Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3064
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3064, 410 aa
1>>>pF1KB3064 410 - 410 aa - 410 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5326+/-0.00105; mu= 11.7498+/- 0.062
mean_var=151.7850+/-31.986, 0's: 0 Z-trim(106.8): 215 B-trim: 5 in 1/51
Lambda= 0.104102
statistics sampled from 8925 (9181) to 8925 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.645), E-opt: 0.2 (0.282), width: 16
Scan time: 2.610
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32528.1 PAFAH1B1 gene_id:5048|Hs108|chr17 ( 410) 2795 432.1 4.5e-121
CCDS6981.1 WDR5 gene_id:11091|Hs108|chr9 ( 334) 475 83.6 3.1e-16
CCDS3012.1 WDR5B gene_id:54554|Hs108|chr3 ( 330) 444 78.9 7.6e-15
CCDS55859.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12 ( 436) 416 74.9 1.7e-13
CCDS31869.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12 ( 478) 416 74.9 1.8e-13
CCDS2470.1 DAW1 gene_id:164781|Hs108|chr2 ( 415) 391 71.1 2.2e-12
CCDS56341.1 PLRG1 gene_id:5356|Hs108|chr4 ( 505) 392 71.3 2.3e-12
CCDS34083.1 PLRG1 gene_id:5356|Hs108|chr4 ( 514) 392 71.3 2.3e-12
CCDS34324.1 RACK1 gene_id:10399|Hs108|chr5 ( 317) 388 70.5 2.5e-12
CCDS10788.1 KATNB1 gene_id:10300|Hs108|chr16 ( 655) 384 70.2 6.3e-12
CCDS1581.1 TAF5L gene_id:27097|Hs108|chr1 ( 589) 374 68.7 1.7e-11
CCDS54592.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 ( 359) 365 67.1 3e-11
CCDS2846.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 ( 407) 365 67.2 3.3e-11
>>CCDS32528.1 PAFAH1B1 gene_id:5048|Hs108|chr17 (410 aa)
initn: 2795 init1: 2795 opt: 2795 Z-score: 2287.1 bits: 432.1 E(32554): 4.5e-121
Smith-Waterman score: 2795; 100.0% identity (100.0% similar) in 410 aa overlap (1-410:1-410)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MVLSQRQRDELNRAIADYLRSNGYEEAYSVFKKEAELDVNEELDKKYAGLLEKKWTSVIR
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CCDS32 MVLSQRQRDELNRAIADYLRSNGYEEAYSVFKKEAELDVNEELDKKYAGLLEKKWTSVIR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 LQKKVMELESKLNEAKEEFTSGGPLGQKRDPKEWIPRPPEKYALSGHRSPVTRVIFHPVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LQKKVMELESKLNEAKEEFTSGGPLGQKRDPKEWIPRPPEKYALSGHRSPVTRVIFHPVF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 SVMVSASEDATIKVWDYETGDFERTLKGHTDSVQDISFDHSGKLLASCSADMTIKLWDFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SVMVSASEDATIKVWDYETGDFERTLKGHTDSVQDISFDHSGKLLASCSADMTIKLWDFQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 GFECIRTMHGHDHNVSSVAIMPNGDHIVSASRDKTIKMWEVQTGYCVKTFTGHREWVRMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GFECIRTMHGHDHNVSSVAIMPNGDHIVSASRDKTIKMWEVQTGYCVKTFTGHREWVRMV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 RPNQDGTLIASCSNDQTVRVWVVATKECKAELREHEHVVECISWAPESSYSSISEATGSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RPNQDGTLIASCSNDQTVRVWVVATKECKAELREHEHVVECISWAPESSYSSISEATGSE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 TKKSGKPGPFLLSGSRDKTIKMWDVSTGMCLMTLVGHDNWVRGVLFHSGGKFILSCADDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TKKSGKPGPFLLSGSRDKTIKMWDVSTGMCLMTLVGHDNWVRGVLFHSGGKFILSCADDK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB3 TLRVWDYKNKRCMKTLNAHEHFVTSLDFHKTAPYVVTGSVDQTVKVWECR
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CCDS32 TLRVWDYKNKRCMKTLNAHEHFVTSLDFHKTAPYVVTGSVDQTVKVWECR
370 380 390 400 410
>>CCDS6981.1 WDR5 gene_id:11091|Hs108|chr9 (334 aa)
initn: 855 init1: 437 opt: 475 Z-score: 405.1 bits: 83.6 E(32554): 3.1e-16
Smith-Waterman score: 648; 30.5% identity (62.5% similar) in 347 aa overlap (67-408:5-331)
40 50 60 70 80 90
pF1KB3 LDVNEELDKKYAGLLEKKWTSVIRLQKKVMELESKLNEAKEEFTSGGPLGQKRDPKEWIP
: . . . :. . : .. :.. : :
CCDS69 MATEEKKPETEAARAQPTPSSSATQSK-PTPVKP
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 RPPEKYALSGHRSPVTRVIFHPVFSVMVSASEDATIKVWDYETGDFERTLKGHTDSVQDI
:..:.:: . :. : : : ..:.: : ::.: : ::.:..:: ...:.
CCDS69 NYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEWLASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTISGHKLGISDV
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 SFDHSGKLLASCSADMTIKLWDFQGFECIRTMHGHDHNVSSVAIMPNGDHIVSASRDKTI
... ...::.: : : :.:.:: .. .:..:..::.. : . :... :::.: :...
CCDS69 AWSSDSNLLVSASDDKTLKIWDVSSGKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESV
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 KMWEVQTGYCVKTFTGHREWVRMVRPNQDGTLIASCSNDQTVRVWVVATKECKAELREHE
..:.:.:: :.::. .: . : :. :.::.::.: : : :.: .:. .: : . .
CCDS69 RIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVSAVHFNRDGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDD
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 HVVECISWAPESSYSSISEATGSETKKSGKPGPFLLSGSRDKTIKMWDVSTGMCLMTLVG
. : :. ..: : ..:... :.:.:.:: : : :: : .:
CCDS69 N--------PPVSFVKFSPN-----------GKYILAATLDNTLKLWDYSKGKCLKTYTG
220 230 240 250
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 HDNWVRGVLFH---SGGKFILSCADDKTLRVWDYKNKRCMKTLNAHEHFVTSLDFHKTAP
: : .. . .:::.:.: ..:. . .:. ..:. .. :..: : : : :
CCDS69 HKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVVISTACHPTEN
260 270 280 290 300 310
400 410
pF1KB3 YVVTGSV--DQTVKVWECR
...... :.:.:.:.
CCDS69 IIASAALENDKTIKLWKSDC
320 330
>>CCDS3012.1 WDR5B gene_id:54554|Hs108|chr3 (330 aa)
initn: 754 init1: 333 opt: 444 Z-score: 380.0 bits: 78.9 E(32554): 7.6e-15
Smith-Waterman score: 618; 31.0% identity (61.7% similar) in 339 aa overlap (74-407:8-326)
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 DKKYAGLLEKKWTSVIRLQKKVMELESKLNEAKEEFTSGGPLGQKRDPKEWIPRPPEKYA
.:: ... .. .:... : : : .
CCDS30 MATKESRDAKAQLALSSSANQSKEVPE-NPNYALKCT
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 LSGHRSPVTRVIFHPVFSVMVSASEDATIKVWDYETGDFERTLKGHTDSVQDISFDHSGK
: :: :. : : : ..:.: : : .: : .:.:: ::. ..:.... ...
CCDS30 LVGHTEAVSSVKFSPNGEWLASSSADRLIIIWGAYDGKYEKTLYGHNLEISDVAWSSDSS
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 LLASCSADMTIKLWDFQGFECIRTMHGHDHNVSSVAIMPNGDHIVSASRDKTIKMWEVQT
:.: : : :.:::: .. .:..:..::.. : . : .. :.:.: :.:.:.:::.:
CCDS30 RLVSASDDKTLKLWDVRSGKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPPSNLIISGSFDETVKIWEVKT
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 GYCVKTFTGHREWVRMVRPNQDGTLIASCSNDQTVRVWVVATKECKAELREHEHVVECIS
: :.::...: . : :. : .:.::.: : : :.: .:. .: : . ..
CCDS30 GKCLKTLSAHSDPVSAVHFNCSGSLIVSGSYDGLCRIWDAASGQCLKTLVDDDN------
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 WAPESSYSSISEATGSETKKSGKPGPFLLSGSRDKTIKMWDVSTGMCLMTLVGHDNWVRG
: :. ..: : ..:... :.:.:.:: : : :: : .:: :
CCDS30 --PPVSFVKFSPN-----------GKYILTATLDNTLKLWDYSRGRCLKTYTGHKNEKYC
220 230 240 250
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 VLFH---SGGKFILSCADDKTLRVWDYKNKRCMKTLNAHEHFVTSLDFHKTAPYVVTGSV
.. . .:::.:.: ..:. . .:. ..:. .. :..: : : : : ......
CCDS30 IFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVVISAACHPTENLIASAAL
260 270 280 290 300 310
410
pF1KB3 --DQTVKVWECR
:.:.:.:
CCDS30 ENDKTIKLWMSNH
320 330
>>CCDS55859.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12 (436 aa)
initn: 1054 init1: 396 opt: 416 Z-score: 355.8 bits: 74.9 E(32554): 1.7e-13
Smith-Waterman score: 475; 31.1% identity (59.3% similar) in 312 aa overlap (94-394:3-292)
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 KVMELESKLNEAKEEFTSGGPLGQKRDPKEWIPRPPEK-YALSGHRSPVTRVIFHPVFSV
: .: . : ::.. :: : : : ..
CCDS55 MLWNFKPHARAYRYVGHKDVVTSVQFSPHGNL
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 MVSASEDATIKVW-DYETGDFERTLKGHTDSVQDISFDHSGKLLASCSADMTIKLWDFQG
..:::.: :...: . : : . .:.:: :....:. .:..::. : : .::.:..
CCDS55 LASASRDRTVRLWIPDKRGKFSE-FKAHTAPVRSVDFSADGQFLATASEDKSIKVWSMYR
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 FECIRTMHGHDHNVSSVAIMPNGDHIVSASRDKTIKMWEVQTGYCVKTFTGHREWVRMVR
. . ... : : : . . :.: ::: :.:::::.:.. . ::..:. .. .:
CCDS55 QRFLYSLYRHTHWVRCAKFSPDGRLIVSCSEDKTIKIWDTTNKQCVNNFSDSVGFANFVD
100 110 120 130 140 150
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 PNQDGTLIASCSNDQTVRVWVVATKECKAELREHEHVVECISWAPESSYSSISEATGSET
: .:: ::: ..::::.:: : ... . . : :.:::. :
CCDS55 FNPSGTCIASAGSDQTVKVWDVRVNKLLQHYQVHSGGVNCISFHPS--------------
160 170 180 190
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 KKSGKPGPFLLSGSRDKTIKMWDVSTGMCLMTLVGHDNWVRGVLFHSGGKFILSCADDKT
: .:...: : :.:. :. : ..:: :: . : : : .::... : . :
CCDS55 ------GNYLITASSDGTLKILDLLEGRLIYTLQGHTGPVFTVSFSKGGELFASGGADTQ
200 210 220 230 240 250
370 380 390 400 410
pF1KB3 LRVW--DYKNKRCMKTLNAHE----HFVTS---LDFHKTAPYVVTGSVDQTVKVWECR
. .: .. . .: : :. .. :: . ::.. .:.
CCDS55 VLLWRTNFDELHC-KGLTKRNLKRLHFDSPPHLLDIYPRTPHPHEEKVETVEINPKLEVI
260 270 280 290 300 310
CCDS55 DLQISTPPVMDILSFDSTTTTETSGRTLPDKGEEACGYFLNPSLMSPECLPTTTKKKTED
320 330 340 350 360 370
>>CCDS31869.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12 (478 aa)
initn: 1176 init1: 396 opt: 416 Z-score: 355.3 bits: 74.9 E(32554): 1.8e-13
Smith-Waterman score: 489; 27.4% identity (59.7% similar) in 310 aa overlap (100-407:11-297)
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 SKLNEAKEEFTSGGPLGQKRDPKEWIPRPPEKYALSGHRSPVTRVIFHPVFSVMVSASED
:.: ..::.. .: . . : . ...:: :
CCDS31 MASATEDPVLERY-FKGHKAAITSLDLSPNGKQLATASWD
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 ATIKVWDYETGDFERTLKGHTDSVQDISFDHSGKLLASCSADMTIKLW--DFQGFECIRT
. . .:... :: : : ...:. :.:::: : : :..:: : .: .
CCDS31 TFLMLWNFKPHARAYRYVGHKDVVTSVQFSPHGNLLASASRDRTVRLWIPDKRG--KFSE
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 MHGHDHNVSSVAIMPNGDHIVSASRDKTIKMWEVQTGYCVKTFTGHREWVRMVRPNQDGT
...: : :: . .:. ...::.::.::.: . . .. : .::: .. . ::
CCDS31 FKAHTAPVRSVDFSADGQFLATASEDKSIKVWSMYRQRFLYSLYRHTHWVRCAKFSPDGR
100 110 120 130 140 150
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LIASCSNDQTVRVWVVATKECKAELREHEHVVECISWAPESSYSSISEATGSETKKSGKP
::.:::.:.:...: ...:.: .. . .. ... :
CCDS31 LIVSCSEDKTIKIWDTTNKQCVNNFSDSVGFANFVDFNPS--------------------
160 170 180 190
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 GPFLLSGSRDKTIKMWDVSTGMCLMTLVGHDNWVRGVLFHSGGKFILSCADDKTLRVWDY
: . :.. :.:.:.::: .. :. :.. : . :: .:..... ..: ::.. :
CCDS31 GTCIASAGSDQTVKVWDVRVNKLLQHYQVHSGGVNCISFHPSGNYLITASSDGTLKILDL
200 210 220 230 240 250
370 380 390 400 410
pF1KB3 KNKRCMKTLNAHEHFVTSLDFHKTAPYVVTGSVDQTVKVWECR
. : . ::..: : ...: : . ..:..: : .:
CCDS31 LEGRLIYTLQGHTGPVFTVSFSKGGELFASGGADTQVLLWRTNFDELHCKGLTKRNLKRL
260 270 280 290 300 310
CCDS31 HFDSPPHLLDIYPRTPHPHEEKVETVEINPKLEVIDLQISTPPVMDILSFDSTTTTETSG
320 330 340 350 360 370
>>CCDS2470.1 DAW1 gene_id:164781|Hs108|chr2 (415 aa)
initn: 906 init1: 388 opt: 391 Z-score: 335.7 bits: 71.1 E(32554): 2.2e-12
Smith-Waterman score: 567; 29.4% identity (59.7% similar) in 350 aa overlap (61-407:88-414)
40 50 60 70 80
pF1KB3 FKKEAELDVNEELDKKYAGLLEKKWTSVIRLQKKVMELES-KLNEAKEEFTSGGPLGQKR
:. ... : . ::.. : .:. :
CCDS24 SRTEQVKLLIQRLQEKLGQNSNHTFYLFKVLKAHILPLTNVALNKSGSCFITGS---YDR
60 70 80 90 100 110
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 DPKEWIPRPPEKY-ALSGHRSPVTRVIFH-PVFSVMVSASEDATIKVWDYETGDFERTLK
: : :. .: :::. : . :. : . ....: : : :.:. ::: .:..
CCDS24 TCKLWDTASGEELNTLEGHRNVVYAIAFNNPYGDKIATGSFDKTCKLWSVETGKCYHTFR
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 GHTDSVQDISFDHSGKLLASCSADMTIKLWDFQGFECIRTMHGHDHNVSSVAIMPNGDHI
::: . .::. .. :.:. : : : ::::.:. : . :..::. .. :... .::.:
CCDS24 GHTAEIVCLSFNPQSTLVATGSMDTTAKLWDIQNGEEVYTLRGHSAEIISLSFNTSGDRI
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB3 VSASRDKTIKMWEVQTGYCVKTFTGHREWVRMVRPNQDGTLIASCSNDQTVRVWVVATKE
...: :.:. .:...:: :. . :: . . : : .:: . : :.: ..: ... .
CCDS24 ITGSFDHTVVVWDADTGRKVNILIGHCAEISSASFNWDCSLILTGSMDKTCKLWDATNGK
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KB3 CKAELREHEHVVECISWAPESSYSSISEATGSETKKSGKPGPFLLSGSRDKTIKMWDVST
: : : :. .: : .:: .. ..: : : ......:
CCDS24 CVATLTGHD-----------------DEILDSCFDYTGK---LIATASADGTARIFSAAT
300 310 320 330
330 340 350 360 370 380
pF1KB3 GMCLMTLVGHDNWVRGVLFHSGGKFILSCADDKTLRVWDYKNKRCMKTLNAHEHFVTSLD
:. : ::.. . . :. :. .:. ..::: :.:: .. .:...:..: . :
CCDS24 RKCIAKLEGHEGEISKISFNPQGNHLLTGSSDKTARIWDAQTGQCLQVLEGHTDEIFSCA
340 350 360 370 380 390
390 400 410
pF1KB3 FHKTAPYVVTGSVDQTVKVWECR
:. . :.::: :.: ..:
CCDS24 FNYKGNIVITGSKDNTCRIWR
400 410
>>CCDS56341.1 PLRG1 gene_id:5356|Hs108|chr4 (505 aa)
initn: 653 init1: 307 opt: 392 Z-score: 335.5 bits: 71.3 E(32554): 2.3e-12
Smith-Waterman score: 464; 27.6% identity (56.5% similar) in 340 aa overlap (80-407:163-480)
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 LLEKKWTSVIRLQKKVMELESKLNEAKEEFTSGGPLGQKRDPKEWIPR--PPEKY--ALS
:... : :. : :. :: : ..:
CCDS56 APSGSEYRHPGASDRPQPTAMNSIVMETGNTKNSALMAKKAPTMPKPQWHPPWKLYRVIS
140 150 160 170 180 190
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 GHRSPVTRVIFHPVFSVMVSASEDATIKVWDYETGDFERTLKGHTDSVQDISFDHSGKLL
:: . : . .: . .:..: : :::.:: .: .. .: :: ..:. . . . :
CCDS56 GHLGWVRCIAVEPGNQWFVTGSADRTIKIWDLASGKLKLSLTGHISTVRGVIVSTRSPYL
200 210 220 230 240 250
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 ASCSADMTIKLWDFQGFECIRTMHGHDHNVSSVAIMPNGDHIVSASRDKTIKMWEVQTGY
::. : .: ::.. . :: .::: : .. . :. : .:. :::.: ..:.:.:
CCDS56 FSCGEDKQVKCWDLEYNKVIRHYHGHLSAVYGLDLHPTIDVLVTCSRDSTARIWDVRTKA
260 270 280 290 300 310
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 CVKTFTGHREWVRMVRPNQDGTLIASCSNDQTVRVWVVATKECKAELREHEHVVECISWA
:.:..:: . : :: . : . :.: :.:.: ... . .. : .:.. :. .
CCDS56 SVHTLSGHTNAVATVRCQAAEPQIITGSHDTTIRLWDLVAGKTRVTLTNHKKSVRAVVLH
320 330 340 350 360 370
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 PESSYSSISEATGSETKKSGKPGPFLLSGSRDKTIKMWDVSTGMCLMTLVGHDNWVRGVL
:. :. . ::: :. ::.: : ...: ::. . .
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]