Result of FASTA (omim) for
pF1KB3004
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3004, 1050 aa
1>>>pF1KB3004 1050 - 1050 aa - 1050 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.8269+/-0.000478; mu= 5.1677+/- 0.030
mean_var=195.1838+/-41.832, 0's: 0 Z-trim(115.6): 20 B-trim: 816 in 2/48
Lambda= 0.091802
statistics sampled from 26159 (26173) to 26159 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.657), E-opt: 0.2 (0.307), width: 16
Scan time: 12.530
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001202 (OMIM: 114500,176430,257300,602860) mito (1050) 6979 938.1 0
NP_001265546 (OMIM: 602452) mitotic checkpoint ser (1028) 392 65.7 1.5e-09
NP_004327 (OMIM: 602452) mitotic checkpoint serine (1085) 392 65.7 1.6e-09
NP_001265545 (OMIM: 602452) mitotic checkpoint ser (1065) 323 56.6 8.9e-07
>>NP_001202 (OMIM: 114500,176430,257300,602860) mitotic (1050 aa)
initn: 6979 init1: 6979 opt: 6979 Z-score: 5007.0 bits: 938.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6979; 99.9% identity (100.0% similar) in 1050 aa overlap (1-1050:1-1050)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MAAVKKEGGALSEAMSLEGDEWELSKENVQPLRQGRIMSTLQGALAQESACNNTLQQQKR
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NP_001 MAAVKKEGGALSEAMSLEGDEWELSKENVQPLRQGRIMSTLQGALAQESACNNTLQQQKR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 AFEYEIRFYTGNDPLDVWDRYISWTEQNYPQGGKESNMSTLLERAVEALQGEKRYYSDPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AFEYEIRFYTGNDPLDVWDRYISWTEQNYPQGGKESNMSTLLERAVEALQGEKRYYSDPR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 FLNLWLKLGRLCNEPLDMYSYLHNQGIGVSLAQFYISWAEEYEARENFRKADAIFQEGIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FLNLWLKLGRLCNEPLDMYSYLHNQGIGVSLAQFYISWAEEYEARENFRKADAIFQEGIQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 QKAEPLERLQSQHRQFQARVSRQTLLALEKEEEEEVFESSVPQRSTLAELKSKGKKTARA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QKAEPLERLQSQHRQFQARVSRQTLLALEKEEEEEVFESSVPQRSTLAELKSKGKKTARA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 PIIRVGGALKAPSQNRGLQNPFPQQMQNNSRITVFDENADEASTAELSKPTVQPWIAPPM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PIIRVGGALKAPSQNRGLQNPFPQQMQNNSRITVFDENADEASTAELSKPTVQPWIAPPM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 PRAKENELQAGPWNTGRSLEHRPRGNTASLIAVPAVLPSFTPYVEETARQPVMTPCKIEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::
NP_001 PRAKENELQAGPWNTGRSLEHRPRGNTASLIAVPAVLPSFTPYVEETAQQPVMTPCKIEP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 SINHILSTRKPGKEEGDPLQRVQSHQQASEEKKEKMMYCKEKIYAGVGEFSFEEIRAEVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SINHILSTRKPGKEEGDPLQRVQSHQQASEEKKEKMMYCKEKIYAGVGEFSFEEIRAEVF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 RKKLKEQREAELLTSAEKRAEMQKQIEEMEKKLKEIQTTQQERTGDQQEETMPTKETTKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RKKLKEQREAELLTSAEKRAEMQKQIEEMEKKLKEIQTTQQERTGDQQEETMPTKETTKL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 QIASESQKIPGMTLSSSVCQVNCCARETSLAENIWQEQPHSKGPSVPFSIFDEFLLSEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QIASESQKIPGMTLSSSVCQVNCCARETSLAENIWQEQPHSKGPSVPFSIFDEFLLSEKK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 NKSPPADPPRVLAQRRPLAVLKTSESITSNEDVSPDVCDEFTGIEPLSEDAIITGFRNVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NKSPPADPPRVLAQRRPLAVLKTSESITSNEDVSPDVCDEFTGIEPLSEDAIITGFRNVT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 ICPNPEDTCDFARAARFVSTPFHEIMSLKDLPSDPERLLPEEDLDVKTSEDQQTACGTIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ICPNPEDTCDFARAARFVSTPFHEIMSLKDLPSDPERLLPEEDLDVKTSEDQQTACGTIY
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 SQTLSIKKLSPIIEDSREATHSSGFSGSSASVASTSSIKCLQIPEKLELTNETSENPTQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SQTLSIKKLSPIIEDSREATHSSGFSGSSASVASTSSIKCLQIPEKLELTNETSENPTQS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 PWCSQYRRQLLKSLPELSASAELCIEDRPMPKLEIEKEIELGNEDYCIKREYLICEDYKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PWCSQYRRQLLKSLPELSASAELCIEDRPMPKLEIEKEIELGNEDYCIKREYLICEDYKL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 FWVAPRNSAELTVIKVSSQPVPWDFYINLKLKERLNEDFDHFCSCYQYQDGCIVWHQYIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FWVAPRNSAELTVIKVSSQPVPWDFYINLKLKERLNEDFDHFCSCYQYQDGCIVWHQYIN
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 CFTLQDLLQHSEYITHEITVLIIYNLLTIVEMLHKAEIVHGDLSPRCLILRNRIHDPYDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CFTLQDLLQHSEYITHEITVLIIYNLLTIVEMLHKAEIVHGDLSPRCLILRNRIHDPYDC
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB3 NKNNQALKIVDFSYSVDLRVQLDVFTLSGFRTVQILEGQKILANCSSPYQVDLFGIADLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NKNNQALKIVDFSYSVDLRVQLDVFTLSGFRTVQILEGQKILANCSSPYQVDLFGIADLA
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB3 HLLLFKEHLQVFWDGSFWKLSQNISELKDGELWNKFFVRILNANDEATVSVLGELAAEMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HLLLFKEHLQVFWDGSFWKLSQNISELKDGELWNKFFVRILNANDEATVSVLGELAAEMN
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050
pF1KB3 GVFDTTFQSHLNKALWKVGKLTSPGALLFQ
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GVFDTTFQSHLNKALWKVGKLTSPGALLFQ
1030 1040 1050
>>NP_001265546 (OMIM: 602452) mitotic checkpoint serine/ (1028 aa)
initn: 778 init1: 276 opt: 392 Z-score: 292.3 bits: 65.7 E(85289): 1.5e-09
Smith-Waterman score: 537; 22.7% identity (51.7% similar) in 1088 aa overlap (53-1033:6-1008)
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 ELSKENVQPLRQGRIMSTLQGALAQESACNNTLQQQKRAFEYEIRFYTGNDPLDVWDRYI
:.::. .: ... : ::::: :.:::
NP_001 MDTPENVLQM----LEAHMQSYKGNDPLGEWERYI
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 SWTEQNYPQGGKESNMSTLLERAVEALQGEKRYYSDPRFLNLWLKLGRLCNEPLDMYSYL
.:.:.:.:.. :: . ::::. .. . .:.:..::::.. ::... .. ... .:
NP_001 QWVEENFPEN-KEY-LITLLEHLMKEFLDKKKYHNDPRFISYCLKFAEYNSDLHQFFEFL
40 50 60 70 80
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 HNQGIGVSLAQFYISWAEEYEARENFRKADAIFQEGIQQKAEPLERLQSQHRQFQARVSR
.:.:::. . .::.:: . ::. ....:.:..:.:::..::: : ::.:.: ::.:...
NP_001 YNHGIGTLSSPLYIAWAGHLEAQGELQHASAVLQRGIQNQAEPREFLQQQYRLFQTRLTE
90 100 110 120 130 140
210 220 230 240 250
pF1KB3 QTLLALEKEEEE----EVFESSVPQRST----LAELKSKGKKTARAPIIRVGGALKAPSQ
: : . : .:... . ..:. .: . ::.. . . .: . .. .
NP_001 THLPAQARTSEPLHNVQVLNQMITSKSNPGNNMACI-SKNQGSELSGVISSACDKESNME
150 160 170 180 190 200
260 270 280 290
pF1KB3 NRGL---QNPFPQQMQNNSRITVFD----------ENADEASTAELSKPTV------QPW
: . .. . . . :.. : . .. .: : :: . :
NP_001 RRVITISKSEYSVHSSLASKVDVEQVVMYCKEKLIRGESEFSFEELRAQKYNQRRKHEQW
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340
pF1KB3 IAPP---MPRAKENELQAGPWNTGRSLEHRPRGNTA--SLIAVPA------VLPS-FTPY
. : : . : .. . . :. ... : .:: : :. . :
NP_001 VNEDRHYMKRKEANAFEEQLLKQKMDELHKKLHQVVETSHEDLPASQERSEVNPARMGPS
270 280 290 300 310 320
350 360 370 380 390
pF1KB3 VEETARQPVMTPCKIEPSINHILSTRKPGKEEGD---PLQRVQSHQQASEEKKEKM---M
: ..: . .:: . .. .: .: :: . : .: .... .
NP_001 V--GSQQELRAPCLPVTYQQTPVNMEKNPREAPPVVPPLANAISAALVSPATSQSIAPPV
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 YCKEKIYAGVGEFSFEEIRAEVFRK---KLKEQREAELLTSAE--KRAEMQKQIEEMEKK
: . . . :. : : ..: : ::. . : : :. .. . .
NP_001 PLKAQTVTD-SMFAVASKDAGCVNKSTHEFKPQSGAEIKEGCETHKVANTSSFHTTPNTS
390 400 410 420 430 440
460 470 480 490 500
pF1KB3 LKEIQTTQQERTGDQQEETMPTKETTKLQIAS-ESQKIPGMTLSSSVCQV---NCCARET
: .:.: .. : :. :::. . . .. .: .. ... : : : :.
NP_001 LGMVQATPSKV---QPSPTVHTKEALGFIMNMFQAPTLPDISDDKDEWQSLDQNEDAFEA
450 460 470 480 490 500
510 520 530 540 550 560
pF1KB3 SLAENI-----WQEQPHSKGPSVPFSIFDEFLLSEKKNKSPPADPPRVLAQRRPLAVLKT
.. .:. : . .. : : .:.. ..:.: . : :. .: ..
NP_001 QFQKNVRSSGAWGVNKIISSLSSAFHVFED---GNKENYGLP--QPK----NKPTGARTF
510 520 530 540 550
570 580 590 600 610 620
pF1KB3 SESITSNEDVSPDVCDEFTGIEPLSEDAIITGFR-NVTICPNPEDTCDFARAARFVSTPF
.: .: .: .: : . .:. . :.: : :. :.:.. ::. ::...::::
NP_001 GERSVSRLPSKPK--EEVPHAEEFLDDSTVWGIRCNKTLAPSPKSPGDFTSAAQLASTPF
560 570 580 590 600 610
630 640 650 660
pF1KB3 HE-----IMSLKD-------------LPSDPERLL-PEED---LDVKTSEDQQTACGTIY
:. . :.: : : : .. : .: .. . .:. . .:
NP_001 HKLPVESVHILEDKENVVAKQCTQATLDSCEENMVVPSRDGKFSPIQEKSPKQALSSHMY
620 630 640 650 660 670
670 680 690 700 710
pF1KB3 SQTLSIKKLSP-----IIEDSREATHSSGFSGSSASVAST--SSIKCLQIPEKLELTNE-
: .: .. .: . ... .... .. ..:..: ..: :: : .....
NP_001 SASL-LRLSQPAAGGVLTCEAELGVEACRLTDTDAAIAEDPPDAIAGLQA-EWMQMSSLG
680 690 700 710 720
720 730 740 750 760
pF1KB3 TSENPT---QSPWCSQYRRQLLKSLPELSASAELCIEDR-PMPKLEIEKEIELGNEDYCI
: . :. .:: .. .::..: . .: .: . .: .. . :..::.. .
NP_001 TVDAPNFIVGNPWDDKLIFKLLSGLSKPVSSYPNTFEWQCKLPAIKPKTEFQLGSK--LV
730 740 750 760 770 780
770 780 790 800 810 820
pF1KB3 KREYLICED-YKLFWVAPR---NSA---ELTVIKVSSQPVPWDFYINLKLKERLNEDFDH
..:. : . . : . :.: . :.::.. ::.:::. .: :::. ...:
NP_001 YVHHLLGEGAFAQVYEATQGDLNDAKNKQKFVLKVQKPANPWEFYIGTQLMERLKPSMQH
790 800 810 820 830 840
830 840 850 860 870 880
pF1KB3 FCSCYQYQDGCIVWHQYINCFTLQDLLQHSEYITHEITVLIIYNLLTIVEMLHKAEIVHG
. ... .. . :.:.. .. :. :. :... .
NP_001 M---------------FMKFYSAH-LFQNGSVLVGEL-----YSYGTLLDD-------ED
850 860 870
890 900 910 920 930
pF1KB3 DLSPRCLILRNRIHDPYDCNKNNQALKIVDFSYSVDLRV--QLDVFT----LSGFRTVQI
::: .: ..:.. :.:... . .:: :::. :.
NP_001 DLSA--------------------GLALIDLGQSIDMKLFPKGTIFTAKCETSGFQCVE-
880 890 900 910
940 950 960 970 980 990
pF1KB3 LEGQKILANCSSPYQVDLFGIADLAHLLLFKEHLQVFWDGSFWKLSQNISELKDGELWNK
.:.: ::.: ::.: .. .:: ...: .:. : . .: ..::.
NP_001 -----MLSNKPWNYQIDYFGVAATVYCMLFGTYMKVKNEGGECKPEGLFRRLPHLDMWNE
920 930 940 950 960 970
1000 1010 1020 1030 1040 1050
pF1KB3 FFVRILNANDEATVSVLGELAAEMNGVFDTTFQSHLNKALWKVGKLTSPGALLFQ
:: .:: : . : : ... ::. : . ::
NP_001 FFHVMLNIPDCHHLPSLDLLRQKLKKVFQ---QHYTNKIRALRNRLIVLLLECKRSRK
980 990 1000 1010 1020
>>NP_004327 (OMIM: 602452) mitotic checkpoint serine/thr (1085 aa)
initn: 848 init1: 276 opt: 392 Z-score: 291.9 bits: 65.7 E(85289): 1.6e-09
Smith-Waterman score: 666; 23.3% identity (54.0% similar) in 1058 aa overlap (53-994:6-1029)
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 ELSKENVQPLRQGRIMSTLQGALAQESACNNTLQQQKRAFEYEIRFYTGNDPLDVWDRYI
:.::. .: ... : ::::: :.:::
NP_004 MDTPENVLQM----LEAHMQSYKGNDPLGEWERYI
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 SWTEQNYPQGGKESNMSTLLERAVEALQGEKRYYSDPRFLNLWLKLGRLCNEPLDMYSYL
.:.:.:.:.. :: . ::::. .. . .:.:..::::.. ::... .. ... .:
NP_004 QWVEENFPEN-KEY-LITLLEHLMKEFLDKKKYHNDPRFISYCLKFAEYNSDLHQFFEFL
40 50 60 70 80
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 HNQGIGVSLAQFYISWAEEYEARENFRKADAIFQEGIQQKAEPLERLQSQHRQFQARVSR
.:.:::. . .::.:: . ::. ....:.:..:.:::..::: : ::.:.: ::.:...
NP_004 YNHGIGTLSSPLYIAWAGHLEAQGELQHASAVLQRGIQNQAEPREFLQQQYRLFQTRLTE
90 100 110 120 130 140
210 220 230 240 250
pF1KB3 QTLLALEKEEEE----EVFESSVPQRST----LAELKSKGKKTARAPIIRVGGALKAPSQ
: : . : .:... . ..:. .: . ::.. . . .: . .. .
NP_004 THLPAQARTSEPLHNVQVLNQMITSKSNPGNNMACI-SKNQGSELSGVISSACDKESNME
150 160 170 180 190 200
260 270 280 290
pF1KB3 NRGL---QNPFPQQMQNNSRITVFD----------ENADEASTAELSKPTV------QPW
: . .. . . . :.. : . .. .: : :: . :
NP_004 RRVITISKSEYSVHSSLASKVDVEQVVMYCKEKLIRGESEFSFEELRAQKYNQRRKHEQW
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340
pF1KB3 IAPP---MPRAKENELQAGPWNTGRSLEHRPRGNTA--SLIAVPA------VLPS-FTPY
. : : . : .. . . :. ... : .:: : :. . :
NP_004 VNEDRHYMKRKEANAFEEQLLKQKMDELHKKLHQVVETSHEDLPASQERSEVNPARMGPS
270 280 290 300 310 320
350 360 370 380 390
pF1KB3 VEETARQPVMTPCKIEPSINHILSTRKPGKEEGD---PLQRVQSHQQASEEKKEKM---M
: ..: . .:: . .. .: .: :: . : .: .... .
NP_004 V--GSQQELRAPCLPVTYQQTPVNMEKNPREAPPVVPPLANAISAALVSPATSQSIAPPV
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 YCKEKIYAGVGEFSFEEIRAEVFRK---KLKEQREAELLTSAE--KRAEMQKQIEEMEKK
: . . . :. : : ..: : ::. . : : :. .. . .
NP_004 PLKAQTVTD-SMFAVASKDAGCVNKSTHEFKPQSGAEIKEGCETHKVANTSSFHTTPNTS
390 400 410 420 430 440
460 470 480 490 500
pF1KB3 LKEIQTTQQERTGDQQEETMPTKETTKLQIAS-ESQKIPGMTLSSSVCQV---NCCARET
: .:.: .. : :. :::. . . .. .: .. ... : : : :.
NP_004 LGMVQATPSKV---QPSPTVHTKEALGFIMNMFQAPTLPDISDDKDEWQSLDQNEDAFEA
450 460 470 480 490 500
510 520 530 540 550 560
pF1KB3 SLAENI-----WQEQPHSKGPSVPFSIFDEFLLSEKKNKSPPADPPRVLAQRRPLAVLKT
.. .:. : . .. : : .:.. ..:.: . : :. .: ..
NP_004 QFQKNVRSSGAWGVNKIISSLSSAFHVFED---GNKENYGLP--QPK----NKPTGARTF
510 520 530 540 550
570 580 590 600 610 620
pF1KB3 SESITSNEDVSPDVCDEFTGIEPLSEDAIITGFR-NVTICPNPEDTCDFARAARFVSTPF
.: .: .: .: : . .:. . :.: : :. :.:.. ::. ::...::::
NP_004 GERSVSRLPSKPK--EEVPHAEEFLDDSTVWGIRCNKTLAPSPKSPGDFTSAAQLASTPF
560 570 580 590 600 610
630 640 650 660
pF1KB3 HE-----IMSLKD-------------LPSDPERLL-PEED---LDVKTSEDQQTACGTIY
:. . :.: : : : .. : .: .. . .:. . .:
NP_004 HKLPVESVHILEDKENVVAKQCTQATLDSCEENMVVPSRDGKFSPIQEKSPKQALSSHMY
620 630 640 650 660 670
670 680 690 700 710
pF1KB3 SQTLSIKKLSP-----IIEDSREATHSSGFSGSSASVAST--SSIKCLQIPEKLELTNE-
: .: .. .: . ... .... .. ..:..: ..: :: : .....
NP_004 SASL-LRLSQPAAGGVLTCEAELGVEACRLTDTDAAIAEDPPDAIAGLQA-EWMQMSSLG
680 690 700 710 720
720 730 740 750 760
pF1KB3 TSENPT---QSPWCSQYRRQLLKSLPELSASAELCIEDR-PMPKLEIEKEIELGNEDYCI
: . :. .:: .. .::..: . .: .: . .: .. . :..::.. .
NP_004 TVDAPNFIVGNPWDDKLIFKLLSGLSKPVSSYPNTFEWQCKLPAIKPKTEFQLGSK--LV
730 740 750 760 770 780
770 780 790 800 810 820
pF1KB3 KREYLICED-YKLFWVAPR---NSA---ELTVIKVSSQPVPWDFYINLKLKERLNEDFDH
..:. : . . : . :.: . :.::.. ::.:::. .: :::. ...:
NP_004 YVHHLLGEGAFAQVYEATQGDLNDAKNKQKFVLKVQKPANPWEFYIGTQLMERLKPSMQH
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