Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3078
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3078, 941 aa
1>>>pF1KB3078 941 - 941 aa - 941 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.4928+/-0.000994; mu= 8.4996+/- 0.060
mean_var=208.8011+/-42.602, 0's: 0 Z-trim(112.5): 23 B-trim: 331 in 1/50
Lambda= 0.088758
statistics sampled from 13277 (13287) to 13277 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.71), E-opt: 0.2 (0.408), width: 16
Scan time: 3.420
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6736.1 GABBR2 gene_id:9568|Hs108|chr9 ( 941) 6310 821.3 0
CCDS4665.1 GABBR1 gene_id:2550|Hs108|chr6 ( 844) 1614 220.0 1.6e-56
CCDS4664.1 GABBR1 gene_id:2550|Hs108|chr6 ( 899) 1599 218.1 6.2e-56
CCDS4663.1 GABBR1 gene_id:2550|Hs108|chr6 ( 961) 1590 217.0 1.4e-55
CCDS2997.1 GPR156 gene_id:165829|Hs108|chr3 ( 814) 522 80.1 1.9e-14
CCDS54629.1 GPR156 gene_id:165829|Hs108|chr3 ( 810) 509 78.5 5.9e-14
>>CCDS6736.1 GABBR2 gene_id:9568|Hs108|chr9 (941 aa)
initn: 6310 init1: 6310 opt: 6310 Z-score: 4377.7 bits: 821.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6310; 100.0% identity (100.0% similar) in 941 aa overlap (1-941:1-941)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MASPRSSGQPGPPPPPPPPPARLLLLLLLPLLLPLAPGAWGWARGAPRPPPSSPPLSIMG
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CCDS67 MASPRSSGQPGPPPPPPPPPARLLLLLLLPLLLPLAPGAWGWARGAPRPPPSSPPLSIMG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 LMPLTKEVAKGSIGRGVLPAVELAIEQIRNESLLRPYFLDLRLYDTECDNAKGLKAFYDA
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CCDS67 LMPLTKEVAKGSIGRGVLPAVELAIEQIRNESLLRPYFLDLRLYDTECDNAKGLKAFYDA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 IKYGPNHLMVFGGVCPSVTSIIAESLQGWNLVQLSFAATTPVLADKKKYPYFFRTVPSDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 IKYGPNHLMVFGGVCPSVTSIIAESLQGWNLVQLSFAATTPVLADKKKYPYFFRTVPSDN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 AVNPAILKLLKHYQWKRVGTLTQDVQRFSEVRNDLTGVLYGEDIEISDTESFSNDPCTSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 AVNPAILKLLKHYQWKRVGTLTQDVQRFSEVRNDLTGVLYGEDIEISDTESFSNDPCTSV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 KKLKGNDVRIILGQFDQNMAAKVFCCAYEENMYGSKYQWIIPGWYEPSWWEQVHTEANSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 KKLKGNDVRIILGQFDQNMAAKVFCCAYEENMYGSKYQWIIPGWYEPSWWEQVHTEANSS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 RCLRKNLLAAMEGYIGVDFEPLSSKQIKTISGKTPQQYEREYNNKRSGVGPSKFHGYAYD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 RCLRKNLLAAMEGYIGVDFEPLSSKQIKTISGKTPQQYEREYNNKRSGVGPSKFHGYAYD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 GIWVIAKTLQRAMETLHASSRHQRIQDFNYTDHTLGRIILNAMNETNFFGVTGQVVFRNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 GIWVIAKTLQRAMETLHASSRHQRIQDFNYTDHTLGRIILNAMNETNFFGVTGQVVFRNG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 ERMGTIKFTQFQDSREVKVGEYNAVADTLEIINDTIRFQGSEPPKDKTIILEQLRKISLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 ERMGTIKFTQFQDSREVKVGEYNAVADTLEIINDTIRFQGSEPPKDKTIILEQLRKISLP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 LYSILSALTILGMIMASAFLFFNIKNRNQKLIKMSSPYMNNLIILGGMLSYASIFLFGLD
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CCDS67 LYSILSALTILGMIMASAFLFFNIKNRNQKLIKMSSPYMNNLIILGGMLSYASIFLFGLD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 GSFVSEKTFETLCTVRTWILTVGYTTAFGAMFAKTWRVHAIFKNVKMKKKIIKDQKLLVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 GSFVSEKTFETLCTVRTWILTVGYTTAFGAMFAKTWRVHAIFKNVKMKKKIIKDQKLLVI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 VGGMLLIDLCILICWQAVDPLRRTVEKYSMEPDPAGRDISIRPLLEHCENTHMTIWLGIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 VGGMLLIDLCILICWQAVDPLRRTVEKYSMEPDPAGRDISIRPLLEHCENTHMTIWLGIV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 YAYKGLLMLFGCFLAWETRNVSIPALNDSKYIGMSVYNVGIMCIIGAAVSFLTRDQPNVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 YAYKGLLMLFGCFLAWETRNVSIPALNDSKYIGMSVYNVGIMCIIGAAVSFLTRDQPNVQ
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 FCIVALVIIFCSTITLCLVFVPKLITLRTNPDAATQNRRFQFTQNQKKEDSKTSTSVTSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 FCIVALVIIFCSTITLCLVFVPKLITLRTNPDAATQNRRFQFTQNQKKEDSKTSTSVTSV
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 NQASTSRLEGLQSENHRLRMKITELDKDLEEVTMQLQDTPEKTTYIKQNHYQELNDILNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 NQASTSRLEGLQSENHRLRMKITELDKDLEEVTMQLQDTPEKTTYIKQNHYQELNDILNL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 GNFTESTDGGKAILKNHLDQNPQLQWNTTEPSRTCKDPIEDINSPEHIQRRLSLQLPILH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 GNFTESTDGGKAILKNHLDQNPQLQWNTTEPSRTCKDPIEDINSPEHIQRRLSLQLPILH
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940
pF1KB3 HAYLPSIGGVDASCVSPCVSPTASPRHRHVPPSFRVMVSGL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 HAYLPSIGGVDASCVSPCVSPTASPRHRHVPPSFRVMVSGL
910 920 930 940
>>CCDS4665.1 GABBR1 gene_id:2550|Hs108|chr6 (844 aa)
initn: 1427 init1: 485 opt: 1614 Z-score: 1128.5 bits: 220.0 E(32554): 1.6e-56
Smith-Waterman score: 1668; 35.5% identity (65.2% similar) in 825 aa overlap (16-817:3-800)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MASPRSSGQPGPPPPPPPPPARLLLLLLLPLLLPLAPG-AWGWARGAPR-PPPSS--PP-
: : ::. : :::. .: : : :: .:. : : : ::
CCDS46 MGPGAPFARVGWPL--PLLVVMAAGVAPVWASHSPHLPRPHSRVPPH
10 20 30 40
60 70 80 90 100
pF1KB3 -------LSIMGLMPLTKEVAKGSIGRGVLPAVELAIEQIRNESLLRP-YFLDLRLYDTE
. : .:.:.. . :.. ::::.:.:.. .. . : : : : .:..
CCDS46 PSSERRAVYIGALFPMS---GGWPGGQACQPAVEMALEDVNSRRDILPDYELKLIHHDSK
50 60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 CDNAKGLKAFYDAIKYGPNHLMVFGGVCPSVTSIIAESLQGWNLVQLSFAATTPVLADKK
:: ... : .:. . : ..... : : ::....::. . :::. ::.....:.:....
CCDS46 CDPGQATKYLYELLYNDPIKIILMPG-CSSVSTLVAEAARMWNLIVLSYGSSSPALSNRQ
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 KYPYFFRTVPSDNAVNPAILKLLKHYQWKRVGTLTQDVQRFSEVRNDLTGVLYGEDIEIS
..: :::: :: . ::. .::.... ::...:. : .. :. . .:: . :::.
CCDS46 RFPTFFRTHPSATLHNPTRVKLFEKWGWKKIATIQQTTEVFTSTLDDLEERVKEAGIEIT
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 DTESFSNDPCTSVKKLKGNDVRIILGQFDQNMAAKVFCCAYEENMYGSKYQWIIPGWYEP
.:: .:: . ::.:: .:.:::.: : .. : :::: .:.: ..:.:: :.. :::
CCDS46 FRQSFFSDPAVPVKNLKRQDARIIVGLFYETEARKVFCEVYKERLFGKKYVWFLIGWYAD
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 SWWEQVHTEANSSRCLRKNLLAAMEGYIGVDFEPLSSKQIKTISGKTPQQYEREYNNKRS
.:.. : : .. :.::.: ... :. . ..::. : :.. : .::
CCDS46 NWFKIYDPSIN---CTVDEMTEAVEGHITTEIVMLNPANTRSISNMTSQEFV-EKLTKRL
290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 GVGPSKFHGY-----AYDGIWVIAKTLQRAMETLHASSRHQ-RIQDFNYTDHTLGRIILN
: . :. :::.::..: .:.. : ...: :..::::...:. :
CCDS46 KRHPEETGGFQEAPLAYDAIWALALALNK---TSGGGGRSGVRLEDFNYNNQTITDQIYR
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 AMNETNFFGVTGQVVFR-NGERMGTIKFTQFQDSREVKVGEYNAVADTLEIINDTIRFQG
::: ..: ::.:.::: .: ::. . :.: . :.: :... : : . : .. :
CCDS46 AMNSSSFEGVSGHVVFDASGSRMAWTLIEQLQGGSYKKIGYYDSTKDDLSW-SKTDKWIG
400 410 420 430 440 450
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 SEPPKDKTIILEQLRKISLPLYSILSALTILGMIMASAFLFFNIKNRNQKLIKMSSPYMN
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CCDS46 GSPPADQTLVIKTFRFLSQKLFISVSVLSSLGIVLAVVCLSFNIYNSHVRYIQNSQPNLN
460 470 480 490 500 510
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 NLIILGGMLSYASIFLFGLDGSFVSEKTFETLCTVRTWILTVGYTTAFGAMFAKTWRVHA
:: .: :. :..: .:::: .... : .: .: :.: .:.. ..:.::.: : ::.
CCDS46 NLTAVGCSLALAAVFPLGLDGYHIGRNQFPFVCQARLWLLGLGFSLGYGSMFTKIWWVHT
520 530 540 550 560 570
590 600 610 620 630
pF1KB3 IFKNVKMKK---KIIKDQKLLVIVGGMLLIDLCILICWQAVDPLRRTVEKYSMEPDPAGR
.: . . :: : .. :: . :: .. .:. : :: ::::.::.: .. :
CCDS46 VFTKKEEKKEWRKTLEPWKLYATVGLLVGMDVLTLAIWQIVDPLHRTIETFAKEEPKEDI
580 590 600 610 620 630
640 650 660 670 680 690
pF1KB3 DISIRPLLEHCENTHMTIWLGIVYAYKGLLMLFGCFLAWETRNVSIPALNDSKYIGMSVY
:.:: : :::: . .:. :::: :.:::::.:.: :::.::..:: .:: . .::..:
CCDS46 DVSILPQLEHCSSRKMNTWLGIFYGYKGLLLLLGIFLAYETKSVSTEKINDHRAVGMAIY
640 650 660 670 680 690
700 710 720 730 740 750
pF1KB3 NVGIMCIIGAAVSFLTRDQPNVQFCIVALVIIFCSTITLCLVFVPKLITLRTNPDAATQN
::...:.: : :... .: .. : ...:.:.: : ::: ..::::. : : .
CCDS46 NVAVLCLITAPVTMILSSQQDAAFAFASLAIVFSSYITLVVLFVPKMRRLITRGEW----
700 710 720 730 740
760 770 780 790 800 810
pF1KB3 RRFQFTQNQKKEDSKTSTSVTSVNQASTSRLEGLQSENHRLRMKITELDKDLEEVTMQLQ
:.. .. ::..: :. :. ::: :..::..:. :.: .. . :. :::
CCDS46 ------QSEAQDTMKTGSS-TNNNEEEKSRL--LEKENRELEKIIAEKEERVSELRHQLQ
750 760 770 780 790 800
820 830 840 850 860 870
pF1KB3 DTPEKTTYIKQNHYQELNDILNLGNFTESTDGGKAILKNHLDQNPQLQWNTTEPSRTCKD
CCDS46 SRQQLRSRRHPPTPPEPSGGLPRGPPEPPDRLSCDGSRVHLLYK
810 820 830 840
>>CCDS4664.1 GABBR1 gene_id:2550|Hs108|chr6 (899 aa)
initn: 1373 init1: 477 opt: 1599 Z-score: 1117.7 bits: 218.1 E(32554): 6.2e-56
Smith-Waterman score: 1641; 35.2% identity (65.7% similar) in 799 aa overlap (35-817:82-855)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 RSSGQPGPPPPPPPPPARLLLLLLLPLLLPLAPGAWG----WARGAPRPPPSSPPLSIMG
:: :.: .: . : : : .:
CCDS46 KAINFLPVDYEIEYVCRGEREVVGPKVRKCLANGSWTDMDTPSRCVNRTPHSERRAVYIG
60 70 80 90 100 110
70 80 90 100 110
pF1KB3 -LMPLTKEVAKGSIGRGVLPAVELAIEQIRNESLLRP-YFLDLRLYDTECDNAKGLKAFY
:.:.. . :.. ::::.:.:.. .. . : : : : .:..:: ... : .:
CCDS46 ALFPMS---GGWPGGQACQPAVEMALEDVNSRRDILPDYELKLIHHDSKCDPGQATKYLY
120 130 140 150 160
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 DAIKYGPNHLMVFGGVCPSVTSIIAESLQGWNLVQLSFAATTPVLADKKKYPYFFRTVPS
. . : ..... : : ::....::. . :::. ::.....:.:......: :::: ::
CCDS46 ELLYNDPIKIILMPG-CSSVSTLVAEAARMWNLIVLSYGSSSPALSNRQRFPTFFRTHPS
170 180 190 200 210 220
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 DNAVNPAILKLLKHYQWKRVGTLTQDVQRFSEVRNDLTGVLYGEDIEISDTESFSNDPCT
. ::. .::.... ::...:. : .. :. . .:: . :::. .:: .:: .
CCDS46 ATLHNPTRVKLFEKWGWKKIATIQQTTEVFTSTLDDLEERVKEAGIEITFRQSFFSDPAV
230 240 250 260 270 280
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 SVKKLKGNDVRIILGQFDQNMAAKVFCCAYEENMYGSKYQWIIPGWYEPSWWEQVHTEAN
::.:: .:.:::.: : .. : :::: .:.: ..:.:: :.. ::: .:.. :
CCDS46 PVKNLKRQDARIIVGLFYETEARKVFCEVYKERLFGKKYVWFLIGWYADNWFKIYDPSIN
290 300 310 320 330 340
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 SSRCLRKNLLAAMEGYIGVDFEPLSSKQIKTISGKTPQQYEREYNNKRSGVGPSKFHGY-
: .. :.::.: ... :. . ..::. : :.. .. . :: : . :.
CCDS46 ---CTVDEMTEAVEGHITTEIVMLNPANTRSISNMTSQEFVEKLT-KRLKRHPEETGGFQ
350 360 370 380 390 400
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 ----AYDGIWVIAKTLQRAMETLHASSRHQ-RIQDFNYTDHTLGRIILNAMNETNFFGVT
:::.::..: .:.. : ...: :..::::...:. : ::: ..: ::.
CCDS46 EAPLAYDAIWALALALNK---TSGGGGRSGVRLEDFNYNNQTITDQIYRAMNSSSFEGVS
410 420 430 440 450 460
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 GQVVFR-NGERMGTIKFTQFQDSREVKVGEYNAVADTLEIINDTIRFQGSEPPKDKTIIL
:.::: .: ::. . :.: . :.: :... : : . : .. :. :: :.:...
CCDS46 GHVVFDASGSRMAWTLIEQLQGGSYKKIGYYDSTKDDLSW-SKTDKWIGGSPPADQTLVI
470 480 490 500 510
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 EQLRKISLPLYSILSALTILGMIMASAFLFFNIKNRNQKLIKMSSPYMNNLIILGGMLSY
. .: .: :. .:.:. ::...: . : ::: : . . :. :.: .::: .: :.
CCDS46 KTFRFLSQKLFISVSVLSSLGIVLAVVCLSFNIYNSHVRYIQNSQPNLNNLTAVGCSLAL
520 530 540 550 560 570
540 550 560 570 580
pF1KB3 ASIFLFGLDGSFVSEKTFETLCTVRTWILTVGYTTAFGAMFAKTWRVHAIFKNVKMKK--
:..: .:::: .... : .: .: :.: .:.. ..:.::.: : ::..: . . ::
CCDS46 AAVFPLGLDGYHIGRNQFPFVCQARLWLLGLGFSLGYGSMFTKIWWVHTVFTKKEEKKEW
580 590 600 610 620 630
590 600 610 620 630 640
pF1KB3 -KIIKDQKLLVIVGGMLLIDLCILICWQAVDPLRRTVEKYSMEPDPAGRDISIRPLLEHC
: .. :: . :: .. .:. : :: ::::.::.: .. : :.:: : ::::
CCDS46 RKTLEPWKLYATVGLLVGMDVLTLAIWQIVDPLHRTIETFAKEEPKEDIDVSILPQLEHC
640 650 660 670 680 690
650 660 670 680 690 700
pF1KB3 ENTHMTIWLGIVYAYKGLLMLFGCFLAWETRNVSIPALNDSKYIGMSVYNVGIMCIIGAA
. .:. :::: :.:::::.:.: :::.::..:: .:: . .::..:::...:.: :
CCDS46 SSRKMNTWLGIFYGYKGLLLLLGIFLAYETKSVSTEKINDHRAVGMAIYNVAVLCLITAP
700 710 720 730 740 750
710 720 730 740 750 760
pF1KB3 VSFLTRDQPNVQFCIVALVIIFCSTITLCLVFVPKLITLRTNPDAATQNRRFQFTQNQKK
:... .: .. : ...:.:.: : ::: ..::::. : : . :.. .
CCDS46 VTMILSSQQDAAFAFASLAIVFSSYITLVVLFVPKMRRLITRGEW----------QSEAQ
760 770 780 790 800
770 780 790 800 810 820
pF1KB3 EDSKTSTSVTSVNQASTSRLEGLQSENHRLRMKITELDKDLEEVTMQLQDTPEKTTYIKQ
. ::..: :. :. ::: :..::..:. :.: .. . :. :::
CCDS46 DTMKTGSS-TNNNEEEKSRL--LEKENRELEKIIAEKEERVSELRHQLQSRQQLRSRRHP
810 820 830 840 850 860
830 840 850 860 870 880
pF1KB3 NHYQELNDILNLGNFTESTDGGKAILKNHLDQNPQLQWNTTEPSRTCKDPIEDINSPEHI
CCDS46 PTPPEPSGGLPRGPPEPPDRLSCDGSRVHLLYK
870 880 890
>>CCDS4663.1 GABBR1 gene_id:2550|Hs108|chr6 (961 aa)
initn: 1412 init1: 477 opt: 1590 Z-score: 1111.1 bits: 217.0 E(32554): 1.4e-55
Smith-Waterman score: 1632; 35.2% identity (65.4% similar) in 793 aa overlap (42-817:150-917)
20 30 40 50 60
pF1KB3 PPPPPPPPPARLLLLLLLPLLLPLAPGAWGWARGAP-----RPPPSSPPLSIMG-LMPLT
:. : : : : .: :.:..
CCDS46 PALDGARVDFRCDPDFHLVGSSRSICSQGQWSTPKPHCQVNRTPHSERRAVYIGALFPMS
120 130 140 150 160 170
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 KEVAKGSIGRGVLPAVELAIEQIRNESLLRP-YFLDLRLYDTECDNAKGLKAFYDAIKYG
. :.. ::::.:.:.. .. . : : : : .:..:: ... : .:. .
CCDS46 ---GGWPGGQACQPAVEMALEDVNSRRDILPDYELKLIHHDSKCDPGQATKYLYELLYND
180 190 200 210 220 230
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 PNHLMVFGGVCPSVTSIIAESLQGWNLVQLSFAATTPVLADKKKYPYFFRTVPSDNAVNP
: ..... : : ::....::. . :::. ::.....:.:......: :::: :: . ::
CCDS46 PIKIILMPG-CSSVSTLVAEAARMWNLIVLSYGSSSPALSNRQRFPTFFRTHPSATLHNP
240 250 260 270 280 290
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