3 RRFQFTQNQKKEDSKTSTSVTSVNQASTSRLEGLQSENHRLRMKITELDKDLEEVTMQLQ
:.. .. ::..: :. :. ::: :..::..:. :.: .. . :. :::
NP_068 ------QSEAQDTMKTGSS-TNNNEEEKSRL--LEKENRELEKIIAEKEERVSELRHQLQ
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pF1KB3 DTPEKTTYIKQNHYQELNDILNLGNFTESTDGGKAILKNHLDQNPQLQWNTTEPSRTCKD
NP_068 SRQQLRSRRHPPTPPEPSGGLPRGPPEPPDRLSCDGSRVHLLYK
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70 80 90 100 110
pF1KB3 -LMPLTKEVAKGSIGRGVLPAVELAIEQIRNESLLRP-YFLDLRLYDTECDNAKGLKAFY
:.:.. . :.. ::::.:.:.. .. . : : : : .:..:: ... : .:
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120 130 140 150 160 170
pF1KB3 DAIKYGPNHLMVFGGVCPSVTSIIAESLQGWNLVQLSFAATTPVLADKKKYPYFFRTVPS
. . : ..... : : ::....::. . :::. ::.....:.:......: :::: ::
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pF1KB3 DNAVNPAILKLLKHYQWKRVGTLTQDVQRFSEVRNDLTGVLYGEDIEISDTESFSNDPCT
. ::. .::.... ::...:. : .. :. . .:: . :::. .:: .:: .
NP_068 ATLHNPTRVKLFEKWGWKKIATIQQTTEVFTSTLDDLEERVKEAGIEITFRQSFFSDPAV
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240 250 260 270 280 290
pF1KB3 SVKKLKGNDVRIILGQFDQNMAAKVFCCAYEENMYGSKYQWIIPGWYEPSWWEQVHTEAN
::.:: .:.:::.: : .. : :::: .:.: ..:.:: :.. ::: .:.. :
NP_068 PVKNLKRQDARIIVGLFYETEARKVFCEVYKERLFGKKYVWFLIGWYADNWFKIYDPSIN
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pF1KB3 SSRCLRKNLLAAMEGYIGVDFEPLSSKQIKTISGKTPQQYEREYNNKRSGVGPSKFHGY-
: .. :.::.: ... :. . ..::. : :.. .. . :: : . :.
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:::.::..: .:.. : ...: :..::::...:. : ::: ..: ::.
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pF1KB3 GQVVFR-NGERMGTIKFTQFQDSREVKVGEYNAVADTLEIINDTIRFQGSEPPKDKTIIL
:.::: .: ::. . :.: . :.: :... : : . : .. :. :: :.:...
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. .: .: :. .:.:. ::...: . : ::: : . . :. :.: .::: .: :.
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540 550 560 570 580
pF1KB3 ASIFLFGLDGSFVSEKTFETLCTVRTWILTVGYTTAFGAMFAKTWRVHAIFKNVKMKK--
:..: .:::: .... : .: .: :.: .:.. ..:.::.: : ::..: . . ::
NP_068 AAVFPLGLDGYHIGRNQFPFVCQARLWLLGLGFSLGYGSMFTKIWWVHTVFTKKEEKKEW
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590 600 610 620 630 640
pF1KB3 -KIIKDQKLLVIVGGMLLIDLCILICWQAVDPLRRTVEKYSMEPDPAGRDISIRPLLEHC
: .. :: . :: .. .:. : :: ::::.::.: .. : :.:: : ::::
NP_068 RKTLEPWKLYATVGLLVGMDVLTLAIWQIVDPLHRTIETFAKEEPKEDIDVSILPQLEHC
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pF1KB3 ENTHMTIWLGIVYAYKGLLMLFGCFLAWETRNVSIPALNDSKYIGMSVYNVGIMCIIGAA
. .:. :::: :.:::::.:.: :::.::..:: .:: . .::..:::...:.: :
NP_068 SSRKMNTWLGIFYGYKGLLLLLGIFLAYETKSVSTEKINDHRAVGMAIYNVAVLCLITAP
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pF1KB3 VSFLTRDQPNVQFCIVALVIIFCSTITLCLVFVPKLITLRTNPDAATQNRRFQFTQNQKK
:... .: .. : ...:.:.: : ::: ..::::. : : . :.. .
NP_068 VTMILSSQQDAAFAFASLAIVFSSYITLVVLFVPKMRRLITRGEW----------QSEAQ
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770 780 790 800 810 820
pF1KB3 EDSKTSTSVTSVNQASTSRLEGLQSENHRLRMKITELDKDLEEVTMQLQDTPEKTTYIKQ
. ::..: :. :. ::: :..::..:. :.: .. . :. :::
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830 840 850 860 870 880
pF1KB3 NHYQELNDILNLGNFTESTDGGKAILKNHLDQNPQLQWNTTEPSRTCKDPIEDINSPEHI
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>>XP_006715110 (OMIM: 603540) PREDICTED: gamma-aminobuty (904 aa)
initn: 1405 init1: 477 opt: 1599 Z-score: 1063.3 bits: 208.0 E(85289): 1.7e-52
Smith-Waterman score: 1641; 35.2% identity (65.7% similar) in 799 aa overlap (35-817:87-860)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 RSSGQPGPPPPPPPPPARLLLLLLLPLLLPLAPGAWG----WARGAPRPPPSSPPLSIMG
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pF1KB3 -LMPLTKEVAKGSIGRGVLPAVELAIEQIRNESLLRP-YFLDLRLYDTECDNAKGLKAFY
:.:.. . :.. ::::.:.:.. .. . : : : : .:..:: ... : .:
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120 130 140 150 160 170
pF1KB3 DAIKYGPNHLMVFGGVCPSVTSIIAESLQGWNLVQLSFAATTPVLADKKKYPYFFRTVPS
. . : ..... : : ::....::. . :::. ::.....:.:......: :::: ::
XP_006 ELLYNDPIKIILMPG-CSSVSTLVAEAARMWNLIVLSYGSSSPALSNRQRFPTFFRTHPS
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180 190 200 210 220 230
pF1KB3 DNAVNPAILKLLKHYQWKRVGTLTQDVQRFSEVRNDLTGVLYGEDIEISDTESFSNDPCT
. ::. .::.... ::...:. : .. :. . .:: . :::. .:: .:: .
XP_006 ATLHNPTRVKLFEKWGWKKIATIQQTTEVFTSTLDDLEERVKEAGIEITFRQSFFSDPAV
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240 250 260 270 280 290
pF1KB3 SVKKLKGNDVRIILGQFDQNMAAKVFCCAYEENMYGSKYQWIIPGWYEPSWWEQVHTEAN
::.:: .:.:::.: : .. : :::: .:.: ..:.:: :.. ::: .:.. :
XP_006 PVKNLKRQDARIIVGLFYETEARKVFCEVYKERLFGKKYVWFLIGWYADNWFKIYDPSIN
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300 310 320 330 340 350
pF1KB3 SSRCLRKNLLAAMEGYIGVDFEPLSSKQIKTISGKTPQQYEREYNNKRSGVGPSKFHGY-
: .. :.::.: ... :. . ..::. : :.. .. . :: : . :.
XP_006 ---CTVDEMTEAVEGHITTEIVMLNPANTRSISNMTSQEFVEKLT-KRLKRHPEETGGFQ
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360 370 380 390 400 410
pF1KB3 ----AYDGIWVIAKTLQRAMETLHASSRHQ-RIQDFNYTDHTLGRIILNAMNETNFFGVT
:::.::..: .:.. : ...: :..::::...:. : ::: ..: ::.
XP_006 EAPLAYDAIWALALALNK---TSGGGGRSGVRLEDFNYNNQTITDQIYRAMNSSSFEGVS
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pF1KB3 GQVVFR-NGERMGTIKFTQFQDSREVKVGEYNAVADTLEIINDTIRFQGSEPPKDKTIIL
:.::: .: ::. . :.: . :.: :... : : . : .. :. :: :.:...
XP_006 GHVVFDASGSRMAWTLIEQLQGGSYKKIGYYDSTKDDLSW-SKTDKWIGGSPPADQTLVI
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pF1KB3 EQLRKISLPLYSILSALTILGMIMASAFLFFNIKNRNQKLIKMSSPYMNNLIILGGMLSY
. .: .: :. .:.:. ::...: . : ::: : . . :. :.: .::: .: :.
XP_006 KTFRFLSQKLFISVSVLSSLGIVLAVVCLSFNIYNSHVRYIQNSQPNLNNLTAVGCSLAL
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540 550 560 570 580
pF1KB3 ASIFLFGLDGSFVSEKTFETLCTVRTWILTVGYTTAFGAMFAKTWRVHAIFKNVKMKK--
:..: .:::: .... : .: .: :.: .:.. ..:.::.: : ::..: . . ::
XP_006 AAVFPLGLDGYHIGRNQFPFVCQARLWLLGLGFSLGYGSMFTKIWWVHTVFTKKEEKKEW
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590 600 610 620 630 640
pF1KB3 -KIIKDQKLLVIVGGMLLIDLCILICWQAVDPLRRTVEKYSMEPDPAGRDISIRPLLEHC
: .. :: . :: .. .:. : :: ::::.::.: .. : :.:: : ::::
XP_006 RKTLEPWKLYATVGLLVGMDVLTLAIWQIVDPLHRTIETFAKEEPKEDIDVSILPQLEHC
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pF1KB3 ENTHMTIWLGIVYAYKGLLMLFGCFLAWETRNVSIPALNDSKYIGMSVYNVGIMCIIGAA
. .:. :::: :.:::::.:.: :::.::..:: .:: . .::..:::...:.: :
XP_006 SSRKMNTWLGIFYGYKGLLLLLGIFLAYETKSVSTEKINDHRAVGMAIYNVAVLCLITAP
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710 720 730 740 750 760
pF1KB3 VSFLTRDQPNVQFCIVALVIIFCSTITLCLVFVPKLITLRTNPDAATQNRRFQFTQNQKK
:... .: .. : ...:.:.: : ::: ..::::. : : . :.. .
XP_006 VTMILSSQQDAAFAFASLAIVFSSYITLVVLFVPKMRRLITRGEW----------QSEAQ
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770 780 790 800 810 820
pF1KB3 EDSKTSTSVTSVNQASTSRLEGLQSENHRLRMKITELDKDLEEVTMQLQDTPEKTTYIKQ
. ::..: :. :. ::: :..::..:. :.: .. . :. :::
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60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]