Result of FASTA (omim) for
pF1KB1630
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB1630, 1052 aa
1>>>pF1KB1630 1052 - 1052 aa - 1052 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.4150+/-0.000362; mu= 9.3562+/- 0.023
mean_var=191.7130+/-38.922, 0's: 0 Z-trim(120.1): 250 B-trim: 106 in 1/54
Lambda= 0.092629
statistics sampled from 34732 (34984) to 34732 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.713), E-opt: 0.2 (0.41), width: 16
Scan time: 16.010
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003592 (OMIM: 603375) SWI/SNF-related matrix-as (1052) 7036 953.4 0
NP_001269804 (OMIM: 300012) probable global transc (1058) 5792 787.1 0
XP_016885240 (OMIM: 300012) PREDICTED: probable gl (1036) 5740 780.2 0
XP_006724845 (OMIM: 300012) PREDICTED: probable gl (1042) 5740 780.2 0
XP_016885239 (OMIM: 300012) PREDICTED: probable gl (1042) 5740 780.2 0
XP_005262519 (OMIM: 300012) PREDICTED: probable gl (1048) 2887 398.9 7.7e-110
XP_005262518 (OMIM: 300012) PREDICTED: probable gl (1054) 2887 398.9 7.7e-110
NP_003060 (OMIM: 300012) probable global transcrip (1054) 2887 398.9 7.7e-110
NP_001269803 (OMIM: 300012) probable global transc (1070) 2887 398.9 7.8e-110
NP_004275 (OMIM: 613039) chromodomain-helicase-DNA ( 897) 1434 204.7 1.9e-51
NP_001262 (OMIM: 602119,615369) chromodomain-helic (1828) 1435 205.1 3.1e-51
XP_011541414 (OMIM: 602118) PREDICTED: chromodomai (1552) 1397 199.9 9.1e-50
XP_005271924 (OMIM: 602118) PREDICTED: chromodomai (1710) 1397 200.0 9.8e-50
NP_001261 (OMIM: 602118) chromodomain-helicase-DNA (1710) 1397 200.0 9.8e-50
XP_005271923 (OMIM: 602118) PREDICTED: chromodomai (1798) 1397 200.0 1e-49
XP_016858347 (OMIM: 613039) PREDICTED: chromodomai ( 825) 1349 193.3 4.7e-48
XP_016858348 (OMIM: 613039) PREDICTED: chromodomai ( 825) 1349 193.3 4.7e-48
XP_006711702 (OMIM: 613039) PREDICTED: chromodomai ( 784) 1217 175.7 9.3e-43
NP_078844 (OMIM: 613039) chromodomain-helicase-DNA ( 784) 1217 175.7 9.3e-43
NP_001243265 (OMIM: 613039) chromodomain-helicase- ( 797) 1215 175.4 1.1e-42
XP_016879558 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (1888) 1188 172.1 2.7e-41
NP_005843 (OMIM: 602120) chromodomain-helicase-DNA (1966) 1188 172.1 2.8e-41
NP_001005273 (OMIM: 602120) chromodomain-helicase- (2000) 1188 172.1 2.8e-41
XP_006721491 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2025) 1188 172.1 2.9e-41
XP_016879557 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2036) 1188 172.1 2.9e-41
XP_016879555 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2036) 1188 172.1 2.9e-41
XP_016879556 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2045) 1188 172.1 2.9e-41
XP_016879554 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2047) 1188 172.1 2.9e-41
XP_016879559 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2050) 1188 172.1 2.9e-41
XP_016879553 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2055) 1188 172.1 2.9e-41
XP_016879552 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2056) 1188 172.1 2.9e-41
NP_001005271 (OMIM: 602120) chromodomain-helicase- (2059) 1188 172.1 2.9e-41
XP_005256486 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2060) 1188 172.1 2.9e-41
XP_005256485 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2080) 1188 172.1 2.9e-41
XP_016879551 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2105) 1188 172.1 2.9e-41
XP_016879550 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2109) 1188 172.1 2.9e-41
XP_006721487 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2111) 1188 172.1 2.9e-41
XP_006721486 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2114) 1188 172.1 3e-41
XP_005256484 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2115) 1188 172.1 3e-41
XP_016874217 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1911) 1160 168.3 3.6e-40
XP_016874216 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1912) 1160 168.3 3.7e-40
XP_006719023 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1914) 1160 168.3 3.7e-40
NP_056372 (OMIM: 610771) chromodomain-helicase-DNA (1954) 1160 168.3 3.7e-40
XP_016874223 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1892) 1157 167.9 4.8e-40
XP_016874222 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1893) 1157 167.9 4.8e-40
XP_016874221 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1895) 1157 167.9 4.8e-40
XP_016874220 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1899) 1157 167.9 4.8e-40
XP_016874219 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1900) 1157 167.9 4.8e-40
XP_006719025 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1902) 1157 167.9 4.8e-40
NP_001284482 (OMIM: 603277,617159) chromodomain-he (1905) 1157 167.9 4.8e-40
>>NP_003592 (OMIM: 603375) SWI/SNF-related matrix-associ (1052 aa)
initn: 7036 init1: 7036 opt: 7036 Z-score: 5089.5 bits: 953.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7036; 100.0% identity (100.0% similar) in 1052 aa overlap (1-1052:1-1052)
10 20 30 40 50 60
pF1KB1 MSSAAEPPPPPPPESAPSKPAASIASGGSNSSNKGGPEGVAAQAVASAASAGPADAEMEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MSSAAEPPPPPPPESAPSKPAASIASGGSNSSNKGGPEGVAAQAVASAASAGPADAEMEE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB1 IFDDASPGKQKEIQEPDPTYEEKMQTDRANRFEYLLKQTELFAHFIQPAAQKTPTSPLKM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 IFDDASPGKQKEIQEPDPTYEEKMQTDRANRFEYLLKQTELFAHFIQPAAQKTPTSPLKM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB1 KPGRPRIKKDEKQNLLSVGDYRHRRTEQEEDEELLTESSKATNVCTRFEDSPSYVKWGKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KPGRPRIKKDEKQNLLSVGDYRHRRTEQEEDEELLTESSKATNVCTRFEDSPSYVKWGKL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB1 RDYQVRGLNWLISLYENGINGILADEMGLGKTLQTISLLGYMKHYRNIPGPHMVLVPKST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 RDYQVRGLNWLISLYENGINGILADEMGLGKTLQTISLLGYMKHYRNIPGPHMVLVPKST
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB1 LHNWMSEFKRWVPTLRSVCLIGDKEQRAAFVRDVLLPGEWDVCVTSYEMLIKEKSVFKKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LHNWMSEFKRWVPTLRSVCLIGDKEQRAAFVRDVLLPGEWDVCVTSYEMLIKEKSVFKKF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB1 NWRYLVIDEAHRIKNEKSKLSEIVREFKTTNRLLLTGTPLQNNLHELWSLLNFLLPDVFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NWRYLVIDEAHRIKNEKSKLSEIVREFKTTNRLLLTGTPLQNNLHELWSLLNFLLPDVFN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB1 SADDFDSWFDTNNCLGDQKLVERLHMVLRPFLLRRIKADVEKSLPPKKEVKIYVGLSKMQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SADDFDSWFDTNNCLGDQKLVERLHMVLRPFLLRRIKADVEKSLPPKKEVKIYVGLSKMQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB1 REWYTRILMKDIDILNSAGKMDKMRLLNILMQLRKCCNHPYLFDGAEPGPPYTTDMHLVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 REWYTRILMKDIDILNSAGKMDKMRLLNILMQLRKCCNHPYLFDGAEPGPPYTTDMHLVT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB1 NSGKMVVLDKLLPKLKEQGSRVLIFSQMTRVLDILEDYCMWRNYEYCRLDGQTPHDERQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NSGKMVVLDKLLPKLKEQGSRVLIFSQMTRVLDILEDYCMWRNYEYCRLDGQTPHDERQD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB1 SINAYNEPNSTKFVFMLSTRAGGLGINLATADVVILYDSDWNPQVDLQAMDRAHRIGQTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SINAYNEPNSTKFVFMLSTRAGGLGINLATADVVILYDSDWNPQVDLQAMDRAHRIGQTK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB1 TVRVFRFITDNTVEERIVERAEMKLRLDSIVIQQGRLVDQNLNKIGKDEMLQMIRHGATH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TVRVFRFITDNTVEERIVERAEMKLRLDSIVIQQGRLVDQNLNKIGKDEMLQMIRHGATH
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB1 VFASKESEITDEDIDGILERGAKKTAEMNEKLSKMGESSLRNFTMDTESSVYNFEGEDYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VFASKESEITDEDIDGILERGAKKTAEMNEKLSKMGESSLRNFTMDTESSVYNFEGEDYR
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB1 EKQKIAFTEWIEPPKRERKANYAVDAYFREALRVSEPKAPKAPRPPKQPNVQDFQFFPPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EKQKIAFTEWIEPPKRERKANYAVDAYFREALRVSEPKAPKAPRPPKQPNVQDFQFFPPR
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB1 LFELLEKEILFYRKTIGYKVPRNPELPNAAQAQKEEQLKIDEAESLNDEELEEKEKLLTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LFELLEKEILFYRKTIGYKVPRNPELPNAAQAQKEEQLKIDEAESLNDEELEEKEKLLTQ
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB1 GFTNWNKRDFNQFIKANEKWGRDDIENIAREVEGKTPEEVIEYSAVFWERCNELQDIEKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GFTNWNKRDFNQFIKANEKWGRDDIENIAREVEGKTPEEVIEYSAVFWERCNELQDIEKI
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB1 MAQIERGEARIQRRISIKKALDTKIGRYKAPFHQLRISYGTNKGKNYTEEEDRFLICMLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MAQIERGEARIQRRISIKKALDTKIGRYKAPFHQLRISYGTNKGKNYTEEEDRFLICMLH
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB1 KLGFDKENVYDELRQCIRNSPQFRFDWFLKSRTAMELQRRCNTLITLIERENMELEEKEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KLGFDKENVYDELRQCIRNSPQFRFDWFLKSRTAMELQRRCNTLITLIERENMELEEKEK
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050
pF1KB1 AEKKKRGPKPSTQKRKMDGAPDGRGRKKKLKL
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 AEKKKRGPKPSTQKRKMDGAPDGRGRKKKLKL
1030 1040 1050
>>NP_001269804 (OMIM: 300012) probable global transcript (1058 aa)
initn: 5731 init1: 5731 opt: 5792 Z-score: 4191.0 bits: 787.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5793; 81.7% identity (92.9% similar) in 1044 aa overlap (11-1051:29-1057)
10 20 30 40
pF1KB1 MSSAAEPPPPPPPESAPSKPAASIASGGSNSSNKGGPEGVAA
: : .. . ::. :. .. ...:: :
NP_001 MEQDTAAVAATVAAADATATIVVIEDEQPGPSTSQEEGAAAAATEATAATEKG--EKKKE
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB1 QAVASAASAGPADAEMEEIFDDASPGKQKEIQEPDPTYEEKMQTDRANRFEYLLKQTELF
. :.: : : : ..::. :: :::::..:::.:::.::::::::
NP_001 KNVSSFQLKLAAKA----------PKSEKEM---DPEYEEKMKADRAKRFEFLLKQTELF
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KB1 AHFIQPAAQKTPTSPLKMKPGRPRIKKDEKQNLLSVGDYRHRRTEQEEDEELLTESSKAT
::::::.:::.:::::.:: :::::::::::.:.:.:::::::::::::::::.:: :..
NP_001 AHFIQPSAQKSPTSPLNMKLGRPRIKKDEKQSLISAGDYRHRRTEQEEDEELLSESRKTS
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB1 NVCTRFEDSPSYVKWGKLRDYQVRGLNWLISLYENGINGILADEMGLGKTLQTISLLGYM
::: ::: :::::: : :::::.:::::::::::::.:::::::::::::::::.::::.
NP_001 NVCIRFEVSPSYVKGGPLRDYQIRGLNWLISLYENGVNGILADEMGLGKTLQTIALLGYL
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB1 KHYRNIPGPHMVLVPKSTLHNWMSEFKRWVPTLRSVCLIGDKEQRAAFVRDVLLPGEWDV
:::::::::::::::::::::::.:::::::.:: .:..:::. ::::.:: ..::::::
NP_001 KHYRNIPGPHMVLVPKSTLHNWMNEFKRWVPSLRVICFVGDKDARAAFIRDEMMPGEWDV
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB1 CVTSYEMLIKEKSVFKKFNWRYLVIDEAHRIKNEKSKLSEIVREFKTTNRLLLTGTPLQN
:::::::.::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
NP_001 CVTSYEMVIKEKSVFKKFHWRYLVIDEAHRIKNEKSKLSEIVREFKSTNRLLLTGTPLQN
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KB1 NLHELWSLLNFLLPDVFNSADDFDSWFDTNNCLGDQKLVERLHMVLRPFLLRRIKADVEK
::::::.::::::::::::::::::::::.::::::::::::: ::.::::::::.::::
NP_001 NLHELWALLNFLLPDVFNSADDFDSWFDTKNCLGDQKLVERLHAVLKPFLLRRIKTDVEK
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KB1 SLPPKKEVKIYVGLSKMQREWYTRILMKDIDILNSAGKMDKMRLLNILMQLRKCCNHPYL
:::::::.:::.:::::::::::.:::::::.:::.::::::::::::::::::::::::
NP_001 SLPPKKEIKIYLGLSKMQREWYTKILMKDIDVLNSSGKMDKMRLLNILMQLRKCCNHPYL
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KB1 FDGAEPGPPYTTDMHLVTNSGKMVVLDKLLPKLKEQGSRVLIFSQMTRVLDILEDYCMWR
::::::::::::: :.:.:::::::::::: :::::::::::::::::.:::::::::::
NP_001 FDGAEPGPPYTTDEHIVSNSGKMVVLDKLLAKLKEQGSRVLIFSQMTRLLDILEDYCMWR
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KB1 NYEYCRLDGQTPHDERQDSINAYNEPNSTKFVFMLSTRAGGLGINLATADVVILYDSDWN
.::::::::::::.::...:.:.: :::.::.:::::::::::::::.::::::::::::
NP_001 GYEYCRLDGQTPHEEREEAIEAFNAPNSSKFIFMLSTRAGGLGINLASADVVILYDSDWN
530 540 550 560 570 580
590 600 610 620 630 640
pF1KB1 PQVDLQAMDRAHRIGQTKTVRVFRFITDNTVEERIVERAEMKLRLDSIVIQQGRLVDQNL
:::::::::::::::: : :::::.:::::::::::::::.::::::::::::::.::.
NP_001 PQVDLQAMDRAHRIGQKKPVRVFRLITDNTVEERIVERAEIKLRLDSIVIQQGRLIDQQS
590 600 610 620 630 640
650 660 670 680 690 700
pF1KB1 NKIGKDEMLQMIRHGATHVFASKESEITDEDIDGILERGAKKTAEMNEKLSKMGESSLRN
::..:.::::::::::::::::::::.::::: ::::: ::::::::.:.:::::::::
NP_001 NKLAKEEMLQMIRHGATHVFASKESELTDEDITTILERGEKKTAEMNERLQKMGESSLRN
650 660 670 680 690 700
710 720 730 740 750 760
pF1KB1 FTMDTESSVYNFEGEDYREKQKIAFTEWIEPPKRERKANYAVDAYFREALRVSEPKAPKA
: :: :.:.:.:::::::::::....:::::::::::::::::::::::::::::: :::
NP_001 FRMDIEQSLYKFEGEDYREKQKLGMVEWIEPPKRERKANYAVDAYFREALRVSEPKIPKA
710 720 730 740 750 760
770 780 790 800 810 820
pF1KB1 PRPPKQPNVQDFQFFPPRLFELLEKEILFYRKTIGYKVPRNPELPNAAQAQKEEQLKIDE
::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::..:: : ::.::: :::
NP_001 PRPPKQPNVQDFQFFPPRLFELLEKEILYYRKTIGYKVPRNPDIPNPALAQREEQKKIDG
770 780 790 800 810 820
830 840 850 860 870 880
pF1KB1 AESLNDEELEEKEKLLTQGFTNWNKRDFNQFIKANEKWGRDDIENIAREVEGKTPEEVIE
:: :. :: ::::::::::::::.:::::::::::::.:::::.:::::::::.::::.:
NP_001 AEPLTPEETEEKEKLLTQGFTNWTKRDFNQFIKANEKYGRDDIDNIAREVEGKSPEEVME
830 840 850 860 870 880
890 900 910 920 930 940
pF1KB1 YSAVFWERCNELQDIEKIMAQIERGEARIQRRISIKKALDTKIGRYKAPFHQLRISYGTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.:::::::::::.:::.
NP_001 YSAVFWERCNELQDIEKIMAQIERGEARIQRRISIKKALDAKIARYKAPFHQLRIQYGTS
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