FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB3072, 622 aa 1>>>pF1KB3072 622 - 622 aa - 622 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5046+/-0.000997; mu= -2.5081+/- 0.060 mean_var=313.9237+/-64.070, 0's: 0 Z-trim(114.7): 77 B-trim: 524 in 1/55 Lambda= 0.072387 statistics sampled from 15181 (15254) to 15181 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.777), E-opt: 0.2 (0.469), width: 16 Scan time: 4.240 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS44299.1 SOX13 gene_id:9580|Hs108|chr1 ( 622) 4224 454.8 1.5e-127 CCDS81672.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 ( 728) 836 101.1 5.6e-21 CCDS44844.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 ( 750) 836 101.1 5.7e-21 CCDS58217.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 ( 753) 836 101.1 5.8e-21 CCDS8699.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 ( 763) 836 101.1 5.8e-21 CCDS58216.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 ( 642) 820 99.3 1.6e-20 CCDS41761.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 ( 377) 813 98.4 1.8e-20 CCDS53604.1 SOX6 gene_id:55553|Hs108|chr11 ( 801) 739 91.0 6.8e-18 CCDS53605.1 SOX6 gene_id:55553|Hs108|chr11 ( 804) 739 91.0 6.8e-18 CCDS7821.1 SOX6 gene_id:55553|Hs108|chr11 ( 808) 739 91.0 6.8e-18 >>CCDS44299.1 SOX13 gene_id:9580|Hs108|chr1 (622 aa) initn: 4224 init1: 4224 opt: 4224 Z-score: 2403.2 bits: 454.8 E(32554): 1.5e-127 Smith-Waterman score: 4224; 100.0% identity (100.0% similar) in 622 aa overlap (1-622:1-622) 10 20 30 40 50 60 pF1KB3 MSMRSPISAQLALDGVGTMVNCTIKSEEKKEPCHEAPQGSATAAEPQPGDPARASQDSAD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS44 MSMRSPISAQLALDGVGTMVNCTIKSEEKKEPCHEAPQGSATAAEPQPGDPARASQDSAD 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB3 PQAPAQGNFRGSWDCSSPEGNGSPEPKRPGVSEAASGSQEKLDFNRNLKEVVPAIEKLLS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS44 PQAPAQGNFRGSWDCSSPEGNGSPEPKRPGVSEAASGSQEKLDFNRNLKEVVPAIEKLLS 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB3 SDWKERFLGRNSMEAKDVKGTQESLAEKELQLLVMIHQLSTLRDQLLTAHSEQKNMAAML :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS44 SDWKERFLGRNSMEAKDVKGTQESLAEKELQLLVMIHQLSTLRDQLLTAHSEQKNMAAML 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB3 FEKQQQQMELARQQQEQIAKQQQQLIQQQHKINLLQQQIQQVNMPYVMIPAFPPSHQPLP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS44 FEKQQQQMELARQQQEQIAKQQQQLIQQQHKINLLQQQIQQVNMPYVMIPAFPPSHQPLP 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KB3 VTPDSQLALPIQPIPCKPVEYPLQLLHSPPAPVVKRPGAMATHHPLQEPSQPLNLTAKPK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS44 VTPDSQLALPIQPIPCKPVEYPLQLLHSPPAPVVKRPGAMATHHPLQEPSQPLNLTAKPK 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KB3 APELPNTSSSPSLKMSSCVPRPPSHGGPTRDLQSSPPSLPLGFLGEGDAVTKAIQDARQL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS44 APELPNTSSSPSLKMSSCVPRPPSHGGPTRDLQSSPPSLPLGFLGEGDAVTKAIQDARQL 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KB3 LHSHSGALDGSPNTPFRKDLISLDSSPAKERLEDGCVHPLEEAMLSCDMDGSRHFPESRN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS44 LHSHSGALDGSPNTPFRKDLISLDSSPAKERLEDGCVHPLEEAMLSCDMDGSRHFPESRN 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KB3 SSHIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSSISKILGSRWKSMTNQEKQPYYEEQARL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS44 SSHIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSSISKILGSRWKSMTNQEKQPYYEEQARL 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KB3 SRQHLEKYPDYKYKPRPKRTCIVEGKRLRVGEYKALMRTRRQDARQSYVIPPQAGQVQMS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS44 SRQHLEKYPDYKYKPRPKRTCIVEGKRLRVGEYKALMRTRRQDARQSYVIPPQAGQVQMS 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KB3 SSDVLYPRAAGMPLAQPLVEHYVPRSLDPNMPVIVNTCSLREEGEGTDDRHSVADGEMYR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS44 SSDVLYPRAAGMPLAQPLVEHYVPRSLDPNMPVIVNTCSLREEGEGTDDRHSVADGEMYR 550 560 570 580 590 600 610 620 pF1KB3 YSEDEDSEGEEKSDGELVVLTD :::::::::::::::::::::: CCDS44 YSEDEDSEGEEKSDGELVVLTD 610 620 >>CCDS81672.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 (728 aa) initn: 1270 init1: 679 opt: 836 Z-score: 490.1 bits: 101.1 E(32554): 5.6e-21 Smith-Waterman score: 1476; 44.8% identity (65.2% similar) in 652 aa overlap (58-616:72-720) 30 40 50 60 70 80 pF1KB3 EKKEPCHEAPQGSATAAEPQPGDPARASQDSADPQAPAQGNFRGSWDCSSPEGNGSPEPK :..:: .:. : : . : . :.:: . 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CCDS86 TCGHRTPTSQHNTMEVDGNKVMSSFAPHNSSTSPQKAEEGG-RQSGESLSSTALGTPERR 80 90 100 110 120 130 90 100 110 120 130 140 pF1KB3 RPGVSEAASG-SQEKLD-FNRNLKEVVPAIEKLLSSDWKERFLGRNSMEAKDVKGTQESL . ....... .:.:.. . .: : .:.::::::.:::...:. .: . ..::: ::: CCDS86 KGSLADVVDTLKQRKMEELIKNEPEETPSIEKLLSKDWKDKLLAMGSGNFGEIKGTPESL 140 150 160 170 180 190 150 160 170 180 190 200 pF1KB3 AEKELQLLVMIHQLSTLRDQLLTAHSEQKNMAAMLFEKQQQQMELARQQQEQIAKQQQQL :::: ::. ::.::..::.:::.::.:::..:: .:::.::::::.:::::::.::::: CCDS86 AEKERQLMGMINQLTSLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMELAKQQQEQIARQQQQL 200 210 220 230 240 250 210 220 230 240 250 pF1KB3 IQQQHKINLLQQQIQ-QVNMPYVMIPAFPPSHQPLPVTPDSQLALP-------------- .:::::::::::::: : ..: .:::.:::... : .. .. . :: CCDS86 LQQQHKINLLQQQIQVQGQLPPLMIPVFPPDQRTLAAAAQQGFLLPPGFSYKAGCSDPYP 260 270 280 290 300 310 260 270 pF1KB3 IQPIPCK--------PVEYPLQLLHSPPA--------PVVKRPGA--------------- .: :: : :::: . : : : :: CCDS86 VQLIPTTMAAAAAATPGLGPLQLQQLYAAQLAAMQVSPGGKLPGIPQGNLGAAVSPTSIH 320 330 340 350 360 370 280 290 300 310 320 pF1KB3 --MATHHP----LQEPSQPLNLTAKPK-----APELPNTSSSPSLKMSSCVPRPPSHGGP .:. : .: .:::::.:::: .: :.. :.:...: . : . . : CCDS86 TDKSTNSPPPKSKDEVAQPLNLSAKPKTSDGKSPTSPTSPHMPALRINSGAG-PLKASVP 380 390 400 410 420 430 330 340 350 360 370 pF1KB3 TRDLQSSPPSLPLGFLGEGDAVTKAIQDARQL---LHSHSGALDGS---------PNTPF . . : .:.:.. ::::::::.:::. :. .. .:::. : CCDS86 AALASPSARVSTIGYLNDHDAVTKAIQEARQMKEQLRREQQVLDGKVAVVNSLGLNNCRT 440 450 460 470 480 490 380 390 400 410 420 pF1KB3 RKDLISLDSSP----AKERLEDGCVHPLEEAMLSCDMDGSRHFPESR----------NSS .:. .:.: .:. : : . . :: : ::: ::: : CCDS86 EKEKTTLESLTQQLAVKQNEEGKFSHAMMDFNLSGDSDGSAGVSESRIYRESRGRGSNEP 500 510 520 530 540 550 430 440 450 460 470 480 pF1KB3 HIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSSISKILGSRWKSMTNQEKQPYYEEQARLSR ::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.::: :::::::::::::. 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CCDS86 QHLEKYPDYKYKPRPKRTCLVDGKKLRIGEYKAIMRNRRQEMRQYFNVGQQA-QIPIATA 620 630 640 650 660 670 550 560 570 580 590 pF1KB3 DVLYPRA---AGMPLAQPLVEHY-VPRSLDPNMPVIVNTCSLREEGEGTDDRHSVAD--G :.:: : :::: . :: : : .:.:::: .: ... : .. .. : : CCDS86 GVVYPGAIAMAGMPSPHLPSEHSSVSSSPEPGMPVIQSTYGVKGEEPHIKEEIQAEDING 680 690 700 710 720 730 600 610 620 pF1KB3 EMY-RYSEDEDSEG-EEKSDGELVVLTD :.: .:.:.::. . ::.: CCDS86 EIYDEYDEEEDDPDVDYGSDSENHIAGQAN 740 750 760 >>CCDS58216.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 (642 aa) initn: 1160 init1: 679 opt: 820 Z-score: 481.8 bits: 99.3 E(32554): 1.6e-20 Smith-Waterman score: 1421; 44.5% identity (67.1% similar) in 614 aa overlap (30-616:62-634) 10 20 30 40 50 pF1KB3 MSMRSPISAQLALDGVGTMVNCTIKSEEKKEPC-HEAPQGSATAAEPQPGDPARAS--- .: : :..: .. .. : . :. . .: CCDS58 DGLPAFHLPLHVSFPNKPHSEEFQPVSLLTQETCGHRTPTSQHNTMEVD-GNKVMSSFAP 40 50 60 70 80 90 60 70 80 90 100 110 pF1KB3 -QDSADPQAPAQGNFRGSWDCSSPEGNGSPEPKRPGVSEAASG-SQEKLD-FNRNLKEVV ..:..:: .:. : : . : . :.:: .. ....... .:.:.. . .: : . CCDS58 HNSSTSPQKAEEGG-RQSGESLSSTALGTPERRKGSLADVVDTLKQRKMEELIKNEPEET 100 110 120 130 140 120 130 140 150 160 170 pF1KB3 PAIEKLLSSDWKERFLGRNSMEAKDVKGTQESLAEKELQLLVMIHQLSTLRDQLLTAHSE :.::::::.:::...:. .: . ..::: ::::::: ::. ::.::..::.:::.::.: CCDS58 PSIEKLLSKDWKDKLLAMGSGNFGEIKGTPESLAEKERQLMGMINQLTSLREQLLAAHDE 150 160 170 180 190 200 180 190 200 210 220 230 pF1KB3 QKNMAAMLFEKQQQQMELARQQQEQIAKQQQQLIQQQHKINLLQQQIQ-QVNMPYVMIPA ::..:: .:::.::::::.:::::::.:::::.:::::::::::::: : ..: .:::. CCDS58 QKKLAASQIEKQRQQMELAKQQQEQIARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQVQGQLPPLMIPV 210 220 230 240 250 260 240 250 260 270 280 290 pF1KB3 FPPSHQPLPVTPDSQLALPIQPIPCKPVEYPLQLLHSPPAPVVKRPGAMATHHPLQEPSQ :::... : .. .. . :: : . . : : :: : .::. CCDS58 FPPDQRTLAAAAQQGFLLP-------P-GFSYKAGCSDPYPVQLIPTTMAAAAAATPGLG 270 280 290 300 310 320 300 310 320 330 340 350 pF1KB3 PLNLTAKPKAPELPNTSSSPSLKMSSCVPRPPSHGGPTRDLQSSPPSLPLGFLGEGDAVT ::.: . : .: . ::. :. :..: : :: . . : CCDS58 PLQLQ-QLYAAQLAAMQVSPGGKL---------------------PGIPQGNLGAAVSPT 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KB3 KAIQDARQLLHSHSGALDGSPNTPFRKDLISLDSSPAKERLEDGCV-HPLEEAMLSCDMD . .:. ... . :.. . : :: .. : .. :.: : . . :: : : CCDS58 S--------IHTDKSTNSPPPKSKEKTTLESLTQQLAVKQNEEGKFSHAMMDFNLSGDSD 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KB3 GSRHFPESR----------NSSHIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSSISKILGS :: ::: : ::::::::::::::::::::::::::::::.::::::: CCDS58 GSAGVSESRIYRESRGRGSNEPHIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSNISKILGS 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 pF1KB3 RWKSMTNQEKQPYYEEQARLSRQHLEKYPDYKYKPRPKRTCIVEGKRLRVGEYKALMRTR :::.::: :::::::::::::.:::::::::::::::::::.:.::.::.:::::.::.: CCDS58 RWKAMTNLEKQPYYEEQARLSKQHLEKYPDYKYKPRPKRTCLVDGKKLRIGEYKAIMRNR 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 pF1KB3 RQDARQSYVIPPQAGQVQMSSSDVLYPRA---AGMPLAQPLVEHY-VPRSLDPNMPVIVN ::. :: . . :: :. .... :.:: : :::: . :: : : .:.:::: . 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CCDS41 YFNVGQQA-QIPIATAGVVYPGAIAMAGMPSPHLPSEHSSVSSSPEPGMPVIQSTYGVKG 280 290 300 310 320 330 590 600 610 620 pF1KB3 EGEGTDDRHSVAD--GEMY-RYSEDEDSEG-EEKSDGELVVLTD : .. .. : ::.: .:.:.::. . ::.: CCDS41 EEPHIKEEIQAEDINGEIYDEYDEEEDDPDVDYGSDSENHIAGQAN 340 350 360 370 >>CCDS53604.1 SOX6 gene_id:55553|Hs108|chr11 (801 aa) initn: 1248 init1: 694 opt: 739 Z-score: 434.8 bits: 91.0 E(32554): 6.8e-18 Smith-Waterman score: 1208; 40.6% identity (58.6% similar) in 655 aa overlap (103-614:141-787) 80 90 100 110 120 130 pF1KB3 WDCSSPEGNGSPEPKRPGVSEAASGSQEKLDFNRNLKEVVPAIEKLLSSDWKERFLGRNS ...:. .: .:::::.::::.. :. 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CCDS53 RQQQEQIARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQVQGHMPPLMIPIFPHDQRTLAAAAAAQQGFL 240 250 260 270 280 290 260 270 280 pF1KB3 IQP-IPCKPVE-YPLQLLHSPPAPVVKR---------------------PGAMATHHPLQ . : : :: . ::.:.. : : .. ::: : : CCDS53 FPPGITYKPGDNYPVQFIPSTMAAAAASGLSPLQLQQLYAAQLASMQVSPGAKMPSTP-Q 300 310 320 330 340 290 300 pF1KB3 EPS-----------------------------QPLNLTAKPKAPE------------LPN :. :::::...::. : .: CCDS53 PPNTAGTVSPTGIKNEKRGTSPVTQVKDEAAAQPLNLSSRPKTAEPVKSPTSPTQNLFPA 350 360 370 380 390 400 310 320 330 340 pF1KB3 TSSSP-SLKMSSCVPRP---------------PSHGGPTR--DLQSSPPSLPLGFLGEGD ...:: .: .: .: : .: : :. :: : : ...:. : CCDS53 SKTSPVNLPNKSSIPSPIGGSLGRGSSLGKWKSQHQEETYELDILSSLNS-P-ALFGDQD 410 420 430 440 450 460 350 360 370 380 390 pF1KB3 AVTKAIQDARQL--------LHSHSGALDGSPNTPFRKDLISLDSSPAKERLE------- .: ::::.::.. ... ..::. .. : : . . :.: CCDS53 TVMKAIQEARKMREQIQREQQQQQPHGVDGKLSSINNMGLNSCRNEKERTRFENLGPQLT 470 480 490 500 510 520 400 410 420 pF1KB3 -----DGCVHPL-------EEAMLSCDMDGS--------------------RHFPESRNS :: . : :.: : :.:: : . ..:. CCDS53 GKSNEDGKLGPGVIDLTRPEDAEGSKAMNGSAAKLQQYYCWPTGGATVAEARVYRDARGR 530 540 550 560 570 580 430 440 450 460 470 pF1KB3 S----HIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSSISKILGSRWKSMTNQEKQPYYEEQ . ::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::.::::::::::: CCDS53 ASSEPHIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSNISKILGSRWKSMSNQEKQPYYEEQ 590 600 610 620 630 640 480 490 500 510 520 530 pF1KB3 ARLSRQHLEKYPDYKYKPRPKRTCIVEGKRLRVGEYKALMRTRRQDARQSYVIPPQAGQV ::::. ::::::.:::::::::::::.::.::.:::: :::.:::. :: ... : :. CCDS53 ARLSKIHLEKYPNYKYKPRPKRTCIVDGKKLRIGEYKQLMRSRRQEMRQFFTVGQQP-QI 650 660 670 680 690 700 540 550 560 570 580 590 pF1KB3 QMSS-SDVLYPRAAGMPLAQPLVEHY-----VPRSLDPNMPVIVNTCSLREEGEGTDDRH ... . :.:: : : . : . . : .:..::: .: ... .: :. . CCDS53 PITTGTGVVYPGAITMATTTPSPQMTSDCSSTSASPEPSLPVIQSTYGMKTDG-GSLAGN 710 720 730 740 750 760 600 610 620 pF1KB3 SVADGE--MYRYSEDEDSEGEEKSDGELVVLTD . .:: : :.. :: . ::: CCDS53 EMINGEDEMEMYDDYED---DPKSDYSSENEAPEAVSAN 770 780 790 800 >>CCDS53605.1 SOX6 gene_id:55553|Hs108|chr11 (804 aa) initn: 1248 init1: 694 opt: 739 Z-score: 434.8 bits: 91.0 E(32554): 6.8e-18 Smith-Waterman score: 1208; 40.6% identity (58.6% similar) in 655 aa overlap (103-614:144-790) 80 90 100 110 120 130 pF1KB3 WDCSSPEGNGSPEPKRPGVSEAASGSQEKLDFNRNLKEVVPAIEKLLSSDWKERFLGRNS ...:. .: .:::::.::::.. :. CCDS53 IMTSVTFGTPERRKGSLADVVDTLKQKKLEEMTRTEQEDSSCMEKLLSKDWKEKMERLNT 120 130 140 150 160 170 140 150 160 170 180 190 pF1KB3 MEA-KDVKGTQESLAEKELQLLVMIHQLSTLRDQLLTAHSEQKNMAAMLFEKQQQQMELA : ..::: ::::::: :: .:: :: .::.:::.::.:::..:: .:::.:::.:: CCDS53 SELLGEIKGTPESLAEKERQLSTMITQLISLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMDLA 180 190 200 210 220 230 200 210 220 230 240 250 pF1KB3 RQQQEQIAKQQQQLIQQQHKINLLQQQIQ-QVNMPYVMIPAFPPSHQPLPVTPDSQLALP ::::::::.:::::.:::::::::::::: : .:: .::: :: ... : .. .: .. 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