Result of FASTA (omim) for
pF1KB0013
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0013, 2157 aa
1>>>pF1KB0013 2157 - 2157 aa - 2157 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.1376+/-0.000507; mu= 0.1522+/- 0.032
mean_var=370.7921+/-76.505, 0's: 0 Z-trim(119.0): 570 B-trim: 0 in 0/56
Lambda= 0.066605
statistics sampled from 32031 (32611) to 32031 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.691), E-opt: 0.2 (0.382), width: 16
Scan time: 23.650
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004136 (OMIM: 602129,609753) unconventional myo (2157) 14164 1377.2 0
NP_001123537 (OMIM: 602129,609753) unconventional (2022) 13175 1282.1 0
XP_016877719 (OMIM: 604875) PREDICTED: unconventio (2547) 3166 320.4 1.6e-85
XP_011519922 (OMIM: 604875) PREDICTED: unconventio (2618) 3166 320.4 1.7e-85
XP_016877717 (OMIM: 604875) PREDICTED: unconventio (2619) 3166 320.4 1.7e-85
XP_011519921 (OMIM: 604875) PREDICTED: unconventio (2619) 3166 320.4 1.7e-85
XP_011519923 (OMIM: 604875) PREDICTED: unconventio (2598) 2499 256.3 3.3e-66
NP_008832 (OMIM: 604875) unconventional myosin-IXa (2548) 1632 173.0 3.9e-41
XP_016877718 (OMIM: 604875) PREDICTED: unconventio (2566) 1632 173.0 3.9e-41
XP_011519924 (OMIM: 604875) PREDICTED: unconventio (2566) 1632 173.0 3.9e-41
XP_006720602 (OMIM: 604875) PREDICTED: unconventio (2619) 1632 173.0 3.9e-41
XP_011519920 (OMIM: 604875) PREDICTED: unconventio (2620) 1632 173.0 3.9e-41
XP_011519919 (OMIM: 604875) PREDICTED: unconventio (2637) 1632 173.0 4e-41
XP_011519915 (OMIM: 604875) PREDICTED: unconventio (2638) 1632 173.0 4e-41
XP_011519916 (OMIM: 604875) PREDICTED: unconventio (2638) 1632 173.0 4e-41
XP_011519917 (OMIM: 604875) PREDICTED: unconventio (2638) 1632 173.0 4e-41
XP_011519918 (OMIM: 604875) PREDICTED: unconventio (2638) 1632 173.0 4e-41
XP_016880204 (OMIM: 600316,602666) PREDICTED: unco (3531) 1499 160.4 3.5e-37
NP_057323 (OMIM: 600316,602666) unconventional myo (3530) 1495 160.0 4.5e-37
NP_001073996 (OMIM: 606541) unconventional myosin- (2116) 1464 156.8 2.4e-36
XP_006712602 (OMIM: 606541) PREDICTED: unconventio (2142) 1464 156.8 2.5e-36
XP_011509520 (OMIM: 606541) PREDICTED: unconventio (2145) 1464 156.8 2.5e-36
XP_016859658 (OMIM: 606541) PREDICTED: unconventio (2164) 1464 156.8 2.5e-36
NP_001120651 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) u (1178) 1450 155.2 4e-36
XP_016873276 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (1451) 1450 155.3 4.7e-36
XP_016873275 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2154) 1450 155.5 6.3e-36
NP_001120652 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) u (2175) 1450 155.5 6.3e-36
XP_016873273 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2206) 1450 155.5 6.4e-36
XP_016873277 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2207) 1450 155.5 6.4e-36
NP_000251 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) unco (2215) 1450 155.5 6.4e-36
XP_016873272 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2219) 1450 155.5 6.4e-36
XP_016873271 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2220) 1450 155.5 6.4e-36
XP_016873270 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2226) 1450 155.5 6.4e-36
XP_011543346 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2228) 1450 155.5 6.4e-36
XP_016873269 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2245) 1450 155.5 6.5e-36
XP_016873268 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2255) 1450 155.5 6.5e-36
XP_016873267 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2256) 1450 155.5 6.5e-36
XP_011543348 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2258) 1450 155.5 6.5e-36
XP_011543352 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2140) 1387 149.4 4.1e-34
NP_001077084 (OMIM: 610040) myosin-IIIb isoform 1 (1314) 1368 147.4 1e-33
XP_011508957 (OMIM: 610040) PREDICTED: myosin-IIIb (1323) 1368 147.4 1e-33
NP_620482 (OMIM: 610040) myosin-IIIb isoform 2 [Ho (1341) 1368 147.4 1e-33
XP_006712362 (OMIM: 610040) PREDICTED: myosin-IIIb (1350) 1368 147.4 1e-33
XP_011508956 (OMIM: 610040) PREDICTED: myosin-IIIb (1386) 1368 147.4 1.1e-33
XP_011508959 (OMIM: 610040) PREDICTED: myosin-IIIb (1050) 1361 146.7 1.4e-33
XP_011508960 (OMIM: 610040) PREDICTED: myosin-IIIb (1050) 1361 146.7 1.4e-33
XP_011508958 (OMIM: 610040) PREDICTED: myosin-IIIb (1155) 1361 146.7 1.5e-33
NP_001073936 (OMIM: 251850,606540) unconventional (1848) 1335 144.4 1.2e-32
XP_011517813 (OMIM: 606808,607101) PREDICTED: myos (1009) 1327 143.4 1.3e-32
XP_011517812 (OMIM: 606808,607101) PREDICTED: myos (1135) 1327 143.4 1.4e-32
>>NP_004136 (OMIM: 602129,609753) unconventional myosin- (2157 aa)
initn: 14164 init1: 14164 opt: 14164 Z-score: 7368.7 bits: 1377.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 14164; 100.0% identity (100.0% similar) in 2157 aa overlap (1-2157:1-2157)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MSVKEAGSSGRREQAAYHLHIYPQLSTTESQASCRVTATKDSTTSDVIKDAIASLRLDGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MSVKEAGSSGRREQAAYHLHIYPQLSTTESQASCRVTATKDSTTSDVIKDAIASLRLDGT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 KCYVLVEVKESGGEEWVLDANDSPVHRVLLWPRRAQDEHPQEDGYYFLLQERNADGTIKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KCYVLVEVKESGGEEWVLDANDSPVHRVLLWPRRAQDEHPQEDGYYFLLQERNADGTIKY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 VHMQLVAQATATRRLVERGLLPRQQADFDDLCNLPELTEGNLLKNLKHRFLQQKIYTYAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 VHMQLVAQATATRRLVERGLLPRQQADFDDLCNLPELTEGNLLKNLKHRFLQQKIYTYAG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 SILVAINPFKFLPIYNPKYVKMYENQQLGKLEPHVFALADVAYYTMLRKRVNQCIVISGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SILVAINPFKFLPIYNPKYVKMYENQQLGKLEPHVFALADVAYYTMLRKRVNQCIVISGE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 SGSGKTQSTNFLIHCLTALSQKGYASGVERTILGAGPVLEAFGNAKTAHNNNSSRFGKFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SGSGKTQSTNFLIHCLTALSQKGYASGVERTILGAGPVLEAFGNAKTAHNNNSSRFGKFI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 QVSYLESGIVRGAVVEKYLLEKSRLVSQEKDERNYHVFYYLLLGVSEEERQEFQLKQPED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 QVSYLESGIVRGAVVEKYLLEKSRLVSQEKDERNYHVFYYLLLGVSEEERQEFQLKQPED
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 YFYLNQHNLKIEDGEDLKHDFERLKQAMEMVGFLPATKKQIFAVLSAILYLGNVTYKKRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 YFYLNQHNLKIEDGEDLKHDFERLKQAMEMVGFLPATKKQIFAVLSAILYLGNVTYKKRA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 TGREEGLEVGPPEVLDTLSQLLKVKREILVEVLTKRKTVTVNDKLILPYSLSEAITARDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TGREEGLEVGPPEVLDTLSQLLKVKREILVEVLTKRKTVTVNDKLILPYSLSEAITARDS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB0 MAKSLYSALFDWIVLRINHALLNKKDVEEAVSCLSIGVLDIFGFEDFERNSFEQFCINYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MAKSLYSALFDWIVLRINHALLNKKDVEEAVSCLSIGVLDIFGFEDFERNSFEQFCINYA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB0 NEQLQYYFNQHIFKLEQEEYQGEGITWHNIGYTDNVGCIHLISKKPTGLFYLLDEESNFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 NEQLQYYFNQHIFKLEQEEYQGEGITWHNIGYTDNVGCIHLISKKPTGLFYLLDEESNFP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB0 HATSQTLLAKFKQQHEDNKYFLGTPVMEPAFIIQHFAGKVKYQIKDFREKNMDYMRPDIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 HATSQTLLAKFKQQHEDNKYFLGTPVMEPAFIIQHFAGKVKYQIKDFREKNMDYMRPDIV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB0 ALLRGSDSSYVRELIGMDPVAVFRWAVLRAAIRAMAVLREAGRLRAERAEKAAGMSSPGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 ALLRGSDSSYVRELIGMDPVAVFRWAVLRAAIRAMAVLREAGRLRAERAEKAAGMSSPGA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB0 QSHPEELPRGASTPSEKLYRDLHNQMIKSIKGLPWQGEDPRSLLQSLSRLQKPRAFILKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 QSHPEELPRGASTPSEKLYRDLHNQMIKSIKGLPWQGEDPRSLLQSLSRLQKPRAFILKS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KGIKQKQIIPKNLLDSKSLKLIISMTLHDRTTKSLLHLHKKKKPPSISAQFQTSLNKLLE
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850 860 870 880 890 900
pF1KB0 ALGKAEPFFIRCIRSNAEKKELCFDDELVLQQLRYTGMLETVRIRRSGYSAKYTFQDFTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 ALGKAEPFFIRCIRSNAEKKELCFDDELVLQQLRYTGMLETVRIRRSGYSAKYTFQDFTE
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910 920 930 940 950 960
pF1KB0 QFQVLLPKDAQPCREVISTLLEKMKIDKRNYQIGKTKVFLKETERQALQETLHREVVRKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 QFQVLLPKDAQPCREVISTLLEKMKIDKRNYQIGKTKVFLKETERQALQETLHREVVRKI
910 920 930 940 950 960
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pF1KB0 LLLQSWFRMVLERRHFLQMKRAAVTIQACWRSYRVRRALERTQAAVYLQASWRGYWQRKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LLLQSWFRMVLERRHFLQMKRAAVTIQACWRSYRVRRALERTQAAVYLQASWRGYWQRKL
970 980 990 1000 1010 1020
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pF1KB0 YRHQKQSIIRLQSLCRGHLQRKSFSQMISEKQKAEEKEREALEAARAGAEEGGQGQAAGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 YRHQKQSIIRLQSLCRGHLQRKSFSQMISEKQKAEEKEREALEAARAGAEEGGQGQAAGG
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pF1KB0 QQVAEQGPEPAEDGGHLASEPEVQPSDRSPLEHSSPEKEAPSPEKTLPPQKTVAAESHEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 QQVAEQGPEPAEDGGHLASEPEVQPSDRSPLEHSSPEKEAPSPEKTLPPQKTVAAESHEK
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pF1KB0 VPSSREKRESRRQRGLEHVKFQNKHIQSCKEESALREPSRRVTQEQGVSLLEDKKESRED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 VPSSREKRESRRQRGLEHVKFQNKHIQSCKEESALREPSRRVTQEQGVSLLEDKKESRED
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pF1KB0 ETLLVVETEAENTSQKQPTEQPQAMAVGKVSEETEKTLPSGSPRPGQLERPTSLALDSRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 ETLLVVETEAENTSQKQPTEQPQAMAVGKVSEETEKTLPSGSPRPGQLERPTSLALDSRV
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pF1KB0 SPPAPGSAPETPEDKSKPCGSPRVQEKPDSPGGSTQIQRYLDAERLASAVELWRGKKLVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SPPAPGSAPETPEDKSKPCGSPRVQEKPDSPGGSTQIQRYLDAERLASAVELWRGKKLVA
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KB0 AASPSAMLSQSLDLSDRHRATGAALTPTEERRTSFSTSDVSKLLPSLAKAQPAAETTDGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AASPSAMLSQSLDLSDRHRATGAALTPTEERRTSFSTSDVSKLLPSLAKAQPAAETTDGE
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pF1KB0 RSAKKPAVQKKKPGDASSLPDAGLSPGSQVDSKSTFKRLFLHKTKDKKYSLEGAEELENA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RSAKKPAVQKKKPGDASSLPDAGLSPGSQVDSKSTFKRLFLHKTKDKKYSLEGAEELENA
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1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KB0 VSGHVVLEATTMKKGLEAPSGQQHRHAAGEKRTKEPGGKGKKNRNVKIGKITVSEKWRES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 VSGHVVLEATTMKKGLEAPSGQQHRHAAGEKRTKEPGGKGKKNRNVKIGKITVSEKWRES
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KB0 VFRQITNANELKYLDEFLLNKINDLRSQKTPIESLFIEATEKFRSNIKTMYSVPNGKIHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 VFRQITNANELKYLDEFLLNKINDLRSQKTPIESLFIEATEKFRSNIKTMYSVPNGKIHV
1510 1520 1530 1540 1550 1560
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pF1KB0 GYKDLMENYQIVVSNLATERGQKDTNLVLNLFQSLLDEFTRGYTKNDFEPVKQSKAQKKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GYKDLMENYQIVVSNLATERGQKDTNLVLNLFQSLLDEFTRGYTKNDFEPVKQSKAQKKK
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KB0 RKQERAVQEHNGHVFASYQVSIPQSCEQCLSYIWLMDKALLCSVCKMTCHKKCVHKIQSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RKQERAVQEHNGHVFASYQVSIPQSCEQCLSYIWLMDKALLCSVCKMTCHKKCVHKIQSH
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KB0 CSYTYGRKGEPGVEPGHFGVCVDSLTSDKASVPIVLEKLLEHVEMHGLYTEGLYRKSGAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 CSYTYGRKGEPGVEPGHFGVCVDSLTSDKASVPIVLEKLLEHVEMHGLYTEGLYRKSGAA
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KB0 NRTRELRQALQTDPAAVKLENFPIHAITGVLKQWLRELPEPLMTFAQYGDFLRAVELPEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 NRTRELRQALQTDPAAVKLENFPIHAITGVLKQWLRELPEPLMTFAQYGDFLRAVELPEK
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pF1KB0 QEQLAAIYAVLEHLPEANHNSLERLIFHLVKVALLEDVNRMSPGALAIIFAPCLLRCPDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 QEQLAAIYAVLEHLPEANHNSLERLIFHLVKVALLEDVNRMSPGALAIIFAPCLLRCPDN
1810 1820 1830 1840 1850 1860
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pF1KB0 SDPLTSMKDVLKITTCVEMLIKEQMRKYKVKMEEISQLEAAESIAFRRLSLLRQNAPWPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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NP_001 KLGFSSPYEGVLNKSPKTRDIQEEELEVLLEEEAAGGDEDREKEILIERIQSIKEEKEDI
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.::::..::::::::::::::::::.:.::::::::..:.:::::..::... :::::::
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:.: :::: . .: ::::.::::::. ::::::::: :..:::..:::::.:::. :::
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. : :...... :::: .:.::.::.:.: :.:. ::::::..::::::.:.::.:.:
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.:::::::::::::::.::::::::.::.:. .. :::::::::::::.: :::::::::
XP_016 NSMAKSLYSALFDWIVFRINHALLNSKDLEHNTKTLSIGVLDIFGFEDYENNSFEQFCIN
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.:::.::.::::::::::::::. :::.:::: : ::. ::.:::::::::..:::::::
XP_016 FANERLQHYFNQHIFKLEQEEYRTEGISWHNIDYIDNTCCINLISKKPTGLLHLLDEESN
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::.::.:::: :::.:::::.:. ::::::::.:.:::::: .::::::: :.::::
XP_016 FPQATNQTLLDKFKHQHEDNSYIEFPAVMEPAFIIKHYAGKVKYGVKDFREKNTDHMRPD
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pF1KB0 IVALLRGSDSSYVRELIGMDPVAVFRWAVLRAAIRAMAVLREAGRLRAERA---EKAA--
::::::.: .... .::.:::::::::.::: .:::...::::. .: . .:
XP_016 IVALLRSSKNAFISGMIGIDPVAVFRWAILRAFFRAMVAFREAGKRNIHRKTGHDDTAPC
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pF1KB0 ----GMSSPGAQSHP------EELPR-----------GASTPSEKL--YRDLHNQMIKSI
.:.: . .:: : : : . :: : . :... ..
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. :.:. . :::. : . :.. .... ..:..:.: .::.
XP_016 FDIAWNGRTGIRQSRLSSGTSLLDKDGIFANSTSSKLLERAHGILTRNKNFKSKPALPKH
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:: .::::::: :.::::::::::.: .... .::.:::::::::.::: .:::...::
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