Result of FASTA (ccds) for pF1KB0053
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB0053, 1312 aa
  1>>>pF1KB0053 1312 - 1312 aa - 1312 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.7318+/-0.0011; mu= -0.6468+/- 0.067
 mean_var=341.3625+/-66.972, 0's: 0 Z-trim(112.4): 53  B-trim: 0 in 0/55
 Lambda= 0.069417
 statistics sampled from 13146 (13185) to 13146 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.702), E-opt: 0.2 (0.405), width:  16
 Scan time:  5.620

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS31061.1 ARID4B gene_id:51742|Hs108|chr1        (1312) 8533 869.8       0
CCDS31060.1 ARID4B gene_id:51742|Hs108|chr1        (1226) 4492 465.0 5.4e-130
CCDS9733.1 ARID4A gene_id:5926|Hs108|chr14         (1188) 2442 259.7 3.3e-68
CCDS45114.1 ARID4A gene_id:5926|Hs108|chr14        (1203) 2407 256.2 3.8e-67
CCDS9732.1 ARID4A gene_id:5926|Hs108|chr14         (1257) 2407 256.2 3.9e-67


>>CCDS31061.1 ARID4B gene_id:51742|Hs108|chr1             (1312 aa)
 initn: 8533 init1: 8533 opt: 8533  Z-score: 4634.1  bits: 869.8 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 8533; 100.0% identity (100.0% similar) in 1312 aa overlap (1-1312:1-1312)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB0 MKALDEPPYLTVGTDVSAKYRGAFCEAKIKTAKRLVKVKVTFRHDSSTVEVQDDHIKGPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MKALDEPPYLTVGTDVSAKYRGAFCEAKIKTAKRLVKVKVTFRHDSSTVEVQDDHIKGPL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB0 KVGAIVEVKNLDGAYQEAVINKLTDASWYTVVFDDGDEKTLRRSSLCLKGERHFAESETL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KVGAIVEVKNLDGAYQEAVINKLTDASWYTVVFDDGDEKTLRRSSLCLKGERHFAESETL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB0 DQLPLTNPEHFGTPVIGKKTNRGRRSNHIPEEESSSSSSDEDEDDRKQIDELLGKVVCVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DQLPLTNPEHFGTPVIGKKTNRGRRSNHIPEEESSSSSSDEDEDDRKQIDELLGKVVCVD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB0 YISLDKKKALWFPALVVCPDCSDEIAVKKDNILVRSFKDGKFTSVPRKDVHEITSDTAPK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 YISLDKKKALWFPALVVCPDCSDEIAVKKDNILVRSFKDGKFTSVPRKDVHEITSDTAPK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB0 PDAVLKQAFEQALEFHKSRTIPANWKTELKEDSSSSEAEEEEEEEDDEKEKEDNSSEEEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PDAVLKQAFEQALEFHKSRTIPANWKTELKEDSSSSEAEEEEEEEDDEKEKEDNSSEEEE
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB0 EIEPFPEERENFLQQLYKFMEDRGTPINKRPVLGYRNLNLFKLFRLVHKLGGFDNIESGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EIEPFPEERENFLQQLYKFMEDRGTPINKRPVLGYRNLNLFKLFRLVHKLGGFDNIESGA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB0 VWKQVYQDLGIPVLNSAAGYNVKCAYKKYLYGFEEYCRSANIEFQMALPEKVVNKQCKEC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VWKQVYQDLGIPVLNSAAGYNVKCAYKKYLYGFEEYCRSANIEFQMALPEKVVNKQCKEC
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB0 ENVKEIKVKEENETEIKEIKMEEERNIIPREEKPIEDEIERKENIKPSLGSKKNLLESIP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ENVKEIKVKEENETEIKEIKMEEERNIIPREEKPIEDEIERKENIKPSLGSKKNLLESIP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB0 THSDQEKEVNIKKPEDNENLDDKDDDTTRVDESLNIKVEAEEEKAKSGDETNKEEDEDDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 THSDQEKEVNIKKPEDNENLDDKDDDTTRVDESLNIKVEAEEEKAKSGDETNKEEDEDDE
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB0 EAEEEEEEEEEEEDEDDDDNNEEEEFECYPPGMKVQVRYGRGKNQKMYEASIKDSDVEGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EAEEEEEEEEEEEDEDDDDNNEEEEFECYPPGMKVQVRYGRGKNQKMYEASIKDSDVEGG
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB0 EVLYLVHYCGWNVRYDEWIKADKIVRPADKNVPKIKHRKKIKNKLDKEKDKDEKYSPKNC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EVLYLVHYCGWNVRYDEWIKADKIVRPADKNVPKIKHRKKIKNKLDKEKDKDEKYSPKNC
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB0 KLRRLSKPPFQTNPSPEMVSKLDLTDAKNSDTAHIKSIEITSILNGLQASESSAEDSEQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KLRRLSKPPFQTNPSPEMVSKLDLTDAKNSDTAHIKSIEITSILNGLQASESSAEDSEQE
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB0 DERGAQDMDNNGKEESKIDHLTNNRNDLISKEEQNSSSLLEENKVHADLVISKPVSKSPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DERGAQDMDNNGKEESKIDHLTNNRNDLISKEEQNSSSLLEENKVHADLVISKPVSKSPE
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB0 RLRKDIEVLSEDTDYEEDEVTKKRKDVKKDTTDKSSKPQIKRGKRRYCNTEECLKTGSPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 RLRKDIEVLSEDTDYEEDEVTKKRKDVKKDTTDKSSKPQIKRGKRRYCNTEECLKTGSPG
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB0 KKEEKAKNKESLCMENSSNSSSDEDEEETKAKMTPTKKYNGLEEKRKSLRTTGFYSGFSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KKEEKAKNKESLCMENSSNSSSDEDEEETKAKMTPTKKYNGLEEKRKSLRTTGFYSGFSE
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB0 VAEKRIKLLNNSDERLQNSRAKDRKDVWSSIQGQWPKKTLKELFSDSDTEAAASPPHPAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VAEKRIKLLNNSDERLQNSRAKDRKDVWSSIQGQWPKKTLKELFSDSDTEAAASPPHPAP
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB0 EEGVAEESLQTVAEEESCSPSVELEKPPPVNVDSKPIEEKTVEVNDRKAEFPSSGSNSVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EEGVAEESLQTVAEEESCSPSVELEKPPPVNVDSKPIEEKTVEVNDRKAEFPSSGSNSVL
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB0 NTPPTTPESPSSVTVTEGSRQQSSVTVSEPLAPNQEEVRSIKSETDSTIEVDSVAGELQD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 NTPPTTPESPSSVTVTEGSRQQSSVTVSEPLAPNQEEVRSIKSETDSTIEVDSVAGELQD
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KB0 LQSEGNSSPAGFDASVSSSSSNQPEPEHPEKACTGQKRVKDAQGGGSSSKKQKRSHKATV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LQSEGNSSPAGFDASVSSSSSNQPEPEHPEKACTGQKRVKDAQGGGSSSKKQKRSHKATV
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KB0 VNNKKKGKGTNSSDSEELSAGESITKSQPVKSVSTGMKSHSTKSPARTQSPGKCGKNGDK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VNNKKKGKGTNSSDSEELSAGESITKSQPVKSVSTGMKSHSTKSPARTQSPGKCGKNGDK
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KB0 DPDLKEPSNRLPKVYKWSFQMSDLENMTSAERITILQEKLQEIRKHYLSLKSEVASIDRR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DPDLKEPSNRLPKVYKWSFQMSDLENMTSAERITILQEKLQEIRKHYLSLKSEVASIDRR
             1210      1220      1230      1240      1250      1260

             1270      1280      1290      1300      1310  
pF1KB0 RKRLKKKERESAATSSSSSSPSSSSITAAVMLTLAEPSMSSASQNGMSVECR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 RKRLKKKERESAATSSSSSSPSSSSITAAVMLTLAEPSMSSASQNGMSVECR
             1270      1280      1290      1300      1310  

>>CCDS31060.1 ARID4B gene_id:51742|Hs108|chr1             (1226 aa)
 initn: 4472 init1: 4472 opt: 4492  Z-score: 2447.4  bits: 465.0 E(32554): 5.4e-130
Smith-Waterman score: 7756; 93.4% identity (93.4% similar) in 1312 aa overlap (1-1312:1-1226)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB0 MKALDEPPYLTVGTDVSAKYRGAFCEAKIKTAKRLVKVKVTFRHDSSTVEVQDDHIKGPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MKALDEPPYLTVGTDVSAKYRGAFCEAKIKTAKRLVKVKVTFRHDSSTVEVQDDHIKGPL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB0 KVGAIVEVKNLDGAYQEAVINKLTDASWYTVVFDDGDEKTLRRSSLCLKGERHFAESETL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KVGAIVEVKNLDGAYQEAVINKLTDASWYTVVFDDGDEKTLRRSSLCLKGERHFAESETL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB0 DQLPLTNPEHFGTPVIGKKTNRGRRSNHIPEEESSSSSSDEDEDDRKQIDELLGKVVCVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DQLPLTNPEHFGTPVIGKKTNRGRRSNHIPEEESSSSSSDEDEDDRKQIDELLGKVVCVD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB0 YISLDKKKALWFPALVVCPDCSDEIAVKKDNILVRSFKDGKFTSVPRKDVHEITSDTAPK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 YISLDKKKALWFPALVVCPDCSDEIAVKKDNILVRSFKDGKFTSVPRKDVHEITSDTAPK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB0 PDAVLKQAFEQALEFHKSRTIPANWKTELKEDSSSSEAEEEEEEEDDEKEKEDNSSEEEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PDAVLKQAFEQALEFHKSRTIPANWKTELKEDSSSSEAEEEEEEEDDEKEKEDNSSEEEE
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB0 EIEPFPEERENFLQQLYKFMEDRGTPINKRPVLGYRNLNLFKLFRLVHKLGGFDNIESGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EIEPFPEERENFLQQLYKFMEDRGTPINKRPVLGYRNLNLFKLFRLVHKLGGFDNIESGA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB0 VWKQVYQDLGIPVLNSAAGYNVKCAYKKYLYGFEEYCRSANIEFQMALPEKVVNKQCKEC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VWKQVYQDLGIPVLNSAAGYNVKCAYKKYLYGFEEYCRSANIEFQMALPEKVVNKQCKEC
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB0 ENVKEIKVKEENETEIKEIKMEEERNIIPREEKPIEDEIERKENIKPSLGSKKNLLESIP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ENVKEIKVKEENETEIKEIKMEEERNIIPREEKPIEDEIERKENIKPSLGSKKNLLESIP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB0 THSDQEKEVNIKKPEDNENLDDKDDDTTRVDESLNIKVEAEEEKAKSGDETNKEEDEDDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::            
CCDS31 THSDQEKEVNIKKPEDNENLDDKDDDTTRVDESLNIKVEAEEEKAKSG------------
              490       500       510       520                    

              550       560       570       580       590       600
pF1KB0 EAEEEEEEEEEEEDEDDDDNNEEEEFECYPPGMKVQVRYGRGKNQKMYEASIKDSDVEGG
                                                                   
CCDS31 ------------------------------------------------------------
                                                                   

              610       620       630       640       650       660
pF1KB0 EVLYLVHYCGWNVRYDEWIKADKIVRPADKNVPKIKHRKKIKNKLDKEKDKDEKYSPKNC
                     ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 --------------YDEWIKADKIVRPADKNVPKIKHRKKIKNKLDKEKDKDEKYSPKNC
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pF1KB0 KLRRLSKPPFQTNPSPEMVSKLDLTDAKNSDTAHIKSIEITSILNGLQASESSAEDSEQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KLRRLSKPPFQTNPSPEMVSKLDLTDAKNSDTAHIKSIEITSILNGLQASESSAEDSEQE
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pF1KB0 DERGAQDMDNNGKEESKIDHLTNNRNDLISKEEQNSSSLLEENKVHADLVISKPVSKSPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DERGAQDMDNNGKEESKIDHLTNNRNDLISKEEQNSSSLLEENKVHADLVISKPVSKSPE
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pF1KB0 RLRKDIEVLSEDTDYEEDEVTKKRKDVKKDTTDKSSKPQIKRGKRRYCNTEECLKTGSPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 RLRKDIEVLSEDTDYEEDEVTKKRKDVKKDTTDKSSKPQIKRGKRRYCNTEECLKTGSPG
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KKEEKAKNKESLCMENSSNSSSDEDEEETKAKMTPTKKYNGLEEKRKSLRTTGFYSGFSE
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VAEKRIKLLNNSDERLQNSRAKDRKDVWSSIQGQWPKKTLKELFSDSDTEAAASPPHPAP
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pF1KB0 EEGVAEESLQTVAEEESCSPSVELEKPPPVNVDSKPIEEKTVEVNDRKAEFPSSGSNSVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EEGVAEESLQTVAEEESCSPSVELEKPPPVNVDSKPIEEKTVEVNDRKAEFPSSGSNSVL
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 NTPPTTPESPSSVTVTEGSRQQSSVTVSEPLAPNQEEVRSIKSETDSTIEVDSVAGELQD
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pF1KB0 LQSEGNSSPAGFDASVSSSSSNQPEPEHPEKACTGQKRVKDAQGGGSSSKKQKRSHKATV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LQSEGNSSPAGFDASVSSSSSNQPEPEHPEKACTGQKRVKDAQGGGSSSKKQKRSHKATV
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VNNKKKGKGTNSSDSEELSAGESITKSQPVKSVSTGMKSHSTKSPARTQSPGKCGKNGDK
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pF1KB0 DPDLKEPSNRLPKVYKWSFQMSDLENMTSAERITILQEKLQEIRKHYLSLKSEVASIDRR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DPDLKEPSNRLPKVYKWSFQMSDLENMTSAERITILQEKLQEIRKHYLSLKSEVASIDRR
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pF1KB0 RKRLKKKERESAATSSSSSSPSSSSITAAVMLTLAEPSMSSASQNGMSVECR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 RKRLKKKERESAATSSSSSSPSSSSITAAVMLTLAEPSMSSASQNGMSVECR
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>>CCDS9733.1 ARID4A gene_id:5926|Hs108|chr14              (1188 aa)
 initn: 1999 init1: 846 opt: 2442  Z-score: 1338.0  bits: 259.7 E(32554): 3.3e-68
Smith-Waterman score: 2828; 43.0% identity (64.9% similar) in 1343 aa overlap (1-1312:1-1188)

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pF1KB0 MKALDEPPYLTVGTDVSAKYRGAFCEAKIKTAKRLVKVKVTFRHDSSTVEVQDDHIKGPL
       ::: ::: :::::::::::::::::::::::.:::::::: ...:..:  ::::..::::
CCDS97 MKAADEPAYLTVGTDVSAKYRGAFCEAKIKTVKRLVKVKVLLKQDNTTQLVQDDQVKGPL
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pF1KB0 KVGAIVEVKNLDGAYQEAVINKLTDASWYTVVFDDGDEKTLRRSSLCLKGERHFAESETL
       .::::::... ::..:::.:.:::::::::::::::::.::::.::::::::::::::::
CCDS97 RVGAIVETRTSDGSFQEAIISKLTDASWYTVVFDDGDERTLRRTSLCLKGERHFAESETL
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pF1KB0 DQLPLTNPEHFGTPVIGKKTNRGRRSNHIP---EEESSSSSSDEDEDDRKQIDELLGKVV
       ::::::::::::::::.:::::::::. .:   .:.   :: .:::: :.  ::::::::
CCDS97 DQLPLTNPEHFGTPVIAKKTNRGRRSS-LPVTEDEKEEESSEEEDEDKRRLNDELLGKVV
              130       140        150       160       170         

       180       190       200       210       220       230       
pF1KB0 CVDYISLDKKKALWFPALVVCPDCSDEIAVKKDNILVRSFKDGKFTSVPRKDVHEITSDT
        :  .:  ..   :.::::. :.:.:.:.::::. ::::: :.:: :. :::..:.   .
CCDS97 SV--VSATERTE-WYPALVISPSCNDDITVKKDQCLVRSFIDSKFYSIARKDIKEVDILN
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       240       250       260       270         280        290    
pF1KB0 APKPDAVLKQAFEQALEFHKSRTIPANWKTELKE--DSSSSEAEE-EEEEEDDEKEKEDN
        :. .   : ....:  : :.:..: ::: ...:  .::::. :.   ::.:.::::: .
CCDS97 LPESELSTKPGLQKASIFLKTRVVPDNWKMDISEILESSSSDDEDGPAEENDEEKEKEAK
        240       250       260       270       280       290      

          300        310       320       330       340       350   
pF1KB0 SSEEEEEIEPF-PEERENFLQQLYKFMEDRGTPINKRPVLGYRNLNLFKLFRLVHKLGGF
       ..:::   : . ::::.::::::::::::::::::: :::::..::::::::::.. :: 
CCDS97 KTEEEVPEEELDPEERDNFLQQLYKFMEDRGTPINKPPVLGYKDLNLFKLFRLVYHQGGC
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           360       370       380       390       400        410  
pF1KB0 DNIESGAVWKQVYQDLGIPVLNSAAGYNVKCAYKKYLYGFEEYCRSANIEFQMALP-EKV
       :::.:::::::.:.:::::.:::::.:::: ::.:::::::::::::::.:. .   :  
CCDS97 DNIDSGAVWKQIYMDLGIPILNSAASYNVKTAYRKYLYGFEEYCRSANIQFRTVHHHEPK
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            420       430       440       450       460       470  
pF1KB0 VNKQCKECENVKEIKVKEENETEIKEIKMEEERNIIPREEKPIEDEIERKENIKPSLGSK
       :... :. :.  :  .: ..:  . :.: : :.::    :.  ..:::    .:   : .
CCDS97 VKEEKKDLEESMEEALKLDQEMPLTEVKSEPEENIDSNSESE-REEIE----LKSPRGRR
        420       430       440       450        460           470 

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pF1KB0 KNL--LESIPTHSDQEKEVNIKKPEDNENLDDKDDDTTRVDESLNIKVEAEEEKAKSGDE
       .    ..::  . ..::  .  : .:.::  : :::   .... :  . ....  :. ..
CCDS97 RIARDVNSIKKEIEEEKTEDKLKDNDTEN-KDVDDDYETAEKKENELLLGRKNTPKQKEK
             480       490       500        510       520       530

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pF1KB0 T-NKEEDEDDEEAEEEEEEEEEEEDEDDDDNNEEEEFECYPP---GMKVQVRYGRGKNQK
         .:.:: : .  ::::. .:.:: :.  :.. ::. : . :   : ::.:.:::::.::
CCDS97 KIKKQEDSDKDSDEEEEKSQEREETESKCDSEGEEDEEDMEPCLTGTKVKVKYGRGKTQK
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pF1KB0 MYEASIKDSDVEGGEVLYLVHYCGWNVRYDEWIKADKIVRPADKNVPKIKHRKKIKNKLD
       .::::::..... ::::::::: :::::::::.:::.:. : ::. :: :..:: ::: :
CCDS97 IYEASIKSTEIDDGEVLYLVHYYGWNVRYDEWVKADRIIWPLDKGGPKKKQKKKAKNKED
              600       610       620       630       640       650

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pF1KB0 KEKDKDEKYSPKNCKLRRLSKPPFQTNPSPEMVSKLDLTDAKNSDTAHIKSIEITSILNG
       .:::  :: . .  : .: ..::.... : .:     :. . ::.               
CCDS97 SEKD--EKRDEERQKSKR-GRPPLKSTLSSNM--PYGLSKTANSEGK-------------
                660        670         680       690               

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pF1KB0 LQASESSAEDSEQEDERGAQDMDNNGKEESKIDHLTNNRNDLISKEEQNSSSLLEENKVH
          :.: . ::: ::   : . .  ..: :  :.: .:.:        :...: :::   
CCDS97 ---SDSCSSDSETED---ALEKNLINEELSLKDELEKNEN-------LNDDKLDEENPK-
               700          710       720              730         

        770       780        790       800             810         
pF1KB0 ADLVISKPVSKSPERLR-KDIEVLSEDTDYEEDEVT------KKRKDVKKDTTDKSSKPQ
           ::  . :  .: . . .:.:. ..  .:. :       .: ..:::.. .:: : .
CCDS97 ----ISAHILKENDRTQMQPLETLKLEVGENEQIVQIFGNKMEKTEEVKKEA-EKSPKGK
          740       750       760       770       780        790   

     820       830       840             850       860       870   
pF1KB0 IKRGKRRYCNTEECLKTGSPGKKEE------KAKNKESLCMENSSNSSSDEDEEETKAKM
        .:.: .  . :  .: .: :..:       .:.. :   ..:.. ::. ::: .  .: 
CCDS97 GRRSKTKDLSLE-IIKISSFGQNEAGSEPHIEAHSLELSSLDNKNFSSATEDEIDQCVKE
           800        810       820       830       840       850  

            880       890       900       910         920       930
pF1KB0 TPTK-KYNGLEEKRKSLRTTGFYSGFSEVAEKRIKLLNNSD--ERLQNSRAKDRKDVWSS
          : :  :    .:..:  . .   . :...: .   .:.  . :.  .  .:..    
CCDS97 KKLKRKILGQSSPEKKIRIENGMEMTNTVSQERTSDCIGSEGMKNLNFEQHFERENEGMP
            860       870       880       890       900       910  

              940        950       960       970       980         
pF1KB0 IQGQWPKKTLKELFSDS-DTEAAASPPHPAPEEGVAEESLQTVAEEESCSPSVELEKPPP
             .. ...: :.  :. :  .   :  :.   :...  .. :      :.:.    
CCDS97 SLIAESNQCIQQLTSERFDSPAEETVNIPLKED---EDAMPLIGPETLVCHEVDLD----
            920       930       940          950       960         

     990      1000      1010      1020      1030      1040         
pF1KB0 VNVDSKPIEEKTVEVNDRKAEFPSSGSNSVLNTPPTTPESPSSVTVTEGSRQQSSVTVSE
        ..: :   .::  ..:  .:  :: :::... ::. :  :           : . .:. 
CCDS97 -DLDEK---DKT-SIEDVAVE--SSESNSLVSIPPALP--PVV---------QHNFSVAS
          970           980         990                 1000       

    1050      1060      1070      1080      1090      1100         
pF1KB0 PLAPNQEEVRSIKSETDSTIEVDSVAGELQDLQSEGNSSPAGFDASVSSSSSNQPEPEHP
       ::. .:.: ::.:::.: ::::::.: : :.   : .:.  ::...:.:.. .    :. 
CCDS97 PLTLSQDESRSVKSESDITIEVDSIAEESQEGLCERESA-NGFETNVASGTCSIIVQER-
      1010      1020      1030      1040       1050      1060      

    1110      1120      1130      1140      1150      1160         
pF1KB0 EKACTGQKRVKDAQGGGSSSKKQKRSHKATVVNNKKKGKGTNSSDSEELSAGESITKSQP
       :.   :::: .:...:   .:::::.                                  
CCDS97 ESREKGQKRPSDGNSG-LMAKKQKRT----------------------------------
        1070      1080       1090                                  

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pF1KB0 VKSVSTGMKSHSTKSPARTQSPGKCGKNGDKDPDLKEPSNRLPKVYKWSFQMSDLENMTS
                      : ::.. .:  :::                       ..:.::.:
CCDS97 ---------------PKRTSAAAKNEKNGT----------------------DELDNMNS
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pF1KB0 AERITILQEKLQEIRKHYLSLKSEVASIDRRRKRLKKKERESAATSSSSSSPSSSSITAA
       .:::..::::::::::.:.:::::::.:::::::::::.:: . ...: :: ::.     
CCDS97 TERISFLQEKLQEIRKYYMSLKSEVATIDRRRKRLKKKDREVSHAGASMSSASSD-----
          1120      1130      1140      1150      1160             

    1290      1300      1310  
pF1KB0 VMLTLAEPSMSSASQNGMSVECR
          :   :: ::  :: ..::::
CCDS97 ---TGMSPSSSSPPQNVLAVECR
        1170      1180        

>>CCDS45114.1 ARID4A gene_id:5926|Hs108|chr14             (1203 aa)
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       ::: ::: :::::::::::::::::::::::.:::::::: ...:..:  ::::..::::
CCDS45 MKAADEPAYLTVGTDVSAKYRGAFCEAKIKTVKRLVKVKVLLKQDNTTQLVQDDQVKGPL
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       .::::::... ::..:::.:.:::::::::::::::::.::::.::::::::::::::::
CCDS45 RVGAIVETRTSDGSFQEAIISKLTDASWYTVVFDDGDERTLRRTSLCLKGERHFAESETL
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       ::::::::::::::::.:::::::::. .:   .:.   :: .:::: :.  ::::::::
CCDS45 DQLPLTNPEHFGTPVIAKKTNRGRRSS-LPVTEDEKEEESSEEEDEDKRRLNDELLGKVV
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pF1KB0 CVDYISLDKKKALWFPALVVCPDCSDEIAVKKDNILVRSFKDGKFTSVPRKDVHEITSDT
        :  .:  ..   :.::::. :.:.:.:.::::. ::::: :.:: :. :::..:.   .
CCDS45 SV--VSATERTE-WYPALVISPSCNDDITVKKDQCLVRSFIDSKFYSIARKDIKEVDILN
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pF1KB0 APKPDAVLKQAFEQALEFHKSRTIPANWKTELKE--DSSSSEAEE-EEEEEDDEKEKEDN
        :. .   : ....:  : :.:..: ::: ...:  .::::. :.   ::.:.::::: .
CCDS45 LPESELSTKPGLQKASIFLKTRVVPDNWKMDISEILESSSSDDEDGPAEENDEEKEKEAK
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pF1KB0 SSEEEEEIEPF-PEERENFLQQLYKFMEDRGTPINKRPVLGYRNLNLFKLFRLVHKLGGF
       ..:::   : . ::::.::::::::::::::::::: :::::..::::::::::.. :: 
CCDS45 KTEEEVPEEELDPEERDNFLQQLYKFMEDRGTPINKPPVLGYKDLNLFKLFRLVYHQGGC
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pF1KB0 DNIESGAVWKQVYQDLGIPVLNSAAGYNVKCAYKKYLYGFEEYCRSANIEFQMALP-EKV
       :::.:::::::.:.:::::.:::::.:::: ::.:::::::::::::::.:. .   :  
CCDS45 DNIDSGAVWKQIYMDLGIPILNSAASYNVKTAYRKYLYGFEEYCRSANIQFRTVHHHEPK
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pF1KB0 VNKQCKECENVKEIKVKEENETEIKEIKMEEERNIIPREEKPIEDEIERKENIKPSLGSK
       :... :. :.  :  .: ..:  . :.: : :.::    :.  ..:::    .:   : .
CCDS45 VKEEKKDLEESMEEALKLDQEMPLTEVKSEPEENIDSNSESE-REEIE----LKSPRGRR
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pF1KB0 KNL--LESIPTHSDQEKEVNIKKPEDNENLDDKDDDTTRVDESLNIKVEAEEEKAKSGDE
       .    ..::  . ..::  .  : .:.::  : :::   .... :  . ....  :. ..
CCDS45 RIARDVNSIKKEIEEEKTEDKLKDNDTEN-KDVDDDYETAEKKENELLLGRKNTPKQKEK
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pF1KB0 T-NKEEDEDDEEAEEEEEEEEEEEDEDDDDNNEEEEFECYPP---GMKVQVRYGRGKNQK
         .:.:: : .  ::::. .:.:: :.  :.. ::. : . :   : ::.:.:::::.::
CCDS45 KIKKQEDSDKDSDEEEEKSQEREETESKCDSEGEEDEEDMEPCLTGTKVKVKYGRGKTQK
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pF1KB0 MYEASIKDSDVEGGEVLYLVHYCGWNVRYDEWIKADKIVRPADKNVPKIKHRKKIKNKLD
       .::::::..... ::::::::: :::::::::.:::.:. : ::. :: :..:: ::: :
CCDS45 IYEASIKSTEIDDGEVLYLVHYYGWNVRYDEWVKADRIIWPLDKGGPKKKQKKKAKNKED
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pF1KB0 KEKDKDEKYSPKNCKLRRLSKPPFQTNPSPEMVSKLDLTDAKNSDTAHIKSIEITSILNG
       .:::  :: . .  : .: ..::.... : .:     :. . ::.               
CCDS45 SEKD--EKRDEERQKSKR-GRPPLKSTLSSNM--PYGLSKTANSEGK-------------
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pF1KB0 LQASESSAEDSEQEDERGAQDMDNNGKEESKIDHLTNNRNDLISKEEQNSSSLLEENKVH
          :.: . ::: ::   : . .  ..: :  :.: .:.:        :...: :::   
CCDS45 ---SDSCSSDSETED---ALEKNLINEELSLKDELEKNEN-------LNDDKLDEENPK-
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pF1KB0 ADLVISKPVSKSPERLR-KDIEVLSEDTDYEEDEVT------KKRKDVKKDTTDKSSKPQ
           ::  . :  .: . . .:.:. ..  .:. :       .: ..:::.. .:: : .
CCDS45 ----ISAHILKENDRTQMQPLETLKLEVGENEQIVQIFGNKMEKTEEVKKEA-EKSPKGK
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pF1KB0 IKRGKRRYCNTEECLKTGSPGKKEE------KAKNKESLCMENSSNSSSDEDEEETKAKM
        .:.: .  . :  .: .: :..:       .:.. :   ..:.. ::. ::: .  .: 
CCDS45 GRRSKTKDLSLE-IIKISSFGQNEAGSEPHIEAHSLELSSLDNKNFSSATEDEIDQCVKE
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pF1KB0 TPTK-KYNGLEEKRKSLRTTGFYSGFSEVAEKRIKLLNNSD--ERLQNSRAKDRKDVWSS
          : :  :    .:..:  . .   . :...: .   .:.  . :.  .  .:..    
CCDS45 KKLKRKILGQSSPEKKIRIENGMEMTNTVSQERTSDCIGSEGMKNLNFEQHFERENEGMP
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pF1KB0 IQGQWPKKTLKELFSDS-DTEAAASPPHPAPEEGVAEESLQTVAEEESCSPSVELEKPPP
             .. ...: :.  :. :  .   :  :.   :...  .. :      :.:.    
CCDS45 SLIAESNQCIQQLTSERFDSPAEETVNIPLKED---EDAMPLIGPETLVCHEVDLD----
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pF1KB0 VNVDSKPIEEKTVEVNDRKAEFPSSGSNSVLNTPPTTPESPSSVTVTEGSRQQSSVTVSE
        ..: :   .::  ..:  .:  :: :::... ::. :  :           : . .:. 
CCDS45 -DLDEK---DKT-SIEDVAVE--SSESNSLVSIPPALP--PVV---------QHNFSVAS
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pF1KB0 PLAPNQEEVRSIKSETDSTIEVDSVAGELQDLQSEGNSSPAGFDASVSSSSSNQPEPEHP
       ::. .:.: ::.:::.: ::::::.: : :.   : .:.  ::...:.:.. .    :. 
CCDS45 PLTLSQDESRSVKSESDITIEVDSIAEESQEGLCERESA-NGFETNVASGTCSIIVQER-
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pF1KB0 EKACTGQKRVKDAQGGGSSSKKQKRSHKAT--VVNNKKKGKGTNSSDSEELSAGESITKS
       :.   :::: .:...:   .:::::. : :  ...:.:.: : .:::::.:         
CCDS45 ESREKGQKRPSDGNSG-LMAKKQKRTPKRTSAAAKNEKNGTG-QSSDSEDL---------
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pF1KB0 QPVKSVSTGMKSHSTKSPARTQSPGKCGKNGDKDPDLKEPSNRLPKVYKWSFQMSDLENM
        :: . :                                               ..:.::
CCDS45 -PVLDNS-----------------------------------------------NELDNM
          1120                                                     

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pF1KB0 TSAERITILQEKLQEIRKHYLSLKSEVASIDRRRKRLKKKERESAATSSSSSSPSSSSIT
       .:.:::..::::::::::.:.:::::::.:::::::::::.:: . ...: :: ::.   
CCDS45 NSTERISFLQEKLQEIRKYYMSLKSEVATIDRRRKRLKKKDREVSHAGASMSSASSD---
       1130      1140      1150      1160      1170      1180      

      1290      1300      1310  
pF1KB0 AAVMLTLAEPSMSSASQNGMSVECR
            :   :: ::  :: ..::::
CCDS45 -----TGMSPSSSSPPQNVLAVECR
               1190      1200   

>>CCDS9732.1 ARID4A gene_id:5926|Hs108|chr14              (1257 aa)
 initn: 2206 init1: 846 opt: 2407  Z-score: 1318.7  bits: 256.2 E(32554): 3.9e-67
Smith-Waterman score: 3119; 45.0% identity (68.5% similar) in 1345 aa overlap (1-1312:1-1257)

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pF1KB0 MKALDEPPYLTVGTDVSAKYRGAFCEAKIKTAKRLVKVKVTFRHDSSTVEVQDDHIKGPL
       ::: ::: :::::::::::::::::::::::.:::::::: ...:..:  ::::..::::
CCDS97 MKAADEPAYLTVGTDVSAKYRGAFCEAKIKTVKRLVKVKVLLKQDNTTQLVQDDQVKGPL
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pF1KB0 KVGAIVEVKNLDGAYQEAVINKLTDASWYTVVFDDGDEKTLRRSSLCLKGERHFAESETL
       .::::::... ::..:::.:.:::::::::::::::::.::::.::::::::::::::::
CCDS97 RVGAIVETRTSDGSFQEAIISKLTDASWYTVVFDDGDERTLRRTSLCLKGERHFAESETL
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       ::::::::::::::::.:::::::::. .:   .:.   :: .:::: :.  ::::::::
CCDS97 DQLPLTNPEHFGTPVIAKKTNRGRRSS-LPVTEDEKEEESSEEEDEDKRRLNDELLGKVV
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pF1KB0 CVDYISLDKKKALWFPALVVCPDCSDEIAVKKDNILVRSFKDGKFTSVPRKDVHEITSDT
        :  .:  ..   :.::::. :.:.:.:.::::. ::::: :.:: :. :::..:.   .
CCDS97 SV--VSATERTE-WYPALVISPSCNDDITVKKDQCLVRSFIDSKFYSIARKDIKEVDILN
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pF1KB0 APKPDAVLKQAFEQALEFHKSRTIPANWKTELKE--DSSSSEAEE-EEEEEDDEKEKEDN
        :. .   : ....:  : :.:..: ::: ...:  .::::. :.   ::.:.::::: .
CCDS97 LPESELSTKPGLQKASIFLKTRVVPDNWKMDISEILESSSSDDEDGPAEENDEEKEKEAK
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pF1KB0 SSEEEEEIEPF-PEERENFLQQLYKFMEDRGTPINKRPVLGYRNLNLFKLFRLVHKLGGF
       ..:::   : . ::::.::::::::::::::::::: :::::..::::::::::.. :: 
CCDS97 KTEEEVPEEELDPEERDNFLQQLYKFMEDRGTPINKPPVLGYKDLNLFKLFRLVYHQGGC
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pF1KB0 DNIESGAVWKQVYQDLGIPVLNSAAGYNVKCAYKKYLYGFEEYCRSANIEFQMALP-EKV
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CCDS97 DNIDSGAVWKQIYMDLGIPILNSAASYNVKTAYRKYLYGFEEYCRSANIQFRTVHHHEPK
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pF1KB0 VNKQCKECENVKEIKVKEENETEIKEIKMEEERNIIPREEKPIEDEIERKENIKPSLGSK
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CCDS97 VKEEKKDLEESMEEALKLDQEMPLTEVKSEPEENIDSNSESE-REEIE----LKSPRGRR
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       .    ..::  . ..::  .  : .:.::  : :::   .... :  . ....  :. ..
CCDS97 RIARDVNSIKKEIEEEKTEDKLKDNDTEN-KDVDDDYETAEKKENELLLGRKNTPKQKEK
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CCDS97 KIKKQEDSDKDSDEEEEKSQEREETESKCDSEGEEDEEDMEPCLTGTKVKVKYGRGKTQK
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CCDS97 IYEASIKSTEIDDGEVLYLVHYYGWNVRYDEWVKADRIIWPLDKGGPKKKQKKKAKNKED
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       .:::  :: . .  : .: ..::.... : .:     :. . ::.               
CCDS97 SEKD--EKRDEERQKSKR-GRPPLKSTLSSNM--PYGLSKTANSEGK-------------
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          :.: . ::: ::   : . .  ..: :  :.: .:.:        :...: :::   
CCDS97 ---SDSCSSDSETED---ALEKNLINEELSLKDELEKNEN-------LNDDKLDEENPK-
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           ::  . :  .: . . .:.:. ..  .:. :       .: ..:::.. .:: : .
CCDS97 ----ISAHILKENDRTQMQPLETLKLEVGENEQIVQIFGNKMEKTEEVKKEA-EKSPKGK
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        .:.: .  . :  .: .: :..:       .:.. :   ..:.. ::. ::: .  .: 
CCDS97 GRRSKTKDLSLE-IIKISSFGQNEAGSEPHIEAHSLELSSLDNKNFSSATEDEIDQCVKE
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          : :  :    .:..:  . .   . :...: .   .:.  . :.  .  .:..    
CCDS97 KKLKRKILGQSSPEKKIRIENGMEMTNTVSQERTSDCIGSEGMKNLNFEQHFERENEGMP
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CCDS97 SLIAESNQCIQQLTSERFDSPAEETVNIPLKED---EDAMPLIGPETLVCHEVDLD----
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CCDS97 -DLDEK---DKT-SIEDVAVE--SSESNSLVSIPPALP--PVV---------QHNFSVAS
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CCDS97 PLTLSQDESRSVKSESDITIEVDSIAEESQEGLCERESA-NGFETNVASGTCSIIVQER-
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CCDS97 ESREKGQKRPSDGNSG-LMAKKQKRTPKRTSAAAKNEKNGTG-QSSDSEDLPVLDNSSKC
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CCDS97 TPVKHLNVSKPQKLARSPARI-SPHI--KDGEKDKHREKHPNSSPRTYKWSFQLNELDNM
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CCDS97 NSTERISFLQEKLQEIRKYYMSLKSEVATIDRRRKRLKKKDREVSHAGASMSSASSD---
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CCDS97 -----TGMSPSSSSPPQNVLAVECR
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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