Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3008
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3008, 822 aa
1>>>pF1KB3008 822 - 822 aa - 822 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.6671+/-0.00104; mu= -1.3936+/- 0.063
mean_var=341.7373+/-68.824, 0's: 0 Z-trim(114.6): 11 B-trim: 11 in 1/54
Lambda= 0.069379
statistics sampled from 15189 (15197) to 15189 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.761), E-opt: 0.2 (0.467), width: 16
Scan time: 5.180
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS31753.1 EPS8 gene_id:2059|Hs108|chr12 ( 822) 5525 567.3 3.7e-161
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CCDS12915.1 EPS8L1 gene_id:54869|Hs108|chr19 ( 596) 616 75.8 2.4e-13
CCDS12914.1 EPS8L1 gene_id:54869|Hs108|chr19 ( 723) 616 75.9 2.8e-13
CCDS814.1 EPS8L3 gene_id:79574|Hs108|chr1 ( 593) 605 74.7 5.2e-13
>>CCDS31753.1 EPS8 gene_id:2059|Hs108|chr12 (822 aa)
initn: 5525 init1: 5525 opt: 5525 Z-score: 3006.7 bits: 567.3 E(32554): 3.7e-161
Smith-Waterman score: 5525; 100.0% identity (100.0% similar) in 822 aa overlap (1-822:1-822)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MNGHISNHPSSFGMYPSQMNGYGSSPTFSQTDREHGSKTSAKALYEQRKNYARDSVSSVS
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CCDS31 MNGHISNHPSSFGMYPSQMNGYGSSPTFSQTDREHGSKTSAKALYEQRKNYARDSVSSVS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DISQYRVEHLTTFVLDRKDAMITVDDGIRKLKLLDAKGKVWTQDMILQVDDRAVSLIDLE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 SKNELENFPLNTIQHCQAVMHSCSYDSVLALVCKEPTQNKPDLHLFQCDEVKANLISEDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SKNELENFPLNTIQHCQAVMHSCSYDSVLALVCKEPTQNKPDLHLFQCDEVKANLISEDI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 ESAISDSKGGKQKRRPDALRMISNADPSIPPPPRAPAPAPPGTVTQVDVRSRVAAWSAWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ESAISDSKGGKQKRRPDALRMISNADPSIPPPPRAPAPAPPGTVTQVDVRSRVAAWSAWA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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CCDS31 ADQGDFEKPRQYHEQEETPEMMAARIDRDVQILNHILDDIEFFITKLQKAAEAFSELSKR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KKNKKGKRKGPGEGVLTLRAKPPPPDEFLDCFQKFKHGFNLLAKLKSHIQNPSAADLVHF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 LFTPLNMVVQATGGPELASSVLSPLLNKDTIDFLNYTVNGDERQLWMSLGGTWMKARAEW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LFTPLNMVVQATGGPELASSVLSPLLNKDTIDFLNYTVNGDERQLWMSLGGTWMKARAEW
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PKEQFIPPYVPRFRNGWEPPMLNFMGATMEQDLYQLAESVANVAEHQRKQEIKRLSTEHS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 SVSEYHPADGYAFSSNIYTRGSHLDQGEAAVAFKPTSNRHIDRNYEPLKTQPKKYAKSKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SVSEYHPADGYAFSSNIYTRGSHLDQGEAAVAFKPTSNRHIDRNYEPLKTQPKKYAKSKY
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pF1KB3 DFVARNNSELSVLKDDILEILDDRKQWWKVRNASGDSGFVPNNILDIVRPPESGLGRADP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DFVARNNSELSVLKDDILEILDDRKQWWKVRNASGDSGFVPNNILDIVRPPESGLGRADP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 PYTHTIQKQRMEYGPRPADTPPAPSPPPTPAPVPVPLPPSTPAPVPVSKVPANITRQNSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PYTHTIQKQRMEYGPRPADTPPAPSPPPTPAPVPVPLPPSTPAPVPVSKVPANITRQNSS
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 SSDSGGSIVRDSQRHKQLPVDRRKSQMEEVQDELIHRLTIGRSAAQKKFHVPRQNVPVIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SSDSGGSIVRDSQRHKQLPVDRRKSQMEEVQDELIHRLTIGRSAAQKKFHVPRQNVPVIN
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 ITYDSTPEDVKTWLQSKGFNPVTVNSLGVLNGAQLFSLNKDELRTVCPEGARVYSQITVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ITYDSTPEDVKTWLQSKGFNPVTVNSLGVLNGAQLFSLNKDELRTVCPEGARVYSQITVQ
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820
pF1KB3 KAALEDSSGSSELQEIMRRRQEKISAAASDSGVESFDEGSSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KAALEDSSGSSELQEIMRRRQEKISAAASDSGVESFDEGSSH
790 800 810 820
>>CCDS31328.1 EPS8L2 gene_id:64787|Hs108|chr11 (715 aa)
initn: 1928 init1: 778 opt: 1384 Z-score: 767.4 bits: 152.7 E(32554): 2e-36
Smith-Waterman score: 1918; 42.8% identity (68.5% similar) in 796 aa overlap (17-799:2-703)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MNGHISNHPSSFGMYPSQMNGYGSSP--TFSQTDREHG-SKTSAKALYEQRKNYARDSVS
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CCDS31 MSQSGAVSCCPGATNGSLGRSDGVAKMSPKDLFEQRKKYSNSNVI
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 SVSDISQYRVEHLTTFVLDRKDAMITVDDGIRKLKLLDAKGKVWTQDMILQVDDRAVSLI
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CCDS31 -MHETSQYHVQHLATFIMDKSEAITSVDDAIRKLVQLSSKEKIWTQEMLLQVNDQSLRLL
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 DLESKNELENFPLNTIQHCQAVMHSCSYDSVLALVCKEPTQNKPDLHLFQCDEVKANLIS
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CCDS31 DIESQEELEDFPLPTVQRSQTVLNQLRYPSVLLLVCQDSEQSKPDVHFFHCDEVEAELVH
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 EDIESAISDSKGGKQKRRPDALRMISNA---DPSIPPPPRAPAPAP---PGTVTQVDVRS
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CCDS31 EDIESALADCRLGK-KMRPQTLKGHQEKIRQRQSILPPPQGPAPIPFQHRGGDSP-EAKN
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280
pF1KB3 RVAAWSAWAADQGDFEKP--RQYHEQEETPEMMAARIDRDVQILNHILDDIEFFITKLQK
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CCDS31 RVGP-------QVPLSEPGFRRRESQEEPRAVLAQKIEKETQILNCALDDIEWFVARLQK
230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 AAEAFSELSKRKKNKKGKRKGPGEGVLTLRAKPPPPDEFLDCFQKFKHGFNLLAKLKSHI
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CCDS31 AAEAFKQLNQRKKGKKKGKKAPAEGVLTLRARPPSEGEFIDCFQKIKLAINLLAKLQKHI
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 QNPSAADLVHFLFTPLNMVVQATGGPELASSVLSPLLNKDTIDFLNYTVNGDERQLWMSL
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CCDS31 QNPSAAELVHFLFGPLDLIVNTCSGPDIARSVSCPLLSRDAVDFLRGHLVPKEMSLWESL
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 GGTWMKARAEWPKEQFIPPYVPRFRNGWEPPMLNFMGATMEQDLYQLAESVANVAEHQRK
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CCDS31 GESWMRPRSEWPREPQVPLYVPKFHSGWEPPVDVLQEAPWEVE--GLASAPIEEVSPVSR
400 410 420 430 440 450
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 QEIKRLSTEHSSVSEYHPADGYAFSSNIYTRGSHLDQGEAAVAFKPTSNRHIDRNYEPLK
: : : : .:: .:: : :. :. :.:. : :.:.:
CCDS31 QSI-RNSQKHSPTSEPTP------------------PGD---ALPPVSSPHTHRGYQPTP
460 470 480 490
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 TQPKKYAKSKYDFVARNNSELSVLKDDILEILDDRKQWWKVRNASGDSGFVPNNILDIVR
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CCDS31 AMAK-YVKILYDFTARNANELSVLKDEVLEVLEDGRQWWKLRSRSGQAGYVPCNILGEAR
500 510 520 530 540 550
590 600 610 620 630 640
pF1KB3 PPESGLGRADPPYTHTIQKQRMEYGPRPADTPPAPSPPPTPAPVPVPLPPSTPAPVPVSK
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CCDS31 PEDAG-----APFEQAGQKY---WGP----------ASPTHK-----LPPSFP-------
560 570 580
650 660 670 680 690 700
pF1KB3 VPANITRQNSSSSDSGGSIVRDSQRHKQLPVDRRKSQMEEVQDELIHRLTIGRSAAQKKF
:.. :. ..:.::.::::.... :. :..:
CCDS31 ---------------GNK-------------DELMQHMDEVNDELIRKISNIRAQPQRHF
590 600 610
710 720 730 740 750 760
pF1KB3 HVPRQNVPVIN-ITYDSTPEDVKTWLQSKGFNPVTVNSLGVLNGAQLFSLNKDELRTVC-
.: :.. :: . .::.: :..:..::..:.:.: :..::.:.: :::::::.::. ::
CCDS31 RVERSQ-PVSQPLTYESGPDEVRAWLEAKAFSPRIVENLGILTGPQLFSLNKEELKKVCG
620 630 640 650 660 670
770 780 790 800 810 820
pF1KB3 PEGARVYSQITVQKAALEDSSGSSELQEIMRRRQEKISAAASDSGVESFDEGSSH
::.:::::.:.::: :: ....:::.:.: .
CCDS31 EEGVRVYSQLTMQKAFLEKQQSGSELEELMNKFHSMNQRRGEDS
680 690 700 710
>>CCDS813.1 EPS8L3 gene_id:79574|Hs108|chr1 (563 aa)
initn: 958 init1: 284 opt: 731 Z-score: 415.6 bits: 87.3 E(32554): 7.9e-17
Smith-Waterman score: 826; 30.5% identity (56.3% similar) in 583 aa overlap (37-600:2-489)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 NHPSSFGMYPSQMNGYGSSPTFSQTDREHGSKTSAKALYEQRKNYARDSVSSVSDISQYR
:. :..:.: .::.:... ..: . :.:
CCDS81 MSRPSSRAIYLHRKEYSQN-LTSEPTLLQHR
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 VEHLTTFVLDRKDAMITVDDGIRKLKLLDAKGKVWTQDMILQVDDRAVSLIDLESKNELE
:::: : . .. .:...:: .::.:.::.::.:::: : ..:.:.:.:.::.
CCDS81 VEHLMTCKQGSQRVQGP-EDALQKLFEMDAQGRVWSQDLILQVRDGWLQLLDIETKEELD
40 50 60 70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 NFPLNTIQHCQAVMHSCSYDSVLALVCKEPTQNKPDLHLFQCDEVKANLISEDIESAISD
.. :..:: ......:::.:.:... .:: . ::::.:: :. .. ....:. .
CCDS81 SYRLDSIQAMNVALNTCSYNSILSITVQEPGLPGTSTLLFQCQEVGAERLKTSLQKALEE
90 100 110 120 130 140
190 200 210 220
pF1KB3 SK------GGKQK----------RRPDALRMISNADPSIPPP-P--RAPAPAPPGTVTQV
:: : .:: ... .:.::: : :. . : . .
CCDS81 ELEQRPRLGGLQPGQDRWRGPAMERPLPMEQARYLEPGIPPEQPHQRTLEHSLPPSPRPL
150 160 170 180 190 200
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 DVRSRVAAWSAWAADQGDFEKPRQYHEQEETPEMMAARIDRDVQILNHILDDIEFFITKL
.. . ::.. . ::. :. :: :: ..:::.: :::.:. ::
CCDS81 PRHTSAREPSAFT-----LPPPRRSSSPED-PE-------RDEEVLNHVLRDIELFMGKL
210 220 230 240 250
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 QKAAEAFSELSKRKKNKKGKRKGPGEGVLTLRAKPPPPDEFLDCFQKFKHGFNLLAKLKS
.:: .: ...:: .:. .: :: ...:::::.::.::::..: .
CCDS81 EKAQ------AKTSRKKKFGKKNKDQGGLT-------QAQYIDCFQKIKHSFNLLGRLAT
260 270 280 290 300
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 HIQNPSAADLVHFLFTPLNMVVQATGGPELASSVLSPLLNKDTIDFLNYTVNGDERQLWM
... :: .:::.:: ::... ::..:.::::. .:..:. .. : .:::
CCDS81 WLKETSAPELVHILFKSLNFILARCPEAGLAAQVISPLLTPKAINLLQSCLSPPESNLWM
310 320 330 340 350 360
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 SLGGTWMKARAEWPKEQFIPPYVPRFRNGWEPPMLNFMGATMEQDLYQLAESVANVAEHQ
.:: .: .::.: .. .: : : : . :. :
CCDS81 GLGPAWTTSRADWTGDEPLP-YQPTFSDDWQLP---------------------------
370 380 390
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 RKQEIKRLSTEHSSVSEYHPADGYAFSSNIYTRGSHLDQGEAAVAFKPTSNRHIDRNYEP
: :: . :: . :...:.: :
CCDS81 ----------EPSSQAPL----GY----------------QDPVSLRPSS---------P
400 410
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 LKTQPKKYAKSKYDFVARNNSELSVLKDDILEILDDRKQWWKVRNASGDSGFVPNNILDI
.:: . :.: ::: ::.:.. . ::.:: :.:: :.: .: ::..:.:::.
CCDS81 KPAQPALKMQVLYEFEARNPRELTVVQGEKLEVLDHSKRWWLVKNEAGRSGYIPSNILEP
420 430 440 450 460 470
590 600 610 620 630 640
pF1KB3 VRPPESGLGRADPPYTHTIQKQRMEYGPRPADTPPAPSPPPTPAPVPVPLPPSTPAPVPV
..: : .:
CCDS81 LQPGTPGTQGQSPSRVPMLRLSSRPEEVTDWLQAENFSTATVRTLGSLTGSQLLRIRPGE
480 490 500 510 520 530
>>CCDS815.1 EPS8L3 gene_id:79574|Hs108|chr1 (594 aa)
initn: 966 init1: 291 opt: 646 Z-score: 369.3 bits: 78.8 E(32554): 3e-14
Smith-Waterman score: 882; 31.3% identity (57.9% similar) in 584 aa overlap (37-600:2-520)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 NHPSSFGMYPSQMNGYGSSPTFSQTDREHGSKTSAKALYEQRKNYARDSVSSVSDISQYR
:. :..:.: .::.:... ..: . :.:
CCDS81 MSRPSSRAIYLHRKEYSQN-LTSEPTLLQHR
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 VEHLTTFVLDRKDAMITVDDGIRKLKLLDAKGKVWTQDMILQVDDRAVSLIDLESKNELE
:::: : . .. .:...:: .::.:.::.::.:::: : ..:.:.:.:.::.
CCDS81 VEHLMTCKQGSQRVQGP-EDALQKLFEMDAQGRVWSQDLILQVRDGWLQLLDIETKEELD
40 50 60 70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 NFPLNTIQHCQAVMHSCSYDSVLALVCKEPTQNKPDLHLFQCDEVKANLISEDIESAISD
.. :..:: ......:::.:.:... .:: . ::::.:: :. .. ....:. .
CCDS81 SYRLDSIQAMNVALNTCSYNSILSITVQEPGLPGTSTLLFQCQEVGAERLKTSLQKALEE
90 100 110 120 130 140
190 200 210 220
pF1KB3 ----SK---GGKQK----------RRPDALRMISNADPSIPPP-P--RAPAPAPPGTVTQ
:. :: : .:: ... .:.::: : :. . : .
CCDS81 ELEQSRPRLGGLQPGQDRWRGPAMERPLPMEQARYLEPGIPPEQPHQRTLEHSLPPSPRP
150 160 170 180 190 200
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 VDVRSRVAAWSAWAADQGDFEKPRQYHEQEETPEMMAARIDRDVQILNHILDDIEFFITK
. .. . ::.. . ::. :. :: :: ..:::.: :::.:. :
CCDS81 LPRHTSAREPSAFT-----LPPPRRSSSPED-PE-------RDEEVLNHVLRDIELFMGK
210 220 230 240 250
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 LQKAAEAFSELSKRKKNKKGKRKGPGEGVLTLRAKPPPPDEFLDCFQKFKHGFNLLAKLK
:.:: .: ...:: .:. .: :: ...:::::.::.::::..:
CCDS81 LEKAQ------AKTSRKKKFGKKNKDQGGLT-------QAQYIDCFQKIKHSFNLLGRLA
260 270 280 290 300
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 SHIQNPSAADLVHFLFTPLNMVVQATGGPELASSVLSPLLNKDTIDFLNYTVNGDERQLW
. ... :: .:::.:: ::... ::..:.::::. .:..:. .. : .::
CCDS81 TWLKETSAPELVHILFKSLNFILARCPEAGLAAQVISPLLTPKAINLLQSCLSPPESNLW
310 320 330 340 350 360
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 MSLGGTWMKARAEWPKEQFIPPYVPRFRNGWEPPMLNFMGATMEQDLYQLAESVANVAEH
:.:: .: .::.: .. .: : : : . :. : . .. :: .:
CCDS81 MGLGPAWTTSRADWTGDEPLP-YQPTFSDDWQLPEPSSQAPLGYQDPVSL----------
370 380 390 400 410
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 QRKQEIKRLSTEHSSVSEYHPADGYAFSSNIYTRGSHLDQGEAAVAFKPTSNRHIDRNYE
:. . :: : . : : . : .:.:
CCDS81 -RRGSHRLGSTSHFPQEKTHNHDPQPGDPN----------------SRPSS---------
420 430 440
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 PLKTQPKKYAKSKYDFVARNNSELSVLKDDILEILDDRKQWWKVRNASGDSGFVPNNILD
: .:: . :.: ::: ::.:.. . ::.:: :.:: :.: .: ::..:.:::.
CCDS81 PKPAQPALKMQVLYEFEARNPRELTVVQGEKLEVLDHSKRWWLVKNEAGRSGYIPSNILE
450 460 470 480 490 500
590 600 610 620 630 640
pF1KB3 IVRPPESGLGRADPPYTHTIQKQRMEYGPRPADTPPAPSPPPTPAPVPVPLPPSTPAPVP
..: : .:
CCDS81 PLQPGTPGTQGQSPSRVPMLRLSSRPEEVTDWLQAENFSTATVRTLGSLTGSQLLRIRPG
510 520 530 540 550 560
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CCDS81 SYRLDSIQAMNVALNTCSYNSILSITVQEPGLPGTSTLLFQCQEVGAERLKTSLQKALEE
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CCDS81 PRHTSAREPSAFT-----LPPPRRSSSPED-PE-------RDEEVLNHVLRDIELFMGKL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]