Result of FASTA (omim) for
pF1KB3051
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3051, 1215 aa
1>>>pF1KB3051 1215 - 1215 aa - 1215 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.4231+/-0.000468; mu= -10.9708+/- 0.029
mean_var=360.2210+/-73.109, 0's: 0 Z-trim(119.7): 57 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.067576
statistics sampled from 34085 (34142) to 34085 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.698), E-opt: 0.2 (0.4), width: 16
Scan time: 13.770
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001248755 (OMIM: 607246,617050) AP-3 complex su (1215) 7920 787.2 0
XP_016882911 (OMIM: 607246,617050) PREDICTED: AP-3 ( 987) 6438 642.7 3.4e-183
XP_006722995 (OMIM: 607246,617050) PREDICTED: AP-3 (1203) 5897 590.0 3e-167
NP_003929 (OMIM: 607246,617050) AP-3 complex subun (1153) 5626 563.6 2.6e-159
NP_001119 (OMIM: 603533) AP-1 complex subunit gamm ( 822) 434 57.3 4.7e-07
NP_001025178 (OMIM: 603533) AP-1 complex subunit g ( 825) 428 56.8 7e-07
XP_016877234 (OMIM: 603534) PREDICTED: AP-1 comple ( 494) 349 48.9 9.5e-05
XP_016877233 (OMIM: 603534) PREDICTED: AP-1 comple ( 495) 349 48.9 9.6e-05
XP_005268229 (OMIM: 603534) PREDICTED: AP-1 comple ( 785) 349 49.0 0.00014
XP_005268230 (OMIM: 603534) PREDICTED: AP-1 comple ( 785) 349 49.0 0.00014
NP_003908 (OMIM: 603534) AP-1 complex subunit gamm ( 785) 349 49.0 0.00014
NP_031373 (OMIM: 184450,607244,613744) AP-4 comple (1137) 350 49.2 0.00018
XP_016877232 (OMIM: 603534) PREDICTED: AP-1 comple ( 552) 321 46.2 0.00069
XP_016877229 (OMIM: 603534) PREDICTED: AP-1 comple ( 804) 321 46.3 0.00095
XP_011535585 (OMIM: 603534) PREDICTED: AP-1 comple ( 807) 321 46.3 0.00096
XP_005268227 (OMIM: 603534) PREDICTED: AP-1 comple ( 842) 321 46.3 0.00099
XP_005268225 (OMIM: 603534) PREDICTED: AP-1 comple ( 842) 321 46.3 0.00099
XP_005268224 (OMIM: 603534) PREDICTED: AP-1 comple ( 842) 321 46.3 0.00099
XP_006720364 (OMIM: 603534) PREDICTED: AP-1 comple ( 842) 321 46.3 0.00099
XP_005268226 (OMIM: 603534) PREDICTED: AP-1 comple ( 842) 321 46.3 0.00099
NP_036437 (OMIM: 607242) AP-2 complex subunit alph ( 939) 307 45.0 0.0028
XP_011518232 (OMIM: 607242) PREDICTED: AP-2 comple ( 666) 302 44.4 0.0029
NP_001229766 (OMIM: 607242) AP-2 complex subunit a ( 940) 302 44.5 0.0039
XP_011528502 (OMIM: 105400,162230,616924) PREDICTE ( 924) 297 44.0 0.0054
XP_006720510 (OMIM: 184450,607244,613744) PREDICTE (1062) 295 43.8 0.007
XP_005254321 (OMIM: 184450,607244,613744) PREDICTE (1062) 295 43.8 0.007
NP_001239056 (OMIM: 184450,607244,613744) AP-4 com (1062) 295 43.8 0.007
NP_570603 (OMIM: 601026) AP-2 complex subunit alph ( 955) 292 43.5 0.0078
NP_055018 (OMIM: 601026) AP-2 complex subunit alph ( 977) 292 43.5 0.008
>>NP_001248755 (OMIM: 607246,617050) AP-3 complex subuni (1215 aa)
initn: 7920 init1: 7920 opt: 7920 Z-score: 4189.4 bits: 787.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7920; 100.0% identity (100.0% similar) in 1215 aa overlap (1-1215:1-1215)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MALKMVKGSIDRMFDKNLQDLVRGIRNHKEDEAKYISQCIDEIKQELKQDNIAVKANAVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MALKMVKGSIDRMFDKNLQDLVRGIRNHKEDEAKYISQCIDEIKQELKQDNIAVKANAVC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 KLTYLQMLGYDISWAAFNIIEVMSASKFTFKRIGYLAASQSFHEGTDVIMLTTNQIRKDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KLTYLQMLGYDISWAAFNIIEVMSASKFTFKRIGYLAASQSFHEGTDVIMLTTNQIRKDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 SSPSQYDTGVALTGLSCFVTPDLARDLANDIMTLMSHTKPYIRKKAVLIMYKVFLKYPES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSPSQYDTGVALTGLSCFVTPDLARDLANDIMTLMSHTKPYIRKKAVLIMYKVFLKYPES
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 LRPAFPRLKEKLEDPDPGVQSAAVNVICELARRNPKNYLSLAPLFFKLMTSSTNNWVLIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LRPAFPRLKEKLEDPDPGVQSAAVNVICELARRNPKNYLSLAPLFFKLMTSSTNNWVLIK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 IIKLFGALTPLEPRLGKKLIEPLTNLIHSTSAMSLLYECVNTVIAVLISLSSGMPNHSAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IIKLFGALTPLEPRLGKKLIEPLTNLIHSTSAMSLLYECVNTVIAVLISLSSGMPNHSAS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 IQLCVQKLRILIEDSDQNLKYLGLLAMSKILKTHPKSVQSHKDLILQCLDDKDESIRLRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IQLCVQKLRILIEDSDQNLKYLGLLAMSKILKTHPKSVQSHKDLILQCLDDKDESIRLRA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 LDLLYGMVSKKNLMEIVKKLMTHVDKAEGTTYRDELLTKIIDICSQSNYQYITNFEWYIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LDLLYGMVSKKNLMEIVKKLMTHVDKAEGTTYRDELLTKIIDICSQSNYQYITNFEWYIS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 ILVELTRLEGTRHGHLIAAQMLDVAIRVKAIRKFAVSQMSALLDSAHLLASSTQRNGICE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ILVELTRLEGTRHGHLIAAQMLDVAIRVKAIRKFAVSQMSALLDSAHLLASSTQRNGICE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 VLYAAAWICGEFSEHLQEPHHTLEAMLRPRVTTLPGHIQAVYVQNVVKLYASILQQKEQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VLYAAAWICGEFSEHLQEPHHTLEAMLRPRVTTLPGHIQAVYVQNVVKLYASILQQKEQA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 GEAEGAQAVTQLMVDRLPQFVQSADLEVQERASCILQLVKHIQKLQAKDVPVAEEVSALF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GEAEGAQAVTQLMVDRLPQFVQSADLEVQERASCILQLVKHIQKLQAKDVPVAEEVSALF
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 AGELNPVAPKAQKKVPVPEGLDLDAWINEPLSDSESEDERPRAVFHEEEQRRPKHRPSEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AGELNPVAPKAQKKVPVPEGLDLDAWINEPLSDSESEDERPRAVFHEEEQRRPKHRPSEA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 DEEELARRREARKQEQANNPFYIKSSPSPQKRYQDTPGVEHIPVVQIDLSVPLKVPGLPM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DEEELARRREARKQEQANNPFYIKSSPSPQKRYQDTPGVEHIPVVQIDLSVPLKVPGLPM
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 SDQYVKLEEERRHRQKLEKDKRRKKRKEKEKKGKRRHSSLPTESDEDIAPAQQVDIVTEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SDQYVKLEEERRHRQKLEKDKRRKKRKEKEKKGKRRHSSLPTESDEDIAPAQQVDIVTEE
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 MPENALPSDEDDKDPNDPYRALDIDLDKPLADSEKLPIQKHRNTETSKSPEKDVPMVEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MPENALPSDEDDKDPNDPYRALDIDLDKPLADSEKLPIQKHRNTETSKSPEKDVPMVEKK
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 SKKPKKKEKKHKEKERDKEKKKEKEKKAEDLDFWLSTTPPPAPAPAPAPVPSTGELSVNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SKKPKKKEKKHKEKERDKEKKKEKEKKAEDLDFWLSTTPPPAPAPAPAPVPSTGELSVNT
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB3 VTTPKDECEDAKTEAQGEEDDAEGQDQDKKSPKPKKKKHRKEKEERTKGKKKSKKQPPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VTTPKDECEDAKTEAQGEEDDAEGQDQDKKSPKPKKKKHRKEKEERTKGKKKSKKQPPGS
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB3 EEAAGEPVQNGAPEEEQLPPESSYSLLAENSYVKMTCDIRGSLQEDSQVTVAIVLENRSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EEAAGEPVQNGAPEEEQLPPESSYSLLAENSYVKMTCDIRGSLQEDSQVTVAIVLENRSS
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB3 SILKGMELSVLDSLNARMARPQGSSVHDGVPVPFQLPPGVSNEAQYVFTIQSIVMAQKLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SILKGMELSVLDSLNARMARPQGSSVHDGVPVPFQLPPGVSNEAQYVFTIQSIVMAQKLK
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB3 GTLSFIAKNDEGATHEKLDFRLHFSCSSYLITTPCYSDAFAKLLESGDLSMSSIKVDGIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GTLSFIAKNDEGATHEKLDFRLHFSCSSYLITTPCYSDAFAKLLESGDLSMSSIKVDGIR
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB3 MSFQNLLAKICFHHHFSVVERVDSCASMYSRSIQGHHVCLLVKKGENSVSVDGKCSDSTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSFQNLLAKICFHHHFSVVERVDSCASMYSRSIQGHHVCLLVKKGENSVSVDGKCSDSTL
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210
pF1KB3 LSNLLEEMKATLAKC
:::::::::::::::
NP_001 LSNLLEEMKATLAKC
1210
>>XP_016882911 (OMIM: 607246,617050) PREDICTED: AP-3 com (987 aa)
initn: 6438 init1: 6438 opt: 6438 Z-score: 3409.9 bits: 642.7 E(85289): 3.4e-183
Smith-Waterman score: 6438; 100.0% identity (100.0% similar) in 987 aa overlap (229-1215:1-987)
200 210 220 230 240 250
pF1KB3 VQSAAVNVICELARRNPKNYLSLAPLFFKLMTSSTNNWVLIKIIKLFGALTPLEPRLGKK
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MTSSTNNWVLIKIIKLFGALTPLEPRLGKK
10 20 30
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 LIEPLTNLIHSTSAMSLLYECVNTVIAVLISLSSGMPNHSASIQLCVQKLRILIEDSDQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LIEPLTNLIHSTSAMSLLYECVNTVIAVLISLSSGMPNHSASIQLCVQKLRILIEDSDQN
40 50 60 70 80 90
320 330 340 350 360 370
pF1KB3 LKYLGLLAMSKILKTHPKSVQSHKDLILQCLDDKDESIRLRALDLLYGMVSKKNLMEIVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LKYLGLLAMSKILKTHPKSVQSHKDLILQCLDDKDESIRLRALDLLYGMVSKKNLMEIVK
100 110 120 130 140 150
380 390 400 410 420 430
pF1KB3 KLMTHVDKAEGTTYRDELLTKIIDICSQSNYQYITNFEWYISILVELTRLEGTRHGHLIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KLMTHVDKAEGTTYRDELLTKIIDICSQSNYQYITNFEWYISILVELTRLEGTRHGHLIA
160 170 180 190 200 210
440 450 460 470 480 490
pF1KB3 AQMLDVAIRVKAIRKFAVSQMSALLDSAHLLASSTQRNGICEVLYAAAWICGEFSEHLQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AQMLDVAIRVKAIRKFAVSQMSALLDSAHLLASSTQRNGICEVLYAAAWICGEFSEHLQE
220 230 240 250 260 270
500 510 520 530 540 550
pF1KB3 PHHTLEAMLRPRVTTLPGHIQAVYVQNVVKLYASILQQKEQAGEAEGAQAVTQLMVDRLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PHHTLEAMLRPRVTTLPGHIQAVYVQNVVKLYASILQQKEQAGEAEGAQAVTQLMVDRLP
280 290 300 310 320 330
560 570 580 590 600 610
pF1KB3 QFVQSADLEVQERASCILQLVKHIQKLQAKDVPVAEEVSALFAGELNPVAPKAQKKVPVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QFVQSADLEVQERASCILQLVKHIQKLQAKDVPVAEEVSALFAGELNPVAPKAQKKVPVP
340 350 360 370 380 390
620 630 640 650 660 670
pF1KB3 EGLDLDAWINEPLSDSESEDERPRAVFHEEEQRRPKHRPSEADEEELARRREARKQEQAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EGLDLDAWINEPLSDSESEDERPRAVFHEEEQRRPKHRPSEADEEELARRREARKQEQAN
400 410 420 430 440 450
680 690 700 710 720 730
pF1KB3 NPFYIKSSPSPQKRYQDTPGVEHIPVVQIDLSVPLKVPGLPMSDQYVKLEEERRHRQKLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NPFYIKSSPSPQKRYQDTPGVEHIPVVQIDLSVPLKVPGLPMSDQYVKLEEERRHRQKLE
460 470 480 490 500 510
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pF1KB3 KDKRRKKRKEKEKKGKRRHSSLPTESDEDIAPAQQVDIVTEEMPENALPSDEDDKDPNDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KDKRRKKRKEKEKKGKRRHSSLPTESDEDIAPAQQVDIVTEEMPENALPSDEDDKDPNDP
520 530 540 550 560 570
800 810 820 830 840 850
pF1KB3 YRALDIDLDKPLADSEKLPIQKHRNTETSKSPEKDVPMVEKKSKKPKKKEKKHKEKERDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YRALDIDLDKPLADSEKLPIQKHRNTETSKSPEKDVPMVEKKSKKPKKKEKKHKEKERDK
580 590 600 610 620 630
860 870 880 890 900 910
pF1KB3 EKKKEKEKKAEDLDFWLSTTPPPAPAPAPAPVPSTGELSVNTVTTPKDECEDAKTEAQGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EKKKEKEKKAEDLDFWLSTTPPPAPAPAPAPVPSTGELSVNTVTTPKDECEDAKTEAQGE
640 650 660 670 680 690
920 930 940 950 960 970
pF1KB3 EDDAEGQDQDKKSPKPKKKKHRKEKEERTKGKKKSKKQPPGSEEAAGEPVQNGAPEEEQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EDDAEGQDQDKKSPKPKKKKHRKEKEERTKGKKKSKKQPPGSEEAAGEPVQNGAPEEEQL
700 710 720 730 740 750
980 990 1000 1010 1020 1030
pF1KB3 PPESSYSLLAENSYVKMTCDIRGSLQEDSQVTVAIVLENRSSSILKGMELSVLDSLNARM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PPESSYSLLAENSYVKMTCDIRGSLQEDSQVTVAIVLENRSSSILKGMELSVLDSLNARM
760 770 780 790 800 810
1040 1050 1060 1070 1080 1090
pF1KB3 ARPQGSSVHDGVPVPFQLPPGVSNEAQYVFTIQSIVMAQKLKGTLSFIAKNDEGATHEKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ARPQGSSVHDGVPVPFQLPPGVSNEAQYVFTIQSIVMAQKLKGTLSFIAKNDEGATHEKL
820 830 840 850 860 870
1100 1110 1120 1130 1140 1150
pF1KB3 DFRLHFSCSSYLITTPCYSDAFAKLLESGDLSMSSIKVDGIRMSFQNLLAKICFHHHFSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DFRLHFSCSSYLITTPCYSDAFAKLLESGDLSMSSIKVDGIRMSFQNLLAKICFHHHFSV
880 890 900 910 920 930
1160 1170 1180 1190 1200 1210
pF1KB3 VERVDSCASMYSRSIQGHHVCLLVKKGENSVSVDGKCSDSTLLSNLLEEMKATLAKC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VERVDSCASMYSRSIQGHHVCLLVKKGENSVSVDGKCSDSTLLSNLLEEMKATLAKC
940 950 960 970 980
>>XP_006722995 (OMIM: 607246,617050) PREDICTED: AP-3 com (1203 aa)
initn: 5829 init1: 5829 opt: 5897 Z-score: 3123.5 bits: 590.0 E(85289): 3e-167
Smith-Waterman score: 7814; 99.0% identity (99.0% similar) in 1215 aa overlap (1-1215:1-1203)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MALKMVKGSIDRMFDKNLQDLVRGIRNHKEDEAKYISQCIDEIKQELKQDNIAVKANAVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MALKMVKGSIDRMFDKNLQDLVRGIRNHKEDEAKYISQCIDEIKQELKQDNIAVKANAVC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 KLTYLQMLGYDISWAAFNIIEVMSASKFTFKRIGYLAASQSFHEGTDVIMLTTNQIRKDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 KLTYLQMLGYDISWAAFNIIEVMSASKFTFKRIGYLAASQSFHEGTDVIMLTTNQIRKDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 SSPSQYDTGVALTGLSCFVTPDLARDLANDIMTLMSHTKPYIRKKAVLIMYKVFLKYPES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 SSPSQYDTGVALTGLSCFVTPDLARDLANDIMTLMSHTKPYIRKKAVLIMYKVFLKYPES
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 LRPAFPRLKEKLEDPDPGVQSAAVNVICELARRNPKNYLSLAPLFFKLMTSSTNNWVLIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LRPAFPRLKEKLEDPDPGVQSAAVNVICELARRNPKNYLSLAPLFFKLMTSSTNNWVLIK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 IIKLFGALTPLEPRLGKKLIEPLTNLIHSTSAMSLLYECVNTVIAVLISLSSGMPNHSAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 IIKLFGALTPLEPRLGKKLIEPLTNLIHSTSAMSLLYECVNTVIAVLISLSSGMPNHSAS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 IQLCVQKLRILIEDSDQNLKYLGLLAMSKILKTHPKSVQSHKDLILQCLDDKDESIRLRA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LDLLYGMVSKKNLMEIVKKLMTHVDKAEGTTYRDELLTKIIDICSQSNYQYITNFEWYIS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 ILVELTRLEGTRHGHLIAAQMLDVAIRVKAIRKFAVSQMSALLDSAHLLASSTQRNGICE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VLYAAAWICGEFSEHLQEPHHTLEAMLRPRVTTLPGHIQAVYVQNVVKLYASILQQKEQA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 SILKGMELSVLDSLNARMARPQGSSVHDGVPVPFQLPPGVSNEAQYVFTIQSIVMAQKLK
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pF1KB3 GTLSFIAKNDEGATHEKLDFRLHFSCSSYLITTPCYSDAFAKLLESGDLSMSSIKVDGIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MSFQNLLAKICFHHHFSVVERVDSCASMYSRSIQGHHVCLLVKKGENSVSVDGKCSDSTL
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:::::::::::::::
XP_006 LSNLLEEMKATLAKC
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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NP_003 IIKLFGALTPLEPRLGKKLIEPLTNLIHSTSAMSLLYECVNTVIAVLISLSSGMPNHSAS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MPENALPSDEDDKDPNDPYRALDIDLDKPLADSEKLPIQKHRNTETSKSPEKDVPMVEKK
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:::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB3 SILKGMELSVLDSLNARMARPQGSSVHDGVPVPFQLPPGVSNEAQYVFTIQSIVMAQKLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SILKGMELSVLDSLNARMARPQGSSVHDGVPVPFQLPPGVSNEAQYVFTIQSIVMAQKLK
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pF1KB3 GTLSFIAKNDEGATHEKLDFRLHFSCSSYLITTPCYSDAFAKLLESGDLSMSSIKVDGIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GTLSFIAKNDEGATHEKLDFRLHFSCSSYLITTPCYSDAFAKLLESGDLSMSSIKVDGIR
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pF1KB3 MSFQNLLAKICFHHHFSVVERVDSCASMYSRSIQGHHVCLLVKKGENSVSVDGKCSDSTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MSFQNLLAKICFHHHFSVVERVDSCASMYSRSIQGHHVCLLVKKGENSVSVDGKCSDSTL
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1210
pF1KB3 LSNLLEEMKATLAKC
:::::::::::::::
NP_003 LSNLLEEMKATLAKC
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pF1KB3 MALKMVKGSIDRMFDKNLQDLVRGIRNHKE--DEAKYISQCIDEIKQELKQDNIAVKANA
:..:.: ::. . .: ..:.. :.. ..... . .
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: :: :..:::: .. .. .......::: ::::::.: . : :: .: :: :..
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pF1KB3 DLSSPSQYDTGVALTGLSCFVTPDLARDLANDIMTLMSHTKPYIRKKAVLIMYKVFLKYP
::. .:. :.:: :.:. . .. ::::... :.. .. :.::::.: .:. : :
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pF1KB3 ESLRPAFPRLKEKLEDPDPGVQSAAVNVICELARRNPK---NYLSLAPLFFKLM------
: .. .: :. :.. . :: ..: .. :. .:.: .. .:.: . ...
NP_001 ELMEMFLPATKNLLNEKNHGVLHTSVVLLTEMCERSPDMLAHFRKLVPQLVRILKNLIMS
170 180 190 200 210 220
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pF1KB3 --------TSSTNNWVLIKIIKLFGALTPLEPRLGKKLIEPLTNLIHSTSAM-----SLL
.. .. .. ..:..:. : . .. . . :... .: . ..:
NP_001 GYSPEHDVSGISDPFLQVRILRLLRILGRNDDDSSEAMNDILAQVATNTETSKNVGNAIL
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 YECVNTVIAVLISLSSGMPNHSASIQLCVQKLRILIEDSDQNLKYLGLLAMSKILKTHPK
:: : :.. :. ::. : .. : .. ..:.:..:..: .. : ..: .
NP_001 YETVLTIMD--IKSESGLRV------LAINILGRFLLNNDKNIRYVALTSLLKTVQTDHN
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pF1KB3 SVQSHKDLILQCLDDKDESIRLRALDLLYGMVSKKNLMEIVKKLMTHVDKAEGTTYRDEL
.:: :.. :..:: : : ::. ::..: ...:. .:. ..:.:. .:. : .. .
NP_001 AVQRHRSTIVDCLKDLDVSIKRRAMELSFALVNGNNIRGMMKELLYFLDSCE-PEFKADC
350 360 370 380 390 400
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pF1KB3 LTKIIDICSQSNYQYITNFEWYISILVELTRLEGTRHGHLIAAQMLDVAIRVKAIRKFAV
. :. . .: . .:.:. .... :. . ..... .. ..:
NP_001 ASGIF----LAAEKYAPSKRWHIDTIMRVLTTAGSYVRDDAVPNLIQLITNSVEMHAYTV
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pF1KB3 SQMSALLDSAHLLASSTQRNGICEVLYAAAWICGEFSEHLQEPHHTLEAMLRPRVTTLPG
... .:.. .:. .. .::: ::... : . : .. .
NP_001 QRLYKA-----ILGDYSQQ----PLVQVAAWCIGEYGDLLVSGQCEEEEPIQVTEDEVLD
460 470 480 490 500
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pF1KB3 HIQAVYVQNVVKLYASILQQKEQAGEAEGAQAVTQLMVDRLPQFVQ----SADLEVQERA
...: ..: . .:. . .. . . : :.:. . :. : :.:.:.::
NP_001 ILESVLISN---MSTSVTRGYALTAIMKLSTRFT-CTVNRIKKVVSIYGSSIDVELQQRA
510 520 530 540 550 560
580 590 600 610 620
pF1KB3 ---SCILQLVKHIQKLQAKDVPVAEEVSA-------LFAGELNPVAPKAQKKVPVPEGLD
. ... :... . .:: :.:.. :: .: :: : : : : .
NP_001 VEYNALFKKYDHMRSALLERMPVMEKVTTNGPTEIVQTNGETEP-APLETK--PPPSGPQ
570 580 590 600 610 620
630 640 650 660 670 680
pF1KB3 LDAWINEPLSDSESEDERPRAVFHEEEQRRPKHRPSEADEEELARRREARKQEQANNPFY
. :. :. ..: : : .:: : : :
NP_001 PTSQANDLLDLLGGNDITPVI------PTAPTSKPSSAGGELLDLLGDINLTGAPAAAPA
630 640 650 660 670
690 700 710 720 730 740
pF1KB3 IKSSPSPQKRYQDTPGVEHIPVVQIDLSVPLKVPGLPMSDQYVKLEEERRHRQKLEKDKR
NP_001 PASVPQISQPPFLLDGLSSQPLFNDIAAGIPSITAYSKNGLKIEFTFERSNTNPSVTVIT
680 690 700 710 720 730
>>NP_001025178 (OMIM: 603533) AP-1 complex subunit gamma (825 aa)
initn: 539 init1: 357 opt: 428 Z-score: 244.5 bits: 56.8 E(85289): 7e-07
Smith-Waterman score: 586; 23.1% identity (55.9% similar) in 689 aa overlap (18-665:7-660)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MALKMVKGSIDRMFDKNLQDLVRGIRNHKE--DEAKYISQCIDEIKQELKQDNIAVKANA
:..:.: ::. . .: ..:.. :.. ..... . .
NP_001 MPAPIRLRELIRTIRTARTQAEEREMIQKECAAIRSSFREEDNTYRCRN
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 VCKLTYLQMLGYDISWAAFNIIEVMSASKFTFKRIGYLAASQSFHEGTDVIMLTTNQIRK
: :: :..:::: .. .. .......::: ::::::.: . : :: .: :: :..
NP_001 VAKLLYMHMLGYPAHFGQLECLKLIASQKFTDKRIGYLGAMLLLDERQDVHLLMTNCIKN
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 DLSSPSQYDTGVALTGLSCFVTPDLARDLANDIMTLMSHTKPYIRKKAVLIMYKVFLKYP
::. .:. :.:: :.:. . .. ::::... :.. .. :.::::.: .:. : :
NP_001 DLNHSTQFVQGLALCTLGCMGSSEMCRDLAGEVEKLLKTSNSYLRKKAALCAVHVIRKVP
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KB3 ESLRPAFPRLKEKLEDPDPGVQSAAVNVICELARRNP------KNYLSLAPLFFKLM---
: .. .: :. :.. . :: ..: .. :. .:.: .. .:.: . ...
NP_001 ELMEMFLPATKNLLNEKNHGVLHTSVVLLTEMCERSPDMLAHFRKNEKLVPQLVRILKNL
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270
pF1KB3 -----------TSSTNNWVLIKIIKLFGALTPLEPRLGKKLIEPLTNLIHSTSAM-----
.. .. .. ..:..:. : . .. . . :... .: .
NP_001 IMSGYSPEHDVSGISDPFLQVRILRLLRILGRNDDDSSEAMNDILAQVATNTETSKNVGN
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 SLLYECVNTVIAVLISLSSGMPNHSASIQLCVQKLRILIEDSDQNLKYLGLLAMSKILKT
..::: : :.. :. ::. : .. : .. ..:.:..:..: .. : ..:
NP_001 AILYETVLTIMD--IKSESGLRV------LAINILGRFLLNNDKNIRYVALTSLLKTVQT
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 HPKSVQSHKDLILQCLDDKDESIRLRALDLLYGMVSKKNLMEIVKKLMTHVDKAEGTTYR
..:: :.. :..:: : : ::. ::..: ...:. .:. ..:.:. .:. : ..
NP_001 DHNAVQRHRSTIVDCLKDLDVSIKRRAMELSFALVNGNNIRGMMKELLYFLDSCE-PEFK
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