Result of FASTA (omim) for
pF1KB1499
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB1499, 1321 aa
1>>>pF1KB1499 1321 - 1321 aa - 1321 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.7074+/-0.000535; mu= -11.1382+/- 0.033
mean_var=522.8724+/-104.774, 0's: 0 Z-trim(120.5): 272 B-trim: 188 in 1/59
Lambda= 0.056089
statistics sampled from 35586 (35881) to 35586 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.738), E-opt: 0.2 (0.421), width: 16
Scan time: 14.850
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004377 (OMIM: 600826) neurocan core protein pre (1321) 9266 766.1 0
NP_001157569 (OMIM: 118661,143200) versican core p (2409) 1376 127.9 8.4e-28
NP_004376 (OMIM: 118661,143200) versican core prot (3396) 1376 128.1 1.1e-27
NP_001119808 (OMIM: 118661,143200) versican core p ( 655) 1319 122.8 8.1e-27
NP_001157570 (OMIM: 118661,143200) versican core p (1642) 1327 123.8 1e-26
XP_006720482 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) P (2568) 1323 123.7 1.7e-26
XP_011519615 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) P (2530) 1212 114.7 8.6e-24
XP_016877475 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) P (2553) 1209 114.4 1e-23
NP_001126 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) aggr (2431) 1191 113.0 2.7e-23
XP_011519616 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) P (2492) 1191 113.0 2.8e-23
XP_016877476 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) P (2515) 1191 113.0 2.8e-23
NP_037359 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) aggr (2530) 1191 113.0 2.8e-23
XP_016877474 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) P (2553) 1191 113.0 2.8e-23
NP_940819 (OMIM: 600347) brevican core protein iso ( 671) 1144 108.6 1.5e-22
NP_068767 (OMIM: 600347) brevican core protein iso ( 911) 1144 108.7 1.9e-22
XP_011508168 (OMIM: 600347) PREDICTED: brevican co ( 911) 1144 108.7 1.9e-22
XP_016857536 (OMIM: 600347) PREDICTED: brevican co ( 956) 1144 108.8 2e-22
XP_016864543 (OMIM: 115435) PREDICTED: hyaluronan ( 353) 767 77.8 1.5e-13
XP_016864542 (OMIM: 115435) PREDICTED: hyaluronan ( 353) 767 77.8 1.5e-13
XP_016864540 (OMIM: 115435) PREDICTED: hyaluronan ( 354) 759 77.2 2.3e-13
XP_016864541 (OMIM: 115435) PREDICTED: hyaluronan ( 354) 759 77.2 2.3e-13
XP_011541470 (OMIM: 115435) PREDICTED: hyaluronan ( 354) 759 77.2 2.3e-13
NP_001875 (OMIM: 115435) hyaluronan and proteoglyc ( 354) 759 77.2 2.3e-13
XP_011523845 (OMIM: 612264) PREDICTED: C-type mann (1156) 429 51.0 5.8e-05
NP_006030 (OMIM: 612264) C-type mannose receptor 2 (1479) 429 51.1 7e-05
NP_002429 (OMIM: 153618) macrophage mannose recept (1456) 368 46.1 0.0021
NP_001193948 (OMIM: 151445) low affinity immunoglo ( 320) 341 43.3 0.0033
NP_001993 (OMIM: 151445) low affinity immunoglobul ( 321) 341 43.3 0.0033
XP_005272519 (OMIM: 151445) PREDICTED: low affinit ( 321) 341 43.3 0.0033
NP_001207429 (OMIM: 151445) low affinity immunoglo ( 321) 341 43.3 0.0033
XP_011524043 (OMIM: 607621) PREDICTED: collectin-1 ( 725) 349 44.3 0.0037
NP_569057 (OMIM: 607621) collectin-12 [Homo sapien ( 742) 348 44.2 0.004
NP_006335 (OMIM: 605999) C-type lectin domain fami ( 292) 332 42.6 0.005
XP_011521916 (OMIM: 605999) PREDICTED: C-type lect ( 319) 332 42.6 0.0054
XP_011521915 (OMIM: 605999) PREDICTED: C-type lect ( 319) 332 42.6 0.0054
NP_001186930 (OMIM: 102500,600275,610205) neurogen (1235) 348 44.5 0.0057
NP_001316999 (OMIM: 605999) C-type lectin domain f ( 289) 327 42.2 0.0066
NP_878910 (OMIM: 605999) C-type lectin domain fami ( 316) 327 42.2 0.0071
XP_011516860 (OMIM: 219730,609720,616220) PREDICTE (1220) 344 44.1 0.0071
XP_011516859 (OMIM: 219730,609720,616220) PREDICTE (1220) 344 44.1 0.0071
XP_011516858 (OMIM: 219730,609720,616220) PREDICTE (1276) 344 44.2 0.0074
NP_775960 (OMIM: 219730,609720,616220) protein cru (1285) 344 44.2 0.0074
XP_016856862 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2432) 348 44.7 0.0093
XP_005270958 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2432) 348 44.7 0.0093
XP_011539822 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2432) 348 44.7 0.0093
XP_016856861 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2455) 348 44.7 0.0094
XP_011539821 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2467) 348 44.7 0.0094
NP_077719 (OMIM: 102500,600275,610205) neurogenic (2471) 348 44.7 0.0094
>>NP_004377 (OMIM: 600826) neurocan core protein precurs (1321 aa)
initn: 9266 init1: 9266 opt: 9266 Z-score: 4073.9 bits: 766.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 9266; 100.0% identity (100.0% similar) in 1321 aa overlap (1-1321:1-1321)
10 20 30 40 50 60
pF1KB1 MGAPFVWALGLLMLQMLLFVAGEQGTQDITDASERGLHMQKLGSGSVQAALAELVALPCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MGAPFVWALGLLMLQMLLFVAGEQGTQDITDASERGLHMQKLGSGSVQAALAELVALPCL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB1 FTLQPRPSAARDAPRIKWTKVRTASGQRQDLPILVAKDNVVRVAKSWQGRVSLPSYPRRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 FTLQPRPSAARDAPRIKWTKVRTASGQRQDLPILVAKDNVVRVAKSWQGRVSLPSYPRRR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB1 ANATLLLGPLRASDSGLYRCQVVRGIEDEQDLVPLEVTGVVFHYRSARDRYALTFAEAQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 ANATLLLGPLRASDSGLYRCQVVRGIEDEQDLVPLEVTGVVFHYRSARDRYALTFAEAQE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB1 ACRLSSAIIAAPRHLQAAFEDGFDNCDAGWLSDRTVRYPITQSRPGCYGDRSSLPGVRSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 ACRLSSAIIAAPRHLQAAFEDGFDNCDAGWLSDRTVRYPITQSRPGCYGDRSSLPGVRSY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB1 GRRNPQELYDVYCFARELGGEVFYVGPARRLTLAGARAQCRRQGAALASVGQLHLAWHEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GRRNPQELYDVYCFARELGGEVFYVGPARRLTLAGARAQCRRQGAALASVGQLHLAWHEG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB1 LDQCDPGWLADGSVRYPIQTPRRRCGGPAPGVRTVYRFANRTGFPSPAERFDAYCFRAHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LDQCDPGWLADGSVRYPIQTPRRRCGGPAPGVRTVYRFANRTGFPSPAERFDAYCFRAHH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB1 PTSQHGDLETPSSGDEGEILSAEGPPVRELEPTLEEEEVVTPDFQEPLVSSGEEETLILE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PTSQHGDLETPSSGDEGEILSAEGPPVRELEPTLEEEEVVTPDFQEPLVSSGEEETLILE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB1 EKQESQQTLSPTPGDPMLASWPTGEVWLSTVAPSPSDMGAGTAASSHTEVAPTDPMPRRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 EKQESQQTLSPTPGDPMLASWPTGEVWLSTVAPSPSDMGAGTAASSHTEVAPTDPMPRRR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB1 GRFKGLNGRYFQQQEPEPGLQGGMEASAQPPTSEAAVNQMEPPLAMAVTEMLGSGQSRSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GRFKGLNGRYFQQQEPEPGLQGGMEASAQPPTSEAAVNQMEPPLAMAVTEMLGSGQSRSP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB1 WADLTNEVDMPGAGSAGGKSSPEPWLWPPTMVPPSISGHSRAPVLELEKAEGPSARPATP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 WADLTNEVDMPGAGSAGGKSSPEPWLWPPTMVPPSISGHSRAPVLELEKAEGPSARPATP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB1 DLFWSPLEATVSAPSPAPWEAFPVATSPDLPMMAMLRGPKEWMLPHPTPISTEANRVEAH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DLFWSPLEATVSAPSPAPWEAFPVATSPDLPMMAMLRGPKEWMLPHPTPISTEANRVEAH
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB1 GEATATAPPSPAAETKVYSLPLSLTPTGQGGEAMPTTPESPRADFRETGETSPAQVNKAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GEATATAPPSPAAETKVYSLPLSLTPTGQGGEAMPTTPESPRADFRETGETSPAQVNKAE
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB1 HSSSSPWPSVNRNVAVGFVPTETATEPTGLRGIPGSESGVFDTAESPTSGLQATVDEVQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 HSSSSPWPSVNRNVAVGFVPTETATEPTGLRGIPGSESGVFDTAESPTSGLQATVDEVQD
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB1 PWPSVYSKGLDASSPSAPLGSPGVFLVPKVTPNLEPWVATDEGPTVNPMDSTVTPAPSDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PWPSVYSKGLDASSPSAPLGSPGVFLVPKVTPNLEPWVATDEGPTVNPMDSTVTPAPSDA
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB1 SGIWEPGSQVFEEAESTTLSPQVALDTSIVTPLTTLEQGDKVGVPAMSTLGSSSSQPHPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SGIWEPGSQVFEEAESTTLSPQVALDTSIVTPLTTLEQGDKVGVPAMSTLGSSSSQPHPE
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB1 PEDQVETQGTSGASVPPHQSSPLGKPAVPPGTPTAASVGESASVSSGEPTVPWDPSSTLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PEDQVETQGTSGASVPPHQSSPLGKPAVPPGTPTAASVGESASVSSGEPTVPWDPSSTLL
910 920 930 940 950 960
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pF1KB1 PVTLGIEDFELEVLAGSPGVESFWEEVASGEEPALPGTPMNAGAEEVHSDPCENNPCLHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PVTLGIEDFELEVLAGSPGVESFWEEVASGEEPALPGTPMNAGAEEVHSDPCENNPCLHG
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB1 GTCNANGTMYGCSCDQGFAGENCEIDIDDCLCSPCENGGTCIDEVNGFVCLCLPSYGGSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GTCNANGTMYGCSCDQGFAGENCEIDIDDCLCSPCENGGTCIDEVNGFVCLCLPSYGGSF
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB1 CEKDTEGCDRGWHKFQGHCYRYFAHRRAWEDAEKDCRRRSGHLTSVHSPEEHSFINSFGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 CEKDTEGCDRGWHKFQGHCYRYFAHRRAWEDAEKDCRRRSGHLTSVHSPEEHSFINSFGH
1090 1100 1110 1120 1130 1140
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pF1KB1 ENTWIGLNDRIVERDFQWTDNTGLQFENWRENQPDNFFAGGEDCVVMVAHESGRWNDVPC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 ENTWIGLNDRIVERDFQWTDNTGLQFENWRENQPDNFFAGGEDCVVMVAHESGRWNDVPC
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB1 NYNLPYVCKKGTVLCGPPPAVENASLIGARKAKYNVHATVRYQCNEGFAQHHVATIRCRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 NYNLPYVCKKGTVLCGPPPAVENASLIGARKAKYNVHATVRYQCNEGFAQHHVATIRCRS
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KB1 NGKWDRPQIVCTKPRRSHRMRRHHHHHQHHHQHHHHKSRKERRKHKKHPTEDWEKDEGNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 NGKWDRPQIVCTKPRRSHRMRRHHHHHQHHHQHHHHKSRKERRKHKKHPTEDWEKDEGNF
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KB1 C
:
NP_004 C
>>NP_001157569 (OMIM: 118661,143200) versican core prote (2409 aa)
initn: 2414 init1: 1237 opt: 1376 Z-score: 620.1 bits: 127.9 E(85289): 8.4e-28
Smith-Waterman score: 1386; 35.2% identity (62.7% similar) in 668 aa overlap (674-1304:1765-2409)
650 660 670 680 690 700
pF1KB1 LPHPTPISTEANRVEAHGEATATAPPSPAAETKVYSLPLSLTPTGQGGEAMPTTPESPRA
: : .. : :. : ..: . ..:
NP_001 SSTLSDGQAIADQSEIIPTLGQFERTQEEYEDKKHAGP-SFQPEFSSGAEEALVDHTPYL
1740 1750 1760 1770 1780 1790
710 720 730 740 750 760
pF1KB1 DFRETG--ETSPAQVNKAEHSSSSPWPSVNRNVAVG-FVPTETATEPTGLRGIPGSESGV
.. : . : ..: . ..:. :. . . ..::. :. . : . : :::..
NP_001 SIATTHLMDQSVTEVPDVMEGSNPPYYT-DTTLAVSTFAKLSSQTPSSPLTIYSGSEASG
1800 1810 1820 1830 1840 1850
770 780 790 800 810
pF1KB1 FDTAESPTS--GLQATVDEVQDPWPSVYSKGLDASSPSAPLGSPGVFLV--PKVTPN--L
.:.. :... . :..: : .. . : . . .. :...:. :
NP_001 HTEIPQPSALPGIDVG-SSVMSPQDSFKEIHVNIEATFKPSSEEYLHITEPPSLSPDTKL
1860 1870 1880 1890 1900 1910
820 830 840 850 860 870
pF1KB1 EPWVATDEGPTVNPMDSTVTPAPSDASGIWEPGSQVFEEAESTTLSPQVALDTSIVTP-L
:: . :.: . . .:.. .. :...... .. : . ::. .. . : .
NP_001 EP--SEDDGKP--ELLEEMEASPTELIAV--EGTEILQDFQNKT-DGQVSGEAIKMFPTI
1920 1930 1940 1950 1960
880 890 900 910 920
pF1KB1 TTLEQGDKVGVPAMSTLGSSSSQPHPEPEDQVETQGTSGASVP---PHQSS-PL--GKPA
: : : . . : .... :: . : :. .. :: :. : : ..:
NP_001 KTPEAGTVITTADEIELEGATQWPHSTSASA--TYGVEAGVVPWLSPQTSERPTLSSSPE
1970 1980 1990 2000 2010 2020
930 940 950 960 970
pF1KB1 VPPGTPTAASVGESASVSSGEPTVPW-----DPSSTLLPVTLGIE----DFEL-EVLAGS
. : : .: :........: : . ..:. :: .. : : : :. .
NP_001 INPETQAALIRGQDSTIAASEQQVAARILDSNDQATVNPVEFNTEVATPPFSLLETSNET
2030 2040 2050 2060 2070 2080
980 990 1000 1010 1020 1030
pF1KB1 PGVESFWEEVASGEEPALPGTPMNAGAEEVHSDPCENNPCLHGGTCNANGTMYGCSCDQG
. .. :: . : ::: : : :. ::::.:::: . : : :.: :
NP_001 DFLIGINEESVEGTAIYLPG-P----------DRCKMNPCLNGGTCYPTETSYVCTCVPG
2090 2100 2110 2120 2130
1040 1050 1060 1070 1080 1090
pF1KB1 FAGENCEIDIDDCLCSPCENGGTCIDEVNGFVCLCLPSYGGSFCEKDTEGCDRGWHKFQG
..:..::.:.:.: .::.::.::.: : : ::::::: :..::.::: :: :::::::
NP_001 YSGDQCELDFDECHSNPCRNGATCVDGFNTFRCLCLPSYVGALCEQDTETCDYGWHKFQG
2140 2150 2160 2170 2180 2190
1100 1110 1120 1130 1140 1150
pF1KB1 HCYRYFAHRRAWEDAEKDCRRRSGHLTSVHSPEEHSFINSFGHENTWIGLNDRIVERDFQ
.::.::::::.:. ::..:: ...::::. : ::. :.: ::. ::::::.. :.::.
NP_001 QCYKYFAHRRTWDAAERECRLQGAHLTSILSHEEQMFVNRVGHDYQWIGLNDKMFEHDFR
2200 2210 2220 2230 2240 2250
1160 1170 1180 1190 1200 1210
pF1KB1 WTDNTGLQFENWRENQPDNFFAGGEDCVVMVAHESGRWNDVPCNYNLPYVCKKGTVLCGP
:::.. ::.:::: ::::.::..::::::.. ::.:.::::::::.: :.:::::: ::
NP_001 WTDGSTLQYENWRPNQPDSFFSAGEDCVVIIWHENGQWNDVPCNYHLTYTCKKGTVACGQ
2260 2270 2280 2290 2300 2310
1220 1230 1240 1250 1260 1270
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::.::::. .: : .:.... .::.:..:: :.:. :::: .::.: :.:.: .:
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