Result of FASTA (omim) for
pF1KA2022
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA2022, 1516 aa
1>>>pF1KA2022 1516 - 1516 aa - 1516 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7474+/-0.000437; mu= 11.7535+/- 0.027
mean_var=114.1947+/-23.091, 0's: 0 Z-trim(114.0): 30 B-trim: 719 in 1/57
Lambda= 0.120019
statistics sampled from 23519 (23545) to 23519 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.617), E-opt: 0.2 (0.276), width: 16
Scan time: 14.210
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001008537 (OMIM: 300524,300912) protein KIAA202 (1516) 10085 1758.2 0
XP_016866644 (OMIM: 602776) PREDICTED: DNA polymer (2254) 381 78.0 9.8e-13
XP_011534338 (OMIM: 602776) PREDICTED: DNA polymer (2328) 381 78.0 1e-12
NP_001273360 (OMIM: 602776) DNA polymerase zeta ca (3052) 381 78.0 1.3e-12
NP_001273361 (OMIM: 602776) DNA polymerase zeta ca (3052) 381 78.0 1.3e-12
XP_016866643 (OMIM: 602776) PREDICTED: DNA polymer (3078) 381 78.0 1.3e-12
XP_016866642 (OMIM: 602776) PREDICTED: DNA polymer (3078) 381 78.0 1.3e-12
XP_016866641 (OMIM: 602776) PREDICTED: DNA polymer (3078) 381 78.0 1.3e-12
XP_011534334 (OMIM: 602776) PREDICTED: DNA polymer (3079) 381 78.0 1.3e-12
XP_011534333 (OMIM: 602776) PREDICTED: DNA polymer (3079) 381 78.0 1.3e-12
NP_002903 (OMIM: 602776) DNA polymerase zeta catal (3130) 381 78.0 1.3e-12
XP_011534332 (OMIM: 602776) PREDICTED: DNA polymer (3131) 381 78.0 1.3e-12
XP_011534331 (OMIM: 602776) PREDICTED: DNA polymer (3156) 381 78.0 1.3e-12
XP_011534330 (OMIM: 602776) PREDICTED: DNA polymer (3157) 381 78.0 1.3e-12
>>NP_001008537 (OMIM: 300524,300912) protein KIAA2022 [H (1516 aa)
initn: 10085 init1: 10085 opt: 10085 Z-score: 9433.4 bits: 1758.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 10085; 100.0% identity (100.0% similar) in 1516 aa overlap (1-1516:1-1516)
10 20 30 40 50 60
pF1KA2 MDNQQDKAIVASANGENTLINGVKENDSEDQDVAMKSFAALEAAAPIQPTPVAQKETLMY
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NP_001 MDNQQDKAIVASANGENTLINGVKENDSEDQDVAMKSFAALEAAAPIQPTPVAQKETLMY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA2 PRGLLPLPSKKPCMQSPPSPLGLIEAPEHAANSASVNAISLTSGIAKGLNTWSLPNECEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PRGLLPLPSKKPCMQSPPSPLGLIEAPEHAANSASVNAISLTSGIAKGLNTWSLPNECEK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA2 APFAIMEPAGMSALNGDCLMQPSRTCLGCFMESKDAVDPEPGISLKVGDLNRDYETCAVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 APFAIMEPAGMSALNGDCLMQPSRTCLGCFMESKDAVDPEPGISLKVGDLNRDYETCAVS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA2 DIGIQCINAGENMKYGEQLLSDQLLGFPLHKSRAGDRRETEKPDIDLEDPAQKSYYEALL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DIGIQCINAGENMKYGEQLLSDQLLGFPLHKSRAGDRRETEKPDIDLEDPAQKSYYEALL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA2 LDKCNTEEALLANSNQDWGYFETFISESKIELLDLCSKNELSVNLFSEEDVDNYMFDDDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LDKCNTEEALLANSNQDWGYFETFISESKIELLDLCSKNELSVNLFSEEDVDNYMFDDDE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA2 STLGSDVCSLKIRYESFQDNVRDKTTLLMQEDAQFNFFPSVFTTCPKRESKSGALKQSSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 STLGSDVCSLKIRYESFQDNVRDKTTLLMQEDAQFNFFPSVFTTCPKRESKSGALKQSSD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA2 FSQFKVPDVSIIWGEEDKNLDKKKGKEEGQEDKGVEKKDGKDNGEKPALNKPCSGTEVEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FSQFKVPDVSIIWGEEDKNLDKKKGKEEGQEDKGVEKKDGKDNGEKPALNKPCSGTEVEQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA2 LKNPKQGHLANSLETSGSFSDDSSFIEISYDAMGEIKDCSRYMARDTNSGSSSSQQNYGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LKNPKQGHLANSLETSGSFSDDSSFIEISYDAMGEIKDCSRYMARDTNSGSSSSQQNYGL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA2 RAKRKVRYSEDYLYDVDSLEGEKVNERKEWLPVGSKEEDDDEWCPKKRRKVTRKEPPVII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RAKRKVRYSEDYLYDVDSLEGEKVNERKEWLPVGSKEEDDDEWCPKKRRKVTRKEPPVII
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA2 KYIIINRFKGEKNMLVKLGKVDASETTVNLSENQLNKYAKLAPLKGFWQKKKKQRNTNTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KYIIINRFKGEKNMLVKLGKVDASETTVNLSENQLNKYAKLAPLKGFWQKKKKQRNTNTD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA2 SIKTPFSQKQSFEPGSFEVSFLPPARKRKSKLGNRHRIQRIPSIEISASSKQISLCNDQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SIKTPFSQKQSFEPGSFEVSFLPPARKRKSKLGNRHRIQRIPSIEISASSKQISLCNDQR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA2 HASNHKEDGGLKGTLKSAPLGAPSCANGSHLNDITGPDSVKVKAQDTEFKGPERKVLNKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HASNHKEDGGLKGTLKSAPLGAPSCANGSHLNDITGPDSVKVKAQDTEFKGPERKVLNKI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA2 KFKSEARLKSKKVKAAGQESKPIVQMSPLLENQSSKANLKNEVIPGTSNSSRLSEFHEAK
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NP_001 KFKSEARLKSKKVKAAGQESKPIVQMSPLLENQSSKANLKNEVIPGTSNSSRLSEFHEAK
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA2 AAKSSTFLPTTCSSEMPLSSANVTTNIPVIPGGYLQTLLDASDLSNNTSISYFSHHSPEQ
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NP_001 AAKSSTFLPTTCSSEMPLSSANVTTNIPVIPGGYLQTLLDASDLSNNTSISYFSHHSPEQ
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA2 NEGSLTQTEKSFVPLQPTQDCVLTSSSDSELQQSSHNFKMESSNYRNVWPNKATSGTQEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NEGSLTQTEKSFVPLQPTQDCVLTSSSDSELQQSSHNFKMESSNYRNVWPNKATSGTQEF
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA2 MAEVSREIAPTQSSEFGASQVVSMENNLTPTTYNPICLNSGGSNCNKVLYDSMQDTQLPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAEVSREIAPTQSSEFGASQVVSMENNLTPTTYNPICLNSGGSNCNKVLYDSMQDTQLPS
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA2 DDSYQLCHFNNGEICFPFQQGPVNMDDGRLFSFDSMAPLSVSSSNYCSLSLKSCEKDGDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DDSYQLCHFNNGEICFPFQQGPVNMDDGRLFSFDSMAPLSVSSSNYCSLSLKSCEKDGDD
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA2 DITDDFLAHCSPKLVIQQSIDEIAPLKESTDLLDISNFTPDKFRHSSLSEMSPPDTPSLS
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NP_001 DITDDFLAHCSPKLVIQQSIDEIAPLKESTDLLDISNFTPDKFRHSSLSEMSPPDTPSLS
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KA2 PQITRCESMKTLGTLKGFQEGVPGPLDSVEKIKWDCSTLSRQVQMEDGFTLNNHQFQFHM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PQITRCESMKTLGTLKGFQEGVPGPLDSVEKIKWDCSTLSRQVQMEDGFTLNNHQFQFHM
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA2 FNDEDSVSLLQKNPCLSTFNDPSGQISTNNKVSKSRKKSSPSKSGAMNQSSSQKNTRKKS
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NP_001 FNDEDSVSLLQKNPCLSTFNDPSGQISTNNKVSKSRKKSSPSKSGAMNQSSSQKNTRKKS
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KA2 LKGNNKGIEKPPGKNSRQVPKSTKKGKYMAAINGEKMQIGIGRGGSQTNTISSTGKTLAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LKGNNKGIEKPPGKNSRQVPKSTKKGKYMAAINGEKMQIGIGRGGSQTNTISSTGKTLAE
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KA2 CIQHGGPMASMKMPSQKGLSGDWALGKESSPGWSDMSMGTNTNSLLDDDQREFQEPSYIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CIQHGGPMASMKMPSQKGLSGDWALGKESSPGWSDMSMGTNTNSLLDDDQREFQEPSYIL
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KA2 SNIASGMADVQRFMMASIEPLWEPMEHHGDPNIFYSPESNSLKLKTLKILAGTPQESKKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SNIASGMADVQRFMMASIEPLWEPMEHHGDPNIFYSPESNSLKLKTLKILAGTPQESKKK
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KA2 INSGSQGATKNHRSIKGVSKSNGKTAIGDPGRANMPGYNEDSRSTFFDKKYSNMSTLGNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 INSGSQGATKNHRSIKGVSKSNGKTAIGDPGRANMPGYNEDSRSTFFDKKYSNMSTLGNN
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KA2 GPTHKKLYRHKSSSKALRDEKCKGKHMEREQVHKDESGTASFEKLRDSDYNLLKAETTFW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GPTHKKLYRHKSSSKALRDEKCKGKHMEREQVHKDESGTASFEKLRDSDYNLLKAETTFW
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510
pF1KA2 VLPVFEEETRIFQKDI
::::::::::::::::
NP_001 VLPVFEEETRIFQKDI
1510
>>XP_016866644 (OMIM: 602776) PREDICTED: DNA polymerase (2254 aa)
initn: 406 init1: 295 opt: 381 Z-score: 349.6 bits: 78.0 E(85289): 9.8e-13
Smith-Waterman score: 518; 24.0% identity (53.1% similar) in 1244 aa overlap (242-1427:718-1819)
220 230 240 250 260 270
pF1KA2 SRAGDRRETEKPDIDLEDPAQKSYYEALLLDKCNTEEALLANSNQDWGYFETFISESKIE
.: ..: .::. . : . ..:. :
XP_016 DSPFIHMHRHPNENTLGKNSFNFSDLNHSKNKVSSEGNEKGNSTALSSLFPSSFTEN-CE
690 700 710 720 730 740
280 290 300 310 320 330
pF1KA2 LLDLCSKNELSVNLFSEEDVDNYMFDDDESTLGSDVCSLKIRYESFQDNVRDKTTLLMQE
::. ..:. :. .. ::: :.. :::::: ::.. .: .: :.
XP_016 LLSCSGENRTMVHSLNS--------TADESGLNK----LKIRYEEFQEHKTEKPSL-SQQ
750 760 770 780 790
340 350 360 370 380 390
pF1KA2 DAQFNFFPSV-FTTCPKRESKSGALKQSSDFSQFKVPDVSIIWGEEDKNLDKKKGKEEGQ
:.. ::::: ...: : .: . . .:. :.. . : .: : :.
XP_016 AAHYMFFPSVVLSNCLTRPQKLSPVT-------YKLQP-----GNKPSRLKLNKRKLAGH
800 810 820 830 840
400 410 420 430 440
pF1KA2 EDKGVEKKDGKDNGEKPALNKPCSGTEVEQLKNP-KQGHLANSLE--TSGSFSDDSSFIE
.. ...... .. .. :.::.. :: :.. ::..: : :.: . .
XP_016 QETSTKSSETGSTKDNFIQNNPCNS-------NPEKDNALASDLTKTTRGAFENKTP---
850 860 870 880 890
450 460 470 480 490 500
pF1KA2 ISYDAMGEIKDCSRYMARDTNSGSSSSQQNYGL-------RAKRKVRYSEDYLYDVDSLE
. : : :: ..:. ..:..:: :::::: : . ::
XP_016 ----TDGFI-DCH------FGDGTLETEQSFGLYGNKYTLRAKRKVNYETE-----DSES
900 910 920 930
510 520 530 540 550
pF1KA2 GEKVNERKEWLP----VGSKEEDDDEWCPKKRRKVTRKEPPVIIKYIIINRFKGEKNMLV
. ... : :: .: : : .::::...: :::::::::::::.:.:::::
XP_016 SFVTHNSKISLPHPMEIG--ESLDGTLKSRKRRKMSKKLPPVIIKYIIINRFRGRKNMLV
940 950 960 970 980 990
560 570 580 590 600 610
pF1KA2 KLGKVDASETTVNLSENQLNKYAKLAPLKGFWQKKKKQRNTNTDSIKTPFSQKQSFEPGS
::::.:..: : :.:.... : :::::: :: : . :. :.. :.: . :
XP_016 KLGKIDSKEKQVILTEEKMELYKKLAPLKDFWPKVPDSPATKYPIY--PLTPKKSHRRKS
1000 1010 1020 1030 1040 1050
620 630 640 650 660 670
pF1KA2 FEVSFLPPARKR--KSKLGNRHRIQRIPSIEISASSKQISLCNDQRHASNHKEDGGLKGT
. : :.:. :.. : . :.: :.. . : .: . . .: . :: :. .
XP_016 KHKS----AKKKTGKQQRTNNENIKRTLSFRKKRSHAILSPPSPSYNAET--EDCDLNYS
1060 1070 1080 1090 1100
680 690 700 710 720
pF1KA2 LKSAPLGAPSCANGSHLNDI-------TGPDSVKVKAQDTE----FKGPE--RKVLN-KI
. :: : . : .:. : : . .. : . ::::. .:..: .:
XP_016 DVMSKLGFLSERSTSPINSSPPRCWSPTDPRAEEIMAAAEKEAMLFKGPNVYKKTVNSRI
1110 1120 1130 1140 1150 1160
730 740 750 760 770 780
pF1KA2 KFKSEARLKSKKVKAAGQESKPIVQMSPLLENQSSKANLKNEVIPGTSNSSRLSEFHEAK
:.:: . :: :: . ..: . . .. .: : :... ... :
XP_016 GKTSRARAQIKKSKA--KLANPSI-----VTKKRNKRNQTNKLVDDGKKKPR--------
1170 1180 1190 1200 1210
790 800 810 820 830 840
pF1KA2 AAKSSTFLPTTCSSEMPLSSANVTTNIPVIPGGYLQTLLDASDLSNNTSISYFSHHSPEQ
::..: : .. :.. .. .. :. .. .: ...:. .: : :. .:
XP_016 -AKQKTNEKGTSRKHTTLKDEKIKSQ----SGAEVKFVLKHQNVSEFASSSGGSQLLFKQ
1220 1230 1240 1250 1260
850 860 870 880 890
pF1KA2 NE----GS-LTQTEKSFVPLQPTQDCVLTSSSDSELQ-QSSHNFKMESSNYRNVWPNKAT
.. :: . . .. .: . . :.. .: :. ..: ... :. .. :. .
XP_016 KDMPLMGSAVDHPLSASLPTGINAQQKLSGCFSSFLESKKSVDLQTFPSSRDDLHPSVVC
1270 1280 1290 1300 1310 1320
900 910 920 930 940
pF1KA2 SGTQEFMAEVSREIAPTQSSEFGASQ-------VVSMENNLTPTTYNPICLNSGGSNCNK
.. ..... . .::. : .. . .. :.:. .. : ..:: :. .
XP_016 NSIGPGVSKINVQRPHNQSAMFTLKESTLIQKNIFDLSNHLSQVAQNTQ-ISSGMSSKIE
1330 1340 1350 1360 1370 1380
950 960 970 980 990 1000
pF1KA2 VLYDSMQDTQLPSDDSYQLCHFNNGEICFPFQQGPVNMDDGRLFSFDSMAPLSVSSSNYC
...: . : : .: .. :. . ..:. . . : ::. . : ..
XP_016 DNANNIQRNYLSSIG--KLSEYRNS-LESKLDQA---YTPNFLHCKDSQQQI-VCIAEQS
1390 1400 1410 1420 1430
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KA2 SLSLKSCEKDGDDDITDDFLAHCSPKLVIQQSIDEIA-PLKESTDLLDISNFTPDKFRHS
. : ..: . :. .. . . ... : .:: :. .::.::: :.. .
XP_016 KHS-ETC-SPGNTASEESQMPNNCFVTSLRSPIKQIAWEQKQRGFILDMSNFKPERVKPR
1440 1450 1460 1470 1480 1490
1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KA2 SLSEMSPPDTPSLSPQITRCESMKTLGTLKGFQEGVPGPLDSVEKIKWDCSTLSRQVQME
:::: . : . ...:.. ....: ..: :: : : .... .:: . .
XP_016 SLSE-----AISQTKALSQCKN-RNVSTPSAFGEGQSG-LAVLKEL-----LQKRQQKAQ
1500 1510 1520 1530 1540
1130 1140 1150 1160 1170 1180
pF1KA2 DGFTLNNHQFQFHMFNDEDSVSLLQKNPCLSTFNDPSGQISTNNKVSKSRKKSSPSKSGA
.. : .. . :. : :: ::.. :. ...:. .:: :
XP_016 NANTTQDPLSNKHQPN---------KNI--------SGSLEHNKANKRTRSVTSPRKP-R
1550 1560 1570 1580
1190 1200 1210 1220 1230 1240
pF1KA2 MNQSSSQKNTRKKSLKGNNKGIEKPPGKNSRQVPKSTKKGK--YMAAINGEK---MQIGI
.:..::. : :: .. .. .:: :. .:.. . ... . :. .. ..
XP_016 TPRSTKQKEKIPKLLKVDSLNL-----QNSSQLDNSVSDDSPIFFSDPGFESCYSLEDSL
1590 1600 1610 1620 1630 1640
1250 1260 1270 1280 1290
pF1KA2 GRGGSQTNTISSTGKTLAECIQHGGPM---ASMKMPSQKGLSGDWALGKESSPGWS--DM
. . . :.. :.: . : ..: . :....: :: :: : . .. :: .
XP_016 SPEHNYNFDINTIGQT-GFCSFYSGSQFVPADQNLP-QKFLS-DAV--QDLFPGQAIEKN
1650 1660 1670 1680 1690
1300 1310 1320 1330 1340 1350
pF1KA2 SMGTNTNSLLDDDQREFQEPSYILSNIASGMADVQRFMMASIEPLWEPMEHHGDPNIFY-
. .. :. :.:... . . : : :: . . : ..:. : .:. : :.
XP_016 EFLSHDNQKCDEDKHHTTDSA---SWIRSGTLSPEIFEKSTIDSN-ENRRHNQWKNSFHP
1700 1710 1720 1730 1740 1750
1360 1370 1380 1390 1400 1410
pF1KA2 -SPESNSLKLKTLKILAGTPQESKK-KINSGSQGATKNHRSIKGVSKSNGKTAIGDPGRA
. .:::. . .. . . :.: ..: .: ... . .. . :.. : :
XP_016 LTTRSNSI-MDSFCVQQAEDCLSEKSRLNRSS----VSKEVFLSLPQPNNSDWIQGHTRK
1760 1770 1780 1790 1800
1420 1430 1440 1450 1460 1470
pF1KA2 NMPGYNEDSRSTFFDKKYSNMSTLGNNGPTHKKLYRHKSSSKALRDEKCKGKHMEREQVH
.: : . :: .: :
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XP_011 SPEHNYNFDINTIGQT-GFCSFYSGSQFVPADQNLP-QKFLS-DAV--QDLFPGQAIEKN
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