Result of FASTA (omim) for
pF1KB0056
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0056, 1533 aa
1>>>pF1KB0056 1533 - 1533 aa - 1533 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 17.4126+/-0.000504; mu= -31.4118+/- 0.031
mean_var=852.4858+/-176.494, 0's: 0 Z-trim(125.9): 197 B-trim: 0 in 0/58
Lambda= 0.043927
statistics sampled from 50388 (50710) to 50388 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.82), E-opt: 0.2 (0.595), width: 16
Scan time: 22.420
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016866763 (OMIM: 142580) PREDICTED: protein PRR (2086) 6038 399.4 1.6e-109
NP_542417 (OMIM: 142580) protein PRRC2A [Homo sapi (2157) 6038 399.4 1.6e-109
NP_004629 (OMIM: 142580) protein PRRC2A [Homo sapi (2157) 6038 399.4 1.6e-109
XP_011536691 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2078) 585 53.8 1.7e-05
XP_006719475 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 585 53.8 1.7e-05
XP_006719476 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 585 53.8 1.7e-05
XP_006719477 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 585 53.8 1.7e-05
XP_011529151 (OMIM: 301050,303630) PREDICTED: coll (1696) 531 50.3 0.00016
XP_016884752 (OMIM: 301050,303630) PREDICTED: coll (1136) 492 47.7 0.00064
NP_203699 (OMIM: 301050,303630) collagen alpha-5(I (1691) 496 48.1 0.00073
NP_000486 (OMIM: 301050,303630) collagen alpha-5(I (1685) 481 47.2 0.0014
XP_016884749 (OMIM: 301050,303630) PREDICTED: coll (1690) 481 47.2 0.0014
XP_016884748 (OMIM: 301050,303630) PREDICTED: coll (1693) 478 47.0 0.0016
XP_011508875 (OMIM: 120190,130000) PREDICTED: coll (1453) 465 46.1 0.0025
NP_000384 (OMIM: 120190,130000) collagen alpha-2(V (1499) 465 46.1 0.0026
NP_002448 (OMIM: 158370) mucin-2 precursor [Homo s (5289) 463 46.4 0.0074
>>XP_016866763 (OMIM: 142580) PREDICTED: protein PRRC2A (2086 aa)
initn: 6788 init1: 5978 opt: 6038 Z-score: 2087.2 bits: 399.4 E(85289): 1.6e-109
Smith-Waterman score: 6158; 63.8% identity (72.2% similar) in 1565 aa overlap (1-1532:1-1454)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MSDRSGPTAKGKDGKKYSSLNLFDTYKGKSLEIQKPAVAPRHGLQSLGKVAIARRMPPPA
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XP_016 MSDRSGPTAKGKDGKKYSSLNLFDTYKGKSLEIQKPAVAPRHGLQSLGKVAIARRMPPPA
10 20 30 40 50 60
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pF1KB0 NLPSLKAENKGNDPNVSLVPKDGTGWASKQEQSDPKSSDASTAQPLESQPLPASQTPASN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::
XP_016 NLPSLKAENKGNDPNVSLVPKDGTGWASKQEQSDPKSSDASTAQPPESQPLPASQTPASN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 QPKRPPAAPENTPLVPSGVKSWAQASVTHGAHGDGGRASSLLSRFSREEFPTLQAAGDQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QPKRPPAAPENTPLVPSGVKSWAQASVTHGAHGDGGRASSLLSRFSREEFPTLQAAGDQD
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pF1KB0 KAAKERESAEQSSGPGPSLRPQNSTTWRDGGGRGPDELEGPDSKLHHGHDPRGGLQPSGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KAAKERESAEQSSGPGPSLRPQNSTTWRDGGGRGPDELEGPDSKLHHGHDPRGGLQPSGP
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XP_016 PQFPPYRGMMPPFMYPPYLPFPPPYGPQGPYRYPTPDGPSRFPRVAGPRGSGPPMRLVEP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VGRPSILKEDNLKEFDQLDQENDDGWAGAHEEVDYTEKLKFSDEEDGRDSDEEGAEGHRD
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SQSASGEERPPEADGKKGNSPNSEPPTPKTAWAETSRPPETEPGPPAPKPPLPPPHRGPA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 GNWGPPGDYPDRGGPPCKPPAPEDEDEAWRQRRKQSSSEISLAVERARRRREEEERRMQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GNWGPPGDYPDRGGPPCKPPAPEDEDEAWRQRRKQSSSEISLAVERARRRREEEERRMQE
430 440 450 460 470 480
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pF1KB0 ERRAACAEKLKRLDEKFGAPDKRLKAEPAAPPAAPSTPAPPPAVPKELPAPPAPPPASAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ERRAACAEKLKRLDEKFGAPDKRLKAEPAAPPAAPSTPAPPPAVPKELPAPPAPPPASAP
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::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TPETEPEEPAQAPPAQSTPTPGVAAAPTLVSGGGSTSSTSSGSFEASPVEPQLPSKEGPE
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XP_016 PPEEVPPPTTPPVPKVEPKGDGIGPTRQPPSQGLGYPKYQKSLPPRFQRQQQEQLLKQQQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QHQWQQHQQGSAPPTPVPPSPPQPVTLGAVPAPQAPPPPPKALYPGALGRPPPMPPMNFD
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PRWMMIPPYVDPRLLQGRPPLDFYPPGVHPSGLVPRERSDSGGSSSEPFDRHAPAMLRER
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pF1KB0 GTPPVDPKLAWVGDVFTATPAEPRPLTSPLRQAADEDDKGMRSETPPVPPPPPSSSAVFR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GTPPVDPKLAWVGDVFTATPAEPRPLTSPLRQAADEDDKGMRSETPPVPPPPP-------
790 800 810 820 830
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pF1KB0 LDQVIHSNPAGIQQALAQLSSRQGSVTAPGGHPRHKPGPPQAPQ-GPSPRPPTRYEPQRV
. : :. ... . . :: :: : :: . . . :: . :: .
XP_016 ---YLASYPGFPENGAPGPPISRFPLEEPG--PRPLPWPPGSDEVAKIQTPPPKKEPPKE
840 850 860 870 880
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pF1KB0 NSGLSSDPHFEEPGPMVRGVGGTPRDSAGVSPFPPKRRERPPRKPELLQEESLPPPHSSG
... . : : .:::: :.: .: ::.:. : : : .:.
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890 900 910 920 930
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pF1KB0 FLGSKPEGPGPQAESRDTGTEALTPHIWNRLHTATSRKSYRPSSMEPWMEPLSPFEDVAG
: :: :: : : .: : .: :...: : .:.:. :
XP_016 RRGIPPEEPG--APPRRAG-----P----------IKKPPPPTKVEEL--PPKPLEQ--G
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1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KB0 TEMSQSDSGVDLSGDSQVSSGPCSQRSSPDGGLKGAAEGPPKRPGGSSPLNAVPCEGPP-
: . . :. . .:: ... :.:.:. : . .: . .. . :.:
XP_016 DETPKPPKPDPLKITKGKLGGP--KETPPNGNLSPAPR--LRRDYSYERVGPTSCRGRGR
980 990 1000 1010 1020
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pF1KB0 GSEPPRRPPPAPHDGDRKELPREQPLPPGPIGTERSQRTDRGTEPGPIRPSHRPGPPVQF
: : : : . : . . . : : : : : :.: ::.
XP_016 GEYFARGRGFRGTYGGRGRGARSREFR-----SYREFRGDDGRGGGTGGPNH---PPAPR
1030 1040 1050 1060 1070 1080
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pF1KB0 GTSDKDSDLRLVVGDSLKAEKELTASVTEAIPVSRDWELLPSAAASAEPQSKNLDSGHCV
: . :. : .. . :. .:. ... .: :: . :. .: . .
XP_016 GRT--ASETRSEGSEYEEIPKRRRQRGSETGSETHESDLAPSDKEAPTPKEGTLTQVPLA
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pF1KB0 PEPSSSGQRLYPEVFYGSAG--------PSSSQISGGAMDSQLHPNSGGFRPGTPSLHPY
: : .. : : . .: :: .:: :. : :. : . :: :
XP_016 PPPPGAPPSPAPARFTARGGRVFTPRGVPSRRGRGGGRPPPQVCP---GWSPPAKSLAP-
1140 1150 1160 1170 1180 1190
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pF1KB0 RSQPLYLPPGPAPPSALLSGVALKGQFLDFSTMQATELGKLPAGGVLYP----PPSFLYS
..: : :: ::: :: ... ... :. ...: . : ..
XP_016 -KKP---PTGPLPPSKE----PLKEKLIPGPLSPVARGGSNGGSNVGMEDGERPRRRRHG
1200 1210 1220 1230 1240
1310 1320 1330 1340 1350 1360
pF1KB0 PAFCPSPLPD-TSLLQVRQDLPSPSDFYSTPLQPGGQSGFLPSGAPAQQMLLPMVDSQLP
: . : : : :.. :. : : ::..::. . : :
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1250 1260 1270 1280 1290
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pF1KB0 VVNFGSLPPAPPPAP---PPLSLLPVGPALQPPSLAVRPPPAPATRVLPSPARPFPASLG
.. ::: : : :: : . : . . : . : :
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1300 1310 1320 1330 1340
1430 1440 1450 1460 1470 1480
pF1KB0 RAELHPVELKPFQDYQKLSSNLGGPGSSRTPP-TGRSFSGLNSRLKATPSTYSGVFRTQR
:: : : : .. :: :.. .: .. : . :..: : : : : .::
XP_016 -----PVLLTP-----KAVGTPGGGGGGAVPGISAMSRGDLSQRAKDL-SKRS--FSSQR
1350 1360 1370 1380
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pF1KB0 VDLYQQASPPDALRWIPKPWERTG-----PPPREGPSRRAEE----PGSRG----DKEPG
. .: : . .: : : ::.: .. : .:. .. ::
XP_016 PGMERQNRRPGPGGKAGSSGSSSGGGGGGPGGRTGPGRGDKRSWPSPKNRSRPPEERPPG
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1530
pF1KB0 LP-PPR
:: ::
XP_016 LPLPPPPPSSSAVFRLDQVIHSNPAGIQQALAQLSSRQGSVTAPGGHPRHKPGLPQAPQG
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>--
initn: 3689 init1: 3689 opt: 3709 Z-score: 1289.6 bits: 251.8 E(85289): 4.3e-65
Smith-Waterman score: 4306; 89.6% identity (89.8% similar) in 703 aa overlap (831-1533:1455-2086)
810 820 830 840 850 860
pF1KB0 AEPRPLTSPLRQAADEDDKGMRSETPPVPPPPPSSSAVFRLDQVIHSNPAGIQQALAQLS
::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SRQGSVTAPGGHPRHKPGLPQAPQGPSPRPPTRYEPQRVNSGLSSDPHFEEPGPMVRGVG
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pF1KB0 GTPRDSAGVSPFPPKRRERPPRKPELLQEESLPPPHSSGFLGSKPEGPGPQAESRDTGTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GTPRDSAGVSPFPPKRRERPPRKPELLQEESLPPPHSSGFLGSKPEGPGPQAESRDTGTE
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pF1KB0 ALTPHIWNRLHTATSRKSYRPSSMEPWMEPLSPFEDVAGTEMSQSDSGVDLSGDSQVSSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ALTPHIWNRLHTATSRKSYRPSSMEPWMEPLSPFEDVAGTEMSQSDSGVDLSGDSQVSSG
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pF1KB0 PCSQRSSPDGGLKGAAEGPPKRPGGSSPLNAVPCEGPPGSEPPRRPPPAPHDGDRKELPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PCSQRSSPDGGLKGAAEGPPKRPGGSSPLNAVPCEGPPGSEPPRRPPPAPHDGDRKELPR
1670 1680 1690 1700 1710 1720
1110 1120 1130 1140 1150 1160
pF1KB0 EQPLPPGPIGTERSQRTDRGTEPGPIRPSHRPGPPVQFGTSDKDSDLRLVVGDSLKAEKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EQPLPPGPIGTERSQRTDRGTEPGPIRPSHRPGPPVQFGTSDKDSDLRLVVGDSLKAEKE
1730 1740 1750 1760 1770 1780
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pF1KB0 LTASVTEAIPVSRDWELLPSAAASAEPQSKNLDSGHCVPEPSSSGQRLYPEVFYGSAGPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LTASVTEAIPVSRDWELLPSAAASAEPQSKNLDSGHCVPEPSSSGQRLYPEVFYGSAGPS
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pF1KB0 SSQISGGAMDSQLHPNSGGFRPGTPSLHPYRSQPLYLPPGPAPPSALLSGVALKGQFLDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::
XP_016 SSQISGGAMDSQLHPNSGGFRPGTPSLHPYRSQPLYLPPGPAPPSALLSGLALKGQFLDF
1850 1860 1870 1880 1890 1900
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pF1KB0 STMQATELGKLPAGGVLYPPPSFLYSPAFCPSPLPDTSLLQVRQDLPSPSDFYSTPLQPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 STMQATELGKLPAGGVLYPPPSFLYSPAFCPSPLPDTSLLQVRQDLPSPSDFYSTPLQPG
1910 1920 1930 1940 1950 1960
1350 1360 1370 1380 1390 1400
pF1KB0 GQSGFLPSGAPAQQMLLPMVDSQLPVVNFGSLPPAPPPAPPPLSLLPVGPALQPPSLAVR
::::::::::::::
XP_016 GQSGFLPSGAPAQQ----------------------------------------------
1970
1410 1420 1430 1440 1450 1460
pF1KB0 PPPAPATRVLPSPARPFPASLGRAELHPVELKPFQDYQKLSSNLGGPGSSRTPPTGRSFS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 -------------------------LHPVELKPFQDYQKLSSNLGGPGSSRTPPTGRSFS
1980 1990 2000 2010
1470 1480 1490 1500 1510 1520
pF1KB0 GLNSRLKATPSTYSGVFRTQRVDLYQQASPPDALRWIPKPWERTGPPPREGPSRRAEEPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GLNSRLKATPSTYSGVFRTQRVDLYQQASPPDALRWIPKPWERTGPPPREGPSRRAEEPG
2020 2030 2040 2050 2060 2070
1530
pF1KB0 SRGDKEPGLPPPR
:::::::::::::
XP_016 SRGDKEPGLPPPR
2080
>>NP_542417 (OMIM: 142580) protein PRRC2A [Homo sapiens] (2157 aa)
initn: 6028 init1: 5978 opt: 6038 Z-score: 2087.0 bits: 399.4 E(85289): 1.6e-109
Smith-Waterman score: 6158; 63.8% identity (72.2% similar) in 1565 aa overlap (1-1532:1-1454)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MSDRSGPTAKGKDGKKYSSLNLFDTYKGKSLEIQKPAVAPRHGLQSLGKVAIARRMPPPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 MSDRSGPTAKGKDGKKYSSLNLFDTYKGKSLEIQKPAVAPRHGLQSLGKVAIARRMPPPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 NLPSLKAENKGNDPNVSLVPKDGTGWASKQEQSDPKSSDASTAQPLESQPLPASQTPASN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::
NP_542 NLPSLKAENKGNDPNVSLVPKDGTGWASKQEQSDPKSSDASTAQPPESQPLPASQTPASN
70 80 90 100 110 120
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pF1KB0 QPKRPPAAPENTPLVPSGVKSWAQASVTHGAHGDGGRASSLLSRFSREEFPTLQAAGDQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 QPKRPPAAPENTPLVPSGVKSWAQASVTHGAHGDGGRASSLLSRFSREEFPTLQAAGDQD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 KAAKERESAEQSSGPGPSLRPQNSTTWRDGGGRGPDELEGPDSKLHHGHDPRGGLQPSGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 KAAKERESAEQSSGPGPSLRPQNSTTWRDGGGRGPDELEGPDSKLHHGHDPRGGLQPSGP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 PQFPPYRGMMPPFMYPPYLPFPPPYGPQGPYRYPTPDGPSRFPRVAGPRGSGPPMRLVEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 PQFPPYRGMMPPFMYPPYLPFPPPYGPQGPYRYPTPDGPSRFPRVAGPRGSGPPMRLVEP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 VGRPSILKEDNLKEFDQLDQENDDGWAGAHEEVDYTEKLKFSDEEDGRDSDEEGAEGHRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 VGRPSILKEDNLKEFDQLDQENDDGWAGAHEEVDYTEKLKFSDEEDGRDSDEEGAEGHRD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 SQSASGEERPPEADGKKGNSPNSEPPTPKTAWAETSRPPETEPGPPAPKPPLPPPHRGPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 SQSASGEERPPEADGKKGNSPNSEPPTPKTAWAETSRPPETEPGPPAPKPPLPPPHRGPA
370 380 390 400 410 420
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pF1KB0 GNWGPPGDYPDRGGPPCKPPAPEDEDEAWRQRRKQSSSEISLAVERARRRREEEERRMQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 GNWGPPGDYPDRGGPPCKPPAPEDEDEAWRQRRKQSSSEISLAVERARRRREEEERRMQE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB0 ERRAACAEKLKRLDEKFGAPDKRLKAEPAAPPAAPSTPAPPPAVPKELPAPPAPPPASAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 ERRAACAEKLKRLDEKFGAPDKRLKAEPAAPPAAPSTPAPPPAVPKELPAPPAPPPASAP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB0 TPEKEPEEPAQAPPAQSTPTPGVAAAPTLVSGGGSTSSTSSGSFEASPVEPQLPSKEGPE
::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 TPETEPEEPAQAPPAQSTPTPGVAAAPTLVSGGGSTSSTSSGSFEASPVEPQLPSKEGPE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB0 PPEEVPPPTTPPVPKVEPKGDGIGPTRQPPSQGLGYPKYQKSLPPRFQRQQQEQLLKQQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 PPEEVPPPTTPPVPKVEPKGDGIGPTRQPPSQGLGYPKYQKSLPPRFQRQQQEQLLKQQQ
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB0 QHQWQQHQQGSAPPTPVPPSPPQPVTLGAVPAPQAPPPPPKALYPGALGRPPPMPPMNFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 QHQWQQHQQGSAPPTPVPPSPPQPVTLGAVPAPQAPPPPPKALYPGALGRPPPMPPMNFD
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB0 PRWMMIPPYVDPRLLQGRPPLDFYPPGVHPSGLVPRERSDSGGSSSEPFDRHAPAMLRER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 PRWMMIPPYVDPRLLQGRPPLDFYPPGVHPSGLVPRERSDSGGSSSEPFDRHAPAMLRER
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB0 GTPPVDPKLAWVGDVFTATPAEPRPLTSPLRQAADEDDKGMRSETPPVPPPPPSSSAVFR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 GTPPVDPKLAWVGDVFTATPAEPRPLTSPLRQAADEDDKGMRSETPPVPPPPP-------
790 800 810 820 830
850 860 870 880 890
pF1KB0 LDQVIHSNPAGIQQALAQLSSRQGSVTAPGGHPRHKPGPPQAPQ-GPSPRPPTRYEPQRV
. : :. ... . . :: :: : :: . . . :: . :: .
NP_542 ---YLASYPGFPENGAPGPPISRFPLEEPG--PRPLPWPPGSDEVAKIQTPPPKKEPPKE
840 850 860 870 880
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pF1KB0 NSGLSSDPHFEEPGPMVRGVGGTPRDSAGVSPFPPKRRERPPRKPELLQEESLPPPHSSG
... . : : .:::: :.: .: ::.:. : : : .:.
NP_542 ETAQLTGP--EAGRKPARGVG-----SGGQGPPPPRRESRT--------ETRWGPRPGSS
890 900 910 920 930
960 970 980 990 1000 1010
pF1KB0 FLGSKPEGPGPQAESRDTGTEALTPHIWNRLHTATSRKSYRPSSMEPWMEPLSPFEDVAG
: :: :: : : .: : .: :...: : .:.:. :
NP_542 RRGIPPEEPG--APPRRAG-----P----------IKKPPPPTKVEEL--PPKPLEQ--G
940 950 960 970
1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KB0 TEMSQSDSGVDLSGDSQVSSGPCSQRSSPDGGLKGAAEGPPKRPGGSSPLNAVPCEGPP-
: . . :. . .:: ... :.:.:. : . .: . .. . :.:
NP_542 DETPKPPKPDPLKITKGKLGGP--KETPPNGNLSPAPR--LRRDYSYERVGPTSCRGRGR
980 990 1000 1010 1020
1080 1090 1100 1110 1120 1130
pF1KB0 GSEPPRRPPPAPHDGDRKELPREQPLPPGPIGTERSQRTDRGTEPGPIRPSHRPGPPVQF
: : : : . : . . . : : : : : :.: ::.
NP_542 GEYFARGRGFRGTYGGRGRGARSREFR-----SYREFRGDDGRGGGTGGPNH---PPAPR
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1140 1150 1160 1170 1180 1190
pF1KB0 GTSDKDSDLRLVVGDSLKAEKELTASVTEAIPVSRDWELLPSAAASAEPQSKNLDSGHCV
: . :. : .. . :. .:. ... .: :: . :. .: . .
NP_542 GRT--ASETRSEGSEYEEIPKRRRQRGSETGSETHESDLAPSDKEAPTPKEGTLTQVPLA
1090 1100 1110 1120 1130
1200 1210 1220 1230 1240 1250
pF1KB0 PEPSSSGQRLYPEVFYGSAG--------PSSSQISGGAMDSQLHPNSGGFRPGTPSLHPY
: : .. : : . .: :: .:: :. : :. : . :: :
NP_542 PPPPGAPPSPAPARFTARGGRVFTPRGVPSRRGRGGGRPPPQVCP---GWSPPAKSLAP-
1140 1150 1160 1170 1180 1190
1260 1270 1280 1290 1300
pF1KB0 RSQPLYLPPGPAPPSALLSGVALKGQFLDFSTMQATELGKLPAGGVLYP----PPSFLYS
..: : :: ::: :: ... ... :. ...: . : ..
NP_542 -KKP---PTGPLPPSKE----PLKEKLIPGPLSPVARGGSNGGSNVGMEDGERPRRRRHG
1200 1210 1220 1230 1240
1310 1320 1330 1340 1350 1360
pF1KB0 PAFCPSPLPD-TSLLQVRQDLPSPSDFYSTPLQPGGQSGFLPSGAPAQQMLLPMVDSQLP
: . : : : :.. :. : : ::..::. . : :
NP_542 RAQQQDKPPRFRRLKQERENAARGSE--------GKPSLTLPASAPGPEEALTTV-----
1250 1260 1270 1280 1290
1370 1380 1390 1400 1410 1420
pF1KB0 VVNFGSLPPAPPPAP---PPLSLLPVGPALQPPSLAVRPPPAPATRVLPSPARPFPASLG
.. ::: : : :: : . : . . : . : :
NP_542 -----TVAPAPRRAAAKSPDLSNQNSDQANEEWETASESSDFTSERRGDKEAPP------
1300 1310 1320 1330 1340
1430 1440 1450 1460 1470 1480
pF1KB0 RAELHPVELKPFQDYQKLSSNLGGPGSSRTPP-TGRSFSGLNSRLKATPSTYSGVFRTQR
:: : : : .. :: :.. .: .. : . :..: : : : : .::
NP_542 -----PVLLTP-----KAVGTPGGGGGGAVPGISAMSRGDLSQRAKDL-SKRS--FSSQR
1350 1360 1370 1380
1490 1500 1510 1520
pF1KB0 VDLYQQASPPDALRWIPKPWERTG-----PPPREGPSRRAEE----PGSRG----DKEPG
. .: : . .: : : ::.: .. : .:. .. ::
NP_542 PGMERQNRRPGPGGKAGSSGSSSGGGGGGPGGRTGPGRGDKRSWPSPKNRSRPPEERPPG
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1530
pF1KB0 LP-PPR
:: ::
NP_542 LPLPPPPPSSSAVFRLDQVIHSNPAGIQQALAQLSSRQGSVTAPGGHPRHKPGLPQAPQG
1450 1460 1470 1480 1490 1500
>--
initn: 4960 init1: 4960 opt: 4960 Z-score: 1717.8 bits: 331.1 E(85289): 6.1e-89
Smith-Waterman score: 4960; 99.7% identity (99.9% similar) in 703 aa overlap (831-1533:1455-2157)
810 820 830 840 850 860
pF1KB0 AEPRPLTSPLRQAADEDDKGMRSETPPVPPPPPSSSAVFRLDQVIHSNPAGIQQALAQLS
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 PGRGDKRSWPSPKNRSRPPEERPPGLPLPPPPPSSSAVFRLDQVIHSNPAGIQQALAQLS
1430 1440 1450 1460 1470 1480
870 880 890 900 910 920
pF1KB0 SRQGSVTAPGGHPRHKPGPPQAPQGPSPRPPTRYEPQRVNSGLSSDPHFEEPGPMVRGVG
:::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 SRQGSVTAPGGHPRHKPGLPQAPQGPSPRPPTRYEPQRVNSGLSSDPHFEEPGPMVRGVG
1490 1500 1510 1520 1530 1540
930 940 950 960 970 980
pF1KB0 GTPRDSAGVSPFPPKRRERPPRKPELLQEESLPPPHSSGFLGSKPEGPGPQAESRDTGTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 GTPRDSAGVSPFPPKRRERPPRKPELLQEESLPPPHSSGFLGSKPEGPGPQAESRDTGTE
1550 1560 1570 1580 1590 1600
990 1000 1010 1020 1030 1040
pF1KB0 ALTPHIWNRLHTATSRKSYRPSSMEPWMEPLSPFEDVAGTEMSQSDSGVDLSGDSQVSSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 ALTPHIWNRLHTATSRKSYRPSSMEPWMEPLSPFEDVAGTEMSQSDSGVDLSGDSQVSSG
1610 1620 1630 1640 1650 1660
1050 1060 1070 1080 1090 1100
pF1KB0 PCSQRSSPDGGLKGAAEGPPKRPGGSSPLNAVPCEGPPGSEPPRRPPPAPHDGDRKELPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 PCSQRSSPDGGLKGAAEGPPKRPGGSSPLNAVPCEGPPGSEPPRRPPPAPHDGDRKELPR
1670 1680 1690 1700 1710 1720
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pF1KB0 EQPLPPGPIGTERSQRTDRGTEPGPIRPSHRPGPPVQFGTSDKDSDLRLVVGDSLKAEKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 EQPLPPGPIGTERSQRTDRGTEPGPIRPSHRPGPPVQFGTSDKDSDLRLVVGDSLKAEKE
1730 1740 1750 1760 1770 1780
1170 1180 1190 1200 1210 1220
pF1KB0 LTASVTEAIPVSRDWELLPSAAASAEPQSKNLDSGHCVPEPSSSGQRLYPEVFYGSAGPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 LTASVTEAIPVSRDWELLPSAAASAEPQSKNLDSGHCVPEPSSSGQRLYPEVFYGSAGPS
1790 1800 1810 1820 1830 1840
1230 1240 1250 1260 1270 1280
pF1KB0 SSQISGGAMDSQLHPNSGGFRPGTPSLHPYRSQPLYLPPGPAPPSALLSGVALKGQFLDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::
NP_542 SSQISGGAMDSQLHPNSGGFRPGTPSLHPYRSQPLYLPPGPAPPSALLSGLALKGQFLDF
1850 1860 1870 1880 1890 1900
1290 1300 1310 1320 1330 1340
pF1KB0 STMQATELGKLPAGGVLYPPPSFLYSPAFCPSPLPDTSLLQVRQDLPSPSDFYSTPLQPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 STMQATELGKLPAGGVLYPPPSFLYSPAFCPSPLPDTSLLQVRQDLPSPSDFYSTPLQPG
1910 1920 1930 1940 1950 1960
1350 1360 1370 1380 1390 1400
pF1KB0 GQSGFLPSGAPAQQMLLPMVDSQLPVVNFGSLPPAPPPAPPPLSLLPVGPALQPPSLAVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 GQSGFLPSGAPAQQMLLPMVDSQLPVVNFGSLPPAPPPAPPPLSLLPVGPALQPPSLAVR
1970 1980 1990 2000 2010 2020
1410 1420 1430 1440 1450 1460
pF1KB0 PPPAPATRVLPSPARPFPASLGRAELHPVELKPFQDYQKLSSNLGGPGSSRTPPTGRSFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 PPPAPATRVLPSPARPFPASLGRAELHPVELKPFQDYQKLSSNLGGPGSSRTPPTGRSFS
2030 2040 2050 2060 2070 2080
1470 1480 1490 1500 1510 1520
pF1KB0 GLNSRLKATPSTYSGVFRTQRVDLYQQASPPDALRWIPKPWERTGPPPREGPSRRAEEPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 GLNSRLKATPSTYSGVFRTQRVDLYQQASPPDALRWIPKPWERTGPPPREGPSRRAEEPG
2090 2100 2110 2120 2130 2140
1530
pF1KB0 SRGDKEPGLPPPR
:::::::::::::
NP_542 SRGDKEPGLPPPR
2150
>>NP_004629 (OMIM: 142580) protein PRRC2A [Homo sapiens] (2157 aa)
initn: 6028 init1: 5978 opt: 6038 Z-score: 2087.0 bits: 399.4 E(85289): 1.6e-109
Smith-Waterman score: 6158; 63.8% identity (72.2% similar) in 1565 aa overlap (1-1532:1-1454)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MSDRSGPTAKGKDGKKYSSLNLFDTYKGKSLEIQKPAVAPRHGLQSLGKVAIARRMPPPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MSDRSGPTAKGKDGKKYSSLNLFDTYKGKSLEIQKPAVAPRHGLQSLGKVAIARRMPPPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 NLPSLKAENKGNDPNVSLVPKDGTGWASKQEQSDPKSSDASTAQPLESQPLPASQTPASN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::
NP_004 NLPSLKAENKGNDPNVSLVPKDGTGWASKQEQSDPKSSDASTAQPPESQPLPASQTPASN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 QPKRPPAAPENTPLVPSGVKSWAQASVTHGAHGDGGRASSLLSRFSREEFPTLQAAGDQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 QPKRPPAAPENTPLVPSGVKSWAQASVTHGAHGDGGRASSLLSRFSREEFPTLQAAGDQD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 KAAKERESAEQSSGPGPSLRPQNSTTWRDGGGRGPDELEGPDSKLHHGHDPRGGLQPSGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KAAKERESAEQSSGPGPSLRPQNSTTWRDGGGRGPDELEGPDSKLHHGHDPRGGLQPSGP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 PQFPPYRGMMPPFMYPPYLPFPPPYGPQGPYRYPTPDGPSRFPRVAGPRGSGPPMRLVEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PQFPPYRGMMPPFMYPPYLPFPPPYGPQGPYRYPTPDGPSRFPRVAGPRGSGPPMRLVEP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 VGRPSILKEDNLKEFDQLDQENDDGWAGAHEEVDYTEKLKFSDEEDGRDSDEEGAEGHRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 VGRPSILKEDNLKEFDQLDQENDDGWAGAHEEVDYTEKLKFSDEEDGRDSDEEGAEGHRD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 SQSASGEERPPEADGKKGNSPNSEPPTPKTAWAETSRPPETEPGPPAPKPPLPPPHRGPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SQSASGEERPPEADGKKGNSPNSEPPTPKTAWAETSRPPETEPGPPAPKPPLPPPHRGPA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 GNWGPPGDYPDRGGPPCKPPAPEDEDEAWRQRRKQSSSEISLAVERARRRREEEERRMQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GNWGPPGDYPDRGGPPCKPPAPEDEDEAWRQRRKQSSSEISLAVERARRRREEEERRMQE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB0 ERRAACAEKLKRLDEKFGAPDKRLKAEPAAPPAAPSTPAPPPAVPKELPAPPAPPPASAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 ERRAACAEKLKRLDEKFGAPDKRLKAEPAAPPAAPSTPAPPPAVPKELPAPPAPPPASAP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB0 TPEKEPEEPAQAPPAQSTPTPGVAAAPTLVSGGGSTSSTSSGSFEASPVEPQLPSKEGPE
::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TPETEPEEPAQAPPAQSTPTPGVAAAPTLVSGGGSTSSTSSGSFEASPVEPQLPSKEGPE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB0 PPEEVPPPTTPPVPKVEPKGDGIGPTRQPPSQGLGYPKYQKSLPPRFQRQQQEQLLKQQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PPEEVPPPTTPPVPKVEPKGDGIGPTRQPPSQGLGYPKYQKSLPPRFQRQQQEQLLKQQQ
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB0 QHQWQQHQQGSAPPTPVPPSPPQPVTLGAVPAPQAPPPPPKALYPGALGRPPPMPPMNFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 QHQWQQHQQGSAPPTPVPPSPPQPVTLGAVPAPQAPPPPPKALYPGALGRPPPMPPMNFD
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB0 PRWMMIPPYVDPRLLQGRPPLDFYPPGVHPSGLVPRERSDSGGSSSEPFDRHAPAMLRER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PRWMMIPPYVDPRLLQGRPPLDFYPPGVHPSGLVPRERSDSGGSSSEPFDRHAPAMLRER
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB0 GTPPVDPKLAWVGDVFTATPAEPRPLTSPLRQAADEDDKGMRSETPPVPPPPPSSSAVFR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GTPPVDPKLAWVGDVFTATPAEPRPLTSPLRQAADEDDKGMRSETPPVPPPPP-------
790 800 810 820 830
850 860 870 880 890
pF1KB0 LDQVIHSNPAGIQQALAQLSSRQGSVTAPGGHPRHKPGPPQAPQ-GPSPRPPTRYEPQRV
. : :. ... . . :: :: : :: . . . :: . :: .
NP_004 ---YLASYPGFPENGAPGPPISRFPLEEPG--PRPLPWPPGSDEVAKIQTPPPKKEPPKE
840 850 860 870 880
900 910 920 930 940 950
pF1KB0 NSGLSSDPHFEEPGPMVRGVGGTPRDSAGVSPFPPKRRERPPRKPELLQEESLPPPHSSG
... . : : .:::: :.: .: ::.:. : : : .:.
NP_004 ETAQLTGP--EAGRKPARGVG-----SGGQGPPPPRRESRT--------ETRWGPRPGSS
890 900 910 920 930
960 970 980 990 1000 1010
pF1KB0 FLGSKPEGPGPQAESRDTGTEALTPHIWNRLHTATSRKSYRPSSMEPWMEPLSPFEDVAG
: :: :: : : .: : .: :...: : .:.:. :
NP_004 RRGIPPEEPG--APPRRAG-----P----------IKKPPPPTKVEEL--PPKPLEQ--G
940 950 960 970
1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KB0 TEMSQSDSGVDLSGDSQVSSGPCSQRSSPDGGLKGAAEGPPKRPGGSSPLNAVPCEGPP-
: . . :. . .:: ... :.:.:. : . .: . .. . :.:
NP_004 DETPKPPKPDPLKITKGKLGGP--KETPPNGNLSPAPR--LRRDYSYERVGPTSCRGRGR
980 990 1000 1010 1020
1080 1090 1100 1110 1120 1130
pF1KB0 GSEPPRRPPPAPHDGDRKELPREQPLPPGPIGTERSQRTDRGTEPGPIRPSHRPGPPVQF
: : : : . : . . . : : : : : :.: ::.
NP_004 GEYFARGRGFRGTYGGRGRGARSREFR-----SYREFRGDDGRGGGTGGPNH---PPAPR
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1140 1150 1160 1170 1180 1190
pF1KB0 GTSDKDSDLRLVVGDSLKAEKELTASVTEAIPVSRDWELLPSAAASAEPQSKNLDSGHCV
: . :. : .. . :. .:. ... .: :: . :. .: . .
NP_004 GRT--ASETRSEGSEYEEIPKRRRQRGSETGSETHESDLAPSDKEAPTPKEGTLTQVPLA
1090 1100 1110 1120 1130
1200 1210 1220 1230 1240 1250
pF1KB0 PEPSSSGQRLYPEVFYGSAG--------PSSSQISGGAMDSQLHPNSGGFRPGTPSLHPY
: : .. : : . .: :: .:: :. : :. : . :: :
NP_004 PPPPGAPPSPAPARFTARGGRVFTPRGVPSRRGRGGGRPPPQVCP---GWSPPAKSLAP-
1140 1150 1160 1170 1180 1190
1260 1270 1280 1290 1300
pF1KB0 RSQPLYLPPGPAPPSALLSGVALKGQFLDFSTMQATELGKLPAGGVLYP----PPSFLYS
..: : :: ::: :: ... ... :. ...: . : ..
NP_004 -KKP---PTGPLPPSKE----PLKEKLIPGPLSPVARGGSNGGSNVGMEDGERPRRRRHG
1200 1210 1220 1230 1240
1310 1320 1330 1340 1350 1360
pF1KB0 PAFCPSPLPD-TSLLQVRQDLPSPSDFYSTPLQPGGQSGFLPSGAPAQQMLLPMVDSQLP
: . : : : :.. :. : : ::..::. . : :
NP_004 RAQQQDKPPRFRRLKQERENAARGSE--------GKPSLTLPASAPGPEEALTTV-----
1250 1260 1270 1280 1290
1370 1380 1390 1400 1410 1420
pF1KB0 VVNFGSLPPAPPPAP---PPLSLLPVGPALQPPSLAVRPPPAPATRVLPSPARPFPASLG
.. ::: : : :: : . : . . : . : :
NP_004 -----TVAPAPRRAAAKSPDLSNQNSDQANEEWETASESSDFTSERRGDKEAPP------
1300 1310 1320 1330 1340
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pF1KB0 RAELHPVELKPFQDYQKLSSNLGGPGSSRTPP-TGRSFSGLNSRLKATPSTYSGVFRTQR
:: : : : .. :: :.. .: .. : . :..: : : : : .::
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. .: : . .: : : ::.: .. : .:. .. ::
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:: ::
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NP_004 SRGDKEPGLPPPR
2150
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: .:: . . ..:. : :: : . :: . :: . :: :... .
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... ... .:: . . : : ...: .: .: : :. :. ..: ::.
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. : : .:: :.: . : :: . : . ..: . :.
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: :: .::.: . : . :: .: :. : ... :.:
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.:. :: ::..:. : . :: : . .:.. .:.. :. : :. : :..
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