FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0470, 991 aa
1>>>pF1KB0470 991 - 991 aa - 991 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5667+/-0.00094; mu= -1.8337+/- 0.057
mean_var=267.2823+/-53.300, 0's: 0 Z-trim(115.0): 38 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.078449
statistics sampled from 15532 (15564) to 15532 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.772), E-opt: 0.2 (0.478), width: 16
Scan time: 4.360
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8756.2 HDAC7 gene_id:51564|Hs108|chr12 ( 991) 6783 781.4 0
CCDS81685.1 HDAC7 gene_id:51564|Hs108|chr12 ( 974) 6629 764.0 0
CCDS41776.1 HDAC7 gene_id:51564|Hs108|chr12 ( 954) 4732 549.3 1.3e-155
CCDS2529.1 HDAC4 gene_id:9759|Hs108|chr2 (1084) 2278 271.6 6.1e-72
CCDS45696.1 HDAC5 gene_id:10014|Hs108|chr17 (1122) 2042 244.9 6.9e-64
CCDS32663.1 HDAC5 gene_id:10014|Hs108|chr17 (1123) 2042 244.9 6.9e-64
CCDS83163.1 HDAC9 gene_id:9734|Hs108|chr7 (1025) 1937 233.0 2.4e-60
CCDS47554.1 HDAC9 gene_id:9734|Hs108|chr7 (1066) 1936 232.9 2.7e-60
CCDS47553.1 HDAC9 gene_id:9734|Hs108|chr7 (1069) 1936 232.9 2.7e-60
CCDS47555.1 HDAC9 gene_id:9734|Hs108|chr7 (1011) 1849 223.0 2.4e-57
CCDS14306.1 HDAC6 gene_id:10013|Hs108|chrX (1215) 738 97.3 2e-19
CCDS14088.1 HDAC10 gene_id:83933|Hs108|chr22 ( 669) 717 94.8 6.2e-19
>>CCDS8756.2 HDAC7 gene_id:51564|Hs108|chr12 (991 aa)
initn: 6783 init1: 6783 opt: 6783 Z-score: 4161.2 bits: 781.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6783; 100.0% identity (100.0% similar) in 991 aa overlap (1-991:1-991)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 MHSPGADGTQVSPGAHYCSPTGAGCPRPCADTPGPQPQPMDLRVGQRPPVEPPPEPTLLA
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 LQRPQRLHHHLFLAGLQQQRSVEPMRLSMDTPMPELQVGPQEQELRQLLHKDKSKRSAVA
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 SSVVKQKLAEVILKKQQAALERTVHPNSPGIPYRTLEPLETEGATRSMLSSFLPPVPSLP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 SDPPEHFPLRKTVSEPNLKLRYKPKKSLERRKNPLLRKESAPPSLRRRPAETLGDSSPSS
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250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 SSTPASGCSSPNDSEHGPNPILGSEALLGQRLRLQETSVAPFALPTVSLLPAITLGLPAP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 ARADSDRRTHPTLGPRGPILGSPHTPLFLPHGLEPEAGGTLPSRLQPILLLDPSGSHAPL
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370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 LTVPGLGPLPFHFAQSLMTTERLSGSGLHWPLSRTRSEPLPPSATAPPPPGPMQPRLEQL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 KTHVQVIKRSAKPSEKPRLRQIPSAEDLETDGGGPGQVVDDGLEHRELGHGQPEARGPAP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 LQQHPQVLLWEQQRLAGRLPRGSTGDTVLLPLAQGGHRPLSRAQSSPAAPASLSAPEPAS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 QARVLSSSETPARTLPFTTGLIYDSVMLKHQCSCGDNSRHPEHAGRIQSIWSRLQERGLR
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610 620 630 640 650 660
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 SQCECLRGRKASLEELQSVHSERHVLLYGTNPLSRLKLDNGKLAGLLAQRMFVMLPCGGV
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670 680 690 700 710 720
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 GVDTDTIWNELHSSNAARWAAGSVTDLAFKVASRELKNGFAVVRPPGHHADHSTAMGFCF
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 FNSVAIACRQLQQQSKASKILIVDWDVHHGNGTQQTFYQDPSVLYISLHRHDDGNFFPGS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 GAVDEVGAGSGEGFNVNVAWAGGLDPPMGDPEYLAAFRIVVMPIAREFSPDLVLVSAGFD
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850 860 870 880 890 900
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 AAEGHPAPLGGYHVSAKCFGYMTQQLMNLAGGAVVLALEGGHDLTAICDASEACVAALLG
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910 920 930 940 950 960
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 NRVDPLSEEGWKQKPNLNAIRSLEAVIRVHSKYWGCMQRLASCPDSWVPRVPGADKEEVE
910 920 930 940 950 960
970 980 990
pF1KB0 AVTALASLSVGILAEDRPSEQLVEEEEPMNL
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 AVTALASLSVGILAEDRPSEQLVEEEEPMNL
970 980 990
>>CCDS81685.1 HDAC7 gene_id:51564|Hs108|chr12 (974 aa)
initn: 6626 init1: 6626 opt: 6629 Z-score: 4067.1 bits: 764.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6629; 99.9% identity (99.9% similar) in 973 aa overlap (19-991:3-974)
10 20 30 40 50 60
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:: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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10 20 30 40
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 LQRPQRLHHHLFLAGLQQQRSVEPMRLSMDTPMPELQVGPQEQELRQLLHKDKSKRSAVA
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 SSVVKQKLAEVILKKQQAALERTVHPNSPGIPYRTLEPLETEGATRSMLSSFLPPVPSLP
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 QARVLSSSETPARTLPFTTGLIYDSVMLKHQCSCGDNSRHPEHAGRIQSIWSRLQERGLR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 GVDTDTIWNELHSSNAARWAAGSVTDLAFKVASRELKNGFAVVRPPGHHADHSTAMGFCF
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pF1KB0 FNSVAIACRQLQQQSKASKILIVDWDVHHGNGTQQTFYQDPSVLYISLHRHDDGNFFPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 FNSVAIACRQLQQQSKASKILIVDWDVHHGNGTQQTFYQDPSVLYISLHRHDDGNFFPGS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 GAVDEVGAGSGEGFNVNVAWAGGLDPPMGDPEYLAAFRIVVMPIAREFSPDLVLVSAGFD
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 AAEGHPAPLGGYHVSAKCFGYMTQQLMNLAGGAVVLALEGGHDLTAICDASEACVAALLG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 NRVDPLSEEGWKQKPNLNAIRSLEAVIRVHSKYWGCMQRLASCPDSWVPRVPGADKEEVE
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:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 AVTALASLSVGILAEDRPSEQLVEEEEPMNL
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>>CCDS41776.1 HDAC7 gene_id:51564|Hs108|chr12 (954 aa)
initn: 4729 init1: 4729 opt: 4732 Z-score: 2906.9 bits: 549.3 E(32554): 1.3e-155
Smith-Waterman score: 6469; 96.3% identity (96.3% similar) in 991 aa overlap (1-991:1-954)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MHSPGADGTQVSPGAHYCSPTGAGCPRPCADTPGPQPQPMDLRVGQRPPVEPPPEPTLLA
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LQRPQRLHHHLFLAGLQQQRSVEPMRLSMDTPMPELQVGPQEQELRQLLHKDKSKRSAVA
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SSVVKQKLAEVILKKQQAALERTVHPNSPGIPYRTLEPLETEGATRSMLSSFLPPVPSLP
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SDPPEHFPLRKTVSEPNLKLRYKPKKSLERRKNPLLRKESAPPSLRRRPAETLGDSSPSS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SSTPASGCSSPNDSEHGPNPILGSEA----------------------------------
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310 320 330 340 350 360
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 ---DSDRRTHPTLGPRGPILGSPHTPLFLPHGLEPEAGGTLPSRLQPILLLDPSGSHAPL
270 280 290 300 310 320
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LTVPGLGPLPFHFAQSLMTTERLSGSGLHWPLSRTRSEPLPPSATAPPPPGPMQPRLEQL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KTHVQVIKRSAKPSEKPRLRQIPSAEDLETDGGGPGQVVDDGLEHRELGHGQPEARGPAP
390 400 410 420 430 440
490 500 510 520 530 540
pF1KB0 LQQHPQVLLWEQQRLAGRLPRGSTGDTVLLPLAQGGHRPLSRAQSSPAAPASLSAPEPAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LQQHPQVLLWEQQRLAGRLPRGSTGDTVLLPLAQGGHRPLSRAQSSPAAPASLSAPEPAS
450 460 470 480 490 500
550 560 570 580 590 600
pF1KB0 QARVLSSSETPARTLPFTTGLIYDSVMLKHQCSCGDNSRHPEHAGRIQSIWSRLQERGLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QARVLSSSETPARTLPFTTGLIYDSVMLKHQCSCGDNSRHPEHAGRIQSIWSRLQERGLR
510 520 530 540 550 560
610 620 630 640 650 660
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SQCECLRGRKASLEELQSVHSERHVLLYGTNPLSRLKLDNGKLAGLLAQRMFVMLPCGGV
570 580 590 600 610 620
670 680 690 700 710 720
pF1KB0 GVDTDTIWNELHSSNAARWAAGSVTDLAFKVASRELKNGFAVVRPPGHHADHSTAMGFCF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GVDTDTIWNELHSSNAARWAAGSVTDLAFKVASRELKNGFAVVRPPGHHADHSTAMGFCF
630 640 650 660 670 680
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pF1KB0 FNSVAIACRQLQQQSKASKILIVDWDVHHGNGTQQTFYQDPSVLYISLHRHDDGNFFPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 FNSVAIACRQLQQQSKASKILIVDWDVHHGNGTQQTFYQDPSVLYISLHRHDDGNFFPGS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GAVDEVGAGSGEGFNVNVAWAGGLDPPMGDPEYLAAFRIVVMPIAREFSPDLVLVSAGFD
750 760 770 780 790 800
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pF1KB0 AAEGHPAPLGGYHVSAKCFGYMTQQLMNLAGGAVVLALEGGHDLTAICDASEACVAALLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 AAEGHPAPLGGYHVSAKCFGYMTQQLMNLAGGAVVLALEGGHDLTAICDASEACVAALLG
810 820 830 840 850 860
910 920 930 940 950 960
pF1KB0 NRVDPLSEEGWKQKPNLNAIRSLEAVIRVHSKYWGCMQRLASCPDSWVPRVPGADKEEVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NRVDPLSEEGWKQKPNLNAIRSLEAVIRVHSKYWGCMQRLASCPDSWVPRVPGADKEEVE
870 880 890 900 910 920
970 980 990
pF1KB0 AVTALASLSVGILAEDRPSEQLVEEEEPMNL
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 AVTALASLSVGILAEDRPSEQLVEEEEPMNL
930 940 950
>>CCDS2529.1 HDAC4 gene_id:9759|Hs108|chr2 (1084 aa)
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30 40 50 60 70 80
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150 160 170 180 190
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... ..: : . :. . .: .: :. :: .. : . ::::::.:::
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::::: . :... :::..::::....: .:..:: . . ::. ::.:.:: ::::.
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260 270 280 290 300
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: :.: : . : :. :..:: .: :.::. : : :: ::::::: :.
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310 320 330 340 350
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.. ... .:.. :::::::::::::: : .:. :: .. :
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CCDS32 HSTIAENGFTGSVPNIPTEMLPQHRALPLDSSPNQFSLYTSPSLPNISLGLQATVTVTNS
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CCDS32 HLSPLGGYSVTARCFGHLTRQLMTLAGGRVVLALEGGHDLTAICDASEACVSALLSVELQ
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CCDS32 PLDEAVLQQKPNINAVATLEKVIEIQSKHWSCVQKFAAGLGRSLREAQAGETEEAETVSA
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CCDS32 MALLSVGAEQAQAAAAREHSPRPAEEPMEQEPAL
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>>CCDS83163.1 HDAC9 gene_id:9734|Hs108|chr7 (1025 aa)
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CCDS47 GTGLGEGYNINIAWTGGLDPPMGDVEYLEAFRTIVKPVAKEFDPDMVLVSAGFDALEGHT
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CCDS47 AEDILHQSPNMNAVISLQKIIEIQSKYWKSVRMVA------VPRGCALAGAQLQEETETV
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CCDS47 SALASLTVDVEQPFAQEDSRTAGEPMEEEPAL
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CCDS47 KLEQQRQEQEVERHRREQQLPPLRGKDRGRERAVASTEVKQKLQEFLLSK--SATKDT--
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