Result of FASTA (omim) for
pF1KB3072
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3072, 622 aa
1>>>pF1KB3072 622 - 622 aa - 622 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.8944+/-0.000408; mu= -10.2159+/- 0.025
mean_var=403.3351+/-83.298, 0's: 0 Z-trim(122.6): 111 B-trim: 78 in 1/61
Lambda= 0.063862
statistics sampled from 40859 (41039) to 40859 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.782), E-opt: 0.2 (0.481), width: 16
Scan time: 12.180
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005677 (OMIM: 604748) transcription factor SOX- ( 622) 4224 403.5 1.1e-111
XP_005245680 (OMIM: 604748) PREDICTED: transcripti ( 621) 4205 401.8 3.8e-111
XP_016875388 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 715) 836 91.4 1.2e-17
XP_016875390 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 715) 836 91.4 1.2e-17
XP_016875387 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 715) 836 91.4 1.2e-17
XP_016875389 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 715) 836 91.4 1.2e-17
XP_016875386 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 716) 836 91.4 1.2e-17
NP_001317714 (OMIM: 604975,616803) transcription f ( 728) 836 91.4 1.2e-17
XP_011519140 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 729) 836 91.4 1.2e-17
NP_694534 (OMIM: 604975,616803) transcription fact ( 750) 836 91.4 1.2e-17
XP_016875385 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 750) 836 91.4 1.2e-17
XP_011519139 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 836 91.4 1.2e-17
XP_016875381 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 836 91.4 1.2e-17
XP_016875382 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 836 91.4 1.2e-17
XP_011519136 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 836 91.4 1.2e-17
XP_016875383 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 836 91.4 1.2e-17
XP_016875380 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 836 91.4 1.2e-17
XP_016875384 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 836 91.4 1.2e-17
XP_016875379 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 836 91.4 1.2e-17
XP_011519137 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 836 91.4 1.2e-17
NP_001248344 (OMIM: 604975,616803) transcription f ( 753) 836 91.4 1.2e-17
XP_011519135 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 754) 836 91.4 1.2e-17
NP_008871 (OMIM: 604975,616803) transcription fact ( 763) 836 91.4 1.2e-17
XP_011519134 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 764) 836 91.4 1.2e-17
XP_016875378 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 792) 836 91.4 1.2e-17
XP_016875377 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 793) 836 91.4 1.2e-17
XP_011519144 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 415) 828 90.5 1.3e-17
NP_001248343 (OMIM: 604975,616803) transcription f ( 642) 820 89.9 2.9e-17
NP_821078 (OMIM: 604975,616803) transcription fact ( 377) 813 89.1 3.1e-17
NP_001139283 (OMIM: 607257) transcription factor S ( 801) 739 82.5 6.1e-15
NP_059978 (OMIM: 607257) transcription factor SOX- ( 804) 739 82.5 6.2e-15
NP_201583 (OMIM: 607257) transcription factor SOX- ( 808) 739 82.5 6.2e-15
NP_001139291 (OMIM: 607257) transcription factor S ( 841) 739 82.5 6.4e-15
XP_016875391 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 391) 648 73.9 1.2e-12
XP_016875392 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 390) 641 73.2 1.9e-12
NP_071899 (OMIM: 610928,613674) transcription fact ( 414) 389 50.0 1.9e-05
NP_004180 (OMIM: 604747) transcription factor SOX- ( 240) 349 46.2 0.00016
NP_003099 (OMIM: 600898,615866) transcription fact ( 441) 349 46.4 0.00026
NP_008874 (OMIM: 601947) transcription factor SOX- ( 315) 344 45.8 0.00027
NP_113627 (OMIM: 612202) transcription factor SOX- ( 388) 346 46.1 0.00028
NP_060889 (OMIM: 137940,601618,607823) transcripti ( 384) 341 45.6 0.00038
NP_003098 (OMIM: 184430) transcription factor SOX- ( 474) 340 45.6 0.00048
NP_009015 (OMIM: 604974) transcription factor SOX- ( 276) 331 44.6 0.00057
NP_008873 (OMIM: 601297) protein SOX-15 [Homo sapi ( 233) 320 43.5 0.001
NP_005977 (OMIM: 602148) transcription factor SOX- ( 391) 325 44.1 0.0011
NP_000337 (OMIM: 114290,608160,616425) transcripti ( 509) 327 44.4 0.0012
NP_003097 (OMIM: 184429,189960,206900) transcripti ( 317) 316 43.2 0.0016
NP_003131 (OMIM: 400044,400045,480000) sex-determi ( 204) 305 42.1 0.0024
NP_055402 (OMIM: 605923) transcription factor SOX- ( 446) 314 43.2 0.0024
NP_005625 (OMIM: 300123,312000,313430) transcripti ( 446) 314 43.2 0.0024
>>NP_005677 (OMIM: 604748) transcription factor SOX-13 [ (622 aa)
initn: 4224 init1: 4224 opt: 4224 Z-score: 2125.9 bits: 403.5 E(85289): 1.1e-111
Smith-Waterman score: 4224; 100.0% identity (100.0% similar) in 622 aa overlap (1-622:1-622)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSMRSPISAQLALDGVGTMVNCTIKSEEKKEPCHEAPQGSATAAEPQPGDPARASQDSAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MSMRSPISAQLALDGVGTMVNCTIKSEEKKEPCHEAPQGSATAAEPQPGDPARASQDSAD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 PQAPAQGNFRGSWDCSSPEGNGSPEPKRPGVSEAASGSQEKLDFNRNLKEVVPAIEKLLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 PQAPAQGNFRGSWDCSSPEGNGSPEPKRPGVSEAASGSQEKLDFNRNLKEVVPAIEKLLS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 SDWKERFLGRNSMEAKDVKGTQESLAEKELQLLVMIHQLSTLRDQLLTAHSEQKNMAAML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 SDWKERFLGRNSMEAKDVKGTQESLAEKELQLLVMIHQLSTLRDQLLTAHSEQKNMAAML
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 FEKQQQQMELARQQQEQIAKQQQQLIQQQHKINLLQQQIQQVNMPYVMIPAFPPSHQPLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 FEKQQQQMELARQQQEQIAKQQQQLIQQQHKINLLQQQIQQVNMPYVMIPAFPPSHQPLP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 VTPDSQLALPIQPIPCKPVEYPLQLLHSPPAPVVKRPGAMATHHPLQEPSQPLNLTAKPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 VTPDSQLALPIQPIPCKPVEYPLQLLHSPPAPVVKRPGAMATHHPLQEPSQPLNLTAKPK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 APELPNTSSSPSLKMSSCVPRPPSHGGPTRDLQSSPPSLPLGFLGEGDAVTKAIQDARQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 APELPNTSSSPSLKMSSCVPRPPSHGGPTRDLQSSPPSLPLGFLGEGDAVTKAIQDARQL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LHSHSGALDGSPNTPFRKDLISLDSSPAKERLEDGCVHPLEEAMLSCDMDGSRHFPESRN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 SSHIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSSISKILGSRWKSMTNQEKQPYYEEQARL
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pF1KB3 SRQHLEKYPDYKYKPRPKRTCIVEGKRLRVGEYKALMRTRRQDARQSYVIPPQAGQVQMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 SRQHLEKYPDYKYKPRPKRTCIVEGKRLRVGEYKALMRTRRQDARQSYVIPPQAGQVQMS
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550 560 570 580 590 600
pF1KB3 SSDVLYPRAAGMPLAQPLVEHYVPRSLDPNMPVIVNTCSLREEGEGTDDRHSVADGEMYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 SSDVLYPRAAGMPLAQPLVEHYVPRSLDPNMPVIVNTCSLREEGEGTDDRHSVADGEMYR
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KB3 YSEDEDSEGEEKSDGELVVLTD
::::::::::::::::::::::
NP_005 YSEDEDSEGEEKSDGELVVLTD
610 620
>>XP_005245680 (OMIM: 604748) PREDICTED: transcription f (621 aa)
initn: 2844 init1: 2844 opt: 4205 Z-score: 2116.5 bits: 401.8 E(85289): 3.8e-111
Smith-Waterman score: 4205; 99.8% identity (99.8% similar) in 622 aa overlap (1-622:1-621)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSMRSPISAQLALDGVGTMVNCTIKSEEKKEPCHEAPQGSATAAEPQPGDPARASQDSAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MSMRSPISAQLALDGVGTMVNCTIKSEEKKEPCHEAPQGSATAAEPQPGDPARASQDSAD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 PQAPAQGNFRGSWDCSSPEGNGSPEPKRPGVSEAASGSQEKLDFNRNLKEVVPAIEKLLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PQAPAQGNFRGSWDCSSPEGNGSPEPKRPGVSEAASGSQEKLDFNRNLKEVVPAIEKLLS
70 80 90 100 110 120
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pF1KB3 SDWKERFLGRNSMEAKDVKGTQESLAEKELQLLVMIHQLSTLRDQLLTAHSEQKNMAAML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB3 FEKQQQQMELARQQQEQIAKQQQQLIQQQHKINLLQQQIQQVNMPYVMIPAFPPSHQPLP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::
XP_005 FEKQQQQMELARQQQEQIAKQQQQLIQQQHKINLLQQQIQ-VNMPYVMIPAFPPSHQPLP
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pF1KB3 VTPDSQLALPIQPIPCKPVEYPLQLLHSPPAPVVKRPGAMATHHPLQEPSQPLNLTAKPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VTPDSQLALPIQPIPCKPVEYPLQLLHSPPAPVVKRPGAMATHHPLQEPSQPLNLTAKPK
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pF1KB3 APELPNTSSSPSLKMSSCVPRPPSHGGPTRDLQSSPPSLPLGFLGEGDAVTKAIQDARQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 APELPNTSSSPSLKMSSCVPRPPSHGGPTRDLQSSPPSLPLGFLGEGDAVTKAIQDARQL
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pF1KB3 LHSHSGALDGSPNTPFRKDLISLDSSPAKERLEDGCVHPLEEAMLSCDMDGSRHFPESRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LHSHSGALDGSPNTPFRKDLISLDSSPAKERLEDGCVHPLEEAMLSCDMDGSRHFPESRN
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pF1KB3 SSHIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSSISKILGSRWKSMTNQEKQPYYEEQARL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SSHIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSSISKILGSRWKSMTNQEKQPYYEEQARL
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pF1KB3 SRQHLEKYPDYKYKPRPKRTCIVEGKRLRVGEYKALMRTRRQDARQSYVIPPQAGQVQMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SRQHLEKYPDYKYKPRPKRTCIVEGKRLRVGEYKALMRTRRQDARQSYVIPPQAGQVQMS
480 490 500 510 520 530
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pF1KB3 SSDVLYPRAAGMPLAQPLVEHYVPRSLDPNMPVIVNTCSLREEGEGTDDRHSVADGEMYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SSDVLYPRAAGMPLAQPLVEHYVPRSLDPNMPVIVNTCSLREEGEGTDDRHSVADGEMYR
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610 620
pF1KB3 YSEDEDSEGEEKSDGELVVLTD
::::::::::::::::::::::
XP_005 YSEDEDSEGEEKSDGELVVLTD
600 610 620
>>XP_016875388 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: transcri (715 aa)
initn: 1270 init1: 679 opt: 836 Z-score: 438.1 bits: 91.4 E(85289): 1.2e-17
Smith-Waterman score: 1476; 44.8% identity (65.2% similar) in 652 aa overlap (58-616:59-707)
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 EKKEPCHEAPQGSATAAEPQPGDPARASQDSADPQAPAQGNFRGSWDCSSPEGNGSPEPK
:..:: .:. : : . : . :.:: .
XP_016 EESDGLPAFHLPLHEVDGNKVMSSFAPHNSSTSPQKAEEGG-RQSGESLSSTALGTPERR
30 40 50 60 70 80
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pF1KB3 RPGVSEAASG-SQEKLD-FNRNLKEVVPAIEKLLSSDWKERFLGRNSMEAKDVKGTQESL
. ....... .:.:.. . .: : .:.::::::.:::...:. .: . ..::: :::
XP_016 KGSLADVVDTLKQRKMEELIKNEPEETPSIEKLLSKDWKDKLLAMGSGNFGEIKGTPESL
90 100 110 120 130 140
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 AEKELQLLVMIHQLSTLRDQLLTAHSEQKNMAAMLFEKQQQQMELARQQQEQIAKQQQQL
:::: ::. ::.::..::.:::.::.:::..:: .:::.::::::.:::::::.:::::
XP_016 AEKERQLMGMINQLTSLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMELAKQQQEQIARQQQQL
150 160 170 180 190 200
210 220 230 240 250
pF1KB3 IQQQHKINLLQQQIQ-QVNMPYVMIPAFPPSHQPLPVTPDSQLALP--------------
.:::::::::::::: : ..: .:::.:::... : .. .. . ::
XP_016 LQQQHKINLLQQQIQVQGQLPPLMIPVFPPDQRTLAAAAQQGFLLPPGFSYKAGCSDPYP
210 220 230 240 250 260
260 270
pF1KB3 IQPIPCK--------PVEYPLQLLHSPPA--------PVVKRPGA---------------
.: :: : :::: . : : : ::
XP_016 VQLIPTTMAAAAAATPGLGPLQLQQLYAAQLAAMQVSPGGKLPGIPQGNLGAAVSPTSIH
270 280 290 300 310 320
280 290 300 310 320
pF1KB3 --MATHHP----LQEPSQPLNLTAKPK-----APELPNTSSSPSLKMSSCVPRPPSHGGP
.:. : .: .:::::.:::: .: :.. :.:...: . : . . :
XP_016 TDKSTNSPPPKSKDEVAQPLNLSAKPKTSDGKSPTSPTSPHMPALRINSGAG-PLKASVP
330 340 350 360 370 380
330 340 350 360 370
pF1KB3 TRDLQSSPPSLPLGFLGEGDAVTKAIQDARQL---LHSHSGALDGS---------PNTPF
. . : .:.:.. ::::::::.:::. :. .. .:::. :
XP_016 AALASPSARVSTIGYLNDHDAVTKAIQEARQMKEQLRREQQVLDGKVAVVNSLGLNNCRT
390 400 410 420 430 440
380 390 400 410 420
pF1KB3 RKDLISLDSSP----AKERLEDGCVHPLEEAMLSCDMDGSRHFPESR----------NSS
.:. .:.: .:. : : . . :: : ::: ::: :
XP_016 EKEKTTLESLTQQLAVKQNEEGKFSHAMMDFNLSGDSDGSAGVSESRIYRESRGRGSNEP
450 460 470 480 490 500
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 HIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSSISKILGSRWKSMTNQEKQPYYEEQARLSR
::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.::: :::::::::::::.
XP_016 HIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSNISKILGSRWKAMTNLEKQPYYEEQARLSK
510 520 530 540 550 560
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 QHLEKYPDYKYKPRPKRTCIVEGKRLRVGEYKALMRTRRQDARQSYVIPPQAGQVQMSSS
:::::::::::::::::::.:.::.::.:::::.::.:::. :: . . :: :. ....
XP_016 QHLEKYPDYKYKPRPKRTCLVDGKKLRIGEYKAIMRNRRQEMRQYFNVGQQA-QIPIATA
570 580 590 600 610 620
550 560 570 580 590
pF1KB3 DVLYPRA---AGMPLAQPLVEHY-VPRSLDPNMPVIVNTCSLREEGEGTDDRHSVAD--G
:.:: : :::: . :: : : .:.:::: .: ... : .. .. : :
XP_016 GVVYPGAIAMAGMPSPHLPSEHSSVSSSPEPGMPVIQSTYGVKGEEPHIKEEIQAEDING
630 640 650 660 670 680
600 610 620
pF1KB3 EMY-RYSEDEDSEG-EEKSDGELVVLTD
:.: .:.:.::. . ::.:
XP_016 EIYDEYDEEEDDPDVDYGSDSENHIAGQAN
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