FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB3072, 622 aa 1>>>pF1KB3072 622 - 622 aa - 622 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.8944+/-0.000408; mu= -10.2159+/- 0.025 mean_var=403.3351+/-83.298, 0's: 0 Z-trim(122.6): 111 B-trim: 78 in 1/61 Lambda= 0.063862 statistics sampled from 40859 (41039) to 40859 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.782), E-opt: 0.2 (0.481), width: 16 Scan time: 12.180 The best scores are: opt bits E(85289) NP_005677 (OMIM: 604748) transcription factor SOX- ( 622) 4224 403.5 1.1e-111 XP_005245680 (OMIM: 604748) PREDICTED: transcripti ( 621) 4205 401.8 3.8e-111 XP_016875388 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 715) 836 91.4 1.2e-17 XP_016875390 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 715) 836 91.4 1.2e-17 XP_016875387 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 715) 836 91.4 1.2e-17 XP_016875389 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 715) 836 91.4 1.2e-17 XP_016875386 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 716) 836 91.4 1.2e-17 NP_001317714 (OMIM: 604975,616803) transcription f ( 728) 836 91.4 1.2e-17 XP_011519140 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 729) 836 91.4 1.2e-17 NP_694534 (OMIM: 604975,616803) transcription fact ( 750) 836 91.4 1.2e-17 XP_016875385 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 750) 836 91.4 1.2e-17 XP_011519139 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 836 91.4 1.2e-17 XP_016875381 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 836 91.4 1.2e-17 XP_016875382 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 836 91.4 1.2e-17 XP_011519136 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 836 91.4 1.2e-17 XP_016875383 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 836 91.4 1.2e-17 XP_016875380 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 836 91.4 1.2e-17 XP_016875384 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 836 91.4 1.2e-17 XP_016875379 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 836 91.4 1.2e-17 XP_011519137 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 836 91.4 1.2e-17 NP_001248344 (OMIM: 604975,616803) transcription f ( 753) 836 91.4 1.2e-17 XP_011519135 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 754) 836 91.4 1.2e-17 NP_008871 (OMIM: 604975,616803) transcription fact ( 763) 836 91.4 1.2e-17 XP_011519134 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 764) 836 91.4 1.2e-17 XP_016875378 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 792) 836 91.4 1.2e-17 XP_016875377 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 793) 836 91.4 1.2e-17 XP_011519144 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 415) 828 90.5 1.3e-17 NP_001248343 (OMIM: 604975,616803) transcription f ( 642) 820 89.9 2.9e-17 NP_821078 (OMIM: 604975,616803) transcription fact ( 377) 813 89.1 3.1e-17 NP_001139283 (OMIM: 607257) transcription factor S ( 801) 739 82.5 6.1e-15 NP_059978 (OMIM: 607257) transcription factor SOX- ( 804) 739 82.5 6.2e-15 NP_201583 (OMIM: 607257) transcription factor SOX- ( 808) 739 82.5 6.2e-15 NP_001139291 (OMIM: 607257) transcription factor S ( 841) 739 82.5 6.4e-15 XP_016875391 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 391) 648 73.9 1.2e-12 XP_016875392 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 390) 641 73.2 1.9e-12 NP_071899 (OMIM: 610928,613674) transcription fact ( 414) 389 50.0 1.9e-05 NP_004180 (OMIM: 604747) transcription factor SOX- ( 240) 349 46.2 0.00016 NP_003099 (OMIM: 600898,615866) transcription fact ( 441) 349 46.4 0.00026 NP_008874 (OMIM: 601947) transcription factor SOX- ( 315) 344 45.8 0.00027 NP_113627 (OMIM: 612202) transcription factor SOX- ( 388) 346 46.1 0.00028 NP_060889 (OMIM: 137940,601618,607823) transcripti ( 384) 341 45.6 0.00038 NP_003098 (OMIM: 184430) transcription factor SOX- ( 474) 340 45.6 0.00048 NP_009015 (OMIM: 604974) transcription factor SOX- ( 276) 331 44.6 0.00057 NP_008873 (OMIM: 601297) protein SOX-15 [Homo sapi ( 233) 320 43.5 0.001 NP_005977 (OMIM: 602148) transcription factor SOX- ( 391) 325 44.1 0.0011 NP_000337 (OMIM: 114290,608160,616425) transcripti ( 509) 327 44.4 0.0012 NP_003097 (OMIM: 184429,189960,206900) transcripti ( 317) 316 43.2 0.0016 NP_003131 (OMIM: 400044,400045,480000) sex-determi ( 204) 305 42.1 0.0024 NP_055402 (OMIM: 605923) transcription factor SOX- ( 446) 314 43.2 0.0024 NP_005625 (OMIM: 300123,312000,313430) transcripti ( 446) 314 43.2 0.0024 >>NP_005677 (OMIM: 604748) transcription factor SOX-13 [ (622 aa) initn: 4224 init1: 4224 opt: 4224 Z-score: 2125.9 bits: 403.5 E(85289): 1.1e-111 Smith-Waterman score: 4224; 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